The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
65
|
structure length |
65
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLAAAWSHPQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Rapid purification and crystal structure analysis of a small protein carrying two terminal affinity tags
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| total genus |
13
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TUD A; 2DYB A; 4LNP A; 1GRI A; 4JZ3 A; 1YN8 A; 2DBK A; 4AFZ C; 2NWM A; 1J3T A; 4QT7 A; 5GJW B; 2L0A A; 1HJD A; 2L2P A; 1GBQ A; 4JJD A; 1MV0 B; 5IHI A; 2DL8 A; 3PVL A; 2VWF A; 5IXB A; 2CRE A; 1QKW A; 1PRM C; 1GCQ C; 2ENM A; 1K4U S; 1NEB A; 4Y92 A; 1M27 C; 1UE9 A; 3H0F A; 1I1J A; 1VA7 A; 1YCS B; 1M30 A; 2EPD A; 4EIK A; 2JM9 A; 2LX7 A; 1EFN A; 2AZV A; 2BTT A; 1WI7 A; 3FJ5 A; 3H41 A; 4R0K A; 1JU5 C; 4J9B A; 2A37 A; 2CT3 A; 1S1N A; 2K9G A; 4F16 A; 2W0Z A; 3UA6 A; 1OPL A; 1T0H A; 3M0Q A; 4RTT A; 1QCF A; 3EHR A; 3EG3 A; 1M3B A; 2KRM A; 4AFS C; 4J9E A; 1QWE A; 1YWP A; 2KXC A; 1UUE A; 2OJ2 A; 3ZL7 C; 1SPK A; 2QDL A; 5IHK A; 1TG0 A; 1ZUK A; 2YT6 A; 1WIE A; 2EYW A; 2BZ8 A; 2IIM A; 4OMP A; 2RF0 A; 1B07 A; 2OI3 A; 2RNA A; 1KIK A; 1GCP A; 1YP5 A; 2LP5 A; 2FEI A; 2YDL A; 1XOV A; 1X6G A; 5HCK A; 1ZSG A; 1B3Q A; 3VS1 A; 1T0J A; 1E6H A; 1NM7 A; 4F14 A; 4LE9 A; 5ECA A; 2GNC A; 1UFF A; 2AZS A; 4CC2 A; 1HSQ A; 1YWO A; 1NLP C; 4Z88 A; 2ABL A; 2EYX A; 4CC7 A; 5FWB A; 4F17 A; 2C0T A; 1WXU A; 3IQL A; 3EG1 A; 1H3H A; 4CC3 A; 4A63 B; 4LN2 A; 2LQW A; 2KYB A; 2CDT A; 2JXB A; 2J06 A; 4RTZ A; 2RN8 A; 2D0N A; 2GGR A; 1CKB A; 1I0C A; 1GL5 A; 2KBT A; 4ESR A; 2YSQ A; 2KEA A; 2LCS A; 2LJ3 A; 1TUC A; 4RUG A; 2DJQ A; 1JEG A; 1WFW A; 4HVV A; 2DE0 X; 2EVR A; 2RQV A; 1X2Q A; 4E6R A; 4J9I A; 1PNJ A; 2EYZ A; 3M0P A; 2DNU A; 1Z9Z A; 2O2O A; 2J7I A; 1WXB A; 4OMO A; 2NUZ A; 3QWX X; 2GQI A; 1ZUU A; 2YUO A; 2JS2 A; 2O31 A; 1FYN A; 4D8K A; 3UAT A; 1PKT A; 2JMC A; 3I5R A; 4JJC A; 3NMZ C; 3PE0 A; 4M4Z A; 1ABO A; 4J9G A; 1UHF A; 1OV3 A; 1AZG B; 2D8J A; 1RLP C; 1JQQ A; 2MOX A; 2DA9 A; 2OAW A; 1MV3 A; 3EG2 A; 2RQW A; 3ULR B; 2JM8 A; 2SRC A; 1AD5 A; 1SHF A; 1CSK A; 3UA7 A; 1NYG A; 