The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
CYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
|
| total genus |
6
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ABQ A; 2RPN A; 4HVU A; 2DBM A; 1UDL A; 2ENM A; 1MUZ A; 1TG0 A; 1CKA A; 2EYY A; 4Y92 A; 3NPF A; 2P4R A; 2YUP A; 1X6G A; 1PHT A; 3VS6 A; 4AG1 C; 2KE9 A; 3VS7 A; 1HJD A; 3VRZ A; 1RI9 A; 1QCF A; 3VS5 A; 4J9B A; 2RMO A; 4CC7 A; 4ZNX A; 1WLP B; 2DL8 A; 2DVJ A; 2GGR A; 2B86 A; 2DE0 X; 1UFF A; 3I35 A; 1AZG B; 1H8K A; 2K7A A; 4RTY A; 2KYB A; 1QKX A; 3EG3 A; 2KR3 A; 4KRT A; 4RTV A; 1NLP C; 1M30 A; 1RLP C; 2EKH A; 1AWO A; 3THK A; 3A98 A; 2O9S A; 2AKL A; 1MV3 A; 4A63 B; 1WI7 A; 2H8H A; 2RF0 A; 4LN2 A; 2DRK A; 2KT1 A; 2FPE A; 2JM9 A; 5IXB A; 2K6D A; 1JXM A; 2KRN A; 1B07 A; 1GBR A; 3RBB B; 1I0C A; 2EPD A; 2JS0 A; 1T3S A; 3GBQ A; 3I5S A; 1YWO A; 2KXD A; 1ARK A; 2AKK A; 1JQQ A; 2DL5 A; 3PE0 A; 1KJW A; 2BZ8 A; 3M0S A; 2KYM A; 3VS1 A; 2MIO A; 2LJ1 A; 1YP5 A; 2KRO A; 2CT4 A; 1U06 A; 1T0H A; 3SEM A; 3H0I A; 4AFU C; 2C0O A; 3M0Q A; 1SRM A; 2O31 A; 2CT3 A; 1VYU A; 3EG1 A; 3FJ5 A; 1UHF A; 2LX7 A; 2J6F A; 2YUN A; 1TUC A; 1PNJ A; 1AVZ C; 2DX1 A; 2BZY A; 2XMF A; 2VWF A; 1QWF A; 1K0X A; 1YN8 A; 2X3X D; 2DL3 A; 1NM7 A; 4K11 A; 1ZUY A; 1HD3 A; 1SHF A; 1OPL A; 2BTT A; 4RTW A; 2L3P A; 3PVL A; 2L2P A; 1U3O A; 1VA7 A; 3QWY A; 2HDA A; 5FWB A; 4AFS C; 1ZBJ A; 1LCK A; 2CSI A; 1W1F A; 2DYB A; 2LNH B; 3SHW A; 2DL7 A; 3RNJ A; 2NUZ A; 1HSQ A; 1E7O A; 5FWC A; 1PKT A; 1Z9Z A; 1X27 A; 4JJB A; 2DF6 A; 2KXC A; 1FYN A; 2EQI A; 1UJ0 A; 2FEI A; 2AK5 A; 3VS2 A; 1PRM C; 1YCS B; 2CSQ A; 2W10 A; 1SEM A; 1S1N A; 2G6F X; 3CQT A; 4R0K A; 1M3C A; 4LNP A; 2RQT A; 1E6H A; 1WA7 A; 2ROT A; 4HVW A; 2OJ2 A; 1U5S A; 4JJD A; 1K76 A; 4J9F A; 1GCP A; 1G2B A; 1KIK A; 2RNA A; 1W6X A; 1JO8 A; 2DM1 A; 3UF4 A; 1WFW A; 1W70 A; 2F2W A; 1WYX A; 3H0H A; 1UTI A; 2PTK A; 4AFQ C; 5ECA A; 4FSS A; 1UHC A; 2O88 