The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Specificity versus stability in computational protein design.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
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| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
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| total genus |
27
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| structure length |
106
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| sequence length |
106
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ A; 2QAZ A; 1ZSZ C; 2QAS A; 1OX8 A; 1OX9 A; 1YFN A; 1OU8 A; 1OUL A; 2NYS A; 1TWB A; 1ZSZ B; 1OU9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYY A; 5I2M A; 1UTI A; 4IUU A; 4XU2 A; 3PIP A; 4KH0 B; 1RAG B; 1VYU A; 3G4S T; 1I5O B; 1YP5 A; 2DNU A; 1GFC A; 1JJ2 P; 3E1S A; 1UGP B; 2HL3 A; 4AG2 C; 2HBW A; 4EMK C; 4EPC A; 4M7D E; 2YSQ A; 3PT9 A; 3SFM A; 1M1F A; 3A8L B; 3M0T A; 1TU0 B; 1N27 A; 4C8Q A; 2V1Q A; 4F7U E; 1ZBJ A; 5FU7 B; 1YHQ T; 1VUB A; 2YUN A; 2JVV A; 2EYQ A; 1C1A A; 1OPK A; 5L23 A; 4PJL A; 3CCM Q; 2XK0 A; 5DLO A; 4C92 E; 4F16 A; 1K8A U; 1UB4 A; 1I4K 1; 5GAN h; 2EQJ A; 3E9F A; 4KUL A; 1SHG A; 1QVF S; 3JB9 H; 2M02 A; 2V26 A; 1Y96 A; 1UG1 A; 4M77 A; 2F5K A; 2MK5 A; 4RTY A; 1RAE B; 1H8K A; 5GAO q; 1KQS S; 1X6B A; 3ASK A; 4EDU A; 2LQN A; 2RK2 A; 2PU9 B; 2XG8 D; 4RTX A; 1GCQ C; 1Q81 R; 3U23 A; 5DY9 A; 2KK4 A; 3MEU A; 4L59 A; 2JTF A; 2QDL A; 2L0A A; 3JB9 J; 4F7U G; 4KRT A; 5CK9 A; 2HMA A; 2VVK A; 1MUZ A; 3EGU A; 2DEQ A; 2A7Y A; 1OZ3 A; 2W10 A; 3CCS T; 2CDT A; 1VIF A; 3BDL A; 4BY6 C; 2EQK A; 1M1K C; 7AT1 B; 5FW9 A; 4RCC A; 3PVL A; 1W2B A; 2QEX A; 4IUP A; 3CXC P; 1XQH A; 1PKT A; 3R6O A; 5LJ5 f; 2FRY A; 1NM7 A; 1VIE A; 4C92 G; 2DZC A; 1RAF B; 3PFS A; 5LJ5 d; 5LJ3 e; 1UE9 A; 4CC3 A; 4R56 A; 5GMK m; 3MPU B; 2VB6 A; 4C8Q B; 2IIM A; 2X4Y A; 4ME7 A; 5EC7 A; 4ZTJ A; 3EAE A; 3LGL A; 1G3T A; 4PJN A; 4JJC A; 2VUB A; 4LE9 A; 1VQN Q; 1SSF A; 2GGR A; 