The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ8 Q; 1VQM Q; 1Q86 R; 3CCM Q; 1N8R R; 3G4S Q; 1VQ7 Q; 1VQP Q; 1QVG P; 2QEX Q; 3CC7 Q; 3CC4 Q; 3CME Q; 1M90 R; 3CC2 Q; 1VQ6 Q; 1VQN Q; 1VQ4 Q; 3CCU Q; 1KC8 R; 1YIT Q; 3CPW P; 1YJN Q; 1KD1 R; 3CD6 Q; 3OW2 P; 1YI2 Q; 2QA4 Q; 1Q82 R; 1YHQ Q; 1YJ9 Q; 1YJW Q; 1VQL Q; 1KQS P; 1K73 R; 3G6E Q; 1NJI R; 1QVF P; 3CCJ Q; 1VQ5 Q; 3CCV Q; 3CCQ Q; 1JJ2 P; 1Q7Y R; 1VQK Q; 3CXC P; 3G71 Q; 3CCS Q; 1YIJ Q; 2OTJ Q; 3CCR Q; 1K9M R; 3CCE Q; 1S72 Q; 3I56 Q; 1K8A R; 1VQO Q; 3CCL Q; 1W2B P; 2OTL Q; 1M1K R; 1VQ9 Q; 3I55 Q; 3CMA Q; 1Q81 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QWY A; 1X6G A; 2LDM A; 1WIE A; 4PJO E; 4RMO A; 4OB1 B; 2CRE A; 4OB0 B; 1TXQ A; 2ED1 A; 1PCX A; 4DQ2 A; 2HQE A; 1UGS B; 3OYF A; 1OYX A; 5LJ5 d; 3RKY A; 2ZPE B; 3CCE Q; 4EIK A; 5LJ3 g; 4M7D E; 2DVJ A; 2V8K A; 1U1S A; 3QZ5 B; 2VVK A; 1Y0M A; 2GCX A; 2JUF A; 2DNU A; 4P5N A; 3OYD A; 3TRE A; 2X4W A; 4E7L A; 1GRI A; 1U06 A; 1YJW Q; 2D0Q B; 2E3I A; 1WHM A; 1YWO A; 4ZTJ A; 3I5R A; 2CGH A; 2NUT B; 2J7I A; 2EYY A; 4C5G A; 2KGT A; 3CCR T; 3JCM g; 3EG2 A; 1M90 R; 1PWT A; 1R0C B; 1GXI E; 4QT7 A; 5GAN 5; 1DJ7 B; 1U3O A; 3EG3 A; 3BFM A; 1PG5 B; 1WNL A; 4XTY A; 4EDU A; 2FRW A; 4JS4 A; 3MP8 A; 2QI2 A; 3L42 A; 3CCE T; 1VQL A; 5GAO l; 2P0K A; 1PHT A; 1A0N B; 1NG2 A; 2L3P A; 4N0A A; 1LJO A; 3QDF A; 4IUQ A; 4XU3 A; 1UGV A; 2FEI A; 4B9X A; 2QA4 T; 2MCN A; 3PNW C; 2HD0 A; 2MPX C; 5GMK i; 2VXE A; 3CEY A; 4IIM A; 1M1K R; 4PJO D; 2O31 A; 2RN8 A; 4JLG A; 3HFN A; 4VUB A; 1W4S A; 2L8D A; 2HDA A; 4KGZ B; 3U23 A; 5GAN g; 1SRL A; 1MUZ A; 5FLX E; 1KIK A; 2NUT A; 4RTT A; 3M0U A; 5HKC A; 4M7D D; 2VXF A; 4FYX B; 1NJI C; 3LH5 A; 1QVG A; 1UJ0 A; 2KDS A; 1T3L A; 1BI1 A; 4J9D A; 5EC7 A; 2D0N A; 3CMA Q; 3JB9 I; 3OS0 A; 1YIJ T; 1RAG B; 1UEC A; 4N4I A; 1WX6 A; 2KXD A; 1SHG A; 2QQS A; 4C0F A; 2AKK A; 4PK4 A; 1QCF A; 5GAM d; 