The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| T | PF00467 | KOW | KOW motif |
| T | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQK A; 3CPW S; 1YIJ A; 2G3R A; 1X6O A; 3DB3 A; 3ER0 A; 3CCS T; 2QA4 A; 1YIT A; 3CCE T; 3CPW A; 1VQ6 T; 1VQ9 T; 1SSF A; 3JAM E; 3CCR T; 3CCU T; 1YJN A; 5J3B A; 1N8R U; 1M90 U; 2E6Z A; 1EIF A; 2MWP A; 1NPP A; 1NZ9 A; 3LH0 A; 3CCS A; 1K73 C; 1XNI A; 1KQS S; 3G6E T; 2JVV A; 3CCR A; 3CCU A; 1KQS A; 3TRE A; 4X34 A; 1UEB A; 2KVQ G; 1VQ7 T; 1VQ8 T; 4ZN3 A; 1VQN T; 3DB4 A; 1Q82 C; 1KC8 C; 3LGL A; 1K8A U; 3CD6 A; 1YIT T; 1VQ7 A; 4YTL A; 2MWO A; 2L3R A; 2LVM A; 2XHC A; 5J26 A; 1VQ8 A; 1YJN T; 1VQN A; 2IG0 A; 1VQL A; 5DM7 R; 1Q7Y C; 1W2B S; 3CC7 T; 1K73 U; 1W2B A; 1NPR A; 3I55 A; 2OTL A; 5FLX E; 1QVF S; 5LL6 S; 3CC7 A; 5A2Q E; 3PIO A; 1Q81 U; 3CD6 T; 1QVF A; 3CC4 T; 1JJ2 S; 1Q82 U; 1KD1 C; 1YJW A; 1VQ5 T; 1JJ2 A; 1NJI C; 2DO3 A; 1VQL T; 1YBY A; 3A5Z B; 5IAY A; 1VQ4 T; 2OTJ T; 3CC4 A; 3CME A; 4RG2 A; 1VQ5 A; 4TVR A; 3CMA A; 1Q86 C; 2OTJ A; 1VQ4 A; 3I55 T; 3CPF A; 2JUF A; 3CCQ A; 3CXC S; 3G71 A; 2OTL T; 1N8R C; 2JOY A; 3CXC A; 2QEX A; 2LCL A; 3CC2 T; 1YI2 A; 1YJW T; 2LQ8 A; 1S72 T; 4CRI A; 3J81 E; 1NJI U; 1VQO T; 2E70 A; 3CME T; 3CC2 A; 1YHQ T; 1KC8 U; 1K9M C; 1K8A C; 1S72 A; 3CMA T; 3I56 T; 3CCV T; 3DLL A; 1M1K C; 3CCJ T; 3CCQ T; 1VQO A; 3G71 T; 2JNG A; 1Q86 U; 1YHQ A; 3KBG A; 1VQP T; 1YJ9 A; 2QEX T; 3I56 A; 3CCV A; 3CCJ A; 2KDS A; 3CCL A; 1VQM T; 1YI2 T; 1Q7Y U; 1BKB A; 1XTD A; 4ZN1 A; 1M90 C; 5HY6 A; 3CCE A; 1KHI A; 3P8B B; 1VQP A; 1VQ9 A; 1VQ6 A; 3J7A F; 1RL2 A; 3LGF A; 2CKK A; 2MI6 A; 3OYY A; 3G4S T; 1IZ6 A; 1VQM A; 3CCM T; 5IT9 E; 1M1G A; 1Q81 C; 3OW2 S; 3G6E A; 1KD1 U; 1QVG S; 3J80 E; 1K9M U; 3OW2 A; 1VQK T; 2EIF A; 4QQD A; 1YIJ T; 1QVG A; 3G4S A; 1M1K U; 2QA4 T; 3CCM A; 1YJ9 T; 3HKS A; 5DLQ E; 3CCL T; 3PIP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UEC A; 2QXF A; 1YNZ A; 5I2M A; 4LUE A; 3LWH A; 4PJJ A; 1KQS P; 1VQ9 T; 3HRT A; 1IHV A; 3A98 A; 5J3B A; 1DJ7 B; 2LJ1 A; 2MOX A; 1SPK A; 2QQ9 A; 4JJN K; 4FL6 A; 3C94 A; 2RJC A; 1M5Q 1; 3CD6 A; 5GMK l; 4A53 A; 4DOW A; 3KUF A; 