The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
23S RRNA
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CD6 Q; 1VQ4 Q; 1Q86 R; 1YJW Q; 1YJN Q; 1NJI R; 3I56 Q; 2QA4 Q; 3G71 Q; 1M90 R; 1KC8 R; 3I55 Q; 1YHQ Q; 1S72 Q; 1K73 R; 1VQ9 Q; 3CPW P; 1VQN Q; 3CCU Q; 1KQS P; 1QVF P; 2OTL Q; 3CMA Q; 3CME Q; 3CCS Q; 1YJ9 Q; 1Q82 R; 1N8R R; 1VQ7 Q; 1VQK Q; 1Q7Y R; 1KD1 R; 3G4S Q; 3G6E Q; 3OW2 P; 1VQM Q; 1JJ2 P; 1VQL Q; 1VQP Q; 3CCE Q; 3CC4 Q; 3CCJ Q; 1VQ5 Q; 3CC7 Q; 1VQO Q; 1Q81 R; 2QEX Q; 3CCL Q; 3CCQ Q; 1M1K R; 1K8A R; 1YIT Q; 1QVG P; 3CXC P; 1W2B P; 3CCR Q; 3CCV Q; 1YIJ Q; 1VQ6 Q; 3CC2 Q; 1YI2 Q; 1VQ8 Q; 3CCM Q; 1K9M R; 2OTJ Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ED0 A; 2BE9 B; 2X51 A; 3QO3 A; 2DD5 A; 2FVU A; 2RI2 A; 1SHG A; 5GAM h; 2CP7 A; 3RIR A; 1ZSG A; 2NUT A; 3U23 A; 1Q7Y R; 2DX1 A; 3OS2 A; 1BIA A; 2OJ2 A; 1Y96 B; 2XID A; 1BCM A; 1JXM A; 3H0F A; 1M1K R; 1RAG B; 4DOV A; 2F1L A; 2E10 A; 4FM4 B; 1YBY A; 4HT8 A; 2ECZ A; 3OY9 A; 3VS6 A; 1K9A A; 3LH5 A; 4Z89 A; 3UDC A; 4M7A D; 3JB9 H; 1VQK Q; 4F7U A; 3QSU A; 3HRT A; 4C92 G; 1PKS A; 3REA B; 3OYY A; 5I22 A; 1P92 A; 2LQ8 A; 4RTV A; 4E7Z A; 1KD1 U; 2CH4 W; 1NZ9 A; 3A8L B; 5GAN g; 2GQI A; 5GAN e; 2B8A A; 4Y28 E; 4NOY A; 4JJD A; 4PJN A; 4DEX A; 4F14 A; 1Q86 U; 2AHJ B; 1KC8 C; 1SG5 A; 4BY6 B; 4N4I A; 5GAN 7; 5GAM f; 2M51 A; 4C0Z A; 4LUE A; 1MV0 B; 1D1C A; 5GAO m; 3E2U A; 1PWT A; 1Q81 C; 4OMQ A; 5C0M A; 1UE9 A; 2JW4 A; 5CQY A; 5CAI A; 5I11 A; 1WJR A; 4MZM A; 4RTZ A; 2OTJ Q; 4XTU A; 2LJ0 A; 3KUF A; 2E64 A; 1VQ9 Q; 3CCQ T; 3SB2 A; 1M90 C; 4XU2 A; 3RDV A; 2OAU A; 3EGX B; 4HXJ A; 3CCR T; 4PJO C; 2RO0 A; 2F69 A; 8ATC B; 4M77 D; 1JB0 E; 2JTE A; 3CD6 A; 3I56 A; 3I55 T; 2HKN A; 4OMO A; 4UC4 A; 4M78 C; 2JOY A; 1OQK A; 4OMM A; 3CPW A; 1HK9 A; 1JU5 C; 3C4S A; 1JBM A; 4PK4 A; 3SFM A; 2YRV A; 4M7D G; 2L8D A; 4BD3 A; 2RJE A; 4FIB A; 1Q82 R; 3M0R A; 1B07 A; 1ZX6 A; 4OGC A; 5KYW A; 1X75 C; 2LJ1 A; 3CC2 A; 1VQM Q; 3CC7 Q; 3QJY A; 1Y07 A; 2KNB B; 2LC4 A; 3CCU T; 3I35 A; 2CP2 A; 3G1J A; 2C0T A; 4RTW A; 1WDX A; 5LJ3 g; 1WPY A; 4WF2 A; 4ELZ C; 4A4G A; 1EX4 A; 