4RTY A; 4OF1 A; 1J3T A; 3FEO A; 4CC3 A; 1BB9 A; 1VIE A; 2DXT A; 2R5A A; 4TVR A; 3PMT A; 3OBW A; 4F17 A; 3JCM f; 3JCM Q; 2B86 A; 1Q7Y U; 3DLL A; 2JW4 A; 4KUI A; 2DL5 A; 2RMO A; 3VS0 A; 2PNI A; 2LQW A; 3VS6 A; 4FYW B; 4HA8 A; 4O6J A; 2HCK A; 1LPL A; 2JTF A; 2O4X B; 3G4S A; 2KYM A; 4XU1 A; 3QHS A; 3CCM Q; 1Q86 C; 3QUI A; 1BCM A; 1HSQ A; 3CMA T; 1OV3 A; 1WI7 A; 5IXB A; 2M51 A; 2KR3 A; 2E65 A; 2J6K A; 3HRU A; 2JM8 A; 3EH2 A; 4FU6 A; 1IB8 A; 2HQH A; 4DBH A; 4BDZ A; 3JCM V; 3HL8 A; 3WVE B; 2C0I A; 2HZY A; 4KGV B; 3OSS C; 1OQK A; 1ZA2 B; 5KYY A; 5GAN f; 1VQ7 Q; 2LTO A; 4DOW A; 2RF0 A; 3JCM b; 1UGQ B; 2DJQ A; 2PZ1 A; 4OMF B; 4OMN A; 4IUT A; 1WHH A; 4IUR A; 4HVV A; 2LJ0 A; 4CRI A; 3CCU T; 1OPK A; 3H41 A; 4E7S A; 1RAD B; 4Y28 E; 2F5T X; 4C5E A; 1Q86 U; 4FW1 A; 3REB B; 4Z89 A; 2FZC B; 1SSH A; 1D0Z A; 2BZ8 A; 4E7Z A; 4BE0 A; 1BIA A; 1UGR B; 3J80 E; 1OI1 A; 4OP0 A; 1TS9 A; 4F7U G; 3I9Q A; 5A0L A; 4F7U F; 2O4X A; 1XNI A; 1LOJ A; 4J8O A; 2HL3 A; 2CZ6 B; 5GMK j; 1TG0 A; 5GAN 4; 3CCM T; 2KE9 A; 1PM3 A; 2EJ9 A; 4KUL A; 1WHK A; 3HKS A; 4J6W A; 2H3J A; 1JJ2 S; 1H3H A; 4HXJ A; 4XTZ A; 4XTW A; 1K1Z A; 2DPP B; 3HFO A; 4AT1 B; 1R8O B; 4QQ6 A; 2QTX A; 4QW2 A; 3OS5 A; 4M7A F; 1B7T A; 3A98 A; 3CPW S; 2OAW A; 1M3B A; 1UFF A; 1VQ7 T; 1NJI R; 2KBT A; 1M2O A; 2GQV A; 3CCL A; 4QKU A; 3DLM A; 2RHI A; 5GAO m; 2ZAE A; 2J05 A; 2QQ9 A; 2WSE E; 5KE3 A; 3FRN A; 4XTX A; 3EAE A; 3M0R A; 2LMJ A; 3RUX A; 2X3W D; 4DA4 A; 1V1C A; 1YJN Q; 5LJ3 d; 3FDR A; 3VS5 A; 1YCY A; 4LUE A; 4B9W A; 4E7I A; 1YBY A; 3QJ6 A; 1TH7 A; 2CP2 A; 1M2V B; 1W2B S; 1K8A C; 2WSC E; 2ATC B; 2M0Y A; 4NOY A; 2D8H A; 4LDX A; 3SWN B; 5CKH A; 1AD5 A; 3P8H A; 3FJP A; 1VIF A; 3MPU B; 4GLK A; 3EH1 A; 2CZ0 B; 1GFC A; 3REA B; 3OYK A; 3QPH A; 2K57 A; 1U5S A; 2NUP B; 3JCM d; 3JRZ A; 2ZPB B; 1YJ9 T; 1G3Y A; 3MEV A; 3ULR B; 3L1A A; 2CS7 A; 3M0P A; 2A37 A; 1YIT A; 2HMA A; 1VQ8 