The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
17
|
| structure length |
95
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| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K8A R; 1YHQ Q; 1YIT Q; 3G6E Q; 1YJN Q; 1Q86 R; 3CME Q; 1VQ8 Q; 3G4S Q; 1M90 R; 3CCJ Q; 3CXC P; 1Q7Y R; 1VQ9 Q; 1VQ6 Q; 3G71 Q; 3CCR Q; 3CCQ Q; 3I55 Q; 1YJW Q; 1K73 R; 3CCE Q; 1M1K R; 1JJ2 P; 3I56 Q; 3CD6 Q; 3CC2 Q; 3CPW P; 1YI2 Q; 1VQN Q; 2QA4 Q; 1VQ5 Q; 3CMA Q; 1KC8 R; 1VQP Q; 1VQ7 Q; 1VQK Q; 2OTJ Q; 1N8R R; 3CCU Q; 3CCL Q; 1Q82 R; 3CCM Q; 1QVF P; 2OTL Q; 3CC4 Q; 3CCS Q; 1KD1 R; 1YIJ Q; 1VQ4 Q; 2QEX Q; 1VQO Q; 1W2B P; 1Q81 R; 1S72 Q; 1YJ9 Q; 1QVG P; 3OW2 P; 1KQS P; 3CC7 Q; 1VQM Q; 3CCV Q; 1K9M R; 1NJI R; 1VQL Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D8D A; 2NUZ A; 1JB0 E; 3LGF A; 2KRO A; 3I55 Q; 4ESR A; 4PJO A; 2HCK A; 4R0K A; 1X01 A; 1P92 A; 1WXU A; 2K2M A; 1YN8 A; 1TSF A; 2KGT A; 2V8K A; 1PWT A; 2EPD A; 1VQO A; 2DL4 A; 1CKA A; 1VIF A; 3VJP A; 4QKU A; 2XDB A; 1SPK A; 3QII A; 2LRQ A; 1BI2 A; 1D1C A; 3CCJ Q; 4JLG A; 1UB4 A; 5GAN 8; 3VV0 A; 1K73 R; 1VQ7 A; 1VYU A; 2YWW A; 3RBB B; 4NL3 A; 4R55 A; 2RQV A; 2LC4 A; 3CCM A; 2V8I A; 4M77 G; 1D09 B; 1JJ2 S; 5LJ5 e; 3GIB A; 2CP3 A; 4J9G A; 3OYE A; 2A0F B; 3LWI A; 2GQV A; 2L89 A; 2CH4 W; 3CCR T; 3EH1 A; 4ZTF A; 2K2V A; 3P8H A; 1G8X A; 4OMN A; 2PVG B; 1I07 A; 2B8A A; 3PT9 A; 3UA6 A; 2DZC A; 2ROT A; 3AT1 B; 2BTT A; 4C5H A; 3OB9 A; 1N5Z A; 2HEQ A; 3A98 A; 3QWY A; 1Y07 A; 2J6F A; 3EGX B; 3D7S B; 5GAN 2; 2EIF A; 2LMJ A; 2DD4 A; 1T0H A; 2X4W A; 5LJ3 e; 2ZAE A; 1VQ4 Q; 3JCM J; 1UFF A; 1C1A A; 1K8A C; 2IIM A; 3HRU A; 2M02 A; 2EQK A; 2DTH A; 3H0F A; 2FPE A; 2EYX A; 3NFC A; 3RKX A; 3JB9 J; 3MEV A; 5GAN e; 1S72 A; 4HVV A; 1FMK A; 2ZPB B; 3UA7 A; 3J7A F; 2RJF A; 2SEM A; 3O8V A; 3UT1 A; 3OYD A; 2L8D A; 4M75 B; 1M2V A; 3CPF A; 3L42 A; 2RHZ A; 1V1C A; 1RAI B; 2QA4 A; 5GMK j; 3OW2 S; 1YI2 T; 