The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
56
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structure length |
56
|
Chain Sequence |
QQWKVGDKCSAIWSEDGCIYPATIASIDFKRETCVVVYTGYGNREEQNLSDLLSPI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SMN tudor domain structure and its interaction with the Sm proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN 1
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| molecule tags |
Translation
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
6
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XNI A; 2RHU A; 3OYA A; 1KHC A; 2RJC A; 4OVA A; 3FDR A; 4BAC A; 3S3N A; 3OYC A; 5D6Y A; 3KUF A; 3QJ6 A; 2BKD N; 4PL6 A; 3OYN A; 2QQS A; 3LYI A; 5IAY A; 3S3M A; 3MP6 A; 3UT1 A; 2BUD A; 2HQX A; 2G3R A; 3UWN A; 4LD6 A; 3S3O A; 1WJS A; 5FRN A; 3NTK A; 2EQU A; 1G5V A; 1OI1 A; 3QII A; 4FU6 A; 4A4G A; 3MEU A; 4ZTJ A; 5CIU A; 4QQ6 A; 2DIG A; 4QQD A; 3L2U A; 3PMT A; 3L2Q A; 3PMI A; 3QKJ A; 4IUT A; 4IUQ A; 2RI5 A; 3OYL A; 4PLL A; 2PQW A; 4E7L A; 1H3Z A; 2HQE A; 3H6Z A; 4A4E A; 3EAE A; 5J26 A; 3FLG A; 2BIV A; 3ZEH A; 3ASK A; 3H8Z A; 3LX7 A; 4QW2 A; 5M9O A; 3OYF A; 4B9W A; 2EFI A; 5KE3 A; 2JTF A; 3OYK A; 3MEV A; 2GF7 A; 4RG2 A; 2GFA A; 2L8D A; 3OS0 A; 4BE1 A; 1RI0 A; 1MHN A; 4BE0 A; 3MEW A; 5FRO A; 4BD3 A; 4BDZ A; 3OS2 A; 1OYX A; 3LLR A; 4QVZ A; 2E6N A; 3S6W A; 4II1 A; 3FC3 A; 2RHY A; 4IUR A; 4GY5 A; 3OYB A; 4C5I A; 3OYG A; 2RHI A; 2RI2 A; 3LH0 A; 3L2V A; 3NTI A; 2LCC A; 4BE2 A; 2R5M A; 2F5K A; 3P8D A; 2M0O A; 4Q5W A; 4E7I A; 4E7K A; 5KE2 A; 2EQJ A; 3PFS A; 2LRQ A; 4CRI A; 3L42 A; 3CEY A; 4A4H A; 2L3R A; 2WAC A; 3GOX A; 2GFU A; 3OQ5 A; 4X34 A; 4Z02 A; 3SD4 A; 5KH6 A; 4C5G A; 4B9X A; 2LTO A; 2RJD A; 3OYD A; 2R5A A; 3BDL A; 3QBY A; 4N4G A; 2RHX A; 1OZ3 A; 5IN1 A; 2NLU A; 3OYH A; 3L2R A; 3Q1J A; 3ME9 A; 3OYI A; 4UC4 A; 4N4H A; 2P0K A; 2XK0 A; 2VYT A; 2RJE A; 3E9F A; 2R58 A; 3MO8 A; 4A4F A; 3L2W A; 2EQM A; 5KCO A; 1SSF A; 3LGF A; 5C0M A; 5C6S A; 