Q; 1Q86 R; 1JU5 C; 7AT1 B; 1R0B G; 2LQ8 A; 4FSS A; 2IG0 A; 2LCL A; 4GBQ A; 1G3S A; 3LW5 E; 2K3Y A; 2LCS A; 3RR6 A; 1QVF S; 2OTL A; 3KXT A; 2EJF A; 1YJN T; 2MWP A; 2OX7 A; 2FYK A; 3CXC S; 3JSC A; 1IGU A; 3OW2 A; 2DL7 A; 2LX7 A; 1XJW B; 4F7U B; 1ZSG A; 2YDL A; 2YWW A; 3SWN C; 5CK9 A; 3JAM E; 3X20 B; 1OZ2 A; 4R56 A; 1M2V A; 1G83 A; 3SWN A; 4ORZ A; 1M3C A; 5GAN d; 2YXY A; 1MV3 A; 3M0Q A; 3GPL A; 4XU0 A; 1AWO A; 1NYF A; 2MMP A; 1ZUY A; 3LWH A; 3TEE A; 3EGU A; 1OOT A; 3VRY A; 2EKO A; 3A8L B; 1TOV A; 3UDC A; 2NUP A; 2P4R A; 1N8R C; 2OJ2 A; 2RH2 A; 4J9H A; 2ROL A; 3CPW P; 2CSI A; 1VQ8 T; 5IHK A; 4FL6 A; 1Q82 C; 3UT1 A; 2FHD A; 1M30 A; 2CT3 A; 2FVU A; 2GTJ A; 2DRK A; 4C5H A; 3QII A; 2LQK A; 1WJQ A; 2JT4 A; 3C12 A; 3RKX A; 2DYI A; 1ZHI A; 5LJ5 e; 3MO8 A; 4PL6 A; 5CIU A; 1VQL Q; 3OYG A; 1EX4 A; 1PSE A; 5DY9 A; 2QGF B; 2CYZ B; 4F7U A; 5FU7 B; 4BAC A; 2OI3 A; 3EHR A; 2SEM A; 2EYW A; 3KFV A; 2A36 A; 2HQX A; 4X9D A; 1W2B P; 3ZFJ A; 3CPW A; 3VS3 A; 4E7J A; 3QWX X; 2P0Q A; 2P0P A; 3G6E A; 3A8G B; 2A08 A; 4AFU C; 2EBP A; 3JCM X; 3CBM A; 3M4Y A; 4M4Z A; 2ZPI B; 4RCB A; 4M7A E; 3I56 A; 4C8Q G; 3OQ5 A; 2EAY A; 3E9G A; 4C8Q F; 3M57 A; 1QCN A; 2K4Y A; 3MKD A; 2Y4X A; 1UJY A; 1K8A R; 1U8R A; 2W10 A; 4ANJ A; 4BY6 C; 2E12 A; 2JVV A; 2YLB A; 5KE2 A; 2DD4 A; 5GAO r; 5LJ5 h; 1QLY A; 2X4X A; 2E5Q A; 2M0O A; 1QVF P; 1D0Y A; 2XK0 A; 3CXC P; 1QP2 A; 2KRS A; 5FU7 C; 5CKE A; 1VQL T; 3VS7 A; 3E2U A; 2DJZ A; 4M77 B; 1EIF A; 1QVP A; 4J5Y A; 1QVG S; 3THK A; 2DD5 A; 3TU4 K; 1QKW A; 5L8R E; 4XK8 E; 3PFS A; 2MF2 A; 4CC7 A; 8ATC B; 5GAO q; 1SRM A; 3NMZ C; 2FPF A; 2AKL A; 1TUC A; 3V8K A; 1UDL A; 1OPL A; 2XDD A; 3OMG A; 1FXX A; 1K73 U; 2LJ3 A; 1SPK A; 1QVF A; 4EMK B; 1AWX A; 3E9F A; 3VRZ A; 4JRK A; 4R0K A; 3CXC A; 4JDS A; 5L23 A; 1GBQ A; 1KJW A; 3HSB A; 4AG2 C; 3OYM A; 4N4G A; 2R58 A; 2K2M A; 2I2L A; 1W6X A; 2XU8 A; 1ZUK A; 5CVI A; 