The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
CGYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
|
| total genus |
5
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C0I A; 1OEB A; 2RPN A; 2KR3 A; 3ZL7 C; 5GJW B; 2DL7 A; 2A08 A; 4JZ3 A; 2RQW A; 2CT4 A; 2W0Z A; 1WDX A; 2ED1 A; 4OML A; 2DE0 X; 2J6K A; 4JPB W; 2PNI A; 5IHI A; 1YCS B; 4HVU A; 1GCQ C; 3M0S A; 4OMM A; 1TUD A; 3NGP A; 4J9H A; 3NHN A; 1QCF A; 2ECZ A; 2YT6 A; 4X1V A; 2P4R A; 2RNA A; 3VS6 A; 4F16 A; 2YUQ A; 2FG0 A; 1MV0 B; 1QKW A; 2JM8 A; 1RI9 A; 2GTO A; 1I0C A; 5FWC A; 2EGE A; 4LUD A; 2OAW A; 2J06 A; 2L3Q A; 2DRK A; 3VS1 A; 2EQI A; 1GCQ A; 2DBK A; 2GGR A; 2KT1 A; 1M27 C; 1SRM A; 4ORZ A; 2DVJ A; 2PTK A; 2LQW A; 2EGA A; 2XMF A; 2KYB A; 1K0S A; 4AFS C; 2MOX A; 5HCK A; 4AFZ C; 2F2W A; 2D8H A; 2FEI A; 2GQI A; 2DBM A; 1ZLM A; 2J05 A; 1AWO A; 4M4Z A; 1NEB A; 1AOJ A; 2CUD A; 1RUW A; 2SRC A; 2YUO A; 2MIO A; 1KSW A; 4D8K A; 2RQT A; 3THK A; 2K6D A; 4OMO A; 1YWP A; 1OPK A; 4JJB A; 2CDT A; 3EGU A; 2K79 A; 5GJV B; 1H8K A; 2JMC A; 2BZY A; 3I5S A; 4J9E A; 2A28 A; 1K76 A; 1NM7 A; 1V1C A; 1WFW A; 4LNP A; 1FMK A; 3TVT A; 1IO6 A; 1PRL C; 1PWT A; 2JW4 A; 3KFV A; 1TG0 A; 1SEM A; 2HDA A; 2DNU A; 1ABO A; 1AEY A; 2AZV A; 2M0Y A; 2SEM A; 5IXB A; 2KRN A; 2NUZ A; 3C0C A; 4HXJ A; 1MUZ A; 1PNJ A; 2HBW A; 2RN8 A; 3PE0 A; 1SRL A; 2JS0 A; 2RMO A; 1ZX6 A; 1WA7 A; 2CH4 W; 2HCK A; 3UF4 A; 2I0N A; 1GRI A; 2M51 A; 4QT7 A; 2CUB A; 1EFN A; 2A36 A; 2DF6 A; 2PZ1 A; 1G83 A; 1YNZ A; 2DL4 A; 4EIK A; 2DA9 A; 2KRO A; 3GBQ A; 2KBT A; 2DYB A; 2KRS A; 1WLP B; 4Z88 A; 1BU1 A; 3UA6 A; 1ZUU A; 2LMJ A; 4K11 A; 1GBR A; 4CC3 A; 1SHF A; 1X2Q A; 2X3W D; 3NMZ C; 3VRY A; 1XOV A; 2L2P A; 2AK5 A; 4CC7 A; 2DMO A; 2DL8 A; 1B07 A; 3EG0 A; 2JXB A; 1YWO A; 1U5S A; 1WI7 A; 1Z9Z A; 2ED0 A; 3REA B; 1CSK A; 1UHC A; 1X43 A; 2EBP A; 2F2V A; 2V1R A; 3ULR B; 3VS2 A; 2KXC A; 2AZS A; 2BZ8 A; 1JXM A; 1SHG A; 2D1X A; 4RTT A; 2DRM A; 1WXU A; 1ABQ A; 1AVZ C; 2FRW A; 2X3X D; 5IXF A; 4F17 A; 1JQQ A; 1AWW A; 3H0H A; 2CT3 A; 2FPD A; 4AFU C; 2DM1 A; 2ROL A; 2KXD A; 1GL5 A; 3SHW A; 1ZUK A; 2JTE A; 2KYM A; 1BBZ A; 1I07 A; 2JS2 A; 1JO8 A; 3CQT A; 1NYG A; 2JM9 A; 1BB9 A; 2K3B A; 3EHR A; 1KJW A; 1M30 A; 1U3O A; 2ENM A; 2G6F X; 4LUE A; 3RBB B; 1J3T A; 3VS7 A; 2DLP A; 2EYX A; 2AKK A; 2V1Q A; 2DJQ A; 1I1J A; 2EYZ A; 1HD3 A; 2YUN A; 1OOT A; 1LCK A; 2CSQ A; 2KT8 A; 2LZ6 B; 2HEQ A; 1WXB A; 2O31 A; 1H92 A; 3M0U A; 5IHK A; 2C0O A; 1WXT A; 2LJ3 A; 2LX7 A; 4LN2 A; 1T3L A; 4RTV A; 3VS3 A; 1AD5 A; 2CSI A; 4KRT A; 1AZE A; 1NEG A; 4GBQ A; 3H0F A; 4RTW A; 4A63 B; 1UE9 A; 3VS0 A; 2DL5 A; 3FJ5 A; 1YN8 A; 1PRM C; 2LP5 A; 3QWX X; 4RTX A; 4J9F A; 3NPF A; 1VYT A; 1OV3 A; 3VS4 A; 1NG2 A; 2LJ0 A; 4RUG A; 5IH2 A; 3SEM A; 2YDL A; 1Y0M A; 1T3S A; 1QWF A; 1T0H A; 3EHQ A; 5EC7 A; 2EKH A; 2IIM A; 2QDL A; 3M0Q A; 2O2O A; 1X6B A; 5FW9 A; 2DL3 A; 1UUE A; 2RQV A; 2JMA A; 4AFQ C; 4WCI A; 1N5Z A; 1M3B A; 2BZX A; 3PVL A; 4GLM A; 1OPL A; 1GCP A; 1PHT A; 4IIM A; 4RTZ A; 1JXO A; 1GFD A; 4DEY A; 4J9G A; 1U06 A; 2J7I A; 4CC4 B; 2EYW A; 3TSZ A; 4OMQ A; 1QLY A; 4Z8A A; 4HVV A; 3A98 A; 1KIK A; 3I35 A; 5I11 A; 1HSQ A; 4J9C A; 1UTI A; 2GNC A; 2L3S A; 3M0R A; 2VVK A; 1ZUY A; 1NLO C; 4R0K A; 1UHF A; 4LE9 A; 2VKN A; 1AWJ A; 1VA7 A; 2F2X A; 4OMP A; 3EG1 A; 4CC2 A; 1UEC A; 1HJD A; 2RQR A; 1NYF A; 2OJ2 A; 2RF0 A; 1GFC A; 2CH4 A; 2D8J A; 1W6X A; 1PKT A; 2DX1 A; 2B86 A; 1WIE A; 5L23 A; 2MCN A; 2K2M A; 4J9D A; 1KFZ A; 4IIO A; 4RTU A; 2J6O A; 2LQN A; 2EYY A; 2EPD A; 3TSW A; 1ZBJ A; 4ESR A; 2BTT A; 2W10 A; 1PKS A; 1E6G A; 2YUP A; 4F14 A; 1WYX A; 3I5R A; 1FYN A; 2AKL A; 3H0I A; 1M3C A; 1W70 A; 1UGV A; 1Z9Q A; 4E6R A; 1WX6 A; 1ZSG A; 2LNH B; 4JZ4 A; 1UG1 A; 4AG1 C; 1G2B A; 4RTY A; 4D8D A; 1YP5 A; 1JEG A; 1UFF A; 3R6N A; 5I22 A; 2HSP A; 1QKX A; 1UJY A; 3EG3 A; 1UDL A; 3M0P A; 1E6H A; 2LCS A; 1MV3 A; 2KGT A; 2ABL A; 4ZNX A; 3RNJ A; 1AZG B; 1K9A A; 2OI3 A; 3M0T A; 2DIL A; 1QWE A; 1W1F A; 1H3H A; 2EGC A; 2ROT A; 1T0J A; 2H8H A; 2RQU A; 1CKA A; 2KRM A; 2KE9 A; 2FPE A; 4JJD A; 4Y92 A; 3JV3 A; 5FWB A; 2O88 A; 2A37 A; 2D0N A; 2ESW A; 1B3Q A; 4JJC A; 1X6G A; 1JU5 C; 1NLP C; 1K0X A; 1Y57 A; 3REB B; 2J6F A; 4DEX A; 1SPK A; 3UAT A; 2VWF A; 5ECA A; 4AG2 C; 1AWX A; 1X69 A; 1E7O A; 