The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
91
|
structure length |
91
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Chain Sequence |
GSSGSSGLSNGQGSRVLHVVQTLYPFSSVTEEELNFEKGETMEVIEKPENDPEWWKCKNARGQVGLVPKNYVVVLSDGPALHPAHSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of the human cytoplasmic protein NCK2
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Cytoplasmic protein NCK2
|
| total genus |
7
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KYM A; 2RN8 A; 1TUC A; 1J3T A; 1GBQ A; 1HD3 A; 1I0C A; 4RUG A; 2CRE A; 1RLP C; 1H92 A; 4F16 A; 1K0S A; 3H0H A; 4CC7 A; 1GCQ A; 1MV3 A; 2K7A A; 1T3S A; 1JU5 C; 1X27 A; 4JZ3 A; 4ZNX A; 1WX6 A; 2KBT A; 2YUQ A; 3VS1 A; 3R6N A; 2KE9 A; 3NHN A; 2L3S A; 1JQQ A; 4HXJ A; 2DL7 A; 2EGC A; 3GBQ A; 1ZBJ A; 2EYZ A; 2LQN A; 2EGE A; 4F17 A; 2H8H A; 2IIM A; 4D8D A; 2JM8 A; 2AZV A; 2F2X A; 2ESW A; 1RUW A; 2K6D A; 2EKH A; 2RQW A; 2A36 A; 4AFQ C; 2DF6 A; 1TG0 A; 1EFN A; 2DIL A; 1OPK A; 5I11 A; 4HVW A; 1E6H A; 3M0S A; 1PRL C; 2DLP A; 2GTJ A; 3PVL A; 3I35 A; 2D8J A; 1UE9 A; 1ZUU A; 2RNA A; 2L2P A; 4E6R A; 2EYW A; 2YDL A; 4JJD A; 5IHN A; 1E7O A; 2VWF A; 2LMJ A; 1FYN A; 1I07 A; 4M4Z A; 1JXO A; 1Y0M A; 1SRM A; 2CH4 W; 4OMQ A; 1W70 A; 2W0Z A; 1Z9Z A; 1PNJ A; 2C0I A; 2LQW A; 2RF0 A; 3VS0 A; 1ZUK A; 5EC7 A; 4IIM A; 2OI3 A; 4AG2 C; 2CDT A; 2DJQ A; 4JPB W; 2DL3 A; 2EGA A; 2BZY A; 2KRO A; 1PHT A; 1VA7 A; 2L3Q A; 2NUZ A; 3SHW A; 4J9B A; 4D8K A; 1QKW A; 4HCK A; 3M0P A; 2D8H A; 1GRI A; 1KSW A; 3VRY A; 1SHF A; 2K2M A; 1WXU A; 2DRM A; 1G2B A; 1NG2 A; 4RTX A; 2JMA A; 4QT7 A; 1U06 A; 2VVK A; 3IQL A; 4CC3 A; 2ROT A; 4AFU C; 2AK5 A; 1YP5 A; 3PE0 A; 3VS4 A; 1ZUY A; 3A98 A; 2YSQ A; 3NPF A; 1KJW A; 1N5Z A; 2J6O A; 3RNJ A; 3REB B; 1K4U S; 4LN2 A; 2OAW A; 2GBQ A; 1RI9 A; 1JO8 A; 1AZG B; 