The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
109
|
structure length |
109
|
Chain Sequence |
LSQLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Versatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protein SspB
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
24
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| structure length |
109
|
| sequence length |
109
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TWB A; 1OU8 A; 1OX9 A; 2QAS A; 1OUL A; 1OX8 A; 1ZSZ A; 2NYS A; 1ZSZ B; 1YFN A; 1OU9 A; 1ZSZ C; 2QAZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M9U A; 1WQ7 A; 2YLB A; 1VQL A; 4FIB A; 1BIB A; 4GBQ A; 3JRZ A; 1N9S A; 5IT9 E; 1G3W A; 4M4Z A; 4N4H A; 1YCY A; 4KT0 E; 2HCK A; 2M0Y A; 2NLU A; 1X75 C; 4BI3 A; 1VQ8 Q; 1B3Q A; 4PJL A; 4EMK C; 1B07 A; 2XDD A; 5GAO l; 4II1 A; 4KH0 B; 4J7I A; 3I55 T; 1Q82 R; 2KT8 A; 2DE0 X; 1RAI B; 2QAS A; 3HL8 A; 2K5L A; 4D6W A; 4IUU A; 2VUB A; 1IHW A; 1H64 1; 1WDX A; 4HVW A; 5L8R E; 4M7D G; 4BAC A; 3A8H B; 2LQW A; 4XTZ A; 1D1B A; 5FRN A; 1K73 U; 3S3O A; 2FPD A; 5LJ5 h; 4J9C A; 1VQN Q; 3FEO A; 3QKJ A; 1WJR A; 2DM1 A; 1TH7 A; 4D8D A; 1WNL A; 3ZBD A; 3O8V A; 3QXE B; 1YJN Q; 4JRQ A; 2J7I A; 3RMS A; 3FIF A; 1W6X A; 4OB3 B; 4HA8 A; 2LMJ A; 3OYI A; 2RQT A; 2BE7 D; 2VXE A; 1Z9Q A; 3O5Z A; 5FU6 B; 1KQ1 A; 1MUZ A; 2M16 A; 1IGQ A; 1H8K A; 1NE8 A; 3T9N A; 2HL3 A; 4PJO C; 1OX9 A; 2DL8 A; 1UEB A; 5LJ3 h; 4QQ6 A; 2G6F X; 5D6Y A; 2KYM A; 2I2L A; 1IHV A; 4C8Q E; 1TTH B; 1YIJ Q; 3V8K A; 1WHM A; 2E5Q A; 1PHT A; 2LCL A; 3CCR Q; 5KYY B; 1UB4 A; 1YBY A; 1K9M C; 3RKY A; 1J3T A; 2M02 A; 1PNJ A; 4C0D B; 1R77 A; 4J6Y A; 2FL7 A; 5IHI A; 1B34 B; 3OW2 P; 3VJP A; 1U1S A; 1M90 C; 3F70 A; 3CCU A; 2EVR A; 1M90 R; 3CME T; 2W0Z A; 1GFC A; 3SWN A; 1W2B S; 5FW9 A; 1KJW A; 2L3Q A; 3L1A A; 5DLO A; 1WGS A; 3GP8 A; 1K9M U; 4M7D C; 3EH1 A; 4OMP A; 1SRL A; 4CC7 A; 3DB4 A; 3VS7 A; 4ESR A; 4CC4 B; 1BB9 A; 2CH4 A; 2GTJ A; 1TU0 B; 3EG0 A; 4M7A