The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
SLQDPYLNTLRKERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVRLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
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| publication title |
Structure of Pseudomonas aeruginosa Hfq protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hfq protein
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| total genus |
15
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LNX A; 4XTX A; 5CAI A; 3QSU A; 2Y90 A; 3SB2 A; 5I21 A; 1B34 A; 4OP0 A; 5LJ3 f; 4JRI A; 4J6X A; 3JB9 I; 2HNI A; 2VXF A; 4XU3 A; 5LJ5 j; 2FB7 A; 4C8Q G; 2YLB A; 4J6W A; 2DXT A; 5GAM g; 2DZ9 A; 3HSB A; 4EMK B; 5GAN g; 4M75 G; 4M77 G; 1BIA A; 1I8F A; 1D3B A; 4M78 E; 4XTV A; 4XU0 A; 3RKX A; 3SWN C; 1I4K 1; 4A53 A; 2DTO A; 5GMK j; 3JCM P; 3BY7 A; 1H64 1; 4M78 B; 2DTI A; 2EJF A; 2RB6 A; 3BW1 A; 3EFS A; 3V8K A; 1U1T A; 2EWN A; 3FB9 A; 4C92 E; 5LJ5 e; 1Y96 A; 5GAM f; 1I5L A; 4C92 B; 2YHT A; 1I81 A; 4X9D A; 4PJO E; 4XTZ A; 4F7U G; 5GAN h; 5LJ3 d; 4M7D D; 4PJO B; 1N9R A; 4MML A; 4NOY A; 4WF2 A; 2FYK A; 4XU2 A; 4XQ3 A; 3V8L A; 5GAO m; 3JCM h; 1B34 B; 5GMK m; 2DJZ A; 4J6Y A; 4JRK A; 4C8Q C; 1KQ2 A; 5LJ5 h; 4J5Y A; 1HXD A; 3HFO A; 3QHS A; 3JB9 F; 4NL2 A; 5GAM d; 4M7D F; 4M75 C; 4M77 C; 4M7D A; 3RKY A; 3JB9 D; 3RUX A; 4MMK A; 4M7D E; 2DEQ A; 2QTX A; 3L1A A; 2ZGW A; 4M78 G; 3V7R A; 5GAN 2; 5GAO n; 4M7D B; 3V7S A; 1D3B B; 5GAO q; 5GMK h; 3QO3 A; 5GAN 8; 5GAO p; 4C92 G; 4EMG A; 4M7A C; 4M7A G; 1WQ7 A; 3FJP A; 4N0A C; 3HFN A; 4EMH A; 1Y96 B; 3JCM g; 2EJG A; 4NL3 A; 4PJO G; 3JCM X; 5GAN f; 2RD1 A; 2E65 A; 4XTU A; 4QVC A; 5LJ3 j; 5GAO r; 3JB9 J; 3JCM b; 4DQ2 A; 5LJ5 g; 4XTY A; 1HK9 A; 1KQ1 A; 4C8Q F; 4C8Q A; 3M4G A; 1X01 A; 4XTW A; 3JCM W; 4HA8 A; 1WQW A; 3JCM J; 2DKG A; 2E64 A; 4JLI A; 1WNL A; 4C8Q D; 3JCM e; 3JCM f; 3RES A; 2DXU A; 2YLC A; 4M77 A; 4M75 A; 5LJ3 e; 2EJ9 A; 3QUI A; 4M77 D; 4M75 D; 3SWN A; 