The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
|
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KYB A; 1NEB A; 2FPE A; 2J6F A; 4HCK A; 2J05 A; 2LX7 A; 3H0H A; 4J9I A; 1BBZ A; 3EG2 A; 1FMK A; 2PNI A; 2RQT A; 1AZG B; 3ULR B; 2KRM A; 1UGV A; 3UA7 A; 3I35 A; 1SEM A; 3VRY A; 1YWP A; 1OV3 A; 4CC3 A; 2CT4 A; 2BTT A; 2L3S A; 1OOT A; 2F2W A; 2JM9 A; 2DLP A; 2KBT A; 3O5Z A; 1YWO A; 1VA7 A; 2HDA A; 2JM8 A; 4Y92 A; 2MCN A; 1NLP C; 2NUZ A; 2GTO A; 1M27 C; 4E6R A; 2O9S A; 1FYN A; 2O9V A; 2DYB A; 3VS7 A; 1X2K A; 1MUZ A; 1WXB A; 3M0S A; 1BK2 A; 2DE0 X; 2IIM A; 1E7O A; 1K0X A; 3EGU A; 2A36 A; 1Z9Z A; 1G83 A; 2DRK A; 1VYU A; 2LQN A; 5IH2 A; 2FG0 A; 2RQU A; 1UHC A; 1JXM A; 2BZ8 A; 5IHI A; 1HJD A; 2MOX A; 5FW9 A; 4K11 A; 2EGE A; 4J9F A; 2J06 A; 1W70 A; 1W1F A; 2KNB B; 2YUQ A; 4IIM A; 5FWC A; 2ROT A; 3NPF A; 4Z89 A; 4OMM A; 1Y0M A; 1X69 A; 2J7I A; 2DBM A; 1CKA A; 1BU1 A; 3SHW A; 1AWX A; 2RQW A; 1T3S A; 1UG1 A; 2EYY A; 2CUB A; 1MV0 B; 4DEX A; 1KJW A; 1E6H A; 4RTT A; 1NYG A; 1RLQ C; 1B07 A; 2D8J A; 1W6X A; 1T0H A; 1I0C A; 2ED0 A; 1UE9 A; 1JXO A; 2VWF A; 1ABQ A; 2P4R A; 2KT1 A; 3I5R A; 4RTX A; 1GFC A; 2B86 A; 3KFV A; 4GBQ A; 3TSW A; 1UTI A; 2LNH B; 2QDL A; 1E6G A; 2D0N A; 2JMA A; 2CRE A; 4OMP A; 3LH5 A; 2F2X A; 2EQI A; 2JT4 A; 5ECA A; 5IXB A; 4OMN A; 2ABL A; 2CH4 A; 2YUN A; 2DF6 A; 4KRT A; 4DEY A; 1PWT A; 3VS4 A; 1YN8 A; 2RNA A; 2EYZ A; 1QKW A; 3PVQ A; 2PZ1 A; 5I22 A; 4JJD A; 3U23 A; 1UEC A; 4LN2 A; 2FRY A; 1RI9 A; 1J3T A; 4HXJ A; 3EG3 A; 2CDT A; 2GQI A; 4QT7 A; 2HEQ A; 1OPK A; 2VVK A; 4LNP A; 1RUW A; 4F14 A; 1EFN A; 2XMF A; 3C0C A; 4FSS A; 3VS5 A; 4J9D A; 3M0U A; 2RN8 A; 1YNZ A; 2RPN A; 4IIO A; 1NG2 A; 1OEB A; 1QLY A; 2EKH A; 2K6D A; 1ZUU A; 1NM7 A; 2ECZ A; 4A63 B; 2GNC A; 2JMC A; 4JJC A; 1ARK A; 2L3Q A; 2KRO A; 3TVT A; 3M0P A; 2LJ0 A; 3RNJ A; 2JS2 A; 4CC2 A; 2KRN A; 1UHF A; 1PHT A; 1WIE A; 1UJY A; 2O88 A; 2I0N A; 1KFZ A; 4LUE A; 4JPB W; 2RQR A; 2ENM A; 1AWJ A; 4X1V A; 1H92 A; 3H0F A; 1AVZ C; 2CT3 A; 3NGP A; 1WFW A; 3IQL A; 2CH4 W; 2DL5 A; 3EG0 A; 1SHF A; 1UDL A; 2DRM A; 1SRM A; 1OPL A; 1BB9 A; 