The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTPFRKAKALYACKAEHDSELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKTGLIPENYVEFLSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of human olygophrein-1 like protein (KIAA0621)
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Olygophrenin-1 like protein
|
| total genus |
9
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EPD A; 1G2B A; 2ED0 A; 1BK2 A; 3GBQ A; 4RTW A; 1X27 A; 1M3B A; 2K2M A; 1SSH A; 3ZL7 C; 3EG1 A; 1JO8 A; 4LUE A; 2DL5 A; 2X3X D; 5IXB A; 1WXB A; 2W10 A; 1T3S A; 2KYB A; 1AVZ C; 4AFU C; 3VS5 A; 2HDA A; 2O88 A; 1YWO A; 2KT1 A; 2LCS A; 1BU1 A; 3PVL A; 2P4R A; 1UUE A; 2V1Q A; 1GRI A; 2LJ0 A; 1UDL A; 3VS6 A; 2PTK A; 1AWX A; 5ECA A; 2L2P A; 5IXF A; 2C0I A; 2EYX A; 1ABQ A; 1GFC A; 2JXB A; 2YUP A; 1PHT A; 1PKS A; 4K11 A; 3ULR B; 1WDX A; 2GTO A; 1SRM A; 2RQV A; 1H92 A; 2ENM A; 1ZX6 A; 2RNA A; 3C0C A; 2K79 A; 3EG0 A; 2O2O A; 1YP5 A; 1UE9 A; 2VVK A; 4LE9 A; 1SPK A; 2YDL A; 4OMN A; 2DIL A; 4AG2 C; 1ZUK A; 1Z9Z A; 3VS4 A; 1Y57 A; 2EW3 A; 3CQT A; 2BZX A; 4RUG A; 2C0O A; 2CSI A; 2ED1 A; 2B86 A; 2LMJ A; 3EHQ A; 1HSQ A; 2LJ1 A; 4F17 A; 2D1X A; 3M0T A; 1KFZ A; 2LQW A; 1NEB A; 4OML A; 1SRL A; 1WLP B; 4JZ4 A; 3H0H A; 4RTV A; 1J3T A; 2A36 A; 1Y0M A; 1M30 A; 3RNJ A; 3VS0 A; 2DX1 A; 2MOX A; 1SHG A; 2CH4 A; 1X2K A; 1X6G A; 2KRO A; 2F2W A; 2O9S A; 2K7A A; 3H0I A; 2J6K A; 4LN2 A; 1WFW A; 2A08 A; 3QWX X; 2OJ2 A; 2M0Y A; 4J9H A; 2JT4 A; 1WX6 A; 2DE0 X; 1V1C A; 1X69 A; 1JQQ A; 2CUD A; 2KT8 A; 1VYU A; 4CC3 A; 5I11 A; 2F2V A; 2EGA A; 3M0R A; 1NEG A; 1NYG A; 2KR3 A; 4GLM A; 2DA9 A; 2DNU A; 1T0J A; 5FWB A; 1QKW A; 2LQN A; 3REA B; 2YUQ A; 3VS3 A; 1RI9 A; 4J9B A; 3FJ5 A; 2PZ1 A; 1OPK A; 2C0T A; 3PVQ A; 2JW4 A; 2D8H A; 1W6X A; 1ZLM A; 3O5Z A; 1ABO A; 1U5S A; 2E5K A; 2JMC A; 2KYM A; 2MCN A; 1OOT A; 3REB B; 1X2Q A; 2FO0 A; 2NWM A; 2HBW A; 4J9D A; 2RQW A; 1H8K A; 3I9Q A; 1QLY A; 2DVJ A; 2I0N A; 1ZBJ A; 3M0Q A; 2DLP A; 1JU5 C; 4LUD A; 3UF4 A; 2DF6 A; 2K6D A; 2RPN A; 2CH4 W; 4GBQ A; 1NLP C; 3EGU A; 4R0K A; 2DL8 A; 2A37 A; 1JXM A; 2CRE A; 1M3C A; 2AKL A; 4OMQ A; 4JZ3 A; 2X3W D; 3JV3 A; 2J05 A; 2D8J