1GL5 A; 3OYH A; 5A0D A; 2RK1 A; 3MHX A; 5GJW B; 1N8R R; 2QAS A; 5FWB A; 5GAM e; 2DL8 A; 2FZK B; 3RKW A; 1WYX A; 4M7A D; 4OB2 B; 3L2R A; 2GF7 A; 2V26 A; 1Q82 R; 2JZ2 A; 2K5L A; 2E4H A; 1H3Z A; 5I2S A; 5I2M A; 5I11 A; 3TCJ A; 2R5M A; 3OS1 A; 1PKS A; 2Y4Y A; 5AT1 B; 2HSP A; 2RJE A; 5KCH A; 1ZBJ A; 2HL5 C; 1VQN A; 1WA7 A; 4M78 B; 5GAN 3; 1WHG A; 4HCZ A; 1G8X A; 2VV5 A; 5CQX A; 1Z9Q A; 4AMC A; 2BZY A; 2QA4 Q; 1KC8 C; 3L2W A; 3G4S T; 4C8Q B; 2RHU A; 2MOX A; 4HVW A; 2YRD A; 1YN8 A; 2JNG A; 4FT2 A; 1M1F A; 1UUE A; 2GTO A; 3ME9 A; 2RD1 A; 2VWF A; 4J9G A; 5IN1 A; 2RHZ A; 4DBF A; 1GBR A; 2F5K A; 4KT0 E; 1I8F A; 2QQA A; 3CC4 A; 1UB4 A; 1KQS A; 5GAM h; 5FRO A; 1M9S A; 2K79 A; 4FSX A; 5C0M A; 3V8L A; 1K9M U; 3V7S A; 3A1P A; 2OTJ A; 2ZGW A; 2RHY A; 1YIJ Q; 3RNJ A; 2EQK A; 5J26 A; 2RK2 A; 2ZCF B; 2RM4 A; 1KC8 U; 2DBK A; 3MET A; 2ROT A; 4N0A C; 1TTH B; 1QMC A; 1E6H A; 1QVG P; 3F70 A; 2DET A; 1OZ3 A; 2DL4 A; 2DEQ A; 3VU3 C; 1G5V A; 3UA7 A; 1SG5 A; 2L3Q A; 1D09 B; 1SSF A; 2CUD A; 2RQV A; 4C8Q C; 1QWF A; 4BE1 A; 4JUV A; 1KHC A; 1RAC B; 2GQI A; 2AZS A; 2D8J A; 1K4U S; 2RQT A; 1Y57 A; 4ZNX A; 4Y91 A; 1K9A A; 1WHJ A; 2KRM A; 4C8Q A; 3ZL7 C; 8AT1 B; 4Z02 A; 4ZN1 A; 3O8V A; 2JS0 A; 1ABQ A; 3SDZ A; 2K3X A; 2A3L A; 3HP9 A; 3VS2 A; 2HBW A; 1XTD A; 1BYM A; 2RJC A; 3EG1 A; 4E2F B; 4LD9 K; 1KQ2 A; 1VA7 A; 3A5Z B; 3H0I A; 1Q7Y C; 1VQP A; 1MV0 B; 4A53 A; 3A8M B; 1VQ4 A; 4E47 A; 2RA2 A; 4PKC C; 5D6W A; 1Q81 C; 3CCL T; 3NGP A; 2F69 A; 1VOM A; 2EIF A; 4D8K A; 1C0M A; 4HCB A; 2DO3 A; 2DIG A; 1D1B A; 3LX7 A; 2QTV A; 2JXB A; 2HKN A; 4J9I A; 3VJP A; 2KT8 A; 2HSE B; 2QQR A; 2RO0 A; 4PLI A; 1OX9 A; 1H92 A; 4DEX A; 4E6R A; 2O9V A; 2VC8 A; 2KEA A; 5LJ3 e; 1WXT A; 3GNG A; 2EGC A; 2XD0 A; 4LN2 A; 1WLP B; 3CCU Q; 3VV0 A; 4J7F A; 4PFO A; 4MZM A; 2E64 A; 1Q81 U; 2PQW A; 4F04 B; 1I5O B; 2Y90 A; 1K9M R; 2CP5 A; 2DXC A; 5GAO n; 3J7A F; 1RLP