2JMC A; 2HSP A; 2KEA A; 2JXB A; 2FRW A; 3VS2 A; 2J6K A; 2L3P A; 2YT6 A; 1AOJ A; 1IO6 A; 1UTI A; 1WI7 A; 2V1R A; 2GTO A; 4RTW A; 1K0X A; 1JEG A; 1WLP B; 2MIO A; 5I22 A; 3EG3 A; 1AWX A; 4JZ4 A; 1AWW A; 2DBK A; 3I5S A; 1X69 A; 3C0C A; 2LNH B; 2PNI A; 2DL4 A; 3JV3 A; 3VRZ A; 2EYX A; 4Y92 A; 2A08 A; 3NMZ C; 2LJ3 A; 2EQI A; 2KRM A; 1LCK A; 1GFC A; 1K76 A; 2HEQ A; 2KGT A; 3EHQ A; 1PKT A; 4R0K A; 5IXB A; 2EBP A; 1XOV A; 4A63 B; 2XMF A; 4LNP A; 4HVV A; 1AWJ A; 2LP5 A; 2HBW A; 2B86 A; 4ESR A; 4RTT A; 1PKS A; 1UJ0 A; 3QWX X; 4OMM A; 1HJD A; 1OOT A; 1QLY A; 1SRL A; 3TSZ A; 3PVQ A; 2FG0 A; 4AFZ C; 1WFW A; 1T3L A; 1H8K A; 2KXD A; 2BZX A; 1UFF A; 4OMN A; 4DEY A; 4OML A; 1V1C A; 2DVJ A; 1M27 C; 1NEB A; 4J9G A; 3REA B; 3QWY A; 2DNU A; 2YUO A; 1ZX6 A; 2FO0 A; 1CSK A; 2JM9 A; 2M51 A; 4RTY A; 3UAT A; 4EIK A; 2O9V A; 5L23 A; 2D0N A; 2O88 A; 2AZS A; 1K9A A; 3O5Z A; 1YWP A; 5FW9 A; 2CSQ A; 4IIO A; 1GBR A; 3EHR A; 1A0N B; 1AWO A; 1GCQ C; 2CT3 A; 1ZLM A; 3SEM A; 2ED1 A; 2KT8 A; 2J06 A; 4WCI A; 2A37 A; 1NM7 A; 1T0H A; 3M0Q A; 1QWF A; 4Z8A A; 1E6G A; 1AD5 A; 2F2W A; 4K11 A; 3NGP A; 2L0A A; 1ZSG A; 2O31 A; 1I1J A; 2DYB A; 2LX7 A; 2MOX A; 1HSQ A; 1JXM A; 4J9I A; 3CQT A; 3FJ5 A; 3VS5 A; 1Z9Q A; 4RTU A; 5IHK A; 2DE0 X; 3ZL7 C; 5FWC A; 1X43 A; 2A28 A; 4J9H A; 3RBB B; 2EPD A; 1BB9 A; 2GGR A; 1OV3 A; 3EG1 A; 1M8M A; 1UG1 A; 1SPK A; 4HVU A; 2ABL A; 1FMK A; 1UHF A; 3H0I A; 2ECZ A; 1WDX A; 2F2V A; 2C0O A; 3KFV A; 1X2K A; 5GJW B; 2J05 A; 4LUD A; 2P4R A; 2BZ8 A; 2DM1 A; 3UF4 A; 4KRT A; 2GQI A; 1ARK A; 2JW4 A; 4GBQ A; 1NEG A; 2HDA A; 1U3O A; 3VS3 A; 1H3H A; 3M0U A; 2G6F X; 4J9E A; 1GL5 A; 1CKA A; 1W6X A; 4ORZ A; 1WA7 A; 2JTE A; 2MCN A; 1RLQ C; 1M3A A; 1AVZ C; 1X6B A; 4X1V A; 3UA6 A; 2EW3 A; 5IHI A; 1TUD A; 1ABO A; 2DRK A; 2C0T A; 1QCF A; 2KRS A; 5FWB A; 5GJV