The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
61
|
structure length |
61
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Chain Sequence |
MGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Thermodynamic analysis of alpha-spectrin SH3 and two of its circular permutants with different loop lengths: discerning the reasons for rapid folding in proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Circular permutant
|
| molecule keywords |
ALPHA SPECTRIN
|
| total genus |
11
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-10-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J9H A; 1X2K A; 4HVV A; 4Z89 A; 3ULR B; 4JZ4 A; 3U23 A; 2YUQ A; 2O31 A; 1YWP A; 3RBB B; 2EPD A; 2CSI A; 1YWO A; 4HCK A; 2SEM A; 1ABQ A; 2DL8 A; 3UA6 A; 2YDL A; 1JXO A; 4AG1 C; 4RTW A; 3EHR A; 4E6R A; 5IXB A; 1G2B A; 5HCK A; 3M0U A; 2L3S A; 2DJQ A; 1PKS A; 3KFV A; 1SRL A; 1UHF A; 2VWF A; 1IO6 A; 1M3C A; 2JMA A; 2PTK A; 1WXU A; 3A98 A; 1I1J A; 4RUG A; 3UA7 A; 1NM7 A; 1SPK A; 1ZBJ A; 2DL5 A; 2FO0 A; 3VS6 A; 1MV0 B; 2DVJ A; 1GCQ A; 2EBP A; 2A37 A; 2C0O A; 2RPN A; 3R6N A; 3H0H A; 2KR3 A; 5IHI A; 1LCK A; 2DBK A; 2K9G A; 1FYN A; 4HVW A; 2KRM A; 1AWO A; 2A28 A; 2X3X D; 2BZ8 A; 3GBQ A; 2DL3 A; 2HBW A; 4AFQ C; 4JJB A; 2M0Y A; 2K6D A; 2AZS A; 2LJ1 A; 3EGU A; 1MUZ A; 3M0T A; 1NG2 A; 2DRK A; 2JMC A; 2PZ1 A; 3PE0 A; 1X43 A; 1Y57 A; 1M8M A; 3EG3 A; 1BU1 A; 1BBZ A; 1RUW A; 2OAW A; 3JV3 A; 3LH5 A; 4CC2 A; 2JS0 A; 1K9A A; 1UGV A; 2BZY A; 2A08 A; 1AZG B; 1T0J A; 2CDT A; 3UF4 A; 3I35 A; 2X3W D; 4WCI A; 2K7A A; 2LQW A; 1UFF A; 2D8H A; 1GCQ C; 5FWC A; 1GFC A; 2EKH A; 4LUE A; 1U5S A; 2DMO A; 3NGP A; 1UTI A; 2DIL A; 1WXB A; 2O9V A; 2L3Q A; 3TSZ A; 2RQW A; 1YP5 A; 4X1V A; 3TSW A; 4Z8A A; 3H0I A; 3FJ5 A; 1WA7 A; 2DBM A; 3NPF A; 1SRM A; 2BTT A; 2J06 A; 1JXM A; 3RNJ A; 