The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
23S RRNA
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
17
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q82 R; 1N8R R; 3CCE Q; 1KC8 R; 1Q81 R; 1M90 R; 3CXC P; 1S72 Q; 3CCQ Q; 1NJI R; 3CME Q; 1YJN Q; 3CD6 Q; 1K8A R; 3CCL Q; 1K9M R; 1VQK Q; 2OTJ Q; 1YJW Q; 1VQM Q; 3CC7 Q; 3G71 Q; 1VQO Q; 1YIT Q; 3I56 Q; 2QA4 Q; 1Q7Y R; 1VQ4 Q; 3CCS Q; 3CCU Q; 1VQ5 Q; 3CCJ Q; 1VQ9 Q; 1JJ2 P; 2QEX Q; 3CC2 Q; 3CPW P; 1Q86 R; 1W2B P; 3I55 Q; 3CMA Q; 1YIJ Q; 3CCV Q; 1YHQ Q; 1KD1 R; 1VQ8 Q; 1QVG P; 1YJ9 Q; 1VQL Q; 2OTL Q; 3OW2 P; 1VQP Q; 1VQN Q; 1K73 R; 3CCM Q; 3G6E Q; 1VQ7 Q; 1KQS P; 3CCR Q; 1M1K R; 1QVF P; 3G4S Q; 1VQ6 Q; 3CC4 Q; 1YI2 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OB0 B; 3HFN A; 3JCM h; 3REA B; 3SHW A; 4M78 A; 4M77 C; 1VQK Q; 2DD4 A; 1ZSZ C; 3FLG A; 2HQX A; 5GAO r; 1PSF A; 3CMA T; 2MIO A; 1KC8 U; 4HCC A; 1YHQ Q; 1VIE A; 4MML A; 4B9W A; 2J6O A; 3OYN A; 1N5Z A; 3MEU A; 2H3E B; 1YWO A; 3CCJ A; 3CEY A; 3HTR A; 4L59 A; 3CXC P; 1U8R A; 1X2K A; 3QUI A; 3VS7 A; 1K9A A; 1K8A R; 1ARK A; 3E9G A; 4XTV A; 4J6W A; 3VRZ A; 1VQ8 T; 2MMP A; 1M90 U; 5DLO A; 3JCM c; 3L1A A; 4BE0 A; 5GAO p; 3M0R A; 4ZN1 A; 3G4S Q; 5I2S A; 4M7A A; 2DFU A; 4IUQ A; 1K9M R; 3CCM A; 2YUO A; 5GMK e; 4JUV A; 2QG9 B; 2DTO A; 1NG2 A; 4BI3 A; 2HD0 A; 3JB9 G; 1LPL A; 2I0N A; 2JMC A; 4C0D B; 2DD5 A; 1OYX A; 3CME A; 1UGQ B; 2P0K A; 4IKF A; 3DLM A; 1VQ4 A; 2JZ2 A; 4PJO D; 4N4I A; 2E5Q A; 2OAU A; 1JRI A; 3KBG A; 4LDU A; 5KYW A; 1GRI A; 1RI9 A; 2B8A A; 1YJN Q; 1VQ7 A; 2ZGW A; 1MMN A; 1ZLM A; 2K79 A; 4C5G A; 2PVO B; 4EMK B; 2MAM A; 1YP5 A; 1RAE B; 1JB0 E; 4FIB A; 1N8R U; 2KRS A; 1R8O B; 2FRW A; 2HCK A; 1QWE A; 1VQN Q; 2L8D A; 1G8X A; 1BIB A; 5HKC A; 4PJO C; 3KFV A; 4A4G A; 4OB2 B; 1H64 1; 1OU8 A; 2NUP B; 2VAS A; 1VQM Q; 2BZY A; 2DIL A; 2KYB A; 2DL8 A; 2CZ0 B; 3QBY A; 1UHC A; 3QHS A; 4L5G A; 1D3B