1Z9Q A; 2EYW A; 1TG0 A; 1CSK A; 1IO6 A; 1KSW A; 4OMQ A; 1UJ0 A; 3GBQ A; 5GJV B; 2C0T A; 2YSQ A; 1X6B A; 2LQW A; 1K4U S; 1HSQ A; 3PVL A; 2KYM A; 2DL4 A; 2DX1 A; 1SHG A; 1RLP C; 4RUG A; 4Z8A A; 3REA B; 2FEI A; 2C0I A; 5HCK A; 1X27 A; 4F16 A; 1WI7 A; 2D8H A; 2C0O A; 1TUC A; 2GBQ A; 3PE0 A; 1HD3 A; 1ZX6 A; 2YDL A; 2YUP A; 2KRS A; 2DBK A; 1JQQ A; 2ED1 A; 2EW3 A; 1T3L A; 1NEG A; 1Y57 A; 5IHN A; 4GLM A; 2FO0 A; 1U3O A; 1ZBJ A; 1SRL A; 1K76 A; 2FRW A; 3JV3 A; 3SEM A; 2DNU A; 1GL5 A; 1WA7 A; 2OJ2 A; 2MIO A; 2VKN A; 2K7A A; 1VYV A; 4J9H A; 4WCI A; 4CC7 A; 3RBB B; 1AWO A; 2ROL A; 2AKK A; 2DL8 A; 1GRI A; 2HBW A; 1CKB A; 2L0A A; 1M3A A; 4CC4 B; 2ESW A; 3ZL7 C; 1M8M A; 2K2M A; 3NHN A; 3A98 A; 1VYT A; 1GBQ A; 2KEA A; 2X3W D; 2BZX A; 2KGT A; 5EC7 A; 3EHQ A; 4LE9 A; 2NWM A; 1JEG A; 1YCS B; 2SRC A; 4J9C A; 4AFU C; 2EBP A; 4AFQ C; 2AZS A; 4HVW A; 1PKT A; 2A37 A; 1AEY A; 1M30 A; 4JJB A; 1GCQ C; 2YT6 A; 1B3Q A; 4OML A; 2LZ6 B; 2CUD A; 2DA9 A; 3I9Q A; 1N5Z A; 1S1N A; 2JTE A; 5I11 A; 3REB B; 1WLP B; 2LP5 A; 4RTV A; 2F2V A; 2LJ3 A; 2DMO A; 2BZY A; 3UF4 A; 1QKX A; 4OMO A; 4RTY A; 2OAW A; 1WX6 A; 1UUE A; 3H0I A; 3NMZ C; 3QWY A; 4ORZ A; 3EHR A; 1QCF A; 1LCK A; 2YUO A; 1AD5 A; 4HVV A; 1H3H A; 2RMO A; 1T0J A; 4EIK A; 1PKS A; 2A28 A; 4RTZ A; 1SPK A; 2A08 A; 1GBR A; 2KE9 A; 2RQV A; 4JZ3 A; 1I07 A; 4AG1 C; 2DJQ A; 1JO8 A; 5IXF A; 2KT8 A; 5IHK A; 2DVJ A; 2L3P A; 3THK A; 4LUD A; 1X2Q A; 4AFZ C; 1TUD A; 2GGR A; 1GFD A; 4AFS C; 1M3C A; 1WYX A; 1A0N B; 1XOV A; 2LJ1 A; 2K9G A; 2K79 A; 2KXC A; 5FWB A; 3VS0 A; 1PRM C; 1I1J A; 4M4Z A; 1PNJ A; 4HVU A; 1QWE A; 1QWF A; 2J6K A; 3H41 A; 3VS6 A; 4ESR A; 1V1C A; 2G6F X; 3TSZ A; 2D1X A; 2SEM A; 2LCS A; 4F17 A; 2RF0 A; 3M0Q A; 1GCQ A; 1SSH A; 2H8H A; 3EG1 A; 2JW4 A; 2LMJ A; 2KR3 A; 1M3B A; 2E5K A; 2O31 A; 2EYX A; 2V1Q A; 3VS1 A; 2J6O A; 3UAT A; 1MV3 A; 1NLO C; 2EGC A; 2K3B A; 4R0K A; 1AWW A; 1U06 A; 1WDX A; 3UA6 A; 1X6G A; 4D8D A; 1JU5 C; 2FPD A; 3M0R A; 1U5S A; 2HCK A; 2W10 A; 4Z88 A; 2JS0 A; 1AOJ A; 3VRZ A; 2DM1 A; 3VS3 A; 1UFF A; 3M0T A; 1YP5 A; 2CSQ A; 4J9G A; 3FJ5 A; 1GCP A; 2L2P