The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
68
|
structure length |
68
|
Chain Sequence |
GSSGSSGKVFRALYTFEPRTPDELYFEEGDIIYITDMSDTNWWKGTSKGRTGLIPSNYVAEQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of the SH3 Domain of Human osteoclast stimulating factor 1 (OSTF1)
rcsb |
| molecule keywords |
Osteoclast stimulating factor 1
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
6
|
| structure length |
68
|
| sequence length |
68
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O31 A; 3EHQ A; 2EBP A; 4EIK A; 1BK2 A; 2RMO A; 1GBQ A; 1HD3 A; 5IHI A; 2VWF A; 3I5R A; 3RBB B; 1WA7 A; 2RQR A; 1AOJ A; 4ORZ A; 1MUZ A; 2PZ1 A; 2NWM A; 1SRM A; 2HEQ A; 4AFU C; 2LQN A; 1ZUY A; 1M8M A; 4JPB W; 1TG0 A; 2CT3 A; 2KRO A; 4HVV A; 1K0S A; 1UDL A; 1Z9Z A; 3M0U A; 5IXF A; 2DE0 X; 4LUE A; 1JXO A; 2MIO A; 2K7A A; 1YP5 A; 1WXT A; 2FRY A; 4AG1 C; 2O9S A; 1AD5 A; 2CUD A; 4J9C A; 4IIM A; 1WFW A; 2PTK A; 2DVJ A; 1AWJ A; 2KR3 A; 2YUP A; 1GBR A; 3SHW A; 2BZ8 A; 1SRL A; 2JTE A; 2KRM A; 4R0K A; 2SRC A; 3SEM A; 4D8D A; 2VVK A; 2RNA A; 3M0T A; 2KXC A; 3PE0 A; 4Z8A A; 2X3X D; 1B3Q A; 1SEM A; 1RLP C; 2GQI A; 1X6B A; 1ABQ A; 1XOV A; 5FW9 A; 2JT4 A; 1CSK A; 4RTZ A; 2GNC A; 2DL5 A; 1SPK A; 4RTX A; 2RQU A; 4RTV A; 2HSP A; 2KEA A; 2YT6 A; 2P4R A; 1WXB A; 2EKH A; 2F2X A; 3NGP A; 1ZX6 A; 1NEB A; 1PWT A; 3M0R A; 4AG2 C; 3CQT A; 4CC4 B; 5HCK A; 2L3Q A; 2GBQ A; 2OAW A; 5I22 A; 4LE9 A; 1OOT A; 4ZNX A; 2K6D A; 3FJ5 A; 1QLY A; 2ENM A; 2MCN A; 1SSH A; 2V1Q A; 2PNI A; 4J9I A; 1UUE A; 4OMN A; 1UJY A; 3M0Q A; 1YN8 A; 1T3L A; 4GBQ A; 2F2V A; 3UA6 A; 4RUG A; 1SHG A; 1VYT A; 4HVU A; 4LUD A; 2KRN A; 2JMC A; 1OV3 A; 1VA7 A; 2D1X A; 1BBZ A; 3NMZ C; 4F17 A; 2LJ0 A; 1NG2 A; 3TSZ A; 1K0X A; 3VRZ A; 3M0P A; 2KGT A; 1M30 A; 1JEG A; 2L3P A; 1NM7 A; 1K1Z A; 1HJD