The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
112
|
structure length |
112
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMAQSKRHVYSRTPSGSRMSAEASARPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVFEDSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the CAP-Gly domain in human Dynactin 1
rcsb |
| molecule keywords |
Dynactin-1
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
112
|
| sequence length |
112
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HL5 C; 2E3I A; 2CP7 A; 2CP6 A; 1TXQ A; 1WHL A; 1WHH A; 2MPX C; 3E2U A; 1IXD A; 1WHJ A; 2HKN A; 1WHG A; 2CP0 A; 1WHM A; 1LPL A; 2CP2 A; 2HL3 A; 3RDV A; 2CP3 A; 2COY A; 1TOV A; 2E4H A; 2HQH A; 2CP5 A; 2E3H A; 1WHK A; 2COW A; 2COZ A; 2M02 A; 2Z0W A; 4B6M A; 2QK0 A; 2HKQ B; 3TQ7 P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M4Y A; 3MHX A; 4J9C A; 4PNO A; 4R0K A; 4RTW A; 1H8K A; 2NUT A; 3PVQ A; 2HKN A; 2ZPB B; 3SFM A; 1GCQ C; 2KE9 A; 1JJ2 P; 2KK4 A; 4DEY A; 1Y96 A; 3EGU A; 4FM4 B; 1M2V B; 2RHZ A; 4RTT A; 3MJX A; 3SDZ A; 2FZK B; 5LJ5 f; 2DVJ A; 1PKT A; 3EG3 A; 1D09 B; 1UFF A; 1UHC A; 8ATC B; 1KHI A; 5I22 A; 5GAM h; 4A4H A; 4OMM A; 4EMK B; 4C0D C; 2F1L A; 2D0N A; 2NUZ A; 1N9R A; 3MO8 A; 3FDR A; 4XTV A; 3M57 A; 1PRM C; 4J83 A; 2LQ8 A; 2OTL A; 5GAN 4; 2I0N A; 3QDF A; 2LRQ A; 3QYG B; 3FLG A; 4E7S A; 1IHV A; 5IAY A; 1TH7 A; 2EGE A; 3MEW A; 1UG1 A; 1X2K A; 2PUK B; 3I55 Q; 2JNG A; 1EZZ B; 2KRS A; 4WTO B; 4OGC A; 2PUO B; 1GCQ A; 4C5I A; 1SEM A; 4OMQ A; 3LGF A; 2JXB A; 2YUP A; 1O75 A; 1SSF A; 1VIE A; 3M4G A; 4L6V 5; 2QQ9 A; 5KH6 A; 1WA7 A; 4M75 E; 2LVM A; 2HBP A; 2DBM A; 1R0C B; 4MZT A; 3SHW A; 1VQ4 Q; 3MEA A; 4P5N A; 1NBE B; 4C0D B; 1RUW A; 3QYH B; 1VQO T; 1YBY A; 4Z02 A; 5DLO A; 1BYM A; 4M75 G; 3GLX A; 5KE3 A; 1UGQ B; 4A4K A; 2MMP A; 3CCL T; 2RM4 A; 2QK0 A; 1VQ7 T; 2P0K A; 2VGN A; 4Q5W A; 5IT9 E; 2E3I A; 4CI0 C; 3L2U A; 