The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
|
| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GFD A; 1HJD A; 2EYZ A; 2A28 A; 2SEM A; 1MV3 A; 4RTT A; 5FWB A; 3VS2 A; 4F17 A; 2O9V A; 5IHK A; 1EFN A; 1UHF A; 4HVV A; 2W0Z A; 2BZ8 A; 2EYX A; 3A98 A; 1QKX A; 1JU5 C; 4F14 A; 1ABO A; 3VS0 A; 1G83 A; 4CC4 B; 1ZSG A; 2VVK A; 4IIO A; 1GBR A; 2BZX A; 4LE9 A; 1CKA A; 3UAT A; 1JXO A; 2ESW A; 5IH2 A; 2X3W D; 3H0I A; 2O2O A; 2L3Q A; 1M3C A; 2ROL A; 1UG1 A; 2L3S A; 1QLY A; 1X6G A; 2I0N A; 1T3L A; 2EGE A; 1GCQ C; 4QT7 A; 4HVW A; 1JQQ A; 2KT8 A; 1U5S A; 2LX7 A; 5GJW B; 5IHI A; 3VS6 A; 4JJC A; 1I1J A; 2LQN A; 3UA7 A; 1FYN A; 4HVU A; 4OML A; 2PZ1 A; 1BU1 A; 2KNB B; 2J6F A; 4DEX A; 1HD3 A; 1WX6 A; 3I35 A; 1SHF A; 4IIM A; 1YWP A; 1XOV A; 1W1F A; 1AWW A; 2V1Q A; 3REA B; 4GLM A; 4D8D A; 2M0Y A; 1J3T A; 1ZBJ A; 4JZ4 A; 4FSS A; 1ZUY A; 3LH5 A; 1SRM A; 3GBQ A; 2GTO A; 1PKS A; 2NUZ A; 2W10 A; 5IXB A; 1AVZ C; 1MV0 B; 2KT1 A; 3UF4 A; 2BZY A; 2G6F X; 5EC7 A; 1OEB A; 2JMA A; 2P4R A; 1RLQ C; 1WIE A; 2A37 A; 4AFU C; 1H3H A; 1BB9 A; 1UDL A; 2HSP A; 1AWO A; 1M3A A; 2F2W A; 2DVJ A; 1T0H A; 2GTJ A; 2MIO A; 4M4Z A; 1AEY A; 5ECA A; 2VKN A; 3M0R A; 2DBM A; 2RN8 A; 2DL5 A; 2K79 A; 1M3B A; 1YWO A; 2DYB A; 1GCP A; 4ZNX A; 4J9B A; 3U23 A; 5GJV B; 4LN2 A; 1UJY A; 4K11 A; 1I07 A; 2FPE A; 3NPF A; 2EW3 A; 3RNJ A; 3PVQ A; 3UA6 A; 2XMF A; 1E6H A; 4E6R A; 3VS5 A; 1T3S A; 2KGT A; 1N5Z A; 2J6K A; 2AZS A; 2QDL A; 2O88 A; 2RMO A; 3QWX X; 1KSW A; 3R6N A; 2JM9 A; 2AKL A; 4OMQ A; 1JEG A; 1KJW A; 2DL8 A; 1TG0 A; 1AD5 A; 3KFV A; 2JXB A; 2GGR A; 2JMC A; 1YNZ A; 2KE9 A; 3RBB B; 1OPL A; 4J9E A; 1NLO C; 2YUO A; 2KYM A; 2K2M A; 2ECZ A; 1ZX6 A; 2KXC A; 3ZL7 C; 4EIK A; 2K9G A; 2YT6 A; 1ZUK A; 3M0T A; 2RPN A; 1GRI A; 4Z8A A; 2DL4 A; 2DA9 A; 1K0X A; 2V1R A; 2JTE A; 2O31 A; 1E6G A; 2C0T A; 1QCF A; 4CC2 A; 1OOT A; 1RI9 A; 2YDL A; 3VS1 A; 1WLP B; 2RNA A; 1X43 A; 2YUN A; 1GCQ A; 5I11 A; 1WYX A; 1BBZ A; 2YUQ A; 2CUB A; 2LP5 A; 2LZ6 B; 2EYY A; 2IIM A; 1BK2 A; 2KRS A; 4RTU A; 1SEM A; 1QWE A; 2CH4 W; 2FRY A; 1WXU A; 2EBP A; 1HSQ A; 2EQI A; 4A63 