B; 1MV0 B; 2O9S A; 3U23 A; 2V1Q A; 1BK2 A; 1U5S A; 2NWM A; 1GFD A; 1UJY A; 4CC2 A; 2J7I A; 3I5R A; 3LH5 A; 2ED0 A; 3ULR B; 2LJ0 A; 4DEX A; 2LCS A; 1YNZ A; 5IH2 A; 1WIE A; 2CT4 A; 3EGU A; 1T0J A; 1K1Z A; 2JS2 A; 1NYF A; 2RQT A; 3THK A; 2DL5 A; 2KNB B; 1SSH A; 1VYU A; 2BTT A; 1YN8 A; 2X3W D; 2JS0 A; 5HCK A; 4LUE A; 3M0T A; 1SEM A; 4J9F A; 2SRC A; 3I9Q A; 2FPE A; 1WXB A; 2KR3 A; 4AFS C; 1KFZ A; 1QKX A; 1PWT A; 2JT4 A; 1NLP C; 4LE9 A; 2DX1 A; 1NYG A; 1UDL A; 2GNC A; 2K79 A; 2FRY A; 2FPD A; 3H41 A; 4GLM A; 2YUN A; 2RMO A; 2J6F A; 1CKB A; 2CSI A; 2PTK A; 3M0R A; 2KXC A; 1W1F A; 1WXT A; 2EYY A; 1X6G A; 2DL8 A; 1ABQ A; 2PZ1 A; 1YWO A; 4JJB A; 1GCP A; 4FSS A; 2LZ6 B; 1B3Q A; 1OPL A; 4OMP A; 2CH4 A; 3VS6 A; 2I0N A; 4AG1 C; 4J9C A; 2K3B A; 2OJ2 A; 2VKN A; 1G83 A; 4J9D A; 4F14 A; 2O2O A; 1WYX A; 4CC4 B; 1S1N A; 2SEM A; 2KT1 A; 1SHG A; 1QWE A; 2QDL A; 1MUZ A; 2KYB A; 4Z88 A; 3TSW A; 1UEC A; 1UHC A; 1B07 A; 2K9G A; 2HCK A; 2W10 A; 4RTV A; 2RPN A; 2FEI A; 1BBZ A; 1NLO C; 1VYV A; 2DMO A; 2ROL A; 3VS7 A; 1OEB A; 1UUE A; 2RQV A; 1AZE A; 5ECA A; 2LJ1 A; 4OMO A; 5IXF A; 1UGV A; 2CUB A; 2DBM A; 1PRM C; 2EVR A; 2CUD A; 1M3C A; 4JJC A; 3H0F A; 2RQU A; 3UA7 A; 3EG0 A; 3TVT A; 2YUP A; 1AEY A; 4Z89 A; 3EG2 A; 1YCS B; 2AKL A; 2DA9 A; 2X3X D; 4RTZ A; 2D1X A; 1KIK A; 1X2Q A; 2E5K A; 1VYT A; 1M3B A; 2KRN A; 2AKK A; 1Y57 A; 2FPF A; 2RQR A; 1BU1 A; 2ENM A; 1M30 A; 2M0Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UB4 A; 1BIB A; 2MAM A; 3CCU T; 2CRE A; 1RLP C; 3JSC A; 4F16 A; 3INZ A; 1GCQ A; 1OUL A; 1M8V A; 2P0Q A; 2K7A A; 4M77 F; 3J81 E; 2QEX Q; 3PT9 A; 4FT2 A; 1WX6 A; 4E2F B; 1OZ2 A; 4N0A C; 1NJI R; 3C4S A; 1D09 B; 3NHN A; 1YJ9 Q; 1OZ3 A; 3CD6 T; 4M7A A; 3GBQ A; 3L42 A; 2EYZ A; 2LQN A; 1B34 A; 1DJ7 B; 2Z0W A; 2HBP A; 3WXM B; 5CK9 A; 1VQ8 