The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M3C A; 2DRK A; 2K3B A; 4J9F A; 5L23 A; 1GRI A; 1WXU A; 1YWP A; 1XOV A; 2ROL A; 4CC7 A; 3A98 A; 2CH4 W; 5EC7 A; 2C0I A; 2L3Q A; 5I11 A; 2JMA A; 2A37 A; 3GBQ A; 2W0Z A; 1NEB A; 2G6F X; 4HVW A; 5HCK A; 1H3H A; 1BBZ A; 2CRE A; 3QWY A; 1AZE A; 1SEM A; 1RUW A; 1TUD A; 1WXB A; 2J05 A; 2DRM A; 2M0Y A; 1FYN A; 1GCQ A; 1UFF A; 2AZS A; 3H0H A; 1KIK A; 2YDL A; 3NHN A; 4JZ3 A; 1HD3 A; 3PVL A; 1ZLM A; 1VYT A; 2DBK A; 2EPD A; 2KRN A; 4J9H A; 1UHF A; 3EG3 A; 1PHT A; 3H0F A; 4JJC A; 3VS5 A; 1J3T A; 2EYY A; 5FWC A; 2J6O A; 1MUZ A; 2E5K A; 1X6G A; 5IH2 A; 1T3L A; 4E6R A; 2J06 A; 2JM9 A; 1K0X A; 2KEA A; 2HSP A; 1NYF A; 1FMK A; 2KRM A; 1X43 A; 4LE9 A; 3TSZ A; 2LX7 A; 3UF4 A; 3VS7 A; 2D8H A; 1WI7 A; 2V1Q A; 4RTY A; 2J7I A; 1N5Z A; 2DF6 A; 2DIL A; 2DLP A; 3RBB B; 3I9Q A; 2JM8 A; 4Y92 A; 2DL5 A; 2HBW A; 1AD5 A; 1GCQ C; 2LZ6 B; 2EGE A; 1WIE A; 2K9G A; 1KSW A; 2B86 A; 1A0N B; 1K4U S; 1JU5 C; 3M0R A; 4F16 A; 2RQW A; 2RQT A; 2RPN A; 4RTU A; 4RUG A; 3R6N A; 2K2M A; 2GNC A; 1PKS A; 4WCI A; 1OEB A; 3UA7 A; 2ED0 A; 2AKK A; 4ORZ A; 2KR3 A; 2DYB A; 1BK2 A; 4CC2 A; 2JTE A; 1WXT A; 2BZX A; 2HEQ A; 4DEX A; 1ZUY A; 2LJ0 A; 4M4Z A; 4RTZ A; 1S1N A; 4ZNX A; 2DL7 A; 4GBQ A; 2C0T A; 2L3S A; 1E7O A; 4K11 A; 2KNB B; 1YWO A; 1M27 C; 2XMF A; 1U3O A; 1K76 A; 1SHG A; 3EHR A; 1UGV A; 3M0T A; 2JW4 A; 1UTI A; 2RNA A; 2X3X D; 1WLP B; 2AZV A; 4D8D A; 3PE0 A; 2EGC A; 4IIM A; 1YN8 A; 1CKB A; 1W6X A; 2F2V A; 4RTX A; 1G2B A; 4F14 A; 1WDX A; 1M3A A; 5I22 A; 2C0O A; 1K0S A; 1QKX A; 1VA7 A; 2HDA A; 2LJ1 A; 4HVV A; 3REA B; 1YNZ A; 2SRC A; 1KFZ A; 1B3Q A; 1OOT A; 2FRW A; 4KRT A; 2JS0 A; 2FRY A; 4J9G A; 3ZL7 C; 2L3P A; 3NGP A; 2FPF A; 2KXC A; 3UA6 A; 3M0P A; 3O5Z A; 1RLQ C; 1LCK A; 1I0C A; 1SHF A; 2CSQ A; 2RN8 A; 2CUD A; 2EBP A; 1JEG A; 2YUN A; 3TSW A; 2F2W A; 3EG1 A; 2YUO A; 1M8M A; 2ED1 A; 1T0H A; 2LQN A; 4RTV A; 4OMP A; 4EIK A; 5FW9 A; 2AKL A; 4AFS C; 2DE0 X; 2CSI A; 1X6B A; 3UAT A; 3VS2 A; 2SEM A; 1QKW A; 1GCP A; 1EFN A; 1UEC A; 1CSK A; 2JXB A; 2EYZ A; 5IHN A; 1OPK A; 2J6F A; 1H8K