A; 3TSW A; 2CH4 W; 2ED0 A; 1YNZ A; 3R6N A; 3UF4 A; 4HCK A; 1AVZ C; 2FG0 A; 1PKT A; 1YWP A; 1QWF A; 2L0A A; 1E6G A; 1GFC A; 4M4Z A; 1W1F A; 4D8K A; 2CT4 A; 4Y92 A; 2A28 A; 5IXB A; 2EW3 A; 2ED1 A; 3LH5 A; 2DL8 A; 2KXD A; 2RQW A; 2RN8 A; 2DNU A; 3EGU A; 1VYU A; 4GLM A; 1M3A A; 3VS7 A; 1UE9 A; 2HDA A; 2C0O A; 3EHR A; 2ESW A; 2K2M A; 1H3H A; 2DM1 A; 1KIK A; 1ZSG A; 5I11 A; 2MOX A; 4KRT A; 2DL7 A; 2NUZ A; 1WXU A; 2DF6 A; 4RTY A; 2LJ1 A; 4WCI A; 2OJ2 A; 3JV3 A; 4OMQ A; 3U23 A; 2D0N A; 1VYV A; 2DL3 A; 5ECA A; 3H0F A; 1NYG A; 1I0C A; 2DA9 A; 1FYN A; 1A0N B; 5IHN A; 2KNB B; 1JXM A; 1B07 A; 1AWW A; 1WYX A; 3PVL A; 2KT8 A; 2DRK A; 1GCQ C; 1V1C A; 2JS2 A; 1PHT A; 2CSI A; 4AFS C; 1HSQ A; 1NEG A; 2C0T A; 2EVR A; 2J05 A; 1QWE A; 1W70 A; 2AZS A; 1I07 A; 2VKN A; 2KRS A; 4IIO A; 1UHF A; 1G2B A; 2LZ6 B; 2EGA A; 1GL5 A; 2LP5 A; 4RTU A; 3REA B; 1H92 A; 3VS4 A; 1U3O A; 1M3C A; 2BZY A; 2RF0 A; 2O2O A; 2YDL A; 3I35 A; 4RTT A; 1X27 A; 2B86 A; 3PVQ A; 3QWY A; 2YUO A; 3UA7 A; 2A08 A; 4JJC A; 3ULR B; 1MV0 B; 2CDT A; 3I9Q A; 1AZG B; 1E6H A; 2F2W A; 1EFN A; 1RI9 A; 1H8K A; 3EG3 A; 1AEY A; 2KYM A; 1W6X A; 2JW4 A; 4FSS A; 2BZX A; 5GJV B; 2K3B A; 1NLP C; 3EG2 A; 4OMO A; 3I5S A; 4QT7 A; 2KT1 A; 2J06 A; 2AZV A; 5IH2 A; 4HXJ A; 4DEY A; 2YUQ A; 1QKW A; 2CRE A; 2LMJ A; 4OMP A; 3H41 A; 5GJW B; 1X6G A; 2YSQ A; 3VS5 A; 2M0Y A; 2O9V A; 3H0H A; 1IO6 A; 1ZUK A; 2AKK A; 3GBQ A; 2GTO A; 2V1R A; 3IQL A; 1X2K A; 1RLQ C; 1S1N A; 2H8H A; 2HBW A; 5FWC A; 1KJW A; 4AFZ C; 2FPE A; 2EYW A; 1SHF A; 1GCP A; 1GCQ A; 4JJD A; 2EQI A; 1T0J A; 2JMA A; 4Z88 A; 1ZLM A; 1CKA A; 2DLP A; 1KFZ A; 1JQQ A; 1X2Q A; 2E5K A; 1Z9Q A; 1K9A A; 1Y57 A; 1UHC A; 4F16 A; 1K76 A; 1NYF A; 2XMF A; 2JM9 A; 3VS6 A; 1QCF A; 4J9B A; 1M3B A; 4K11 A; 4OML A; 4J9F A; 2EGC A; 2JS0 A; 1KSW A; 1RUW A; 1WDX A; 2EPD