1WGS A; 2L89 A; 2X4W A; 4NS5 A; 5J39 A; 2YRV A; 3PNW C; 2RI3 A; 4L59 A; 3DLM A; 1N27 A; 1WJR A; 2LVM A; 3MET A; 3OY9 A; 4IKF A; 2K3Y A; 3OB9 A; 3MP8 A; 2O4X B; 2M16 A; 4N4I A; 3MEA A; 2DIQ A; 2IG0 A; 2DAQ A; 3NTH A; 4EDU A; 3DB3 A; 2R57 A; 3OYJ A; 3MP1 A; 3LGL A; 4E7J A; 5FRM A; 2JZ2 A; 4E7H A; 2QQR A; 3DB4 A; 2XDP A; 3OYM A; 4FL6 A; 2LDM A; 3M9Q A; 2X4Y A; 3OMC A; 2EQK A; 2MWP A; 4C5H A; 4IUP A; 2RJF A; 2X4X A; 1WJQ A; 3C4S A; 3F70 A; 5KCH A; 4ZTF A; 4HCZ A; 3O8V A; 2CKK A; 2EKO A; 2FHD A; 2B8A A; 4IUU A; 3E9G A; 3OS1 A; 2MWO A; 2D9T A; 2RO0 A; 3P8H A; 2RHZ A; 2K3X A; 1OZ2 A; 4IUV A; 2E5Q A; 3FEO A; 5D6X A; 4C5E A; 3OMG A; 3OA6 A; 5D6W A; 2M1H A; 4BDY A; 2O4X A; 2X35 A; 4QQG A; 3OYE A; 4PLI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QG1 A; 2EQI A; 1YNZ A; 2QQS A; 1YJN T; 3CC7 A; 3M54 A; 1M3B A; 2DA9 A; 4C92 A; 1UG1 A; 2K79 A; 5I11 A; 1MMG A; 2M02 A; 4FU6 A; 2W10 A; 2E3H A; 2KQW A; 5CKF A; 1D3B B; 4OGE A; 1GCQ C; 1WHM A; 4M75 D; 3ASK A; 3H8Z A; 3I5S A; 3JB9 F; 2GF7 A; 3TEE A; 1ARK A; 4PJO E; 1CKA A; 4J83 A; 4BD3 A; 4M7A A; 1AEY A; 1AVZ C; 4GY5 A; 3OYG A; 1QCF A; 1KSW A; 2IVW A; 1F1B B; 2F2X A; 1H64 1; 2EYW A; 3G1J A; 5KYW B; 2LQN A; 3THK A; 1Q81 U; 3GOX A; 3QSU A; 3JCM Q; 4J9I A; 2FRW A; 1NJI C; 1UGV A; 2JXB A; 3CC7 T; 4M7D G; 2JTE A; 3Q1J A; 2YUQ A; 4C8Q C; 1R0C B; 3V8J A; 3CCV T; 2DBM A; 2VYT A; 2AZS A; 2RA2 A; 1RAF B; 3MET A; 1AT1 B; 2FB7 A; 3A8L B; 1QCN A; 3MP8 A; 2O4X B; 3CCL Q; 4KT0 E; 2KSS A; 5KYY A; 1RAC B; 4PJJ A; 2J6F A; 1TSF A; 1XOV A; 4OMO A; 4PJO D; 3G71 T; 2DTI A; 5ECA A; 2X4Y A; 4E2F B; 1HD3 A; 3TCJ A; 3C4S A; 4KUL A; 2EKO A; 2P84 A; 1OU9 A; 2AHJ B; 5KYU A; 4AFU C; 2CP3 A; 4LUE A; 3UA7 A; 4M78 C; 3JCM e; 4GBQ A; 2B86 A; 5FWC A; 2CZ1 B; 3ZFJ A; 2OTL T; 1HK9 A; 3TSZ A; 1OQK A; 5GMK m; 2A28 A; 1NBE B; 3R6O A; 4M77 A; 2JW4 A; 5FW9 A; 4HKE A; 2JT4 A; 1KD1 C; 1JJ2 S; 2G3R A; 1RAG B; 5DY9 A; 5GAM h; 1UFF A; 2YT6 A; 2K57 A; 2NUP A; 1SPK A; 3A98 A; 3G6E A; 5CIU A; 4HXJ A; 1VQ8 