B; 1M90 U; 5FRM A; 3CCL T; 2DZC A; 2X4J A; 1N9R A; 3NTI A; 2JM8 A; 2X3X D; 1X2Q A; 3A8G B; 4RTZ A; 2NUT B; 2FRY A; 5LJ3 d; 5KYX B; 4MDW A; 3OY9 A; 1HXD A; 3CXC A; 5C0M A; 4NL3 A; 1VQ5 T; 2M1H A; 2DL7 A; 3MET A; 3V7S A; 3FB9 A; 1UGR B; 1YJW A; 4PL6 A; 3EFO A; 4DBQ A; 4F14 A; 3HFO A; 5GJV B; 3M0R A; 1N5Z A; 4OF1 A; 2VWF A; 3V8J A; 2O2O A; 3PT9 A; 2DPP B; 3LWH A; 3G6E A; 2VYT A; 2YUN A; 1RI9 A; 4EMH A; 2DA9 A; 3FC3 A; 3OSS C; 5HK3 A; 4QQG A; 1VQ9 T; 2E41 A; 2DJZ A; 1ZUU A; 5FU6 C; 1QKX A; 3GBQ A; 1LVK A; 2JJ9 A; 5I11 A; 1UHC A; 4FW2 A; 2GFA A; 2QK0 A; 2CP5 A; 2RPN A; 2D8H A; 5J3B A; 3JCM b; 2QTV A; 4JJN K; 1JJ2 P; 5IHN A; 1RAD B; 1X6O A; 2RK1 A; 3P8D A; 5CKF A; 3QJ6 A; 2FPE A; 2RJF A; 1ZSG A; 1FMV A; 2EAY A; 2F5T X; 1G5V A; 3RUX A; 1W2B A; 2R57 A; 2B86 A; 1B7T A; 2GGR A; 3RKX A; 2QG9 B; 4JRI A; 4OMF B; 2CP2 A; 3OYE A; 2E3I A; 5KCH A; 2PVO B; 1YIT A; 2JXB A; 2X4W A; 2KR3 A; 2EWN A; 2F2W A; 3NMZ C; 2RHI A; 4C0D C; 2AZS A; 1W70 A; 2GCX A; 1QP3 A; 2J06 A; 1VQ4 A; 4J7F A; 1QCN A; 1RAF B; 1VIF A; 1ABO A; 4C8Q B; 1ARK A; 1KHI A; 4M77 D; 2O4X A; 4PLI A; 3JCM W; 5GAN j; 4AT1 B; 4ZGD B; 5C6S A; 4E7H A; 3CCV A; 2QYZ A; 2MI6 A; 3C95 A; 2QA4 A; 3QYG B; 4PLL A; 3CD6 A; 4WF2 A; 4OP0 A; 2P0Q A; 1MMA A; 1QCO A; 2QQR A; 3MO8 A; 3MKD A; 3G4S T; 1D09 B; 4PJO D; 2K6D A; 2MOX A; 3OYF A; 1VQK A; 1YI2 T; 1RAE B; 3UDC A; 1NM7 A; 1BI3 A; 1BYM A; 1AWX A; 4AFQ C; 2DZ9 A; 3QPH A; 4JLI A; 4M75 F; 3VS5 A; 2VVK A; 1KQS P; 1IXD A; 1M27 C; 4B6M A; 3DB3 A; 3URG A; 1N27 A; 4KUI A; 5J39 A; 3M9Q A; 3OW2 S; 1UGV A; 1VQP T; 3RIR A; 5GAN 2; 3CCE A; 3AT1 B; 3KBG A; 4E7S A; 3M4Y A; 3OYG A; 4RG8 A; 2NUP B; 3CCL Q; 2JNG A; 1WHL A; 5GAM e; 2DTO A; 2MYS A; 2ZPE B; 4LDY A; 4J8O A; 2CSI A; 3TVT A; 4IUT A; 1FWZ A; 1LCK A; 2KRO A; 2C0O A; 2DX1 A; 3LYI A; 4J9I A; 3ZEH A; 2COY A; 1LJO A; 1VQ5 Q; 3MCA B; 4J9E A; 1BIA A; 3QDF A; 1D1A A; 5GAO r; 1VQO T; 2K2V A; 1YN8 A; 2RNA A; 3S3M A; 1IGU A; 1I8F A; 4JS4 A; 4A4E A; 5D7U A; 