A; 2OI3 A; 3VS3 A; 2AK5 A; 2GGR A; 2LQW A; 2M51 A; 2ROT A; 1M27 C; 2KE9 A; 2HCK A; 1X43 A; 1Y0M A; 1U06 A; 1WIE A; 2K9G A; 2EYZ A; 2DBM A; 3C0C A; 2RQT A; 1YCS B; 2QDL A; 2ROL A; 1WX6 A; 3H0I A; 2DJQ A; 1TUC A; 2W10 A; 1AWO A; 2SEM A; 4JZ4 A; 3O5Z A; 3EG1 A; 1PKS A; 2J6F A; 1CKB A; 2G6F X; 3RNJ A; 1PNJ A; 1GFD A; 2K79 A; 1WI7 A; 1T0H A; 2A37 A; 1LCK A; 2GTJ A; 2CH4 A; 2D8H A; 2W0Z A; 3M0S A; 3THK A; 2DL4 A; 4JZ3 A; 2FRW A; 1T3S A; 1UGV A; 4DEX A; 2J6O A; 1GRI A; 3EG0 A; 1TUD A; 2RQV A; 3NPF A; 2J6K A; 4F14 A; 4RTW A; 3NHN A; 1E7O A; 2A36 A; 4J9D A; 4AFQ C; 2JXB A; 2EYX A; 2EYY A; 3VS2 A; 1OEB A; 1UJ0 A; 4JJB A; 1AWX A; 3KFV A; 4X1V A; 1G83 A; 1PRM C; 2O88 A; 4OMM A; 2KYB A; 5IHK A; 1ARK A; 1OPL A; 4LN2 A; 3TVT A; 4HVW A; 3VS1 A; 2LJ3 A; 1X69 A; 2LNH B; 1J3T A; 4ESR A; 2L3S A; 2ABL A; 2DX1 A; 3VRY A; 1ABO A; 2DIL A; 1BU1 A; 3ZL7 C; 2FPD A; 2RPN A; 5FWB A; 2DRM A; 1JU5 C; 2EGE A; 1MV3 A; 4J9H A; 1OPK A; 2LCS A; 2FPF A; 1BB9 A; 1NLO C; 4J9G A; 4CC3 A; 1WLP B; 2KBT A; 2CSQ A; 2FO0 A; 2DMO A; 2X3W D; 1YWO A; 2C0I A; 1JO8 A; 2JM8 A; 3A98 A; 1QKX A; 2I0N A; 5L23 A; 1N5Z A; 3UAT A; 2DBK A; 2AKL A; 1PRL C; 4CC7 A; 2LX7 A; 1K4U S; 2J7I A; 2L2P A; 4A63 B; 4E6R A; 4Z89 A; 1UFF A; 1UEC A; 1UG1 A; 2CUB A; 5EC7 A; 1ZUU A; 1FMK A; 2ECZ A; 2YUN A; 2FEI A; 3REB B; 3VS0 A; 2DYB A; 1AZE A; 2BTT A; 4CC2 A; 1UTI A; 4LNP A; 1I1J A; 2D8J A; 1ZBJ A; 1U5S A; 3QWX X; 4J9E A; 2IIM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G3W A; 4EIK A; 3OYH A; 3G71 Q; 2BE7 D; 5KCH A; 3CME Q; 2VWF A; 4PJO G; 2M16 A; 2RQR A; 4F7U B; 3MCA B; 3CC4 T; 4PJO D; 4FCY A; 4KBM B; 3CPW A; 4JS5 A; 1QVG A; 2LQN A; 1M8M A; 3CCS Q; 1ZSZ C; 1S72 T; 1K0S A; 1Z9Z A; 2DTI A; 4LUE A; 1M90 R; 1K73 U; 2MIO A; 4EPC A; 3JSC A; 3L1A A; 4M78 B; 2MWP A; 2O4X A; 1N8R C; 2FRY A; 