B; 3M0Q A; 1X27 A; 2HBW A; 1UUE A; 2JW4 A; 1NYG A; 1M27 C; 1UE9 A; 1AWX A; 2VWF A; 2FEI A; 1YCS B; 1NG2 A; 2EYW A; 2C0I A; 2GNC A; 2L2P A; 2ED0 A; 2RQT A; 3EHR A; 2K7A A; 1QWF A; 1WFW A; 3PE0 A; 4LUE A; 4AFQ C; 1U06 A; 2CSI A; 1SRL A; 2FO0 A; 5FW9 A; 3TVT A; 4X1V A; 2D8H A; 4D8K A; 1I0C A; 3M0P A; 3SHW A; 3THK A; 2D8J A; 2J7I A; 2CT4 A; 2M51 A; 3EG2 A; 3VRY A; 3FJ5 A; 1X6B A; 3NGP A; 2KEA A; 5FWC A; 2AKK A; 4J9G A; 4DEY A; 1FMK A; 1Y57 A; 3TSW A; 2DRK A; 3H0H A; 2PNI A; 2J6O A; 5L23 A; 1WXB A; 1RLP C; 3CQT A; 1PRM C; 2EKH A; 2A08 A; 1UGV A; 2A36 A; 1ARK A; 4ORZ A; 2D0N A; 1ZLM A; 2OI3 A; 2LCS A; 2KYB A; 1Z9Q A; 1WI7 A; 1SSH A; 2EVR A; 4WCI A; 1TUC A; 1YN8 A; 1H92 A; 1JO8 A; 1UFF A; 2B86 A; 3EG3 A; 4F16 A; 1GFC A; 4CC7 A; 1UHC A; 1VYV A; 1CKB A; 4HCK A; 3EGU A; 4RUG A; 2CRE A; 4RTX A; 3REB B; 1S1N A; 4R0K A; 2AZV A; 3PVL A; 1M30 A; 2YUP A; 1X69 A; 2MCN A; 4J9C A; 3H41 A; 2CDT A; 1WA7 A; 2GQI A; 2JT4 A; 1GBQ A; 2ROT A; 2KR3 A; 4RTZ A; 4J9F A; 2JS0 A; 2L3P A; 1B07 A; 3M0U A; 1PRL C; 2KBT A; 2RQU A; 2DL7 A; 2LJ1 A; 3VS4 A; 1H8K A; 2DM1 A; 1NYF A; 4OMN A; 1K76 A; 4JZ3 A; 4JPB W; 4AG1 C; 4GBQ A; 1K9A A; 1CSK A; 1K0S A; 2RQV A; 1K4U S; 3VS7 A; 3EG1 A; 4JJB A; 4JJD A; 2O9S A; 1ZUU A; 3SEM A; 1ABQ A; 5IXF A; 2H8H A; 2DF6 A; 2DIL A; 2DLP A; 2AK5 A; 2DMO A; 2DBK A; 1IO6 A; 3QWY A; 2DX1 A; 4J9D A; 4LNP A; 2DE0 X; 2FPF A; 3NMZ C; 3ULR B; 2D1X A; 2FRW A; 1X2K A; 2SRC A; 3H0F A; 1LCK A; 4KRT A; 1UTI A; 4OMP A; 2F2V A; 3VRZ A; 2X3X D; 1KFZ A; 1JXM A; 1UEC A; 2RF0 A; 1W70 A; 1NLP C; 2ENM A; 2KXD A; 2NWM A; 2FG0 A; 3I5S A; 1SHG A; 5HCK A; 2KRN A; 2J06 A; 1PWT A; 4AFZ C; 4HXJ A; 1VYT A; 4RTV A; 1AZG B; 3I9Q A; 1AOJ A; 1YP5 A; 1OPK A; 1RUW A; 4AG2 C; 5IHN A; 2C0O A; 2GBQ A; 2ED1 A; 1A0N B; 2LNH B; 1WXT A; 1PNJ A; 2FPD A; 2ABL A; 2LJ3 A; 1Z9Z A; 1NEG A; 1NM7 A; 2EGC A; 1OV3 A; 1WDX A; 1Y0M A; 4RTW A; 2DRM A; 3TSZ A; 3C0C A; 2RQR A; 2LJ0 A; 4J9I A; 1W6X A; 5I22 A; 1E7O A; 2EGA A; 1NEB A; 2CH4 A; 2EPD A; 2LMJ A; 2J05 A; 3M0S A; 2CSQ A; 2HEQ A; 4OMO A; 2JS2 A; 1SPK A; 3IQL A; 1VA7 A; 2YSQ A; 1U3O A; 2OAW A; 3JV3 