5EC7 A; 3VS7 A; 1UHC A; 2J6K A; 2EYY A; 2FRW A; 2O9S A; 1PWT A; 2GNC A; 1VYU A; 1GFD A; 4ESR A; 4F17 A; 5IHK A; 4J9F A; 1M3A A; 2DA9 A; 2KRN A; 5FW9 A; 2DM1 A; 2KE9 A; 2CT3 A; 2RN8 A; 3VS2 A; 2JW4 A; 1AD5 A; 1KJW A; 2KBT A; 4RTZ A; 3UAT A; 3EG2 A; 4AFU C; 2JS2 A; 1RLP C; 4DEY A; 1WX6 A; 1NLO C; 2DYB A; 1CKA A; 1V1C A; 1NYG A; 1K0S A; 4J9C A; 1AOJ A; 2EYW A; 2V1R A; 1YNZ A; 2RF0 A; 1W6X A; 2DLP A; 2JXB A; 1KIK A; 2VVK A; 3CQT A; 2EGC A; 2K79 A; 2MOX A; 3TVT A; 1ZUK A; 2D0N A; 1HJD A; 1QLY A; 2LZ6 B; 3VRY A; 1FMK A; 3NHN A; 4K11 A; 3VS0 A; 1VYV A; 3PVQ A; 2DL4 A; 2CRE A; 2GTO A; 1EFN A; 2EQI A; 2ED1 A; 3EHQ A; 1E6H A; 3ZL7 C; 2GQI A; 2J6O A; 1T0H A; 1K4U S; 4EIK A; 2SRC A; 1X6G A; 3PVL A; 3SEM A; 1GL5 A; 4Y92 A; 4Z88 A; 1MV3 A; 2ESW A; 1YN8 A; 1AZE A; 2CT4 A; 3VS1 A; 3VS5 A; 1PKT A; 4RTV A; 1BB9 A; 2E5K A; 2HSP A; 3H41 A; 4F14 A; 1OV3 A; 2XMF A; 5GJW B; 2CH4 W; 2JM8 A; 1AWW A; 2NUZ A; 1NEG A; 1T3L A; 2KXD A; 4QT7 A; 1OPL A; 2H8H A; 1B3Q A; 1OPK A; 2O2O A; 2C0I A; 4LE9 A; 4D8D A; 2YUO A; 1Z9Z A; 2FPE A; 2LNH B; 1U3O A; 1SEM A; 5I22 A; 3QWX X; 3THK A; 2ABL A; 4AG2 C; 1JU5 C; 1WFW A; 3O5Z A; 2NWM A; 1TUC A; 2FEI A; 2L2P A; 1OEB A; 2EW3 A; 1K76 A; 1UEC A; 1WLP B; 1HSQ A; 2KYM A; 1RI9 A; 1XOV A; 2V1Q A; 2JM9 A; 2K3B A; 1VA7 A; 1WXT A; 4M4Z A; 1ZUY A; 1ZX6 A; 4IIM A; 5L23 A; 2B86 A; 2CUB A; 2ED0 A; 3H0F A; 2LP5 A; 4OMM A; 4J9D A; 3EG0 A; 2KNB B; 2G6F X; 1E6G A; 1N5Z A; 2EYZ A; 4OMN A; 2M51 A; 4OMO A; 1Z9Q A; 2D1X A; 1X2Q A; 2KRO A; 1JO8 A; 2HDA A; 2EVR A; 1M30 A; 4ZNX A; 1QWF A; 1JEG A; 2HEQ A; 2A36 A; 1UUE A; 4LNP A; 5I11 A; 1VYT A; 1NEB A; 1AEY A; 2HCK A; 1TUD A; 2W10 A; 4JZ3 A; 4OMP A; 2RQU A; 2VKN A; 4HXJ A; 1WIE A; 2J6F A; 1AVZ C; 2LQN A; 1CKB A; 1H92 A; 4HVU A; 2PNI A; 1TG0 A; 2D8J A; 1AWJ A; 1J3T A; 2W0Z A; 2CH4 A; 1X69 A; 2EYX A; 1GBQ A; 