The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
79
|
structure length |
79
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Chain Sequence |
GSSGSSGWQGLSSKGDLPQVEITKAFFAKQADEVTLQQADVVLVLQQEDGWLYGERLRDGETGWFPEDFARFISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structures of the SH3 domain of human rho guanine exchange factor (GEF) 16
rcsb |
| molecule keywords |
Rho guanine exchange factor (GEF) 16
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WXB A; 4J9G A; 1H3H A; 2PNI A; 2ROL A; 4CC2 A; 2LMJ A; 1SHG A; 1YCS B; 2J05 A; 1GFC A; 1H92 A; 1T0J A; 1H8K A; 5GJV B; 2ENM A; 4OMO A; 5FWC A; 2CDT A; 1GBQ A; 3I5S A; 4RTT A; 1OEB A; 1PKS A; 4M4Z A; 4AFS C; 2A36 A; 2A08 A; 4LE9 A; 2D8J A; 1ABO A; 3H41 A; 2KRN A; 1UG1 A; 2CT4 A; 2KT8 A; 2AZV A; 2FPF A; 1WLP B; 1ZBJ A; 2J6F A; 1X6B A; 4AG1 C; 3EG1 A; 3EG3 A; 1YWP A; 2JMC A; 4Z89 A; 1E7O A; 2EGA A; 2DRK A; 2LP5 A; 1M8M A; 3VS5 A; 2DE0 X; 3FJ5 A; 1E6H A; 1MV0 B; 2YT6 A; 2D0N A; 2A28 A; 2CT3 A; 4FSS A; 4OMM A; 1WXT A; 1W70 A; 4JJD A; 1WX6 A; 3VS6 A; 2SEM A; 2K2M A; 1JU5 C; 3PE0 A; 1K9A A; 2DL5 A; 2IIM A; 2JTE A; 2MOX A; 1AWO A; 3U23 A; 2JS0 A; 2PZ1 A; 1WIE A; 1WA7 A; 3RBB B; 3EG2 A; 2M0Y A; 1G83 A; 2V1Q A; 2DLP A; 1GL5 A; 1YNZ A; 3TSZ A; 2C0I A; 3EHR A; 2EGE A; 3I35 A; 4QT7 A; 4RTU A; 4WCI A; 4F16 A; 3NMZ C; 4D8D A; 2FO0 A; 5IXB A; 1I07 A; 4EIK A; 2F2W A; 2CUD A; 1RLP C; 1IO6 A; 1K76 A; 2E5K A; 1M30 A; 1NLO C; 3GBQ A; 3VS4 A; 4LUD A; 1K0X A; 2KR3 A; 2DM1 A; 1UFF A; 2YSQ A; 2O2O A; 1TG0 A; 2LJ1 A; 2LQW A; 4HCK A; 2DJQ A; 4LNP A; 1NEG A; 2BTT A; 3H0I A; 2F2V A; 1T3S A; 2RQR A; 4J9C A; 2ROT A; 1BBZ A; 3QWX X; 3O5Z A; 2DL4 A; 2FRY A; 1VYV A; 2KYB A; 4J9H A; 2AKL A; 1PWT A; 2O9S A; 3VS3 A; 4E6R A; 4A63 B; 2DNU A; 4R0K A; 1X6G A; 2DYB A; 1QLY A; 1K0S A; 1BK2 A; 