A; 4FSS A; 4JJB A; 1FYN A; 1UGV A; 4JJC A; 1XOV A; 1K0S A; 1X6B A; 2JM9 A; 4IIM A; 4DEX A; 1WXU A; 1GBR A; 2J06 A; 3I35 A; 3THK A; 2RF0 A; 2NUZ A; 2KBT A; 3RBB B; 2HCK A; 2MIO A; 2GQI A; 1K76 A; 2H8H A; 2CUB A; 1KIK A; 2RQT A; 4F16 A; 3VS2 A; 1E6G A; 1N5Z A; 3SHW A; 1PNJ A; 4LNP A; 4CC4 B; 2VWF A; 3PE0 A; 1G83 A; 1RLQ C; 4ESR A; 2JM8 A; 3M0U A; 1TUC A; 2HSP A; 1S1N A; 1UTI A; 1MV3 A; 2EYZ A; 4KRT A; 2K9G A; 2J6F A; 2M51 A; 2SRC A; 4J9I A; 1PWT A; 2DYB A; 2LP5 A; 1FMK A; 4J9G A; 1CSK A; 5HCK A; 1KJW A; 1MV0 B; 3EG3 A; 1VA7 A; 1PRL C; 1VYV A; 3TSW A; 1A0N B; 4M4Z A; 1AWO A; 1OV3 A; 5EC7 A; 2DL4 A; 2DRK A; 4ZNX A; 2ROL A; 2VKN A; 1W1F A; 1M3A A; 4OMO A; 1QWE A; 1VYT A; 2YT6 A; 3EHR A; 4HVV A; 1KSW A; 2LNH B; 1RLP C; 2EVR A; 1AWJ A; 1CKB A; 1X43 A; 1UG1 A; 2K3B A; 5L23 A; 1AZG B; 2KRM A; 2CDT A; 1ARK A; 2L3P A; 1WYX A; 4AG1 C; 4OMP A; 2BZY A; 5IHI A; 2JS2 A; 2DMO A; 2O31 A; 1ZSG A; 1GCQ C; 2L0A A; 1BBZ A; 1MUZ A; 4AFZ C; 1UHC A; 2EGC A; 1RUW A; 1AZE A; 2DL7 A; 1IO6 A; 1U06 A; 4F14 A; 5IHN A; 2HEQ A; 5IH2 A; 1AEY A; 1UEC A; 3UAT A; 4AFQ C; 5FWC A; 2EYW A; 2QDL A; 1QKX A; 1NLO C; 3UA6 A; 3SEM A; 1TG0 A; 2FG0 A; 2LX7 A; 2DBK A; 4HVW A; 1GL5 A; 3R6N A; 2KGT A; 4RTZ A; 1ZUU A; 1PRM C; 2OI3 A; 4E6R A; 2KRS A; 1AOJ A; 1UJY A; 3H41 A; 3TVT A; 3VRZ A; 3U23 A; 1E6H A; 1Z9Q A; 1SHF A; 2KXC A; 1K4U S; 3M0S A; 2EKH A; 4J9F A; 1UFF A; 2EQI A; 4CC2 A; 1LCK A; 2PNI A; 1SEM A; 2EBP A; 1YWP A; 2D0N A; 2FRY A; 3EG2 A; 4RTT A; 2CSQ A; 1YNZ A; 1YN8 A; 1NM7 A; 2FPD A; 2DBM A; 1W70 A; 4Y92 A; 4OMM A; 5GJW B; 4Z89 A; 2XMF A; 1AWW A; 1GCQ A; 2SEM A; 3VS1 A; 2L3S A; 3NGP A; 3UA7 A; 1K1Z A; 4D8K A; 1OPL A; 2A28 A; 3TSZ A; 5IHK A; 4RTX A; 2BTT A; 1U3O A; 1EFN A; 4DEY A; 1K0X A; 4RTU A; 2JTE A; 2DM1 A; 4J9E A; 3NHN A; 2RN8 A; 1JXO A; 1WXT A; 4D8D A; 4WCI A; 2G6F X; 2JMA A; 3NPF A; 4RTY A; 2F2X A; 2L3Q A; 1HJD A; 2GGR A; 3M0P A; 1BB9 A; 1K9A A; 2GNC A; 1H3H A; 2OAW A; 2DRM A; 3IQL A; 4Z8A A; 2KXD A; 3I5S A; 1WI7 A; 1CKA A; 3I5R A; 2YUO A; 1PKT A; 2CT4 A; 2KNB B; 2GTJ A; 1GCP A; 2ROT A; 2KE9 A; 2LZ6 B; 4CC7 A; 2W0Z A; 2BZ8 A; 1M27 C; 2DL3 A; 4HVU A; 2DJQ A; 2EGE A; 2J6O A; 