The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
CGAEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
|
| total genus |
8
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RI9 A; 1TG0 A; 1WA7 A; 1ABO A; 2PZ1 A; 3I9Q A; 3UF4 A; 1SRM A; 2C0I A; 2ECZ A; 2EVR A; 4JZ3 A; 2LCS A; 2DLP A; 1A0N B; 2J6K A; 2RQU A; 1SEM A; 4JPB W; 3QWY A; 4K11 A; 2DX1 A; 4HVU A; 1JU5 C; 4GBQ A; 3EHQ A; 2DE0 X; 1KIK A; 2MCN A; 2FRW A; 2RPN A; 2L2P A; 2EGE A; 1NYG A; 1W6X A; 1WFW A; 2CDT A; 1NG2 A; 4AG2 C; 1VA7 A; 3PE0 A; 4RTT A; 1TUC A; 1JQQ A; 1CKA A; 1KJW A; 2AKK A; 4Z88 A; 2LP5 A; 1OEB A; 2LJ0 A; 1Y0M A; 4OMM A; 2L3Q A; 4JJB A; 1GRI A; 2FRY A; 3H0I A; 4LUD A; 2HSP A; 2KRN A; 3RBB B; 2EGA A; 3TVT A; 2ABL A; 1SRL A; 4ESR A; 1BB9 A; 1YP5 A; 1PRM C; 1WYX A; 3U23 A; 2IIM A; 5IXF A; 1W70 A; 5IH2 A; 2SRC A; 1QKW A; 3SEM A; 2ESW A; 2GTJ A; 2O9V A; 3VS2 A; 2PTK A; 3VS6 A; 3VS5 A; 3NGP A; 2YT6 A; 1NM7 A; 1N5Z A; 2O9S A; 1UTI A; 5IXB A; 3M0T A; 2DL4 A; 2OI3 A; 2RQR A; 3EG0 A; 2O31 A; 2KE9 A; 1H8K A; 1I07 A; 3M0S A; 2JXB A; 2JW4 A; 2KNB B; 1E7O A; 2O88 A; 4OMQ A; 1UDL A; 4OMP A; 2LJ3 A; 2K9G A; 1UFF A; 2F2V A; 2KEA A; 2MIO A; 1PKS A; 2HEQ A; 1T0J A; 2DBM A; 1VYU A; 3NPF A; 1WXB A; 1YN8 A; 4F16 A; 3FJ5 A; 2RQV A; 2B86 A; 2CT4 A; 3ZL7 C; 4KRT A; 1QKX A; 2GGR A; 1K0S A; 2LX7 A; 1YCS B; 4RTW A; 2A36 A; 2VKN A; 1QCF A; 1QWE A; 4RTX A; 3O5Z A; 1HSQ A; 4Y92 A; 5FWC A; 1RLP C; 1OPK A; 3M0P A; 3EG2 A; 2D8J A; 1SSH A; 2AKL A; 1YNZ A; 2GTO A; 2QDL A; 3GBQ A; 5I22 A; 1K0X A; 1CKB A; 1BBZ A; 4EIK A; 1M3A A; 2RMO A; 2DRK A; 2A37 A; 3SHW A; 2BZ8 A; 2KYB A; 1ZUU A; 2K2M A; 2A08 A; 1UUE A; 3NMZ C; 2V1Q A; 1EFN A; 1GBR A; 1NLP C; 1WLP B; 1TUD A; 3VS0 A; 3JV3 A; 2V1R A; 3R6N A; 4A63 B; 2GNC A; 2JT4 A; 4F17 A; 3UA6 A; 1FYN A; 3I35 A; 2J05 A; 1AWW A; 2FO0 A; 2D8H A; 2RQT A; 2CUB A; 1CSK A; 1GL5 A; 1M30 A; 4DEX A; 2DIL A; 1Z9Z A; 2KT8 A; 1SPK A; 1GFD A; 2LMJ A; 1OPL A; 2RF0 A; 1OV3 A; 1G83 A; 1NYF A; 1ZX6 A; 3I5R A; 3REA B; 2YSQ A; 4CC7 A; 1NEB A; 1K76 A; 2EYW A; 2J7I A; 2JTE A; 3VS4 A; 4OMO A; 3H0F A; 3I5S A; 2D0N A; 1UGV A; 4HVV A; 1E6G A; 1MUZ A; 3VRY A; 3KFV A; 1NLO C; 5I11 A; 1JXO A; 2KR3 A; 1GCQ A; 2LQN A; 2EW3 A; 3EGU A; 1BK2 A; 4QT7 A; 1AVZ C; 4HCK A; 2C0T A; 4LUE A; 1PWT A; 2RN8 A; 1K4U S; 3VRZ A; 1AD5 A; 2FPE A; 3EG3 A; 4JZ4 A; 1S1N A; 4CC2 A; 4AFS C; 1GCP A; 3TSW A; 1MV0 B; 2K3B A; 2M0Y A; 1W1F A; 1HD3 A; 4J9G A; 1PHT A; 4J9D A; 2AZS A; 2CSI A; 3PVQ A; 2YUQ A; 4RTV A; 5L23 A; 1ZLM A; 4RTZ A; 1JXM A; 2KXC A; 1UJY A; 1T0H A; 4R0K A; 1M8M A; 1AZE A; 3M0R A; 1WI7 A; 2FG0 A; 4AFU C; 4Z8A A; 3NHN A; 1PNJ A; 2JS0 A; 2XMF A; 2OJ2 A; 1J3T A; 2EQI A; 3LH5 A; 1AZG B; 4RUG A; 1NEG A; 4WCI A; 1OOT A; 1BU1 A; 1T3L A; 1UE9 A; 2HCK A; 2DL8 A; 1PRL C; 2KBT A; 2A28 A; 2YUO A; 3UA7 A; 1UJ0 A; 4LN2 A; 4DEY A; 1U06 A; 2H8H A; 4ZNX A; 1GFC A; 2KGT A; 2L3S A; 2FPF A; 3VS1 A; 1PKT A; 1U5S A; 1ABQ A; 1AOJ A; 2L0A A; 4GLM A; 3THK A; 2GBQ A; 1GCQ C; 2DNU A; 2NWM A; 2PNI A; 2X3W D; 2JM8 A; 3A98 A; 2CH4 W; 2BZY A; 4RTU A; 2CUD A; 1H92 A; 1AWX A; 1IO6 A; 2C0O A; 1UHF A; 2J6F A; 4JJC A; 2P4R A; 1H3H A; 1GBQ A; 2G6F X; 2DRM A; 1RLQ C; 2KRO A; 3TSZ A; 2LNH B; 3ULR B; 1G2B A; 4J9E A; 4LE9 A; 4HVW A; 1X2K A; 1KSW A; 2RNA A; 4M4Z A; 4AFQ C; 2EYZ A; 1UEC A; 5FW9 A; 1WIE A; 2DMO A; 2DJQ A; 2YUN A; 3C0C A; 4J9C A; 1JO8 A; 2BTT A; 4AG1 C; 1LCK A; 1RUW A; 2AZV A; 1B07 A; 2DF6 A; 4HXJ A; 2MOX A; 5HCK A; 5FWB A; 5IHI A; 2W10 A; 2J06 A; 2AK5 A; 2JMA A; 4OML A; 2I0N A; 1YWO A; 4J9I A; 2EPD A; 4J9H A; 5EC7 A; 3REB B; 1XOV A; 1M3B A; 1M27 C; 4LNP A; 1VYV A; 1WX6 A; 1T3S A; 1K9A A; 3H41 A; 2NUZ A; 3UAT A; 1AWJ A; 3H0H A; 5ECA A; 3VS7 A; 2KRM A; 2K7A A; 2ROL A; 2CSQ A; 1SHF A; 3IQL A; 1ZSG A; 1WXU A; 4D8D A; 2L3P A; 2JMC A; 1QLY A; 1VYT A; 2YUP A; 1YWP A; 2LQW A; 3CQT A; 2DYB A; 2E5K A; 2HBW A; 2VWF A; 4IIM