1JXM A; 1X43 A; 2DL8 A; 1WDX A; 2JXB A; 2W10 A; 1W1F A; 2GGR A; 2EQI A; 1SPK A; 2AZS A; 1OPL A; 2KE9 A; 1ABQ A; 1T0H A; 1UEC A; 5GJW B; 1UJY A; 2KT1 A; 3NHN A; 2K9G A; 1WXU A; 1X2Q A; 4KRT A; 2A37 A; 2QDL A; 2KXD A; 1ZLM A; 2O88 A; 1W6X A; 1Y0M A; 1ZX6 A; 2DA9 A; 2K79 A; 2I0N A; 2EYZ A; 2KRM A; 1HSQ A; 2J6K A; 2L2P A; 1M27 C; 1U3O A; 5IHN A; 1PHT A; 2KRS A; 2CUB A; 1M3B A; 2KGT A; 3THK A; 2MIO A; 1S1N A; 4Z8A A; 1FMK A; 3VS2 A; 2JW4 A; 1MUZ A; 2K3B A; 4RTX A; 1M3A A; 2ABL A; 3M0Q A; 1GFD A; 2X3W D; 1GCP A; 1G2B A; 2B86 A; 2DL3 A; 2D8H A; 4AG2 C; 2GTO A; 1NM7 A; 1Z9Z A; 1I0C A; 2GTJ A; 1EFN A; 1K4U S; 3R6N A; 2RQU A; 1NYF A; 5EC7 A; 4F17 A; 1E6G A; 4JJB A; 1JO8 A; 2HCK A; 1WYX A; 4J9F A; 1KFZ A; 1JEG A; 1WI7 A; 1AVZ C; 2JMA A; 2GBQ A; 2NWM A; 2YDL A; 3KFV A; 3CQT A; 2DIL A; 4LUE A; 1AZE A; 2RN8 A; 3EG0 A; 1AEY A; 2CH4 A; 3H0F A; 3REA B; 2LQN A; 2CH4 W; 4AFZ C; 4HXJ A; 2AKK A; 4DEX A; 1GBR A; 2J7I A; 2P4R A; 2BZ8 A; 3SEM A; 1CKB A; 1RUW A; 3M0S A; 2EYY A; 1N5Z A; 2DF6 A; 2C0T A; 2HSP A; 4HVV A; 4CC7 A; 4OML A; 3M0P A; 1QCF A; 1AWJ A; 5FW9 A; 1B07 A; 3JV3 A; 1SEM A; 1BB9 A; 2D1X A; 4DEY A; 2W0Z A; 2X3X D; 1AOJ A; 1WFW A; 1OOT A; 1TUD A; 1UUE A; 2EBP A; 1SHF A; 1BU1 A; 1VYT A; 2L3S A; 1KIK A; 1UE9 A; 2LCS A; 3M0R A; 2CSQ A; 2KEA A; 4D8K A; 1UHF A; 2KXC A; 2FG0 A; 1KSW A; 1UJ0 A; 2K7A A; 1UHC A; 3VS1 A; 2M51 A; 1PNJ A; 3M0U A; 4OMQ A; 2J6O A; 1ZUU A; 1SRL A; 3NPF A; 2LNH B; 4CC4 B; 4AFQ C; 4J9D A; 2F2X A; 2YUQ A; 2YUO A; 2G6F X; 3UA7 A; 2CSI A; 2XMF A; 4GBQ A; 2J06 A; 2KRO A; 1YWO A; 1UTI A; 1SRM A; 4F14 A; 1PRL C; 2FPD A; 2DL7 A; 2L3Q A; 3TSW A; 3C0C A; 4JZ3 A; 1J3T A; 1VYU A; 4ORZ A; 1QKW A; 2CRE A; 4AFU C; 3ZL7 C; 1OV3 A; 2ED0 A; 1FYN A; 1QWF A; 2LJ0 A; 3I5R A; 4CC3 A; 4HVW A; 2YUP A; 1MV3 A; 2HBW A; 2VWF A; 2GNC A; 2BZX A; 1AZG B; 4OMP A; 1QWE A; 2EPD A; 2DRM A; 2KYM A; 2KNB B; 4Z88 A; 3PVQ A; 2O31 A; 1T3L A; 2RQV A; 4J9I A; 1GRI A; 1VA7 A; 2EYX A; 2EGC A; 1ZSG A; 4GLM A; 1M3C A; 2RPN A; 2YUN A; 1HD3 A; 2VVK A; 1QKX A; 4OMN A; 3VS0 A; 1V1C A; 5IHI A; 2RF0 A; 2SRC A; 4X1V A; 1ZUK A; 2FPE A; 1PKT A; 2ESW A; 2LX7 A; 2EKH A; 1ARK A; 4J9B A; 3IQL A; 2DMO A; 4HVU A; 2KBT A; 4RTZ A; 2BZY A; 3M0T A; 1JQQ A; 2PTK A; 3EHQ A; 5I11 A; 4IIM A; 2FEI A; 2JT4 A; 2RMO A; 2L3P A; 1GCQ C; 1YP5 A; 2GQI A; 3I9Q A; 1ZUY A; 1HJD A; 1X69 A; 1OPK A; 2RNA A; 5IXF A; 1AWX A; 3REB B; 1XOV A; 3SHW A; 2FRW A; 4RTW A; 2ED1 A; 1GCQ A; 1TUC A; 2JM8 A; 1PRM C; 1X2K A; 5IH2 A; 3VRZ A; 3PVL A; 1SSH A; 1RI9 A; 2EW3 A; 1NG2 A; 1U5S A; 4J9E A; 3UF4 A; 2OJ2 A; 1AWW A; 1K1Z A; 1AD5 A; 5HCK A; 3LH5 A; 2DBK A; 3A98 A; 3RNJ A; 4ZNX A; 4K11 A; 1CKA A; 1NYG A; 1RLQ C; 4RTV A; 2HDA A; 2ECZ A; 4Y92 A; 3EGU A; 4ESR A; 1NEB A; 1CSK A; 3VS7 A; 2H8H A; 3QWY A; 1I1J A; 1LCK A; 2DVJ A; 2EYW A; 3NGP A; 2LJ3 A; 1NLP C; 2DBM A; 1YN8 A; 2OI3 A; 3VRY A; 2C0O A; 2MCN A; 2AK5 A; 2DX1 A; 4RUG A; 4RTY A; 2LZ6 B; 2OAW A; 3UA6 A; 1KJW A; 1Y57 A; 3ULR B; 2RQT A; 2VKN A; 2HEQ A; 4JZ4 A; 4IIO A; 1B3Q A; 1UGV A; 3H0H A; 5ECA A; 1UDL A; 2JS2 A; 2O9V A; 3TVT A; 5IHK A; 2JM9 A; 5L23 A; 1U06 A; 5I22 A; 3UAT A; 5FWB A; 2V1R A; 4JJC A; 4JPB W; 2L0A A; 1X27 A; 1Z9Q A; 1A0N B; 4LN2 A; 1JXO A; 2NUZ A; 2RQW A; 2K6D A; 2EVR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WXB A; 2RHU A; 5GMK l; 4JJN K; 4V2S A; 4LDX A; 3P8B B; 4IKF A; 1LOJ A; 2XG8 D; 2HL3 A; 1NE8 A; 3OYE A; 4A4K A; 4RTT A; 3VU3 C; 1PKS A; 4M4Z A; 1NJI C; 2A36 A; 3V7C A; 4PJJ A; 3SD4 A; 4N4I A; 2EQK A; 4M75 F; 4FYY B; 4YTL A; 3OA6 A; 1ABO A; 2AT1 B; 1W2B P; 2CT4 A; 4C92 G; 2JNG A; 3EGD B; 2J6F A; 1SG5 A; 3EG3 A; 4Z89 A; 3G6E T; 2HZY A; 