The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S Ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQO Q; 1K8A R; 1K9M R; 1YJ9 Q; 3CCV Q; 1VQM Q; 1VQP Q; 3G6E Q; 3CCL Q; 1M1K R; 1JJ2 P; 3CCM Q; 1VQ9 Q; 3CXC P; 3G71 Q; 3CCU Q; 3I55 Q; 1NJI R; 3CME Q; 3CCQ Q; 3I56 Q; 3CCR Q; 2OTL Q; 2OTJ Q; 1YJN Q; 1YHQ Q; 1Q82 R; 3CD6 Q; 3CC4 Q; 1Q86 R; 1N8R R; 3CPW P; 1VQ5 Q; 1YIJ Q; 1YIT Q; 1VQN Q; 1Q81 R; 1VQ6 Q; 1M90 R; 3CCJ Q; 3CCS Q; 1VQL Q; 1QVG P; 1KD1 R; 1VQ8 Q; 1VQ4 Q; 1W2B P; 3OW2 P; 2QA4 Q; 1QVF P; 1VQ7 Q; 1VQK Q; 3CMA Q; 3G4S Q; 2QEX Q; 1KC8 R; 3CC2 Q; 1YJW Q; 1YI2 Q; 1KQS P; 1K73 R; 1Q7Y R; 3CC7 Q; 1S72 Q; 3CCE Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I0N A; 1OYX A; 1VQ4 A; 4ZGJ B; 2WAC A; 4IUQ A; 3SEM A; 4EPC A; 2FRW A; 2ZPE B; 3VUB A; 3LGL A; 3PT9 A; 5FU7 C; 4PFP A; 3DLL A; 1YWP A; 1N9R A; 4IUR A; 2CYZ B; 3MEA A; 3ZL7 C; 2X9H A; 1UHC A; 3C0C A; 2CH4 W; 3BDL A; 4RG2 A; 2EPD A; 2OAU A; 3PE0 A; 4M7D B; 4M4Z A; 5LJ3 e; 2LX7 A; 4WCI A; 3HP9 A; 2HL5 C; 4JZ4 A; 3NGP A; 4L5G A; 3L2U A; 1JRI A; 3OW2 S; 4OMN A; 2DXT A; 2G3R A; 1VYT A; 1FX7 A; 3VS3 A; 1VQ5 Q; 3JB9 H; 2QDL A; 4KUI A; 4M75 B; 3MHX A; 1PCX A; 1QVG P; 3HHT B; 3JCM d; 2PVG B; 4CC3 A; 2RJC A; 2CH4 A; 2GFU A; 4OB0 B; 1SKU B; 1VQO Q; 4M78 A; 4XTV A; 1OQK A; 4KUL A; 3GOX A; 1JXM A; 1X69 A; 2BZY A; 1Q86 R; 1TUC A; 3MKD A; 1VQ5 T; 2LRQ A; 2ZZD A; 5GAN 5; 3L2W A; 1UUE A; 2AK5 A; 1TSF A; 3EG9 A; 2AIR B; 1KD1 R; 4OMQ A; 5KYY B; 3OSV A; 1OV3 A; 1VQO T; 1VQL A; 3X25 B; 1M1K C; 1BBZ A; 3URG A; 1OU8 A; 3CXC P; 2PVD B; 5FRO A; 3UT1 A; 5GAM e; 2DEQ A; 1YFN A; 2ZPB B; 1JO8 A; 1MHN A; 1N8R R; 3GP8 A; 4D6W A; 5DM7 R; 4M78 F; 2J6K A; 1AZG B; 2CZ1 B; 1Q82 U; 2KRS A; 2RI2 A; 3A98 A; 4A4F A; 4A4H A; 1Q7Y C; 4M75 C; 2JS2 A; 4RTW A; 2ABL A; 3EH2 A; 1K4U S; 4PK4 A; 3WVD B; 4F14 A; 3H9N A; 1H3H A; 2LTO A; 5IHI A; 3GNF B; 1JU5 C; 2FZG B; 4XU2 A; 4CC7 A; 1Q81 