A; 3CCL A; 5FLX E; 3HFO A; 2K6D A; 3E9F A; 1LOJ A; 3M57 A; 1VQ9 A; 2OTJ Q; 3M4Y A; 1FMW A; 1EFN A; 4E47 A; 4BY6 C; 5GAN 8; 1HK9 A; 5I11 A; 2RO0 A; 1VQN T; 2QA4 T; 1UE9 A; 2L2P A; 3RMS A; 2JN0 A; 4E6R A; 3CCV T; 3ZEH A; 1WHJ A; 3OMC A; 2F5T X; 3GOX A; 1YJN A; 4ANJ A; 3UPU A; 1E7O A; 2VWF A; 1RAB B; 2FB7 A; 1Y0M A; 4C8Q C; 4MZT A; 4Z02 A; 3PTA A; 5CIU A; 4A4F A; 2OTL Q; 2LQW A; 2RF0 A; 1OX9 A; 2QTX A; 4JPB W; 4HA8 A; 3EGD A; 2YHT A; 2EGA A; 4BI4 A; 4V2S A; 2DFU A; 3CCE Q; 2NUZ A; 3SHW A; 4D8K A; 1GRI A; 3X25 B; 2AT1 B; 5C0M A; 3L2Q A; 3CMA A; 1PD1 A; 2QXF A; 4IUQ A; 1OI1 A; 1PSF A; 2KK4 A; 2VVK A; 2E12 A; 1QVG A; 1U1S A; 2YLB A; 3TCJ A; 3HHT B; 1Y96 A; 3OS5 A; 1KC8 U; 1WHM A; 5LJ3 d; 3RNJ A; 1I81 A; 1K4U S; 3I55 T; 2L89 A; 2GBQ A; 1RI9 A; 4M7A G; 1YIT T; 2LVM A; 1JO8 A; 1AZG B; 2H3J A; 2HSP A; 2EQU A; 3M54 A; 4GLK A; 2FRW A; 5KCO A; 3QG1 A; 2VC8 A; 4FM4 B; 1W2B S; 1VQO T; 2FHD A; 1AOJ A; 4KBM B; 2LDM A; 2MIO A; 1AWX A; 2KMT A; 3MJX A; 4ELY C; 3CXC P; 3CPW S; 5GMK l; 1X69 A; 2PNI A; 2DL4 A; 3CC2 A; 1Q86 C; 4FYV B; 2DXC A; 5J26 A; 3OY9 A; 1GFC A; 4M75 G; 1M2V A; 1AT1 B; 3OQ5 A; 5GMK j; 1WQW A; 2QTV A; 2LTO A; 2HBW A; 1WHG A; 1B7T A; 1G3Y A; 4OMM A; 1HJD A; 1OX8 A; 4M78 G; 4IUR A; 4EMK A; 3G71 A; 3PVQ A; 2FG0 A; 5D6X A; 4AFZ C; 3FDR A; 3PIO A; 2MF2 A; 2BZX A; 2KI7 A; 1WJS A; 1UFF A; 3S3N A; 3MPU B; 2DTI A; 1KQS A; 4ZN1 A; 3G4S T; 4BDZ A; 1VUB A; 1QCN A; 1YHQ A; 1C6V X; 5GAN d; 3UAT A; 3P8B B; 2RI5 A; 1IB8 A; 2D0N A; 5GAN 5; 2HKQ B; 4M7D G; 1QVP A; 2NUT B; 1M1K R; 2EQK A; 3QBY A; 5FW9 A; 2DKG A; 3EHR A; 4PJO A; 4JS5 A; 1PCX A; 3JCM d; 1YIJ A; 1AWO A; 1GCQ C; 1ZSZ A; 1WNL A; 5A0D A; 1Q82 R; 2KT8 A; 2J06 A; 2D0Q B; 4N4I A; 5CKF A; 2ATC B; 4IUT A; 2YRD A; 4DBF A; 3EFO A; 1QWF A; 3QYG B; 4PJM A; 2EQJ A; 3JB9 F; 1ZSG A; 4HKE A; 