2P4T A; 1E7O A; 2B8A A; 5HK3 A; 4R55 A; 1VQ5 T; 4C8Q A; 1M8M A; 3VS5 A; 5GAM j; 3FJ5 A; 1MV0 B; 1IRX A; 1YJ9 T; 4JJD A; 1RAC B; 3FRN A; 2MK5 A; 4LDV A; 3RER A; 2K2M A; 1RL2 A; 2M9U A; 2DK3 A; 1WA7 A; 3JCM c; 2QI2 A; 1M2V A; 2V1Q A; 2DZC A; 2LQ8 A; 1YNZ A; 5GAM f; 5CKB A; 2K4Y A; 3JB9 I; 1Y71 A; 3I55 T; 3QDR B; 5A2Q E; 1I07 A; 4EIK A; 1VQO T; 1VQ9 A; 2F2W A; 3KUF A; 1RLP C; 4R56 A; 1TXQ A; 3FC3 A; 3RKX A; 4BI3 A; 4UC4 A; 1M30 A; 1YI2 A; 2XI9 A; 1K0X A; 2DM1 A; 4KUD K; 2O2O A; 1S72 Q; 1VQ6 A; 4LNP A; 2KMT A; 4ANJ A; 1NEG A; 1RAI B; 1T3S A; 2RQR A; 1YJW A; 4E7S A; 3QWX X; 3PMI A; 4M75 E; 2DL4 A; 2O01 E; 2E41 A; 2KYB A; 4J9H A; 4M7D B; 2AKL A; 2VYT A; 1IXD A; 2O9S A; 2FZG B; 1XTD A; 4M75 C; 1IZ6 A; 2DNU A; 1VQP A; 1X6G A; 1PG5 B; 3DLM A; 4PFP A; 1X43 A; 5IT9 E; 4L59 A; 5KH6 A; 1W1F A; 3LGF A; 2AZS A; 4M75 A; 1ABQ A; 1T0H A; 4NS5 A; 1VQM T; 1PCX A; 3QPH A; 3CCM Q; 3CPF A; 2K79 A; 1RAE B; 3QJY A; 1ZA2 B; 2KRM A; 2L2P A; 2RD1 A; 1FXX A; 5IHN A; 3OMC A; 2CUB A; 1M3B A; 1NZ9 A; 4MMK A; 2R5M A; 1QQJ A; 3VS2 A; 2JW4 A; 5FLX E; 2K3B A; 3OYC A; 3M0Q A; 2ABL A; 3OYB A; 1GFD A; 4KGV B; 4CI0 C; 4HCC A; 1G2B A; 3CME T; 4M77 E; 2FL7 A; 2COZ A; 4J5Y A; 2HKN A; 1I0C A; 2XID A; 2KVQ G; 1SF9 A; 1EFN A; 3R6N A; 2RQU A; 4MDX A; 1NYF A; 1M4Z A; 1IRE B; 2IPO B; 1JB0 E; 2BE9 B; 4KUI A; 1KFZ A; 1KC8 R; 1JEG A; 3NTK A; 1AVZ C; 3FB9 A; 3JSC A; 4LUE A; 1Q7Y U; 1AZE A; 2M16 A; 4BY6 C; 2LX9 A; 2CH4 A; 4M7A B; 3J7A F; 3FEO A; 4AFZ C; 4E7K A; 2A3L A; 2J7I A; 2P84 A; 3RMQ A; 2D9T A; 2BZ8 A; 2VAS A; 1CKB A; 3M0S A; 2DF6 A; 3X24 B; 4LD9 K; 1YI2 T; 2HSP A; 4II1 A; 3G4S A; 2D6F A; 4AT1 B; 4DBR A; 5LJ5 j; 4JRQ A; 2DO3 A; 2DVE A; 1QCF A; 3GP8 A; 3T9N A; 1B07 A; 1SEM A; 3OS2 A; 2D1X A; 2FYK A; 1YJW T; 4WF2 A; 3EAE A; 3RDV A; 1KG1 A; 1UUE A; 1PM3 A; 2Y4X A; 2EBP