A; 4RTY A; 1QWF A; 4OMN A; 2LJ1 A; 1UG1 A; 1X69 A; 1E6H A; 1B3Q A; 1K1Z A; 2M51 A; 2YDL A; 2DL7 A; 1AEY A; 1U3O A; 1ZUK A; 2KT1 A; 4ORZ A; 2K6D A; 2F2W A; 1X6G A; 2KRS A; 2EYY A; 2DM1 A; 2LZ6 B; 2DA9 A; 1SHG A; 2EBP A; 2BZX A; 1HJD A; 1MV3 A; 2ED0 A; 4E6R A; 4X1V A; 1WXT A; 3M0Q A; 3QWX X; 2OAW A; 2KXD A; 2J6O A; 1I0C A; 4D8K A; 2DVJ A; 1ARK A; 4CC3 A; 4FSS A; 1V1C A; 4Z89 A; 5IHN A; 3M0U A; 1ZUY A; 1X6B A; 2FEI A; 2K79 A; 2RQW A; 4J9B A; 2CRE A; 1JEG A; 4J9F A; 2W0Z A; 1Y57 A; 1ZBJ A; 2GQI A; 4F14 A; 2JM9 A; 3PVL A; 2CH4 A; 1Z9Q A; 1M3C A; 2DL3 A; 2X3X D; 3RNJ A; 2ED1 A; 2HDA A; 4AFZ C; 5GJV B; 2JS2 A; 4JJD A; 3EHR A; 1X27 A; 4IIO A; 1X2Q A; 3VS3 A; 1AWO A; 1X43 A; 4CC4 B; 1KFZ A; 2CT3 A; 2D1X A; 2SEM A; 2EKH A; 2VVK A; 1UHC A; 2DBK A; 2DL5 A; 2O2O A; 5IHK A; 2EYX A; 1I1J A; 2F2X A; 2EGC A; 2FPD A; 1FMK A; 5GJW B; 1WDX A; 2ROT A; 2KYM A; 2ENM A; 3EG1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CKE A; 1S72 Q; 1M8V A; 3CC7 A; 3HFO A; 3SD4 A; 2RQU A; 2M02 A; 1SEM A; 1VQM Q; 4JPB W; 3QWY A; 1UGQ B; 1JU5 C; 3MCA B; 3EHQ A; 2DE0 X; 2MCN A; 1MND A; 2RPN A; 2L2P A; 3X24 B; 2EYQ A; 4C92 C; 3OW2 P; 2Z0W A; 1NG2 A; 2WSE E; 4RTT A; 3M54 A; 1IB8 A; 2MWP A; 2DTO A; 2P0P A; 3TRE A; 1VQK Q; 1RL2 A; 4KGZ B; 1QP2 A; 1VQP T; 4E7L A; 1GRI A; 4LUD A; 2HSP A; 4KGV B; 3RBB B; 1OYX A; 3OYI A; 2FVU A; 2HAX A; 5LJ3 d; 5GAM h; 1BB9 A; 2WSC E; 4XU0 A; 2CP2 A; 1PSF A; 5DY9 A; 3H8Z A; 1YJW T; 4N4I A; 3CEY A; 3G4S T; 2FZC B; 2YT6 A; 4M78 D; 1NM7 A; 3JCM W; 4XQ3 A; 1VQN T; 2D6F A; 5GMK j; 2ZGW A; 1YHQ T; 2KE9 A; 4ZGE B; 1G8X A; 1BCO A; 1TUG B; 3GOX A; 4X9C A; 2M9U A; 2HL3 A; 1QVG S; 2JW4 A; 1UDL A; 4M7D F; 4OB0 B; 4OMP A; 4IUR A; 2KEA A; 3M5A A; 1PKS A; 4C8Q D; 3G6E Q; 3OMG A; 1K9M C; 1K8A C; 2QEX A; 2RQV A; 2B86 A; 1RAA B; 2LQK A; 2GFA A; 1MGQ A; 2MAM A; 5LL6 S; 2DK3 A; 1F1B B; 3VKI A; 2K5I A; 3I56 A; 3JB9 D; 2F1L A; 2F69 A; 5FRN A; 5GAN 