1AD5 A; 2LQ8 A; 3E9F A; 3JCM W; 3VJP A; 3CCQ Q; 1N9R A; 4UC4 A; 2EAY A; 1AWJ A; 2YUP A; 4M7D G; 3HSB A; 3G71 A; 3CME A; 2JTE A; 4MMK A; 3SEM A; 4M7D D; 3CC7 T; 1YIJ Q; 2VVK A; 4OMF B; 2RJD A; 3M0T A; 3CCR A; 2CP6 A; 5IN1 A; 1VQ8 Q; 4OGC A; 2GQI A; 3CCS A; 2ZPG B; 2GNC A; 1SG5 A; 2DL5 A; 4HT8 A; 2EYQ A; 1IRE B; 5LJ5 j; 2YT6 A; 2P0K A; 4C92 F; 1PWT A; 4AG2 C; 3CQT A; 2QA4 T; 2EQU A; 5A0L A; 5LJ3 e; 2GBQ A; 2OAW A; 1K8A U; 2RB6 A; 3CCQ A; 1RAE B; 4LE9 A; 3JCM c; 1OYX A; 2HQE A; 5GAO p; 4JRK A; 4Q5W A; 1JJ2 P; 5GMK e; 1B34 A; 4FYX B; 1V76 A; 4XTY A; 1T3L A; 1YIJ A; 3J7A F; 1ZSZ A; 1SHG A; 1KK7 A; 4IUU A; 1OQK A; 1G5V A; 1VQ5 Q; 1BBZ A; 3A8H B; 4IUQ A; 4PJN A; 1XQH A; 2M02 A; 3TSZ A; 3M0P A; 1JEG A; 1WHG A; 1QP2 A; 3G4S Q; 1K1Z A; 2GCX A; 1VQM T; 3TSW A; 2CH4 W; 3CC2 Q; 1SSF A; 3PIO A; 2MI6 A; 5GAO l; 2YLB A; 4R56 A; 4HCK A; 3CBM A; 3RES A; 1UGP B; 1QVF P; 1PKT A; 5HK0 A; 1KQS P; 3MP6 A; 1GFC A; 1YHQ Q; 1D09 B; 1WJR A; 2RJE A; 2A28 A; 4O6J A; 2EQM A; 2D0Q B; 4M75 B; 2FL7 A; 5LJ3 f; 3OB9 A; 3ASK A; 1PD0 A; 1S72 Q; 1VQN Q; 1Y7X A; 4NL3 A; 3LWH A; 2LDM A; 2PVO B; 4GLM A; 1WQW A; 1M3A A; 1VQ5 A; 3OS2 A; 2HDA A; 4XTX A; 2K2M A; 2DM1 A; 4M75 E; 1ZSG A; 5I11 A; 5C0M A; 3FB9 A; 2DF6 A; 2ZPE B; 3G4S A; 4J83 A; 1DJ7 B; 3FEO A; 4WCI A; 5LJ3 h; 3M58 A; 3CC2 A; 3OYC A; 5GAM e; 1VYV A; 3A5Z B; 5ECA A; 1I0C A; 2DA9 A; 1N8R U; 2M9U A; 2KK4 A; 2DD5 A; 4N0A C; 1B07 A; 1AWW A; 1WYX A; 2H3E B; 2DRK A; 1GCQ C; 1V1C A; 4JJN K; 4M78 F; 3RDV A; 2P0Q A; 1YHQ A; 1YBY A; 4X9D A; 1Q86 C; 2C0T A; 2EVR A; 2ZZD A; 1S72 A; 1VQN A; 1B7T A; 1VUB A; 2KRS A; 4EMK B; 4DBR A; 4Y91 A; 2QAS A; 2DXC A; 2E70 A; 2LZ6 B; 2L5Q A; 4ZGD B; 4C0D B; 3T9N A; 2QA4 Q; 3RIR A; 2DXT A; 3WVD B; 1X27 A; 2XG8 D; 2MWO A; 1VIE A; 2A08 A; 4JJC A; 3GPL A; 2CDT A; 1E6H A; 1QMC A; 4MZM A; 