1M8M A; 2BZX A; 1KFZ A; 5L23 A; 3VS7 A; 1JXM A; 1OPK A; 1X43 A; 2EGA A; 3LH5 A; 2DLP A; 1WX6 A; 2HDA A; 2ROT A; 4HVU A; 3VS2 A; 1V1C A; 1M3C A; 2LJ0 A; 3NPF A; 3I9Q A; 2B86 A; 2GTJ A; 3VS0 A; 1G83 A; 1ZUY A; 2DRK A; 4RTX A; 2AKL A; 1AWO A; 1Z9Q A; 3M0T A; 4JPB W; 2ED1 A; 2DRM A; 1BU1 A; 5GJV B; 2J6O A; 2DBM A; 1H8K A; 2KE9 A; 4OMQ A; 5IH2 A; 2K7A A; 2ESW A; 1OOT A; 1PHT A; 1SEM A; 2KYM A; 2PZ1 A; 2G6F X; 2K3B A; 3EGU A; 1UG1 A; 2CSQ A; 1BB9 A; 1AWX A; 1JO8 A; 2DM1 A; 1UJ0 A; 1RUW A; 4ORZ A; 2KT1 A; 1MUZ A; 3I5S A; 2V1Q A; 2X3W D; 2KGT A; 1WXT A; 2D1X A; 2KRN A; 2CH4 W; 3M0S A; 2SEM A; 3H0H A; 4OMN A; 2HBW A; 1W70 A; 1UTI A; 1OEB A; 4OML A; 1NEG A; 1KJW A; 3RBB B; 4J9D A; 2K79 A; 1QKX A; 4JZ4 A; 1ZLM A; 1E7O A; 3VRZ A; 2CSI A; 3PVQ A; 4AFU C; 2O9S A; 1UEC A; 2F2W A; 2YUP A; 4KRT A; 1WDX A; 1N5Z A; 3REA B; 3EHQ A; 4ZNX A; 3REB B; 2JMA A; 2KT8 A; 2L3P A; 4IIO A; 3I35 A; 2HCK A; 2XMF A; 1Y57 A; 2KNB B; 1H92 A; 2RQU A; 4K11 A; 4HXJ A; 3QWY A; 2K2M A; 1SHG A; 3SEM A; 1AZE A; 1UDL A; 1GBR A; 2LMJ A; 1K0X A; 2AKK A; 2FPF A; 2EGC A; 2O9V A; 3H0I A; 1K1Z A; 1WLP B; 2K6D A; 2DF6 A; 1GFD A; 1RLQ C; 3CQT A; 2AK5 A; 2EKH A; 5IHN A; 2ED0 A; 2GBQ A; 1QLY A; 2KRO A; 2LZ6 B; 2FG0 A; 1IO6 A; 2EQI A; 2PTK A; 1X6B A; 3A98 A; 1NG2 A; 1PKS A; 1WA7 A; 2A28 A; 2CUB A; 5FWC A; 1HD3 A; 3VS3 A; 2DL5 A; 4D8D A; 2GTO A; 1W6X A; 3R6N A; 3UF4 A; 5I11 A; 2O88 A; 4AG1 C; 3EG0 A; 1A0N B; 1BK2 A; 2V1R A; 1LCK A; 1ZX6 A; 2VKN A; 2I0N A; 2ROL A; 1SSH A; 3NGP A; 4GLM A; 2YUQ A; 1T3S A; 1NYF A; 4DEY A; 1SRM A; 3C0C A; 2EGE A; 2KR3 A; 2KXD A; 4HVW A; 1I07 A; 2FO0 A; 2M51 A; 4LUD A; 1GCQ A; 3O5Z A; 1U06 A; 1G2B A; 1QWF A; 2M0Y A; 5IXF A; 3TVT A; 1VYT A; 2LQN A; 3TSZ A; 3RNJ A; 5EC7 A; 1UGV A; 3VS4 A; 1ABQ A; 2DIL A; 2FPE A; 2HSP A; 2JW4 A; 2DL3 A; 1AEY A; 2RMO A; 4X1V A; 1X27 A; 4FSS A; 1UHC A; 2A08 A; 2RQT A; 4CC4 B; 2CT4 A; 3TSW A; 4DEX A; 2RQR A; 2DL7 A; 1NLO C; 3JV3 A; 1K76 A; 1Y0M A; 1K9A A; 1YNZ A; 1X2K A; 2RPN A; 1CKA A; 4RTU A; 1UJY A; 3THK A; 1RI9 A; 3SHW A; 4Z8A A; 1K0S A; 2FRY A; 2CUD A; 1SRL A; 2C0I A; 4HCK A; 1U5S A; 1T3L A; 1KSW A; 1AVZ C; 2L3Q A; 4J9F A; 2MCN A; 1WYX A; 4GBQ A; 1VYU A; 2D8H A; 3KFV A; 2DX1 A; 4AG2 C; 1E6G A; 4J9C A; 3U23 A; 3VRY A; 2BZY A; 2EW3 A; 2DL4 A; 1AOJ A; 3M0R A; 2YUN A; 2DMO A; 1PWT A; 3NHN A; 2DVJ A; 1BBZ A; 2PNI A; 2P4R A; 3GBQ A; 3M0U A; 2JTE A; 4Z89 A; 2J05 A; 2FRW A; 2X3X D; 1ZBJ A; 2CH4 A; 2ECZ A; 5I22 A; 2J6K A; 1PRL C; 5FW9 A; 2VVK A; 2J6F A; 2LNH B; 2A36 A; 2C0O A; 2JT4 A; 4OMM A; 2LJ1 A; 2F2V A; 2H8H A; 4JJB A; 4RTW A; 1GFC A; 3VS5 A; 1FMK A; 1ARK A; 4AFQ C; 1W1F A; 2W10 A; 2EBP A; 4IIM A; 1AWW A; 2F2X A; 2HEQ A; 1AWJ A; 4WCI A; 1VYV A; 1JXO A; 1U3O A; 4LUE A; 4J9H A; 4RTV A; 2FPD A; 2KRS A; 2L3S A; 2E5K A; 1M3A A; 2EYY A; 3VS6 A; 2MIO A; 4RTY A; 1X69 A; 2JS0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GRI A; 1IRE B; 3L2R A; 3RMS A; 3CD6 Q; 4M7A D; 5GJW B; 2L0A A; 1VQ5 T; 2LTO A; 1YI2 A; 2E1H A; 2XID A; 4MZM A; 5IXB A; 4FYW B; 3QJ6 A; 1GCQ C; 2ENM A; 4M75 C; 5AYF A; 1NEB A; 4Y92 A; 1UE9 A; 1I1J A; 3CCR T; 1RAC B; 3QHS A; 3M54 A; 2LX7 A; 2FZK B; 3H41 A; 3Q1J A; 4J9B A; 2A37 A; 1LOJ A; 1JRI A; 1OPL A; 4FYV B; 3RKY A; 4M78 F; 1TUG B; 2KRM A; 4KGV B; 4AFS C; 3EH1 A; 4E7K A; 3EH2 A; 1YWP A; 4PJO B; 1QVP A; 4C5G A; 2DIQ A; 2V8I A; 2XDB A; 4J6X A; 2YT6 A; 1FWZ A; 4DOW A; 1KQ1 A; 1B07 A; 1WJQ A; 5FRO A; 1I8F A; 2E6Z A; 3JB9 F; 3RR6 A; 1GCP A; 5A2Q E; 3C12 A; 1XOV A; 4ATO A; 2DFU A; 1BI3 A; 1T0J A; 4DQ2 A; 1NM7 A; 4F14 A; 4LE9 A; 3M53 A; 4ZGE B; 3C94 A; 2E3I A; 1OX9 A; 3C4S A; 4J6Y A; 1KHC A; 1NLP C; 3RKX A; 2GFA A; 2RJE A; 2OTL T; 3ME9 A; 1WNL A; 2LX9 A; 4C92 G; 4ZGJ B; 3OMC A; 2HQH A; 4C0F A; 2XDD A; 2CDT A; 2PUO B; 3GNG A; 1FXX A; 2D0N A; 4R55 A; 1CKB A; 3LH0 A; 1JB0 E; 3OYJ A; 5GAN 2; 4DBR A; 4J7F A; 5I2S A; 5A0G A; 4RUG A; 3QYH B; 3I56 A; 3JB9 D; 4M7A E; 2QA4 T; 2EVR A; 1X2Q A; 4E6R A; 1VQ4 A; 4J9I A; 1K73 C; 2CKK A; 5LJ5 g; 1D09 B; 2O2O A; 1Q7Y U; 3PMI A; 1BI2 A; 3CCQ A; 1UGQ B; 2IPO B; 3EFO A; 1YI2 Q; 3OYE A; 1FYN A; 2RHI A; 1PSF A; 4BY6 C; 3RKW A; 3FLG A; 3I5R A; 2DXC A; 4FYX B; 1I81 A; 3OS0 A; 4EPC A; 3HP9 A; 2CP2 A; 1WHJ A; 2KK4 A; 4EMH A; 2HL3 A; 4E47 A; 2QYZ A; 2K5I A; 1JQQ A; 2X35 A; 1KQS A; 3X28 B; 3CC7 A; 2DA9 A; 2OAW A; 3CC2 A; 2RQW A; 3ULR B; 4RCB A; 2JM8 A; 3L2Q A; 1AD5 