2O9S A; 3H41 A; 1BK2 A; 3VS5 A; 2K9G A; 2GBQ A; 1X2K A; 1VYV A; 2FO0 A; 2KNB B; 2NWM A; 1RLP C; 2O9V A; 1K1Z A; 3UA7 A; 2LJ1 A; 2K7A A; 2KEA A; 1X27 A; 2E5K A; 3LH5 A; 2FPF A; 2EVR A; 4HCK A; 1ARK A; 3IQL A; 2FRY A; 1M8M A; 1UJ0 A; 3I9Q A; 3EG2 A; 4J9B A; 2CRE A; 3O5Z A; 1TUC A; 3PVQ A; 1GBQ A; 1K4U S; 1VYU A; 1S1N A; 2L3P A; 3U23 A; 2YSQ A; 1M3A A; 4FSS A; 4HVW A; 1A0N B; 2EW3 A; 3VRZ A; 2GTJ A; 4OMN A; 5IHN A; 3QWY A; 4Z89 A; 4J9I A; 1SSH A; 2JT4 A; 1CKB A; 1RLQ C; 2L0A A; 2C0T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DZC A; 4A4G A; 2A08 A; 2X9H A; 1M9S A; 3GP8 A; 4F7U E; 1YJN Q; 1WDX A; 4C8Q E; 3LYI A; 1TOV A; 3PT9 A; 4M7D A; 1D0X A; 3CC4 Q; 2DD5 A; 4C92 F; 4JPB W; 4HCB A; 4N0A A; 4N4I A; 3P8B B; 3AT1 B; 4NL3 A; 2ECZ A; 3PIO A; 3OYI A; 1G3S A; 3UT1 A; 4RG2 A; 4F16 A; 3S3O A; 3CCJ A; 2YUQ A; 5D6Y A; 2F69 A; 3JB9 F; 2FG0 A; 3MP1 A; 2E70 A; 4BE0 A; 1RI9 A; 2GCX A; 2DK3 A; 1SKU B; 3QZ9 B; 2NYS A; 4LUD A; 2OAW A; 2J06 A; 2ZPI B; 1VQO A; 3VS1 A; 2KT1 A; 1BCO A; 1AHJ B; 4MZP A; 4ORZ A; 3OYA A; 4VUB A; 2XDB A; 2LQW A; 2KSS A; 5CKD A; 2EGA A; 2M1H A; 2KYB A; 2R58 A; 1YHQ Q; 1YIT A; 2DXB A; 3M4G A; 1SF9 A; 3MHX A; 3PFS A; 2VXF A; 1AWO A; 1NEB A; 1MMG A; 2E64 A; 2YUO A; 1S72 A; 2CZ7 B; 2MIO A; 4HKE A; 2RHX A; 3THK A; 2K6D A; 4JJB A; 1WHG A; 1VQN T; 2BZY A; 4ZN3 A; 5J39 A; 4M7D B; 1KD1 U; 4FYV B; 2OX7 A; 4E2F B; 4JJN K; 4IKF A; 2JTM A; 2G3R A; 3BW1 A; 3A8O B; 1WJS A; 1TG0 A; 3OYH A; 4BY6 B; 2FHD A; 3CD6 A; 1AEY A; 3L2W A; 4M77 G; 2M0Y A; 5IXB A; 1PNJ A; 1SRL A; 2JS0 A; 5IAY A; 3G71 A; 2RMO A; 2QA4 A; 2LQK A; 2IVW A; 1QP2 A; 1ZX6 A; 1IRX A; 1IZ6 A; 2CH4 W; 4B9W A; 2BE7 D; 2VV5 A; 1GRI A; 1YIJ T; 2XU8 A; 3T9N A; 1G83 A; 5GAN 3; 2DYB A; 3CCR T; 2C06 A; 2Y4Y A; 2EJF A; 2QG9 B; 1BU1 A; 3UA6 A; 5A2Q E; 3QDR B; 4K11 A; 4OB2 B; 2FZC B; 1WHJ A; 5CR2 A; 3JB9 I; 1SHF A; 1XOV A; 2L2P A; 3G4S T; 3HP9 A; 2XID A; 2DMO A; 4CRI A; 4LDU A; 1B07 A; 2GF7 A; 3EG0 A; 1OU8 A; 1BKB A; 1Z9Z A; 2ZAE A; 3REA B; 2EBP A; 2V1R A; 1QVG S; 4IUV A; 4HCC A; 2BZ8 A; 1JXM A; 5CO7 A; 3BY7 A; 4M7A G; 1WXU A; 2JVV A; 2CZ0 B; 2FRW A; 3CCL