2RQR A; 4QT7 A; 2AK5 A; 2RQU A; 3H0F A; 3A98 A; 2V1R A; 1JEG A; 2JS0 A; 4J9C A; 2RMO A; 4ORZ A; 1UJ0 A; 4X1V A; 3QWY A; 1QWF A; 1OEB A; 2KRN A; 3LH5 A; 2GBQ A; 1NYF A; 2J7I A; 5I22 A; 4EIK A; 2FRW A; 1E7O A; 4A63 B; 1M8M A; 2FPE A; 2LJ3 A; 3VRY A; 1B3Q A; 2AZV A; 4JPB W; 2YSQ A; 2IIM A; 1YCS B; 1ZUY A; 4AFS C; 3KFV A; 1T3L A; 1NG2 A; 2O9V A; 1B07 A; 4HCK A; 1I1J A; 1AD5 A; 2AZS A; 2YUN A; 2ABL A; 1WA7 A; 2CT3 A; 1I07 A; 4JJD A; 2AKK A; 2ECZ A; 1TUD A; 4HXJ A; 1QCF A; 5FW9 A; 2FEI A; 2EYY A; 1I0C A; 2ESW A; 5GJV B; 1GFD A; 4Z88 A; 1UHF A; 1WIE A; 1GBQ A; 2FPF A; 1T0H A; 2KEA A; 1HD3 A; 4IIO A; 3VS7 A; 3NMZ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PFO A; 2ED0 A; 5GAN 3; 1BK2 A; 2RI2 A; 2P4T A; 1RI0 A; 3OW2 P; 5IXB A; 2CZ7 B; 4AFU C; 2O88 A; 4X9D A; 2RHI A; 1YWO A; 3MO8 A; 2OX7 A; 1UGQ B; 3PVL A; 2V1Q A; 5GAN j; 1N9S A; 1VQN A; 3MEW A; 2E65 A; 3JCM g; 4MDX A; 3M9Q A; 2ATC B; 2JTM A; 5IXF A; 1VQ9 T; 1ABQ A; 4M7D B; 3OS5 A; 4IUP A; 2JXB A; 1PHT A; 3ULR B; 2XDD A; 2GTO A; 3D7S B; 3QYG B; 2RQV A; 1D0Z A; 5I2S A; 5J3B A; 4EMK B; 4NL2 A; 2KAF A; 3C0C A; 2DTH A; 2RHZ A; 1YP5 A; 3CCJ A; 2NLU A; 1SPK A; 3OYI A; 1VQL A; 3CD6 A; 2DD4 A; 2I2L A; 5GMK e; 1YBY A; 4PFP A; 1IXD A; 3LGL A; 4KBM B; 3TEE A; 2EW3 A; 3CXC P; 4RUG A; 3CCL Q; 2ZPH B; 1Q86 R; 2CSI A; 2M02 A; 2B86 A; 4C92 F; 3OA6 A; 3J7A F; 2R57 A; 3PNW C; 4UC4 A; 1NEB A; 1SRL A; 4RTV A; 4B9W A; 4XU1 A; 3QZ5 B; 2A36 A; 5LJ5 j; 1K73 C; 2DTO A; 1M30 A; 3VS0 A; 2BKD N; 3MEU A; 1SHG A; 1X2K A; 2LCC A; 1X6G A; 1BYM A; 2F2W A; 1IZ6 A; 2ZGW A; 5A0G A; 2GCX A; 4M75 A; 3H0I A; 3L2Z A; 2A08 A; 3M57 A; 2YLB A; 1W2B A; 3M4G A; 1WX6 A; 3Q1J A; 2DXU A; 1JQQ A; 1Q7Y C; 3HHT B; 2IVW A; 4L59 A; 3EH2 A; 2KT8 A; 1I4K 1; 4N0A C; 2F2V A; 1R77 A; 1NEG A; 1Q82 C; 1PG5 B; 5CKH A; 4N4I A; 1K9M R; 2DA9 A; 4XAX B; 3REA B; 2PVG B; 4HT9 A; 3CC4 T; 2QGG A; 5GAN d; 3KUF A; 2JZ2 A; 2EQJ A; 3FJ5 A; 4JS5 A; 3PVQ A; 1B34 B; 2JW4 A; 1W6X A; 3O5Z A; 3M54 A; 4IUU A; 3GOX A; 2M1H A; 1X2Q A; 2RQW A; 1UGP B; 2RM4 A; 2DVJ A; 2I0N A; 3JB9 I; 4FT4 A; 3M0Q A; 2DLP A; 2MWO A; 2ZCF B; 1VQ5 T; 2DF6 A; 2CH4 W; 2PU9 B; 4E7J A; 4FM4 B; 2QEX A; 