2RA2 A; 2RJF A; 1YJ9 Q; 3L1A A; 5IXB A; 4J7I A; 4XAX B; 1MNE A; 4OMQ A; 4JS4 A; 5GMK i; 2HSP A; 2EJF A; 1GXI E; 3OS2 A; 1IXD A; 1A0N B; 2EYW A; 6AT1 B; 1Q82 U; 1OUL A; 2KNB B; 3L2R A; 1H3Z A; 1PRL C; 1VQL A; 2RHX A; 4XTV A; 4CI0 C; 3EG9 A; 2EVR A; 1Y96 B; 3RES A; 4M77 B; 3OYH A; 1D3B B; 3MP1 A; 5GAN j; 1N8R U; 2JZ2 A; 4CC7 A; 2KDS A; 2J7I A; 4HA8 A; 2KRO A; 2V1R A; 3GF5 A; 1M90 U; 1SRM A; 3A1P A; 2LQ8 A; 2LMJ A; 2ROT A; 3G71 Q; 3CMA T; 2EKO A; 5CQY A; 3OS0 A; 2X4J A; 4IIO A; 1TUG B; 4MML A; 1M1K R; 1H3H A; 5J3B A; 2ZCF B; 4WF2 A; 5D6X A; 2CP5 A; 4C0F A; 2IVW A; 3QUI A; 3CCE T; 2M16 A; 1BCO A; 4XTZ A; 1YCY A; 4AFQ C; 3SD4 A; 2L8D A; 4Z88 A; 3CC4 A; 5IAY A; 4C8Q G; 4E2F B; 1ZSZ C; 2JTE A; 1RI9 A; 2KEA A; 4X9D A; 3OB9 A; 3ZL7 C; 3VYG A; 2L3Q A; 4X9C A; 3LLR A; 5GAO l; 1VQP A; 1YNZ A; 4LNP A; 1M2V B; 2ZGW A; 1PCX A; 2ZPG B; 2BZ8 A; 5GAM e; 2M51 A; 3O5Z A; 2BIV A; 1T3S A; 3CCS A; 1NLO C; 3TRE A; 3CCQ T; 4HT9 A; 4IUV A; 1FWZ A; 4M75 A; 3NTK A; 1VQ9 T; 5GMK h; 2CZ0 B; 9ATC B; 2KRS A; 4MMK A; 1KQS A; 2EAY A; 2H8H A; 1YWO A; 1PHT A; 1Y71 A; 1KJW A; 3AT1 B; 1I81 A; 1WJQ A; 2EYZ A; 3QDR B; 1R77 A; 3HSB A; 2F2X A; 1R0C B; 1VQM Q; 3RER A; 2JS2 A; 1X75 C; 1HK9 A; 4BDY A; 1GBQ A; 1W2B P; 2L2P A; 3VS1 A; 2CP6 A; 3LYI A; 3CPW P; 4IUQ A; 4WTO B; 1N9S A; 4FSX A; 2XDD A; 1VQK A; 3KFV A; 2ATC B; 3S3O A; 1PD0 A; 2EBP A; 2QAS A; 5GAN 5; 3CME Q; 3EH2 A; 2EFI A; 1Q7Y R; 1RAA B; 2F2W A; 3TSW A; 2DMO A; 3EG9 B; 1X6G A; 2LC4 A; 4AFS C; 1NG2 A; 2A36 A; 3QWX X; 3E19 A; 4OP0 A; 3EFR A; 1PSE A; 3V7C A; 4M78 E; 2DM1 A; 4Z8A A; 4M75 C; 4NL3 A; 4N4G A; 3MET A; 3SHW A; 2ZPB B; 3RNJ A; 4FT4 A; 2DVE A; 1K0X A; 3G1J A; 2XDP A; 3REB B; 4DOW A; 3M54 A; 2JXB A; 2Y90 A; 4FU6 A; 5KYY A; 3ZFJ A; 4O6J A; 1YJN A; 4PL6 A; 1PNJ A; 2L3S A; 2NUT A; 3OYL A; 1MHN A; 1BI2 A; 2ED1 A; 3CCR T; 1N8R C; 1VQ8 Q; 4MZT A; 1UFF A; 3EG1 A; 4J7F A; 3QJY A; 4NS5 A; 1IZ6 A; 4Z89 A; 2DL3 A; 3EFO B; 5KCH A; 4PLI A; 5KYW A; 1BI0 A; 3UT1 A; 2HQX A; 2LNV A; 