Q; 3ULR B; 4A63 B; 1B3Q A; 1H3Z A; 1YN8 A; 2HQE A; 2KRS A; 2CP7 A; 5GAO p; 2QA4 Q; 4PKC C; 4B9W A; 2D0Q B; 3NMZ C; 2H3J A; 1TTH B; 1OYX A; 1M5Q 1; 1VQL A; 4LNP A; 1ZA2 B; 3CCJ T; 1C0M A; 1UGS B; 1B34 A; 2VXE A; 1NZ9 A; 2E1H A; 3IQL A; 4OB1 B; 2OTJ A; 1J3T A; 2E64 A; 3VS4 A; 4XU1 A; 4E7S A; 2DLP A; 4F16 A; 2GFU A; 4C92 C; 1VQM A; 1WIE A; 4RCB A; 2HKQ B; 1Y0M A; 1GBR A; 5GAO q; 5LJ5 g; 2RJE A; 5IHK A; 5CKB A; 2A08 A; 4RTZ A; 1WHL A; 4ELY C; 3G6E T; 3OB9 A; 1D3B A; 3C94 A; 3WVD B; 1YI2 T; 4M7A C; 3CPW P; 2DKG A; 1I8F A; 5FRM A; 2JZ2 A; 3AT1 B; 1VQ7 Q; 3OMC A; 3EH1 A; 4Z8A A; 1PD1 A; 5I2M A; 1UDL A; 5CKD A; 2DD5 A; 2CGH A; 2COW A; 2OTJ T; 3HFO A; 2DL3 A; 1MUZ A; 3KBG A; 3JSC A; 3NFC A; 4B6M A; 1JQQ A; 2QDL A; 3KUF A; 1S72 Q; 3H0H A; 5IXF A; 1MGQ A; 2XD0 A; 4M75 G; 2K7A A; 3M0U A; 1WI7 A; 1NYF A; 1Q82 R; 3MEU A; 4LDW A; 2EGE A; 4ME7 A; 2CUB A; 5GAN e; 1PG5 B; 3H9N A; 4IUT A; 3CCE A; 3M5A A; 2QTX A; 2ZPE B; 1RAI B; 4J6W A; 3G4S A; 1W1F A; 1VQN Q; 3CCU Q; 1Q7Y U; 4RG8 A; 4J9F A; 2RF0 A; 1WYX A; 1UE9 A; 1YP5 A; 2KVQ G; 3JAM E; 2DJQ A; 1G3T A; 2KK4 A; 5LJ5 h; 1QWE A; 3FJP A; 4C8Q D; 4M77 C; 5FWB A; 3PFS A; 4E6R A; 2ZPF B; 4AT1 B; 2LMJ A; 4FYV B; 2XU8 A; 2ECZ A; 2LTO A; 1AZE A; 2LNV A; 3VUB A; 3HRT A; 4NL3 A; 1E6H A; 4O6J A; 3ME9 A; 4JRK A; 1SHF A; 4A4F A; 1NM7 A; 1D1A A; 2C06 A; 1N27 A; 1KC8 C; 2K3Y A; 2HKN A; 2FEI A; 1QVF A; 4N4I A; 1PCX A; 3CMA A; 2DIL A; 1QKX A; 4F04 B; 2MYS A; 3G4S T; 1VQP Q; 2FZG B; 3EGX A; 3PVQ A; 4M78 D; 4E7H A; 1Z9Z A; 3UA6 A; 2EJ9 A; 2K5L A; 2ROT A; 4F7U E; 2MCN A; 3C12 A; 2FPD A; 4EIK A; 1WJQ A; 2RPN A; 1AWX A; 4C0F A; 2CKK A; 3GNF B; 3INZ A; 2YWW A; 1M1F A; 1VA7 A; 2EW3 A; 3VRZ A; 4J9G A; 3OA6 A; 4WTO B; 1VQP T; 2PVD B; 1QVF P; 2CDT A; 1TXQ A; 4BDY A; 1YJ9 A; 4J8O A; 4D8K A; 3OYE A; 2RQV A; 2L3S A; 2VAS A; 3CD6 Q; 2RJC A; 4JJB A; 2O9S A; 1JB0 E; 4N0A C; 3MP6 A; 2M51 A; 1Q95 G; 5GAO m; 6AT1 B; 3ER0 A; 2EQU A; 3OW2 P; 1ZLM A; 2F1L A; 2EYQ A; 4F17 A; 2K2V A; 3JCM J; 1H3H A; 