2L3Q A; 3HRS A; 3CCS Q; 3CMA A; 4K11 A; 1RAI B; 1GBQ A; 1M1K C; 1UE9 A; 3J81 E; 2XI9 A; 3EG2 A; 3JB9 H; 4XK8 E; 4BDY A; 2QDL A; 3JCM e; 2RD1 A; 1WIE A; 4BE2 A; 3ASK A; 1I1J A; 2Z0W A; 2F5K A; 2FYK A; 3OS5 A; 4C5E A; 2LNV A; 4HT8 A; 3TRE A; 5GAN 7; 4PJM A; 1NYF A; 3JV3 A; 4JRQ A; 2HNI A; 9ATC B; 1X01 A; 2AHJ B; 2JW4 A; 4C5G A; 1YIT Q; 5KYY B; 2RB6 A; 1KD1 R; 2HCK A; 2K9G A; 1NYG A; 1QQJ A; 2GQI A; 1DJ7 B; 1BB9 A; 4OB3 B; 2HL5 C; 5GAM d; 2XD0 A; 1ZUY A; 3C94 A; 2JTM A; 3QHS A; 5GAO l; 3VKI A; 2CYZ B; 3CCV A; 1KHC A; 5KYX A; 1KQS S; 5CCA A; 4LDU A; 3V7R A; 2EYX A; 1N6A A; 2QAZ A; 1VQ6 T; 1X43 A; 3G4S Q; 1FYN A; 3A8O B; 2QA4 Q; 1MGQ A; 3X26 B; 4E6R A; 3CXC S; 5KYU B; 3UPU A; 3NMZ C; 4C8Q D; 2KXD A; 3E2U A; 3QII A; 3PTA A; 3C12 A; 3WVD B; 4KH1 B; 4D6W A; 4KGV B; 2LQK A; 3I55 T; 1LPL A; 3CCE T; 1K73 R; 2EYW A; 5KYU A; 3QUI A; 1M8V A; 1N9S A; 3JB9 J; 1G83 A; 2ZPG B; 1MMA A; 2GTO A; 2DKG A; 2QEX T; 4LUD A; 4DBR A; 2V1Q A; 3CPW S; 5GMK e; 3J80 E; 5L23 A; 2L5Q A; 1TUD A; 4JJD A; 4E7I A; 2ZPH B; 1F1B B; 4KGZ B; 4BI8 B; 2AT1 B; 1WJR A; 3INZ A; 2KY9 A; 2YWW A; 1KC8 R; 2DJZ A; 1GL5 A; 3PT9 A; 2DNU A; 1YHQ Q; 5HKC A; 1B07 A; 3FB9 A; 3CC7 Q; 2RMO A; 1PHT A; 4J9B A; 2YLC A; 2DXU A; 2CZ1 B; 3PIO A; 3FJP A; 3V7S A; 3V8K A; 1M3A A; 3LW5 E; 4M78 G; 1ZHI A; 2COY A; 1HXD A; 2KQW A; 4J6W A; 2XMF A; 1TS9 A; 5GAN h; 1GFD A; 2RN8 A; 3UAT A; 2DIL A; 2DLP A; 2HKQ B; 4M7A D; 3SWN A; 2W0Z A; 2HQX A; 3OS0 A; 3LH5 A; 1XTD A; 2MYS A; 2OAU A; 4N4H A; 1K9M U; 4JLG A; 4C0G A; 5HK3 A; 3I35 A; 3HPW A; 3L2Z A; 2FL7 A; 5CVI A; 1WPY A; 3RR6 A; 4DOV A; 2EQJ A; 2EJ9 A; 2E1H A; 5HY6 A; 4Y92 A; 1Q86 R; 3CC4 Q; 3R6N A; 1ACM B; 3JCM X; 2HD0 A; 1NM7 A; 1ZX6 A; 1VQ4 A; 1VQM A; 2DMO A; 3H8Z A; 1BI3 A; 2NWM A; 4XTY A; 4FW2 A; 1PD0 A; 4LD9 K; 2YUQ A; 1Y57 A; 3CCU Q; 4EMG A; 2ATC B; 3TCJ A; 3X28 B; 5CR2 A; 2YT6 A; 3QO3 A; 4M77 F; 4MZP A; 2R5A A; 3PMT