4IIO A; 1KFZ A; 1W70 A; 4J9E A; 5FWB A; 2LX7 A; 5ECA A; 3M0Q A; 2KT1 A; 3SHW A; 1QKW A; 4LUD A; 3VS3 A; 4RTX A; 1U06 A; 1JQQ A; 2FPD A; 1B07 A; 2AKL A; 1NLP C; 3QWY A; 2CUD A; 1ZLM A; 4RTU A; 2DF6 A; 2LJ0 A; 1UG1 A; 2F2V A; 1SSH A; 2FPF A; 4ORZ A; 1H3H A; 4FSS A; 1KSW A; 1CSK A; 1QWE A; 2RQV A; 1UE9 A; 2KGT A; 4OMQ A; 1RLQ C; 1PHT A; 2J7I A; 2DX1 A; 2IIM A; 3I5R A; 1ARK A; 2KXC A; 2RQR A; 1QCF A; 4AFS C; 1WI7 A; 3M0S A; 4F16 A; 2OI3 A; 1OOT A; 2L3P A; 1M27 C; 2FG0 A; 1GBR A; 1ZUU A; 1X6B A; 2O88 A; 2CSQ A; 1K1Z A; 1PNJ A; 3REB B; 4LN2 A; 2MCN A; 3M0R A; 2DNU A; 2AZV A; 4JJD A; 4J9G A; 5IHN A; 3EG1 A; 4DEX A; 1Y0M A; 2P4R A; 2J05 A; 2JTE A; 2YUN A; 1ZSG A; 2RMO A; 1YCS B; 3IQL A; 1PRM C; 1ABO A; 2AK5 A; 2YUP A; 2LCS A; 1AWX A; 2GBQ A; 4J9B A; 5IXF A; 2YSQ A; 3I5S A; 1WDX A; 4GLM A; 1T3S A; 2RNA A; 4KRT A; 1UJ0 A; 2C0T A; 1UDL A; 1SHF A; 1M3B A; 2BZX A; 2GGR A; 2AKK A; 3NMZ C; 1K0X A; 2KT8 A; 1HD3 A; 2QDL A; 3VS4 A; 1BK2 A; 2ROL A; 2KRS A; 1WYX A; 2YT6 A; 4CC7 A; 1QKX A; 2ROT A; 1H8K A; 2I0N A; 4D8K A; 5IH2 A; 2EGA A; 4GBQ A; 1X27 A; 1S1N A; 2ENM A; 2MIO A; 3VRZ A; 4OML A; 3M0P A; 2K2M A; 2DRM A; 1GRI A; 5GJV B; 4JJC A; 4RTT A; 1PRL C; 1SHG A; 2GTJ A; 4J9I A; 4JPB W; 2JT4 A; 1GCP A; 3I9Q A; 2KEA A; 1W1F A; 3REA B; 2DL7 A; 2F2W A; 2ECZ A; 2LJ3 A; 2F2X A; 3C0C A; 4A63 B; 1A0N B; 2DE0 X; 4CC4 B; 2OJ2 A; 2RQT A; 1G83 A; 2EGE A; 4AFZ C; 1UJY A; 4RTY A; 2FRY A; 4R0K A; 1I0C A; 1I07 A; 1NYF A; 1E7O A; 2KYB A; 2L0A A; 4CC3 A; 2LMJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYH A; 3ULR B; 4JZ4 A; 3U23 A; 2O31 A; 2RJD A; 3G1J A; 5J26 A; 1C6V X; 2SEM A; 4IUP A; 2M9U A; 5GAO l; 2YDL A; 3NTI A; 2RHZ A; 4E6R A; 3DB4 A; 2DO3 A; 1G2B A; 3M0U A; 3HL8 A; 3CPF A; 3CC2 T; 2PVD B; 2I2L A; 3RUX A; 2E1H A; 1SRL A; 3OS5 A; 1M3C A; 1P92 A; 2COW A; 2PTK A; 