R; 2E6Z A; 4FYX B; 1JJ2 S; 1FMV A; 3QII A; 2DA9 A; 1VQ5 A; 3I35 A; 2DJQ A; 1TS9 A; 1G83 A; 1K8A C; 1K9M C; 3FC3 A; 2QGF B; 1QMC A; 2D0N A; 2LC4 A; 3M0S A; 1Y07 A; 5CQX A; 3THK A; 1YCY A; 2XHC A; 1VQO A; 2K4Y A; 1M2V B; 2K79 A; 3FJP A; 2K3Y A; 2CUB A; 3E19 A; 4E7S A; 2LDM A; 1U1T A; 2DLP A; 2E10 A; 4ZNX A; 2WSE E; 4JZ3 A; 1KC8 R; 2GGR A; 2M9U A; 3VS0 A; 2LCS A; 1GBQ A; 3CME T; 4OGC A; 2L89 A; 4DBF A; 2MK5 A; 4RKU E; 4M7D G; 8AT1 B; 3L2Q A; 3OYA A; 4HCK A; 3OBY A; 4JJB A; 5D6W A; 2EYW A; 3MO8 A; 1VQ8 Q; 2KRO A; 1WNL A; 1MUZ A; 4E7Z A; 1EZZ B; 2ED0 A; 5GAN 8; 1QQJ A; 1ABO A; 1RAB B; 3E9G A; 1KD1 U; 4M75 G; 1WLP B; 3UWN A; 5IT9 E; 2WSC E; 3EAE A; 2DET A; 4ATO A; 2IG0 A; 3CC4 Q; 2E64 A; 2DPP B; 4LDV A; 4PJM A; 2BE9 B; 2MYS A; 1VA7 A; 1M90 U; 3WVE B; 4Z8A A; 5GAN 4; 2HEQ A; 2EQJ A; 1AT1 B; 1HD3 A; 4CC2 A; 3J7A F; 1QVF S; 5IAY A; 5GAO l; 3CC4 T; 3CPW A; 5C6S A; 1UHF A; 1VQN T; 2RF0 A; 5GJV B; 3OBW A; 1BIA A; 4R55 A; 5HK3 A; 3JCM e; 2YUP A; 2DEU A; 4HCC A; 1WJS A; 3MPU B; 1FXX A; 3QO3 A; 4DA4 A; 1ZSG A; 2BUD A; 2RHU A; 5LJ5 g; 1KHI A; 2L8D A; 3TVT A; 1GCP A; 5GAO q; 4QQG A; 1NJI U; 4BI8 B; 1YP5 A; 1NZ9 A; 2KXD A; 3UA6 A; 4HVU A; 3VS1 A; 4RTY A; 1RAD B; 2C0I A; 1UB4 A; 2DTO A; 3A5Z B; 4AFU C; 3AT1 B; 5GAN 7; 3EGX B; 3RMQ A; 3RNJ A; 1VQ8 A; 3KUF A; 4M7D A; 1PKT A; 1MMN A; 1O75 A; 4YTL A; 3RUX A; 1ACM B; 3QWY A; 1JEG A; 3CPW P; 1YIT Q; 4N0A A; 2KRM A; 3UA7 A; 3A8H B; 4GY5 A; 5CR2 A; 1I4K 1; 3CC4 A; 1W1F A; 4BUG A; 2EBP A; 1VQN A; 3CC2 Q; 1X6B A; 3F70 A; 4M77 C; 2GF7 A; 5KYX B; 2VVK A; 4PJJ A; 4XU0 A; 1BCO A; 1IHV A; 2EGA A; 4FCY A; 4EMK B; 2KE9 A; 1W2B S; 4E7I A; 4J7I A; 2I2L A; 5GAN f; 3OYB A; 2ECZ A; 1YIT T; 2EJG A; 1VQ6 T; 2NUT B; 2RJE A; 4M7D F; 4C5H A; 2DX1 A; 5GAN j; 4NL2 A; 2KEA A; 4OMO A; 4AFQ C; 1N5Z A; 2LT1 A; 1VQP T; 1ZBX A; 1KIK A; 1M1K R; 1BI0 A; 1JB0 E; 4XQ3 A; 1CSK A; 3CCQ Q; 1XOV A; 2QTX A; 2M16 