The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
58
|
structure length |
58
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Chain Sequence |
GKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
1H and 15N NMR assignment and solution structure of the SH3 domain of spectrin: comparison of unrefined and refined structure sets with the crystal structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cytoskeleton
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| total genus |
13
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-03-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CSI A; 2L3P A; 1X69 A; 2J05 A; 4D8K A; 1K9A A; 1PRL C; 4X1V A; 2D8H A; 1ABO A; 2EW3 A; 4ORZ A; 1EFN A; 5FWB A; 2YSQ A; 1X27 A; 1K0S A; 2MCN A; 2BZ8 A; 2I0N A; 4J9G A; 2A36 A; 4WCI A; 4E6R A; 2DLP A; 1Y0M A; 4DEY A; 1H8K A; 1PKT A; 1WIE A; 2VVK A; 1JEG A; 5GJV B; 3I35 A; 5L23 A; 4CC2 A; 1AWX A; 4KRT A; 2JM9 A; 4HCK A; 2L3S A; 1U06 A; 2LQW A; 4F16 A; 2JM8 A; 1X43 A; 2DBK A; 1PWT A; 1VYU A; 2AZS A; 2DF6 A; 1JQQ A; 3UA6 A; 2DRK A; 1AOJ A; 1AWJ A; 1GFC A; 1K76 A; 1T3L A; 1SEM A; 2D1X A; 2HCK A; 2KRM A; 4HXJ A; 1CKA A; 4RTZ A; 2RNA A; 1RI9 A; 4J9H A; 2GBQ A; 2RQR A; 1BK2 A; 2EYY A; 2BTT A; 2DYB A; 2AKK A; 2KEA A; 2FRW A; 1B3Q A; 2FPE A; 1N5Z A; 3RNJ A; 1U3O A; 1E6H A; 4R0K A; 1M3B A; 3LH5 A; 2LQN A; 2PNI A; 2DL5 A; 1AZE A; 2CSQ A; 1MUZ A; 2VWF A; 4K11 A; 2DJQ A; 1UEC A; 2EGC A; 1ZUK A; 4J9E A; 1KSW A; 2O9S A; 1WXU A; 1JO8 A; 2V1R A; 2ED1 A; 2DMO A; 1CSK A; 1YNZ A; 1SRM A; 1X6B A; 1XOV A; 1AEY A; 1AVZ C; 1YN8 A; 2EGA A; 4OMO A; 2ED0 A; 3A98 A; 3GBQ A; 3QWX X; 2B86 A; 3M0Q A; 4F17 A; 2FRY A; 1UE9 A; 4JPB W; 2LJ1 A; 2DL8 A; 4FSS A; 2O2O A; 4AFS C; 1CKB A; 2RQV A; 1WA7 A; 2KGT A; 3I9Q A; 3JV3 A; 4JJC A; 3H0I A; 1SHG A; 2ABL A; 4JJB A; 2W0Z A; 2H8H A; 4JJD A; 4ZNX A; 4JZ3 A; 2F2W A; 5EC7 A; 3M0R A; 1AZG B; 3VRZ A; 2W10 A; 4IIO A; 2J6O A; 2FG0 A; 4F14 A; 4J9D A; 3M0S A; 2CUD A; 2J6F A; 3ULR B; 1B07 A; 4DEX A; 2CUB A; 1I0C A; 4AG1 C; 1ZX6 A; 4J9B A; 1MV0 B; 1WLP B; 1W6X A; 1T0H A; 4QT7 A; 2RN8 A; 2MOX A; 3TSZ A; 2O88 A; 1AWO A; 1A0N B; 2V1Q A; 1JXO A; 2AKL A; 2RPN A; 1W70 A; 2SRC A; 4AFU C; 2E5K A; 