2PU9 B; 3CCE T; 2CYZ B; 1SPK A; 2P0Q A; 1EZZ B; 5GAN h; 2DL5 A; 4DBR A; 3VS6 A; 1MV0 B; 3VYG A; 1GCQ A; 3BFM A; 2EBP A; 1UGP B; 1MHN A; 4IKF A; 2F69 A; 3H0H A; 3JCM J; 1RAE B; 2DBK A; 2K9G A; 2DL3 A; 2HBW A; 2L89 A; 4AFQ C; 3PMT A; 3EGU A; 4KBM B; 3M0T A; 3A8O B; 1I5O B; 5GAN 5; 1JJ2 P; 2KQW A; 3CXC P; 2HAX A; 3EG3 A; 3G6E T; 1BBZ A; 4M7A A; 3JV3 A; 3LH5 A; 3TQ7 P; 1SSF A; 2A08 A; 1I4K 1; 2PVG B; 3UF4 A; 4BY6 B; 3OW2 P; 4PJL A; 2RJE A; 1OQK A; 4PLL A; 2X3W D; 2DXU A; 3A8G B; 1WPY A; 1YI2 Q; 2R5A A; 3E9F A; 2D8H A; 5FWC A; 1GFC A; 2IG0 A; 5FRN A; 2DMO A; 3NGP A; 4DQ2 A; 1UTI A; 2DYI A; 1WXB A; 4M7D D; 5KCH A; 3PMI A; 4BI4 A; 4C92 G; 4F7U A; 1Q82 R; 1JXM A; 4DBH A; 1WHJ A; 5EC7 A; 3BDU A; 3QJY A; 1ZA1 B; 3P8B B; 3FJP A; 3CCR A; 1N8R U; 4XU3 A; 4M7A B; 3MEV A; 5GMK l; 2DA9 A; 2JN0 A; 1VQ7 T; 3OYI A; 4C0D B; 1RAI B; 2ZPE B; 3JCM V; 3J81 E; 2CT3 A; 3HRT A; 4GY5 A; 2RN8 A; 2XDD A; 5KYX A; 3VS2 A; 2JW4 A; 2OTL A; 2KBT A; 5GAO n; 3UAT A; 3EG2 A; 4AFU C; 3M59 A; 3L2V A; 4DEY A; 3QHS A; 1NLO C; 1CKA A; 1IHW A; 1NYG A; 4FCY A; 3OSV A; 2YLC A; 2DD4 A; 2RF0 A; 2DLP A; 1JJ2 A; 4F7U B; 2JXB A; 3CXC A; 4QQG A; 2VVK A; 1LNX A; 2EGC A; 4LD6 A; 3EG9 A; 2D0N A; 1HYO A; 3I55 Q; 1YJ9 Q; 1HJD A; 5A0D A; 1QMC A; 1BIA A; 1VQO A; 3OMG A; 4PK4 A; 3PVQ A; 1BCO A; 1FXX A; 2HD0 A; 2P84 A; 2QG9 B; 5L8R E; 4C0F A; 2LX9 A; 2DL4 A; 1VQ9 T; 2PQW A; 4C5H A; 2ED1 A; 3EHQ A; 1E6H A; 4NL3 A; 1O75 A; 2HSE B; 1K4U S; 3PVL A; 1QQJ A; 4Y92 A; 2MWO A; 4JRK A; 4II1 A; 4LDY A; 5KYW A; 1M5Q 1; 9ATC B; 3CCQ T; 3G4S A; 1YIJ A; 1QVG S; 4RTV A; 2RHI A; 4FYY B; 2LRQ A; 2YXY A; 1MMN A; 2HSP A; 4M78 D; 3R6O A; 4N0A C; 1AWW A; 1UGS B; 2X4J A; 1B3Q A; 2O2O A; 1VOM A; 1YJN A; 1VQ6 Q; 2E4H A; 3CCJ Q; 4D8D A; 2KVQ G; 2RHX A; 4LE9 A; 4C92 A; 4X34 A; 3CMA T; 1Z9Z A; 2XU8 A; 2FPE A; 2LNH B; 2DZC A; 