The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
86
|
structure length |
86
|
Chain Sequence |
MSEWMKKGPLEWQDYIYKEVRVTASEKNEYKGWVLTTDPVSANIVLVNFLEDGSMSVTGIMGHAVQTVETMNEGDHRVREKLMHLF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Gemin6-Gemin7 Heterodimer from the Survival of Motor Neurons Complex Has an Sm Protein-like Structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Gem-associated protein 6
|
| total genus |
19
|
| structure length |
86
|
| sequence length |
86
|
| chains with identical sequence |
C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCM V; 2DZC A; 4M78 F; 4WF2 A; 2E65 A; 3V8J A; 5GAM f; 5LJ3 g; 2DKG A; 4XU0 A; 4F7U B; 1LOJ A; 5GAM j; 1Y96 B; 3JCM Q; 4PJO G; 5GAO q; 4C8Q B; 3JCM J; 3EFR A; 4M78 E; 1I8F A; 1X01 A; 5LJ3 f; 3QUI A; 2QTX A; 4C92 F; 5GAO m; 5GAN 8; 4XQ3 A; 1BIB A; 2DJZ A; 4M78 A; 1WQW A; 4PJO A; 4NL3 A; 4M7A D; 1TH7 A; 4C92 E; 4J6W A; 4M7D B; 4N0A A; 4M77 D; 5DY9 A; 4RCC A; 1JBM A; 1LJO A; 4J6Y A; 3RUX A; 2DTI A; 2RA2 A; 4QVC A; 2YHT A; 4JRI A; 4M75 A; 5GAN 4; 3JB9 D; 2EWN A; 4XTY A; 3SWN B; 3V7S A; 3JCM b; 5GAN h; 4M7A F; 1MGQ A; 3M4G A; 4M77 F; 4Y91 A; 5GAN 2; 3QO3 A; 4XU3 A; 1WNL A; 4M7A E; 4JLI A; 3INZ A; 1JRI A; 2RB6 A; 4M75 B; 4C8Q C; 4M77 E; 5LJ5 d; 3JCM d; 3JB9 F; 2VXF A; 2ZGW A; 1N9S A; 4PJO F; 5LJ5 e; 4M7A A; 5GAM h; 4M77 A; 4NOY A; 2DVE A; 3RER A; 5LJ3 j; 5GAO l; 3BY7 A; 4NL2 A; 4M7D C; 4PJO E; 5GMK j; 1N9R A; 1D3B A; 5GAO n; 4M78 B; 3RES A; 4C92 C; 1M5Q 1; 2DZ9 A; 3RKW A; 5LJ5 g; 3JCM g; 4XTV A; 4JUV A; 3SWN C; 3BW1 A; 5GMK m; 3JCM c; 3L2Z A; 5I21 A; 5LJ5 f; 3JCM f; 5GAO p; 4QVD A; 4C92 B; 4F7U G; 3JB9 J; 1B34 A; 4C8Q G; 3V7C A; 4M75 C; 4DQ2 A; 2HNI A; 2DTO A; 2JN0 A; 2VXE A; 3FIF A; 1H64 1; 5GAN 6; 2I2L A; 4EMK A; 1YCY A; 1BIA A; 1Y96 A; 2DEQ A; 5CAI A; 4A54 A; 4M7D G; 2Y90 A; 3JCM P; 3RKX A; 2E64 A; 2DXT A; 1LNX A; 2EJG A; 3HFO A; 4M7A B; 3V7R A; 4X9D A; 3JCM e; 1HXD A; 4V2S A; 4M77 B; 2DTH A; 4M78 C; 4XTU A; 5LJ3 h; 4PJO C; 2RD1 