The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCQ Q; 1Q86 R; 3CMA Q; 1YJN Q; 1QVF P; 1VQ5 Q; 3CCR Q; 1NJI R; 1M90 R; 3I56 Q; 1K73 R; 1KC8 R; 1VQK Q; 2OTL Q; 1VQ7 Q; 1W2B P; 1K9M R; 3OW2 P; 3CC7 Q; 3G4S Q; 3CCU Q; 1Q7Y R; 1VQN Q; 2OTJ Q; 1VQ9 Q; 1YJ9 Q; 1VQ6 Q; 2QEX Q; 3CC2 Q; 1YHQ Q; 1VQ4 Q; 1M1K R; 3CME Q; 1K8A R; 1Q81 R; 1N8R R; 3CCM Q; 3G71 Q; 1KD1 R; 1YJW Q; 1VQL Q; 3CPW P; 1VQM Q; 1VQO Q; 1VQ8 Q; 3CCV Q; 1Q82 R; 2QA4 Q; 3CCS Q; 3I55 Q; 1VQP Q; 1JJ2 P; 3CC4 Q; 3G6E Q; 1YI2 Q; 1YIJ Q; 1YIT Q; 1S72 Q; 1KQS P; 3CXC P; 3CCJ Q; 3CCE Q; 1QVG P; 3CD6 Q; 3CCL Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQ5 T; 3HHT B; 4NL3 A; 5M9O A; 3OS0 A; 3OYE A; 3M54 A; 1NJI C; 3MCA B; 2X51 A; 2M02 A; 2HMA A; 1M1K R; 1KQS S; 3OMG A; 2DTO A; 1FMK A; 2ZPF B; 3DB4 A; 3JCM g; 4J9G A; 4RTW A; 5I11 A; 3CD6 T; 3V8L A; 3CCJ Q; 4IIO A; 4J83 A; 1Q86 R; 3I56 T; 1I8F A; 2VB6 A; 3KUF A; 1UEC A; 3OQ5 A; 2EQI A; 2RI5 A; 2VVK A; 5D6Y A; 4A4E A; 1F1B B; 2DXC A; 1MGQ A; 2V8J A; 1QVG S; 5KE2 A; 3NHN A; 3SEM A; 3QO3 A; 1H92 A; 4M77 C; 2AZS A; 3QWY A; 3EFR A; 3VUZ A; 2K7A A; 2P4R A; 4PJJ A; 3HPW A; 1IHV A; 3EG9 A; 2D8H A; 4M4Z A; 4MDW A; 3EFS A; 1WXT A; 3JCM P; 4F7U F; 2LJ0 A; 2RQT A; 1VQL Q; 2A28 A; 4N4H A; 2XID A; 2QA4 Q; 3C94 A; 2HKN A; 2KQW A; 1B3Q A; 3H9N A; 3UA6 A; 5D6W A; 2VUB A; 1Y96 B; 2YT6 A; 2WAC A; 3CXC P; 1MMA A; 2BZX A; 2DL8 A; 3VS7 A; 4J9D A; 1IZ6 A; 2F2W A; 3CBP A; 1WFW A; 3KXT A; 3M57 A; 3LX7 A; 2QEX T; 4JUV A; 1G3S A; 1K4U S; 4EMK B; 3GBQ A; 2K2V A; 4CC2 A; 2CZ7 B; 2FPF A; 1YIT Q; 2EGA A; 1RAG B; 1E6H A; 1WJS A; 1WA7 A; 3JCM e; 4FW2 A; 1VQ6 T; 1WZO A; 3F70 A; 4J9E A; 5IXF A; 2AKL A; 2KRM A; 1I5O B; 3RMQ A; 2NYS A; 4M7D D; 1Y7X A; 2LCS A; 1H8K A; 1VOM A; 5C6S A; 3OYF A; 1LCK A; 1TUD A; 4KGZ B; 3SWN B; 2YDL A; 2RQV A; 2DL5 A; 2COZ A; 5DY9 A; 3CCJ A; 2DBK A; 2DAQ A; 1H3Z A; 4X9D A; 1WQ7 A; 1VQN A; 