4BI3 A; 2CYZ B; 2EWN A; 2JW4 A; 2BZX A; 4OMO A; 3I5S A; 4RCB A; 3PGG A; 1KC8 R; 5CKD A; 1RAG B; 4QW2 A; 4DEY A; 4OB3 B; 1F1B B; 1QKW A; 4QQ6 A; 2LMJ A; 3M59 A; 1VQ4 T; 1VQM Q; 1VQL T; 3SB2 A; 1BCM A; 3EGD A; 2ZGW A; 4XTZ A; 4QVC A; 5LJ3 j; 2RHX A; 3L42 A; 4VUB A; 3IQL A; 2D6F A; 5GMK j; 3RER A; 2LRQ A; 4N0A A; 1WPY A; 2LTO A; 2EYW A; 1Y71 A; 1GCQ A; 3JCM d; 3VYH B; 1ZLM A; 2DJZ A; 3V7R A; 1M1K R; 3X24 B; 1Z9Q A; 2GF7 A; 1Y96 A; 1Y57 A; 1UHC A; 2XMF A; 2JM9 A; 2XDB A; 3VS6 A; 1R0C B; 1NZ9 A; 2EJF A; 4M7A C; 2XK0 A; 5KYY A; 4JS4 A; 5GAN 8; 2OI3 A; 5CO7 A; 2ROT A; 1IB8 A; 3CCE T; 1VOM A; 3QHS A; 1FXX A; 2RA2 A; 2DBM A; 4M75 F; 2DXU A; 3VUZ A; 3QUI A; 1WX6 A; 3MEW A; 3H0I A; 1TUC A; 1PC0 A; 2VV5 A; 1NBE B; 3WVE B; 5GAN g; 2E1H A; 1CKB A; 3QXE B; 3OA6 A; 3FC3 A; 4N4I A; 1GFD A; 2K79 A; 1WI7 A; 4ELY C; 4KT0 E; 4LD6 A; 1OZ2 A; 2A37 A; 5KYX B; 2JTM A; 4JRI A; 1OI1 A; 1M4Z A; 1YJW A; 2AT1 B; 3CD6 T; 4PJM A; 2DKG A; 3THK A; 1WGS A; 2FZC B; 4DBH A; 5IT9 E; 2XID A; 2PVG B; 1Q86 U; 1KD1 C; 4ELZ C; 1GRI A; 1W2B S; 5GAM j; 2RQV A; 4II1 A; 2J6K A; 4RTW A; 1E7O A; 2A36 A; 2DYI A; 2OTJ T; 1OEB A; 2NUT A; 2VYT A; 5D6Y A; 1WQ7 A; 4X1V A; 1QW1 A; 4M7A E; 1WZO A; 3MEV A; 2DIG A; 1Q82 C; 3RR6 A; 1QP3 A; 4LN2 A; 2PVD B; 2F5T X; 2QEX Q; 2WAC A; 5A0G A; 4M77 D; 4M7A A; 3PMI A; 4C92 G; 1Q81 R; 5I2S A; 9ATC B; 1VQ4 Q; 2QAZ A; 3QJY A; 4XTV A; 4BDY A; 1OPK A; 2EKO A; 2FPF A; 3X26 B; 4CC3 A; 4R55 A; 1WLP B; 1OU9 A; 2CSQ A; 2KBT A; 2X3W D; 3D7S B; 2KI7 A; 1EIF A; 1UGR B; 3QZ9 B; 1QKX A; 5GAO r; 4FL6 A; 1BIA A; 1N5Z A; 3UAT A; 1KHI A; 4B9W A; 2HL5 C; 4CC7 A; 4OB1 B; 3INZ A; 4KGV B; 2RI2 A; 4OF1 A; 4ATO A; 1UFF A; 3I56 Q; 2QEX A; 3JB9 G; 2FZK B; 1I4K 1; 5FRO A; 5KE2 A; 4A4G A; 1VQ4 A; 4LDV A; 1YFN A; 1UTI A; 2IIM A; 4IUR A; 4CRI A; 4WTO B; 3CCE Q; 3EHQ A; 