The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
58
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structure length |
58
|
Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
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| total genus |
10
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GCQ C; 2FPE A; 2ESW A; 4X1V A; 2HDA A; 1W6X A; 1T0J A; 2JS2 A; 4IIM A; 2EGC A; 2LQN A; 5IXF A; 1ZX6 A; 4F14 A; 1W1F A; 3IQL A; 3RNJ A; 2LJ3 A; 3VS4 A; 2K9G A; 2MIO A; 4LUD A; 2YSQ A; 1AZG B; 4CC4 B; 2EQI A; 3VS1 A; 1G2B A; 1E6H A; 4LE9 A; 2EBP A; 1AOJ A; 1I0C A; 2HEQ A; 1UHC A; 2YUO A; 1T3S A; 2EVR A; 3R6N A; 3VS3 A; 2RPN A; 4LUE A; 2K6D A; 2DL7 A; 2KRS A; 1WFW A; 2EPD A; 2GNC A; 3EHR A; 3GBQ A; 1X6G A; 2ECZ A; 2KYB A; 1RUW A; 2LJ0 A; 2RNA A; 2DL4 A; 1PRL C; 2J6O A; 3NGP A; 2HSP A; 4RTZ A; 2ED1 A; 2K3B A; 2F2X A; 1YWO A; 1G83 A; 2DRK A; 2GBQ A; 3H0F A; 1M3B A; 4FSS A; 5HCK A; 5FW9 A; 1U5S A; 1OV3 A; 2D8H A; 2I0N A; 2RQW A; 4QT7 A; 2OAW A; 2VVK A; 2DL3 A; 1SRL A; 1AWO A; 1HSQ A; 1NLP C; 2KE9 A; 2C0T A; 2O31 A; 2DYB A; 2NUZ A; 1W70 A; 1GCP A; 3VS2 A; 1X6B A; 1SEM A; 3QWY A; 2DBM A; 2MOX A; 2KXD A; 2CH4 W; 1QKX A; 2DVJ A; 2KNB B; 1U06 A; 2YDL A; 4ZNX A; 2JMC A; 1JEG A; 2RMO A; 1AWX A; 5IHN A; 4Z88 A; 1PWT A; 2PTK A; 3M0Q A; 2PNI A; 2A37 A; 2CT4 A; 1HJD A; 2YT6 A; 1RI9 A; 2KXC A; 2EGE A; 1Z9Z A; 2RQU A; 1PHT A; 2HCK A; 4RTY A; 5IHK A; 1SRM A; 1SHF A; 3I9Q A; 4J9I A; 1B3Q A; 1UGV A; 5ECA A; 3PE0 A; 5I22 A; 2D8J A; 1X43 A; 2KRN A; 4Y92 A; 2FRW A; 2LZ6 B; 2J7I A; 4LN2 A; 2AZV A; 1ZBJ A; 4GLM A; 1UFF A; 1GBQ A; 2KYM A; 1UTI A; 4RTV A; 4DEX A; 3VS7 A; 4D8K A; 4CC2 A; 4K11 A; 1NEB A; 3M0S A; 1K76 A; 1AWW A; 2M0Y A; 2O2O A; 4AG2 C; 2IIM A; 5FWB A; 2E5K A; 1QKW A; 2RQR A; 1AVZ C; 2JM8 A; 1M30 A; 1I1J A; 2J06 A; 2EKH A; 3M0U A; 1VA7 A; 4CC7 A; 1T0H A; 1JO8 A; 2BTT A; 2W10 A; 1JXM A; 2CT3 A; 2L3S A; 3ULR B; 4RUG A; 2AZS A; 2CSQ A; 1MV3 A; 1XOV A; 2AKK A; 2JW4 A; 3VS5 A; 4DEY A; 2DMO A; 1GFC A; 1SPK A; 3UF4 A; 2EYW A; 2DM1 A; 1YNZ A; 3THK A; 3VRY A; 1AEY A; 2LNH B; 2FPD A; 3VS0 A; 2B86 A; 2VWF A; 1NG2 A; 2G6F X; 4F17 A; 1KIK A; 2CH4 