4KUD K; 2V8K A; 1WHH A; 2C0O A; 3QWX X; 2RI3 A; 1PM3 A; 4ATO A; 4MZM A; 4GY5 A; 2FZC B; 2CT3 A; 5LJ5 j; 2PVO B; 2JS0 A; 4F7U E; 2J6F A; 1NEB A; 1B34 A; 5FRN A; 1C0M A; 5IHK A; 2DER A; 1AZG B; 3MEV A; 1KC8 C; 1JXO A; 4ME7 A; 2ZCF B; 2FEI A; 2ROL A; 4JLI A; 4KBM B; 1D3B B; 1RAC B; 3VUB A; 4E7J A; 1YJW Q; 2DK3 A; 3I55 T; 3ZEH A; 2EAY A; 2LDM A; 2V1Q A; 4XTX A; 2JTF A; 4HXJ A; 4D6W A; 4KUL A; 1N9R A; 1Z9Z A; 4C8Q D; 4PJL A; 1G2B A; 1UGP B; 1QVF P; 4ZN3 A; 2QA4 A; 5L23 A; 3X28 B; 2YUN A; 1YJ9 Q; 1JEG A; 2EFI A; 2X35 A; 1ZUY A; 2E6N A; 2JTE A; 3MEW A; 3CCV T; 1IRX A; 3H6Z A; 2QYZ A; 1G3W A; 1K9M U; 2LJ1 A; 4BAC A; 2C0I A; 5IT9 E; 1S72 Q; 3EFO A; 3H41 A; 4E7I A; 4KGV B; 3CCL Q; 4HCB A; 4C5E A; 4CI0 C; 2D8J A; 2EPD A; 4QVD A; 4M7D E; 1M2V B; 3A1P A; 3M55 A; 1QCN A; 1YIT A; 3CC2 Q; 3G71 T; 2AHJ B; 1N5Z A; 2LQ8 A; 1ZX6 A; 3VS3 A; 1RUW A; 1M27 C; 3M0P A; 3CCR A; 2CP7 A; 4O5V A; 1VQM Q; 3EGD B; 1VQ8 Q; 2H8H A; 4OB1 B; 5GAN d; 1YIJ T; 3OMC A; 3A8M B; 3L2W A; 2KSS A; 2YWW A; 3GNF B; 3H0F A; 2HQX A; 2EVR A; 5GAM h; 1QLY A; 1PHT A; 4ELY C; 2K5F A; 1WI7 A; 2P0Q A; 1NPR A; 5I2M A; 3CCM Q; 4RTU A; 1NYF A; 1PD0 A; 2MWP A; 3OYI A; 1M3A A; 1VQ9 A; 1YI2 T; 4JJN K; 2EQK A; 1PSE A; 2MYS A; 1NEG A; 5FU6 B; 5GJV B; 2GQV A; 1BBZ A; 3OSS C; 4PFO A; 2Z0W A; 1BCM A; 1WXU A; 3M9Q A; 4C8Q E; 3MO8 A; 4A53 A; 4DEY A; 2EYQ A; 3M5A A; 4F17 A; 3EAE A; 4HVU A; 2DX1 A; 1EZZ B; 4RKU E; 1YJW A; 2BZY A; 3CMA Q; 3V7S A; 1X01 A; 2RD1 A; 2RHI A; 3X24 B; 1JJ2 A; 2DJZ A; 4HA8 A; 2KNB B; 2GNC A; 3NTK A; 1V76 A; 1KFZ A; 3JCM Q; 4LDW A; 4XTW A; 2RJE A; 2OX7 A; 3ULR B; 5FRM A; 1WHM A; 2LC4 A; 4LD6 A; 1I5L A; 1WQW A; 2BE9 B; 5DLQ E; 1IRE B; 3JCM W; 1QKX A; 2G6F X; 1K9M R; 3PIP A; 1S72 A; 1K73 C; 1ARK A; 4AFS C; 1HD3 A; 1LPL A; 2QDY B; 4BD3 A; 3PIO A; 2ZAE A; 3FEO A; 1W70 A; 4L59 A; 2CRE A; 2K3Y A; 2A7Y A; 4RMO A; 3I9Q A; 2HEQ A; 2EYX A; 1VQM