3HFO A; 1M9S A; 1WXB A; 2XDB A; 2W10 A; 3EHQ A; 4A4K A; 4E7I A; 2R5A A; 2RN8 A; 3CCM T; 1KQ1 A; 1W2B A; 1YI2 A; 4AFS C; 4C5E A; 1KK7 A; 2CZ6 B; 3JB9 F; 4LD6 A; 2XKO C; 2K79 A; 1VQK T; 1N9R A; 1VQ8 Q; 5FU7 C; 4AMC A; 2GBQ A; 3A8O B; 2DVE A; 2F5T X; 3G6E A; 1WA7 A; 1VQ5 A; 4JPB W; 1Y7X A; 4KRT A; 4CC4 B; 2DEQ A; 3CC4 Q; 3GNF B; 5D6X A; 1E7O A; 2LQK A; 3HTR A; 3A8G B; 1K0X A; 4BE1 A; 3H9N A; 2EBP A; 4KUL A; 1GXI E; 3R6O A; 1NM7 A; 1X2K A; 2AT1 B; 4KH1 B; 1EIF A; 3MEA A; 2KRS A; 1N8R C; 1AVZ C; 1TS9 A; 2R5M A; 1BYM A; 4C8Q E; 4PLI A; 5KCH A; 2FEI A; 3VUB A; 3CCE Q; 1ZA2 B; 4LN2 A; 3SWN C; 1VQ9 T; 2EPD A; 3JCM b; 2AK5 A; 4RG8 A; 1QCO A; 1UFF A; 2HL3 A; 3TRE A; 2LNV A; 2MWP A; 2NYS A; 5CCA A; 5KE2 A; 1NJI C; 4QT7 A; 4PJO A; 3MPU B; 1PCX A; 4FYV B; 4C92 D; 1M3C A; 3L2U A; 2X3X D; 1YIJ A; 5FRN A; 4JRQ A; 2CKK A; 4M78 A; 2JNG A; 5IXF A; 5CKD A; 4ZGE B; 3S3O A; 1YIT Q; 1RLP C; 2M16 A; 2YHT A; 4R0K A; 1UJY A; 2VAS A; 4C5I A; 1OOT A; 1VQM T; 1Q86 R; 1YJW Q; 1AHJ B; 1CKB A; 1WHL A; 4F7U F; 1RAF B; 3MKD A; 4OB2 B; 2H8H A; 2LP5 A; 1WJQ A; 2CT3 A; 4KH0 B; 3VUZ A; 4R56 A; 2KRO A; 2DRM A; 5GMK l; 2E3I A; 5CKH A; 1D3B A; 2QK0 A; 3TU4 K; 3V7R A; 4M75 E; 5LJ5 d; 1UGR B; 4E2F B; 2KGT A; 4AFU C; 1VQL A; 1U1T A; 2K5I A; 5CO7 A; 1JRI A; 1M4Z A; 1G3T A; 5CIU A; 2RI3 A; 4C0F A; 2D6F A; 3OYG A; 1MMG A; 5FW9 A; 1WJS A; 2ED1 A; 2P0P A; 4RUG A; 5GMK j; 1K9M R; 2MIO A; 2GFU A; 4M7D D; 4OP0 A; 3SDZ A; 3REB B; 2DEU A; 4J6X A; 3MO8 A; 5HCK A; 2LT4 A; 3QDR B; 3PMT A; 5J39 A; 1OU9 A; 4E7S A; 2DL8 A; 2QA4 T; 2EQU A; 2YUN A; 3LLR A; 1ZSZ C; 1BIB A; 2OTL T; 1GCP A; 2MMP A; 4NS5 A; 3CCE T; 3M9Q A; 2FPF A; 2AIR B; 2L3S A; 1ZSZ B; 3LX7 A; 1T3S A; 3SWN A; 1LNX A; 1VYV A; 3BFM A; 1UHC A; 2GCX A; 3V8J A; 2QQR A; 5GMK i; 2O31 A; 5GAO q; 4L59 A; 2V8I A; 1WNL A; 1PKT A; 4J7I A; 5IN1 A; 1YJ9 T; 5IHK A; 1OV3 A; 2CZ0 B; 2L89 A; 2CUB A; 1R8O B; 1FYN A; 2JMC A; 1MMA A; 1BBZ A; 1QKW A; 4AFZ C; 2DAQ A; 1YNZ A; 1QLY A; 1K73 U; 2DL7 A; 1QP3 A; 3CCV T; 2BUD A; 2MYS A; 4IUT A; 5GAN j; 1KQS S; 4F7U G; 3MEV A; 4FYY B; 2BZX A; 4JJC A; 3OB9 A; 2VB6 A; 3CD6 