2HKN A; 3JCM Q; 2ZCF B; 1M1K R; 4ZNX A; 4BE2 A; 1I8F A; 5CR2 A; 1U06 A; 1ZSZ B; 2FEI A; 5IHI A; 5KYU B; 1QP2 A; 2YRC A; 3THK A; 3CCV A; 4M78 F; 4BY6 C; 2RB6 A; 2RD1 A; 2IPO B; 3E19 A; 4OGC A; 3OYF A; 4E7J A; 3JB9 F; 5DLQ E; 2J05 A; 3SDZ A; 4OMM A; 3RIR A; 3CC2 T; 1VQ6 Q; 4RTX A; 1N9R A; 3GLX A; 3CCE Q; 1JRI A; 5D6Y A; 2AT1 B; 1U3O A; 2X4J A; 4RG2 A; 4C92 D; 2LJ1 A; 1IHW A; 3G1J A; 1JO8 A; 2E5K A; 3CCQ A; 2DET A; 4JJB A; 3VRZ A; 3UF4 A; 3G4S Q; 8AT1 B; 2X4X A; 2DIG A; 1I5L A; 2O2O A; 2O9S A; 1GL5 A; 1PKT A; 4FU6 A; 2AZS A; 4FYV B; 4XTU A; 2RQU A; 5J26 A; 1BIA A; 2JNG A; 1JJ2 A; 4DBQ A; 1RAF B; 1TTH B; 1LJO A; 4C0D C; 2LCS A; 1YJW A; 2CRE A; 2X3X D; 4IUQ A; 1X27 A; 2ZPI B; 1PRM C; 2D8J A; 2DX1 A; 2LJ0 A; 2YSQ A; 2AHJ B; 4ELZ C; 5HKC A; 5IH2 A; 3RER A; 2OAW A; 2WSC E; 4D6W A; 3L2V A; 5KYY B; 2M1H A; 1W1F A; 1MNE A; 2PU9 B; 3GNF B; 5GJW B; 3DLL A; 3OW2 P; 4J9E A; 1YJN T; 1J3T A; 2RJD A; 1XOV A; 3IQL A; 1ZLM A; 2HMA A; 3H41 A; 4TVR A; 2YUP A; 2DD5 A; 1LPL A; 3CCR Q; 2WSF E; 1PD1 A; 4J9H A; 4FT4 A; 3CBO A; 4XTZ A; 2O4X B; 3QUI A; 4J83 A; 4FIB A; 1V76 A; 1BCO A; 1VA7 A; 1WYX A; 1X2Q A; 2QEX Q; 1KD1 C; 1VQL T; 2CZ6 B; 2AZV A; 5FRN A; 3M4G A; 3NMZ C; 1NLO C; 1Q86 U; 2YLC A; 3CXC P; 4L59 A; 4OB1 B; 2KT8 A; 1JXM A; 4C92 B; 5CO7 A; 3OW2 A; 4KRT A; 2FG0 A; 3CC7 A; 2LX7 A; 4BD3 A; 4HVW A; 3DB4 A; 1YIT A; 2XU8 A; 1TOV A; 1M4Z A; 2VGN A; 3F70 A; 4C92 E; 1U1S A; 3QHS A; 1YP5 A; 2O4X A; 4PK4 A; 3C4S A; 5LJ3 h; 1YI2 Q; 3RDV A; 2CP0 A; 2LQ8 A; 2M9U A; 3OSS C; 3CC4 A; 5CQY A; 2D1X A; 2G6F X; 4HCZ A; 1C6V X; 3H0I A; 3T9N A; 3M54 A; 4JZ4 A; 2WSE E; 4ZN1 A; 2V26 A; 3BDU A; 5HK3 A; 5GAN h; 2PVO B; 1FMV A; 2DIQ A; 1G3Y A; 2L3P A; 5KYW B; 1OEB A; 3QYG B; 2BZ8 A; 2YUQ A; 2A28 A; 3HHT B; 4MZT A; 1KJW A; 2KR3 A; 3VKI A; 3CC2 Q; 1GXI E; 2P84 A; 3DLM A; 2XID A; 1AZG B; 4PJM A; 3MPU B; 2D6F A; 2CZ7 B; 1NG2 A; 3G6E A; 2FZG B; 2FO0 A; 3RKY A; 3EFR A; 