A; 1XTD A; 1VQ8 A; 2O4X A; 3A8O B; 2B86 A; 2EJ9 A; 3CC7 Q; 4FYX B; 2HZY A; 5EG2 A; 5KCO A; 4IKF A; 5KYN A; 3LGF A; 4BE2 A; 5GAN 5; 4QQD A; 3LH5 A; 1OV3 A; 4YTL A; 4FIB A; 1XQH A; 4JJC A; 1JB0 E; 1MMN A; 2DET A; 4N0A A; 1D1A A; 1WLP B; 4NOY A; 3MET A; 1DJ7 B; 3A8H B; 1TUC A; 4M7A B; 1Y0M A; 3G7Z A; 2KBT A; 5I21 A; 1C6V X; 3H0H A; 4F7U G; 1MMG A; 1YHQ Q; 2DVJ A; 1LVK A; 2RHZ A; 2EYY A; 4Z02 A; 3JCM h; 4WTO B; 1HK9 A; 3M0R A; 2E3H A; 4J6Y A; 5J26 A; 1VQP Q; 2E65 A; 2CGH A; 1Y71 A; 3P8D A; 5GAM j; 1FX7 A; 4BY6 B; 2DLP A; 2QG9 B; 2R5A A; 3CBO A; 2M9U A; 3CME T; 3HRS A; 5GAN 3; 2MPX C; 1ZSZ C; 1M1G A; 4BY6 C; 1JXM A; 3VJP A; 1AWO A; 2COW A; 4AG1 C; 2VWF A; 5GMK j; 2NLU A; 1SF9 A; 3NMZ C; 1U5S A; 4LDU A; 2LNH B; 3CCU T; 4A63 B; 2VGM A; 1EFN A; 1WNL A; 2LCL A; 4PJM A; 4E7K A; 4M7D G; 4C0D B; 2W10 A; 2CH4 W; 3CXC A; 4PFZ A; 3KBG A; 3UF4 A; 2RHX A; 1GBQ A; 2CP5 A; 3V7C A; 2PVG B; 4IUT A; 4KH1 B; 2KR3 A; 1Q7Y U; 4EPC A; 3EGU A; 2PZ1 A; 3RER A; 4GBQ A; 1IHW A; 5L8R E; 4OVA A; 2OTJ Q; 1SPK A; 1W4S A; 3CXC S; 4OP0 A; 1SHG A; 2DKG A; 4PLI A; 3QSU A; 3VYH B; 1LNX A; 1SSF A; 2QXF A; 4Z88 A; 3G6E Q; 3OYB A; 1PKS A; 5GAO q; 4D8D A; 4C92 E; 2RPN A; 1NE8 A; 1JQQ A; 2DZC A; 1K76 A; 1XOV A; 2EBP A; 2YUQ A; 4Q5W A; 1VQO T; 3LH0 A; 3LYI A; 4A4F A; 2VV5 A; 4DOV A; 3OY9 A; 1JJ2 P; 2P4T A; 4C8Q G; 2JXB A; 1WPY A; 5KYU A; 2VGN A; 4E47 A; 3FDR A; 3JCM f; 2EJG A; 2DXT A; 1VQP A; 2KDS A; 5CKB A; 1YCY A; 2DE0 X; 3CD6 A; 2DD4 A; 3EHR A; 2V1R A; 4IUU A; 2C0T A; 5A0D A; 3I56 A; 5I22 A; 3CC4 T; 2EGE A; 4M78 B; 3RBB B; 1UTI A; 2RK1 A; 1OYX A; 8ATC B; 4JRQ A; 1TU0 B; 3EH2 A; 3JCM V; 1X69 A; 3VS4 A; 4F04 B; 1UGQ B; 2L0A A; 3E9G A; 2BIV A; 4M78 C; 1FMV A; 5LJ3 d; 2Y4Y A; 2NUT A; 1S1N A; 1I81 A; 3MJX A; 2G3R A; 1IGQ A; 4RTZ A; 5GAN g; 4PJO C; 3EHQ A; 4RTV A; 1E7O A; 1BK2 A; 3GIB A; 1GBR A; 1K8A U; 2QGF B; 4RUG A; 4CC7 A; 1ZA1 B; 