B; 1KHI A; 4P5N A; 1UGS B; 2EYX A; 5D6X A; 3HPW A; 4QVZ A; 2E64 A; 3SDZ A; 3M0Q A; 3GLX A; 3MHX A; 4PKC C; 4XQ3 A; 2K2M A; 3NTI A; 1K73 C; 3I55 T; 3ZFJ A; 3V7R A; 2DEQ A; 4J8O A; 3G6E T; 2GGR A; 1ZUU A; 1N6A A; 1I1J A; 3EH1 A; 2HDA A; 1VQ5 A; 1IHV A; 5CKH A; 2DJQ A; 3J81 E; 1MGQ A; 3OW2 A; 5CK9 A; 1YCY A; 1K73 U; 3BFM A; 2JM9 A; 3H41 A; 1LOJ A; 1F1B B; 3RMQ A; 3HP9 A; 4AFU C; 2DKG A; 2DIG A; 2DZC A; 2DNU A; 2YUP A; 3QXE B; 2RQT A; 2IPO B; 1BI1 A; 1IO6 A; 3CC2 A; 4BUG A; 2DPP B; 4OP0 A; 4HXJ A; 2P4T A; 2GTJ A; 1IZ6 A; 5GJW B; 3A8M B; 1VQO T; 3CBM A; 2WAC A; 1PD0 A; 4Y28 E; 5C6S A; 4DBH A; 2K7A A; 2DBK A; 3PNW C; 2M0Y A; 4LD9 K; 3FRN A; 3OSS C; 2WSF E; 3JB9 H; 2RI3 A; 2CP6 A; 1K8A C; 4N0A A; 5EC7 A; 5KYX B; 4KBM B; 4M77 F; 5GJV B; 7AT1 B; 2L3R A; 1XQH A; 4M7D A; 3UDC A; 2MI6 A; 3OB9 A; 1IGU A; 2AKL A; 1D1B A; 2KQW A; 3M5A A; 4KGX B; 1GFC A; 2KDS A; 2K4Y A; 1BI0 A; 5LJ5 d; 3CPW S; 1M1K R; 3CCE T; 2RA2 A; 1K9M C; 4IIM A; 1T0J A; 2DJZ A; 1YIJ A; 3J7A F; 1QVG S; 2QAZ A; 2PTK A; 1ZA1 B; 3L2W A; 2CH4 W; 3G71 Q; 1TUC A; 2KMT A; 4YTL A; 5IHK A; 5GAN 6; 2BKD N; 4HVW A; 3CQT A; 3CCQ A; 2RI2 A; 2GFU A; 3E19 A; 4M78 E; 1K9M U; 1YJW A; 2VC8 A; 3T9N A; 4KT0 E; 3JCM J; 1BKB A; 1T3L A; 5KYU B; 4NOY A; 4FW1 A; 1NJI R; 2EWN A; 1VQK T; 5LJ3 g; 2BUD A; 2P0P A; 4J9E A; 1ZBX A; 1FX7 A; 2LDM A; 4XU0 A; 2RNA A; 3OYB A; 1YHQ T; 3EGD B; 1OEB A; 4E7Z A; 1T3S A; 3EFO A; 1M5Q 1; 1WDX A; 2XHC A; 3VYG A; 3VV0 A; 4M77 B; 4LNP A; 1FMW A; 5AT1 B; 4CI0 C; 2HBW A; 1GCQ A; 3AT1 B; 1YWP A; 2LVM A; 3C95 A; 4XK8 E; 4DQ2 A; 4F17 A; 5M9O A; 1OX9 A; 4UC4 A; 3MET A; 1ZSG A; 2K6D A; 2A08 A; 2PUK B; 2WSC E; 2LZ6 B; 3WVD B; 1QP3 A; 3VS5 A; 4LE9 A; 2QEX T; 5GMK j; 2YDL A; 2RJE A; 1BYM A; 2KI7 A; 2X51 A; 2KE9 A; 4M7A E; 2LJ3 A; 2JN0 A; 2X4X A; 2EJG A; 1Z9Z A; 5FLX E; 3JAM E; 3F70 A; 4B9X A; 2NWM A; 1ZQ1 A; 5GAM h; 3MP1 A; 4PJO F; 4V2S A; 3LWI A; 1YCS B; 2DA9 A; 