1YCY A; 1BIB A; 4M7A E; 2VXE A; 1LOJ A; 4EMK C; 5LJ5 f; 3SWN B; 2E41 A; 2I2L A; 5GAM j; 3BFM A; 2RA2 A; 3RIR A; 3VU3 C; 4M7D G; 2E1H A; 4M78 C; 4Y91 A; 2K57 A; 3V7C A; 4M7A D; 4XU1 A; 4F7U A; 5GAN d; 1LJO A; 3FIF A; 4C92 C; 3RKW A; 4JUV A; 4HT9 A; 4PJO C; 3EFR A; 1TH7 A; 2E10 A; 5GAM e; 2DZC A; 3GIB A; 5GAN 4; 3JCM d; 3BDU A; 5LJ3 h; 3AHU A; 5GAN e; 3RER A; 3JCM V; 3PGG A; 4C8Q E; 5GAN 6; 5LJ5 d; 4RCC A; 1JBM A; 5GAN 7; 1M8V A; 2CGH A; 1N9S A; 2EAY A; 4C8Q B; 4EMK A; 4PNO A; 4M75 E; 4M75 F; 4M77 F; 4M77 E; 5GMK i; 4RCB A; 4M78 F; 1U1S A; 4M78 A; 4QVD A; 4M75 B; 4M77 B; 4M78 D; 5DY9 A; 2RM4 A; 1JRI A; 2VC8 A; 4C92 F; 2JN0 A; 4C92 A; 5GAO l; 3JB9 G; 5GAN 5; 3JCM Q; 4A54 A; 5GMK l; 4C92 D; 3JB9 H; 5GAM h; 4M7A A; 4M7D C; 4M7A F; 5GAN 3; 4V2S A; 1WPY A; 4N0A A; 4M7A B; 2DVE A; 4PJO F; 4F7U F; 4F7U E; 5LJ3 g; 5GAN j; 4PJO A; 4PJO D; 4X9C A; 1MGQ A; 4F7U B; 4HT8 A; 3V8J A; 3L2Z A; 3JCM c; 5GMK e; 3INZ A; 2DTH A; 1M5Q 1; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SDZ A; 4FT4 A; 3REB B; 3NMZ C; 1S72 Q; 2GQI A; 1G5V A; 3KUF A; 2VXF A; 5GAM g; 2YLB A; 2CP5 A; 3QDF A; 4RG8 A; 2QQ9 A; 1BIA A; 5D6W A; 4M7D D; 2FZK B; 2FVU A; 1D1B A; 3BY7 A; 2F5T X; 1Q95 G; 2FO0 A; 4C92 B; 3CCS A; 2KRS A; 5LJ3 d; 3S3M A; 5CO7 A; 1PRM C; 2M51 A; 3TU4 K; 2K3B A; 4WF2 A; 3VRZ A; 4CRI A; 3NTH A; 1SHF A; 2MF2 A; 4A63 B; 3MET A; 4RUG A; 3TQ7 P; 2J7I A; 1K8A U; 5GAO n; 3QO3 A; 2QTV A; 1RL2 A; 4RTZ A; 5FU7 C; 4OMN A; 3CCM Q; 3EG3 A; 4KGZ B; 2R57 A; 4Y92 A; 1F1B B; 4XTY A; 3HRS A; 1VQ7 A; 4C0F A; 1WQW A; 2XG8 D; 4JLI A; 1X75 C; 3I55 T; 2EJ9 A; 3SWN A; 1NLO C; 2QK0 A; 2QQB A; 4OMM A; 1AD5 A; 2K57 A; 4PJN A; 4LUE A; 3M9Q A; 5DLQ E; 5EC7 A; 1VYV A; 3NFC A; 4WTO B; 4AMC A; 3RKW A; 2G3R A; 1WZO A; 5GAM e; 3CCL T; 3JCM d; 3C94 A; 2OTJ A; 1MUZ A; 1GFC A; 3I56 T; 1M4Z A; 2JW4 A; 1H92 A; 3OSS C; 1NJI R; 2EAY A; 1YJ9 T; 2KYM A; 5DY9 A; 1K73 R; 4C92 F; 3JB9 G; 3TCJ A; 3CC7 Q; 4HT8 A; 4MZM A; 1V1C A; 1UE9 A; 