2PZ1 A; 2DIL A; 4RTW A; 3M0P A; 3PVQ A; 1T3S A; 4RUG A; 1PRM C; 1UTI A; 4AFZ C; 1UDL A; 2CRE A; 1RLP C; 5I11 A; 2JW4 A; 3VS2 A; 2DVJ A; 1M30 A; 4LE9 A; 2KYB A; 1NLP C; 1W1F A; 1WXT A; 3VS5 A; 1V1C A; 3RBB B; 2K7A A; 3FJ5 A; 1SHF A; 1GCP A; 2K9G A; 1PHT A; 1ZUU A; 3IQL A; 1WXB A; 3KFV A; 5FWC A; 2CT4 A; 3C0C A; 1HJD A; 1IO6 A; 1KJW A; 2KRN A; 1K1Z A; 2L3Q A; 3O5Z A; 4LN2 A; 1I1J A; 3UAT A; 4OMM A; 1UJY A; 2GTO A; 2ESW A; 1SRL A; 1GCQ A; 2O9V A; 3H0F A; 1OPL A; 1FYN A; 2CH4 W; 2KYM A; 1PNJ A; 2HSP A; 1RLQ C; 2HDA A; 2ROT A; 4OML A; 2GGR A; 4EIK A; 3R6N A; 1M8M A; 1GL5 A; 2AZV A; 2FPD A; 2QDL A; 1QCF A; 2DL3 A; 1YWO A; 3REA B; 1X6G A; 3TVT A; 1GCQ C; 4AG2 C; 1YWP A; 2RQU A; 1KFZ A; 2EPD A; 1MV3 A; 2BZY A; 2JT4 A; 4LUE A; 2G6F X; 2K2M A; 1AWW A; 2GNC A; 1H92 A; 1X2Q A; 1LCK A; 4Z89 A; 3H41 A; 2AK5 A; 2ECZ A; 2OI3 A; 1TUC A; 2KRO A; 2JMA A; 1ABQ A; 1TUD A; 3VS7 A; 2EBP A; 3H0H A; 5IXF A; 3U23 A; 2CH4 A; 2DX1 A; 4JZ4 A; 3THK A; 2FEI A; 2KT8 A; 2RF0 A; 3SHW A; 2JS0 A; 2JXB A; 2DL7 A; 2PTK A; 1H3H A; 1TG0 A; 4J9F A; 1Z9Z A; 1GFD A; 1NYF A; 1ZLM A; 3NHN A; 4RTU A; 2YUP A; 1X2K A; 1S1N A; 1UUE A; 4Y92 A; 2KR3 A; 1ARK A; 2FPF A; 2C0T A; 1GRI A; 1UGV A; 1ZUY A; 1M3C A; 1WDX A; 3NGP A; 3VS0 A; 2KBT A; 1M3A A; 2DBM A; 2RMO A; 1UJ0 A; 2EYX A; 2ENM A; 2X3X D; 2VKN A; 2EGE A; 2L0A A; 1VYV A; 3CQT A; 1NEG A; 4OMP A; 2J7I A; 1NLO C; 2NUZ A; 2C0O A; 1E7O A; 1K0X A; 5FW9 A; 4LUD A; 1VA7 A; 2C0I A; 2X3W D; 1OEB A; 2MIO A; 2EQI A; 2NWM A; 2YDL A; 2YUN A; 4J9I A; 4LNP A; 2EVR A; 1GBR A; 2LMJ A; 2DL4 A; 1RUW A; 3VS4 A; 3SEM A; 2XMF A; 3VS3 A; 2K3B A; 1OOT A; 2F2V A; 2EYZ A; 2LX7 A; 2ROL A; 2D8J A; 1WYX A; 1I07 A; 1NG2 A; 1G83 A; 1SSH A; 3EG2 A; 4CC3 A; 4RTX A; 1WX6 A; 3M0U A; 1WFW A; 3NPF A; 1QWF A; 2RQT A; 4A63 B; 1ZSG A; 3EHQ A; 3TSW A; 4CC4 B; 2O31 A; 2YUQ A; 1AD5 A; 2CDT A; 3UA7 A; 1QKX A; 1YCS B; 1KIK A; 2DM1 A; 3I5S A; 4OMQ A; 2JS2 A; 4Z88 A; 2JTE A; 2P4R A; 1K4U S; 1OPK A; 2KXC A; 3REB B; 5IH2 A; 2LNH B; 1UHC A; 3PVL A; 3EHR A; 3ZL7 C; 2YUO A; 2A08 A; 2DA9 A; 3EG0 A; 1PKS A; 2FO0 A; 1BBZ A; 1U5S A; 2LZ6 B; 3VS1 A; 2L2P A; 1VYT A; 2M51 A; 2KRS A; 4IIM A; 5GJW B; 2GQI A; 2LJ3 A; 5IXB A; 2HEQ A; 1JU5 C; 