2EGE A; 1YNZ A; 1W2B A; 5GAN 2; 2FZC B; 2OTJ Q; 4RG2 A; 1WJQ A; 3CC7 Q; 5KYW B; 2QQA A; 3G1J A; 3VS6 A; 1TXQ A; 4FYX B; 3THK A; 5KYN A; 4FYY B; 3A1P A; 1WQ7 A; 5LJ5 h; 3DKM A; 2F5T X; 2R5M A; 5CAI A; 3ZL7 C; 4JDS A; 3KUF A; 2E3I A; 1YJN T; 2D8H A; 3CCL Q; 4LD6 A; 2ZPF B; 3A8G B; 4JRP A; 1NE8 A; 1AWJ A; 2YUQ A; 3M56 A; 1GBR A; 2QA4 Q; 2CT4 A; 2COY A; 4QVD A; 3SD4 A; 2GCX A; 4PLL A; 2F5K A; 3CCV Q; 3M4G A; 5FU6 C; 2JTM A; 1VQN T; 1H3H A; 2VUB A; 2F69 A; 4QVC A; 2QDL A; 3VKI A; 5D6W A; 2E10 A; 1XJW B; 3CMA A; 1PC0 A; 1VQM T; 2J6K A; 3EG3 A; 4KRT A; 4IUP A; 2M9U A; 4M75 D; 1NPR A; 3TCJ A; 4K11 A; 4AG2 C; 2HKQ B; 1N9R A; 3QJ6 A; 3X24 B; 4PJO B; 4M75 G; 2DL5 A; 1EFN A; 3MEV A; 1BI2 A; 3A8O B; 3SWN C; 1VQ8 A; 1U06 A; 4RCB A; 2R58 A; 2QXF A; 5D6Y A; 2YRC A; 3CBP A; 4EMK A; 2BZX A; 3U23 A; 2COW A; 3UAT A; 3I56 Q; 1QCN A; 2LJ0 A; 2CH4 A; 2A36 A; 1M1K C; 1S1N A; 3EFS A; 5FU7 C; 1MND A; 1CKA A; 1VQP Q; 4XTZ A; 1M30 A; 4QQ6 A; 1NEG A; 3LH0 A; 1X6O A; 3OS2 A; 1HYO A; 4GBQ A; 1UTI A; 2NUP A; 1VOM A; 3JRZ A; 2GF7 A; 3RR6 A; 4A63 B; 3JSC A; 1D3B A; 4JRI A; 4X9D A; 1R77 A; 3WVE B; 5GAN 7; 2OTL Q; 5GMK i; 3CD6 A; 3VS3 A; 2EPD A; 1NJI C; 1Q82 R; 5KCO A; 3ZEH A; 2DXB A; 5DY9 A; 4NL2 A; 1BB9 A; 2ZPH B; 3ULR B; 1VQ9 T; 2D6F A; 2EYZ A; 5DM7 R; 2HL3 A; 3RIR A; 5HCK A; 4JPB W; 5D7U A; 1D1A A; 4X1V A; 1MNE A; 3QJY A; 1TH7 A; 1BCO A; 2O9S A; 3H0I A; 2E4H A; 1TOV A; 2EAY A; 4M7D E; 2EJF A; 1G5V A; 1AT1 B; 3LWH A; 2GNC A; 3EH2 A; 5GAN g; 3ER0 A; 2HL5 C; 1MMD A; 1NPP A; 2K3Y A; 2VV5 A; 2OI3 A; 2M51 A; 3OYY A; 4J6X A; 1O9S A; 1IHW A; 5GAM g; 1YJ9 Q; 2EQK A; 2YXY A; 1BCM A; 4RTX A; 5KE2 A; 1BBZ A; 3I5S A; 2J7I A; 2L3Q A; 2SEM A; 3R6O A; 4Z02 A; 5HK0 A; 3G6E A; 4HA8 A; 1TS9 A; 3G71 T; 3QKJ A; 2X3X D; 4LUE A; 2ESW A; 3INZ A; 2DXT A; 2QQB A; 1WHJ A; 3QYG B; 2LNH B; 2MK5 A; 3NFC A; 1PKS A; 3EG0 A; 2R5A A; 4M78 G; 1VA7 A; 4PNO A; 2VXE A; 2JJ9 A; 2PUO B; 