A; 3EG0 A; 1M27 C; 1J3T A; 3NHN A; 1ZSG A; 2FO0 A; 3CQT A; 2ABL A; 4JJB A; 3H41 A; 4M4Z A; 2EGA A; 4AFU C; 4RTW A; 1NYF A; 1UJY A; 3NMZ C; 2LMJ A; 2O88 A; 1QCF A; 3UA6 A; 4AFS C; 1WLP B; 1RLQ C; 1UDL A; 2CUD A; 4R0K A; 1X2Q A; 1SHG A; 5GJW B; 1PNJ A; 3M0P A; 1OOT A; 1YN8 A; 2JMA A; 4EIK A; 4GBQ A; 4HCK A; 2RQT A; 1A0N B; 2KEA A; 1AWJ A; 1MUZ A; 1HD3 A; 2ENM A; 4JJD A; 1Y0M A; 2KBT A; 1U3O A; 2HBW A; 4AG1 C; 2LP5 A; 4JZ4 A; 2L2P A; 4E6R A; 4JZ3 A; 4ORZ A; 4J9F A; 2ROL A; 4J9B A; 1ZLM A; 1TG0 A; 2O9S A; 1Z9Q A; 1YCS B; 4F16 A; 3I5S A; 4JPB W; 3REB B; 1V1C A; 2FRY A; 2D0N A; 1UJ0 A; 1X2K A; 1K9A A; 4OMQ A; 1WXB A; 3TSW A; 4OMM A; 1H8K A; 2DRM A; 2JTE A; 4RTX A; 4J9D A; 4HVV A; 4Z8A A; 1NM7 A; 2H8H A; 2JT4 A; 1AD5 A; 2DNU A; 1WDX A; 1VYV A; 1YP5 A; 2CSI A; 3JV3 A; 3UA7 A; 1CKA A; 2F2W A; 3TSZ A; 5EC7 A; 2K79 A; 5IXB A; 2L0A A; 3REA B; 2M51 A; 1EFN A; 2SRC A; 3A98 A; 4OML A; 2A28 A; 3VS6 A; 1JXO A; 2LX7 A; 1H3H A; 1PRM C; 1E7O A; 1S1N A; 4KRT A; 3SHW A; 1K0X A; 3UAT A; 2BZX A; 1BU1 A; 3U23 A; 1NYG A; 2DL5 A; 1GCQ A; 1UG1 A; 2OJ2 A; 4J9C A; 1H92 A; 4RTU A; 1WX6 A; 1Y57 A; 3M0T A; 1KFZ A; 1QLY A; 3EGU A; 2EYZ A; 1E6G A; 2EYX A; 1LCK A; 2XMF A; 4HVU A; 2J6F A; 3PVL A; 2CRE A; 1QWF A; 3NPF A; 3I35 A; 1AZE A; 1ZUY A; 1WYX A; 2X3W D; 2J6K A; 2DA9 A; 3VRZ A; 3ZL7 C; 1X27 A; 3QWX X; 1X69 A; 2A36 A; 1IO6 A; 1T3L A; 1OEB A; 2P4R A; 2FPF A; 4WCI A; 2MCN A; 2ED0 A; 2JS0 A; 2YUQ A; 2C0I A; 1M3A A; 1PKT A; 2VKN A; 2GTO A; 1I07 A; 4ESR A; 2O9V A; 1ABO A; 1PKS A; 2K2M A; 2RQV A; 4IIO A; 2NWM A; 1UEC A; 2JM9 A; 4OMO A; 5FWC A; 1CKB A; 2LQW A; 3H0H A; 1RLP C; 2AK5 A; 2BZ8 A; 5GJV B; 2RN8 A; 1K4U S; 2OI3 A; 4J9H A; 1BB9 A; 1QWE A; 2F2V A; 2C0O A; 2V1R A; 1JQQ A; 1WXT A; 5L23 A; 1WXU A; 2YUN A; 2KRM A; 1UHF A; 3H0I A; 3PVQ A; 4HVW A; 2GGR A; 1WA7 A; 2FG0 A; 4A63 B; 1N5Z A; 1OPK A; 3EHQ A; 1UE9 A; 2K7A A; 2KT8 A; 1GL5 A; 1WIE A; 2DE0 X; 5IH2 A; 4RTT A; 2DIL A; 1GFD A; 1TUC A; 4AFQ C; 4LNP A; 2X3X D; 1KSW A; 4J9E A; 3EG1 A; 2EW3 A; 2KGT A; 3C0C A; 2DF6 A; 2J05 A; 2V1Q A; 1WI7 A; 2PZ1 A; 3EG2 A; 5I11 A; 2CUB A; 2KT1 A; 4Z89 A; 4D8D A; 2L3P A; 1M8M A; 