A; 1M90 U; 4AFS C; 2QTV A; 1U3O A; 3CPF A; 1AOJ A; 2V1R A; 3MEU A; 3VJP A; 3CCS A; 1SKU B; 4J9I A; 3OY9 A; 3R6O A; 1W1F A; 1VQ8 T; 2A7Y A; 2J7I A; 4LDX A; 2JMA A; 1JB0 E; 3UDC A; 3RDV A; 1YJ9 T; 2RA2 A; 3JCM W; 1BI1 A; 2RI5 A; 4JRK A; 5FRN A; 2X35 A; 1GRI A; 4JLI A; 1K0X A; 4XAX B; 1YIJ T; 2DRM A; 4M77 C; 2E12 A; 3CC2 T; 1RI9 A; 3EG0 A; 1KQS A; 4NS5 A; 2J6F A; 1H64 1; 1X6O A; 2D1X A; 1YCY A; 3EGD B; 1YIT A; 1K8A U; 3CD6 Q; 2R58 A; 1YJN Q; 3OBY A; 5GMK m; 4Y28 E; 5EC7 A; 2FRY A; 3EGD A; 1Q95 G; 3CXC A; 3LWI A; 2F2V A; 3I56 Q; 4FYY B; 4J7F A; 2JS0 A; 2WSE E; 2O9V A; 5C0M A; 3OYD A; 4KUI A; 1OZ3 A; 4KGX B; 4MMK A; 2ED0 A; 5GAN d; 2DM1 A; 4LDV A; 5IN1 A; 1KK7 A; 4BE1 A; 3CPW A; 1K0S A; 2KEA A; 5CKD A; 3OYH A; 3CCQ Q; 2VXF A; 3G4S A; 2QA4 A; 6AT1 B; 2CT4 A; 4M77 B; 4BDZ A; 2K7A A; 3A8G B; 3H0F A; 1WJQ A; 3UA6 A; 2CZ0 B; 2FPD A; 1WI7 A; 4OF1 A; 4ELZ C; 3TU4 K; 5GAM e; 5M9O A; 4M77 A; 2L2P A; 1VUB A; 1YJW T; 2DF6 A; 5LJ3 j; 3KFV A; 3OYB A; 1MV0 B; 1HK9 A; 1RAG B; 1Q86 C; 4X1V A; 2BZY A; 3ZBD A; 2DBK A; 3CC4 T; 4LN2 A; 2AKL A; 3FC3 A; 2EFI A; 2DIG A; 2JUF A; 2FZG B; 3M56 A; 2V26 A; 5HK0 A; 1Q81 R; 2O9S A; 1CKA A; 2J05 A; 3A8L B; 3QBY A; 2PNI A; 4JUV A; 3FIF A; 2VGM A; 1JQQ A; 2LP5 A; 4MDX A; 4DBH A; 4JZ4 A; 3QKJ A; 1YHQ A; 2JVV A; 5L8R E; 1OYX A; 3CC7 A; 4AFU C; 3RIR A; 4ZTJ A; 2M51 A; 1LCK A; 4PJO F; 3OYA A; 3CQT A; 1M9S A; 3H0I A; 3EGX A; 4DQ2 A; 2JN0 A; 2VWF A; 3NPF A; 3PGG A; 3J7A F; 2CP5 A; 1UJ0 A; 2K3X A; 1QCN A; 2OJ2 A; 3BDL A; 2XDB A; 4A63 B; 4M7D E; 2K5I A; 3LLR A; 1K1Z A; 1G8X A; 2L0A A; 2CP7 A; 4F17 A; 4XU1 A; 4OML A; 4WF2 A; 1YJN T; 2G3R A; 4IUR A; 3G6E T; 4HVV A; 3VRZ A; 2EGA A; 1QWF A; 3HKS A; 4A53 A; 2EW3 A; 4Y91 A; 4HCC A; 2BE9 B; 1VQN T; 4OB0 B; 3ZL7 C; 3ULR B; 2NLU A; 2DEU A; 1NE8 A; 3EAE A; 4R55 A; 2X4X A; 1KQS P; 3A1P A; 2GF7 A; 2O01 E; 3BFM A; 4DEX A; 3CCU A; 3OYF A; 2CKK A; 4QQG A; 