4EMH A; 2A37 A; 1RL2 A; 1MHN A; 2XHC A; 4C8Q F; 2CP2 A; 1X6O A; 4OMQ A; 1OQK A; 3JV3 A; 2J05 A; 2D8J A; 1WHK A; 2DAQ A; 3CC4 Q; 4JJB A; 3OYA A; 2D0Q B; 1FYN A; 5LJ3 j; 2DIG A; 1K0S A; 2JM9 A; 3G1J A; 4IIM A; 1WXU A; 4DEX A; 4NL3 A; 1SKU B; 1XJW B; 3DLM A; 2E12 A; 5FU7 B; 2FZK B; 2RF0 A; 2NUZ A; 1W2B P; 5LJ5 d; 2KBT A; 3RBB B; 1NJI R; 2MIO A; 2RJE A; 5GMK j; 2H8H A; 2CUB A; 2Z0W A; 4LXC A; 5GAN 6; 3G4S A; 1P92 A; 1ZSZ C; 3VS2 A; 1E6G A; 1LPL A; 1N5Z A; 3T9N A; 1NBE B; 1OU9 A; 1VQ5 Q; 5AT1 B; 3S6W A; 4X9C A; 3S3M A; 4LNP A; 1R0C B; 2VWF A; 2E64 A; 4BI4 A; 1S1N A; 4JUV A; 1YJ9 T; 2XIC A; 1O9S A; 3EFO B; 3NTI A; 2EYZ A; 2K9G A; 4M75 E; 2M51 A; 5L8R E; 3JRZ A; 3CME T; 2XKO C; 4J9I A; 3OBY A; 1FMK A; 1N27 A; 1MNE A; 1AWO A; 1N8R R; 1Y96 B; 1LJO A; 2MPX C; 2DRK A; 2EWN A; 4KGX B; 2E6N A; 1M3A A; 4HA8 A; 3HSB A; 4HVV A; 3CCR A; 1VQ4 Q; 4BY6 B; 2COY A; 3PIO A; 2K4Y A; 1MMA A; 1UG1 A; 2K3B A; 5L23 A; 1ARK A; 1WYX A; 3PIP A; 2BZY A; 2K5L A; 2DMO A; 2GF7 A; 2L3R A; 3CPW A; 1YJ9 Q; 1ZSG A; 3S3O A; 1BBZ A; 4AFZ C; 2E1H A; 2QGF B; 1K8A R; 5GAO n; 2DL7 A; 5D7U A; 3SFM A; 3CME Q; 5IH2 A; 4II1 A; 2CYZ B; 2QQR A; 4XQ3 A; 3MEV A; 5LJ3 d; 4OMF B; 3SEM A; 4M75 G; 4D6W A; 4M77 A; 1H3Z A; 2COZ A; 2OI3 A; 1WJR A; 3H41 A; 3EFR A; 4BI8 B; 3VRZ A; 4C5I A; 1K73 U; 2EJ9 A; 3A8H B; 5GAM j; 3U23 A; 1Z9Q A; 4BAC A; 3M0S A; 3OYH A; 2R5A A; 4C92 D; 3CCM A; 1QQJ A; 2MK5 A; 1LCK A; 2PNI A; 2EBP A; 3C4S A; 5KYU B; 1VQP T; 4RTT A; 3G71 Q; 1Q7Y U; 4PJO D; 2K2V A; 1YNZ A; 1LNX A; 1NM7 A; 2FPD A; 3JB9 J; 4Y28 E; 5KYX B; 1YHQ T; 4M7D F; 2SEM A; 1SF9 A; 1Q82 U; 3NGP A; 4ME7 A; 4RTX A; 1U3O A; 2FYK A; 2XDP A; 1VQK T; 4RTU A; 3A8M B; 4GY5 A; 4J6X A; 2JMA A; 3OB9 A; 2HKQ B; 1KC8 R; 1WHJ A; 2L3Q A; 3M0P A; 1XQH A; 2GNC A; 2XID A; 3JSC A; 3CCV A; 3HRU A; 3HP9 A; 4Z8A A; 5A2Q E; 5GMK h; 1WI7 A; 2RJC A; 2CT4 A; 1YHQ Q; 1GCP A; 2KE9 A; 2W0Z A; 2BZ8 A; 2DL3 A; 2DJQ A; 2J6O A; 2RQR A; 2AK5 A; 2DXB A; 3RKW A; 3BDU A; 3PMI A; 1JEG A; 4ORZ A; 4ATO A; 1M2V B; 1VQK Q; 5CO7 A; 1OEB A; 3CEY A; 1MMN A; 4C0D B; 2GBQ A; 1OU8 A; 1NYF A; 4IUV A; 2RHX A; 4C8Q D; 1YIT T; 1D09 B; 2RH2 A; 1WHG A; 1OUL A; 2JTF