A; 2J6K A; 1CSK A; 1Z9Q A; 4LUD A; 2DIL A; 4OMM A; 4EIK A; 1PKS A; 1TUD A; 2EVR A; 2HSP A; 1X2K A; 4JPB W; 1NEG A; 2IIM A; 3I5R A; 5IH2 A; 2DL4 A; 1G83 A; 1BB9 A; 1K4U S; 2DRM A; 3LH5 A; 4F16 A; 4QT7 A; 2LZ6 B; 2ROL A; 2LMJ A; 1BU1 A; 2L0A A; 1A0N B; 2C0T A; 3JV3 A; 2EGA A; 2ESW A; 2BZX A; 3NGP A; 4RUG A; 4RTX A; 1JXO A; 1QKW A; 1WX6 A; 2CH4 A; 1H92 A; 1QWE A; 2K79 A; 4JZ4 A; 4CC2 A; 1ABO A; 1NYF A; 1V1C A; 1UEC A; 1ZUU A; 2YT6 A; 4AFZ C; 1KSW A; 1H3H A; 3VS3 A; 2ECZ A; 4E6R A; 1M27 C; 2KRS A; 1K0S A; 1UG1 A; 2JTE A; 2DJQ A; 5IHN A; 3R6N A; 4J9I A; 4LUE A; 1PRL C; 2W0Z A; 2YDL A; 1OOT A; 1OPK A; 2RQR A; 4Z89 A; 4HXJ A; 4RTT A; 1VYV A; 2ED0 A; 2OAW A; 4JJC A; 2O2O A; 3EG0 A; 1NG2 A; 2LJ0 A; 2KGT A; 3M0R A; 2D0N A; 2DBK A; 5IHK A; 1ZX6 A; 2DNU A; 2A08 A; 2LQW A; 1GBQ A; 2A37 A; 2YUQ A; 2CRE A; 3C0C A; 2I0N A; 2LP5 A; 2RN8 A; 2EW3 A; 3UA6 A; 1WXU A; 1YWP A; 2FPF A; 2CH4 W; 5IXF A; 2AZV A; 5EC7 A; 1B3Q A; 2J05 A; 3ZL7 C; 4J9E A; 2KNB B; 5FW9 A; 2MCN A; 5L23 A; 3O5Z A; 5IHI A; 2JT4 A; 2GTO A; 2FRW A; 3PVQ A; 3VS4 A; 4CC4 B; 2NWM A; 1BK2 A; 2SEM A; 3EHQ A; 2K3B A; 4X1V A; 4JZ3 A; 2ABL A; 1K9A A; 3UA7 A; 2EBP A; 2FRY A; 1GRI A; 2PNI A; 1GFC A; 1X6B A; 1T0J A; 4D8K A; 2EYZ A; 4F14 A; 1YNZ A; 5I22 A; 2CDT A; 2E5K A; 2LCS A; 1NLO C; 2FG0 A; 1WXT A; 2YSQ A; 1SHG A; 3NMZ C; 3NHN A; 2L3S A; 3U23 A; 1UGV A; 2L3Q A; 1AOJ A; 1PWT A; 2J6O A; 4IIO A; 4F17 A; 4DEY A; 2RQU A; 1ZUK A; 4RTZ A; 2EGC A; 1X43 A; 2OI3 A; 1Y0M A; 1AWX A; 3VS0 A; 2PZ1 A; 2JS2 A; 2KEA A; 4GBQ A; 2A28 A; 1MV0 B; 2A36 A; 1QLY A; 1VYT A; 2F2V A; 2YUO A; 5GJW B; 2JXB A; 2EYW A; 2O9V A; 2SRC A; 1OEB A; 2F2X A; 1J3T A; 2LJ3 A; 1SRL A; 2KRM A; 1AZE A; 2DLP A; 2HEQ A; 1XOV A; 4OMQ A; 3TSW A; 3QWX X; 1M8M A; 2D8J A; 2C0I A; 3TSZ A; 2CUB A; 2JW4 A; 2GNC A; 3H41 A; 2AZS A; 1M3A A; 1NEB A; 2EGE A; 2VKN A; 1RLQ C; 2ED1 A; 1ZLM A; 4J9H A; 2LQN A; 3TVT A; 1GFD A; 1WDX A; 1K1Z