The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
GRVRWARALYDFEALEEDELGFRSGEVVEVLDSSNPSWWTGRLHNKLGLFPANYVAPMMR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Specific Binding of the Gads SH3 Domain to an Rxxk Motif-Containing Slp-76 Peptide: A Novel Mode of Peptide Recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
|
| total genus |
6
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FRW A; 3H41 A; 2DLP A; 4HVU A; 2FO0 A; 4JJC A; 2LJ3 A; 3THK A; 2GTJ A; 2EGC A; 5IHN A; 3QWX X; 2DJQ A; 1LCK A; 4LUE A; 3EG2 A; 1AWW A; 2G6F X; 2CH4 A; 1PKS A; 2EYW A; 1K4U S; 1M27 C; 4QT7 A; 2AKK A; 1W6X A; 2JMC A; 2J6O A; 2EGE A; 2KXD A; 1RLP C; 1JXM A; 1WYX A; 2V1R A; 3H0I A; 1WFW A; 2DL5 A; 3ULR B; 5L23 A; 4EIK A; 1M3C A; 1X6B A; 2XMF A; 1TG0 A; 4RTX A; 2K6D A; 3M0S A; 2CDT A; 1WDX A; 2DVJ A; 2H8H A; 3JV3 A; 3PE0 A; 2FG0 A; 3NMZ C; 3I5S A; 2IIM A; 4OML A; 1WA7 A; 3M0R A; 4WCI A; 3U23 A; 4ORZ A; 1NM7 A; 2LQW A; 3REB B; 3CQT A; 2RQU A; 1ZSG A; 3NHN A; 1MV0 B; 1GCQ A; 3UAT A; 2KRS A; 2YUP A; 1UDL A; 2M51 A; 2JM9 A; 1QLY A; 4OMO A; 1UHC A; 2A08 A; 2EPD A; 2DYB A; 2GNC A; 2YUN A; 2RMO A; 2NWM A; 1QKW A; 4AFU C; 1AVZ C; 1G83 A; 1PWT A; 2ROL A; 5FW9 A; 4RTY A; 3RBB B; 4RTT A; 4E6R A; 1UJY A; 2LZ6 B; 2O9V A; 2W0Z A; 1HD3 A; 4CC2 A; 5IH2 A; 4HXJ A; 4AFZ C; 1I0C A; 2LNH B; 3FJ5 A; 3IQL A; 3R6N A; 4JPB W; 4RTU A; 1J3T A; 2OJ2 A; 1AD5 A; 1TUD A; 1NEB A; 2ROT A; 3NPF A; 2HBW A; 1KFZ A; 1H8K A; 1T0H A; 1U06 A; 1IO6 A; 1OOT A; 1X6G A; 2VVK A; 2BZ8 A; 1S1N A; 1YWP A; 1XOV A; 3I35 A; 1VYT A; 2EQI A; 2J7I A; 2HSP A; 2J05 A; 2ABL A; 2D8J A; 1PNJ A; 2EVR A; 1M3B A; 3ZL7 C; 4K11 A; 1RI9 A; 1WLP B; 3H0H A; 4J9H A; 2C0O A; 5IXF A; 2ED0 A; 1PRM C; 4AFQ C; 2I0N A; 4JZ3 A; 1M8M A; 2DL7 A; 2DL4 A; 5GJW B; 4Y92 A; 4GBQ A; 4ESR A; 3TSZ A; 1PHT A; 2RPN A; 1CKB A; 4J9G A; 2CUB A; 2ESW A; 3LH5 A; 2A37 A; 1M3A A; 1UJ0 A; 1K1Z A; 3EHR A; 2JTE A; 1K0X A; 4GLM A; 2PNI A; 2A36 A; 2SEM A; 1QWF A; 2EYZ A; 4X1V A; 3VRY A; 1VYV A; 1SRM A; 3REA B; 1NLP C; 1AWO A; 2CT4 A; 1EFN A; 4D8K A; 2NUZ A; 2KE9 A; 2DA9 A; 2DRM A; 1K9A A; 1X27 A; 1KSW A; 1CSK A; 3EG3 A; 2KRN A; 4RUG A; 1HSQ A; 