4GLM A; 2LP5 A; 4J9C A; 1G2B A; 4RTV A; 2OAW A; 2J6K A; 2RQW A; 3PE0 A; 5IHN A; 2YT6 A; 1ZBJ A; 2KNB B; 4D8D A; 1GBQ A; 1QWE A; 1Z9Q A; 2KT1 A; 1FMK A; 2D0N A; 1HSQ A; 3EGU A; 2F2X A; 1BB9 A; 2A28 A; 3VS6 A; 1JXM A; 2LCS A; 1UFF A; 5I22 A; 5ECA A; 2JMC A; 5HCK A; 2OJ2 A; 1E6G A; 2A37 A; 1NYG A; 1HD3 A; 4GBQ A; 2GTJ A; 2HBW A; 2LJ0 A; 4RTT A; 4M4Z A; 1BU1 A; 2EYW A; 4OMN A; 1UG1 A; 2CT3 A; 4HVW A; 1NM7 A; 1WI7 A; 2IIM A; 1J3T A; 3M0T A; 2K79 A; 4HVU A; 2DNU A; 1NEB A; 2DRM A; 4ESR A; 1OV3 A; 2SEM A; 5IHK A; 4Z8A A; 4HVV A; 2KE9 A; 1T0J A; 1SPK A; 1QLY A; 5IHI A; 3QWY A; 4AFQ C; 3EG1 A; 1Y57 A; 1UHF A; 2K6D A; 2KXD A; 3EG3 A; 2DE0 X; 4CC7 A; 1YP5 A; 4RTY A; 1QKW A; 3UF4 A; 2M0Y A; 1M27 C; 3I5R A; 2EKH A; 3VRY A; 3NMZ C; 2J06 A; 2BZX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L3P A; 5KYX A; 1LNX A; 4FYX B; 1PRL C; 5C6S A; 4M77 A; 2D8H A; 4ANJ A; 2OAU A; 3QYG B; 4WTO B; 4M77 D; 2MCN A; 3CPW A; 2D9T A; 2I0N A; 4PFP A; 1VQ8 T; 2A0F B; 3C94 A; 2DLP A; 1Y0M A; 4CI0 C; 4Q5W A; 3BE3 A; 1H8K A; 1WIE A; 1RI0 A; 2RI2 A; 5GJV B; 3X20 B; 1JEG A; 4M7D A; 5DLO A; 4A4E A; 3NTH A; 3CCL Q; 1M90 C; 4M7D D; 1VQK T; 4XU3 A; 2ZAE A; 1PWT A; 2EWN A; 1JQQ A; 2R57 A; 3UA6 A; 2VV5 A; 2YRC A; 3CPW S; 4JRP A; 2DRK A; 1OI1 A; 5KYX B; 1CKA A; 3VJP A; 4RTZ A; 4J9H A; 1M9S A; 1TXQ A; 1YIT A; 2BTT A; 5FRO A; 2KEA A; 2E64 A; 4ME7 A; 1Q81 C; 2KAF A; 3RNJ A; 3EH1 A; 2PVO B; 4RCB A; 4JRQ A; 1NPP A; 1BYM A; 1IRX A; 2VWF A; 2DJQ A; 3CXC P; 1UEC A; 2XG8 D; 5GMK h; 1KSW A; 3EGD B; 1WXU A; 1JO8 A; 2FHD A; 2V1R A; 3N5B B; 2DMO A; 2CYZ B; 1XOV A; 1AEY A; 1YN8 A; 3PFS A; 3JCM b; 3MP6 A; 1D1B A; 1LJO A; 4OMO A; 1C6V X; 2DXC A; 5GAN j; 3M0Q A; 1JRI A; 4F17 A; 2JTM A; 3T9N A; 1H64 1; 1JBM A; 2DL8 A; 4FSS A; 2O2O A; 4N4H A; 2DFU A; 1CKB A; 2RHZ A; 2RQV A; 3UDC A; 4RMO A; 1O75 A; 3I9Q A; 1EIF A; 4JJC A; 5FU6 C; 4PJM A; 4C0F A; 1I4K 1; 2RHX A; 2HD0 A; 2ABL A; 2QEX T; 1WNL A; 2YWW A; 3RUX A; 4OB1 B; 1AZG B; 3VRZ A; 2W10 A; 3G71 T; 4F14 A; 3QHS A; 3LLR A; 1LOJ A; 3JCM g; 5GAM f; 2J6F A; 1R0B G; 3MHX A; 1DJ7 B; 3DKM A; 1WLP B; 2QQA A; 3QPH A; 1W6X A; 4QT7 A; 4M7A A; 1Q82 C; 1I81 A; 2K5I A; 3CCU T; 1A0N B; 2AKL A; 2SRC A; 4M7A D; 