A; 2J6K A; 4J9E A; 4J9B A; 2KXD A; 1ABO A; 1QCF A; 2O9S A; 2O2O A; 4GLM A; 1PRL C; 4OMQ A; 2FEI A; 1X27 A; 1QWF A; 2KE9 A; 2DJQ A; 1U06 A; 1TG0 A; 1M3B A; 3EG2 A; 1GFD A; 3VS3 A; 1MV0 B; 2L2P A; 1W1F A; 1NM7 A; 2CH4 A; 2GBQ A; 4LN2 A; 4HXJ A; 2EGA A; 3IQL A; 2BZ8 A; 1AWX A; 3M0U A; 1G83 A; 1WX6 A; 2RMO A; 1SRL A; 1ZSG A; 2KRO A; 4FSS A; 4J9D A; 4JZ4 A; 3NMZ C; 1K9A A; 1JXM A; 1ZBJ A; 1SRM A; 1UHC A; 2LMJ A; 1NLP C; 1QWE A; 3M0S A; 1AVZ C; 1HSQ A; 3RNJ A; 1ZX6 A; 5GJW B; 1UE9 A; 2W10 A; 2EYW A; 2EKH A; 2DNU A; 1VYV A; 1JXO A; 1PKT A; 2OJ2 A; 5IHI A; 1Z9Z A; 2ABL A; 2CT4 A; 1OV3 A; 1ARK A; 1QLY A; 4LNP A; 1BU1 A; 5FWB A; 2M51 A; 2P4R A; 2GQI A; 3VRZ A; 1UJ0 A; 1I1J A; 1NLO C; 2GTO A; 3ULR B; 4CC3 A; 3H0I A; 1AWW A; 3THK A; 5IHK A; 1X2Q A; 2LQW A; 1H92 A; 2KRS A; 2A36 A; 1AOJ A; 1UJY A; 2KYM A; 1AZG B; 1E6G A; 2NUZ A; 2BZY A; 4IIO A; 1E6H A; 2DX1 A; 2K6D A; 2RQR A; 5ECA A; 2A08 A; 1W70 A; 1PWT A; 2HCK A; 1YP5 A; 3PVQ A; 1KJW A; 3VS1 A; 4R0K A; 1BB9 A; 2DBM A; 3VS6 A; 2DM1 A; 2KT1 A; 1CKA A; 1Y0M A; 2FPE A; 2VWF A; 3VRY A; 4Z89 A; 1WYX A; 2GGR A; 2PNI A; 2DA9 A; 3QWX X; 1WA7 A; 4CC4 B; 4X1V A; 2EYX A; 2ROT A; 2YUP A; 1GL5 A; 1OPL A; 2OI3 A; 2EVR A; 2EW3 A; 1K1Z A; 2FPD A; 3SEM A; 1ZUU A; 2CDT A; 3JV3 A; 2RQV A; 4OMO A; 3LH5 A; 2NWM A; 2JS2 A; 3EG0 A; 1AWJ A; 1AWO A; 4QT7 A; 1UDL A; 2RF0 A; 2OAW A; 4OMN A; 1WFW A; 1M30 A; 2DMO A; 1JO8 A; 2CUB A; 4D8K A; 1T3S A; 4AG2 C; 4ESR A; 1B07 A; 3EHQ A; 2DL3 A; 1PNJ A; 1SPK A; 2KBT A; 2GTJ A; 2LP5 A; 2D0N A; 3H41 A; 3TVT A; 4RTW A; 4Z88 A; 3M0Q A; 1NYG A; 4OMM A; 1RI9 A; 2QDL A; 3EGU A; 4Z8A A; 4DEY A; 1V1C A; 2KYB A; 2FG0 A; 2PTK A; 4LUE A; 2VVK A; 4JJD A; 1Z9Q A; 2K79 A; 3SHW A; 1X69 A; 3VS0 A; 2D8J A; 1I07 A; 4A63 B; 2ENM A; 2CT3 A; 2D1X A; 2MCN A; 1NEG A; 4RTT A; 3CQT A; 2ESW A; 3REB B; 1X2K A; 5GJV B; 2O88 A; 1IO6 A; 2X3W D; 4AFZ C; 2DVJ A; 4J9C A; 4AG1 C; 1SSH A; 2DL8 A; 2JT4 A; 3C0C A; 2VKN A; 2YUQ A; 1TUC A; 2O31 A; 2V1R A; 1MV3 A; 4JPB W; 4AFU C; 2IIM A; 3I5S A; 5IXB A; 2AK5 A; 2LNH B; 1NG2 A; 3KFV A; 1RLP C; 2L0A A; 2H8H A; 3FJ5 A; 3I5R A; 2EQI A; 4JJB A; 2KT8 A; 2JMC A; 2LCS A; 1AEY A; 2RQU A; 1Y57 A; 1GBQ A; 1UUE A; 2O9V A; 2F2X A; 2YSQ A; 1GBR A; 3I35 A; 2A28 A; 1U5S A; 2BTT A; 4HCK A; 3U23 A; 2I0N A; 4HVU A; 2LJ3 A; 2K7A A; 3VS4 A; 4J9I A; 1PRM C; 2FO0 A; 1UG1 A; 1T0J A; 1HJD A; 5IXF A; 2ECZ A; 4F17 A; 1VYU A; 2DL4 A; 2PZ1 A; 2MOX A; 3NPF A; 1ZUK A; 2KGT A; 1ABQ A; 2YT6 A; 2MIO A; 1JQQ A; 4LUD A; 1GFC A; 1YCS B; 4OML A; 4AFQ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K3B A; 3S3M A; 2VUB A; 4J83 A; 5KH6 A; 2QYZ A; 3E1S A; 1GRI A; 4BE1 A; 1EIF A; 1XOV A; 2CH4 W; 1OZ2 A; 2C0I A; 3I56 Q; 4J8O A; 2JMA A; 4NS5 A; 3GBQ A; 2W0Z A; 3QWY A; 4QKU A; 2K5I A; 1SEM A; 2YRV A; 2DRM A; 4B6M A; 1YJW Q; 4PL6 A; 3H0H A; 1WQW A; 4M75 A; 4JZ3 A; 3CCV T; 1AT1 B; 1WPY A; 1Q86 U; 4N0A C; 2PVO B; 1B34 B; 2QEX A; 5FWC A; 2OTJ Q; 2GFA A; 3G71 A; 5IH2 A; 2J06 A; 3QZ9 B; 1K0X A; 1FMK A; 2KRM A; 1X43 A; 4N4H A; 2ZPF B; 2OTL A; 5KYU B; 2JJ9 A; 2HMA A; 3I9Q A; 1OQK A; 4Y92 A; 2V8J A; 1M4Z A; 1AD5 A; 1GCQ C; 2LQ8 A; 2EGE A; 4C0F A; 1A0N B; 3KXT A; 1OU8 A; 2RQT A; 3EFS A; 4M78 A; 4RTU A; 4RUG A; 3LH0 A; 3M53 A; 1ZA1 B; 5KYY B; 1QQJ A; 5I21 A; 1OEB A; 4XAX B; 2ED0 A; 1QVP A; 4RG8 A; 2AKK A; 3MHX A; 5IT9 E; 1RAI B; 3V7S A; 4ZTJ A; 1WXT A; 3I55 A; 4M4Z A; 2CP2 A; 4RTZ A; 1S1N A; 3OYE A; 2ZPI B; 2DL7 A; 1D1A A; 1KD1 C; 1KQS A; 4K11 A; 3M56 A; 4F7U F; 3CBM A; 2XMF A; 5GAN 2; 4ME7 A; 4ZGD B; 5GAN 3; 2DD4 A; 3EHR A; 5KCH A; 3JCM b; 3MJX A; 2CP3 A; 1UTI A; 4BDZ A; 1WLP B; 3PE0 A; 5AT1 B; 1G2B A; 5J3B A; 4X9D A; 4F14 A; 4WTO B; 1RAE B; 1QKX A; 4OVA A; 5GAN h; 1VQ8 T; 4EDU A; 4OGE A; 1VQ9 Q; 2SRC A; 4FYY B; 3JCM W; 3J81 E; 2JS0 A; 2NLU A; 2FPF A; 2Y4Y A; 3H6Z A; 2XHC A; 3UA6 A; 4C8Q A; 3M0P A; 3JCM Q; 1YBY A; 4LXC A; 1JEG A; 2CKK A; 1M8M A; 4PLL A; 2LQN A; 1NZ9 A; 2VC8 A; 2VXF A; 4J7I A; 4EIK A; 3DLM A; 2XIC A; 2R58 A; 2DE0 X; 4FL6 A; 4N4I A; 4ZGJ B; 2CSI A; 2X4Y A; 3EG9 B; 1ZSZ C; 5FLX E; 2JXB A; 1IHW A; 2J6F A; 4JDS A; 1WHJ A; 4J9E A; 4C92 G; 2KXD A; 1EZZ B; 1MND A; 1U1S A; 2HD0 A; 2M1H A; 1ABO A; 1QCF A; 4M7D E; 5GAN e; 1D0Z A; 