2D6F A; 2MOX A; 1HSQ A; 3JCM V; 3BDL A; 2XID A; 3VS5 A; 5LJ3 g; 2KY9 A; 1ACM B; 2EPD A; 2R5A A; 3E2U A; 5DM7 R; 3EG1 A; 3ASK A; 4Y28 E; 3H0I A; 2ECZ A; 3L1A A; 2QGG A; 3KFV A; 1X2K A; 1D1C A; 2ZPB B; 4AMC A; 5DLQ E; 2DM1 A; 2RJF A; 3CC4 Q; 2RHY A; 1MND A; 1U3O A; 1H3H A; 3LWI A; 2G6F X; 1CKA A; 3MET A; 2PU9 B; 1WA7 A; 1NJI U; 2M1H A; 3QPH A; 1RLQ C; 4J6X A; 2EFI A; 1D1B A; 2D9T A; 2EW3 A; 5GAM j; 4RMO A; 2C0T A; 2KRS A; 2X4X A; 3EGX A; 4J6Y A; 3MEU A; 1MV0 B; 1KD1 C; 4X34 A; 1BK2 A; 1UJY A; 2FYK A; 3CBM A; 3CC2 T; 2LCS A; 2VGN A; 4A54 A; 3EGU A; 5EG2 A; 1NYF A; 1N8R C; 3THK A; 4B9X A; 2DL5 A; 1YJW A; 2BTT A; 4D6W A; 1YN8 A; 2JTF A; 2K2V A; 2JS0 A; 3N5B B; 4LUE A; 3M0T A; 3CC7 Q; 4C0G A; 2XDD A; 2KR3 A; 2QG9 B; 4PFO A; 1QKX A; 2C06 A; 2KSS A; 3L2U A; 4LDW A; 1JRI A; 4OGE A; 1NLP C; 2DX1 A; 1UDL A; 3EG9 A; 4M77 G; 3JCM g; 3H41 A; 4AT1 B; 2YUN A; 3MO8 A; 3PNW C; 3C95 A; 3M53 A; 1MHN A; 5A0L A; 2EYQ A; 2JNG A; 4C92 E; 1OU9 A; 2KXC A; 2YWW A; 4EPC A; 3I56 Q; 1W1F A; 2XG8 D; 4XU0 A; 1ABQ A; 2QI2 A; 1YWO A; 2BUD A; 3PFS A; 4LD9 K; 3PIP A; 3VS6 A; 3LGF A; 4KUD K; 2I0N A; 4AG1 C; 2NUP B; 4J9C A; 2K3B A; 2VKN A; 3OYY A; 2O2O A; 1WYX A; 2E65 A; 2SEM A; 1SHG A; 2F69 A; 2KYB A; 1M90 C; 4EMK C; 1R0C B; 2VYT A; 3JB9 I; 3CCM T; 1RI0 A; 1UHC A; 1QP3 A; 4KH1 B; 1BCO A; 2YRC A; 1TUG B; 2FZG B; 4RTV A; 4F7U B; 1YI2 Q; 1VYV A; 2E70 A; 3GNG A; 2EQM A; 4ATO A; 3VS7 A; 3CCQ Q; 1OEB A; 2HL5 C; 2RJC A; 2LJ1 A; 4OMO A; 2DBM A; 4MDX A; 2EVR A; 4A53 A; 2CUD A; 1M3C A; 3NTH A; 4RG2 A; 4L6V 5; 4QQD A; 3QDF A; 4PJO C; 1FXX A; 3TVT A; 3RMQ A; 5FRM A; 1AEY A; 5KYU A; 1ZSZ C; 1MMD A; 4DBQ A; 4Z89 A; 3CCS A; 2AKL A; 2X3X D; 2HQE A; 4RTZ A; 3HTR A; 3D7S B; 2DEQ A; 2DIG A; 4OB3 B; 1BI1 A; 3TRE A; 3CCU A; 4XQ3 A; 2RK2 A; 3FRN A; 3EFS A; 1KC8 R; 2COZ A; 2RQR