A; 2YRV A; 3UA7 A; 3A8L B; 5LL6 S; 1LNX A; 1M8M A; 3KUF A; 1KFZ A; 4FU6 A; 1JXM A; 4GLK A; 4KH0 B; 1VQM T; 4QVC A; 3I55 T; 1X43 A; 2PUK B; 1WHL A; 4C0G A; 2LJ0 A; 3NPF A; 3CCM T; 2MAM A; 2GTJ A; 4LD6 A; 3H8Z A; 3VS0 A; 3E1S A; 1G83 A; 2DRK A; 4RTX A; 1AWO A; 1TOV A; 2ED1 A; 3R6O A; 4OGC A; 1MMN A; 4F7U B; 1MND A; 1VQ7 A; 2DXB A; 1BU1 A; 5GJV B; 4PFO A; 1PG5 B; 2RJC A; 5IH2 A; 3E19 A; 2FZC B; 1KC8 R; 2RI2 A; 5D6W A; 2EQM A; 3RUX A; 3M59 A; 1P92 A; 3M58 A; 3G6E A; 3CCL T; 4M78 E; 3UT1 A; 4X34 A; 1M1K C; 1MUZ A; 2D9T A; 3T9N A; 4PFP A; 3HFO A; 2KGT A; 4NS5 A; 3J7A F; 4XTU A; 2FB7 A; 2CH4 W; 3H0H A; 1W70 A; 1QKX A; 1E7O A; 1RL2 A; 2EJG A; 2A0F B; 2CSI A; 3PVQ A; 1ZSZ C; 2RK2 A; 1FMW A; 3CCM A; 2F5T X; 4KRT A; 3I56 Q; 3EGX A; 5CAI A; 4ANJ A; 4BB7 A; 1VQ4 Q; 2JMA A; 2R57 A; 3QDR B; 4QQD A; 3CBO A; 1WHG A; 4M78 A; 4M7D C; 2KNB B; 3CCQ Q; 3EFS A; 5LJ3 j; 2RH2 A; 2K2M A; 2M9U A; 3VYG A; 5DY9 A; 1GBR A; 2YLC A; 3VV0 A; 2EGC A; 4XU1 A; 4BE1 A; 1HXD A; 2O9V A; 2YHT A; 4AT1 B; 5HK3 A; 1YJN T; 4C92 D; 1DJ7 B; 3TQ7 P; 3CC7 Q; 1KHI A; 2RI5 A; 4N4H A; 3CC2 Q; 5KYN A; 1YJ9 T; 2FG0 A; 2JN0 A; 2O4X A; 4C8Q C; 4UC4 A; 1N9S A; 1NJI C; 3ZEH A; 4EDU A; 3VS3 A; 4D8D A; 2GTO A; 4M75 G; 3JCM e; 3EGD A; 3R6N A; 4HCB A; 2JJ9 A; 3EG0 A; 1YIJ A; 1A0N B; 4MMK A; 2DPP B; 1Y7X A; 1LCK A; 4BDY A; 4DBQ A; 1Q82 C; 5D7U A; 2P0K A; 2EJF A; 1N9R A; 2K5L A; 3NGP A; 3G1J A; 1VQ7 Q; 1T3S A; 3UWN A; 2DZ9 A; 1EX4 A; 2KXD A; 2K57 A; 4HVW A; 3CC4 A; 3MP1 A; 2FO0 A; 1V76 A; 2HNI A; 3LGF A; 1QWF A; 1EZZ B; 2OAU A; 3TSZ A; 1LVK A; 3RNJ A; 5KYU A; 2NUP A; 1YHQ A; 3G6E Q; 2FPE A; 2HSP A; 2JW4 A; 2RHX A; 3DB3 A; 2DL3 A; 1X27 A; 4FSS A; 1Q81 U; 4OB1 B; 2CT4 A; 3WVD B; 3PIO A; 3EFO B; 5IT9 E; 1TH7 A; 3S3O A; 2BUD A; 2ZPF B; 4M77 F; 1CKA A; 4JRI A; 1WHH A; 1UJY A; 4E7H A; 3THK A; 1RI9 A; 5CQY A; 4PLL A; 4Z8A A; 4OF1 A; 2HKN A; 2K3Y A; 1IB8 A; 1R0C B; 3CCM Q; 4J8O A; 1AVZ C; 4J9F A; 1OX8 A; 4GBQ A; 5GAO p; 5GAN j; 3VUZ A; 1PSE A; 3BE3 A; 2DX1 A; 3OYF A; 3U23 A; 3VRY A; 1W2B P; 2BZY A; 3M0R A; 1K73 R; 2B8A A; 2DVJ A; 1ZBX A; 3NHN A; 3M4G A; 1HK9 A; 2P4R A; 3CMA A; 5HY6 A; 4O6J A; 4Z89 A; 1YCY A; 3G4S A; 