2JOY A; 3CPW S; 3THK A; 1M1F A; 4AG2 C; 2VXE A; 4TVR A; 5DY9 A; 4C8Q A; 2NUP B; 1TUC A; 4M7D E; 1VQ8 T; 1UEC A; 3BDL A; 1D3B A; 2KYM A; 2KDS A; 5FU7 C; 1QCO A; 1IZ6 A; 4E7Z A; 5KYW B; 1KD1 C; 2K3B A; 1DJ7 B; 4RMO A; 3BY7 A; 4M75 D; 1VQK T; 2DEQ A; 1ZX6 A; 5L23 A; 3M4G A; 4M77 D; 4OMM A; 3N5B B; 2EYQ A; 2RA2 A; 3EG0 A; 2G6F X; 4OMO A; 2D1X A; 2RK1 A; 4ZGE B; 5LJ5 h; 1C1A A; 2K5I A; 1JEG A; 3VYH B; 2A36 A; 4EPC A; 1UUE A; 5I11 A; 1AEY A; 3WVE B; 2HCK A; 4JZ3 A; 2R58 A; 4OMP A; 2RQU A; 1QP2 A; 2HKQ B; 2HQH A; 2VKN A; 1D09 B; 4C8Q B; 2CGH A; 2J6F A; 4HVU A; 3VJP A; 2D8J A; 3GOX A; 1J3T A; 1VQ4 A; 3LW5 E; 1X69 A; 1GBQ A; 1KFZ A; 1MND A; 5FWB A; 2VXF A; 5ECA A; 2KT1 A; 1F1B B; 3CME T; 1B7T A; 4ME7 A; 1IRX A; 2FPD A; 1G3T A; 3UT1 A; 1G3Y A; 3BE3 A; 4PNO A; 1UB4 A; 1JRI A; 3M9Q A; 1ZLM A; 3QYG B; 1FWZ A; 3CC4 Q; 3L42 A; 4OP0 A; 2F2V A; 2FPF A; 4ORZ A; 4J5Y A; 1ZQ1 A; 4PJO A; 2CS7 A; 4FYX B; 4OMQ A; 2RJF A; 5LJ3 g; 1UEB A; 1G3W A; 3SFM A; 2E10 A; 1WI7 A; 4ANJ A; 1PM3 A; 2LNV A; 1VQM A; 2L3P A; 1M27 C; 4DBF A; 4M78 E; 1N27 A; 2CSQ A; 1VQN A; 3REB B; 4LN2 A; 1YHQ Q; 4A4F A; 2BKD N; 3M0R A; 2AZV A; 3RES A; 3JCM d; 2DK3 A; 2L5Q A; 4JS4 A; 1YCS B; 1PRM C; 2QA4 A; 4ZN3 A; 1RAH B; 1KHI A; 1KD1 U; 1WDX A; 2HQX A; 2QGF B; 4PJO B; 1NBE B; 2C0T A; 1YIT A; 1UDL A; 1SHF A; 2GGR A; 2AKK A; 2JTF A; 3NMZ C; 1K0X A; 2OAU A; 4M75 E; 3VS4 A; 2KRS A; 4CC7 A; 3G6E Q; 4HCB A; 4D8K A; 2K5F A; 3HHT B; 3M54 A; 5GMK e; 3RKW A; 4BY6 C; 3VU3 C; 4OB0 B; 3OYF A; 1MMD A; 4OB1 B; 3PTA A; 1W2B S; 1K73 C; 2DRM A; 1GRI A; 2Z0W A; 1SHG A; 2GTJ A; 2RO0 A; 4JPB W; 4OGC A; 1OUL A; 2QQB A; 2QTX A; 3CCL A; 2XID A; 4RG8 A; 4P5N A; 3QO3 A; 4JJN K; 5FRO A; 1VQL T; 3J80 E; 3CCS A; 4KH1 B; 2MMP A; 4MMK A; 2LJ3 A; 3C0C A; 5GAM d; 4BB7 A; 1K9M U; 4A54 A; 3X26 B; 4V2S A; 2QQS A; 4M7A C; 1IGU