A; 2L89 A; 2DAQ A; 2QEX T; 2LCS A; 2FB7 A; 1M1K U; 3URG A; 3M0R A; 1UGP B; 4PJL A; 5D6X A; 5A0L A; 1VQ7 Q; 4Y28 E; 5LJ5 f; 1VQP T; 1UHF A; 2KXC A; 5FU6 B; 4FYX B; 2M51 A; 5I21 A; 4ZGE B; 3M0U A; 1Q95 G; 4C8Q D; 1I5L A; 2FHD A; 1ZUU A; 4BE2 A; 3NPF A; 1TTH B; 3H8Z A; 3PNW C; 1S72 A; 1KHC A; 2YUO A; 3V7S A; 1K73 U; 3CCV Q; 2QDY B; 3MP6 A; 2KRO A; 1Y96 B; 4ZTJ A; 4BI4 A; 5GAO p; 4J6X A; 4JZ3 A; 1NPR A; 3EG9 A; 4RG8 A; 1K8A R; 1VYU A; 4ORZ A; 2CRE A; 3M57 A; 1QVP A; 3A5Z B; 2ZGW A; 1FYN A; 3MHX A; 1QWF A; 4F7U F; 3MP8 A; 3ASK A; 2R58 A; 1NPP A; 4C0D B; 1Q81 R; 2BZX A; 1AZG B; 1YIT A; 1N8R R; 4X9C A; 1XQH A; 5DLO A; 2KNB B; 3I56 T; 3CXC A; 1HYO A; 3PVQ A; 1YIJ T; 4OB1 B; 4N4G A; 3CCM A; 3G6E Q; 2GFU A; 1VQ5 Q; 3RES A; 1GRI A; 3OY9 A; 1EZZ B; 1HD3 A; 2E10 A; 3DB4 A; 2HAX A; 2MF2 A; 2DIG A; 3VS0 A; 2AIR B; 5FU7 C; 5IHI A; 1B34 A; 4XTU A; 3X28 B; 3L42 A; 1ARK A; 3HHT B; 1QVG A; 1YJN Q; 2EJ9 A; 1R8O B; 3G4S T; 4RTZ A; 4Q5W A; 4TVR A; 2ZCF B; 1G5V A; 1VQL T; 3LWI A; 2YRV A; 5GMK m; 3OYJ A; 3I55 Q; 1ZQ1 A; 2E6N A; 3QZ9 B; 2DXT A; 1M2V B; 4DOW A; 1GCQ C; 1NJI R; 2LT1 A; 1YP5 A; 2PQW A; 3MO8 A; 1Q7Y C; 1X69 A; 1O75 A; 2LT4 A; 5IXF A; 1VUB A; 3L2R A; 3LW5 E; 1GCQ A; 2M0O A; 2HL5 C; 5GAN j; 2KDS A; 4QVD A; 1X2K A; 2YRD A; 2EIF A; 3EH1 A; 3SB2 A; 2DXC A; 2JVV A; 4RMO A; 1K9M U; 1IHV A; 3CC2 Q; 3H6Z A; 4F7U E; 1NG2 A; 4J9E A; 1BI2 A; 1K1Z A; 3QII A; 2D0Q B; 2RJC A; 2QXF A; 2OAU A; 3JCM g; 2K3X A; 3HRS A; 4K11 A; 1NYG A; 2COW A; 2HMA A; 3HPW A; 2V8J A; 4QVC A; 2F5T X; 3M4Y A; 5GAN f; 2ECZ A; 3EGU A; 2QAS A; 3QWY A; 4F7U A; 1TWB A; 1I81 A; 1AHJ B; 5A0D A; 3NGP A; 1NLP C; 2LJ3 A; 1WHM A; 1YN8 A; 1M1K C; 2MCN A; 1XJW B; 4J7I A; 2DX1 A; 4RUG A; 1BYM A; 1VQM Q; 2OAW A; 1VQ7 A; 3MJX A; 2HNI A; 2RQT A; 2VKN A; 4M75 B; 4EMK C; 3MEU A; 2O9V