4M7D D; 2HEQ A; 1XOV A; 3VS6 A; 1QP2 A; 2HZY A; 1PRL C; 4JRK A; 3CCM T; 2YUP A; 2QEX A; 1VQ9 Q; 1AWO A; 4M75 E; 3VRY A; 3HSB A; 1PKS A; 2QQA A; 3M57 A; 4KGV B; 4ATO A; 4C92 F; 1TUD A; 5KYW B; 4LDW A; 3J81 E; 3EGD B; 1D0Y A; 2MAM A; 2MWO A; 2V8K A; 5GAM g; 2K3Y A; 3RKW A; 2LDM A; 3OYC A; 4XU3 A; 4RTV A; 3CCQ A; 1UTI A; 3A1P A; 3VS0 A; 3C94 A; 4ME7 A; 3OW2 A; 2E3H A; 1KIK A; 2CZ1 B; 4C8Q C; 4L5G A; 1AHJ B; 4M77 A; 1GXI E; 4IUV A; 2F1L A; 3OB9 A; 2OAW A; 3SB2 A; 1UGS B; 4P5N A; 1D3B B; 4FYY B; 1M3C A; 4E7J A; 3CBO A; 4PJO A; 4PJM A; 3D7S B; 2HL5 C; 1XQH A; 4JDS A; 3G4S Q; 2FO0 A; 2K5F A; 2J6K A; 3DLM A; 1YI2 Q; 2KI7 A; 4F7U B; 3QII A; 2K3B A; 5LJ5 j; 3JCM e; 2E5K A; 4EMK B; 4C92 E; 4PJN A; 5EC7 A; 1FMW A; 3A5Z B; 3BW1 A; 2ZGW A; 3M54 A; 3S6W A; 1KD1 C; 5CQY A; 2EJ9 A; 1VQP Q; 2HQE A; 1KD1 R; 2HMA A; 2F5K A; 5GAN h; 3VUZ A; 3GLX A; 2DFU A; 3M58 A; 3JB9 F; 4HCK A; 4KBM B; 2RH2 A; 1YHQ A; 2YUO A; 1QVF P; 2LJ0 A; 2RQR A; 2COW A; 2CUD A; 2ZAE A; 3X24 B; 4C5E A; 3JCM Q; 4RCB A; 1QVP A; 1MMG A; 1VQO Q; 3MEW A; 1ABQ A; 2JTE A; 2RHX A; 1E7O A; 1M8V A; 4R0K A; 2KRS A; 3ASK A; 3PGG A; 2V8J A; 1OZ3 A; 4N0A A; 1KG1 A; 2ATC B; 2XIC A; 4UC4 A; 3JCM X; 1KSW A; 4M7A D; 2KAF A; 4J83 A; 1ZLM A; 4M78 B; 3JCM f; 3CCM Q; 2DBM A; 3QO3 A; 4HVV A; 1JJ2 A; 5CR2 A; 1VQ6 T; 4BDY A; 2DD4 A; 4JJC A; 1X6B A; 2KT1 A; 5M9O A; 5CO7 A; 1VQ7 Q; 2DF6 A; 5I2S A; 2LX9 A; 2D0N A; 1H3H A; 2L3P A; 3ME9 A; 3JCM c; 4E2F B; 1VQ8 A; 2K2M A; 4AFZ C; 4BB7 A; 2RHZ A; 3CBM A; 2A0F B; 1M1K U; 5GAN d; 2A08 A; 1M4Z A; 2G3R A; 4DA4 A; 2DER A; 1YIJ T; 3EFR A; 3X25 B; 4TVR A; 3M0P A; 3CCR T; 2DL5 A; 2CP7 A; 5I2M A; 1SPK A; 2KRM A; 4C5I A; 2OJ2 A; 4M75 G; 3JCM d; 3MPU B; 4RG2 A; 4XU0 A; 1Y7X A; 1QQJ A; 2YSQ A; 1TOV A; 2LX7 A; 4QVZ A; 2P4R A; 3E9G A; 4BE1 A; 2KBT A; 4F04 B; 2V1R A; 1M3A A; 1NEG A; 1RLP C; 2D1X A; 2MWP A; 2HAX A; 1VQN A; 2KY9 A; 2DO3 A; 2EKO A; 3ER0 A; 5IXB A; 1KQS A; 1TUG B; 3JB9 H; 1R0C B; 4OB2 B; 3E2U A; 2GQI