2PZ1 A; 5LJ5 f; 3M0P A; 4GLK A; 3PVQ A; 3VYH B; 1T3S A; 3QJ6 A; 1O9S A; 5GAM h; 2M1H A; 1K8A R; 4C5I A; 3MP8 A; 1UDL A; 2CRE A; 1RLP C; 5I11 A; 4E7J A; 3RR6 A; 1VIE A; 1IB8 A; 1YHQ T; 2DVJ A; 3INZ A; 2E12 A; 3RKY A; 5L8R E; 1WHM A; 2KYB A; 5GAN e; 2EJG A; 3RBB B; 2E6Z A; 2K7A A; 1GCP A; 4DOW A; 1WXB A; 3KFV A; 1YJ9 A; 4II1 A; 1KK7 A; 1I1J A; 4N0A A; 3L2R A; 4OMM A; 2CP0 A; 3OYI A; 1UJY A; 5GAO q; 2CP3 A; 2ESW A; 2Y4Y A; 2KYM A; 3M53 A; 1PNJ A; 2X4X A; 2RI5 A; 5D6W A; 5CVI A; 1FMW A; 5CAI A; 1VQO A; 4EIK A; 3CC2 Q; 3DB3 A; 2AZV A; 4BDY A; 1QCF A; 2DER A; 3OYL A; 3SWN C; 2RH2 A; 2WSC E; 1MMA A; 1YWP A; 3URG A; 2EPD A; 5LJ3 f; 2BZY A; 4LUE A; 2G6F X; 2K2M A; 1AWW A; 1Q7Y C; 4Z89 A; 3PIO A; 2ZPH B; 1Q86 U; 1TUC A; 2JMA A; 4DBQ A; 9ATC B; 4C5E A; 3H0H A; 1X01 A; 2CH4 A; 3HPW A; 2EQK A; 3THK A; 2FEI A; 2KT8 A; 2RF0 A; 2E3I A; 3OYM A; 2V8I A; 4ZTF A; 2LT1 A; 3SDZ A; 4LXC A; 2LCL A; 3HTR A; 1XNI A; 4JUV A; 3RES A; 3A5Z B; 3M9Q A; 4KUI A; 1VQ5 T; 3E1S A; 5A2Q E; 3OYC A; 3LH0 A; 2XID A; 1GRI A; 3OYN A; 1M3C A; 2VAS A; 4IUT A; 1N6A A; 4XTW A; 2EYX A; 2HQH A; 2XDB A; 4KH1 B; 2ENM A; 2K2V A; 2EIF A; 5GAM d; 2VGM A; 1G3Y A; 4OMP A; 2J7I A; 3OYJ A; 4FCY A; 4YTL A; 3TQ7 P; 3CCQ Q; 4BD3 A; 2X3W D; 2F1L A; 3PNW C; 4J8O A; 1GBR A; 4EMG A; 1MMN A; 5KYW A; 1RUW A; 2OX7 A; 3A1P A; 4NL2 A; 3UT1 A; 5FRM A; 5A0D A; 3DLM A; 3QKJ A; 3SEM A; 3MJX A; 4ZTJ A; 1B34 A; 1OZ3 A; 1VQ6 A; 2KQW A; 5D6Y A; 1WX6 A; 3NPF A; 1KC8 U; 4ZGE B; 4E7S A; 1VQM A; 3TSW A; 4PJO A; 5CKE A; 2O31 A; 1AD5 A; 3UA7 A; 1KHC A; 1YCS B; 4C8Q F; 2BE7 D; 1M1K C; 4PJO D; 1PG5 B; 4M78 G; 4MZP A; 2M0O A; 1K4U S; 4ZGJ B; 1VQP Q; 5KYW B; 3REB B; 3EHR A; 4WF2 A; 4PJO E; 4J6X A; 2FO0 A; 5DY9 A; 1BBZ A; 5D6X A; 2KRS A; 4IIM A; 4JRI A; 2LRQ A; 2XD0 A; 1TH7 A; 2HEQ A; 3QZ5 B; 2DZC A; 2MF2 A; 4C8Q G; 2OAW A; 1IGU A; 4PJO B; 1ZBJ A; 1ZSZ A; 2HKQ B; 4D8D A; 4X34 A; 4XTZ A; 4PNO A; 1FMK A; 2K57 A; 2EYQ A; 3FRN A; 2LDM A; 2X4Y A; 1N8R R; 2MYS A; 1NJI R; 3CBM A; 1ZA2 B; 4B9W A; 2RJC A; 1OU9 A; 1JXM A; 4XAX B; 3LWI A; 1TOV A; 2JMC A; 3J7A F; 1VQ8 Q; 5HCK A; 2OJ2 A; 3GLX A; 3X26 B; 1WGS A; 5DM7 R; 4PL6 A; 3V7C A; 1HD3 A; 4GBQ A; 2CS7 A; 1BIA A; 4MMK A; 2CP2 A; 5AT1 