2K9G A; 1YBY A; 3RUX A; 1NEB A; 4C5E A; 4XTU A; 1WXB A; 2FB7 A; 2X3X D; 4D8D A; 3CCL Q; 3I56 A; 3CCV T; 3MJX A; 4JUV A; 2K5I A; 1UGQ B; 5HK3 A; 5GMK j; 2MIO A; 2VAS A; 2A37 A; 4C5H A; 2LQK A; 2ZPH B; 3E2U A; 2KGT A; 3BY7 A; 1KG1 A; 3VUZ A; 2H3E B; 1GFD A; 1LPL A; 1Y0M A; 4Y92 A; 1TUD A; 4D6W A; 1QVF P; 2J6O A; 1FMK A; 2WAC A; 4XQ3 A; 2AT1 B; 5HKC A; 1K73 C; 5KYN A; 3G6E T; 1WQW A; 2JM9 A; 4N4I A; 1K1Z A; 3QWY A; 2E5Q A; 1Y7X A; 3G7Z A; 2NUP A; 2L3P A; 4LDU A; 2PUO B; 1B34 A; 1KQS P; 3CD6 A; 2HQH A; 2X35 A; 2KYB A; 4OGC A; 4ATO A; 4E7K A; 3SDZ A; 2DIQ A; 5I2S A; 3V8J A; 4LDW A; 2M9U A; 1QWF A; 3M55 A; 3I5S A; 4QVZ A; 1G83 A; 2YLB A; 3I35 A; 1QCF A; 3WXM B; 1IRX A; 2FPF A; 5KYY B; 1QKX A; 1D0Y A; 1EX4 A; 2QTX A; 2RJE A; 2KY9 A; 4M75 G; 4N4H A; 3JCM W; 2NUT B; 2DK3 A; 5LJ3 h; 3KUF A; 4ZNX A; 2GQI A; 1UHC A; 2NUZ A; 5D6Y A; 3X20 B; 3CPF A; 3LX7 A; 3E9G A; 2RQV A; 1JJ2 A; 1QP2 A; 4C5G A; 1FYN A; 4HKE A; 2E1H A; 5KYW B; 4C0D B; 2BTT A; 1AWW A; 1K9M U; 1X2K A; 2A0F B; 3BDU A; 2QDY B; 1RUW A; 1ABO A; 1W4S A; 2DXU A; 4PJJ A; 4IUT A; 1RAC B; 4WCI A; 1Q81 U; 3CCR A; 1KHC A; 4IUR A; 3THK A; 4P5N A; 2O88 A; 4NL2 A; 3TEE A; 1KFZ A; 1TH7 A; 2J05 A; 2KXC A; 3QZ9 B; 1BK2 A; 2DXB A; 1NJI C; 1M5Q 1; 3EH1 A; 1K73 R; 1VQ5 Q; 1OX8 A; 3UPU A; 2QQA A; 4ELZ C; 1I07 A; 2JTM A; 1UGV A; 3HHT B; 1WLP B; 2G6F X; 3MHX A; 1TXQ A; 1YIJ Q; 2EKH A; 4J9E A; 5IHI A; 2KQW A; 3OSV A; 4FYV B; 3FDR A; 2COY A; 4CC4 B; 3OYB A; 1OQK A; 4XK8 E; 1CKB A; 2D8H A; 4OVA A; 1VYT A; 2RJD A; 4J9B A; 2NUP B; 3S3M A; 1Z9Z A; 3FC3 A; 1Y07 A; 5J39 A; 3CCM A; 1MGQ A; 4B6M A; 2KSS A; 1NE8 A; 1FXX A; 1LJO A; 2CRE A; 2KAF A; 1Q95 G; 4FT2 A; 1IB8 A; 3JB9 I; 1WDX A; 2QAZ A; 3M9Q A; 5LJ5 e; 1I8F A; 1BIA A; 5GAM h; 2K57 A; 3GNG A; 1EFN A; 2DRK A; 5FLX E; 5GAN 4; 4DA4 A; 2OTL Q; 2RNA A; 2GCX A; 1PWT A; 3L2Z A; 5CKF A; 5LJ3 g; 1VOM A; 4M7A B; 3A8G B; 3CXC A; 2M0O A; 1FMV A; 1VA7 A; 1KD1 C; 2RQW A; 4Y91 A; 4KBM B; 1KQ2 A; 2A3L A; 5LJ3 j; 5HY6 A; 5C6S A; 