3ME9 A; 4KT0 E; 3HRU A; 2AZS A; 2EYW A; 2GNC A; 2O9V A; 3A8G B; 8AT1 B; 3I55 A; 4M7A F; 2RD1 A; 3H41 A; 2EBP A; 5HK0 A; 3ZEH A; 3CC4 T; 1PHT A; 2GCX A; 3HSB A; 3BDU A; 1YJN Q; 4F7U F; 1JJ2 A; 1UFF A; 1N9S A; 2VC8 A; 1QP3 A; 2OAU A; 3A8O B; 3TU4 K; 3LLR A; 3TCJ A; 3OMG A; 5IXF A; 1ZA2 B; 2LCC A; 2NYS A; 1OPL A; 4PJL A; 2CP7 A; 4RCB A; 2JS0 A; 3PFS A; 4N0A C; 4PJO E; 1NBE B; 4FW1 A; 4M78 C; 2NLU A; 2CRE A; 2XDB A; 4ANJ A; 3CC2 A; 3X20 B; 1K8A C; 2C0O A; 1BI2 A; 1PM3 A; 3CXC P; 1V76 A; 5HCK A; 2GFU A; 3A8H B; 4F7U G; 1WA7 A; 3I56 A; 4RTW A; 3CCJ A; 3M4G A; 1NE8 A; 3L2Z A; 2XU8 A; 3P8B B; 1PKS A; 3IQL A; 4J8O A; 2CZ6 B; 2V8I A; 1BI0 A; 2H3E B; 4AT1 B; 3OYE A; 2FZK B; 3ASK A; 4IKF A; 2Y4X A; 1YIJ A; 2KT1 A; 2CUD A; 1SSF A; 3CCR T; 1UUE A; 2MWP A; 5FW9 A; 1XNI A; 2LQW A; 1ZUK A; 1FMW A; 4E7H A; 4KUI A; 3A8M B; 1AWO A; 2L3Q A; 4QVD A; 1U5S A; 2O88 A; 1UGS B; 2A0F B; 1GFC A; 4JS5 A; 2EQU A; 3MEV A; 1Q82 C; 1B3Q A; 1YIT T; 3FJP A; 2LVM A; 3WVD B; 3I35 A; 4HVW A; 4M75 D; 1PWT A; 4XU2 A; 2DE0 X; 3FRN A; 5KYW A; 1PC0 A; 1WQW A; 3SB2 A; 2DTO A; 1VQ7 Q; 4J7F A; 2OTL A; 2KRO A; 3FJ5 A; 3BFM A; 1KK7 A; 2RHI A; 3VRZ A; 2JS2 A; 5GAO r; 4F16 A; 1YJW A; 4QQ6 A; 3L2R A; 2PTK A; 3UDC A; 3ZBD A; 1X01 A; 2P0K A; 4F04 B; 1LCK A; 3JCM c; 5ECA A; 5GAN 5; 2KR3 A; 2A28 A; 2VGN A; 5CO7 A; 1H64 1; 3V7R A; 2DPP B; 2AZV A; 2DL8 A; 3M0T A; 4LDY A; 1JXM A; 1GL5 A; 3CMA T; 2Z0W A; 1RAC B; 1PRM C; 3QKJ A; 4M7A C; 3KBG A; 2EQI A; 4OML A; 1QW1 A; 4Z02 A; 4MZM A; 2ENM A; 3BY7 A; 2LZ6 B; 3CEY A; 4FYX B; 2M9U A; 3CBM A; 2CP6 A; 4FM4 B; 3QBY A; 2YHT A; 2FPE A; 5LJ3 d; 4ME7 A; 4J83 A; 3MKD A; 1UJ0 A; 1X69 A; 3OYG A; 2JTM A; 2EVR A; 2JXB A; 4DBH A; 1RAF B; 3HPW A; 5GAN d; 3BW1 A; 1WJR A; 1Z9Q A; 4OB0 B; 1SSH A; 2KMT A; 3M55 A; 2ESW A; 3JCM b; 2CGH A; 3TRE A; 4X34 A; 2JTE A; 4CI0 C; 3OYL A; 2HL5 C; 2GFA A; 4LDX A; 1BBZ A; 9ATC B; 3CPW P; 2X35 A; 3PTA A; 2EGE A; 1SEM A; 2H8H A; 3C95 A; 4PK4 A; 4NL3 A; 2HQX A; 1C6V X; 2DF6 A; 3CBP A; 3H0H A; 1HD3 A; 2MAM A; 5DM7 R; 1Q7Y C; 1GFD A; 3C4S A; 2LT4 A; 4XAX B; 5GAO n; 1JO8 A; 2DMO A; 2C06 A; 1Q82 U; 2QGG A; 2BIV A; 