1QCF A; 1UGS B; 3LX7 A; 1VQ8 A; 5CVI A; 3LGL A; 4XU3 A; 1JJ2 A; 3J7A F; 4J6W A; 2DXT A; 2X9H A; 2IVW A; 1VQP A; 2HEQ A; 1W2B A; 3CCJ Q; 1FX7 A; 4XU0 A; 5FLX E; 2O2O A; 3V8K A; 1AEY A; 3CCR A; 3AT1 B; 3FRN A; 1M2V A; 2LJ0 A; 1WXT A; 2CS7 A; 4CC2 A; 3OYA A; 2E12 A; 2OAW A; 1T0J A; 2AIR B; 3M0Q A; 3VYH B; 3CMA T; 2EQI A; 2FYK A; 2VGN A; 1KD1 R; 2P84 A; 1E6H A; 5GAO m; 3G71 T; 2LT4 A; 3M59 A; 2BE9 B; 1GCQ A; 2RNA A; 4J5Y A; 1K9M C; 1RLP C; 3CC2 T; 4F16 A; 3RKY A; 4GBQ A; 2KSS A; 1OZ2 A; 4EMG A; 1M1K U; 1WQ7 A; 2DEU A; 2ROL A; 4RG2 A; 1D09 B; 2PVG B; 4AFU C; 4QVC A; 5GAO r; 2GCX A; 2QEX A; 5LJ5 g; 4C8Q A; 1D0Y A; 2DKG A; 4C8Q D; 1QW1 A; 3URG A; 2RQV A; 1VQN T; 1Q86 C; 3MEU A; 2Y4X A; 4J9D A; 3UT1 A; 4PLI A; 4D8D A; 1NJI U; 2XDP A; 1RUW A; 5I11 A; 2D1X A; 5D7U A; 1WIE A; 3CD6 T; 3EGX B; 2X4J A; 1WHH A; 1M3B A; 1NYF A; 3HRT A; 2NWM A; 4ZGE B; 3FC3 A; 1RAH B; 5D6Y A; 1ZHI A; 2ESW A; 1TUD A; 2KNB B; 4M7D C; 4M7A F; 4LUD A; 1VUB A; 5CKE A; 1NYG A; 4GLM A; 2DVE A; 2GFA A; 2EQM A; 2CZ0 B; 2DJQ A; 4F7U B; 1WLP B; 1D1A A; 1M2O A; 1M90 U; 1XQH A; 2L8D A; 1B3Q A; 1LVK A; 3PVQ A; 1FMV A; 1MND A; 2D8J A; 1UGP B; 2NUT B; 2ECZ A; 3THK A; 2DM1 A; 2DPP B; 3VJP A; 4ZGD B; 1UGQ B; 4C5E A; 2OI3 A; 4A4K A; 2DL7 A; 1E6G A; 2EFI A; 3QXE B; 2EJF A; 1KD1 U; 1I5L A; 5LJ5 e; 5GAM f; 2LDM A; 1DJ7 B; 1O9S A; 2YUO A; 1OV3 A; 1IZ6 A; 3EG1 A; 3PFS A; 2BZ8 A; 4XU2 A; 3OW2 S; 4J9E A; 4E2F B; 1S72 A; 1KQ2 A; 3JRZ A; 1SSH A; 3MEA A; 2PNI A; 4CI0 C; 1JJ2 S; 4BI4 A; 4L5G A; 4M78 G; 4M7D B; 4OML A; 1KQS S; 4RTT A; 1VYT A; 1W2B S; 4QW2 A; 3QWY A; 3G1J A; 1ZX6 A; 1VQ5 T; 2JTF A; 1IRX A; 2RD1 A; 2VYT A; 4XTU A; 2X3X D; 5FU6 C; 4A4H A; 4HCZ A; 3MO8 A; 3JCM W; 2B86 A; 2C0T A; 4F17 A; 3QUI A; 3I5R A; 2W0Z A; 3ME9 A; 2OTL T; 1RAF B; 1YJW Q; 4ELZ C; 1YI2 Q; 1WHM A; 1PWT A; 2KRN A; 3ZBD A; 2FRW A; 3OYM A; 3MCA B; 1OPK A; 3CCM A; 2RK2 A; 2EKH A; 4BB7 A; 2J6K A; 5J26 A; 3PGG A; 5GAN 6; 3QG1 A; 1ABO A; 2VKN A; 1WJQ A; 