5KH6 A; 3QO3 A; 1NJI R; 1VQ4 Q; 1UGS B; 1SHF A; 3VS5 A; 2NYS A; 2AK5 A; 2OX7 A; 1QQJ A; 3EGD B; 3C95 A; 3CCU Q; 1RAB B; 4ANJ A; 1BIB A; 1G3Y A; 5FRN A; 2RM4 A; 3I55 Q; 2A08 A; 4J9G A; 2RI3 A; 4R0K A; 2AHJ B; 4J9H A; 2COZ A; 2RK1 A; 3NTH A; 1E6H A; 1JO8 A; 3VYH B; 4O5V A; 1O9S A; 3O8V A; 2LJ0 A; 1XOV A; 2E4H A; 2GTJ A; 1VQN A; 4BI3 A; 1D1A A; 2SEM A; 2BKD N; 2F69 A; 1YJ9 A; 4YTL A; 4IIM A; 2DTH A; 2O4X B; 1RLQ C; 1TUC A; 2EGE A; 3LWH A; 1X01 A; 3M0S A; 2JJ9 A; 4JRP A; 2RH2 A; 1MV3 A; 2PVG B; 2P4T A; 4BE1 A; 1VQL T; 2RO0 A; 4M7A F; 3OYC A; 1KIK A; 2V8I A; 1BBZ A; 4GLK A; 3CEY A; 3CC2 Q; 2KRM A; 3OA6 A; 4Q5W A; 1YI2 Q; 4VUB A; 1KD1 R; 5J26 A; 1SG5 A; 3QG1 A; 2DRM A; 2YRD A; 2VYT A; 2K2V A; 2OAW A; 2FZC B; 2V8J A; 5GAM g; 4PJO B; 3M0U A; 2GQV A; 3M57 A; 2CT3 A; 2P0K A; 8AT1 B; 3FLG A; 2QQB A; 1D3B A; 4J9C A; 4QW2 A; 1Q7Y U; 3G71 A; 5GAM j; 2FPE A; 4BE2 A; 2DX1 A; 4PJM A; 4CC2 A; 1ZA1 B; 4FCY A; 3CC4 T; 1UEB A; 1UJ0 A; 1G5V A; 5FU6 B; 4C8Q C; 3GLX A; 3H8Z A; 2DBK A; 2E70 A; 2CSI A; 1D0Z A; 1VQP T; 3M56 A; 4DBR A; 1M30 A; 1WA7 A; 4HVV A; 3OY9 A; 4JJB A; 4ELY C; 4LXC A; 3TQ7 P; 3CCL T; 2QA4 Q; 4DOV A; 1ZUY A; 2RHZ A; 2DE0 X; 3OYI A; 4LUE A; 2E3H A; 4M7D F; 3CPW A; 2B8A A; 3P8D A; 1M2V A; 2ESW A; 3TCJ A; 3X24 B; 1WXU A; 1G8X A; 4F7U F; 4M7A D; 1S72 Q; 2E3I A; 3TSZ A; 4PFO A; 2JM8 A; 3H0F A; 2DO3 A; 1IGU A; 2CUB A; 4M77 C; 4FYY B; 2HEQ A; 3JAM E; 5DLQ E; 1VQM A; 1EIF A; 2DVJ A; 2EQI A; 2QYZ A; 1YIT Q; 2MPX C; 3NFC A; 2YUQ A; 1YJW Q; 2DBM A; 2AKK A; 2CSQ A; 1VQK T; 2PQW A; 2QQR A; 4C8Q E; 1D0X A; 3KBG A; 3NMZ C; 4N0A A; 4PJO F; 3VUB A; 2RN8 A; 4C92 F; 2DL5 A; 1QKW A; 4PKC C; 3J80 E; 3CME A; 2DYI A; 1VQ7 Q; 2YRC A; 2HBP A; 2JMA A; 4E7L A; 1QCO A; 4A4F A; 1ZBX A; 2CH4 W; 4J6X A; 1VQ6 Q; 2OTJ Q; 2VV5 A; 2LTO A; 2C0O A; 5GAN g; 1QVG S; 2GFA A; 2GNC A; 2JNG A; 2QK0 A; 3HFO A; 5C0M A; 1JB0 E; 1AZE A; 1OX9 A; 2FG0 A; 4K11 A; 4OMF B; 2KT1 A; 1WHH A; 3DB3 A; 3JCM f; 3LGF A; 2O01 E; 2R57 A; 4M7D D; 2E41 A; 