3PMI A; 3OYL A; 2RI5 A; 1YJW A; 3EAE A; 2QGG A; 3GF5 A; 2XDB A; 5M9O A; 4LN2 A; 5I2S A; 2CS7 A; 2QYZ A; 2LC4 A; 4RKU E; 1V29 B; 5GMK e; 1LCK A; 2RHY A; 4C92 D; 2HSP A; 3A8O B; 4IUR A; 1VYU A; 1WA7 A; 1KFZ A; 2LCC A; 2DZ9 A; 3HRS A; 1PNJ A; 1CSK A; 1VOM A; 2YRC A; 3CC4 A; 2DL5 A; 4J5Y A; 4D8D A; 3CEY A; 4M7D E; 2HEQ A; 2RHX A; 2K3B A; 3GIB A; 1KQS S; 4M7A D; 4BI8 B; 3OYI A; 1WDX A; 1FYN A; 4A54 A; 3DLL A; 1Q81 C; 3MCA B; 4JUV A; 1KQ1 A; 2GTO A; 4XU3 A; 2NUT B; 1JBM A; 2LJ0 A; 3T9N A; 1YIJ Q; 2F2W A; 1AWJ A; 4A53 A; 4EMG A; 1WX6 A; 3LGL A; 3M0R A; 3X20 B; 2AIR B; 3M4Y A; 2L0A A; 3A8M B; 3CXC S; 4LXC A; 2KEA A; 2RB6 A; 2XKO C; 4EMH A; 3P8H A; 2LX9 A; 3BY7 A; 3QYH B; 2GNC A; 3VV0 A; 1VQ5 Q; 4AG1 C; 3X25 B; 4HCK A; 3X24 B; 3OYN A; 1SG5 A; 2FRY A; 3RR6 A; 3I55 Q; 2QEX A; 1EFN A; 3S3O A; 2OX7 A; 4WF2 A; 1QMC A; 1EIF A; 2GQV A; 5GAN 4; 3QWY A; 2D1X A; 1Q7Y R; 3FIF A; 2ED1 A; 3QUI A; 3CCQ A; 1RAE B; 4A4E A; 4M77 F; 4QT7 A; 4KGV B; 1RAH B; 2Y90 A; 4FM4 B; 5IHI A; 5KE3 A; 1I5O B; 3PGG A; 1M8M A; 2HNI A; 4C8Q G; 5AT1 B; 4QKU A; 1T0H A; 1KIK A; 2KDS A; 3FRN A; 2DXB A; 5GAN 2; 1VQK Q; 1I4K 1; 2WAC A; 2VUB A; 4TVR A; 2RJD A; 1X69 A; 1YWO A; 3CBP A; 2RH2 A; 1VQ6 A; 1SSH A; 3L2R A; 1QCO A; 1U3O A; 3L2W A; 1MMD A; 4M78 G; 1BCO A; 1OPL A; 1YWP A; 1KG1 A; 2LVM A; 1YIT Q; 1VIF A; 2FZC B; 3J7A F; 1FMW A; 2IG0 A; 3SWN B; 1K9A A; 2NWM A; 4M77 B; 1Q86 U; 1QW1 A; 2DVJ A; 2EPD A; 3M9Q A; 1OV3 A; 2DZC A; 2RJF A; 4XQ3 A; 2XG8 D; 3CCS A; 1QQJ A; 4KGX B; 2COY A; 2NUP B; 5LJ3 g; 3I5R A; 2XIC A; 1P92 A; 3X26 B; 1IO6 A; 2RM4 A; 1UB4 A; 2BZ8 A; 3MPU B; 3EG0 A; 1PRM C; 5CAI A; 1FXX A; 1YBY A; 4M75 E; 4FSS A; 4JPB W; 1UHF A; 4AFZ C; 2BKD N; 3LYI A; 4MML A; 1WLP B; 2KBT A; 1RAA B; 2HQX A; 1S1N A; 2YUP A; 4ZGJ B; 1UGQ B; 2KRM A; 1WJS A; 4HT9 A; 2EJG A; 4PFP A; 1N9R A; 3OSS C; 1YJN Q; 1C6V X; 3JCM c; 5A0D A; 3PE0 A; 4F7U G; 1WQ7 A; 2QG9 B; 4FT4 A; 4QQD A; 4IUQ A; 2OAW A; 2A36 A; 1X2K A; 2DXC A; 3KFV A; 4C92 G; 1N5Z A; 5GMK l; 3OS0 