A; 4HA8 A; 5GMK h; 1U1S A; 3HFN A; 4XU1 A; 4N0A C; 3FB9 A; 1I4K 1; 1D3B B; 2RM4 A; 1U1T A; 4C8Q D; 5GAN 7; 4PJO B; 1WQ7 A; 3HSB A; 4A53 A; 4EMH A; 5GMK l; 3JB9 I; 3JCM X; 5GAN g; 1KQ2 A; 3JB9 G; 4HT9 A; 4M75 G; 3V8L A; 5GAN f; 5LJ5 j; 4M7D D; 3JCM W; 3BFM A; 4F7U F; 2DXU A; 2YLC A; 1KQ1 A; 2EJF A; 4C8Q F; 3AHU A; 2K57 A; 1HK9 A; 5GMK i; 4J6X A; 4X9C A; 3V8K A; 1B34 B; 2CGH A; 3RKY A; 4C92 D; 4F7U E; 4PNO A; 2EAY A; 5GAM g; 4C8Q E; 4HT8 A; 1I5L A; 4EMK B; 4MMK A; 4M7A C; 4M7D F; 4F7U A; 4M78 G; 3JB9 H; 4M77 C; 3RIR A; 2FYK A; 2E41 A; 4C8Q A; 2EJ9 A; 5GAN d; 2YLB A; 4MML A; 4OP0 A; 5GAN e; 1I81 A; 4M7D E; 4M75 D; 3SB2 A; 2FB7 A; 2VC8 A; 3QHS A; 4C92 G; 4M7D A; 3FJP A; 5GAN 3; 4EMG A; 3L1A A; 5GAM d; 3PGG A; 3QSU A; 4C92 A; 5GAM e; 5LJ3 d; 4M75 F; 4XTX A; 5LJ3 e; 4M78 D; 2E1H A; 4XTZ A; 3SWN A; 5LJ5 h; 4JRK A; 3JCM h; 5GMK e; 5GAO r; 4PJO D; 5GAN j; 4RCB A; 3VU3 C; 4M75 E; 4XU2 A; 4XTW A; 1M8V A; 3EFS A; 1WPY A; 2E10 A; 4M7A G; 4EMK C; 3GIB A; 4M77 G; 5GAN 5; 3BDU A; 4J5Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JCM V; 3DLL A; 1WJS A; 3QG1 A; 4K11 A; 3JB9 G; 1YFN A; 2MOX A; 3JCM Q; 4XK8 E; 5D6Y A; 3CCJ T; 2HZY A; 3CC2 Q; 5KYW B; 1WQW A; 1VQO Q; 4M7A D; 5EC7 A; 1WHM A; 4E7L A; 3NHN A; 1E7O A; 1QCO A; 1VQ9 A; 5GAN h; 2ROL A; 4ESR A; 2RQV A; 1KFZ A; 2BE9 B; 3TQ7 P; 3INZ A; 5FU6 C; 2WSE E; 2VXF A; 3EGX B; 3CCV Q; 1PNJ A; 1G8X A; 5GAO n; 4JJB A; 2P84 A; 1VQN T; 2RI5 A; 3Q1J A; 2KT1 A; 8ATC B; 1JEG A; 5GMK m; 4QVZ A; 2MIO A; 2MI6 A; 5HY6 A; 1MMA A; 2DIG A; 1K76 A; 1Q81 U; 3OYC A; 2QA4 Q; 1AHJ B; 2MMP A; 3QZ5 B; 3MEV A; 1PD0 A; 1VQ4 Q; 5LL6 S; 1N8R R; 3LYI A; 3CCR A; 3HFN A; 4A4E A; 4A4H A; 1ZLM A; 2GNC A; 4RTU A; 2QTV A; 3VS3 A; 1IO6 A; 1HK9 A; 3M57 A; 2RJD A; 1I5L A; 1RAD B; 2L5Q A; 5CIU A; 4M7D F; 3VRZ A; 2EYZ A; 2LP5 A; 1PM3 A; 3M4Y A; 3OYA A; 2LCL A; 4PJM A; 5I11 A; 1I81 A; 3CCM A; 2SEM A; 1H92 A; 1R0B G; 2LDM A; 3I5S A; 2DAQ A; 3KFV A; 1YIT A; 4JDS A; 2X3X D; 1AVZ C; 3F70 A; 3TU4 K; 