2JUF A; 4IIO A; 4WCI A; 5GAN 5; 2HL3 A; 5GAN j; 2WAC A; 2J06 A; 3WXM B; 5HY6 A; 5CKF A; 2NLU A; 3M58 A; 2LCC A; 3G6E T; 3QSU A; 1VIE A; 2Y90 A; 5FU6 B; 1FXX A; 2KAF A; 2XU8 A; 2YWW A; 2DMO A; 3CCQ T; 4J9C A; 1PC0 A; 2RMO A; 3X26 B; 4M77 G; 1GCQ C; 4LE9 A; 2QAZ A; 2CT3 A; 1OYX A; 1G83 A; 3JV3 A; 4JZ4 A; 3CCU Q; 3HHT B; 1BU1 A; 2ED0 A; 1ZA2 B; 1SKU B; 3CC7 A; 3G4S Q; 2QGF B; 3Q1J A; 5GJW B; 1VQL T; 3NTI A; 1PG5 B; 1X2K A; 2HDA A; 4C8Q C; 3CCV Q; 3H0I A; 3PTA A; 4AG1 C; 3I9Q A; 3OA6 A; 3CCJ A; 2CP7 A; 2JM9 A; 3P8D A; 4KUL A; 3MEW A; 1M2V B; 4PJO G; 4KH0 B; 3OYC A; 5LJ3 j; 4J9I A; 2RJD A; 5AYF A; 1HK9 A; 3CEY A; 1LPL A; 2YT6 A; 1MMD A; 2HBW A; 4LDU A; 4M75 A; 2K3X A; 4M75 D; 1YBY A; 1VQK T; 5LJ5 f; 4E7Z A; 1WHL A; 3S3N A; 2QA4 Q; 4B9W A; 3KBG A; 2FPF A; 4N4G A; 2JT4 A; 1OU8 A; 3TSZ A; 2DRK A; 5IT9 E; 2EYW A; 4IIM A; 2MOX A; 2V26 A; 1M1F A; 2CGH A; 4C8Q B; 1VQM T; 3SFM A; 2DXB A; 2K9G A; 3M0P A; 3HPW A; 4PK4 A; 3QBY A; 1VQ9 T; 2ZPB B; 3QWX X; 2E5Q A; 3L2Z A; 3EHQ A; 1M5Q 1; 4E47 A; 2E6N A; 4XTX A; 4LD9 K; 5I2M A; 3VS1 A; 1AOJ A; 4IUV A; 4DBH A; 1EZZ B; 2EGC A; 2R5M A; 3X28 B; 1RAD B; 1U1T A; 3S6W A; 3IQL A; 3OQ5 A; 3O5Z A; 3OYD A; 4NOY A; 2VV5 A; 3CCE Q; 1M27 C; 2H3E B; 1VQ4 Q; 2LTO A; 2GFU A; 1BB9 A; 3JAM E; 2OTJ T; 2CDT A; 5GAM d; 1QVG P; 2MYS A; 1NM7 A; 1IHW A; 4C92 G; 2R58 A; 4DA4 A; 2WSC E; 2L3R A; 1YIJ T; 1QCO A; 3TRE A; 2RQW A; 5KYX A; 1Q82 C; 4C8Q F; 1X43 A; 3PIP A; 2YLC A; 4O6J A; 1SSF A; 2CP2 A; 1U3O A; 4ZN3 A; 4L59 A; 1YIT T; 4CC4 B; 4JZ3 A; 3GNG A; 1TH7 A; 1MHN A; 2DZC A; 1ZSG A; 4K11 A; 5LL6 S; 2V1Q A; 3VS4 A; 3AHU A; 2K5L A; 1X6O A; 2FEI A; 3GBQ A; 2PZ1 A; 3OY9 A; 5GAN 7; 2EVR A; 5DM7 R; 4PNO A; 4M77 F; 1ZBJ A; 2RM4 A; 2ZPH B; 2C0I A; 4ME7 A; 3GP8 A; 3O8V A; 2SEM A; 4E7H A; 1YJW A; 4LN2 A; 1YI2 A; 3TEE A; 4JRI A; 3MHX A; 5I22 A; 4C0Z A; 7AT1 B; 1IRE B; 2BKD N; 4R55 A; 2HQE A; 5HKC A; 3UPU A; 4M4Z A; 2L0A A; 3E19 A; 4M78 E; 1D3B A; 2ABL A; 1IXD A; 3CC4 A; 3OYH