A; 3EG2 A; 2JMA A; 2V1R A; 2RQW A; 2DMO A; 1I07 A; 2KBT A; 4M4Z A; 1E6G A; 2K2M A; 2KT8 A; 1UUE A; 3M0U A; 4OMO A; 2V1Q A; 3VRY A; 2JM8 A; 4Z8A A; 1SPK A; 1GCQ C; 1JU5 C; 3EHR A; 2RQV A; 2FPD A; 3REB B; 1I1J A; 4LE9 A; 5HCK A; 2MOX A; 2D8H A; 4Z88 A; 3H0F A; 4HVV A; 4RTU A; 2QDL A; 2X3W D; 2J06 A; 1JEG A; 3IQL A; 2CUD A; 4IIM A; 4OML A; 4OMN A; 3ULR B; 1CKB A; 1NYG A; 2M51 A; 2J7I A; 2EYX A; 2K9G A; 4WCI A; 3EGU A; 4OMP A; 2GTJ A; 3M0P A; 1X69 A; 1WXB A; 3REA B; 1AWW A; 1IO6 A; 2GBQ A; 1N5Z A; 4J9C A; 1FMK A; 1ZSG A; 2JMC A; 3KFV A; 4J9G A; 1Y57 A; 1SSH A; 4CC3 A; 1WIE A; 1T3L A; 1GL5 A; 1GCQ A; 4ORZ A; 4D8D A; 2DA9 A; 1M3B A; 3M0T A; 1UE9 A; 1BBZ A; 4GLM A; 4HCK A; 2FO0 A; 1OV3 A; 2M0Y A; 1X2Q A; 4ESR A; 2GQI A; 3UAT A; 2VVK A; 2D1X A; 1AEY A; 4AG2 C; 5GJV B; 1AD5 A; 4DEX A; 2HBW A; 1RUW A; 1UJY A; 5I11 A; 1EFN A; 1KFZ A; 1AWJ A; 3I9Q A; 4J9D A; 2HCK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3X20 B; 4WF2 A; 1UDL A; 1KD1 U; 4X9C A; 5CO7 A; 4QVD A; 1Q81 C; 3CC7 A; 1Q7Y C; 5KYY B; 2CP7 A; 1WQW A; 2P4R A; 2YUP A; 1VQ9 Q; 2QQS A; 1NE8 A; 1Q86 U; 4MDX A; 1VQN Q; 2RI5 A; 2MI6 A; 3RMQ A; 2KE9 A; 4F7U F; 4A53 A; 1D0Z A; 3SWN A; 2R5A A; 2ZPI B; 3VS5 A; 5KYU B; 3JCM X; 4M7D F; 2DL8 A; 6AT1 B; 1VQ6 T; 1UFF A; 4Y28 E; 1HK9 A; 3OBW A; 4C0Z A; 3PNW C; 3CC7 Q; 1JJ2 P; 4RTV A; 1NLP C; 2OTL T; 2NLU A; 2EKH A; 4A4G A; 5GAM j; 2AKL A; 1MV3 A; 4R55 A; 3HPW A; 4ANJ A; 4A63 B; 2HKQ B; 1TOV A; 2RF0 A; 1WHM A; 2FPE A; 2JM9 A; 5IXB A; 2K6D A; 3CCJ A; 4Z02 A; 1RAF B; 2A7Y A; 4M75 F; 3JCM e; 2PVD B; 3I5S A; 2HKN A; 1G3Y A; 1ARK A; 2AKK A; 3A5Z B; 1YJN Q; 7AT1 B; 3M0S A; 5CKB A; 2COZ A; 1TXQ A; 3VS1 A; 2RJE A; 2VGN A; 2P0K A; 3CPF A; 1T0H A; 3H0I A; 2C0O A; 2H3E B; 2YHT A; 2MWP A; 3P8B B; 2FB7 A; 2PU9 B; 1VYU A; 2XHC A; 2LX7 A; 2OTL A; 1WHH A; 4M78 C; 2RD1 A; 5D6W A; 2VWF A; 1K0X A; 4DBH A; 2X3X D; 1ZUY A; 4M7A B; 2BTT A; 1OPL A; 2P0Q