A; 3R6N A; 2DL3 A; 2DL7 A; 1NYF A; 4J9E A; 2AZV A; 2V1R A; 1ABO A; 3VS2 A; 1AZE A; 2O2O A; 1WXU A; 2EPD A; 2CSI A; 2EVR A; 4ZNX A; 2JXB A; 4J9B A; 2DIL A; 2AKL A; 2KXD A; 1ZUY A; 1ZUK A; 4JZ4 A; 2M0Y A; 2OI3 A; 2EGA A; 1K1Z A; 1H8K A; 1ZSG A; 2FPF A; 1K9A A; 2HSP A; 2W0Z A; 2M51 A; 5GJW B; 1ZLM A; 2AK5 A; 3CQT A; 3I5S A; 3QWX X; 5L23 A; 1KIK A; 1PRL C; 1WXT A; 1K0S A; 2PTK A; 1G2B A; 4RTW A; 4AG2 C; 4D8K A; 1X43 A; 4RTU A; 2X3X D; 2GTJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZGJ B; 4HCK A; 1PSF A; 1M1K C; 2VGN A; 1KK7 A; 3EG2 A; 4OGC A; 4M7D D; 2PNI A; 2RQT A; 2KRM A; 1HXD A; 3I35 A; 3CCV Q; 3VRY A; 5A2Q E; 1YWP A; 5CKB A; 1OV3 A; 1X75 C; 5GAN 7; 4CC3 A; 1EZZ B; 5GAO p; 3HFN A; 1BIA A; 5CKE A; 1OOT A; 4KGV B; 2DZ9 A; 2KBT A; 3O5Z A; 2DAQ A; 2OAU A; 4Y92 A; 2NUZ A; 1DJ7 B; 1YJ9 Q; 1VQ6 T; 2O9S A; 2P0Q A; 1TS9 A; 3PFS A; 1NJI U; 1IGU A; 3M0S A; 1AT1 B; 4MML A; 2EJG A; 2IIM A; 1E7O A; 5GAN 8; 1YHQ Q; 4PJN A; 5IT9 E; 4M7D A; 3PGG A; 1UHC A; 2BZ8 A; 4HKE A; 1HJD A; 1MMN A; 5FW9 A; 3OS1 A; 3HFO A; 4K11 A; 3OY9 A; 1PSE A; 4M77 D; 3JCM P; 2J06 A; 1W70 A; 1G3T A; 4JLI A; 2YUQ A; 3CXC A; 4Z89 A; 2CP2 A; 1NE8 A; 1VUB A; 1QVG A; 1VQP Q; 2J7I A; 2DBM A; 2QQA A; 1TXQ A; 1UG1 A; 4L5G A; 2LNV A; 2EQJ A; 1W2B A; 1VQ6 A; 4PJM A; 2YWW A; 1KHI A; 1QW1 A; 1T0H A; 2ED0 A; 3H6Z A; 2P4R A; 2KT1 A; 4GBQ A; 3TSW A; 3QSU A; 1UTI A; 3BE3 A; 3VYH B; 1E6G A; 2A3L A; 2CRE A; 4CRI A; 3JCM d; 4ELY C; 4OMP A; 5DLQ E; 3QJY A; 3OS0 A; 5HY6 A; 5GAN f; 5CVI A; 2F2X A; 3E1S A; 1G8X A; 4R56 A; 2OTL Q; 1D1B A; 3J80 E; 4E7L A; 2CH4 A; 2YUN A; 1U1T A; 4P5N A; 4E47 A; 4PJO B; 8ATC B; 2NUP A; 3OW2 P; 5LJ5 f; 3VUB A; 2EYZ A; 2CZ1 B; 4M75 G; 3CBP A; 5I22 A; 4RG8 A; 4J6X A; 1SF9 A; 5GMK m; 4X34 A; 4FL6 A; 2FHD A; 1RI9 A; 3CC4 T; 2COY A; 3CCR T; 4D6W A; 1QVF P; 2DVE A; 1N9S A; 5FRN A; 1M5Q 1; 2VVK A; 1YJN T; 2XMF A; 3OQ5 A; 1YJ9 T; 1B34 B; 2R5M A; 2BE9 B; 5CCA A; 2BIV A; 3PNW C; 4C8Q C; 2GNC A; 5AT1 B; 3OA6 A; 4FIB A; 3TVT A; 1O9S A; 2QA4 Q; 2BKD N; 2Y4Y A; 3HRS A; 4MDW A; 3CCS T; 4ANJ A; 2FZG B; 3RES A; 1UHF A; 1PHT A; 