Q; 4C0D C; 2EW3 A; 2EQI A; 4LDX A; 2CGH A; 4CC7 A; 2C0I A; 4DEY A; 5FU6 C; 3VS7 A; 5LJ5 h; 3PTA A; 1HYO A; 2X4Y A; 1YJN T; 1NYG A; 3HSB A; 3OQ5 A; 1KIK A; 4C0D B; 1B3Q A; 4M78 E; 5DLQ E; 2DD4 A; 3CC2 Q; 2M1H A; 1M1K U; 2DKG A; 1ZBJ A; 1M30 A; 4IIM A; 2J05 A; 5FU6 B; 2DJQ A; 2JUF A; 3OA6 A; 5D6Y A; 1KQS P; 1I5O B; 1OPK A; 2NLU A; 2KRM A; 3DLM A; 4XTX A; 4PL6 A; 2XG8 D; 2DMO A; 1PG5 B; 1X6B A; 2PZ1 A; 6AT1 B; 4JJN K; 5DY9 A; 3JCM V; 2BKD N; 1I0C A; 1YI2 Q; 2K7A A; 1FX7 A; 4PJO F; 1YP5 A; 5GAN 3; 5D7U A; 4GLK A; 2Y4Y A; 4BI4 A; 1PHT A; 1W2B S; 4J9D A; 3MEU A; 2RA2 A; 1OZ3 A; 4QVC A; 1PSE A; 1PD0 A; 1OU8 A; 4M78 F; 1VQ6 T; 1Q7Y C; 1J3T A; 2IG0 A; 3JAM E; 4AT1 B; 2DYB A; 3UWN A; 1VQ5 Q; 2W0Z A; 5LJ3 j; 5I2M A; 2GFA A; 2MK5 A; 4N4G A; 4XAX B; 3V8K A; 1Y57 A; 4PNO A; 5GAM d; 3DLL A; 2P84 A; 3M0U A; 2PQW A; 2RQU A; 1WXT A; 3G4S A; 4MZT A; 3NTK A; 3GNG A; 3VS2 A; 1UUE A; 2GQV A; 4EMK B; 2FRY A; 4LUD A; 1M1F A; 4J5Y A; 2CUD A; 1PC0 A; 1UEB A; 2X4W A; 1TTH B; 1GFC A; 3CMA T; 1KSW A; 5J26 A; 3CME A; 3CCS A; 4HCB A; 4J9C A; 2FZC B; 2CS7 A; 1RLQ C; 1WFW A; 1I4K 1; 2RHI A; 2DET A; 4BB7 A; 4GY5 A; 2FB7 A; 1BU1 A; 2QEX A; 2ZPE B; 2CYZ B; 4HKE A; 2FPE A; 2KEA A; 1MNE A; 3EG2 A; 4PJL A; 3OYA A; 1RAE B; 1TUC A; 1ABO A; 4MDW A; 1YHQ A; 2O01 E; 3CBM A; 1YIJ Q; 4XQ3 A; 1AOJ A; 3BW1 A; 3TQ7 P; 4JS4 A; 4O5V A; 4J83 A; 4C8Q B; 5KCO A; 3GIB A; 1JEG A; 2FL7 A; 3OBY A; 2YUQ A; 2E4H A; 2ZCF B; 2HZY A; 4RTX A; 1LPL A; 1YCY A; 2QDL A; 2M0Y A; 3DB3 A; 2EJF A; 1RAB B; 5L8R E; 1VQN T; 2KSS A; 2HBW A; 4O6J A; 2E3H A; 3P8B B; 1K1Z A; 2OX7 A; 2QXF A; 2MF2 A; 2I2L A; 1IB8 A; 1K73 R; 5KYX B; 1VQP A; 4M7A C; 1N6A A; 2GF7 A; 2HEQ A; 1BI3 A; 3QZ5 B; 3JCM e; 5GMK e; 1Q82 C; 3OYC A; 1D0Z A; 3QBY A; 2KVQ G; 4PJO G; 1WQ7 A; 1M5Q 1; 4C5H A; 4C8Q D; 2CRE A; 2QTX A; 2LDM A; 4P5N A; 2E5Q A; 3TEE A; 4M7A B; 2LQN A; 4XTY A; 1I1J A; 3SD4 A; 4M78 G; 1ZA1 B; 1BI2 A; 2YUO A; 5GMK m; 2EYW A; 2MCN A; 1QMC A; 3AHU A; 3PNW C; 3GPL A; 4D8D A; 2O9S A; 3H6Z A; 2BIV A; 1YFN A; 1AWJ A; 4JRP A; 4LDU A; 2ZPI B; 1M2V B; 5IHN A; 4M75 B; 1OUL A; 4JLI A; 1CKA A; 