1TUD A; 3LH5 A; 2W0Z A; 2D1X A; 2L3Q A; 1K1Z A; 1GRI A; 2GQI A; 1NEG A; 2KR3 A; 2FEI A; 3EG3 A; 1JU5 C; 2DL8 A; 4OMP A; 1M3C A; 1BK2 A; 1GBR A; 4OMN A; 1SSH A; 1B07 A; 2LCS A; 3FJ5 A; 2RF0 A; 2YUP A; 1MV0 B; 3I5R A; 1VYT A; 2CDT A; 2GTJ A; 2AKL A; 3TVT A; 1UUE A; 1KJW A; 4HXJ A; 2LJ1 A; 4CC3 A; 2DX1 A; 1FYN A; 2SEM A; 4JJC A; 2DLP A; 2JXB A; 1ZUK A; 1OPL A; 2EYY A; 5IHI A; 1VYU A; 1YWP A; 2DJQ A; 1NLO C; 2ROT A; 4AFZ C; 1ARK A; 2QDL A; 3O5Z A; 2KRO A; 1ABQ A; 1FMK A; 3M0R A; 2DBK A; 2A08 A; 1ZUU A; 1K0S A; 4J9G A; 2BZY A; 3KFV A; 3RBB B; 3SEM A; 1BBZ A; 1CSK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KUL A; 5GAM f; 2ESW A; 3A1P A; 2HDA A; 1W6X A; 2JS2 A; 4IIM A; 5A2Q E; 3EGD B; 2EGC A; 4F14 A; 3IQL A; 3RNJ A; 2BIV A; 4C5I A; 1FWZ A; 2E70 A; 3PIP A; 4M7D A; 3M9Q A; 1I0C A; 4Q5W A; 3DB3 A; 3JCM f; 3R6N A; 3VS3 A; 4M78 D; 2ZPG B; 4J7I A; 3SWN C; 3JB9 H; 1P92 A; 2I2L A; 4HT8 A; 2COW A; 1WFW A; 1XJW B; 2GNC A; 3GBQ A; 4HT9 A; 2GCX A; 1X6G A; 2ECZ A; 2KYB A; 5GMK j; 2LJ0 A; 4P5N A; 1BIB A; 1UGS B; 5CKH A; 1D0Y A; 1VQ5 T; 1M90 U; 3CC7 Q; 5GAN d; 1YJW Q; 1U1S A; 3CBM A; 1D3B B; 3GLX A; 2ZCF B; 3G6E Q; 1V29 B; 5LJ3 h; 3OYC A; 3G4S Q; 1G83 A; 4RG8 A; 1C0M A; 3H0F A; 1M3B A; 3OSV A; 4C8Q D; 2BUD A; 1TTH B; 4FSS A; 5HCK A; 5FW9 A; 1OV3 A; 4PL6 A; 4M75 D; 2DK3 A; 2RQW A; 4QT7 A; 4XQ3 A; 4A4K A; 2K5F A; 4M7D B; 3EFO A; 2VVK A; 3MP1 A; 4JJN K; 1PCX A; 3KUF A; 3M59 A; 2YXY A; 2FB7 A; 1YJ9 A; 4O5V A; 1W2B P; 5FRO A; 2DEQ A; 5CAI A; 1W70 A; 1GCP A; 3X28 B; 2YRC A; 2DPP B; 2HQE A; 1LVK A; 3QWY A; 2O4X A; 2CH4 W; 1QKX A; 2DVJ A; 3CCE Q; 4NL2 A; 2RMO A; 1AWX A; 2YHT A; 2QQB A; 4BUG A; 2CT4 A; 3L2U A; 1VQ4 A; 2YWW A; 3OYA A; 4FYW B; 5GAM e; 4RTY A; 1SRM A; 1PSE A; 3I9Q A; 2DEU A; 1LNX A; 5CQY A; 4FM4 B; 3UT1 A; 2V8J A; 1I81 A; 1QVF P; 3C95 A; 2AZV A; 2ZPI B; 4GLM A; 4C8Q C; 2KYM A; 1WPY A; 2CZ7 B; 3JCM e; 3I55 A; 3OYK A; 4M75 C; 3JB9 I; 5DLO A; 2HL5 C; 2O4X B; 1AVZ C; 4MMK A; 4RCB A; 1VQ7 T; 4M7A G; 2F5T X; 1K9M R; 1TS9 A; 4NL3 A; 2YLB A; 2EKH A; 4M78 E; 3E9G A; 1JO8 A; 5GMK i; 2BTT A; 3M54 A; 2CSQ A; 4QQG A; 1YJW A; 1RAI B; 1XOV A; 1Q82 C; 