1KG1 A; 3VS2 A; 2NLU A; 4ANJ A; 4RUG A; 1K4U S; 1SG5 A; 2E10 A; 1YJN Q; 1OU8 A; 1FXX A; 2LNV A; 4LDU A; 3L2V A; 4FCY A; 3I56 Q; 4PFZ A; 3PT9 A; 4F7U B; 4C8Q B; 1JB0 E; 5CQY A; 1XQH A; 4C92 F; 2BTT A; 3REA B; 1SSF A; 4ZGJ B; 2HAX A; 1GRI A; 1HSQ A; 4PL6 A; 2DL5 A; 2AIR B; 3JB9 D; 4L59 A; 3OS5 A; 5ECA A; 3JCM b; 1E6G A; 4CI0 C; 2DMO A; 2NWM A; 2FPE A; 2YUO A; 4J9H A; 1NZ9 A; 1WGS A; 1VYT A; 4BI8 B; 1MV3 A; 4NL2 A; 4E7J A; 4RMO A; 4KUL A; 1TWB A; 3G4S T; 1M5Q 1; 2L3S A; 4HCK A; 2QAZ A; 2EW3 A; 4PLL A; 4FW1 A; 1N6A A; 1T0J A; 1M1F A; 1Y0M A; 4DBQ A; 2ZPE B; 2YRC A; 4ZNX A; 1VQ6 A; 2K3Y A; 4EMK A; 2NUZ A; 2CUB A; 2XIC A; 1UG1 A; 1YCY A; 3EG3 A; 3RMQ A; 2CP0 A; 3EGU A; 1KHI A; 3HFO A; 1YHQ T; 2BUD A; 3JV3 A; 3A8H B; 4LUE A; 5A0G A; 2DRK A; 5C6S A; 1UFF A; 1WQ7 A; 2CH4 W; 4A53 A; 2JM8 A; 2KI7 A; 3CC2 T; 5GAN f; 5LJ5 j; 1KQ1 A; 2RH2 A; 5GMK i; 1PRM C; 4C92 D; 2PUK B; 4RG8 A; 3D7S B; 2J6K A; 3FRN A; 3OA6 A; 1K9M U; 1RI9 A; 3VJP A; 3CXC A; 3CCE A; 4RKU E; 4J9E A; 3LGL A; 1D0X A; 1NYG A; 5CO7 A; 2P4R A; 1QVG P; 3CCV T; 1VQM Q; 3VS7 A; 1Q7Y U; 3S6W A; 2HD0 A; 1VQP Q; 6AT1 B; 1VQ8 A; 3GNG A; 5GJV B; 4N4G A; 4J5Y A; 2EGC A; 4FU6 A; 4BI4 A; 1ZSZ B; 5GAM f; 4XU0 A; 3ZBD A; 4M78 E; 1ZQ1 A; 5GAN 8; 1VQL Q; 1BIB A; 3SDZ A; 3E2U A; 2HL3 A; 3EH2 A; 3CME Q; 4ELY C; 4FYX B; 2E70 A; 4DEX A; 2HSE B; 2V1Q A; 3R6N A; 1M1G A; 1YCS B; 4GLK A; 1S1N A; 3DLM A; 4M7A E; 3DB4 A; 4M75 B; 1TU0 B; 2ZGW A; 1TG0 A; 3CCU T; 1N5Z A; 2XMF A; 1YI2 A; 5IT9 E; 1S72 Q; 4M7D C; 4PJO E; 3N5B B; 3ASK A; 2AKL A; 3RES A; 2YT6 A; 4PJJ A; 1D09 B; 1YJW A; 1PKS A; 4KBM B; 2W10 A; 2HQX A; 4Z88 A; 1D1A A; 1MMD A; 4WTO B; 2BIV A; 3PTA A; 2I2L A; 3I9Q A; 4BE2 A; 3CC4 A; 3QDF A; 2DET A; 3CC7 A; 5KH6 A; 1M1K C; 1TS9 A; 5IAY A; 3CCR T; 1YJN T; 1OZ2 A; 2GCX A; 3OS2 A; 1Q82 C; 4RTZ A; 2E5Q A; 3I56 T; 3MCA B; 3JSC A; 2EIF A; 4EMH A; 1C0M A; 3JCM X; 2DF6 A; 2KY9 A; 2V1R A; 1Y57 A; 1GBR A; 1SRL A; 2LCS A; 2LNH B; 2YLC A; 1CSK A; 1TUC A; 2KNB B; 2DA9 A; 1VUB A; 