1IZ6 A; 1UGQ B; 2B86 A; 2QAS A; 2CP5 A; 3OW2 S; 2L3R A; 1SEM A; 3QYG B; 3ZFJ A; 1VQO A; 3OS1 A; 3VS0 A; 1WHH A; 2ZPF B; 1K0S A; 3A8H B; 1GCQ C; 3FC3 A; 2PTK A; 4M77 C; 2K4Y A; 3M0S A; 4OB1 B; 3FEO A; 1ZUY A; 2ROT A; 1X6O A; 2CZ1 B; 5GAN f; 2C06 A; 3DKM A; 3JCM W; 1DJ7 B; 4BY6 C; 5CVI A; 1WQW A; 3F70 A; 2A28 A; 1KQ2 A; 3L1A A; 3PFS A; 4M77 B; 1N27 A; 4RKU E; 2O4X B; 4M75 D; 2K9G A; 4Z02 A; 4EMH A; 3RKY A; 1BK2 A; 4V2S A; 1SHF A; 1PRL C; 3E1S A; 4QQD A; 3ULR B; 2EQJ A; 2K3X A; 1RAD B; 1VQ6 A; 2GNC A; 2VKN A; 2Z0W A; 3OW2 P; 4LD9 K; 5GAN 5; 4J9E A; 2DK3 A; 1S72 T; 2LMJ A; 1M3B A; 3G71 A; 4J7F A; 3EH2 A; 1OI1 A; 4CC2 A; 2DL3 A; 1KQS A; 1G2B A; 1VQ7 A; 5FLX E; 4Y92 A; 3UA7 A; 3CCL A; 2DM1 A; 2J7I A; 5GAM g; 3L2V A; 1KD1 C; 2EWN A; 3LWI A; 1UG1 A; 4PFP A; 5GAO r; 3QJ6 A; 1U3O A; 3LH0 A; 2F2X A; 4PFZ A; 4GLM A; 3NTH A; 2PNI A; 1OYX A; 1RAC B; 4J9B A; 3NMZ C; 2ZGW A; 4M7A A; 3UAT A; 5GJV B; 1Q86 C; 1TWB A; 1XOV A; 1K9M U; 1EFN A; 4CRI A; 3CCJ A; 3E9F A; 1U5S A; 4LDW A; 5HK3 A; 2DZ9 A; 3SEM A; 2KI7 A; 2RJC A; 4KBM B; 4N0A A; 2RHZ A; 2FYK A; 3RUX A; 1SPK A; 3PIO A; 1T0J A; 1Y96 A; 2K5L A; 1IGQ A; 4RTY A; 1PM3 A; 4JRK A; 2RQV A; 4CC3 A; 1QVG S; 5LJ3 e; 3JB9 J; 1F1B B; 4FSS A; 4A4H A; 2E1H A; 1NPR A; 3ER0 A; 1RL2 A; 4QQG A; 5EC7 A; 1EZZ B; 4KUI A; 4IUU A; 2QGF B; 1G3Y A; 4NL3 A; 2HL5 C; 3GF5 A; 2WAC A; 3HL8 A; 1G3W A; 3VU3 C; 3QUI A; 3QYH B; 1GCQ A; 4M77 A; 1BCO A; 4Z8A A; 2EQM A; 2IVW A; 4RCC A; 2YDL A; 1H3Z A; 3G4S Q; 1WZO A; 3V8L A; 2O2O A; 3JCM X; 3EG9 B; 5AT1 B; 2OI3 A; 1VQ4 A; 1UJ0 A; 1QVG P; 4L6V 5; 3EG0 A; 4C92 B; 3RMQ A; 4M78 D; 2LCC A; 2IIM A; 1RAH B; 3OMC A; 4ME7 A; 5CKB A; 2F2V A; 4HVW A; 3R6N A; 3VYG A; 5C6S A; 3RKW A; 4OB3 B; 3V7S A; 2EYZ A; 3VRY A; 2OTJ T; 2RMO A; 4DQ2 A; 4VUB A; 4OMF B; 3EGX A; 4F7U E; 3JCM J; 2XK0 A; 2QEX Q; 1VYU A; 4A4F A; 5A2Q E; 4Z88 A; 4E6R A; 3THK A; 1QVF A; 1CSK A; 3MP1 A; 1IO6 A; 1UEC A; 2EGC A; 3FRN A; 1ZUU A; 4PKC C; 4OMN A; 4BI3 A; 4JDS A; 1KC8 R; 4RTU A; 4DBH A; 2JXB A; 3C0C A; 9ATC B; 3D7S B; 1UB4 A; 2DRK A; 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