8; 1UGP B; 2EQK A; 1RLP C; 4Y92 A; 4MDX A; 1XNI A; 1YJW Q; 2D8J A; 3L2Q A; 3QPH A; 2QDL A; 5GAO p; 4Y28 E; 1O75 A; 3RKX A; 4J5Y A; 3GPL A; 1VQN Q; 2KAF A; 1KC8 U; 3DB3 A; 3CD6 T; 3SHW A; 5A0D A; 2K2M A; 2CYZ B; 3OYY A; 2X9H A; 3R6O A; 4MDW A; 3HTR A; 2RJD A; 2V1R A; 2X4J A; 5CVI A; 3L42 A; 1N9S A; 3CCE A; 2JT4 A; 4AMC A; 3M59 A; 1BYM A; 4LDU A; 1FYN A; 1VOM A; 2FO0 A; 4DBQ A; 2CUB A; 1GL5 A; 4KH0 B; 1M30 A; 3CME Q; 1Z9Z A; 2KT8 A; 3TEE A; 1GFD A; 5KE2 A; 1D1A A; 3I5R A; 1NYF A; 3HRU A; 5GAM e; 2HBP A; 2OTJ T; 3BW1 A; 4CC7 A; 1NEB A; 3VS4 A; 2X4X A; 3H0F A; 4QQG A; 3SWN A; 4ELZ C; 1MUZ A; 3VRY A; 3M4Y A; 5CKD A; 2MMP A; 3VUB A; 1JXO A; 1M1K C; 3JCM d; 1BK2 A; 2C0T A; 2RN8 A; 1YI2 T; 2FPE A; 5GAN j; 4C0D C; 1WHG A; 2LX9 A; 3OYL A; 3P8B B; 1GCP A; 3TSW A; 1ZA2 B; 2M0Y A; 1HD3 A; 2FZG B; 2AZS A; 2CSI A; 4L5G A; 1K9M R; 1K8A R; 3GP8 A; 5L23 A; 1WHH A; 2B8A A; 1JXM A; 1KQ1 A; 3LX7 A; 2KXC A; 1T0H A; 3M0R A; 1WI7 A; 2EAY A; 4AFU C; 5CR2 A; 2JOY A; 2Y90 A; 3NHN A; 1VUB A; 2XKO C; 1RAB B; 2XHC A; 2NUP B; 1P92 A; 3J7A F; 4R56 A; 4KBM B; 1AZG B; 4RUG A; 1NEG A; 2E5Q A; 2CP0 A; 3HRT A; 1N8R C; 4OMF B; 3CXC A; 2O4X B; 2NYS A; 2VUB A; 1T3L A; 1PRL C; 1VQP A; 2M0O A; 1IRX A; 1D0Z A; 4EMG A; 1UJ0 A; 1U06 A; 4A4F A; 5DLO A; 2BKD N; 1U5S A; 4M7A C; 4QW2 A; 3OYM A; 2YLB A; 2L8D A; 1YJW A; 2L0A A; 3G1J A; 2QQB A; 2DNU A; 5LJ3 f; 2JTF A; 1BIB A; 3TCJ A; 3A98 A; 2PVD B; 3EGX B; 3G4S A; 1VQ6 T; 2HD0 A; 1AWX A; 1IO6 A; 3UT1 A; 2J6F A; 4EMK C; 1VQN A; 2X51 A; 2FB7 A; 1H3H A; 4ZN1 A; 1YHQ A; 4MZP A; 3V7S A; 3V7C A; 3FEO A; 3TSZ A; 2KY9 A; 1RAC B; 3LWH A; 9ATC B; 4LE9 A; 5LJ5 e; 4ZGD B; 5GAN f; 5FW9 A; 1WIE A; 3N5B B; 2DMO A; 3C0C A; 5GAN 7; 3QJY A; 1JO8 A; 4AG1 C; 2AZV A; 6AT1 B; 3OW2 A; 2MOX A; 3X28 B; 3PIP A; 2CP7 A; 2O01 E; 4M77 A; 2QGF B; 1M1K R; 4ZTJ A; 4J9H A; 1XOV A; 1M27 C; 1K9A A; 2NUZ A; 1TWB A; 4M7A A; 5GMK m; 3I55 Q; 2E10 A; 3EG9 