A; 2MOX A; 2F2X A; 1QKW A; 2PTK A; 2L0A A; 1GL5 A; 2CT3 A; 4OMM A; 1K1Z A; 1T0J A; 2BTT A; 4J9H A; 2OJ2 A; 2DJQ A; 1PHT A; 1UJ0 A; 2K3B A; 1AZE A; 3EG0 A; 3I5R A; 1PKT A; 3VS3 A; 3NHN A; 2LQW A; 4ESR A; 4AFS C; 1M8M A; 2E5K A; 2DNU A; 1X2Q A; 4Z88 A; 1MUZ A; 1G2B A; 2HDA A; 2KRO A; 3EHQ A; 1AWJ A; 2DL3 A; 2CUD A; 2JM8 A; 2RQW A; 1B3Q A; 2KRM A; 4CC3 A; 1TUD A; 1V1C A; 3O5Z A; 4Y92 A; 4Z89 A; 1KIK A; 2HCK A; 4LUD A; 4RTY A; 1VYU A; 2K6D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RKX A; 2QEX A; 1YI2 T; 3X26 B; 3DB3 A; 2C06 A; 2QTV A; 2MWO A; 3CC7 T; 2EYX A; 3A98 A; 1VQM T; 1QKX A; 4AMC A; 4F14 A; 3VS0 A; 1K8A C; 1ZSG A; 3CD6 Q; 2DD5 A; 2LQ8 A; 2P0Q A; 3VJP A; 1GBR A; 4C8Q B; 3L2W A; 3S3O A; 2FZC B; 5LJ5 e; 5A0L A; 4MZT A; 2L3Q A; 2L3S A; 2D0Q B; 2I0N A; 1ZBX A; 5CK9 A; 3OBY A; 1SF9 A; 1KK7 A; 4LDU A; 2X35 A; 3QYH B; 3OYF A; 4PFO A; 3MET A; 2DFU A; 4F7U E; 2KNB B; 2OTL Q; 1D3B A; 1SG5 A; 1HD3 A; 4FT4 A; 3E9F A; 4EMG A; 4DQ2 A; 1Y71 A; 1YIT A; 4JZ4 A; 4FSS A; 2RK1 A; 5IXB A; 3HPW A; 1AVZ C; 2DXB A; 2KT1 A; 4ZTJ A; 3CBO A; 3NTI A; 3RDV A; 3HFN A; 3RES A; 1Q7Y R; 1EZZ B; 3S6W A; 4J83 A; 3CCL A; 1M3A A; 2F2W A; 2Z0W A; 2GTJ A; 1VQ6 T; 5CKD A; 3CC2 T; 5ECA A; 2VKN A; 2X4X A; 1IGQ A; 2DBM A; 3OYI A; 3UPU A; 1JJ2 P; 2K79 A; 1N9S A; 4Y28 E; 5GMK i; 4BE1 A; 2DXC A; 1MHN A; 1GCP A; 4ME7 A; 3MCA B; 2E6Z A; 2VV5 A; 2Y4X A; 1UJY A; 1KQ2 A; 1WQ7 A; 3V7C A; 1WJR A; 4FYX B; 3QXE B; 2EJG A; 3LWH A; 3PVQ A; 3C94 A; 2CZ7 B; 1T3S A; 2QQA A; 4NL2 A; 2WAC A; 3DLM A; 2AZS A; 2RHX A; 2RMO A; 3X20 B; 3OA6 A; 1KSW A; 2FZK B; 4C5E A; 3EFR A; 4JS5 A; 1JEG A; 3OW2 A; 2K3X A; 1K73 U; 4QVZ A; 3VYH B; 4F7U B; 3JB9 F; 3DB4 A; 2E41 A; 1UGQ B; 1YNZ A; 3OW2 S; 1IXD A; 3RBB B; 5GAM g; 3OYE A; 4J6X A; 2JTF A; 2ECZ A; 2P0K A; 2KXC A; 5CQY A; 2LVM A; 3M59 A; 1VQL T; 3OBW A; 4M7D F; 3L2U A; 1ZUK A; 3G71 Q; 2KK4 A; 3M0T A; 2MI6 A; 2RPN A; 1WHK A; 1K9M U; 1VQN T; 1GRI A; 4Z8A A; 2DL4 A; 3CC4 T; 4II1 A; 5GAM f; 1PCX A; 2V1R A; 2ZPB B; 5J26 A; 2O31 A; 1OOT A; 1RI9 A; 1VQP A; 2KMT A; 1X43 A; 2YUN A; 3DLL A; 1C1A A; 1RAI B; 