4FCY A; 1NJI C; 4M7D C; 2X9H A; 3I5R A; 5GAM d; 4PFZ A; 1R77 A; 3CCS Q; 3JB9 F; 3M57 A; 2DL3 A; 5FRM A; 3SWN C; 4RTU A; 4FYW B; 1E7O A; 1K73 R; 2JN0 A; 3CXC S; 4A4F A; 3JRZ A; 2LNH B; 1Y57 A; 3MEA A; 1XQH A; 3CC2 T; 1UGP B; 4N4I A; 4C0D B; 1YI2 A; 1VQ8 Q; 3SDZ A; 5KYY B; 2I2L A; 1WZO A; 5KYY A; 2IIM A; 3F70 A; 2GQV A; 3KXT A; 3R6N A; 3OMC A; 3I56 T; 2CYZ B; 3CCJ T; 1W1F A; 2KQW A; 1VQO A; 2B8A A; 2JNG A; 4B6M A; 4J6X A; 5CQX A; 1YP5 A; 4A4K A; 4XK8 E; 4M77 B; 3M0R A; 4M77 A; 3M56 A; 1QMC A; 2P0Q A; 3OYM A; 1BI3 A; 2J6K A; 3RMS A; 1VA7 A; 5CKH A; 1IZ6 A; 1VQM A; 5HK3 A; 4FYY B; 2HKQ B; 2DK3 A; 5AT1 B; 1YIJ T; 1BYM A; 1J3T A; 3I9Q A; 1CKB A; 1T0H A; 3EGX B; 3HRS A; 3EGX A; 5LJ3 g; 3PIP A; 3VYH B; 4JLG A; 1AOJ A; 3KFV A; 1WXB A; 2DFU A; 4C92 B; 2MK5 A; 2DJZ A; 3TEE A; 4C92 A; 2HSE B; 4CC7 A; 3GNG A; 4J6Y A; 3E2U A; 2HQH A; 4LDU A; 4OMF B; 5FU6 B; 3HFO A; 4CC2 A; 3S3O A; 5D6Y A; 1YJ9 Q; 3EH2 A; 3CCL Q; 4QT7 A; 3PE0 A; 4XTX A; 1VQ9 Q; 2EKH A; 7AT1 B; 2XHC A; 3D7S B; 1RI0 A; 3C0C A; 4BY6 C; 3VU3 C; 5GAO m; 3VS4 A; 1WHJ A; 4HT8 A; 4IUP A; 5CK9 A; 1X43 A; 1KQ1 A; 5CAI A; 3E19 A; 4M4Z A; 1QVF A; 2DYB A; 3LW5 E; 1H8K A; 2JW4 A; 3OBY A; 3TVT A; 3L1A A; 4PJO D; 2LNV A; 2X3W D; 1M1F A; 2FB7 A; 3EG9 B; 3EG9 A; 2HDA A; 2AKL A; 3EFO B; 3CC4 Q; 3MP8 A; 2B86 A; 4A54 A; 2DET A; 4B9X A; 3A1P A; 2XG8 D; 2MF2 A; 1NJI U; 1XJW B; 2QQS A; 5CKE A; 3OYB A; 5A0L A; 2DXB A; 2BTT A; 1OZ2 A; 3MEW A; 2QEX T; 4M78 B; 3GP8 A; 1I4K 1; 4M78 A; 2LCS A; 1BKB A; 2HAX A; 5GAN 7; 1N9R A; 1BK2 A; 3AT1 B; 5L23 A; 2L89 A; 4J9C A; 1G3T A; 2MI6 A; 3M0S A; 3OW2 S; 4C8Q A; 2QAZ A; 4PNO A; 3E9G A; 1QVG A; 3VKI A; 1W4S A; 2K57 A; 3OB9 A; 1TU0 B; 3S6W A; 3CPW S; 5GJW B; 1GXI E; 1AZE A; 3CCE T; 3OYI A; 2KSS A; 2O4X A; 2J06 A; 4J9D A; 4BI3 A; 2EYX A; 2EW3 A; 1H3H A; 1WYX A; 4X9C A; 2ZGW A; 2PVO B; 1KC8 C; 2CZ0 B; 3CBO A; 3H9N A; 1MGQ A; 2JTF A; 2CT3 A; 3OQ5 A; 4D6W A; 4E7L A; 1C1A A; 5EC7 A; 4J9E A; 4HXJ A; 4C0G A; 1OV3 A; 1MV3 A; 1YIT Q; 1M8V A; 2MMP A; 3QHS A; 4JRI A; 5CIU A; 3A5Z B; 2F2V A; 1G83 A; 2RJD A; 1MHN A; 1ACM B; 2EGA A; 2KK4 A; 3S3M A; 2QTV A; 2OTJ A; 