2LJ1 A; 2DF6 A; 2DX1 A; 4RTW A; 4R0K A; 2F2W A; 1ZX6 A; 2GGR A; 1QCF A; 2CSI A; 4J9F A; 1WX6 A; 4A63 B; 1VYU A; 1UHF A; 3PVL A; 2KYB A; 1SHG A; 5GJV B; 3SHW A; 4AFS C; 2GQI A; 1AWX A; 2JXB A; 3UA7 A; 1JQQ A; 3VRZ A; 2CH4 W; 2K2M A; 4JZ4 A; 2K79 A; 1I07 A; 2VWF A; 3M0T A; 1BK2 A; 2J06 A; 1BU1 A; 3M0Q A; 2EKH A; 1MUZ A; 2YDL A; 3C0C A; 2OI3 A; 1H3H A; 3VS3 A; 2KRO A; 2DL3 A; 2YSQ A; 4OMQ A; 2FRY A; 2AZS A; 3VS4 A; 2RQT A; 2KNB B; 2DBM A; 1JO8 A; 2P4R A; 2GTO A; 1K76 A; 3TSW A; 4LE9 A; 2ENM A; 3VS6 A; 2KBT A; 1SSH A; 1X2Q A; 1AWJ A; 1GBQ A; 2O31 A; 1GRI A; 1MV3 A; 1X69 A; 5ECA A; 1OPK A; 2EBP A; 2DL8 A; 4CC3 A; 1OEB A; 2DM1 A; 2KRM A; 4CC4 B; 2PTK A; 1ZUY A; 1WI7 A; 2BZX A; 2DRK A; 1GBR A; 2LMJ A; 4AG2 C; 5FWC A; 1SRL A; 1ABO A; 2KYM A; 2F2X A; 2KEA A; 2SRC A; 2C0T A; 2AKL A; 2DIL A; 1QKX A; 1ZBJ A; 2O2O A; 4F17 A; 1OPL A; 2EGA A; 2O9S A; 3EG1 A; 2YUQ A; 2FPD A; 2ECZ A; 1Z9Z A; 1JU5 C; 2QDL A; 1U5S A; 1NEG A; 2JT4 A; 1T3L A; 1B3Q A; 3EG0 A; 2JW4 A; 3KFV A; 2JS2 A; 1KIK A; 2MOX A; 4J9I A; 1SHF A; 1PRL C; 2LCS A; 5HCK A; 4HVW A; 2CUD A; 3NGP A; 2KT8 A; 2L0A A; 1GCQ C; 2DNU A; 2RQW A; 3RNJ A; 1YWO A; 1WXB A; 3VS1 A; 4OMP A; 1UG1 A; 4LUD A; 3EHQ A; 4J9C A; 2KXC A; 2JS0 A; 1NLO C; 2A28 A; 2LJ0 A; 4J9B A; 1JEG A; 2X3W D; 2VKN A; 1X43 A; 5FWB A; 1GFD A; 2KT1 A; 1WXU A; 2K7A A; 1K0S A; 2CRE A; 3I5R A; 1Y57 A; 5IHK A; 2RN8 A; 2HDA A; 2O88 A; 1YCS B; 3I9Q A; 1JXO A; 1ARK A; 2AK5 A; 3GBQ A; 4DEY A; 2YUO A; 1B07 A; 2L2P A; 2EYX A; 1PKT A; 2FPF A; 1CKA A; 1T0J A; 2D0N A; 2JM8 A; 4CC7 A; 2DMO A; 1NG2 A; 1U3O A; 2YT6 A; 1I1J A; 1AEY A; 4HCK A; 3O5Z A; 1FMK A; 3QWY A; 1E6G A; 1BB9 A; 4OMM A; 4J9E A; 1ZLM A; 1GL5 A; 3VS0 A; 2D1X A; 2DBK A; 2E5K A; 1ZUU A; 5I22 A; 2FPE A; 3PVQ A; 1M30 A; 1Z9Q A; 2L3S A; 2AZV A; 1RLQ C; 1YNZ A; 4DEX A; 2JMA A; 4FSS A; 1W1F A; 3TVT A; 3M0U A; 4D8D A; 4M4Z A; 2FEI A; 1G2B A; 2MCN A; 1OV3 A; 1KJW A; 2RQR A; 1A0N B; 1TUC A; 4OMN A; 1GFC A; 2X3X D; 1WXT A; 1YN8 A; 2L3P A; 2KGT A; 1AZE A; 3A98 A; 4ZNX A; 1V1C A; 2OAW A; 1UEC A; 2W10 A; 4J9D A; 4KRT A; 1HJD A; 3UF4 A; 3H0F A; 2KR3 A; 1H92 A; 1ABQ A; 2HEQ A; 2F2V A; 1T3S A; 4LNP A; 3VS5 A; 2L3Q