2JZ2 A; 2MWP A; 3DKM A; 3G6E A; 3G4S A; 1GFC A; 3UF4 A; 5GMK h; 3VUB A; 5GMK l; 1YIT A; 3VRY A; 4PJM A; 2EQK A; 5CKD A; 1Q86 U; 3L2W A; 2RHU A; 2XI9 A; 4M75 E; 1BIA A; 3OYG A; 2CH4 A; 3L1A A; 3EH2 A; 1J3T A; 5LJ3 d; 3CCS A; 4LD9 K; 2OTL T; 4DBR A; 1ZQ1 A; 5GAN 7; 4KGZ B; 4JJB A; 7AT1 B; 3H41 A; 1UGP B; 1VUB A; 2D9T A; 3NMZ C; 3E9F A; 1WLP B; 1RLQ C; 1UDL A; 2BKD N; 2VAS A; 4DOW A; 1V76 A; 5GJW B; 1PNJ A; 2RK1 A; 4EIK A; 4HCK A; 3CCE A; 4FYY B; 2RQT A; 2KEA A; 5CCA A; 1AWJ A; 2BE9 B; 2ENM A; 4D6W A; 1VQN A; 1U3O A; 2HBW A; 3A8G B; 2QTV A; 2L2P A; 4JZ3 A; 5D6X A; 1WGS A; 3CCU T; 4C5G A; 1ZLM A; 3TQ7 P; 1Q7Y R; 3I5S A; 2MK5 A; 4JPB W; 4Y91 A; 1TXQ A; 1QVG A; 1BI1 A; 2IPO B; 1KHC A; 3CCR Q; 4OMQ A; 1WXB A; 2COY A; 2X4Y A; 1RAD B; 1NZ9 A; 1X75 C; 2DRM A; 5I21 A; 4M77 A; 4BE0 A; 2JTE A; 2PUO B; 4Z02 A; 1AD5 A; 4JRQ A; 1S72 T; 1YP5 A; 2CSI A; 3JCM X; 1CKA A; 2F2W A; 3TSZ A; 5EC7 A; 3L2V A; 5IXB A; 1XTD A; 2M51 A; 3QHS A; 3ZBD A; 1OX9 A; 3CC4 Q; 2PU9 B; 1Q81 U; 1MMN A; 2A28 A; 3ZFJ A; 2AHJ B; 3DLM A; 4C0D B; 1YI2 T; 4KRT A; 5CIU A; 1K0X A; 3OY9 A; 1NJI C; 4F7U E; 4BY6 B; 3MHX A; 1GCQ A; 1UG1 A; 2COZ A; 2OJ2 A; 3O8V A; 2JJ9 A; 1H92 A; 5GMK m; 3RR6 A; 3GP8 A; 1BCM A; 2XMF A; 4HVU A; 4E7I A; 1VQK T; 3M58 A; 1ZUY A; 2DZ9 A; 3EH1 A; 3VRZ A; 1X69 A; 2JVV A; 1YCY A; 3DLL A; 4NOY A; 1AT1 B; 2FPF A; 2MCN A; 4FYV B; 2O01 E; 1LPL A; 4M78 G; 4JRK A; 1M3A A; 2YRD A; 1PKT A; 2VKN A; 2FZG B; 4MML A; 3G1J A; 3J7A F; 3CCL T; 4BDY A; 4FW2 A; 3CCV Q; 2RQV A; 2DXT A; 2E3H A; 1UEC A; 4OMO A; 2GFA A; 4KH0 B; 2G3R A; 1K8A C; 2BZ8 A; 3PIO A; 2VGM A; 3H8Z A; 4XTW A; 1QWE A; 1JQQ A; 1WXT A; 4N4H A; 4PJL A; 5L23 A; 1WXU A; 4C8Q F; 4C8Q G; 3AHU A; 2KRM A; 1UHF A; 3H0I A; 2MAM A; 1WA7 A; 3CCR A; 4FYX B; 3J81 E; 1VQ6 Q; 1WHM A; 4M75 G; 4E47 A; 2KT8 A; 1Q95 G; 2R57 A; 1GL5 A; 3OBY A; 4RTT A; 2K2V A; 3EGX A; 1NPR A; 2K4Y A; 2V26 A; 3VU3 C; 4L59 A; 4PJO C; 2DO3 A; 2EW3 A; 5GAN 6; 2KGT A; 1TUG B; 2V1Q A; 4XU0 A; 5I11 A; 3G71 T; 2CUB A; 2OAU A; 2KT1 A; 2DTI A; 3CPW P; 3M53 A; 4D8D A; 3GIB A; 3CC4 A; 5KYY A; 5KH6 A; 1M8M A; 1TUD A; 1M1K C; 2W0Z A; 1RAB B; 3C12 A; 1M1F A; 