C; 1MND A; 2E70 A; 2ECZ A; 3QXE B; 1R77 A; 4AFS C; 4MDX A; 4MML A; 1KC8 R; 2KAF A; 4GLM A; 4BI8 B; 3OW2 S; 4PLL A; 3CCS A; 2JN0 A; 3QO3 A; 1IRX A; 2DXU A; 1YIT T; 4RG8 A; 2VGM A; 2L3S A; 4C0D B; 2RQU A; 2NYS A; 4C8Q D; 1BI0 A; 1PC0 A; 2I0N A; 2LP5 A; 2YLC A; 4ME7 A; 5LJ3 h; 3QG1 A; 1U1T A; 1WQW A; 2V1Q A; 4F16 A; 1F1B B; 3R6O A; 4WF2 A; 1N5Z A; 4ZGE B; 3FJ5 A; 1NBE B; 3CCQ A; 1MMA A; 5IXF A; 2LJ1 A; 3VYG A; 2EQM A; 4KH0 B; 2RI3 A; 4D6W A; 1C6V X; 2O2O A; 1FYN A; 3EFO B; 3O5Z A; 4L5G A; 4JRP A; 2KYB A; 1RAE B; 3S3N A; 1W1F A; 4ELZ C; 1NPR A; 2DM1 A; 3G71 A; 1IZ6 A; 2V1R A; 2KRN A; 2KRO A; 5CKD A; 4LD6 A; 4ESR A; 3MCA B; 4PJL A; 4LE9 A; 3PTA A; 4BB7 A; 1BI2 A; 4JS5 A; 4OVA A; 2ABL A; 2QAZ A; 2V8I A; 2CP7 A; 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1VYU A; 4J7I A; 4M77 G; 1VUB A; 2K9G A; 2HAX A; 4M77 F; 3EGX A; 2QDY B; 2EW3 A; 1ZSZ A; 2YSQ A; 5J3B A; 1AEY A; 1LVK A; 3CBO A; 4PJJ A; 1JEG A; 3CD6 A; 3OMC A; 1UTI A; 2CZ7 B; 2CH4 A; 2VGN A; 3VS4 A; 1SKU B; 2D9T A; 6AT1 B; 3CC4 Q; 4OMP A; 4M7D G; 3I55 T; 3EFR A; 3LLR A; 4C92 B; 2F2V A; 2K5I A; 4OML A; 2RQW A; 3CPF A; 3EGD A; 2CSQ A; 1VQ9 A; 3SFM A; 5FU6 B; 2OTJ Q; 3C4S A; 2HNI A; 3OYA A; 5LJ5 f; 4BE2 A; 5DLQ E; 1YI2 A; 3M0T A; 1B34 A; 5M9O A; 4II1 A; 1WPY A; 1TSF A; 2ZPH B; 3FIF A; 5LJ5 j; 2JTE A; 3GNF B; 2LZ6 B; 1D1A A; 1VQN T; 1KQS S; 1KQ1 A; 2PVG B; 1OX8 A; 4F7U E; 1PRL C; 3OYN A; 3N5B B; 5DM7 R; 1W70 A; 1FMW A; 4IUU A; 3DKM A; 5GAM g; 4ATO A; 2DZC A; 2C06 A; 1Y07 A; 3OYC A; 3JCM c; 3UF4 A; 2M9U A; 4M78 G; 4FM4 B; 3M5A A; 4M78 F; 3PIP A; 4A4K A; 3ER0 A; 1WHL A; 3CC4 T; 1WJS A; 2DK3 A; 4C92 C; 2VKN A; 1SF9 A; 2FO0 A; 4GY5 A; 5FU6 C; 1QQJ A; 4XTV A; 4C92 A; 3EFS A; 1FWZ A; 4OGC A; 4JZ3 A; 2OTJ T; 3Q1J A; 1XOV A; 1VQ4 Q; 2H3E B; 1BI3 A; 1MNE A; 3CCV A; 2J6F A; 2JS2 A; 1EFN A; 2CP3 A; 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