2ROT A; 1W4S A; 1X2Q A; 1OU9 A; 4F04 B; 2DAQ A; 4N4G A; 2GQI A; 3A8H B; 3EG9 B; 3CCJ Q; 1JJ2 P; 2MOX A; 5LJ5 e; 4BE1 A; 1LVK A; 1GXI E; 2EYY A; 3FB9 A; 5LJ3 d; 4C92 F; 4CC3 A; 2RMO A; 1K1Z A; 4ESR A; 2L89 A; 3CCU A; 1JO8 A; 2KGT A; 3I35 A; 2YHT A; 4MZM A; 1NZ9 A; 4AFZ C; 3OY9 A; 3RER A; 1WIE A; 2YSQ A; 4E2F B; 5GAO n; 1W6X A; 3GF5 A; 1WHM A; 2FPE A; 1QCO A; 2M1H A; 2CP0 A; 4C8Q A; 1RAF B; 2RF0 A; 2DYI A; 4PJN A; 2LCS A; 4M7A G; 4BD3 A; 3PVL A; 2DL3 A; 3NTK A; 5KYU A; 4XU1 A; 3CPW A; 4JS4 A; 1M4Z A; 4RMO A; 5C0M A; 3CME Q; 2OTJ T; 3PGG A; 3EG2 A; 3CC7 T; 1QKW A; 3JCM X; 4OF1 A; 1RAH B; 1QVG A; 3CCE A; 2XK0 A; 2QEX Q; 3EGD A; 4ZGD B; 2XU8 A; 3OYD A; 1K4U S; 4RTT A; 1WXT A; 2V1Q A; 3DLL A; 2KVQ G; 3CBO A; 2ZCF B; 4M77 A; 1NYG A; 2FPD A; 1ZSZ A; 2JVV A; 2QK0 A; 1BU1 A; 2ED0 A; 3JB9 D; 3GP8 A; 3CCL T; 5L8R E; 2O4X B; 1WJS A; 2QA4 T; 2AK5 A; 4F7U A; 2L5Q A; 5CVI A; 4RKU E; 1PWT A; 3DB3 A; 3PFS A; 1R0B G; 4BB7 A; 3CCV T; 3HRS A; 1X6B A; 4C92 B; 1VQL Q; 1Q82 C; 2ROL A; 3OS1 A; 4AFQ C; 3JCM f; 4C92 E; 1YHQ A; 2JXB A; 3NTH A; 4J9C A; 1RAB B; 1RI0 A; 2CZ6 B; 4JZ3 A; 5FU6 B; 1U5S A; 2KYM A; 2DVE A; 1Q82 U; 1OI1 A; 2KR3 A; 1SHF A; 5LJ3 h; 3EG1 A; 1M2O A; 4BI4 A; 2NYS A; 2DM1 A; 4J7F A; 1YI2 T; 1QVF P; 2CUD A; 1JQQ A; 2HSE B; 1SHG A; 1SG5 A; 3UT1 A; 2V26 A; 1ZHI A; 1YBY A; 5FRM A; 1B07 A; 2QQR A; 4RCC A; 4OMQ A; 2DTI A; 2KXD A; 4XU3 A; 2DL4 A; 3G4S A; 3I56 T; 1AWW A; 1SSH A; 4Y91 A; 5A0L A; 5FWC A; 3MPU B; 1VQP T; 2JM8 A; 5A0D A; 2FEI A; 3EHQ A; 3N5B B; 1VQ6 Q; 4J7I A; 2E3H A; 2K5L A; 3QG1 A; 4JJD A; 2AT1 B; 5GAO q; 4IUR A; 1PHT A; 3QWY A; 4DEX A; 3UA7 A; 2DTH A; 4MMK A; 1AHJ B; 5FU7 B; 4HCZ A; 1PRL C; 2O88 A; 3CC2 Q; 1I0C A; 4RTY A; 2E65 A; 2LX7 A; 5FRO A; 4PJO A; 2OTL T; 3P8H A; 1Y57 A; 1YJN A; 3O8V A; 2XD0 A; 5GAN 5; 3AHU A; 2K9G A; 1YIT A; 2E70 A; 2AZS A; 4JJB A; 1KFZ A; 3VS1 A; 2FG0 A; 1I5L A; 1CSK A; 2I2L A; 2DVJ A; 4D6W