A; 4A63 B; 4FIB A; 4JRP A; 4KUL A; 4XTU A; 4NOY A; 3NTH A; 3LYI A; 2YSQ A; 3VV0 A; 1ZUY A; 3RES A; 4J8O A; 4EMG A; 1B07 A; 3G71 A; 2CP0 A; 4FT2 A; 3RUX A; 1QCN A; 3JB9 F; 4YTL A; 2ECZ A; 3A8L B; 1QVP A; 2QTX A; 3RKX A; 2OTL T; 1VOM A; 5A0L A; 5GJV B; 2VXE A; 1UHF A; 1M2O A; 5GMK l; 3MJX A; 4M75 B; 3RR6 A; 1LVK A; 3NMZ C; 5KCO A; 1YCY A; 1YIT Q; 3M4Y A; 2EPD A; 1IGU A; 3GBQ A; 1LOJ A; 4LUE A; 2XD0 A; 4ZTF A; 5KYY B; 2X3X D; 1HXD A; 1WXB A; 2MWP A; 2YHT A; 3JCM J; 2QAZ A; 1NE8 A; 3CCU A; 3VS5 A; 2ZPB B; 5GAM h; 1VQN T; 2P4R A; 1KD1 C; 4HCB A; 2FL7 A; 5GMK i; 1VQO Q; 3OYN A; 1IRE B; 2DEU A; 2PTK A; 1M90 R; 2OTL Q; 1AWX A; 2X35 A; 1PD0 A; 4M78 C; 5ECA A; 5GAN e; 3QXE B; 4N0A A; 4DOV A; 4E7Z A; 3OYB A; 3FDR A; 2EYX A; 1GFC A; 3EGD A; 4OB2 B; 1OX9 A; 3FRN A; 1FXX A; 5GAN f; 1H92 A; 3CCJ T; 3EG0 A; 4JRK A; 1YI2 A; 3CD6 T; 2VUB A; 2VVK A; 4LE9 A; 4BE2 A; 5HKC A; 2YDL A; 4OMN A; 4QKU A; 1VQ8 Q; 2EYQ A; 2M9U A; 3CCQ Q; 2DIL A; 1Z9Z A; 4BE0 A; 2CS7 A; 1Y57 A; 3JCM V; 4A4H A; 4F17 A; 1ZQ1 A; 3GF5 A; 4OML A; 4JZ4 A; 1WLP B; 3A5Z B; 3X25 B; 4M7D C; 5CCA A; 5C0M A; 2RJF A; 2KY9 A; 3LH0 A; 2WSE E; 2DX1 A; 2MOX A; 1JJ2 S; 2DPP B; 5LJ5 e; 2KRO A; 1SG5 A; 2V8I A; 4EMK C; 1QP2 A; 2EJF A; 2F5K A; 3FC3 A; 2O9S A; 3CCJ Q; 2J6K A; 4LN2 A; 1M9S A; 1WFW A; 4E7H A; 4MZP A; 1VQL Q; 3BE3 A; 4DBQ A; 1FMV A; 1SSF A; 2JT4 A; 5LJ5 f; 4QW2 A; 5KE3 A; 4BUG A; 2DKG A; 4CI0 C; 4M7D D; 2HQH A; 1V1C A; 4PLL A; 5HK3 A; 5D6W A; 3GNF B; 4NS5 A; 3E9G A; 1YFN A; 1H64 1; 4CC3 A; 5I11 A; 2EGA A; 3UPU A; 1TWB A; 3HFN A; 2YRV A; 5GAM g; 4FSX A; 4GLM A; 4CRI A; 3KXT A; 4M7A F; 3VUZ A; 1ZHI A; 5FWB A; 8AT1 B; 3KBG A; 4P5N A; 3FJP A; 3J81 E; 1VQO A; 1YIJ Q; 3UDC A; 3UWN A; 3BW1 A; 2CZ0 B; 2Y4X A; 2C0T A; 2EFI A; 4DBF A; 2MI6 A; 1RAG B; 3ZFJ A; 2JJ9 A; 1U5S A; 3BDL A; 1OOT A; 2HBP A; 2PVD B; 3REB B; 2H3E B; 2FO0 A; 5CKD A; 2X9H A; 1H8K A; 4E7I A; 3OQ5 A; 2QYZ A; 4JLI A; 2F69 A; 2QEX T; 5KE2 A; 2RPN A; 3LLR A; 1VQ8 A; 4GBQ A; 3CCQ A; 2VC8 A; 3EGU A; 4R0K A; 3CCL T; 3RDV A; 2AT1 B; 2CRE A; 1G3Y A; 4MDW A; 4PFZ A; 1M1K U; 2RK2 A; 2JUF A; 4BE1 A; 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