1YHQ T; 4M78 D; 1K8A R; 2DK3 A; 3ULR B; 5CCA A; 1KFZ A; 3JB9 D; 1TU0 B; 4C92 G; 3QXE B; 1JBM A; 4MZM A; 1FYN A; 2M0Y A; 2RK2 A; 5KYW A; 4NL2 A; 1VQM T; 4LN2 A; 4PLL A; 3G71 A; 3MP6 A; 2RJE A; 4RTU A; 3S3M A; 1VQ5 A; 2XKO C; 1MGQ A; 3CCU A; 2DBM A; 2BE9 B; 2OTJ T; 4FW1 A; 2KBT A; 4KBM B; 3CQT A; 4CC2 A; 3FC3 A; 2DRK A; 4X34 A; 1G83 A; 4FT2 A; 2HBW A; 4GLM A; 1WHJ A; 5CKE A; 4DOV A; 5I21 A; 1LOJ A; 2KAF A; 2DF6 A; 4FYY B; 1YJN Q; 2KXD A; 1QVF S; 1ZSG A; 1D0Y A; 4Z88 A; 1H8K A; 4LUD A; 2EKO A; 2QI2 A; 5HCK A; 1NZ9 A; 3RKW A; 2EQI A; 1B3Q A; 1VQ8 A; 1IXD A; 4XTY A; 2M16 A; 4GLK A; 1VQL Q; 3WVD B; 3VS5 A; 1VUB A; 5KCH A; 2A7Y A; 3CD6 T; 3I55 T; 4QVD A; 1QKW A; 1VQN T; 1R8O B; 4X1V A; 5LJ5 j; 1B34 A; 4HCK A; 3OYM A; 4M78 B; 1MND A; 1H3Z A; 2HL3 A; 1WGS A; 3NTI A; 2X9H A; 1Q95 G; 1UGP B; 4JRQ A; 1OYX A; 4XTW A; 3M59 A; 2MWP A; 3OQ5 A; 4MDW A; 4ZGE B; 3CCJ T; 4N4I A; 4M78 E; 4J6Y A; 4E7H A; 2DVE A; 1WDX A; 3EFO A; 2HNI A; 1H92 A; 5CK9 A; 1G3S A; 1KC8 R; 4EPC A; 5KH6 A; 3X26 B; 4CC4 B; 2PQW A; 3CCS T; 5LJ3 j; 2COY A; 1U5S A; 2EVR A; 2QQA A; 2VB6 A; 5L8R E; 2DBK A; 2F5T X; 2DLP A; 4DBH A; 5GAN j; 2DRM A; 1SSH A; 4KUD K; 2VKN A; 1ACM B; 2DL5 A; 2CUD A; 3H9N A; 4F7U A; 4JPB W; 4M7A B; 5IXB A; 3LYI A; 3S6W A; 1UHF A; 4XU0 A; 1Q82 R; 3ZEH A; 3EHR A; 1KD1 R; 5KYX A; 1QVF P; 1OU8 A; 1TH7 A; 2FVU A; 1YHQ Q; 1ABQ A; 2DTO A; 3JB9 H; 4M7D A; 4JS5 A; 3OSV A; 1S1N A; 1OPL A; 2JMA A; 2X4Y A; 4LDX A; 4M78 G; 3EG0 A; 4EMK A; 5C0M A; 3JB9 G; 2K5F A; 2QG9 B; 3TEE A; 1I5O B; 4ZN3 A; 3SHW A; 1BK2 A; 2Z0W A; 4E47 A; 4LDU A; 4ATO A; 3M57 A; 1ZA2 B; 3R6O A; 4XK8 E; 1VQM Q; 3NTK A; 3I56 A; 3RNJ A; 5FW9 A; 3VS7 A; 4C8Q A; 1KQS S; 1AWX A; 5GAO m; 1Y96 B; 2YT6 A; 2FB7 A; 1QVF A; 1AWO A; 1OX9 A; 2YHT A; 1QKX A; 2OTJ Q; 4M77 B; 2EWN A; 3QG1 A; 1RI0 A; 4OP0 A; 3CBP A; 4JJC A; 2D0N A; 2OTL T; 4KUI A; 2NUP A; 3UDC A; 3UPU A; 3G7Z A; 1VQ6 T; 2NLU A; 4CRI A; 