A; 1MUZ A; 4Z88 A; 1UE9 A; 1RAI B; 5CKF A; 5CQY A; 2DXU A; 2X4W A; 1VQM A; 2GBQ A; 2YRV A; 2XIC A; 1K76 A; 4C8Q F; 2DZ9 A; 2BE7 D; 4M7D G; 2QTX A; 4OMP A; 1RLQ C; 2W10 A; 1BIA A; 3PIO A; 1IRE B; 1X75 C; 2D0Q B; 1VQ9 Q; 2LTO A; 3PE0 A; 1YIJ Q; 1YJ9 T; 2YUN A; 3OA6 A; 2XKO C; 5GAN d; 2AIR B; 5EG2 A; 1QLY A; 2RPN A; 2K57 A; 2OX7 A; 5GAM j; 3M54 A; 3JCM e; 2LQ8 A; 2KEA A; 4FW2 A; 3CCQ Q; 5GAM d; 4X34 A; 2RQU A; 3QWX X; 1YJW Q; 1H92 A; 3VRY A; 2FYK A; 3CCR A; 2CKK A; 4GY5 A; 1AWX A; 1QKX A; 1V76 A; 5LJ5 j; 4FT4 A; 4F7U F; 4OMF B; 2M0O A; 4OMM A; 3H8Z A; 2FZG B; 1WHK A; 3OYM A; 1K8A U; 3FEO A; 4MZP A; 2V8J A; 4ZGE B; 3VS4 A; 4FYW B; 3PVQ A; 3H0H A; 5A0G A; 2ENM A; 1MHN A; 3HRU A; 4PJJ A; 2LRQ A; 4BDZ A; 2XG8 D; 4L6V 5; 1X01 A; 1Q7Y R; 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1U3O A; 1IXD A; 2Y4Y A; 3L2Q A; 2JS0 A; 2A0F B; 5CKE A; 1VUB A; 1G83 A; 1WNL A; 4OB3 B; 1UJ0 A; 3BE3 A; 2NLU A; 3V8J A; 4AT1 B; 1MMA A; 4DA4 A; 3HSB A; 3M9Q A; 2O4X A; 1VYV A; 4KGZ B; 5CIU A; 4CRI A; 2AZV A; 1PNJ A; 1OUL A; 1UEB A; 4EMH A; 5HK3 A; 5GAN 4; 4F16 A; 4C92 A; 1UFF A; 5FRN A; 1Q86 R; 2EVR A; 4A4F A; 4EMK C; 4EMG A; 3FJ5 A; 4JLI A; 3GBQ A; 2BE9 B; 2OTJ A; 2HAX A; 3UF4 A; 1VQ6 T; 1KQS P; 3FJP A; 1YI2 Q; 2ATC B; 5GAM f; 2RHZ A; 1OPL A; 3M4Y A; 3LH5 A; 3S3O A; 4WTO B; 1M3B A; 4AFS C; 3CD6 Q; 1T0H A; 2CS7 A; 4J9D A; 4PJO E; 3X20 B; 4KUI A; 1C0M A; 3TSW A; 3V8K A; 2RH2 A; 2FB7 A; 3V7S A; 3CC2 T; 2EQU A; 4M75 C; 1QMC A; 1EX4 A; 3JV3 A; 2J05 A; 3CCL A; 5LJ5 f; 1K0X A; 2C0O A; 1M90 R; 3L2R A; 2Y90 A; 2G3R A; 3CCV A; 2DO3 A; 1Q7Y C; 4A4H A; 1D09 B; 3OYH A; 3PTA A; 2A3L A; 2RHY A; 2CDT A; 1SF9 A; 1SEM A; 2BIV A; 2XI9 A; 1M1K U; 3VS0 A; 4RG8 A; 2QGG A; 1OOT A; 2LNV A; 3R6N A; 3RBB B; 3MP6 A; 1Q7Y U; 1YN8 A; 2E1H A; 1S72 Q; 2P84 A; 2KAF A; 2PZ1 A; 3M59 A; 4R55 A; 4E47 A; 5CCA A; 1NLP C; 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