A; 1K73 C; 2XK0 A; 5KYY A; 4JZ4 A; 1YJN A; 1AWW A; 1NEB A; 2P0K A; 1K73 R; 5LJ5 e; 4M7D B; 1W4S A; 3EGX B; 2OTL Q; 2EYY A; 5LL6 S; 4LD9 K; 1B34 A; 1NJI U; 3OSV A; 1Q7Y C; 3CPW P; 3M59 A; 3OYJ A; 1AWJ A; 4C8Q D; 3TU4 K; 4BD3 A; 2K7A A; 1Q7Y R; 4PFP A; 2CH4 W; 1UG1 A; 1N8R C; 2PTK A; 3VRZ A; 1EZZ B; 1BBZ A; 1M8M A; 1O9S A; 1JO8 A; 2XMF A; 1U1T A; 2CDT A; 1YWP A; 1N8R R; 4HCZ A; 3PTA A; 3ZL7 C; 5D6W A; 1FX7 A; 2EYX A; 2RQV A; 1M30 A; 1SKU B; 5EG2 A; 4QVD A; 1OYX A; 2LTO A; 4AG2 C; 3RNJ A; 1K9A A; 4NOY A; 1QVG P; 5CKH A; 1PSF A; 4C92 G; 5AYF A; 4RTY A; 1Q7Y U; 3L2R A; 1RAH B; 4M7A A; 2O88 A; 4M78 C; 2RJC A; 1N8R U; 4CI0 C; 5LJ3 e; 4BDZ A; 3M5A A; 2NUT A; 3LGL A; 5KYX A; 2BTT A; 5LJ5 f; 4LUD A; 1BI1 A; 1VQ6 Q; 4A54 A; 2DEU A; 1XJW B; 1UGQ B; 2DXB A; 3M0U A; 1PRM C; 3CXC S; 3VS3 A; 3CMA T; 1QKW A; 2X4Y A; 2PVG B; 2AZV A; 2O01 E; 2CSQ A; 1U06 A; 2CZ0 B; 3JAM E; 2D0Q B; 2COZ A; 3QDR B; 1N6A A; 3EG9 B; 4NL2 A; 2LT1 A; 2CP3 A; 5D6X A; 3SFM A; 4FT2 A; 2QXF A; 3IQL A; 1I0C A; 4PK4 A; 5A2Q E; 2LJ3 A; 2J6O A; 2A3L A; 2OTJ T; 1Q86 U; 1S1N A; 3LH0 A; 2DIG A; 3I55 A; 1BI0 A; 3LH5 A; 2LNH B; 4L59 A; 3A8M B; 3FJ5 A; 2SEM A; 4MZP A; 3MEA A; 4CRI A; 4XTV A; 1VQM T; 2DRM A; 4AFU C; 5IH2 A; 2E64 A; 2FVU A; 3TQ7 P; 2RI3 A; 1OU8 A; 4L6V 5; 4AMC A; 2FZG B; 2RQW A; 1K9M R; 3V8L A; 2BKD N; 5LJ3 f; 2H8H A; 5LJ5 d; 2PUO B; 1ZA2 B; 2X51 A; 3CC7 T; 2AK5 A; 1K0S A; 2DVJ A; 4OB0 B; 4ZN1 A; 4IIM A; 3R6O A; 1CKA A; 2ZZD A; 4F17 A; 3L2Z A; 3NTK A; 4KGZ B; 3JB9 G; 2PNI A; 3VYG A; 2K4Y A; 3GNF B; 1S72 T; 1XTD A; 1BI2 A; 2ED1 A; 2NWM A; 4XQ3 A; 4HXJ A; 3HFN A; 1WZO A; 3JCM P; 4KUD K; 1GBR A; 2KSS A; 1KK7 A; 4C0Z A; 3UA7 A; 4ELZ C; 1FMK A; 2CZ7 B; 5GMK l; 4RTX A; 1OPK A; 2XDP A; 5A0L A; 4DEY A; 1A0N B; 5IXF A; 1K0X A; 4JUV A; 2DET A; 4C92 C; 3OYH A; 3PVQ A; 1JQQ A; 3SHW A; 1YP5 A; 1SEM A; 3P8B B; 1MV3 A; 2YLC A; 2E65 A; 4RKU E; 2IPO B; 2L3S A; 2GQV A; 1IO6 A; 4J6X A; 1ZSZ A; 1TG0 A; 3CEY A; 2EQU A; 5GAO m; 