A; 4JRK A; 2XK0 A; 4KH0 B; 4PLL A; 2CZ0 B; 1H64 1; 3OYJ A; 1IZ6 A; 2K3X A; 2X35 A; 2KAF A; 1TUC A; 3LLR A; 1I5L A; 2JJ9 A; 3QJ6 A; 1H92 A; 2E3I A; 4PJO E; 3H0H A; 4CC7 A; 3OS1 A; 3CD6 A; 2NYS A; 1MV3 A; 4XU2 A; 4J7F A; 1T3S A; 1X27 A; 1D3B A; 1FWZ A; 3X26 B; 2ZPI B; 4RKU E; 4FYX B; 2E3H A; 4C92 F; 3G6E T; 1YJ9 A; 4HXJ A; 1M1K U; 2K5F A; 2VB6 A; 4IUV A; 3V7R A; 4BUG A; 5GAN h; 4A4E A; 1YJW T; 4MDW A; 4JRP A; 3OYN A; 2EGE A; 2EAY A; 3HSB A; 1I5O B; 5D6Y A; 1Q82 U; 4D8D A; 1TU0 B; 1ZA1 B; 2E10 A; 2F2X A; 3CME T; 1VQN A; 2OAU A; 2ZPF B; 1PD0 A; 5KYW B; 2EKH A; 2RQW A; 5FRN A; 2A36 A; 3CCV A; 2EIF A; 1K73 R; 3A8H B; 2DET A; 1OPK A; 3Q1J A; 3CPF A; 2QYZ A; 4BAC A; 4XTX A; 5FU7 B; 3M0S A; 1PRL C; 3ZFJ A; 1ZUU A; 3JCM X; 2RK1 A; 3SD4 A; 1RAG B; 1RAD B; 2AHJ B; 2EJ9 A; 5IHN A; 4FW2 A; 2R57 A; 3TQ7 P; 2LMJ A; 1FYN A; 3P8D A; 2EJF A; 4BI3 A; 3P8H A; 2XU8 A; 2DTH A; 3LGL A; 4HCB A; 4OMQ A; 4HT9 A; 4YTL A; 3VUB A; 3VS0 A; 1K8A C; 5L8R E; 1ZUK A; 2PVO B; 1VQM T; 2QGF B; 4IIM A; 4AG2 C; 5GAN e; 2DL3 A; 3CCJ Q; 1Y7X A; 2MWO A; 5IN1 A; 3LWH A; 2BKD N; 3QO3 A; 3JCM c; 4J9B A; 3M0P A; 2HSE B; 2K2M A; 1WXU A; 5CQX A; 1G2B A; 1NG2 A; 4RTX A; 2JMA A; 1WHH A; 3I55 A; 4KGX B; 3IQL A; 3NFC A; 3OYG A; 2WSF E; 1W2B P; 2AK5 A; 4DBH A; 3SWN B; 1IXD A; 1KJW A; 4C8Q B; 4RG8 A; 1QVG S; 3JB9 G; 5D7U A; 1VQO A; 1FX7 A; 1QQJ A; 4PJN A; 3VU3 C; 2KQW A; 4PJO F; 1WJR A; 2P0K A; 4WF2 A; 1X6O A; 1Q81 R; 2EKO A; 3CCR T; 2L3P A; 3PMT A; 2YT6 A; 1UTI A; 1IO6 A; 3CCS T; 1WI7 A; 1JBM A; 2DXU A; 1VQ4 Q; 4RTW A; 1QMC A; 2XDB A; 2E6Z A; 1VQ7 Q; 1M1F A; 1K0X A; 3HRU A; 3V7S A; 1JEG A; 5I22 A; 3RUX A; 2R5M A; 3I5S A; 2DZC A; 2VUB A; 2QQB A; 3C0C A; 2LNH B; 3DKM A; 3UWN A; 2EJG A; 3VRZ A; 1JB0 E; 4C8Q D; 3NMZ C; 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