A; 4O5V A; 2EJG A; 2HNI A; 3O8V A; 1UGS B; 4JLG A; 3QYG B; 5FU6 C; 4M77 D; 2DTO A; 3UT1 A; 4QVZ A; 2L2P A; 1VQ6 Q; 1VA7 A; 3QWY A; 4QQD A; 1ZBJ A; 2LNH B; 3CCM A; 3SHW A; 2OX7 A; 2RJF A; 5GAO n; 3JCM h; 2OTL Q; 1HSQ A; 1MMD A; 2BE9 B; 1OU8 A; 2QDY B; 5FWC A; 1VQ8 T; 1PKT A; 1Z9Z A; 1OZ2 A; 3HRS A; 2KXC A; 1FYN A; 5IAY A; 5GAN 7; 2FEI A; 4HCZ A; 3VS2 A; 4YTL A; 3HFN A; 1EX4 A; 4WTO B; 1VQ7 T; 3HRT A; 4C8Q C; 4M78 E; 1QVG S; 2OJ2 A; 4JJD A; 4BAC A; 4KUL A; 4J9F A; 1GCP A; 2ZPH B; 2YWW A; 1VOM A; 5GAN f; 1KQS P; 1W70 A; 2F2W A; 3X25 B; 4QW2 A; 1FMW A; 4AFQ C; 2RO0 A; 2QEX T; 5ECA A; 2DYI A; 1UHC A; 3EGD A; 2LNV A; 3UDC A; 3BDU A; 1QVG A; 4FT4 A; 1VQO A; 2GFA A; 3BW1 A; 1BKB A; 1YCY A; 4M78 B; 3PT9 A; 2G3R A; 4NOY A; 2HSP A; 3JCM P; 2MPX C; 1YJ9 T; 2E41 A; 5IN1 A; 4ZGJ B; 1K4U S; 3E9F A; 2DRM A; 2CP0 A; 4QT7 A; 4C8Q A; 1WJQ A; 5GAN 2; 4XTV A; 2LMJ A; 4KT0 E; 1VQ7 A; 3VYG A; 2C0T A; 2DD4 A; 3EGD B; 3NGP A; 5FRN A; 1C0M A; 4MMK A; 4RTX A; 4FYW B; 1MND A; 1KC8 U; 3HSB A; 5LJ3 d; 2X51 A; 2CH4 A; 4OB1 B; 4ME7 A; 1H92 A; 2RI3 A; 3OYE A; 2QG9 B; 5GAO l; 2PQW A; 1YIJ T; 2CZ6 B; 1ZUU A; 3C94 A; 1OI1 A; 1QVF S; 2GCX A; 1M8V A; 1SKU B; 2OTJ A; 1M1K C; 1ZSZ C; 4J6W A; 3VS3 A; 1PM3 A; 4IUU A; 1VQ7 Q; 2A0F B; 2JTE A; 3HKS A; 3URG A; 1OOT A; 1OPK A; 1B7T A; 4Z89 A; 2XKO C; 1D0Y A; 3MEA A; 1QVF A; 3WXM B; 2KGT A; 1ACM B; 1D1B A; 3M0R A; 2E4H A; 2QEX Q; 5IHK A; 2CP5 A; 1ZX6 A; 1NPR A; 2A08 A; 5LJ5 j; 1GBQ A; 3SDZ A; 1LNX A; 2A37 A; 2HBP A; 3C0C A; 3LGL A; 4N0A C; 2LP5 A; 2RN8 A; 4Q5W A; 2FPF A; 2DIQ A; 3OYN A; 5EG2 A; 1YJ9 Q; 4DOW A; 3UPU A; 1B3Q A; 1FWZ A; 1ZSZ A; 3G6E T; 2J05 A; 1QCN A; 4LXC A; 4IUQ A; 4GLK A; 4J9E A; 4EMK B; 3HP9 A; 1K8A U; 3CCU T; 4J5Y A; 3A1P A; 3VS4 A; 1K9M U; 5KYX A; 3CC4 T; 4DQ2 A; 4C5H A; 1BYM A; 3OYD A; 3CCL T; 1VQ4 A; 3UA7 A; 2EBP A; 4M75 D; 3S3O A; 1MMN A; 2E64 A; 2DXU A; 2EYZ A; 2DKG A; 4M78 G; 4N0A A; 2GQV