1YIT T; 1IZ6 A; 3OYA A; 1AEY A; 4OMO A; 3A8O B; 2B8A A; 1GCQ C; 3PNW C; 4Y91 A; 5GMK h; 3OA6 A; 3QZ5 B; 2HBP A; 2ED0 A; 4Z89 A; 2YRD A; 2KVQ G; 2NUP A; 1H3Z A; 5AT1 B; 3JCM J; 1CKB A; 2KDS A; 2IG0 A; 1M1F A; 3JSC A; 1GL5 A; 3V7R A; 1WJS A; 3TSW A; 4CC2 A; 1R0B G; 2L8D A; 6AT1 B; 4J6W A; 2LP5 A; 5CCA A; 4F7U F; 1RAB B; 3CMA Q; 4PJJ A; 4J5Y A; 1I5L A; 1K1Z A; 3CME A; 4IUP A; 4ZTJ A; 5DLQ E; 2DKG A; 2FEI A; 3CC4 T; 2DJQ A; 1OI1 A; 5FLX E; 2GNC A; 1LNX A; 1AVZ C; 1G3T A; 2VGN A; 4E47 A; 2OTJ Q; 3JCM V; 2D9T A; 5GAN 7; 1ZBJ A; 4GLM A; 4E6R A; 4M78 D; 2E1H A; 2EJF A; 1VUB A; 2X3W D; 4RCC A; 2C0T A; 4BE2 A; 2VB6 A; 3I5S A; 1VQM Q; 2QGF B; 4FU6 A; 1NLO C; 1QMC A; 2H3J A; 3CCL A; 2EYZ A; 1UEC A; 1XNI A; 4MML A; 4MZT A; 2HKQ B; 5KYW A; 4XTU A; 1BCM A; 3EGD A; 1G2B A; 3MP8 A; 3CC7 Q; 3C12 A; 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4ZTF A; 2DXU A; 1MND A; 1VQP A; 2K9G A; 2O9S A; 1JJ2 S; 3SD4 A; 1SRM A; 3CC2 T; 1PCX A; 4OMQ A; 3SWN C; 4QKU A; 1UUE A; 2DL3 A; 2KXD A; 1PKT A; 3L2V A; 4FCY A; 3CBP A; 1NPP A; 2VC8 A; 3JB9 I; 1ACM B; 4ZGE B; 2DTI A; 4QQD A; 5GAN e; 2VV5 A; 4AG1 C; 2JW4 A; 2LQK A; 3HRU A; 1G3Y A; 3HPW A; 1VQO A; 2QEX Q; 2WSE E; 1JU5 C; 3WXM B; 2RF0 A; 2ZPF B; 1WXT A; 1UJ0 A; 1I1J A; 1BK2 A; 4Y28 E; 4HT8 A; 5GAN 8; 3G71 Q; 2JTM A; 3GPL A; 3CCS A; 1V76 A; 1WQW A; 1PWT A; 3CCJ A; 1GFD A; 2OTL T; 5KE2 A; 3JB9 D; 3CCM A; 4ANJ A; 5FWB A; 1YJ9 T; 5GAN 3; 3J7A F; 4WTO B; 2ABL A; 4HCC A; 4C5G A; 4E7K A; 4DBF A; 5HY6 A; 1X27 A; 2HBW A; 4EPC A; 1OU9 A; 3OMG A; 3DKM A; 3I56 T; 1SF9 A; 4BE0 A; 2OI3 A; 3TRE A; 3FLG A; 1KQS S; 2Y90 A; 1TS9 A; 5GAN f; 2EGC A; 4M7D A; 3EGX A; 2M0O A; 5I22 A; 3VYH B; 1VQL T; 2A36 A; 2DAQ A; 2RM4 A; 2CUB A; 2EQI A; 2MK5 A; 5GAN g; 4FSX A; 2DIQ A; 2EJG A; 1M1K C; 5ECA A; 4FT4 A; 1R8O B; 4FYV B; 1M1K R; 1Y71 A; 2BZX A; 2HDA A; 2P0P A; 2HNI A; 4J9G A; 4OMM A; 1QLY A; 3JCM g; 2RMO A; 3A8L B; 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