A; 3SB2 A; 1KQS P; 2CKK A; 1ZSG A; 1VQ7 Q; 3ZEH A; 3EFR A; 4RCB A; 1YIT Q; 4JS4 A; 1PC0 A; 1EX4 A; 2L3P A; 2JMC A; 1VQ6 Q; 4EMK A; 2RHU A; 1YWP A; 1XQH A; 4IKF A; 2DZC A; 2HBW A; 2WAC A; 4IIM A; 3VUZ A; 3BDU A; 2EKO A; 5C0M A; 3CD6 A; 3E9F A; 2RHZ A; 4KUD K; 2QA4 Q; 1B34 B; 4M77 E; 1QVG P; 3UPU A; 2DTI A; 3OS0 A; 3MP6 A; 4J8O A; 1AT1 B; 2F2W A; 2DIG A; 1KHI A; 4C5G A; 2GCX A; 1N8R R; 3CPF A; 5GAN 4; 2LZ6 B; 2YXY A; 2E12 A; 4M7A E; 2EBP A; 2EIF A; 1MV3 A; 2EJF A; 4MMK A; 3C95 A; 4XAX B; 2PUO B; 3MP1 A; 2LCL A; 2DXT A; 2QAS A; 4O6J A; 5GAO m; 2OAW A; 2AT1 B; 5FU7 C; 3CC4 A; 1ARK A; 2LC4 A; 4VUB A; 4JRI A; 3FIF A; 4Z89 A; 1QQJ A; 1RAD B; 1X75 C; 2OTL Q; 2OTJ A; 1ZUY A; 4FU6 A; 8ATC B; 1BI2 A; 3QO3 A; 2FEI A; 4J9B A; 3FB9 A; 4F14 A; 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3OYN A; 4FT4 A; 2JZ2 A; 1VQ8 Q; 2OI3 A; 3EG0 A; 2EQM A; 3OYK A; 4L59 A; 2O31 A; 2QQ9 A; 1S72 T; 1H8K A; 5KYW A; 1VQM T; 1I07 A; 4JLG A; 4DBF A; 4PJM A; 3M0S A; 2JXB A; 2KNB B; 3CC2 Q; 1E7O A; 5C6S A; 2JTM A; 2NUT B; 2QQR A; 3QKJ A; 4C8Q C; 3JB9 J; 2RHX A; 2HEQ A; 4FYV B; 2L5Q A; 1WXB A; 1YN8 A; 4J6X A; 4F16 A; 1TSF A; 1WJQ A; 2F5K A; 4MZM A; 5CKB A; 1VQK T; 2LX7 A; 4J7I A; 2RK2 A; 4NL3 A; 2NUT A; 5FLX E; 3H6Z A; 3PMI A; 5A0L A; 4IUV A; 1TH7 A; 1WHL A; 3WVE B; 5FWC A; 3JCM J; 3A8L B; 1IHW A; 1KG1 A; 1VIE A; 4C5I A; 3EH2 A; 3Q1J A; 4M78 A; 1FWZ A; 5CAI A; 4QVC A; 4F04 B; 5D7U A; 1SSH A; 4RG2 A; 2VV5 A; 1AHJ B; 4II1 A; 3GBQ A; 1K0X A; 4PJO D; 4A53 A; 2CP6 A; 3RUX A; 2RMO A; 1TU0 B; 2IG0 A; 1TTH B; 1ZUU A; 4E2F B; 1UUE A; 5CO7 A; 3NMZ C; 3OB9 A; 1M90 U; 5IT9 E; 1R8O B; 3NTH A; 1WLP B; 4A54 A; 3CCM Q; 4C8Q A; 1TUD A; 3VS0 A; 2HL5 C; 2BE7 D; 3R6N A; 4BE0 A; 4OB2 B; 4BB7 A; 1MNE A; 2GNC A; 1LNX A; 1OZ3 A; 4F17 A; 1RI0 A; 1D0X A; 3G6E T; 1KC8 R; 1RAF B; 4M78 E; 2FYK A; 2RQT A; 1FMV A; 4ZN3 A; 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