The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
GSSGSSGLSNGQGSRVLHVVQTLYPFSSVTEEELNFEKGETMEVIEKPENDPEWWKCKNARGQVGLVPKNYVVVLSDGPALHPAHSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of the human cytoplasmic protein NCK2
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Cytoplasmic protein NCK2
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| total genus |
7
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SHG A; 1Y0M A; 2FO0 A; 2V1Q A; 3RBB B; 1NEB A; 2J05 A; 2HSP A; 3I5S A; 4LE9 A; 1SEM A; 2L3Q A; 2DIL A; 3FJ5 A; 1UTI A; 2L0A A; 2DRK A; 2A37 A; 1BU1 A; 2KR3 A; 1PKT A; 2H8H A; 2DL7 A; 1M3A A; 3REB B; 4HVV A; 2O2O A; 2O9V A; 1WA7 A; 3H0H A; 2J6F A; 1V1C A; 4K11 A; 1U06 A; 1UHC A; 3EG3 A; 1LCK A; 2FRY A; 5FWC A; 1OEB A; 1UDL A; 2CH4 W; 2RN8 A; 1FYN A; 1TG0 A; 2VWF A; 1CKB A; 1QWF A; 1YWO A; 1HD3 A; 4CC7 A; 5IHK A; 2V1R A; 2D8J A; 2KEA A; 2ED1 A; 1BK2 A; 2KRS A; 1OPL A; 2EPD A; 4JJB A; 3I9Q A; 1BB9 A; 1RI9 A; 2ABL A; 4HCK A; 1SPK A; 3H41 A; 2KRO A; 2LMJ A; 2AKK A; 2L2P A; 1GFD A; 1T3L A; 1E6G A; 2CUD A; 2KXD A; 4J9D A; 1E6H A; 1WXB A; 2DA9 A; 4HXJ A; 5I11 A; 3PVQ A; 4CC2 A; 4IIO A; 4Z88 A; 2J7I A; 3VS5 A; 4ZNX A; 3M0T A; 1WXU A; 2M51 A; 2JT4 A; 4OML A; 4AG1 C; 1UEC A; 4J9E A; 4J9C A; 3PVL A; 1KJW A; 4FSS A; 2JMA A; 3REA B; 2OI3 A; 1JQQ A; 2LZ6 B; 1NLP C; 5GJW B; 2FEI A; 3O5Z A; 1QCF A; 2EYY A; 1TUC A; 1WX6 A; 2J6K A; 4OMM A; 1UFF A; 3ULR B; 1U3O A; 2CSQ A; 2LJ3 A; 3KFV A; 1XOV A; 2AZV A; 2C0T A; 2EGC A; 1NEG A; 1BBZ A; 3M0P A; 1QKX A; 3GBQ A; 5ECA A; 4AFQ C; 4OMO A; 2GBQ A; 1H3H A; 4R0K A; 3UA6 A; 3SHW A; 1J3T A; 1WDX A; 2EQI A; 1GBR A; 1YP5 A; 1UUE A; 2K7A A; 3VS7 A; 2F2W A; 1U5S A; 4AFU C; 2DL3 A; 2B86 A; 1SHF A; 1M3B A; 1UE9 A; 2XMF A; 1OPK A; 2DL8 A; 5IHI A; 4JPB W; 1X2Q A; 2DVJ A; 1K1Z A; 2G6F X; 3H0I A; 2KE9 A; 2BZ8 A; 2KYB A; 2JM8 A; 2NWM A; 2M0Y A; 2A36 A; 2AKL A; 2YSQ A; 1ZUU A; 2RMO A; 1SSH A; 1WLP B; 2K9G A; 4OMP A; 1K4U S; 2BZX