3L2W A; 3CCE T; 2GFU A; 2RPN A; 3OS1 A; 2GCX A; 1Y7X A; 1VQK A; 2LP5 A; 3CMA T; 2RM4 A; 3M56 A; 3M0Q A; 4RG8 A; 4II1 A; 1I1J A; 3SB2 A; 3NHN A; 4R56 A; 3OYB A; 2HD0 A; 1QMC A; 3V7R A; 2VUB A; 1YFN A; 4J6W A; 3G4S T; 2LDM A; 1EZZ B; 3FIF A; 3EGD A; 1SHF A; 4F16 A; 3CD6 Q; 1T0J A; 1I81 A; 2LT4 A; 2COZ A; 3QPH A; 1VQN Q; 3BE3 A; 1PRL C; 2JMC A; 5IAY A; 1YIJ A; 4C5G A; 1UGV A; 4M4Z A; 2V8J A; 3MHX A; 5LJ3 f; 1YJ9 T; 2C06 A; 5FU7 C; 3L2Q A; 4MZP A; 2XDD A; 2O31 A; 4E6R A; 1VYV A; 3I5R A; 2ZPE B; 4PL6 A; 1K8A U; 3HTR A; 1AVZ C; 2P4R A; 1D1A A; 1WJR A; 4AG2 C; 5I2M A; 1MV3 A; 1C0M A; 5GAN f; 4DBR A; 3LLR A; 3REB B; 5I11 A; 4KGV B; 3CCS Q; 3URG A; 4QW2 A; 1KQS P; 5GMK l; 2NUT B; 4C0D B; 3SFM A; 1VOM A; 2RO0 A; 1AOJ A; 2P0K A; 4KH0 B; 3QO3 A; 4XU1 A; 4EIK A; 4C0G A; 2MCN A; 1TUC A; 2DYB A; 3PVQ A; 4DQ2 A; 4A53 A; 4O6J A; 2DVJ A; 2V1Q A; 4C8Q C; 2K7A A; 1GCP A; 3PFS A; 5CAI A; 2HQH A; 2ZGW A; 1SF9 A; 4WF2 A; 2XD0 A; 4HKE A; 2EFI A; 3RMQ A; 2QEX T; 3L2Z A; 1VQ9 A; 2C0O A; 1CSK A; 3CC2 A; 5GAN 5; 1NBE B; 4PJL A; 4LXC A; 2KK4 A; 1QLY A; 4LDY A; 5M9O A; 2KY9 A; 1KQS A; 2KRM A; 9ATC B; 4PNO A; 3MJX A; 2K4Y A; 3EG1 A; 1VQO T; 4XU2 A; 2GTJ A; 1MUZ A; 4QVC A; 1UG1 A; 4EMH A; 3CBM A; 4QQ6 A; 3FEO A; 4LE9 A; 3EAE A; 2V1R A; 1MMG A; 2GQI A; 2EAY A; 2W10 A; 4J9D A; 1UEC A; 3RR6 A; 4DOW A; 1VQ7 T; 1QP3 A; 3CCL A; 4JUV A; 3EGX A; 1D1B A; 3A8H B; 1ZUU A; 1E7O A; 2K79 A; 4N4G A; 3CCM T; 2ESW A; 3C94 A; 4PJO C; 1UGR B; 1X43 A; 2Y90 A; 4DA4 A; 2MF2 A; 2OTL Q; 3JCM W; 3JCM c; 4A4E A; 2CUB A; 1LNX A; 2CZ1 B; 2VWF A; 1VQP A; 1JJ2 P; 2KNB B; 4OB2 B; 3VYG A; 2AKK A; 2QTX A; 1NPP A; 3CMA Q; 1KC8 U; 4E7K A; 2DL3 A; 4M75 A; 2JTM A; 4NOY A; 4FYW B; 2MWO A; 2YUN A; 4F7U F; 2QDL A; 1JXO A; 1I0C A; 1BIB A; 1ZSZ A; 1I4K 1; 5KYU A; 2QAS A; 1M3A A; 3RES A; 3H0H A; 2F2X A; 3PGG A; 3VUB A; 1QVP A; 4BAC A; 2P4T A; 1XJW B; 1VQL A; 3LGL A; 1PG5 B; 1Q82 U; 2XK0 A; 