2EBP A; 3QYH B; 1GBQ A; 1HD3 A; 4XQ3 A; 4PLL A; 4GLK A; 1D1A A; 3OW2 P; 1D1C A; 2G3R A; 2HMA A; 2V8K A; 1MUZ A; 2PZ1 A; 3LGF A; 3H6Z A; 3OMC A; 2CZ1 B; 3CPW S; 1R8O B; 4JPB W; 1JJ2 A; 2CT3 A; 4HVV A; 1QVG S; 1FMW A; 4KUD K; 2AIR B; 3GP8 A; 2OAU A; 4XU3 A; 3S3N A; 4LDY A; 3JCM e; 1JXO A; 3I56 A; 3HHT B; 3A8G B; 3UWN A; 3X20 B; 3CD6 Q; 4AG1 C; 5LJ3 d; 1PCX A; 4FSX A; 1WFW A; 2K2V A; 2PTK A; 4J6Y A; 2DVJ A; 3LYI A; 3CCJ T; 2Y90 A; 4PK4 A; 2OTJ Q; 2PUK B; 3CCE A; 2AHJ B; 3C94 A; 4PNO A; 1SRL A; 3E19 A; 2Y4X A; 3AT1 B; 3M4Y A; 2VXE A; 4X9C A; 5GAM g; 3CCM T; 2E65 A; 1KD1 U; 2IG0 A; 2RO0 A; 4RMO A; 3N5B B; 2MAM A; 1IHV A; 1P92 A; 1RLP C; 1C6V X; 1QVF A; 1XOV A; 5GMK m; 2JT4 A; 1K73 R; 2F69 A; 1KQS A; 5GAN 6; 4C8Q D; 1SPK A; 1VQO T; 2CGH A; 2P4R A; 3NTH A; 3PIP A; 2YLC A; 1OUL A; 1Q82 U; 3NGP A; 2DTO A; 1NEB A; 3M0R A; 3PMT A; 5HCK A; 4CC4 B; 2L3Q A; 1XJW B; 2A7Y A; 1BYM A; 5FRM A; 4L5G A; 4ZNX A; 2K6D A; 2ENM A; 4O5V A; 3LH0 A; 4J9I A; 4DBQ A; 3VUB A; 1TTH B; 4OMN A; 5FU7 B; 2BIV A; 4GBQ A; 2LCL A; 3UA6 A; 3G6E A; 4LUD A; 2P4T A; 2KRN A; 1OV3 A; 4M78 C; 1IGQ A; 3NMZ C; 2DET A; 3JCM J; 3JCM h; 4E7L A; 2YRV A; 1NG2 A; 1K0X A; 3VRZ A; 2QXF A; 1M30 A; 4HCB A; 2ZPB B; 4E7K A; 2L3P A; 3MP1 A; 1HJD A; 2LT4 A; 1K8A R; 1FX7 A; 2VAS A; 4BE2 A; 3UF4 A; 1RAA B; 4F04 B; 3S3M A; 2L0A A; 3CPF A; 4D8K A; 4KUL A; 2XKO C; 3HRU A; 2K5F A; 5IXB A; 2EW3 A; 2ED1 A; 3LH5 A; 2DL8 A; 3HP9 A; 1SF9 A; 4OB0 B; 2R58 A; 3EGU A; 1VYU A; 3OS5 A; 3F70 A; 8AT1 B; 4F7U E; 1R0B G; 3EHR A; 2ESW A; 5I21 A; 4PJJ A; 1H3H A; 1QVP A; 1KIK A; 1SKU B; 3H8Z A; 1ACM B; 2HL3 A; 2MOX A; 2DL7 A; 3MJX A; 2E3I A; 4D6W A; 4F7U A; 4M75 G; 1WXU A; 3JV3 A; 3HRS A; 3U23 A; 4MDW A; 2DL3 A; 1YIT T; 1NYG A; 1FYN A; 5IHN A; 4M78 E; 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