A; 1YP5 A; 1ZUK A; 2HCK A; 1UGV A; 1WIE A; 1VA7 A; 1X2K A; 4RTV A; 2BTT A; 3SEM A; 2LQN A; 4AG1 C; 4F16 A; 4HVV A; 4IIM A; 3M0P A; 4JJD A; 2J6K A; 2K3B A; 2LX7 A; 2RF0 A; 5EC7 A; 5IXB A; 3EGU A; 1E7O A; 2RNA A; 2CSQ A; 1QWE A; 2ED1 A; 4JJB A; 4F14 A; 1UTI A; 1RUW A; 2LP5 A; 2PZ1 A; 3UA6 A; 1NYF A; 3VS2 A; 2C0I A; 4RTZ A; 1UFF A; 2EYY A; 1UE9 A; 3VS7 A; 2RQV A; 4LN2 A; 2CT3 A; 2BZY A; 2GBQ A; 1SEM A; 1AZG B; 1AOJ A; 1SPK A; 2J6F A; 1GCP A; 4Z8A A; 5I11 A; 2DE0 X; 2V1Q A; 2D8H A; 1FYN A; 2MIO A; 2M0Y A; 1W70 A; 2EW3 A; 1N5Z A; 1UUE A; 4Z89 A; 4IIO A; 4Z88 A; 5IHI A; 1NYG A; 1BBZ A; 1Y0M A; 1E6H A; 2K9G A; 2B86 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JRZ A; 3H41 A; 1YHQ T; 4OVA A; 1WHG A; 2DLP A; 3G1J A; 1V76 A; 1VQK A; 4M77 D; 2LJ3 A; 2X35 A; 3THK A; 2EGC A; 3OA6 A; 3MEV A; 1G5V A; 5I2S A; 3JSC A; 2FHD A; 1LCK A; 5GAO p; 2XID A; 1VQM T; 1YIT A; 1PKS A; 2EYW A; 1M27 C; 4QT7 A; 1QVP A; 1W6X A; 1WJR A; 2FL7 A; 2NUT A; 2BKD N; 3OYM A; 3LWH A; 1TG0 A; 4RG2 A; 4OGC A; 4RTX A; 3RES A; 1KK7 A; 3OYB A; 2DVJ A; 4MZM A; 3V8L A; 3CBM A; 1YI2 A; 1WA7 A; 3M0R A; 4WCI A; 3L2V A; 8AT1 B; 4MZT A; 3AHU A; 2R57 A; 3OY9 A; 5C6S A; 2KRS A; 2YUP A; 4C8Q B; 4C92 E; 1Y07 A; 2RI3 A; 3TRE A; 1YJW T; 3KUF A; 2E4H A; 3BY7 A; 5DLQ E; 3V7S A; 3TEE A; 2EPD A; 1N9S A; 3CCQ A; 2DYB A; 2IPO B; 2P4T A; 3JCM J; 3CC4 A; 4C92 C; 1KC8 C; 1RL2 A; 1Y7X A; 1BCM A; 1PWT A; 2ROL A; 1U1S A; 4RTY A; 4ME7 A; 5A0D A; 4KUI A; 4RTT A; 2KDS A; 1OZ3 A; 1RAG B; 5IH2 A; 5DM7 R; 3CPW P; 1I0C A; 2LNH B; 4BDZ A; 2EQJ A; 2PQW A; 2R5A A; 1VQ6 Q; 3ME9 A; 3EGX B; 3MEA A; 1NEB A; 2ROT A; 4E7S A; 1T0H A; 1U1T A; 3P8B B; 4C8Q G; 2VVK A; 3A1P A; 1D0Z A; 1XTD A; 3G71 Q; 4OB1 B; 1YWP A; 1XOV A; 2GCX A; 1VUB A; 4M7A C; 1I81 A; 3BE3 A; 2FVU A; 3MEU A; 4J6Y A; 3CBP A; 2YRD A; 2EVR A; 1M3B A; 2YRC A; 1R77 A; 2JVV A; 3CCR Q; 4AFQ C; 1PD1 A; 1K8A U; 2YRV A; 2CZ1 B; 1KQ1 A; 2CP5 A; 5A0L A; 7AT1 B; 2DL4 A; 1KQS A; 2RPN A; 4XTU A; 1CKB A; 2WSF E; 3PTA A; 3G6E A; 1M1K U; 2RHZ A; 1UJ0 A; 3LX7 A; 1TS9 A; 2SEM A; 1ZHI A; 3CCL Q; 4XQ3 A; 1NLP C; 5KH6 A; 3L2Q A; 1EFN A; 2LX9 A; 3FRN A; 1KC8 R; 2CP6 A; 3MP8 A; 2DRM