A; 5FWC A; 1UFF A; 3OS2 A; 3GLX A; 3OYG A; 1U8R A; 4FW2 A; 2DXB A; 4KGX B; 3H8Z A; 5J3B A; 1WGS A; 2ZGW A; 3CMA T; 2NYS A; 1KHC A; 2QEX Q; 1Q7Y R; 1B34 B; 2DM1 A; 3FLG A; 3CCU T; 1I8F A; 4M75 E; 3DLM A; 3CCQ T; 5KYW B; 1NE8 A; 4RTV A; 3JB9 D; 3X24 B; 2IPO B; 4N4I A; 1BYM A; 3ZEH A; 2CZ7 B; 2RHZ A; 2C0T A; 4IUV A; 2F5T X; 3JCM V; 1YIT A; 1UEC A; 5KYN A; 2M1H A; 1E6G A; 4C8Q D; 1NG2 A; 1K8A R; 1K9M R; 2LZ6 B; 3CC2 A; 3OMG A; 2OTL Q; 1WA7 A; 3BE3 A; 1VQP A; 1SRM A; 1V1C A; 5CO7 A; 2L3R A; 2HZY A; 1OX9 A; 3M4Y A; 2FRY A; 2B86 A; 4XK8 E; 1U5S A; 3X28 B; 2JTM A; 2D1X A; 5GAO n; 2KI7 A; 2A3L A; 2V8K A; 2E3I A; 2QI2 A; 4K11 A; 2PTK A; 4MDX A; 5DLQ E; 5LJ3 d; 1HJD A; 1RAE B; 3CMA A; 2LQN A; 1RAF B; 2QDY B; 4FL6 A; 5GMK i; 1AEY A; 1H3Z A; 3CCQ A; 4ESR A; 2W0Z A; 1F1B B; 2DL8 A; 2JN0 A; 2M02 A; 2EYQ A; 4OF1 A; 5KCH A; 3BW1 A; 2YSQ A; 1D09 B; 4DOV A; 2L3Q A; 4IIM A; 4RCC A; 3LLR A; 4Y91 A; 3G71 T; 1IB8 A; 4J9B A; 1H92 A; 2C0O A; 3J81 E; 2EW3 A; 4C8Q B; 3OYF A; 4A53 A; 4WF2 A; 2RO0 A; 2PVO B; 1R8O B; 4C0G A; 4V2S A; 2CS7 A; 2EGE A; 4FIB A; 1NYG A; 1WXT A; 5GMK j; 3RER A; 3ASK A; 1OUL A; 2V1R A; 1TWB A; 2CDT A; 2KRN A; 2HNI A; 4JRP A; 3JCM c; 2JMC A; 1MNE A; 4WTO B; 1PRL C; 3OYJ A; 2GNC A; 4F16 A; 5FW9 A; 1U1S A; 2JZ2 A; 2OX7 A; 1ZSZ B; 3EFO B; 1WJR A; 2OTL A; 4LD6 A; 3EGD A; 1QW1 A; 2HMA A; 1VQ4 Q; 3V7R A; 3KXT A; 1AVZ C; 1AOJ A; 3CPF A; 1V76 A; 4Y28 E; 1K1Z A; 2R57 A; 4Z89 A; 2SEM A; 4Y92 A; 2GTO A; 3JCM g; 3VS4 A; 3M0Q A; 1GXI E; 3VS7 A; 2RJF A; 5IXF A; 2YLB A; 1KQ1 A; 1QWE A; 4D8D A; 1ZHI A; 3PVL A; 1B07 A; 2F1L A; 3L2R A; 3EGX A; 1QCO A; 1PG5 B; 2XI9 A; 2HCK A; 5I22 A; 1TU0 B; 1VYU A; 5FU6 B; 2JTE A; 4KH1 B; 3SDZ A; 1GRI A; 4R0K A; 2P0P A; 1SRL A; 1K0S A; 2EWN A; 1WXU A; 4Z02 A; 2XIC A; 1RAG B; 1E6H A; 1GCQ A; 2DMO A; 5A0L A; 4EMH A; 1SEM A; 2XMF A; 4XTX A; 3H0F A; 3LGF A; 3I9Q A; 1ZSZ C; 1HK9 A; 4ORZ A; 