A; 1VQ4 T; 2KR3 A; 2JS2 A; 4BDZ A; 3EG1 A; 2VWF A; 2RD1 A; 5GAM j; 2V26 A; 3FC3 A; 3PT9 A; 1HXD A; 3L2Z A; 3LH0 A; 1I07 A; 1W2B S; 4DQ2 A; 4M7A G; 2CUD A; 2ROL A; 1NYG A; 1X6O A; 3EFO B; 4RTW A; 3PIO A; 4VUB A; 5GAM g; 1Q82 U; 3OYD A; 2F69 A; 3I35 A; 4RCC A; 3V8L A; 2DYI A; 2GTJ A; 3QZ9 B; 1AOJ A; 1MNE A; 5I21 A; 4J9H A; 2BZX A; 3JB9 D; 2PVG B; 5HCK A; 1W6X A; 2D0N A; 5C0M A; 4CI0 C; 1VQ9 A; 2ED0 A; 4JRQ A; 4WCI A; 3CC7 Q; 3PNW C; 3CCV Q; 3VS5 A; 5LJ3 h; 2JN0 A; 1WPY A; 3UAT A; 3CCM T; 3M53 A; 3M0Q A; 1ABO A; 3OYJ A; 2KYB A; 2VKN A; 1BK2 A; 4Y28 E; 2Z0W A; 1RL2 A; 2X4X A; 2PUO B; 3JCM d; 3CCL A; 1JXO A; 3G71 Q; 3RES A; 2FHD A; 3HPW A; 3E9G A; 1YCY A; 2J6O A; 2K3X A; 4K11 A; 4C0G A; 2MOX A; 3CPF A; 2WSF E; 2E12 A; 3FJ5 A; 2BZY A; 1H92 A; 4BAC A; 1PM3 A; 3QJ6 A; 3BW1 A; 1BI2 A; 5IAY A; 2CT3 A; 2DXU A; 3MJX A; 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2DET A; 1MMN A; 3NTK A; 4BY6 B; 4JS5 A; 3LW5 E; 4XK8 E; 1VQL T; 3OBW A; 3VRY A; 1M2O A; 1S72 A; 4QVD A; 3JCM X; 3JCM h; 4OMF B; 1K9M R; 5KYN A; 3H6Z A; 4OP0 A; 4C8Q E; 1BBZ A; 2CZ0 B; 3ZEH A; 5KYX A; 3OYF A; 4BI3 A; 4DBR A; 4BE1 A; 1X6B A; 2ZPB B; 4BE0 A; 1AZG B; 5DM7 R; 1WZO A; 5DLO A; 5GAO l; 5CQX A; 1VQM T; 2DF6 A; 1BU1 A; 1N8R R; 3VYG A; 2D8J A; 4HVV A; 1OUL A; 1VQN A; 4ELZ C; 5IHN A; 4C0Z A; 3NHN A; 2EKH A; 1D09 B; 2EGA A; 2X9H A; 3HL8 A; 4OML A; 4AFQ C; 1X27 A; 3JB9 G; 4J6X A; 2ATC B; 1B7T A; 1V1C A; 1BYM A; 1YHQ A; 2A7Y A; 1ZA1 B; 2L5Q A; 4N4G A; 1WXU A; 4M78 E; 1QVP A; 3H0I A; 2P0K A; 3AHU A; 1NLP C; 4JJC A; 2AK5 A; 3LWI A; 2PTK A; 2L89 A; 2RI3 A; 2ESW A; 4OMM A; 2L3P A; 1WJR A; 3JCM b; 3SWN C; 3EG9 B; 5LJ5 f; 3MEA A; 1QVG A; 2CRE A; 2DPP B; 2X3X D; 3NTH A; 1NPP A; 3RKX A; 3EG2 A; 1H8K A; 4E7Z A; 2O88 A; 1G8X A; 3M0T A; 3G4S Q; 1BI1 A; 4ZGD B; 1G83 A; 4Y91 A; 2KE9 A; 1FMV A; 1V76 A; 3OW2 S; 3OS1 A; 2RO0 A; 3M4G A; 2NYS A; 1Y96 B; 2LT1 A; 2X51 A; 1TOV A; 2QAZ A; 3BE3 A; 1QVG P; 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