3A8M B; 1KD1 U; 1RAD B; 3KFV A; 4LNP A; 1YJ9 Q; 2FZC B; 2M0O A; 1G3T A; 1G3W A; 3GPL A; 1EIF A; 3TSW A; 1SSF A; 2HBP A; 1ZX6 A; 5D6X A; 2E10 A; 1M3B A; 5FRM A; 2K3Y A; 1YBY A; 2RI5 A; 2JS2 A; 3QYH B; 2EGE A; 1N27 A; 2P0Q A; 2YRV A; 4IKF A; 4ELY C; 5D6W A; 1RAC B; 2D8H A; 1KC8 C; 4C8Q F; 3KXT A; 2VGM A; 4FYX B; 4BI4 A; 4RTW A; 4X9C A; 4XTV A; 3ME9 A; 2KMT A; 2Y4Y A; 6AT1 B; 3HL8 A; 5DLO A; 2BZX A; 2J06 A; 1BI0 A; 4Z8A A; 3FB9 A; 1OX8 A; 1FWZ A; 3REA B; 1JU5 C; 3JB9 I; 2DL7 A; 1PHT A; 2FPD A; 4C5E A; 3NPF A; 3EG3 A; 1VIE A; 5J3B A; 1Q82 C; 3CME A; 1RAG B; 2JM8 A; 5GAN 6; 2BE7 D; 4P5N A; 5FU6 B; 1M1G A; 3CCQ T; 3OMC A; 5GAN 3; 2MAM A; 3OS2 A; 3O5Z A; 2FZK B; 2LT1 A; 4DEY A; 5CIU A; 3MO8 A; 4J5Y A; 5FRO A; 3HPW A; 3V7S A; 1TWB A; 3FJ5 A; 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1OZ2 A; 4JRP A; 3OYY A; 3SWN B; 1IGU A; 1OOT A; 1QWF A; 3PMT A; 1YWO A; 3CCJ A; 1OZ3 A; 3CCV Q; 2XHC A; 1EX4 A; 4JJN K; 2HKQ B; 1B07 A; 2DEU A; 2PZ1 A; 1R0C B; 4JZ3 A; 4C0Z A; 3GNG A; 1PD0 A; 2DYI A; 4KT0 E; 4FL6 A; 3OYH A; 3CEY A; 2X35 A; 4C8Q D; 2F2W A; 3VS1 A; 2QK0 A; 3MP1 A; 5LJ5 g; 1PKS A; 3E9F A; 2YRD A; 3GF5 A; 4M75 F; 2QQS A; 2KRS A; 3V8L A; 4BI3 A; 2KI7 A; 2LCC A; 2PUK B; 3CCQ Q; 1RAH B; 1RI9 A; 1BB9 A; 4WCI A; 2RA2 A; 3JCM P; 2CS7 A; 1UTI A; 1N8R U; 3INZ A; 4OMF B; 1VQ4 A; 5CKB A; 4E7Z A; 2DXT A; 4QQG A; 4AFQ C; 2KXC A; 3JCM d; 2BZY A; 1XTD A; 3M0T A; 2EBP A; 2XMF A; 3G71 T; 2E12 A; 1K9A A; 2X51 A; 4BI8 B; 1M30 A; 1YJW Q; 2O88 A; 1B7T A; 1VQ5 T; 1HJD A; 2E70 A; 3M58 A; 4AFZ C; 1YWP A; 2EQJ A; 4MML A; 2OJ2 A; 3CCU T; 2H3J A; 4Z89 A; 2DNU A; 3TSZ A; 3EHQ A; 5FU7 B; 4OGE A; 1ZHI A; 1TUD A; 4JS4 A; 2GTO A; 3KBG A; 2KQW A; 4PJO D; 3JCM V; 1Q7Y U; 1OI1 A; 4M78 A; 4F7U E; 2KYM A; 3L1A A; 3WVE B; 1IO6 A; 2XDP A; 3HRT A; 2OTL A; 3UWN A; 1N8R C; 3A5Z B; 2VV5 A; 1Q81 R; 1UDL A; 1AWJ A; 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