1XQH A; 4FYY B; 5I2S A; 2KT1 A; 3CC7 Q; 3HL8 A; 1M3A A; 3RKW A; 1X75 C; 4M77 E; 2COW A; 4BAC A; 2M51 A; 1WXB A; 2DL3 A; 5GAO r; 4EMK A; 3O8V A; 1MMG A; 3T9N A; 2AKK A; 2DAQ A; 2FHD A; 1R77 A; 2NUT A; 1SHG A; 1X6G A; 4NOY A; 3JCM W; 2X51 A; 5GAN 6; 3CCE Q; 1I1J A; 1TOV A; 1LCK A; 2DFU A; 3JB9 G; 1O9S A; 5HCK A; 3A8O B; 2QK0 A; 3N5B B; 2E5Q A; 5D7U A; 1OU9 A; 2DRM A; 4BDZ A; 1QKW A; 2ZPH B; 4PLL A; 1NYF A; 1HXD A; 3M0T A; 3QBY A; 2YWW A; 2NUP B; 3OW2 P; 5KCO A; 1RI0 A; 4C8Q G; 1FMW A; 1K73 C; 3TU4 K; 4LE9 A; 3CCE T; 3CQT A; 1VIE A; 1X43 A; 3QDF A; 2DD4 A; 3PIO A; 1B34 A; 3TCJ A; 3CXC A; 4ANJ A; 4E7H A; 2J7I A; 2DRK A; 2LT4 A; 2QXF A; 2XG8 D; 1SG5 A; 4GLM A; 1D1A A; 2DXC A; 1NLO C; 1TTH B; 2HBW A; 2CP3 A; 1B7T A; 5KYW A; 1LNX A; 2D6F A; 3DB3 A; 2CKK A; 2YUO A; 3BY7 A; 2ZCF B; 2DYI A; 3G6E T; 3RKX A; 2YRC A; 2QQA A; 1JJ2 A; 3OYC A; 5CKD A; 2JTF A; 1YCS B; 3CC7 A; 5KE2 A; 2HSP A; 1YJN Q; 1H8K A; 1UGS B; 2ZPF B; 1KSW A; 4BI3 A; 3NTH A; 1UGR B; 3EG3 A; 3HSB A; 1W70 A; 2RN8 A; 2QA4 T; 4PL6 A; 2PZ1 A; 3JCM P; 2P0K A; 1WX6 A; 2ESW A; 3RDV A; 1XNI A; 3CBM A; 3G7Z A; 4M7D C; 3CCE A; 3UDC A; 1YJN T; 1B3Q A; 3OQ5 A; 1IRE B; 4E7L A; 1KQS S; 2RQT A; 2YLC A; 1GFC A; 2QQ9 A; 2ZPI B; 2BE7 D; 2EKH A; 5LJ5 h; 3VU3 C; 3VKI A; 4J8O A; 4N0A C; 3JCM b; 3OSS C; 3CCJ Q; 1SHF A; 4FU6 A; 2JJ9 A; 1YI2 T; 2RPN A; 2DXU A; 2HD0 A; 2NLU A; 2P4R A; 4RTU A; 1JJ2 P; 2ZPG B; 2YXY A; 1UGP B; 4OMF B; 4GBQ A; 4M78 E; 2KT8 A; 2RHY A; 2AT1 B; 4XU3 A; 3VJP A; 3KFV A; 2QYZ A; 4C8Q A; 4C0Z A; 3CCJ T; 2LNH B; 3LWH A; 3ZBD A; 2EYX A; 4MZP A; 4DBQ A; 5LJ3 h; 1X2Q A; 3M59 A; 2LX9 A; 4PJO D; 2OI3 A; 2QA4 A; 1ZBJ A; 2EQI A; 3CME Q; 2K2V A; 3JB9 F; 4PFZ A; 1QWF A; 3S3M A; 1YIJ T; 2CP7 A; 3VRZ A; 3VUZ A; 4PJL A; 4LXC A; 2O01 E; 1YJN A; 3REA B; 1LJO A; 3R6N A; 4OB3 B; 1QVF A; 2DTH A; 1ZSZ A; 2AHJ B; 3SD4 A; 3EFO A; 2H3J A; 1KG1 A; 3H41 A; 3M0R A; 2CP2 A; 