4C92 C; 2FEI A; 4OB2 B; 3VYG A; 1M3C A; 3OYF A; 5GAM g; 1B07 A; 2LCS A; 5L8R E; 4II1 A; 6AT1 B; 1VQ9 Q; 2RF0 A; 2YUP A; 1VQO T; 3EGX B; 2CZ1 B; 3TVT A; 2GFU A; 2P0P A; 3OA6 A; 4PNO A; 4CC3 A; 3X26 B; 4JRI A; 1FYN A; 2SEM A; 4JJC A; 3OYE A; 2ROT A; 4FT2 A; 3CC7 T; 5GAO l; 3O5Z A; 3QDR B; 3SDZ A; 1ABQ A; 1FMK A; 3V8J A; 3QKJ A; 5KYY B; 1ZUU A; 3CD6 Q; 1QP3 A; 1CSK A; 4PK4 A; 4IUU A; 2PUK B; 5IXF A; 1ZX6 A; 1RAE B; 4WF2 A; 2LJ3 A; 3CCV A; 2K9G A; 2MIO A; 1G2B A; 3TU4 K; 4LE9 A; 2HEQ A; 3LH0 A; 3M4G A; 4J6X A; 2XDP A; 1T3S A; 1IRE B; 4ELZ C; 2RPN A; 4LUE A; 4F7U G; 1C6V X; 1KC8 U; 1N27 A; 2KRS A; 2FZC B; 2EPD A; 3PNW C; 1EX4 A; 2V8I A; 1VQM T; 3VV0 A; 4LDX A; 2RNA A; 3GNG A; 3LWI A; 3CCJ T; 2LQK A; 3ZEH A; 4F04 B; 2WAC A; 1PRL C; 2J6O A; 2M9U A; 3NGP A; 5M9O A; 2JN0 A; 2HSP A; 3OW2 P; 5GAN h; 3CCQ Q; 4ZGD B; 1N8R R; 2K3B A; 2F2X A; 1X01 A; 2VV5 A; 4O6J A; 4N0A A; 2GBQ A; 3HP9 A; 1YHQ A; 1U5S A; 5GAN 5; 2ZGW A; 2CKK A; 2CGH A; 1MGQ A; 3OYH A; 2DIG A; 4HCC A; 2FL7 A; 5IN1 A; 5GAN 2; 1ZSZ A; 2GF7 A; 2E1H A; 1WZO A; 1NLP C; 2E6Z A; 2KE9 A; 2C0T A; 2DTH A; 2DYB A; 2O31 A; 3LYI A; 1IGQ A; 3BY7 A; 3QYH B; 2RA2 A; 3SD4 A; 4KUI A; 3MEA A; 3VS2 A; 4OGE A; 1IRX A; 1X6B A; 1SEM A; 3S3M A; 1VQ9 A; 4EMK A; 2KNB B; 1U06 A; 2JMC A; 2NYS A; 3OS0 A; 2NUT B; 1SF9 A; 1R0B G; 1K73 C; 4C0G A; 1VIE A; 3NTK A; 2YT6 A; 2EGE A; 2KXC A; 5KCO A; 3MPU B; 1PHT A; 2HCK A; 5IHK A; 2HSE B; 4J6W A; 1B3Q A; 1OX8 A; 1X43 A; 2ZAE A; 2KRN A; 4Y92 A; 3CD6 A; 2FRW A; 4MDW A; 2E6N A; 1ZSZ B; 4DA4 A; 5GAO m; 2P84 A; 4LN2 A; 2FVU A; 2XIC A; 2EKO A; 1UFF A; 1GBQ A; 4RTV A; 2JUF A; 3VS7 A; 4D8K A; 4K11 A; 1NEB A; 3M0S A; 1VQ4 Q; 1M2V A; 9ATC B; 1AWW A; 2M0Y A; 2O2O A; 2E5K A; 3URG A; 4EMK B; 1I1J A; 2HMA A; 4B9X A; 2J06 A; 4XTU A; 3OYJ A; 5KYX A; 3M0U A; 3MP6 A; 5KYW A; 2X51 A; 3I55 Q; 2W10 A; 1YIJ T; 3AT1 B; 5HK0 A; 3EG9 A; 4RUG A; 4E7K A; 1MV3 A; 1PD1 A; 5CQX A; 2AKK A; 5CKB A; 3CCQ A; 3A5Z B; 3CC2 Q; 1RAC B; 4DEY A; 3HTR A; 5CO7 A; 3RKY A; 2JNG A; 2PVD B; 1TSF A; 3V7S A; 2VXF A; 1YNZ A; 4PJO F; 3HRS A; 1M2V B; 2E3I A; 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