5GMK m; 2OTJ T; 2R5M A; 3JB9 I; 1YJ9 A; 2XDD A; 2EYY A; 4XU3 A; 2KRS A; 3R6O A; 1SEM A; 2COY A; 3CC4 Q; 1WXU A; 4KH0 B; 1Q86 C; 5FU7 B; 3M0Q A; 1M1G A; 1ZSZ C; 1UUE A; 4FIB A; 1ZSZ A; 1M1K U; 1OUL A; 4MML A; 2JW4 A; 1NYG A; 1Q7Y U; 2KVQ G; 1M27 C; 1UGR B; 1B7T A; 3ER0 A; 4M77 F; 1KD1 R; 1MNE A; 3URG A; 4E2F B; 4BDZ A; 3HRU A; 4M75 B; 1N9R A; 2LQK A; 1BI1 A; 3M56 A; 5KYY A; 2EQU A; 3EHR A; 1GXI E; 2K7A A; 1QWF A; 2NLU A; 3PE0 A; 2CSI A; 2BE7 D; 2RJD A; 5FW9 A; 3JCM e; 2JJ9 A; 2DO3 A; 5CKH A; 4D8K A; 4PKC C; 2IG0 A; 3SHW A; 5I21 A; 4M78 B; 1YIJ Q; 4IUP A; 1LPL A; 4KH1 B; 4DOW A; 5KE2 A; 4DOV A; 2EKO A; 1PRM C; 2EKH A; 5FRM A; 4C5I A; 4XK8 E; 1LJO A; 1ARK A; 4M7A D; 5D6X A; 1QCN A; 2QQR A; 2LCS A; 4FU6 A; 4PJL A; 2EVR A; 1M90 U; 1TUC A; 1Q86 U; 2JTM A; 5FU6 C; 3MP1 A; 1UFF A; 1D1B A; 1JJ2 A; 2PQW A; 1UHC A; 2VXE A; 3E2U A; 4HCZ A; 4HCK A; 4EDU A; 2CRE A; 5KE3 A; 1JJ2 S; 1S1N A; 2E3I A; 1F1B B; 4UC4 A; 1M30 A; 1VQ4 A; 2VXF A; 2XD0 A; 4ZGD B; 4J9C A; 3A8L B; 3CME A; 2IVW A; 2CDT A; 1WA7 A; 4RTZ A; 2L3P A; 2KBT A; 1R8O B; 2VB6 A; 1D0Y A; 2LJ1 A; 3A8M B; 2L89 A; 3CCE Q; 4C0F A; 4JJN K; 4OMN A; 4A54 A; 4JPB W; 5CQX A; 3JCM h; 2RQV A; 3TEE A; 1K4U S; 2H3E B; 4JJD A; 2E65 A; 2QGG A; 5CKF A; 2V26 A; 5GAM d; 1D3B B; 2DX1 A; 3EAE A; 4LNP A; 2WSE E; 1QVG P; 3CBM A; 4RMO A; 1G5V A; 4C0D C; 1VQO A; 2FPF A; 1BIB A; 4N4H A; 2SRC A; 1LCK A; 4KUD K; 4RCB A; 3SB2 A; 3KXT A; 2KXD A; 1NLP C; 3I5S A; 2RI5 A; 3MEU A; 1QP2 A; 2EQM A; 2GQV A; 5A0G A; 1VQK Q; 1KC8 U; 1AZG B; 4HCC A; 2ZPI B; 1RAE B; 3CCS A; 3MP8 A; 4GY5 A; 4BB7 A; 4F7U G; 3QG1 A; 3L2V A; 2RHU A; 3A8H B; 3SWN C; 4LD6 A; 2KQW A; 3CCV A; 3G1J A; 2ZPH B; 2E12 A; 3OYY A; 2QGF B; 4RTW A; 1KG1 A; 4E7K A; 1X01 A; 1KQS P; 3FRN A; 1S72 A; 1W6X A; 1UGS B; 2CH4 A; 3I55 Q; 4BE0 A; 4OMO A; 4IUU A; 2DPP B; 2CYZ B; 3IQL A; 2OAW A; 3JV3 A; 4LDW A; 2MOX A; 3CPW P; 5HK0 A; 1QKW A; 2PTK A; 2L0A A; 3QJ6 A; 4OMM A; 4PJO C; 1K1Z A; 4KGV B; 3FLG A; 3VYG A; 2DEQ A; 2DJQ A; 4ANJ A; 3PNW C; 3OS1 A; 1UJ0 A; 4JLI A; 3WVD B; 1X75 C; 4LXC A; 3EG0 A; 3LW5 E; 4P5N A; 2R58 A; 3MJX A; 