2KI7 A; 2DTH A; 5D6X A; 3CPW P; 1IRE B; 3G4S T; 4PJO C; 3RES A; 3CCJ Q; 1TG0 A; 4FW2 A; 3CCQ Q; 3RMS A; 3EG2 A; 3SDZ A; 4DBQ A; 3VUB A; 4HXJ A; 1M1G A; 1BI3 A; 3EAE A; 2A3L A; 3BDL A; 1QCO A; 2WSC E; 1SRL A; 2KRO A; 3QJ6 A; 4M7D C; 4NL2 A; 4JZ4 A; 1M1K R; 2VAS A; 1SRM A; 2LMJ A; 4BUG A; 4BI4 A; 1NLP C; 2HQX A; 1HSQ A; 3X20 B; 1YHQ A; 2V26 A; 4JRK A; 4M7A E; 3QUI A; 1UE9 A; 1YFN A; 2DAQ A; 2W10 A; 3A8H B; 4JLG A; 2EKH A; 4J6W A; 2DNU A; 2HSE B; 2H3J A; 4EMK C; 3OYI A; 2F5T X; 5IHI A; 3VYG A; 2CT4 A; 3WVD B; 1QLY A; 5IN1 A; 3VU3 C; 4LNP A; 1WZO A; 3SWN A; 5DM7 R; 1UJ0 A; 1ZSZ B; 1I1J A; 2GTO A; 3ULR B; 2E6Z A; 2LQW A; 3JCM P; 5GAN 4; 3MEU A; 3HTR A; 3M5A A; 1UJY A; 2KYM A; 4XK8 E; 5CCA A; 3OYD A; 4M7A C; 2GF7 A; 4XTY A; 1IZ6 A; 1X6O A; 2CP6 A; 2DJZ A; 2G3R A; 3M59 A; 3CPW S; 4BDY A; 2DET A; 1YP5 A; 4PJO B; 4JLI A; 1X75 C; 3HP9 A; 4BY6 C; 1PD0 A; 3OW2 A; 2GGR A; 1PD1 A; 4LD9 K; 3LGL A; 2CYZ B; 2BIV A; 4A4G A; 3JCM h; 1N9S A; 1HXD A; 2EVR A; 2P0K A; 2L8D A; 3SEM A; 4IUP A; 5GAO p; 2QEX Q; 2CDT A; 4OMO A; 1YJ9 A; 2DVE A; 3MEV A; 3G71 Q; 1Q86 R; 3LH5 A; 4M7D B; 4F04 B; 1NJI U; 2NWM A; 2E1H A; 5KE2 A; 4QT7 A; 4RMO A; 1M30 A; 2HQH A; 2OTL Q; 3UPU A; 2BE9 B; 3PNW C; 1SPK A; 2KBT A; 4F7U G; 2D0N A; 3BFM A; 4RTW A; 2RHU A; 3P8H A; 4EMK B; 4KGV B; 1RI9 A; 2QDL A; 4J7F A; 4DOW A; 2COY A; 4MZP A; 2KK4 A; 5GAN 6; 1SKU B; 3MO8 A; 2PVD B; 3GIB A; 3N5B B; 1X69 A; 3VS0 A; 3OY9 A; 3HKS A; 3C4S A; 2ENM A; 3FLG A; 1M1K C; 4L59 A; 1VQ7 A; 4M7A B; 3REB B; 5GAO q; 1XJW B; 1IO6 A; 2X3W D; 4QVZ A; 1UGQ B; 4AFZ C; 4XTW A; 3I55 Q; 3HRT A; 3OYH A; 2DVJ A; 4J9C A; 2CP5 A; 1WHG A; 2EKO A; 2DL8 A; 4KH1 B; 3BE3 A; 4RCB A; 2VKN A; 2QTX A; 3CC2 T; 4BY6 B; 5M9O A; 3QHS A; 1M90 U; 2V1R A; 5CKE A; 4JPB W; 1QW1 A; 3CMA A; 2IIM A; 1YIJ T; 1HYO A; 2AK5 A; 2LNH B; 1M2V B; 2K5L A; 2H8H A; 2HL5 C; 1JRI A; 3FJ5 A; 1VQM T; 2JZ2 A; 2EQI A; 2LCS A; 1AEY A; 2RQU A; 2CZ0 B; 4PJO D; 4PFZ A; 5GAO r; 2RI2 A; 3QII A; 1GBQ A; 2YHT A; 3CC7 T; 1VQL A; 1O9S A; 2YXY A; 1LPL A; 1U5S A; 2JVV A; 3CME A; 2AHJ B; 3U23 A; 2NUT B; 3QJY A; 2I0N