1M8V A; 1W2B S; 3OYY A; 1D1C A; 1ZBJ A; 2VVK A; 2LNH B; 3L42 A; 2JT4 A; 4PJO C; 2H8H A; 2QQA A; 1XQH A; 4RTW A; 2V8K A; 4QKU A; 1NPR A; 4B9X A; 4AFQ C; 5GMK h; 1W1F A; 4HT8 A; 4Y91 A; 1TU0 B; 1ZA1 B; 2H3J A; 2HEQ A; 4M75 F; 1JXO A; 2QQR A; 4XTX A; 3OYL A; 5DLQ E; 4N0A A; 4RTV A; 1M2V A; 2XDP A; 5L8R E; 5KE2 A; 3QUI A; 1YIJ Q; 4CI0 C; 1VOM A; 2YXY A; 4FW2 A; 2VXF A; 1X69 A; 5C6S A; 3OB9 A; 1YN8 A; 4AFZ C; 2NWM A; 2L89 A; 4HCC A; 2X4X A; 1HJD A; 2L2P A; 2QTX A; 5LJ5 e; 3CC4 Q; 2DL8 A; 1HYO A; 3CCV T; 2D6F A; 2DER A; 2ZAE A; 1N27 A; 1LPL A; 1VQ9 T; 1G3T A; 2QXF A; 2K3X A; 3SWN A; 4CRI A; 1WPY A; 1YHQ Q; 2X4W A; 1JJ2 A; 3AHU A; 1M1F A; 3CCJ T; 1VQO T; 1R77 A; 4M78 B; 2EPD A; 1VUB A; 4M75 D; 4EIK A; 1UEB A; 1EFN A; 1WI7 A; 4R0K A; 1MHN A; 2D0Q B; 2CT3 A; 3PT9 A; 1M1K R; 4F16 A; 2W0Z A; 3M0Q A; 1M3B A; 4BE2 A; 4J9E A; 1VQL A; 3KBG A; 3PMT A; 1UUE A; 2HKQ B; 2CZ0 B; 2QDL A; 2CP3 A; 1RAH B; 4PJL A; 1GXI E; 3KXT A; 1TG0 A; 1RI0 A; 1ZUK A; 1WIE A; 1YBY A; 2IIM A; 4OMP A; 3VUB A; 2OI3 A; 1Q86 U; 3M9Q A; 1Q7Y C; 2KI7 A; 2O4X B; 1YP5 A; 2YDL A; 1X6G A; 5HCK A; 4KBM B; 3CMA Q; 3CXC P; 3CCV A; 4OP0 A; 4L6V 5; 3EGD B; 3G4S Q; 2GNC A; 5GAO r; 3CCE T; 2P0P A; 3CPF A; 4CC2 A; 1YWO A; 2CZ7 B; 4CC7 A; 4F17 A; 3CCU T; 4M7A F; 3CXC S; 4M77 E; 4BAC A; 4M7D G; 1B7T A; 2DO3 A; 3FRN A; 5J26 A; 1OZ2 A; 4B9W A; 4LN2 A; 1BIA A; 2BE7 D; 4RTZ A; 4PFZ A; 1TSF A; 2RN8 A; 4QVZ A; 1I0C A; 3OS5 A; 3P8B B; 1GL5 A; 4ZN1 A; 2YSQ A; 1WJS A; 2XHC A; 2HSE B; 5KYU B; 1NJI R; 2NUP B; 2MI6 A; 3DKM A; 1VIE A; 2DD5 A; 1JEG A; 4HVV A; 3QII A; 4FYY B; 2DE0 X; 3S6W A; 1VQ6 T; 4C8Q G; 5FU7 B; 3BY7 A; 1D1B A; 1MMD A; 4KUL A; 4M77 A; 2DNU A; 1G3Y A; 1Z9Z A; 2J7I A; 1WXB A; 2NUZ A; 5GAM h; 1Q82 R; 3HHT B; 2GQI A; 1ZUU A; 1ZQ1 A; 1SG5 A; 2YUO A; 2AHJ B; 2E41 A; 2O31 A; 4BI3 A; 4D8K A; 4C0Z A; 2VC8 A; 1PKT A; 3MHX A; 1RAE B; 1R8O B; 2JMC A; 3JCM c; 8ATC B; 4KH1 B; 3PE0 A; 1ACM B; 1EIF A; 4J9G A; 3G71 T; 4M75 E; 4RG8 A; 2LVM A; 1VQN A; 2D8J A; 1S72 T; 1QCO A; 3EG2 A; 1D1A A; 2A7Y A; 2SRC A; 2CP7 A; 3OSV A; 2FZG B; 3ASK A; 5LJ3 h; 2JNG A; 1VQP A; 1VQL Q; 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