A; 2LJ0 A; 2KGT A; 1UGV A; 1OV3 A; 2ENM A; 2GGR A; 4RTT A; 4OMQ A; 3VS0 A; 2DYB A; 2CT4 A; 4RTY A; 2EYZ A; 2PZ1 A; 3H0F A; 3IQL A; 4ORZ A; 2GNC A; 2GTO A; 2JS2 A; 2FPE A; 2DBK A; 4D8K A; 1PKS A; 2MIO A; 1I1J A; 2I0N A; 1K0S A; 3C0C A; 3NPF A; 4D8D A; 1M3C A; 1T0J A; 1WIE A; 1X43 A; 2AK5 A; 2EYX A; 1NYF A; 4Y92 A; 2FPD A; 5IHN A; 1K9A A; 1MUZ A; 1H92 A; 3I5R A; 1Z9Z A; 2YUP A; 2KNB B; 1RLQ C; 2O9S A; 4M4Z A; 4J9I A; 1M30 A; 3U23 A; 2OAW A; 4RTX A; 1CSK A; 4LNP A; 1T0H A; 3CQT A; 2KT1 A; 1AVZ C; 2HDA A; 2YUN A; 3M0U A; 1JO8 A; 4ESR A; 2ECZ A; 2L3S A; 1UJY A; 2CDT A; 1SRM A; 2F2V A; 2YT6 A; 1K76 A; 2RQW A; 2VVK A; 1AZG B; 1T3S A; 2QDL A; 1UJ0 A; 4J9B A; 1Z9Q A; 1YCS B; 3M0R A; 2MOX A; 2BTT A; 2GTJ A; 1JXO A; 1GRI A; 1X2K A; 1OOT A; 3JV3 A; 2RF0 A; 1VYV A; 2ROL A; 3TSZ A; 2DNU A; 4J9F A; 2C0O A; 1EFN A; 1UG1 A; 5FW9 A; 2ESW A; 1X6B A; 5IH2 A; 2O88 A; 2A28 A; 2CRE A; 1GFC A; 3EG2 A; 3NGP A; 1AD5 A; 1ABO A; 2JXB A; 4AG2 C; 5GJV B; 2EGA A; 2GQI A; 3R6N A; 1AZE A; 1ZSG A; 2VKN A; 2ROT A; 1FMK A; 4X1V A; 1NLO C; 2JTE A; 1ABQ A; 5EC7 A; 3EG0 A; 2K79 A; 4RTZ A; 2ED0 A; 2W0Z A; 1I0C A; 4DEY A; 4Z8A A; 4J9H A; 1B3Q A; 2KT8 A; 3UA7 A; 3VS3 A; 1VA7 A; 2DF6 A; 2LCS A; 3SEM A; 3VS1 A; 2DLP A; 4KRT A; 4IIM A; 3VS2 A; 2EBP A; 2K2M A; 2JS0 A; 2LX7 A; 4F16 A; 4HVW A; 5I22 A; 2D0N A; 2D1X A; 1WI7 A; 1PWT A; 1WFW A; 2CH4 A; 3EHQ A; 1B07 A; 2EGE A; 4AFS C; 1GCP A; 1A0N B; 4F14 A; 3UAT A; 2KYM A; 4JZ4 A; 1GCQ C; 1WYX A; 2DX1 A; 2LJ1 A; 2KBT A; 2PNI A; 2RQT A; 1S1N A; 2JW4 A; 1KSW A; 2O31 A; 1MV0 B; 3ZL7 C; 4GBQ A; 4JJC A; 1HJD A; 1PHT A; 2DMO A; 1NYG A; 2DRM A; 3UF4 A; 1W1F A; 2SRC A; 4JZ3 A; 2L3P A; 2F2X A; 2P4R A; 1M8M A; 2EW3 A; 1JEG A; 1X6G A; 4RTW A; 2K6D A; 3NHN A; 1GBQ A; 3NMZ C; 1TUD A; 4DEX A; 3QWY A; 1WXT A; 2X3X D; 2RQU A; 1AWX A; 2OJ2 A; 2CUB A; 5IXF A; 1I07 A; 2PTK A; 4RTU A; 2JMC A; 2FPF A; 2RQV A; 3RNJ A; 1Y57 A; 1YN8 A; 1IO6 A; 1NG2 A; 4A63 B; 1PNJ A; 2C0I A; 1E7O A; 4LUD A; 