A; 4HVU A; 5LJ3 d; 2LJ3 A; 2LVM A; 5KYX A; 4R55 A; 1YCY A; 4M77 E; 4HCC A; 2QA4 T; 4J9I A; 3BW1 A; 5LJ3 g; 5LJ3 f; 5IXF A; 2K57 A; 4M7D D; 5GMK e; 3OYC A; 1RAD B; 4DBF A; 4LUD A; 4C92 A; 1Q86 C; 3CCR A; 3EFR A; 4OML A; 4AFQ C; 1M3C A; 4QQ6 A; 4KGZ B; 4ELZ C; 2YLB A; 1TUG B; 5L23 A; 2MAM A; 4M77 C; 1JBM A; 1WXU A; 1PCX A; 3C94 A; 1N8R U; 3CD6 A; 2NUP A; 2O4X A; 5KYW B; 5EC7 A; 3HFN A; 5I11 A; 3QPH A; 1I81 A; 4HVW A; 2D0Q B; 1BBZ A; 2BUD A; 1TUD A; 2V8I A; 5FRN A; 1K8A U; 1PC0 A; 4M7A D; 2RHX A; 2YDL A; 3QO3 A; 3PVL A; 2DTO A; 4M75 E; 4J9H A; 1UHF A; 3X26 B; 2ZZD A; 1PHT A; 3H0F A; 3VS5 A; 3G4S A; 2J6O A; 1MUZ A; 1X6G A; 2YLC A; 3ER0 A; 1G3T A; 3T9N A; 3OS0 A; 3PTA A; 1UGR B; 1YHQ Q; 1B7T A; 1WI7 A; 3OMG A; 2LCL A; 3L2V A; 3GPL A; 5GAN j; 2DD5 A; 2DL5 A; 1Q82 U; 2DKG A; 1VQ5 T; 3DB3 A; 4AT1 B; 4M75 C; 2M02 A; 4PFO A; 1VQP T; 4IUU A; 1WIE A; 5LJ3 j; 1K4U S; 1OU9 A; 2ZPE B; 2RA2 A; 4F16 A; 2MMP A; 2RQW A; 4YTL A; 1M2O A; 1MGQ A; 7AT1 B; 4M78 E; 1D1C A; 1K9M U; 3M9Q A; 4LDV A; 3HSB A; 2YWW A; 2DIQ A; 3A8L B; 4M77 B; 1TSF A; 2RI3 A; 4PK4 A; 2KR3 A; 1YIT A; 4C5I A; 5J39 A; 9ATC B; 2BZX A; 3G1J A; 1RAA B; 3S6W A; 1FMW A; 2C0T A; 1D0Y A; 2KNB B; 1U3O A; 2I2L A; 2LT4 A; 2JW4 A; 2MYS A; 2RB6 A; 2AZV A; 4XU3 A; 1CKB A; 1W6X A; 4HCZ A; 5IAY A; 1YJ9 Q; 5I22 A; 1K0S A; 4BB7 A; 1D0X A; 4FYX B; 4HVV A; 3RIR A; 1D09 B; 2FRW A; 1W2B S; 2K4Y A; 3MET A; 4KRT A; 4BE0 A; 4J9G A; 4F7U A; 1Y96 A; 1WJQ A; 4OF1 A; 1S72 T; 2LT1 A; 3QXE B; 1WQ7 A; 4C8Q E; 2QAZ A; 4B9X A; 3CBO A; 1VQK T; 4EPC A; 2RN8 A; 2CUD A; 2E3I A; 3CCL T; 4M75 B; 3TSW A; 2CP0 A; 3EG1 A; 2YUO A; 4XTX A; 2ED1 A; 4RTV A; 3MP1 A; 4OMP A; 1FXX A; 2DER A; 5A0D A; 2P84 A; 3LLR A; 1YI2 A; 3UAT A; 4XU1 A; 4HKE A; 5GMK i; 4BE2 A; 1VQ7 Q; 1CSK A; 2EYZ A; 5IHN A; 1TU0 B; 1OPK A; 4NL3 A; 4J9B A; 1Q95 G; 4C8Q C; 1HK9 A; 4PKC C; 2K5F A; 2O9S A; 2JTM A; 2O2O A; 4FIB A; 1M5Q 1; 4GLM A; 1OX9 A; 2LNV A; 2KVQ G; 3CCS A; 2JOY A; 1QWF A; 2A7Y A; 2MK5 A; 2DJQ A; 3G6E A; 1U06 A; 1ZHI A; 3V7C A; 4E7L A; 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