A; 4R0K A; 1I0C A; 5A0G A; 1NYF A; 2E70 A; 2KYB A; 2RI2 A; 3I55 T; 1YJ9 T; 3J7A F; 2OTJ A; 3OYK A; 4CC3 A; 3MCA B; 2A7Y A; 4Y91 A; 2QQ9 A; 2A3L A; 4Z89 A; 5I2S A; 2YUQ A; 2WSF E; 3RBB B; 2EPD A; 3PIO A; 1LPL A; 2DL8 A; 3UA6 A; 1O9S A; 3CBP A; 4EMK C; 1Q86 U; 5IXB A; 2Y4X A; 4MDW A; 1PKS A; 4NL2 A; 3EFO A; 3KUF A; 3SD4 A; 2E6N A; 4M7D A; 1UHF A; 2DET A; 2VWF A; 3MP6 A; 2R57 A; 1JBM A; 1KC8 C; 1I1J A; 3UA7 A; 3P8H A; 4FYW B; 3CBM A; 2VB6 A; 3LLR A; 1ZBJ A; 2XHC A; 1KD1 R; 3EH2 A; 7AT1 B; 2YHT A; 1MMG A; 3HFN A; 3QSU A; 3R6N A; 2MWP A; 3E19 A; 3CCJ T; 3TU4 K; 4N4I A; 5IHI A; 3I56 A; 3M55 A; 4PFZ A; 1FYN A; 2BZ8 A; 3OB9 A; 4JJB A; 2RD1 A; 2LC4 A; 2AZS A; 4IUQ A; 3PIP A; 1MUZ A; 1NG2 A; 2Y90 A; 3CCQ Q; 5LJ3 j; 3PE0 A; 4QVD A; 1Y57 A; 3WVD B; 1N9R A; 5FU6 B; 4M7D B; 1RAF B; 1RUW A; 3A1P A; 5CO7 A; 4OGE A; 3H8Z A; 2JS0 A; 1K9A A; 1WZO A; 2BZY A; 1N9S A; 1AZG B; 2K3Y A; 1AHJ B; 1T0J A; 2ZGW A; 2CDT A; 4ZGD B; 3I35 A; 2V26 A; 2RHU A; 4WCI A; 3QYH B; 3OS0 A; 1UFF A; 5FLX E; 2LT4 A; 3VUZ A; 3ASK A; 3BW1 A; 4LUE A; 2YRC A; 2XDP A; 3T9N A; 5CQX A; 2RQW A; 4X1V A; 1M1K C; 4Z8A A; 3LGL A; 3NTH A; 3G71 A; 4NS5 A; 2J06 A; 2V8I A; 8AT1 B; 1Q81 C; 1X75 C; 1RAG B; 4YTL A; 1I5L A; 1UHC A; 1NJI R; 3JB9 H; 2FRW A; 5KYY A; 1WJQ A; 2GNC A; 4XTU A; 3MEU A; 4F17 A; 4M78 A; 5DLQ E; 3LX7 A; 4JLI A; 2KRN A; 5FW9 A; 4BD3 A; 3CCU A; 2KE9 A; 3QJ6 A; 1Y07 A; 1Q82 U; 4C0Z A; 1VQ5 Q; 3CC4 T; 2OTL T; 5GAM h; 4C8Q C; 1PC0 A; 1FMV A; 1K0S A; 4O5V A; 1YNZ A; 3ER0 A; 1MNE A; 3V7R A; 1QVG P; 3CQT A; 2MOX A; 2K79 A; 5LL6 S; 3OQ5 A; 1ZUK A; 2P0K A; 2DVE A; 3JCM P; 3CME Q; 4FT2 A; 3UPU A; 2DD5 A; 2QTV A; 5GAN 6; 1PD1 A; 3VRY A; 5C6S A; 5LJ3 d; 5KYY B; 1OZ2 A; 3NHN A; 4M75 A; 1YHQ T; 5GAN 8; 3VS0 A; 1VQP Q; 1X01 A; 3V7S A; 2VGN A; 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