B; 4A53 A; 2V8K A; 1TSF A; 3FC3 A; 2CP7 A; 1UG1 A; 3CCM A; 4M78 A; 1NJI C; 2YLB A; 2IIM A; 4VUB A; 2RI3 A; 2DYI A; 2K79 A; 5KE3 A; 4M78 D; 5A0L A; 2SEM A; 4QW2 A; 2QAS A; 4Z8A A; 4HVV A; 5GAM g; 2ZCF B; 2COY A; 2NUP A; 2M16 A; 4HKE A; 2LVM A; 1QKW A; 1QQJ A; 5LJ5 g; 3PT9 A; 1V76 A; 1N27 A; 2F5K A; 3CC4 A; 3VRY A; 4FL6 A; 2FZK B; 3A8O B; 1QP3 A; 1AHJ B; 4OVA A; 3VU3 C; 2ZZD A; 4X1V A; 4EDU A; 3CCE Q; 3EFS A; 2EW3 A; 4ORZ A; 5GAN 3; 3CD6 A; 1EFN A; 3HL8 A; 2OTJ A; 2LC4 A; 2YHT A; 1Y96 A; 1QMC A; 4J9G A; 3QUI A; 4WCI A; 4E6R A; 3JB9 H; 1FWZ A; 1WHH A; 4L5G A; 1PKT A; 2VXE A; 1VQ6 T; 2VVK A; 3OMG A; 3CME A; 2NUP B; 4DA4 A; 4X9C A; 2XHC A; 3RKW A; 1AWX A; 2O4X A; 3OW2 A; 4HCK A; 4BAC A; 1VQM T; 4F16 A; 2JM8 A; 2QEX Q; 4J6W A; 2A3L A; 1OX9 A; 4BE2 A; 1SEM A; 2D1X A; 2HCK A; 3G71 Q; 1RI9 A; 2WAC A; 2GBQ A; 2CP6 A; 2RQR A; 2DD4 A; 3V7R A; 1BK2 A; 2EYY A; 5LJ3 g; 2HAX A; 1Y96 B; 1N5Z A; 4J5Y A; 4N4G A; 3CCU Q; 3PMI A; 1E6H A; 1M3B A; 3JB9 J; 3CC7 A; 1K9M C; 1VQ9 A; 2YXY A; 2LQN A; 2DL5 A; 1AZE A; 3OSS C; 1QVF P; 2CZ1 B; 2CGH A; 2O4X B; 3KUF A; 4E7I A; 2EGC A; 3DB4 A; 3OYY A; 1YHQ Q; 1ZUK A; 2IG0 A; 4P5N A; 2C06 A; 2YRV A; 5GAN 6; 1X6O A; 2ED1 A; 1RAH B; 2JNG A; 1YNZ A; 2JVV A; 1S72 A; 3O8V A; 2Y90 A; 1WZO A; 1RAA B; 3DLL A; 2LJ1 A; 2EKO A; 4AFS C; 2MI6 A; 3ER0 A; 4E47 A; 3J80 E; 1EZZ B; 3JCM X; 3GNF B; 3PMT A; 1SHG A; 4JJB A; 2W0Z A; 3NFC A; 3OSV A; 1UGS B; 5IT9 E; 4JZ3 A; 2F2W A; 3M0R A; 4IIO A; 3OA6 A; 2B8A A; 1YIJ Q; 4J9D A; 1K8A U; 2CUD A; 2X4W A; 3CCM T; 4PK4 A; 5GAN 8; 4DEX A; 3PIP A; 4PLL A; 1BCO A; 4M75 A; 4FIB A; 3RIR A; 3CBO A; 4AMC A; 2RN8 A; 4ELY C; 2MOX A; 2O88 A; 1OQK A; 4MDX A; 1AWO A; 1M5Q 1; 4M75 D; 4IUP A; 2V1Q A; 5CKB A; 2QGF B; 2RPN A; 1W70 A; 1M2V B; 4QQD A; 2PVG B; 3BFM A; 3X25 B; 1M90 R; 3GNG A; 1RAG B; 4AT1 B; 3VYG A; 3WVE B; 3CPF A; 1NZ9 A; 4C92 E; 4UC4 A; 1M30 A; 4M75 E; 3TU4 K; 2XU8 A; 3OYA A; 1YBY A; 4E7H A; 3CC4 T; 4OB0 B; 1JJ2 S; 1WXT A; 3FJ5 A; 4M77 E; 2K9G A; 2VC8 A; 1PHT A; 1RAF B; 5FWC A; 1MND A; 2CT4 A; 1Q81 R; 3CD6 T; 4C92 B; 1HJD A; 4ELZ C; 1PM3 A; 2OTJ T; 5GAO m; 1VQ5 Q; 2KRN A; 2L3Q A; 4M75 B; 4LDX A; 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