A; 4M78 B; 4ZN1 A; 3FIF A; 1K9A A; 1X27 A; 3OYK A; 2RJC A; 3EG3 A; 4MDX A; 1QCN A; 2QQS A; 1HSQ A; 2FZC B; 3QG1 A; 4R0K A; 2EJ9 A; 4FCY A; 1QVF P; 2D6F A; 5GAN 6; 1VQ6 T; 4BY6 B; 1ZX6 A; 3I55 A; 1QCF A; 3EGX A; 2CSI A; 4M7D D; 4J5Y A; 1EIF A; 2E6Z A; 1UHF A; 1XQH A; 1SHG A; 1KG1 A; 4RG8 A; 3H9N A; 2JXB A; 2V26 A; 5CQY A; 3OMC A; 4FIB A; 1I07 A; 3QJY A; 3M0T A; 4ATO A; 4JDS A; 3CCR T; 4XTZ A; 3QSU A; 2ZCF B; 3OYL A; 3QZ9 B; 3VJP A; 3C0C A; 3QO3 A; 1H3H A; 1MMD A; 2E5Q A; 2KNB B; 4E7I A; 2QTV A; 3NFC A; 3MHX A; 3X25 B; 2DIG A; 3JCM c; 5LJ3 j; 1X2Q A; 1AWJ A; 4XU2 A; 5GAN 7; 3CCL T; 1I8F A; 5ECA A; 5D6X A; 4LDX A; 1XJW B; 2DL8 A; 1VQ7 A; 1JJ2 S; 1QP3 A; 1OU8 A; 1GBR A; 2LMJ A; 3M5A A; 4FU6 A; 1ABO A; 3V7R A; 2F2X A; 1X75 C; 2AKL A; 2CYZ B; 3PMI A; 2O2O A; 1ZBJ A; 2YHT A; 1OPL A; 1LPL A; 4ZGJ B; 3BDL A; 2DZC A; 2EGA A; 2H3J A; 3UDC A; 2O9S A; 1S72 A; 3RIR A; 2FPD A; 4FM4 B; 1JU5 C; 3FJP A; 1IRX A; 3JB9 I; 1T3L A; 4LDV A; 1PC0 A; 3C12 A; 4C5H A; 1QVF A; 3CCS A; 3ASK A; 1SHF A; 1WHK A; 2CS7 A; 2FZG B; 4A4G A; 4B9W A; 1RAE B; 1RAH B; 4HVW A; 3NGP A; 1WZO A; 5CAI A; 3RNJ A; 4PJO F; 1MMN A; 4LDY A; 3E9G A; 3RMQ A; 1WXB A; 3RER A; 1UG1 A; 2RJE A; 2DO3 A; 2KAF A; 4ELY C; 1YIJ A; 5FRM A; 2JS0 A; 3KBG A; 2VKN A; 2DYI A; 4NS5 A; 4IUP A; 2WSC E; 2LVM A; 4HCC A; 2CRE A; 4XTV A; 3G4S Q; 2PUK B; 5IHK A; 4A4K A; 2HDA A; 2NUP B; 3I9Q A; 1ARK A; 2H3E B; 2DEU A; 1QVG S; 4X9D A; 3SFM A; 2D0N A; 1VQN A; 2DMO A; 2IVW A; 1N27 A; 4PLI A; 2O01 E; 4FW1 A; 3CMA T; 3JB9 F; 4JRI A; 3HRU A; 1FMK A; 5DLO A; 3FEO A; 1HK9 A; 1VQL Q; 4OMM A; 3MEW A; 2OX7 A; 3M59 A; 4LD6 A; 4C8Q E; 2E5K A; 5I22 A; 2HBP A; 2AZV A; 1FMV A; 1YNZ A; 2QA4 Q; 2X4Y A; 4FSS A; 3PNW C; 1TXQ A; 2QGF B; 2RQR A; 1K8A C; 4M77 F; 4MDW A; 4NL3 A; 1A0N B; 4BDY A; 1YHQ A; 3S3M A; 3CCU Q; 2OTL T; 1LVK A; 1AZE A; 1SG5 A; 1UEC A; 3A5Z B; 2JN0 A; 3LGF A; 2YLB A; 2KR3 A; 5LJ3 h; 1ABQ A; 4PJO B; 3M54 A; 4LNP A; 2AIR B; 2L3Q A; 1YP5 A; 1UGV A; 5LJ3 f; 3QBY A; 4F16 A; 2CP0 A; 2MK5 A; 3G4S T; 4F7U F; 2CP3 A; 1D3B A; 3SDZ A; 5EC7 A; 3OBW A; 2HZY A; 5CCA A; 3SWN B; 5IXB A; 3GF5 A; 1E7O A; 3RKY A; 1ZSZ B; 1BIB A; 3D7S B; 2V8K