1B34 B; 2CGH A; 2FZK B; 2F2V A; 4HT8 A; 3CCM T; 1KQS S; 1JXM A; 2P4T A; 5GAN e; 2DK3 A; 4CC4 B; 3SB2 A; 2O2O A; 3MKD A; 2EQK A; 2E6N A; 2D0Q B; 3L1A A; 4RTY A; 3CCQ A; 1I5O B; 1OZ3 A; 3VS5 A; 4LD9 K; 2CH4 A; 3GF5 A; 2XKO C; 4BE1 A; 5LJ3 e; 3SWN A; 1Q86 U; 5GAO r; 4XTW A; 3LWI A; 1OX9 A; 3S3N A; 4OGC A; 2FHD A; 2NUT A; 3PIP A; 3CD6 A; 2KDS A; 2RQW A; 1QW1 A; 1QKW A; 2RHY A; 1RLP C; 1WHJ A; 1QWE A; 2DXC A; 1I8F A; 3QUI A; 1ACM B; 5GAO m; 1GFD A; 2KSS A; 3OYK A; 2A28 A; 3QPH A; 2LTO A; 1B07 A; 4RCC A; 1M2V B; 1FWZ A; 2HQH A; 4FYV B; 4J83 A; 2QEX A; 2EVR A; 4HXJ A; 2DBK A; 4OML A; 3TSZ A; 2H3J A; 1WHH A; 4IIO A; 4LDX A; 1UTI A; 4NOY A; 4ZTF A; 1NYF A; 2JOY A; 3VYG A; 3QDR B; 5KYX A; 2MWP A; 2ZCF B; 2LT1 A; 3NTI A; 2O9S A; 2YUP A; 3CCJ A; 3FLG A; 4XTV A; 2KQW A; 3ZEH A; 2DL3 A; 4QVD A; 1KK7 A; 4KUD K; 1VQ6 T; 1WHG A; 1VQM T; 1JXO A; 2HNI A; 2DTO A; 5IXB A; 3PFS A; 3WXM B; 1X6G A; 1VQP T; 5KE3 A; 3QJY A; 2K2V A; 1Y96 A; 4A4F A; 2KR3 A; 2EJG A; 1TTH B; 3V7R A; 2QGG A; 1BCO A; 3P8D A; 4QT7 A; 4MZM A; 2Z0W A; 4D6W A; 3TVT A; 1KD1 U; 4J9C A; 2DO3 A; 1BB9 A; 2WSC E; 5GAN g; 2MF2 A; 2EYW A; 4M4Z A; 4BD3 A; 1VQL T; 1VQN A; 3JCM W; 3BFM A; 3E19 A; 1M1K R; 3OW2 A; 3CME T; 3OYJ A; 3OYY A; 3X25 B; 1BI0 A; 1DJ7 B; 4AFU C; 3CCE T; 5KCO A; 4B9W A; 3RIR A; 4X1V A; 2EGE A; 4KGX B; 1M27 C; 1GXI E; 2V8K A; 2D8J A; 4IUR A; 3QHS A; 5KCH A; 2F5K A; 5I2M A; 5HKC A; 2P0P A; 4JJD A; 5I2S A; 2CT3 A; 2CZ1 B; 2HMA A; 4EMK C; 2LQK A; 5GAN 5; 2JT4 A; 1U5S A; 2E65 A; 2QQR A; 3SHW A; 5GAM j; 3JCM J; 1Y96 B; 3CCL Q; 3IQL A; 3AT1 B; 2DLP A; 2F69 A; 4PJO A; 3L2U A; 4BY6 B; 1ZUY A; 3RUX A; 1QVP A; 3X20 B; 1IRE B; 1UGQ B; 4LN2 A; 3V7S A; 2X4Y A; 3EG0 A; 4IUP A; 1TUD A; 1YI2 T; 3BDL A; 4JZ4 A; 3MEA A; 3G71 Q; 1FMK A; 1YIJ Q; 1B7T A; 4M77 A; 3WVD B; 5GMK j; 4C5I A; 5HK3 A; 4OMF B; 2KAF A; 4M78 B; 2JMA A; 4CC2 A; 3GBQ A; 4JUV A; 3BW1 A; 3FDR A; 2PZ1 A; 2QQB A; 3C0C A; 2R5A A; 1CKA A; 1ZX6 A; 4DQ2 A; 3CC4 T; 2LJ3 A; 1T3S A; 2VXE A; 1MHN