3EGU A; 2MCN A; 1AWJ A; 5L23 A; 2JM9 A; 2SEM A; 5HCK A; 1GL5 A; 2AZS A; 4GLM A; 2FG0 A; 1N5Z A; 2DJQ A; 2CSI A; 2DM1 A; 3EG1 A; 1M27 C; 2KRN A; 3A98 A; 4RUG A; 1X69 A; 3EHR A; 3THK A; 2KRM A; 2HBW A; 1ZUK A; 2RQR A; 3PE0 A; 1ZX6 A; 3M0Q A; 1YWP A; 1QWE A; 2RPN A; 1PRL C; 4JJD A; 4EIK A; 4WCI A; 1QLY A; 1JXM A; 2K3B A; 1AWW A; 1CKA A; 2YUQ A; 5IXB A; 2YUO A; 2A08 A; 3VRY A; 3M0S A; 2IIM A; 3VRZ A; 1SRL A; 2BZY A; 1X27 A; 2NUZ A; 1JU5 C; 2LQN A; 2YDL A; 4LUE A; 1GCQ A; 2HCK A; 1ARK A; 2DBM A; 3TSW A; 2CT3 A; 2LNH B; 2EVR A; 2FRW A; 3VS6 A; 2HEQ A; 2X3W D; 4LN2 A; 1QKW A; 4CC3 A; 1HSQ A; 2DL5 A; 1K0X A; 1YNZ A; 4HVU A; 1NM7 A; 4CC4 B; 2EYW A; 3VS4 A; 1ZLM A; 1G2B A; 1RUW A; 2LP5 A; 4OMN A; 2LQW A; 4F17 A; 1UHF A; 1VYU A; 3QWX X; 1G83 A; 4AFZ C; 3I35 A; 3LH5 A; 1H8K A; 1ZBJ A; 4Z89 A; 2J6O A; 2DE0 X; 1W6X A; 2D8H A; 4QT7 A; 4J9G A; 3TVT A; 1AEY A; 1VYT A; 1MV3 A; 5FWB A; 4E6R A; 1AOJ A; 4RTV A; 1ZUY A; 1RLP C; 2DL4 A; 2J06 A; 2EKH A; 2KXC A; 1PRM C; 1AWO A; 2E5K A; 1W70 A; 2W10 A; 1KIK A; 2RNA A; 1KFZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FIF A; 2V1Q A; 3L2Q A; 3OSS C; 3HFN A; 3JSC A; 5CKE A; 2HSP A; 4LE9 A; 2DZC A; 1D3B A; 1PSF A; 3FJ5 A; 1IZ6 A; 3NTI A; 3A1P A; 2VC8 A; 2DRK A; 3EG9 A; 3QDF A; 4M75 A; 1NJI R; 1UGQ B; 2BKD N; 4J6W A; 2KR3 A; 3D7S B; 2CS7 A; 1I81 A; 1PKT A; 1H3Z A; 2X4J A; 3REB B; 1VQL T; 3CC2 T; 3HPW A; 3CMA A; 3PIO A; 2E70 A; 2LDM A; 4BY6 C; 3OYM A; 2E1H A; 1U06 A; 1IRE B; 8ATC B; 2JTF A; 3EG3 A; 1LCK A; 1Y7X A; 2HBP A; 2CP0 A; 3G4S Q; 4BDZ A; 2LQK A; 4OB3 B; 5DLO A; 2MK5 A; 3OYI A; 2DXT A; 4QVD A; 1QWF A; 2Y4X A; 1HD3 A; 3VV0 A; 2D8J A; 4OGE A; 1XNI A; 1BK2 A; 2KRS A; 2AHJ B; 5LJ5 g; 2EFI A; 4HCC A; 1VQ9 T; 1BB9 A; 1RI9 A; 2EAY A; 1VQN T; 1SKU B; 3VYG A; 2QA4 T; 2DXB A; 4QVC A; 2LMJ A; 1G3S A; 3INZ A; 1E6G A; 2ZAE A; 4M77 D; 1S72 T; 4BE2 A; 1WXB A; 2M9U A; 3DKM A; 4FW1 A; 3MEV A; 3PVQ A; 4IIO A; 2MWO A; 2K3X A; 4ZNX A; 2RK2 A; 1WXU A; 