A; 3EAE A; 1YIJ Q; 1M4Z A; 1WXT A; 3A8H B; 3NMZ C; 2BUD A; 1BI0 A; 2QQA A; 1PWT A; 2MWO A; 4IIO A; 2RQU A; 1ZUK A; 5CK9 A; 5FU7 C; 4C0D C; 2EGC A; 1AWX A; 3G6E A; 2DVE A; 4E7H A; 2KEA A; 2A28 A; 2F69 A; 1K73 R; 3RKW A; 4EPC A; 3CCU A; 1M5Q 1; 4P5N A; 2HAX A; 3JB9 D; 1RAA B; 2K3Y A; 2YUO A; 2O9V A; 2SRC A; 1OEB A; 2LJ3 A; 4QQ6 A; 2FL7 A; 4OF1 A; 4OMQ A; 1WJR A; 3LH0 A; 3QWX X; 1M8M A; 1RAB B; 1VQP A; 4M7A D; 2D8J A; 3L2R A; 5LJ3 f; 4NL3 A; 5GAN 3; 5GAM d; 5GAO p; 2VKN A; 5LJ3 g; 2ED1 A; 4J9H A; 3G6E Q; 3TVT A; 4X9D A; 1M2O A; 4E7K A; 1GFD A; 1WDX A; 1WQ7 A; 2JMA A; 2V1R A; 3I56 T; 1TSF A; 2ZCF B; 1I07 A; 3CCU Q; 4RG2 A; 2V8K A; 3G4S T; 2LQK A; 2KT8 A; 3H9N A; 2R57 A; 3VU3 C; 1DJ7 B; 2V1Q A; 2R58 A; 3CC4 Q; 1ZA1 B; 1MNE A; 3CCL Q; 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2KT1 A; 2RHZ A; 2P4T A; 1JXM A; 4HCB A; 3OS1 A; 4OMF B; 4FYY B; 1MGQ A; 3RBB B; 1D3B B; 4FW1 A; 3RMS A; 1PSF A; 4E47 A; 4XTX A; 4PJM A; 5GAN h; 2KXD A; 2XI9 A; 2L3R A; 2QYZ A; 3ZEH A; 2V8J A; 1B34 B; 2LJ1 A; 1OU9 A; 2Y4Y A; 3JCM c; 4C5G A; 3DB4 A; 1SSF A; 4BY6 B; 1Q82 U; 4AFU C; 3MEV A; 3PIP A; 2CT3 A; 4JS4 A; 3FJ5 A; 3N5B B; 3V7S A; 3MP6 A; 5GAO q; 3CC7 T; 3HFO A; 1AVZ C; 3TRE A; 2BZY A; 4LD9 K; 2FHD A; 4ELY C; 1KG1 A; 1YN8 A; 2CZ1 B; 3AT1 B; 3QZ9 B; 4K11 A; 5LJ5 d; 2MAM A; 3PVL A; 1Y71 A; 4F04 B; 5KYY A; 4M75 C; 1YJW A; 1RI0 A; 3HTR A; 1K9M R; 3VUB A; 5KYN A; 1KQ2 A; 3PMT A; 4PFP A; 3RNJ A; 2NUZ A; 4BI4 A; 5KYU A; 2EQI A; 1UJ0 A; 2AK5 A; 5GMK m; 2CSQ A; 4PL6 A; 4BUG A; 2G6F X; 4M77 G; 4E7S A; 3CQT A; 1M2V B; 3OSS C; 4R0K A; 1M3C A; 4HKE A; 4ZGE B; 1WA7 A; 1R77 A; 3CCJ T; 4HVW A; 1QP2 A; 1SG5 A; 2DK3 A; 1N8R C; 1LVK A; 1KIK A; 1G3T A; 2RNA A; 4HA8 A; 3FIF A; 4C92 F; 4DBF A; 1JO8 A; 2DM1 A; 2L89 A; 1WFW A; 3H0H A; 1WYX A; 3LWI A; 3OYH A; 4M75 E; 2O88 A; 5CKE A; 1X75 C; 4M7A C; 4N4G A; 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