5IN1 A; 1Q7Y R; 2HBW A; 2K3B A; 5A2Q E; 2RJD A; 2VXE A; 1OUL A; 1Y07 A; 2RQU A; 3OYD A; 1QVF S; 2RJF A; 4K11 A; 2OTJ A; 2QEX A; 4M75 A; 1OQK A; 3MPU B; 5FRO A; 2QQB A; 2LX9 A; 4IIM A; 2JMC A; 3EGX A; 4KGX B; 4M75 F; 3X20 B; 4M75 D; 2KE9 A; 3G6E A; 5EC7 A; 5HY6 A; 1VQN Q; 1D1B A; 2KT1 A; 2V8I A; 3M0U A; 1M90 C; 4OB2 B; 1VQ4 T; 2D6F A; 4LDY A; 2YSQ A; 4DBR A; 2DA9 A; 2F2V A; 2ZPE B; 4BE1 A; 3VS0 A; 3EG9 B; 4EMH A; 1VA7 A; 1OX8 A; 1VQ6 A; 3M56 A; 1GL5 A; 3SDZ A; 4Z89 A; 1QVP A; 2ECZ A; 2EWN A; 1A0N B; 4F7U A; 1BU1 A; 1I0C A; 1VQ7 T; 3QJY A; 1M30 A; 4RG2 A; 4DBF A; 2D1X A; 2M1H A; 3PFS A; 4LN2 A; 1GCQ A; 3LLR A; 4ZGD B; 2Y4X A; 1BI2 A; 2E10 A; 5HK3 A; 1K0S A; 2AT1 B; 1V29 B; 2RI2 A; 4M77 A; 4GLM A; 2FZK B; 2DL7 A; 2JZ2 A; 2VXF A; 1Q82 C; 4JZ4 A; 2NUP A; 3ZBD A; 3WVD B; 2A36 A; 1KJW A; 1N8R U; 5C0M A; 2F2X A; 4L6V 5; 4M77 F; 4FYV B; 3RNJ A; 1VQK T; 3QYH B; 4M77 D; 4Y92 A; 3TSW A; 3J81 E; 3MHX A; 5GAN e; 2LRQ A; 2CUD A; 3JB9 J; 3JCM J; 1YWP A; 1FYN A; 3BFM A; 2D0N A; 1NJI U; 1Z9Q A; 1WJR A; 1KG1 A; 3QBY A; 2J05 A; 3NGP A; 4EMK C; 2RMO A; 3G1J A; 3CCE Q; 2L5Q A; 3CCR Q; 4A4G A; 1NBE B; 4IUQ A; 4M7D A; 3OYL A; 5CIU A; 2HD0 A; 2EQJ A; 1Y96 A; 2PQW A; 2PVD B; 4EMG A; 1K8A R; 4M7D F; 3JB9 I; 2YUP A; 3OYJ A; 5KYX B; 3OA6 A; 3JCM X; 3MP6 A; 4M75 E; 4RCB A; 3RMS A; 1BIA A; 3HSB A; 3REA B; 1WHJ A; 3UWN A; 4ELZ C; 4B9X A; 5IAY A; 4LUE A; 4C92 G; 2I0N A; 1VQ9 Q; 2A0F B; 1CSK A; 1B34 B; 3SWN C; 2IIM A; 1UGS B; 3A5Z B; 1KD1 C; 1C1A A; 4ESR A; 2HQH A; 1YJN T; 2ZZD A; 1T3L A; 1WDX A; 1Q82 U; 3G4S T; 2AIR B; 2GQI A; 2CS7 A; 2NWM A; 4J7I A; 2L8D A; 2J7I A; 2MF2 A; 1T0H A; 3RKX A; 1CKA A; 3SFM A; 4C8Q A; 2K3X A; 2MMP A; 5J3B A; 4C5G A; 4M77 E; 3GOX A; 4WCI A; 4R56 A; 2IPO B; 3CCQ T; 4C8Q F; 4QQG A; 2E3I A; 1RI9 A; 1BKB A; 2EIF A; 4XTU A; 2OTL Q; 2QQS A; 1BIB A; 2FHD A; 1SG5 A; 4FU6 A; 3CPF A; 1N8R R; 2OAW A; 2X9H