2M51 A; 4N0A C; 4AG1 C; 3QXE B; 1K73 R; 2D0Q B; 4EMH A; 1VQK A; 2O4X A; 2DD5 A; 2JMA A; 4PJJ A; 3UDC A; 4AMC A; 1VQO Q; 2FEI A; 1KHC A; 3MO8 A; 5GAO r; 3CCV A; 1TUC A; 5D6Y A; 4M78 C; 4A4H A; 2EQM A; 1XOV A; 2C0T A; 2EGC A; 2PUO B; 3SB2 A; 3EH2 A; 3CCS Q; 1BBZ A; 3M0P A; 4AFQ C; 4R0K A; 2EQI A; 5GMK l; 1C0M A; 4M7A G; 1OX8 A; 1UEB A; 2K7A A; 2DL3 A; 3BW1 A; 3RR6 A; 2XMF A; 2XK0 A; 1VQM A; 4C0D B; 2K4Y A; 2G6F X; 3H0I A; 4C5G A; 2E5Q A; 2BZ8 A; 2NWM A; 2A36 A; 2AKL A; 3LGF A; 4BI8 B; 1SSH A; 1WLP B; 4ELY C; 4ANJ A; 2EJ9 A; 3L1A A; 1OV3 A; 3VS0 A; 4Z02 A; 2QEX Q; 3G1J A; 2CT4 A; 3S3N A; 4C8Q F; 4F7U B; 2GNC A; 5IAY A; 1PKS A; 2ZPF B; 1KD1 C; 1TH7 A; 2HQX A; 3C0C A; 1MGQ A; 2VGM A; 3A8H B; 4IUQ A; 5GMK m; 1TSF A; 2FPD A; 1HK9 A; 2V8K A; 5IHN A; 2EJG A; 2Y90 A; 4FYY B; 1YJ9 T; 3OW2 P; 4II1 A; 2LC4 A; 3FLG A; 1RLQ C; 3CC4 T; 4A4F A; 1WHM A; 1VQ8 A; 3MP6 A; 4KUL A; 2OAW A; 5I2M A; 1CSK A; 4LNP A; 2RJF A; 4LDV A; 3CQT A; 3OMC A; 1KD1 U; 5A0L A; 1AVZ C; 2HDA A; 1Q81 R; 4PJO C; 1VQP T; 4NOY A; 2L3S A; 1UJY A; 4QKU A; 3PT9 A; 1G8X A; 4JJN K; 1RAF B; 2NUP B; 2RQW A; 4L6V 5; 3JCM e; 4KGV B; 2CYZ B; 3E9F A; 1UJ0 A; 1Z9Q A; 2MOX A; 3MP1 A; 1KG1 A; 1X2K A; 3CPF A; 1K8A C; 1YJW T; 2ROL A; 2QQB A; 2DNU A; 2C0O A; 3H9N A; 1UG1 A; 4JUV A; 1YIJ T; 1K9M R; 1QP2 A; 2CRE A; 4Y91 A; 3NGP A; 1EIF A; 4HCB A; 2FHD A; 1ZSG A; 2K3Y A; 3CCJ A; 1IGU A; 3N5B B; 1ABQ A; 4RG2 A; 5HKC A; 5LJ5 f; 2P4T A; 3JCM V; 5KYX A; 3UPU A; 4RTZ A; 4C8Q D; 3CMA Q; 1B34 A; 1RAH B; 2QQA A; 1Q7Y C; 2FVU A; 1B3Q A; 4BI4 A; 1TS9 A; 2DF6 A; 4J7I A; 4KRT A; 2CZ1 B; 2QA4 Q; 5LJ5 j; 2JS0 A; 2LX7 A; 4F16 A; 4HVW A; 2D0N A; 4HCZ A; 3OYB A; 1WFW A; 3FC3 A; 2NUT A; 5GAN 5; 4BE1 A; 4AFS C; 4KT0 E; 1LJO A; 1GCP A; 3RKY A; 2KYM A; 4JZ4 A; 3EH1 A; 4PLL A; 2KBT A; 4PLI A; 1Q7Y U; 2RQT A; 2JW4 A; 1MV0 B; 4M7D B; 2RI3 A; 4N4I A; 2DMO A; 3S3M A; 2Y4Y A; 5GAN 4; 1M90 C; 4X9C A; 4C92 B; 2V8J A; 1LPL A; 2AIR B; 4DEX A; 2RQU A; 3TEE A; 