4C8Q F; 4II1 A; 3SWN B; 4MML A; 4ZTJ A; 2HAX A; 4B9W A; 1KK7 A; 4B6M A; 2X4J A; 2XU8 A; 4QVZ A; 1Q86 U; 1EFN A; 4HCZ A; 4KGZ B; 4KGV B; 1WYX A; 2G6F X; 3CCJ A; 2RJD A; 1N27 A; 5GAM h; 2H8H A; 2L3S A; 4BD3 A; 3PTA A; 3V8L A; 1G5V A; 3I56 T; 1PNJ A; 2Y4Y A; 2O88 A; 2CZ0 B; 2DD5 A; 1AWO A; 4PJO B; 2VV5 A; 1G2B A; 1HYO A; 2HKN A; 2RK2 A; 1VQN Q; 2LJ1 A; 4C0F A; 2R5A A; 4LDY A; 1N8R U; 3VS6 A; 4FT2 A; 4DBH A; 1Y71 A; 1YIJ A; 1QVF P; 2JNG A; 2JT4 A; 4HCB A; 4IUT A; 4NL3 A; 1SF9 A; 4J6W A; 3SHW A; 2K5L A; 4M7A D; 5IN1 A; 4IIO A; 5FWB A; 2X4W A; 2E6N A; 3I55 Q; 1I5O B; 2CP0 A; 3BFM A; 1EIF A; 5GMK e; 5GAO m; 1E7O A; 3SWN C; 1WHM A; 4LUD A; 2CP5 A; 3CCS T; 3EGD B; 3CME A; 5LJ5 f; 3TSZ A; 3NTI A; 4F7U B; 1W2B A; 3DKM A; 1Q81 U; 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1BI3 A; 3QYG B; 3UF4 A; 3H0I A; 2QG9 B; 2YT6 A; 4EMK C; 1AWJ A; 4J9D A; 3G1J A; 3M53 A; 4AT1 B; 2K3B A; 3QHS A; 5AYF A; 2L2P A; 2LMJ A; 2HBP A; 2VAS A; 1VQ6 A; 3NMZ C; 2JXB A; 4ZGD B; 4F7U G; 2AZS A; 1DJ7 B; 2FO0 A; 1NM7 A; 1Y96 B; 1XTD A; 3EH1 A; 2ENM A; 1RL2 A; 4BDY A; 5LL6 S; 1BCM A; 1M4Z A; 1N6A A; 3GIB A; 4E47 A; 2RQR A; 1KQ2 A; 3UPU A; 4E6R A; 3CCR A; 1SSH A; 3EG0 A; 5A0D A; 3MCA B; 3M55 A; 3FB9 A; 1ZQ1 A; 1VQ7 T; 1WJQ A; 1Q95 G; 2O9S A; 3JSC A; 1RLP C; 1TXQ A; 3G71 Q; 3VRY A; 1RUW A; 2FYK A; 2JVV A; 3NTK A; 1PD0 A; 2LQW A; 2EQU A; 3SWN A; 1M8M A; 4IKF A; 2DJZ A; 3M0P A; 3VS2 A; 3CCU A; 1KD1 C; 2EQM A; 2OTJ A; 2J6F A; 2M0O A; 4M7A G; 2GCX A; 1ZLM A; 3M9Q A; 1YJ9 T; 2JUF A; 1MV0 B; 2V26 A; 2HQX A; 1NEG A; 1RAI B; 2LCL A; 1TG0 A; 3A8G B; 1ZUY A; 1M1K U; 4FYV B; 1M90 C; 4RTX A; 1QVP A; 4PJO A; 2O2O A; 4CRI A; 3PNW C; 3EFR A; 2O4X B; 3G4S T; 4MMK A; 2XDB A; 3MEV A; 4LDU A; 5IHN A; 3MP1 A; 1G3Y A; 2XDP A; 2E65 A; 2JW4 A; 4PKC C; 4QW2 A; 2F2V A; 2R58 A; 3PMI A; 1UDL A; 4PLI A; 1Q7Y U; 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