1N8R C; 2O88 A; 3ER0 A; 4LUE A; 4F04 B; 1S72 T; 2V26 A; 1ZHI A; 2QQS A; 3GNF B; 3C4S A; 4C92 A; 4X1V A; 2CT3 A; 4JRQ A; 3CC4 A; 1G3S A; 3CCR A; 1BI3 A; 2KAF A; 3S3O A; 3FJP A; 3JB9 F; 2X9H A; 2ZGW A; 2DRM A; 3OYJ A; 1OPL A; 1YJN A; 2DFU A; 1YJ9 A; 3MET A; 4NS5 A; 4UC4 A; 1TG0 A; 1VQK Q; 3CMA T; 1MND A; 3TQ7 P; 3OYD A; 1KSW A; 3GBQ A; 2D6F A; 5GJV B; 2C0T A; 4RCC A; 5CO7 A; 1VQM Q; 3M56 A; 2FB7 A; 3JCM c; 1YI2 Q; 1K4U S; 2P84 A; 3CCS A; 2DX1 A; 2XI9 A; 3NFC A; 2V8I A; 4OB1 B; 2MWO A; 2C0I A; 1X27 A; 1S72 A; 2PU9 B; 2YDL A; 2YUP A; 2MAM A; 2ED1 A; 4KUD K; 1OX9 A; 4PJO G; 2FO0 A; 2LTO A; 1SRL A; 1K76 A; 2FRW A; 3JV3 A; 4FT2 A; 1D1C A; 2MIO A; 2VKN A; 3LH0 A; 2OTJ Q; 5KYY A; 4WCI A; 2RO0 A; 2NUT A; 2ROL A; 1RL2 A; 2LDM A; 1MNE A; 2HQE A; 3CMA A; 4EMK B; 4CC4 B; 2RA2 A; 2QQB A; 1M8M A; 2K2M A; 3A8H B; 1OQK A; 2ZPI B; 2KMT A; 3A98 A; 3LGF A; 5EC7 A; 4LE9 A; 3EAE A; 4BDZ A; 3KBG A; 5GMK l; 4LD6 A; 2CP3 A; 1D1A A; 2NLU A; 5DY9 A; 4KGX B; 3M57 A; 2H3J A; 1OZ2 A; 2A37 A; 3E2U A; 1WZO A; 1QMC A; 3RKW A; 4FCY A; 2YHT A; 4OML A; 3HSB A; 2F1L A; 1YIJ Q; 2CP7 A; 5J39 A; 1N5Z A; 2E1H A; 2LP5 A; 2MYS A; 2P0P A; 3BDU A; 4XAX B; 4PLL A; 4RTY A; 4J5Y A; 1UUE A; 3HKS A; 2DK3 A; 5HK3 A; 4ORZ A; 3JCM h; 5A0D A; 4LXC A; 5FU7 C; 3OYI A; 1LCK A; 1U1S A; 1OZ3 A; 2YUO A; 1I81 A; 4HCB A; 4PFO A; 4HVV A; 1VQM T; 1H3H A; 4EIK A; 1YI2 T; 1LOJ A; 4M77 C; 1JJ2 S; 1VQ9 T; 2RQV A; 1PC0 A; 2GCX A; 1MMA A; 5FU6 C; 3EGD A; 1RAG B; 3JSC A; 3QUI A; 1X6O A; 4DQ2 A; 1R8O B; 2YRV A; 2VYT A; 1JO8 A; 2DVJ A; 2LX9 A; 1PCX A; 1GFD A; 4AFS C; 1WYX A; 1A0N B; 2R5A A; 2LJ1 A; 1VQL T; 5KYW A; 2COZ A; 3GF5 A; 2KXC A; 1PRM C; 3OYN A; 3D7S B; 3G4S Q; 4EMK C; 3H41 A; 3CC2 T; 1NPR A; 3VS6 A; 3CD6 T; 2CYZ B; 2D1X A; 2CS7 A; 2SEM A; 2RF0 A; 2CGH A; 2ZZD A; 3M0Q A; 4KH0 B; 3CCQ T; 2H8H A; 4NOY A; 3EG1 A; 1LPL A; 1VQM A; 2JW4 A; 2XIC A; 1YI2 A; 5GMK e; 1VQ9 A; 1M3B A; 1ZSZ C; 5LJ3 e; 1WJQ A; 2ATC B; 2RJC A; 4C0F A; 1LJO A; 5HK0 A; 4QQ6 A; 2RJD A; 3UAT A; 3CCM T; 2EGC A; 2K3B A; 1AWW A; 4E7Z A; 2DEQ A; 1WDX A; 3SWN A; 1RAC B; 5FLX E; 1NJI C; 3HRU A; 