A; 3TVT A; 1X01 A; 2JM9 A; 1RAB B; 1TUG B; 5L23 A; 3JCM e; 2QYZ A; 5I22 A; 4EDU A; 4JJC A; 4JPB W; 1Q82 U; 1YIT T; 1OZ2 A; 4EMK A; 1OI1 A; 3L2Q A; 1JXO A; 2E65 A; 2YHT A; 2RHI A; 1OYX A; 3E2U A; 2EVR A; 3CCV A; 5C6S A; 5DM7 R; 4JRP A; 7AT1 B; 4M78 D; 2ROL A; 2DIQ A; 2LMJ A; 3CME Q; 2E3H A; 3M55 A; 1YCS B; 3OSV A; 4DBQ A; 4B6M A; 1UEB A; 1GFC A; 1H92 A; 5J3B A; 1YFN A; 4OMO A; 2CDT A; 3I5S A; 5CKD A; 4C92 A; 1M2O A; 2WSF E; 4AMC A; 2A08 A; 1VIE A; 4LE9 A; 4MZP A; 3H41 A; 3CCE A; 2KT8 A; 4B9W A; 3V8J A; 2AZV A; 4C0F A; 2XK0 A; 5KYU A; 2EKO A; 4LD6 A; 5CKE A; 4HCZ A; 2DRK A; 2LP5 A; 3OS0 A; 3OYN A; 1TSF A; 1ZSZ C; 1E6H A; 4JLG A; 4JRI A; 1KQ2 A; 2RK2 A; 2CT3 A; 1DJ7 B; 2DKG A; 1VQ5 A; 4JS5 A; 5LJ3 d; 1WX6 A; 2PVG B; 4BY6 B; 2SEM A; 2NUP A; 3PE0 A; 3LWH A; 4XK8 E; 1AWO A; 2MOX A; 1ACM B; 1G3W A; 3EFR A; 3TRE A; 3U23 A; 2XD0 A; 1JRI A; 2HSE B; 5HKC A; 3EG2 A; 4C8Q F; 3TQ7 P; 2DER A; 1YJN A; 3EHR A; 2EGE A; 3EFS A; 4FT4 A; 4QT7 A; 3NMZ C; 4D8D A; 5IXB A; 1SSF A; 2QEX Q; 1N9R A; 1IO6 A; 2NYS A; 1LPL A; 2E5K A; 2O4X A; 2QG9 B; 4O6J A; 3AT1 B; 4MZM A; 3GBQ A; 3VS4 A; 3I55 A; 2XDP A; 1UFF A; 2RK1 A; 4ZGD B; 2BTT A; 3HFO A; 2DPP B; 5KYY B; 2DET A; 4XAX B; 1IGU A; 3C94 A; 2RB6 A; 5GAN 4; 1VQ7 T; 1BBZ A; 3O5Z A; 2FVU A; 3CC2 A; 5GAO n; 1VYV A; 2G3R A; 1M90 R; 3CEY A; 1PWT A; 3PIO A; 3JAM E; 2LC4 A; 1QLY A; 1U1T A; 1WDX A; 4XTX A; 1SPK A; 3MP1 A; 1W2B S; 2ATC B; 1OPL A; 3CPW S; 1UEC A; 4ME7 A; 2LRQ A; 2XDB A; 4M7D G; 4KRT A; 4HCB A; 2A37 A; 2QDL A; 3E9F A; 1Y0M A; 2I0N A; 1VQM A; 2CP0 A; 3I56 Q; 3VV0 A; 1M27 C; 2MYS A; 1YIJ Q; 1U3O A; 5KYX A; 1PHT A; 3THK A; 3CCE T; 4C5E A; 4C8Q E; 1S1N A; 5CQY A; 2X9H A; 1W2B A; 4N0A C; 3C95 A; 3CPW A; 2X3W D; 1GCP A; 4C8Q C; 3X20 B; 2DL3 A; 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