1Q86 U; 1YJN T; 3JCM d; 3M4Y A; 4M77 E; 1RAH B; 4RCB A; 1VQO Q; 1ZSG A; 2VWF A; 5IH2 A; 3FRN A; 1ACM B; 5ECA A; 3H0H A; 4EMH A; 1K8A C; 1GCP A; 1QP3 A; 5D7U A; 4RTZ A; 4RTV A; 1VQ8 A; 2PVO B; 3A5Z B; 3C0C A; 3ER0 A; 4E6R A; 2MF2 A; 4OB2 B; 1IO6 A; 2MWO A; 5HK0 A; 2V8K A; 2ZPI B; 5IHK A; 2YDL A; 3M0R A; 4QKU A; 1AWO A; 5CKE A; 4KH1 B; 4D8K A; 4PJO D; 3M0P A; 3VRZ A; 4V2S A; 3EFO A; 4ESR A; 1GRI A; 1QVF A; 3I56 T; 4J8O A; 2L3R A; 2QQ9 A; 4EMG A; 2ZPE B; 1ZUK A; 2DXC A; 3CCJ Q; 1Y57 A; 2AKL A; 2K7A A; 3CCL A; 4JZ3 A; 1OI1 A; 2JW4 A; 5GAO p; 4BE0 A; 5KCO A; 3OYJ A; 5LJ5 h; 1OPL A; 2K3X A; 1D1C A; 4B9W A; 4KT0 E; 3GNF B; 4DEY A; 2LCS A; 1KC8 U; 1U06 A; 2G3R A; 4M77 G; 1WNL A; 3VS0 A; 2LX7 A; 3PNW C; 1X2Q A; 2DAQ A; 4JS5 A; 3CC7 Q; 3X26 B; 1TTH B; 1MMD A; 3CD6 T; 3HPW A; 2MCN A; 3ZBD A; 4J9I A; 2XDB A; 2NWM A; 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4PNO A; 2K3Y A; 2JS0 A; 2GFU A; 2KBT A; 4LUD A; 3OBY A; 3QPH A; 4LDX A; 3JCM X; 3QZ5 B; 3LH0 A; 2VXE A; 2HNI A; 4M78 F; 3FJ5 A; 4C0D C; 1X6O A; 3HFN A; 2HDA A; 2K3B A; 2Z0W A; 4HVW A; 3JB9 G; 4F04 B; 2X4W A; 1ZUU A; 4XTW A; 5GJV B; 1NEG A; 1JEG A; 3OW2 S; 4M4Z A; 2YLC A; 1N8R R; 4BI4 A; 4ZGE B; 4FW2 A; 2O9V A; 2OTL A; 3WVE B; 5KYU A; 4F17 A; 3OS1 A; 3CBO A; 3A8M B; 5GAN 7; 4E7Z A; 2D6F A; 2E12 A; 1MMG A; 3MP6 A; 2E5K A; 4M7A A; 3VV0 A; 2RF0 A; 3UAT A; 3V7R A; 3GP8 A; 5IT9 E; 2LRQ A; 4KGV B; 3OYN A; 1AHJ B; 2D0Q B; 3FIF A; 3L2Q A; 1VQ4 A; 2QA4 T; 1XJW B; 3ZEH A; 1WX6 A; 3RR6 A; 1BYM A; 2HD0 A; 1B07 A; 2R5A A; 4A4E A; 2DYB A; 2OI3 A; 2EJ9 A; 2K4Y A; 3CCU A; 4ZGJ B; 4LD9 K; 3HRU A; 1C6V X; 3GPL A; 3QXE B; 4AT1 B; 3I55 A; 5AYF A; 3EGD A; 2QXF A; 3CMA Q; 1BKB A; 4PFP A; 4JJN K; 4M78 D; 5GAN 3; 2M0Y A; 2PNI A; 1YJW T; 1VQN T; 2LX9 A; 1RI0 A; 3URG A; 1YJ9 T; 3CCE Q; 4II1 A; 2L89 A; 1K0S A; 2GTO A; 1JXO A; 2F5T X; 4J6W A; 2K6D A; 1WXT A; 2RD1 A; 1QVG P; 2XI9 A; 1NBE B; 2PTK A; 4FM4 B; 4M7A C; 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