T; 1UGP B; 5IXF A; 3JCM Q; 4A4H A; 5KYY A; 1JQQ A; 1AWW A; 5LJ5 g; 5CKH A; 3CME Q; 1ZUK A; 5GAO l; 3RMQ A; 1I07 A; 2JS2 A; 1SSF A; 5KCO A; 2LT1 A; 1JJ2 P; 1OYX A; 3H6Z A; 1WHK A; 2A0F B; 1NYG A; 2RJD A; 1BB9 A; 3JCM f; 3GLX A; 4M78 E; 1ZSZ C; 3JCM h; 1WQW A; 1C0M A; 4FU6 A; 3VS7 A; 3CC2 Q; 3OMG A; 2K4Y A; 2QI2 A; 4HA8 A; 3M54 A; 1WHH A; 1HD3 A; 1XQH A; 2KT8 A; 4BI4 A; 2O31 A; 4RCC A; 1H92 A; 3P8H A; 2LX7 A; 2LJ3 A; 2QQR A; 4XTX A; 2CSI A; 1VQ4 T; 4GBQ A; 2H3E B; 4RTW A; 4A63 B; 1OX9 A; 2DL5 A; 4PJO C; 5KYW A; 1VQM T; 2LP5 A; 1VQL Q; 4FYY B; 3VS4 A; 1UB4 A; 1RAD B; 5LJ3 d; 3ER0 A; 3E2U A; 3UWN A; 2VC8 A; 5GAM f; 5KYY B; 5L8R E; 1QWF A; 3BFM A; 4XK8 E; 5GAM h; 1U1T A; 3MPU B; 4O5V A; 3QJ6 A; 5EC7 A; 2KK4 A; 2F1L A; 4BI8 B; 2H3J A; 1YJN T; 1YBY A; 4M75 C; 2JMA A; 1IXD A; 3CC4 T; 1QCN A; 2RHU A; 1N5Z A; 3GPL A; 3QZ5 B; 2JJ9 A; 3PVL A; 1X01 A; 3RMS A; 2EWN A; 1QVF S; 4PJO G; 1GCP A; 4RG8 A; 1OUL A; 4Q5W A; 1HYO A; 4LDV A; 1WHM A; 4DEY A; 2M0O A; 2J7I A; 4OMQ A; 1QLY A; 1I81 A; 2P84 A; 4HVV A; 4KUI A; 1N27 A; 5GMK e; 1KIK A; 4JS5 A; 1VQ7 A; 3BDU A; 3I35 A; 2KDS A; 5GMK i; 1QQJ A; 4O6J A; 1M1G A; 3CMA Q; 4J9C A; 5CVI A; 5D6X A; 2B8A A; 2RD1 A; 2X4W A; 3A1P A; 3OW2 A; 1ZUY A; 3JB9 J; 2ZCF B; 3CC7 Q; 5KYW B; 4JS4 A; 1AWJ A; 1MMN A; 1RL2 A; 4YTL A; 2F2X A; 1YHQ T; 3EG1 A; 1MGQ A; 4MDW A; 4CC2 A; 5FU6 C; 1UEC A; 1HJD A; 2RQR A; 4KGX B; 3L2U A; 1YI2 Q; 2V8J A; 1RAE B; 2B86 A; 2X4J A; 5L23 A; 4FYW B; 4M7D F; 1PD1 A; 3G1J A; 4J9D A; 4IIO A; 3QYH B; 2J6O A; 2CYZ B; 2EPD A; 3TSW A; 2OTJ Q; 1PD0 A; 4IUT A; 1LPL A; 3S3M A; 4F14 A; 1WYX A; 1FYN A; 2AKL A; 2QTV A; 2E5Q A; 4X34 A; 4PL6 A; 2MK5 A; 3MCA B; 1G5V A; 4AG1 C; 3QDF A; 4RTY A; 4A4F A; 3V7C A; 1JEG A; 5FLX E; 1UFF A; 4KT0 E; 2JOY A; 2LCS A; 1MV3 A; 1AZG B; 2DXU A; 1OI1 A; 1QW1 A; 4NOY A; 3M0T A; 4MMK A; 3MEU A; 1QWE A; 5HY6 A; 1YJW Q; 1H3H A; 4IUU A; 1UGQ B; 1T0J A; 2H8H A; 2RQU A; 2V8K A; 4XTY A; 4MZM A; 4Y92 A; 1JJ2 S; 3FIF A; 2WSE E; 5LJ3 e; 2KAF A; 4JJC A; 3SWN A; 3CBM A; 3QHS A; 2COZ A; 3RKW A; 2HKQ B; 1PCX A; 2HBP A; 2HNI A; 4XU1 A; 5ECA A; 4AG2 C; 2V26 A; 