A; 4RKU E; 2L8D A; 1UGQ B; 4DOW A; 1UTI A; 2QTX A; 2LP5 A; 2PZ1 A; 4IUT A; 3VS2 A; 4RTZ A; 4Y28 E; 2RQV A; 2ZPB B; 2RM4 A; 3AT1 B; 2E6N A; 3LLR A; 3JCM b; 1B7T A; 3PFS A; 5CVI A; 4N0A A; 3CCV Q; 2QA4 T; 3HFN A; 3QXE B; 4PJO G; 2MIO A; 2VGN A; 2KY9 A; 5FLX E; 1YJW A; 2LT4 A; 4DBR A; 1NYG A; 3A8M B; 1E6H A; 2HSE B; 1VYT A; 3CCU T; 2GFU A; 1K8A R; 3I56 T; 2HAX A; 4PJJ A; 2FZK B; 4EMG A; 5IHN A; 3RKW A; 4Z02 A; 4PJO A; 2M02 A; 1K9M C; 4M77 B; 1AWW A; 4DBF A; 1OZ2 A; 3GLX A; 3ZBD A; 4MMK A; 4WTO B; 1OUL A; 4L6V 5; 4OB3 B; 1VQ9 Q; 2MAM A; 1F1B B; 5GAO r; 2F5K A; 2QEX T; 3H0I A; 3SWN A; 1M2O A; 3DLM A; 3ULR B; 1X6B A; 2K2V A; 4BY6 C; 5J26 A; 5KYY B; 3JB9 G; 4F7U B; 4DOV A; 2CDT A; 1D0X A; 5FU6 B; 1QCO A; 1OQK A; 3EFS A; 4PFP A; 4ORZ A; 3REB B; 1ZSG A; 3QYG B; 3EG9 B; 3NHN A; 3H8Z A; 4KH0 B; 2M51 A; 1Q86 C; 2JM9 A; 4M77 G; 3FB9 A; 2GNC A; 2YUN A; 1VQ8 Q; 2RMO A; 2NWM A; 3GIB A; 4AFU C; 1KHC A; 3OYF A; 2PVD B; 1G83 A; 5A2Q E; 1VQM Q; 4C5E A; 3PIO A; 1RAC B; 2KK4 A; 3RBB B; 2O4X B; 2QAZ A; 2W0Z A; 2X4J A; 4F7U G; 3RR6 A; 1RAB B; 4HXJ A; 3S3O A; 1K9M R; 4AFZ C; 5LJ3 e; 2K57 A; 3FJ5 A; 3M55 A; 2F5T X; 3IQL A; 1UEB A; 2Z0W A; 1G3T A; 4ZGD B; 3GNG A; 4RTU A; 5LL6 S; 1VQ6 A; 1J3T A; 1B34 B; 2OJ2 A; 1AD5 A; 4M7A D; 2HBW A; 1X6G A; 5KYY A; 2OTJ Q; 4WF2 A; 2HKN A; 1EZZ B; 5GMK m; 3FDR A; 2J7I A; 4GLK A; 2ABL A; 2D8J A; 4QVD A; 1DJ7 B; 5KYW B; 4D6W A; 5GMK i; 3M53 A; 3OW2 S; 4K11 A; 3JB9 J; 3CCR A; 1RI9 A; 3H0H A; 2MF2 A; 2C0O A; 5IXF A; 1PRM C; 2I0N A; 2R58 A; 2XI9 A; 1M8M A; 1JJ2 P; 2K3X A; 4ESR A; 3TSZ A; 4ZTJ A; 3CME Q; 4J9G A; 1Q86 R; 2ESW A; 1VQ8 T; 2I2L A; 2JTE A; 1K0X A; 4FSX A; 2PNI A; 2VGM A; 1QWF A; 2XD0 A; 3VRY A; 3CCL A; 3OYH A; 3REA B; 4BE0 A; 4ELZ C; 2VXF A; 2KE9 A; 2K5L A; 1CSK A; 3LYI A; 3M4Y A; 4RUG A; 2LJ1 A; 2DF6 A; 3HFO A; 5CIU A; 2NLU A; 2COY A; 1MNE A; 2YLC A; 2F2W A; 1B34 A; 4KGV B; 4J9F A; 2DET A; 4QVZ A; 1OI1 A; 1N6A A; 2OTJ T; 1JBM A; 1VOM A; 3SHW A; 4BE1 A; 3EGD B; 2COW A; 1YFN A; 2ZPG B; 3VRZ A; 2PUO B; 1V29 B; 1M2V B; 5KYW A; 4V2S A; 2K2M A; 2X4X A; 2K79 A; 8ATC B; 5J3B A; 2EKH A; 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