1VQ4 A; 3CCQ A; 3JB9 H; 3NHN A; 2CP0 A; 3HTR A; 3QUI A; 1ZSZ C; 1D1B A; 4BE0 A; 1VQO T; 2E70 A; 3CME T; 3REA B; 5IN1 A; 4CC3 A; 3X24 B; 2D6F A; 1O75 A; 1IHW A; 1M3C A; 3P8H A; 1XOV A; 2VXE A; 4JS4 A; 1VQM T; 2D0N A; 3VS3 A; 1XTD A; 1BU1 A; 1YCY A; 1VQ6 A; 3JSC A; 1KD1 R; 2R57 A; 4NS5 A; 4M7A B; 4EMK C; 1UE9 A; 3CMA Q; 4FT4 A; 4J6W A; 4M7A A; 4J9G A; 3G6E A; 3L2W A; 1I1J A; 4GLM A; 4JLI A; 4L6V 5; 2W10 A; 4F7U B; 5DLQ E; 2KXD A; 3RKX A; 4F7U A; 1N8R R; 2HBW A; 4BAC A; 3URG A; 2AT1 B; 2MIO A; 2PUK B; 2RQW A; 3LH0 A; 1VUB A; 3TSZ A; 2YSQ A; 3CCU A; 3GOX A; 1UEB A; 5I11 A; 4XU0 A; 1RAA B; 2OX7 A; 2RHU A; 1OU8 A; 4YTL A; 1VQL A; 1TOV A; 1M2O A; 2EJG A; 1W2B S; 1ABQ A; 2RMO A; 1BIA A; 2KE9 A; 2LJ3 A; 1LNX A; 5LL6 S; 5A2Q E; 1QLY A; 4LDW A; 2BZY A; 2RM4 A; 3V8K A; 4J9F A; 3NMZ C; 2CSI A; 2EPD A; 4KGV B; 2EAY A; 1OEB A; 2ZPG B; 2LC4 A; 3JCM W; 3HFN A; 1VQ5 A; 1HYO A; 1B34 B; 1B34 A; 4KBM B; 1PG5 B; 2DXC A; 1JQQ A; 2RJF A; 4MMK A; 4RTY A; 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5IHI A; 2LQ8 A; 2ZPH B; 4C8Q D; 1Q82 R; 3OYC A; 3JCM X; 4OMO A; 1FMK A; 3J81 E; 2KBT A; 3QDF A; 3VS6 A; 2RF0 A; 3VUZ A; 2BE7 D; 2E4H A; 4OMP A; 2JM8 A; 1YWP A; 1OX9 A; 2NUP B; 4HKE A; 4GBQ A; 1RAD B; 1YWO A; 3G71 T; 2ZAE A; 3U23 A; 1EZZ B; 2DNU A; 4LD6 A; 4WCI A; 1V29 B; 4ZTF A; 3EH1 A; 2KAF A; 1M90 C; 4Y28 E; 4LUD A; 1QVG P; 3MEU A; 4BE1 A; 2RQV A; 3PVQ A; 4GY5 A; 1WPY A; 1Q81 C; 2CUB A; 5A0D A; 1V1C A; 1PSE A; 4PJO F; 1NLO C; 5FRO A; 4PFP A; 2QEX Q; 4OB1 B; 2YLC A; 4X1V A; 1SRL A; 1PSF A; 5GAN 6; 2E65 A; 3ER0 A; 2QA4 A; 2F2W A; 5GAN 8; 5GAN 4; 2ZPE B; 3CCU T; 2DVE A; 3RMQ A; 4N4G A; 1X6G A; 1KQS S; 2X3X D; 1WHH A; 3ZL7 C; 2RK1 A; 4C5E A; 2YUP A; 1AWJ A; 1K8A U; 4C5H A; 1WX6 A; 3UAT A; 3CCE Q; 5FU7 C; 1ZSG A; 4ZGD B; 2O01 E; 4XU3 A; 1G3Y A; 1YCS B; 2IG0 A; 1OU9 A; 1FWZ A; 4PJO G; 1IRX A; 2ZCF B; 3M0P A; 1OZ3 A; 5CR2 A; 4BI4 A; 1RI9 A; 1WHL A; 5IXB A; 5FLX E; 1GBQ A; 1WIE A; 3PIO A; 3CD6 T; 4IUR A; 4UC4 A; 4OP0 A; 1VQ5 T; 3QXE B; 2BKD N; 1X2Q A; 2DO3 A; 1R0B G; 4BD3 A; 3QYG B; 2DIQ A; 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