5GMK e; 3QO3 A; 4C92 F; 1I8F A; 2E5K A; 3EGD A; 1X2Q A; 2B8A A; 1MUZ A; 1TH7 A; 2XKO C; 4KUI A; 1AWJ A; 3JB9 D; 4KT0 E; 1TSF A; 4Z89 A; 2QA4 Q; 1VYU A; 3HRT A; 4ZGJ B; 3MKD A; 4IKF A; 1GFD A; 1HJD A; 3G6E A; 5CKE A; 4RKU E; 2EYZ A; 2A28 A; 1MGQ A; 3MEA A; 3CCQ Q; 4M7A C; 4F17 A; 5FWB A; 2O9V A; 4M7D D; 2MAM A; 2QYZ A; 1EFN A; 1UHF A; 4HVV A; 3V8J A; 1YHQ A; 2W0Z A; 5J3B A; 4C8Q F; 2QI2 A; 1ABO A; 2DYI A; 4CC4 B; 4IIO A; 2PUO B; 1I5O B; 1IHV A; 3CCR Q; 2KI7 A; 2BZX A; 1RAG B; 2NUP A; 1Q81 C; 2X51 A; 3UAT A; 4EMK C; 1WHG A; 2XIC A; 1UB4 A; 3H0I A; 1ZSZ B; 2HQH A; 1PC0 A; 1XQH A; 5LJ3 h; 3JRZ A; 1M3C A; 2ROL A; 2HL5 C; 1EIF A; 1QLY A; 1X6G A; 3J80 E; 3H8Z A; 2DXU A; 3GOX A; 1GCQ C; 4YTL A; 4QT7 A; 4HVW A; 1NBE B; 5KYY B; 1AHJ B; 4FYW B; 4JJC A; 2X9H A; 3CCM T; 2LQN A; 4HVU A; 2MK5 A; 4OGC A; 1BU1 A; 1TWB A; 1QVG A; 2J6F A; 3QHS A; 2LDM A; 3S3N A; 3MEV A; 4M77 D; 1WGS A; 1QVG S; 5CO7 A; 4ZGE B; 2F69 A; 1SHF A; 1YWP A; 1XOV A; 1W1F A; 3PT9 A; 3REA B; 1VQ5 Q; 1AWW A; 3BE3 A; 3M58 A; 3CCU T; 2DER A; 4JLG A; 4QQD A; 2I2L A; 1ZBJ A; 3M4G A; 1ZUY A; 2VAS A; 4J7F A; 3CCJ T; 3GBQ A; 2GTO A; 4V2S A; 2RJC A; 3ZBD A; 1VQ7 T; 3H6Z A; 1Y07 A; 2FYK A; 5EC7 A; 2HKN A; 3RUX A; 4WTO B; 1M4Z A; 2HKQ B; 1BB9 A; 4A4E A; 5GAO r; 4ZN1 A; 1RAD B; 1T0H A; 5FU6 B; 2EWN A; 3PMT A; 2DXT A; 3CCJ Q; 5L8R E; 2RN8 A; 4L5G A; 2DL5 A; 4E7H A; 3GPL A; 4F04 B; 3NTK A; 1Y96 A; 3CMA A; 3BFM A; 4HCB A; 4ZNX A; 4J9B A; 3U23 A; 3M55 A; 5GJV B; 3G4S T; 1TS9 A; 3AT1 B; 4XU2 A; 1OQK A; 4XU1 A; 2EW3 A; 5A2Q E; 5LJ3 j; 3J7A F; 3PGG A; 5AT1 B; 2JNG A; 1LNX A; 4E6R A; 2BIV A; 2KGT A; 1VQ9 Q; 2RJF A; 4E7I A; 2CZ6 B; 4OB0 B; 4BI4 A; 2K5I A; 2FL7 A; 4BDY A; 3CD6 A; 3CPF A; 4KUL A; 2VGM A; 3PTA A; 4PJO E; 2JXB A; 2GGR A; 2FHD A; 4X34 A; 2JMC A; 2KE9 A; 3G7Z A; 3OYK A; 2QG9 B; 1OPL A; 3EH1 A; 2KYM A; 2BUD A; 5GAN 4; 2K2M A; 5GAO m; 3WXM B; 2K9G A; 3JCM V; 3I56 T; 2XHC A; 1K73 R; 1VQ8 Q; 4HA8 A; 2QEX T; 1AT1 B; 9ATC B; 1Q82 C; 3GNG A; 1VUB A; 1YI2 Q; 2COW A; 4OP0 A; 4J7I A; 2OTL A; 2C0T A; 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