A; 4P5N A; 2IIM A; 1XTD A; 4M7A B; 2BE7 D; 1HXD A; 2RQU A; 1VQ5 Q; 1U1S A; 1WHK A; 2RM4 A; 2B8A A; 3S3M A; 4PJO B; 4BAC A; 4F14 A; 1RL2 A; 2DXU A; 3AHU A; 3CEY A; 3QKJ A; 4E7I A; 1NJI C; 3EGD B; 2E4H A; 2GTO A; 2VUB A; 4OP0 A; 2EPD A; 4OMQ A; 4DA4 A; 1YHQ A; 1OQK A; 1H8K A; 3G6E Q; 1ABQ A; 2K79 A; 2X4W A; 4C0F A; 2CDT A; 3E1S A; 4RCB A; 2CZ0 B; 1WPY A; 3CC2 A; 1OPK A; 3JAM E; 2DM1 A; 2VAS A; 1K73 R; 3BDU A; 3E9G A; 2FVU A; 1ZUK A; 1QCN A; 2YUQ A; 3UA6 A; 2CS7 A; 2QQ9 A; 2QTX A; 1IHV A; 3QBY A; 3CBO A; 1TH7 A; 1IB8 A; 1TOV A; 1V29 B; 2FPD A; 3CCV A; 2XU8 A; 1NEB A; 2O01 E; 3UF4 A; 4M77 F; 1W2B S; 2CSQ A; 3WVE B; 3OYH A; 2MAM A; 3HPW A; 1N9S A; 1VOM A; 3NPF A; 2QQS A; 3SEM A; 4Z02 A; 3BY7 A; 3I55 Q; 2H8H A; 2XDP A; 1OYX A; 3CXC P; 3FC3 A; 3SWN C; 2DNU A; 3QWY A; 1JQQ A; 1MUZ A; 2DPP B; 2DER A; 1D0Z A; 4ME7 A; 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4J7F A; 4IUT A; 2OTJ Q; 3V7C A; 1AD5 A; 1YWP A; 3CCS Q; 1Q82 U; 5CAI A; 5M9O A; 2KRM A; 4C5H A; 2E64 A; 2NUP B; 1ZBX A; 4PJO C; 2M0Y A; 1G3S A; 1I4K 1; 1U1T A; 3CPW S; 1ABO A; 2V26 A; 2RF0 A; 3S3O A; 2J06 A; 4A63 B; 4M7D D; 4F7U F; 4C8Q F; 4X9C A; 5A0L A; 2KXD A; 1IGQ A; 1W70 A; 4DEY A; 1ZSZ A; 1VQM A; 4PK4 A; 2ZPG B; 1OUL A; 4M77 C; 1VQP A; 1FYN A; 2X4X A; 1Y07 A; 4Z8A A; 2YWW A; 1R0C B; 5GAN 3; 1BCM A; 2D1X A; 2AT1 B; 4Q5W A; 3JCM h; 1ZUU A; 3M0S A; 2JTF A; 2X9H A; 1VQO T; 1VQL A; 1RAI B; 2EGA A; 4M75 A; 3PMI A; 3CME A; 1VIF A; 4BI3 A; 3L2Q A; 5J26 A; 2FZC B; 3P8H A; 1PHT A; 2KYB A; 5LJ3 f; 4CC7 A; 5C0M A; 3EHR A; 4LE9 A; 1HYO A; 4N0A A; 2K7A A; 2LT4 A; 3H0I A; 3OYI A; 2LX7 A; 7AT1 B; 1SHG A; 1PD1 A; 2V8J A; 1JU5 C; 1WI7 A; 3M4G A; 1GCQ A; 1S72 A; 1YP5 A; 1G3Y A; 4LNP A; 4E2F B; 2VWF A; 4Y92 A; 1MNE A; 3OW2 P; 4MDW A; 3RBB B; 1WDX A; 1WIE A; 3VS0 A; 4OB1 B; 2QA4 T; 1GL5 A; 2CKK A; 1VQ4 T; 1KC8 U; 2KT8 A; 1G83 A; 3RDV A; 4EIK A; 1M8M A; 4ORZ A; 1B34 A; 4HKE A; 2OTL Q; 2HCK A; 1SF9 A; 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