5GAN 6; 1UGS B; 4FCY A; 1VQK Q; 2JMC A; 3S3O A; 1GXI E; 2RQV A; 3RNJ A; 3RES A; 2QG9 B; 2L89 A; 3E9G A; 3CCV Q; 1Y96 B; 1N8R C; 2JZ2 A; 3CCM A; 1M90 U; 1ZA2 B; 2E3H A; 4GLM A; 4DBQ A; 4N0A A; 2CP7 A; 2EQJ A; 1G3T A; 4BD3 A; 2D6F A; 1D0Y A; 1N5Z A; 4PJO E; 1VUB A; 5CQX A; 2DM1 A; 4HT9 A; 3EG1 A; 1VIF A; 2GFA A; 2KRN A; 2FYK A; 3RIR A; 1X69 A; 3HP9 A; 1JJ2 P; 2H3J A; 3PE0 A; 1ZX6 A; 4FW2 A; 5FRO A; 1PCX A; 5CO7 A; 5IN1 A; 4M78 A; 1N27 A; 1PRL C; 4JJD A; 3FDR A; 2JOY A; 2EQK A; 2P0K A; 3EGD A; 1VQM Q; 1N8R U; 1CKA A; 2YUQ A; 5KYW B; 2BUD A; 3EG9 B; 4M75 B; 5IXB A; 4FT2 A; 5KH6 A; 4M78 G; 2KVQ G; 2X9H A; 5J3B A; 4DBH A; 4QQD A; 3M0S A; 1JB0 E; 2COY A; 4J83 A; 3NFC A; 2BZY A; 5GAN 7; 3ME9 A; 1YJN T; 1QVP A; 2P84 A; 2HKQ B; 3A5Z B; 4XK8 E; 1JU5 C; 4XQ3 A; 2NYS A; 2DKG A; 4JRI A; 1VQ7 A; 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2L2P A; 3P8B B; 1GFD A; 3PFS A; 2CUD A; 2X51 A; 2KXD A; 1V76 A; 1E6H A; 1R0B G; 3JCM d; 4PJO F; 4HXJ A; 1KHI A; 3MET A; 2HZY A; 4M77 G; 3VS5 A; 2FZG B; 5CIU A; 2XG8 D; 2OX7 A; 4J9C A; 3PVL A; 2QEX T; 3QZ9 B; 3REA B; 1C6V X; 2XKO C; 2OI3 A; 1NLP C; 1BYM A; 3JCM h; 1PD0 A; 2X4X A; 2ZPH B; 1QCF A; 4DBF A; 1PSE A; 2EYY A; 4XTZ A; 1NEG A; 2KMT A; 2WSC E; 3CCM Q; 5ECA A; 3GBQ A; 3OYE A; 3SFM A; 4B6M A; 3BDL A; 2C06 A; 1Q86 R; 1U1T A; 3JB9 I; 3CCQ Q; 3UA6 A; 1J3T A; 5GMK j; 1YP5 A; 1VQ4 A; 3VS7 A; 2VGN A; 2BE9 B; 3QII A; 1NJI C; 3LWI A; 1M3B A; 3E1S A; 4OP0 A; 4L5G A; 2DL8 A; 4ZTF A; 4M7A E; 1KC8 R; 4IUR A; 2KYB A; 2H3E B; 1PG5 B; 2M0Y A; 1K4U S; 2KY9 A; 3L2U A; 2DAQ A; 3CBM A; 2LJ0 A; 2MI6 A; 2KGT A; 4DA4 A; 2E6Z A; 4D6W A; 4M7D F; 5KYX B; 2DYB A; 2YHT A; 2HQE A; 4RTY A; 1B34 B; 3H0F A; 1NJI U; 2ZPB B; 2RM4 A; 1BI2 A; 4ORZ A; 3G71 A; 4ZN3 A; 2GTO A; 1N6A A; 4C92 F; 2ZPE B; 2V26 A; 5CKF A; 4D8K A; 2ZCF B; 3CCR A; 1VQ7 Q; 2MIO A; 4A54 A; 2I0N A; 1C1A A; 2RK1 A; 3QJY A; 4JRP A; 4D8D A; 1M3C A; 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