A; 2EQM A; 2VAS A; 2DXU A; 2KT8 A; 2XMF A; 3M0T A; 4A4K A; 5KCH A; 1KQS P; 2V26 A; 3OYM A; 1V1C A; 1KQ1 A; 2EQU A; 4DQ2 A; 4MDX A; 2OAU A; 1QP2 A; 1NJI R; 2FG0 A; 3JV3 A; 3O8V A; 5HK0 A; 3CCE A; 1TG0 A; 4J9B A; 1WHL A; 2HAX A; 4JS5 A; 3QHS A; 3D7S B; 4PLL A; 5LJ3 f; 2BKD N; 3CCJ T; 4O6J A; 1MV3 A; 1VYV A; 4JZ3 A; 3FJ5 A; 4B6M A; 1M1F A; 1TWB A; 1NPP A; 2K5L A; 2K2M A; 1AZE A; 1AVZ C; 4FL6 A; 5CK9 A; 3QKJ A; 1Q81 C; 1YP5 A; 2RQW A; 2D9T A; 1KC8 U; 3GF5 A; 2M0Y A; 1UB4 A; 2CP3 A; 4KH0 B; 1UHF A; 5FWC A; 1H64 1; 3JAM E; 5IXB A; 1QW1 A; 2JS2 A; 3A8L B; 2J6O A; 3VKI A; 4AFU C; 1W2B P; 1I07 A; 1VQL T; 1D09 B; 1NM7 A; 2K6D A; 3OSV A; 3R6N A; 5FU6 C; 2QA4 T; 1OZ2 A; 1RAF B; 1Q82 R; 3PTA A; 3JCM c; 3OYN A; 5GMK i; 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2LVM A; 4OB3 B; 5LJ3 e; 3GNG A; 3HTR A; 3CEY A; 2O9S A; 1WIE A; 4LDV A; 3CD6 Q; 2DRK A; 4M77 G; 3N5B B; 1RI0 A; 2RF0 A; 1TTH B; 3I56 Q; 2KRN A; 1U3O A; 1Q86 C; 3HFO A; 2NUZ A; 2M51 A; 3FJP A; 2R5M A; 4VUB A; 4CC4 B; 1YJ9 T; 2CZ6 B; 3C95 A; 4N4G A; 1T0J A; 4HT8 A; 5LL6 S; 2K4Y A; 2RH2 A; 4BI3 A; 3I35 A; 2HL5 C; 2EYZ A; 5CKF A; 3SD4 A; 3PNW C; 1K73 U; 1K1Z A; 1S72 T; 3CCL T; 4QVC A; 2YHT A; 1GRI A; 1SHF A; 4KUI A; 1G8X A; 2XIC A; 2O2O A; 3GPL A; 3CC2 T; 4CRI A; 2ZPI B; 2KXD A; 1AHJ B; 1ZHI A; 2RNA A; 1VQM T; 1VQ8 T; 1GCP A; 1ZSZ A; 3VRY A; 5FW9 A; 2KK4 A; 3TQ7 P; 2LP5 A; 4DOW A; 4UC4 A; 4PKC C; 4JPB W; 2EKH A; 2E6Z A; 5KYW A; 5CQY A; 3QJ6 A; 4C0D C; 1N27 A; 3UDC A; 2EKO A; 1JRI A; 4ZN1 A; 1UUE A; 5LJ5 d; 3CCS A; 3RUX A; 1KHC A; 3JB9 F; 2L2P A; 3JB9 D; 2DPP B; 2F1L A; 2AK5 A; 2QEX Q; 2F69 A; 3CCM T; 1SKU B; 2HQE A; 1M8M A; 4XU0 A; 4DBQ A; 1AWX A; 3OB9 A; 1U1T A; 4XU3 A; 1BI3 A; 1R8O B; 2CYZ B; 1QCF A; 4MMK A; 1IXD A; 1D0X A; 2DRM A; 2KVQ G; 4BI4 A; 4R55 A; 3L2Z A; 2JMA A; 4NS5 A; 4FW1 A; 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