3OYC A; 2W10 A; 4Z88 A; 2JS0 A; 1AOJ A; 3VS3 A; 3I56 Q; 2RHU A; 1VQL A; 2QTV A; 1YP5 A; 2CSQ A; 5GAM h; 3FJ5 A; 2L2P A; 3R6N A; 4MZT A; 2XU8 A; 3GOX A; 4VUB A; 1VIF A; 8AT1 B; 4M75 F; 3CC2 A; 3PT9 A; 3RUX A; 1RI0 A; 3MP8 A; 3CD6 A; 1WXU A; 2EPD A; 3QHS A; 2E10 A; 2RI3 A; 4XTU A; 3CCQ A; 4J9B A; 1KQS S; 1UGP B; 3EFO A; 1ACM B; 4JZ4 A; 1VQO T; 3J81 E; 2EGA A; 5GAM j; 1ZSG A; 2FPF A; 1K9A A; 1JJ2 A; 3CCM A; 1XNI A; 1Q82 R; 3WVD B; 3QYH B; 4AG2 C; 1X43 A; 1PD1 A; 2DJZ A; 4RTU A; 1M9S A; 2X3X D; 2GTJ A; 1N6A A; 2KYB A; 3L2W A; 3H0H A; 5KCH A; 4JJN K; 3BDL A; 1BBZ A; 3DB4 A; 2MMP A; 2HBP A; 4WF2 A; 1SEM A; 2K2V A; 4C8Q E; 5GAO n; 5A0G A; 4C8Q F; 1D0Z A; 1HYO A; 1NLP C; 2GTO A; 1FXX A; 5IAY A; 4JRK A; 2DYB A; 2LVM A; 2COW A; 3VS7 A; 4M75 A; 4F7U A; 1WXB A; 5GMK i; 1VQO A; 1BK2 A; 3EGU A; 1OYX A; 4ME7 A; 2A36 A; 1Z9Z A; 1G83 A; 2ZAE A; 4II1 A; 5EG2 A; 4BE1 A; 2V8K A; 4N4I A; 2EGE A; 2E41 A; 5CK9 A; 4KUL A; 4PL6 A; 4OMF B; 1I8F A; 2PUO B; 3NPF A; 2XID A; 2Z0W A; 3OYF A; 4EMH A; 3UWN A; 1CKA A; 1BCM A; 5LJ3 d; 2LC4 A; 4XTV A; 3QZ5 B; 4RMO A; 2CUB A; 2K57 A; 1KJW A; 2VGM A; 4M78 D; 2KVQ G; 1NYG A; 1W6X A; 1I0C A; 1UE9 A; 1JXO A; 3HTR A; 2VWF A; 3A8G B; 3HRT A; 3C12 A; 3P8D A; 4C0G A; 4BI3 A; 1GFC A; 2E64 A; 3VU3 C; 1KQS A; 4C0D B; 2QDL A; 5I21 A; 1UGS B; 1QVG S; 1BKB A; 3LH5 A; 2QEX T; 1KD1 R; 3LLR A; 5IXB A; 1PM3 A; 1W2B S; 1C0M A; 4IUP A; 4NL2 A; 1QKW A; 5GAM g; 3CC7 T; 2AIR B; 1WHL A; 3OB9 A; 4BD3 A; 1G3W A; 4LN2 A; 2FRY A; 3MCA B; 4HXJ A; 3EG3 A; 4XTY A; 3V8K A; 3E9F A; 2CDT A; 1BI1 A; 3EFR A; 4QQD A; 4B9W A; 4PJL A; 3FEO A; 4FSS A; 3VS5 A; 2Y4X A; 4M7A B; 2KK4 A; 2L89 A; 1NG2 A; 1OEB A; 5D6W A; 4OB3 B; 2EKH A; 5GAN 2; 3QG1 A; 2JMC A; 4JJC A; 4A54 A; 1Q86 R; 2FZC B; 2WSE E; 5KE3 A; 4PJO A; 3M0P A; 3CC4 Q; 3M58 A; 3RNJ A; 5KCO A; 2QEX A; 3A5Z B; 3CCR Q; 2HSE B; 1K73 R; 3TEE A; 3UT1 A; 3Q1J A; 2E3I A; 3PIO A; 2QK0 A; 1YJN Q; 2RQR A; 3CC7 A; 2DD5 A; 3QPH A; 2KY9 A; 1H92 A; 3H0F A; 1AVZ C; 3NGP A; 1SG5 A; 3IQL A; 1M4Z A; 1B34 A; 1VOM A; 1ZA1 B; 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