A; 4MZP A; 1E7O A; 1Y96 A; 2YHT A; 2GNC A; 2O31 A; 1UEB A; 2QDL A; 3VS5 A; 3TSW A; 5GAN h; 2H8H A; 1BK2 A; 2E3I A; 2DF6 A; 4IUT A; 1UGR B; 4M75 C; 4M7D A; 2EQJ A; 3DKM A; 1UHF A; 3CPW A; 1IGU A; 3U23 A; 2KI7 A; 4F04 B; 2DE0 X; 4M7A G; 3I55 Q; 2HQH A; 3VS0 A; 3CCU A; 4ZTJ A; 1QCN A; 3G7Z A; 3UA7 A; 2RF0 A; 2MAM A; 4HA8 A; 2HBP A; 3L2R A; 3G4S A; 4Q5W A; 2KVQ G; 3RES A; 1AHJ B; 2NUZ A; 4J9F A; 3CCL Q; 1YHQ T; 1RAE B; 2CH4 W; 2P0K A; 3OSV A; 3I56 Q; 4EPC A; 2DL3 A; 2YRD A; 3V7C A; 1K1Z A; 3CCV A; 1QVG A; 2JS2 A; 2DAQ A; 1YJ9 Q; 3E9G A; 2FPE A; 4FM4 B; 2CUD A; 2CUB A; 3GIB A; 2KRO A; 5LJ3 h; 3EG9 A; 2JVV A; 5FRO A; 5LJ5 d; 3VV0 A; 2BTT A; 4M77 E; 4HCC A; 4M75 B; 2FL7 A; 3H41 A; 1RAB B; 4ZN1 A; 3A8G B; 4A54 A; 1UFF A; 2ZPE B; 4LDV A; 5GAN 3; 4J8O A; 1FWZ A; 3X25 B; 2QA4 A; 2KRM A; 4F14 A; 5IAY A; 4LDW A; 3EG0 A; 1Q81 U; 5CAI A; 5FWB A; 1SRM A; 1UGV A; 4PFZ A; 1W70 A; 4RTX A; 1B7T A; 5I2S A; 2JJ9 A; 5GAN g; 3RKX A; 4E7I A; 3EG2 A; 1K9M R; 4OMQ A; 3OYJ A; 2DNU A; 3NTK A; 2AK5 A; 2A08 A; 3G71 Q; 1J3T A; 1K0S A; 2DD4 A; 4PJO E; 2ZZD A; 4F7U G; 5FU7 B; 3CC2 Q; 2KXC A; 2M9U A; 3PIO A; 1TU0 B; 2L3S A; 2HSE B; 2EQK A; 2A3L A; 1T3S A; 3JCM h; 1WX6 A; 2DIQ A; 4LDX A; 4DEX A; 4FSX A; 1HXD A; 1BYM A; 4J83 A; 1AZG B; 2K7A A; 1Q86 R; 1I0C A; 1T3L A; 2IPO B; 3BDL A; 2JM8 A; 4JJC A; 4J9B A; 3PE0 A; 3EFO A; 3HFN A; 1VQN Q; 5AT1 B; 1M1K C; 2ZPF B; 5IHI A; 3HTR A; 3CCE A; 1GBQ A; 3M57 A; 3ZL7 C; 2DRM A; 1VQ4 A; 1YJN T; 1ZLM A; 1Y7X A; 5IXF A; 1WXB A; 1K4U S; 3VU3 C; 4FW2 A; 1MNE A; 2DBK A; 4M7D G; 1S1N A; 1I1J A; 4KRT A; 1KC8 C; 3CD6 Q; 1KK7 A; 2E10 A; 5GAN e; 5C0M A; 3RER A; 2DLP A; 1TG0 A; 1MMA A; 3H0H A; 5KYX B; 4BI3 A; 1N9S A; 2M0O A; 3CC7 T; 3QYH B; 3OYE A; 3MJX A; 3CME Q; 2KDS A; 3A98 A; 2ZPG B; 1IHV A; 2A37 A; 2BE7 D; 4X9C A; 2RQU A; 1MGQ A; 2JXB A; 4JJN K; 1QVG S; 5HK3 A; 3L42 A; 3L2Q A; 2CYZ B; 2JTE A; 5CQX A; 1K9M U; 1K73 U; 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