4DOV A; 1JB0 E; 1E7O A; 1X69 A; 3VS5 A; 2X51 A; 4FW2 A; 5GMK j; 2FO0 A; 2XG8 D; 4M77 A; 2EFI A; 1K1Z A; 3UA7 A; 2K7A A; 3PTA A; 4DBR A; 3RUX A; 2FPF A; 3M53 A; 4ZTF A; 1ARK A; 4XTZ A; 3IQL A; 2FRY A; 1NJI U; 3JRZ A; 1VQ8 A; 3I9Q A; 5LJ5 d; 3L1A A; 3QUI A; 3ASK A; 3CBP A; 2VGM A; 2M9U A; 2L3P A; 2YSQ A; 3EFO B; 4JRP A; 2FVU A; 4HVW A; 3CME T; 2JNG A; 5KYU A; 1VQK A; 5IHN A; 1H64 1; 3QWY A; 4Z89 A; 1Q7Y U; 2EAY A; 1SSH A; 4PFZ A; 3NTK A; 3KBG A; 4JRK A; 1N6A A; 4DBH A; 2RPN A; 2KR3 A; 3ZL7 C; 5GJW B; 4F7U A; 3CCV T; 4C8Q A; 2YXY A; 2E12 A; 4JZ3 A; 3SWN B; 2RQW A; 5C6S A; 4JRI A; 3CCM A; 1WQ7 A; 4E7I A; 2ED1 A; 3CC2 T; 4X9C A; 4MML A; 2YRV A; 2PNI A; 3I55 T; 4HVU A; 3M59 A; 2QQ9 A; 4OMM A; 1TUD A; 3NGP A; 3DB3 A; 4J9H A; 4M7A A; 3NHN A; 2ZPG B; 2E1H A; 1QCF A; 1I4K 1; 2ZZD A; 2HL3 A; 3RDV A; 2QDY B; 2RNA A; 2V8I A; 2RHZ A; 4E7L A; 4C8Q D; 5GAN d; 1QKW A; 5KH6 A; 3G6E Q; 3CXC P; 1BIB A; 1VQL T; 3PGG A; 2LT4 A; 1D1A A; 2CS7 A; 3MKD A; 1G3Y A; 1GCQ A; 3MP8 A; 2NLU A; 2DVJ A; 1KQS A; 2PTK A; 3MO8 A; 2XDD A; 3HFO A; 3VKI A; 3V8K A; 1K0S A; 4AFS C; 5HCK A; 4RKU E; 2L3R A; 1D1C A; 1RAC B; 2DBM A; 4C5G A; 3HSB A; 4F7U B; 4C8Q B; 4XAX B; 4MZT A; 1UEB A; 4C0D B; 1KSW A; 4D8K A; 4OMO A; 2K3Y A; 1OPK A; 2CDT A; 2K79 A; 1TTH B; 1VQP Q; 3JCM V; 1FMK A; 4M7A B; 1PWT A; 3OMC A; 2JW4 A; 1SEM A; 4LDW A; 3CMA T; 1ABO A; 4M77 E; 4PJL A; 3CD6 Q; 2NUZ A; 3C0C A; 3CC7 T; 3PE0 A; 1Y96 A; 1Q7Y C; 3OYM A; 3M9Q A; 1O75 A; 2COW A; 4OB3 B; 3UF4 A; 3OW2 P; 1YI2 T; 8ATC B; 2JTF A; 4C92 C; 2VB6 A; 1LNX A; 2HKN A; 2LDM A; 4GLK A; 3J80 E; 4XTW A; 2CUB A; 2R5M A; 2A36 A; 2PZ1 A; 2R5A A; 3OS2 A; 1YNZ A; 2DL4 A; 2VXE A; 2EQK A; 5GAM e; 2KRO A; 3GBQ A; 2KBT A; 2KRS A; 3H9N A; 2DJZ A; 1IGU A; 3NTI A; 4J83 A; 1VQN A; 4EMK C; 2K5F A; 2F5K A; 1D3B B; 1N9S A; 4BB7 A; 1M1K U; 1GBR A; 5DLQ E; 4CC3 A; 3MEV A; 3P8D A; 1ZBX A; 3VRY A; 4ZGD B; 1NPP A; 2HQE A; 2PUK B; 2DL8 A; 3GNF B; 5I2S A; 1YWO A; 4QKU A; 1M1F A; 3ULR B; 1YJW T; 2KXC A; 3BDL A; 3CCU Q; 2RH2 A; 1SHG A; 4XU3 A; 5GAN e; 4XU0 A; 4M7A E; 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