4CC2 A; 1QP2 A; 1UEB A; 4C8Q E; 1OU9 A; 3CME T; 4PFP A; 2DJQ A; 3CXC P; 4BAC A; 1Z9Z A; 2DA9 A; 1WDX A; 1VQO Q; 2M16 A; 4LD6 A; 3GF5 A; 4C8Q G; 1G2B A; 3F70 A; 3CCL Q; 3MPU B; 2YHT A; 1RAA B; 1UEC A; 2CSI A; 4E47 A; 3M59 A; 4OVA A; 5AYF A; 2DTH A; 2BKD N; 1JEG A; 1G5V A; 2MIO A; 4JDS A; 2R5M A; 3CPW P; 1QP3 A; 2CSQ A; 4PJO A; 1NG2 A; 3X25 B; 4RTV A; 3U23 A; 1OQK A; 1EIF A; 1V76 A; 1J3T A; 3NFC A; 4ZN1 A; 2EKH A; 2RI3 A; 3CD6 A; 2CRE A; 4AG1 C; 3A5Z B; 2MPX C; 1D1B A; 2ESW A; 4B9X A; 1M1K U; 1K9A A; 2L3R A; 3HTR A; 4ELY C; 1V29 B; 1MMD A; 1X69 A; 3JCM V; 3I56 A; 1FMV A; 2QGF B; 2RK2 A; 2Y4X A; 2R57 A; 3NTI A; 4IUV A; 1I4K 1; 2QI2 A; 2K5L A; 2QQS A; 1UGV A; 1X6G A; 1C6V X; 1OX8 A; 5LJ5 e; 1QVG S; 1RL2 A; 4PJL A; 1WQW A; 4M7A E; 3JB9 D; 3OSV A; 2K57 A; 1ZUU A; 1K76 A; 1M2V A; 1UGP B; 1KQ2 A; 1NZ9 A; 3EHR A; 4CRI A; 3CCQ A; 2XDD A; 4M7A G; 3OYJ A; 2DYI A; 4C92 E; 1N5Z A; 2CDT A; 1RLQ C; 4C5H A; 2EYZ A; 1LNX A; 5I2S A; 4EMK A; 3ME9 A; 1VQ6 Q; 3MET A; 2EQM A; 5GJV B; 1VQL Q; 4M7D C; 2YXY A; 5I11 A; 3QG1 A; 4C92 G; 1WYX A; 2CP2 A; 2CZ7 B; 2V8J A; 2CP3 A; 2DL8 A; 4GLM A; 1Y71 A; 4F04 B; 1EFN A; 3CCE Q; 1Y7X A; 1FMW A; 5GMK j; 1T0J A; 3VUB A; 3M53 A; 5GAN f; 2GTJ A; 1QCF A; 2QEX Q; 2BTT A; 2NYS A; 1AWX A; 1WHJ A; 1WGS A; 1TUG B; 3L2Q A; 2ZPE B; 1PSE A; 1VOM A; 3O8V A; 2RK1 A; 3OYE A; 5GAN 5; 4HA8 A; 3OS2 A; 1AWW A; 2IIM A; 2YSQ A; 1TXQ A; 2K3Y A; 3JCM c; 4M7D B; 5CQY A; 3DB3 A; 2E70 A; 2VYT A; 5FWC A; 1BIA A; 4OB1 B; 2H8H A; 1IXD A; 2HEQ A; 4M7D A; 5CKF A; 2JS2 A; 1MUZ A; 4KT0 E; 2QQA A; 2P0Q A; 3E9G A; 2JM9 A; 3CBM A; 1GXI E; 1H92 A; 1AVZ C; 5GMK i; 1VA7 A; 4BY6 C; 3TSW A; 1W6X A; 1BU1 A; 2EQK A; 2RJE A; 1D1C A; 2XG8 D; 2DXB A; 3L42 A; 2JJ9 A; 3JCM Q; 2ED1 A; 3P8D A; 3JAM E; 2DAQ A; 1H3Z A; 2D9T A; 4MML A; 4E2F B; 2AZV A; 1SRM A; 4IIO A; 4J9H A; 4XTZ A; 2M0O A; 5FWB A; 3C95 A; 5KYY A; 3S3N A; 1JO8 A; 2DL4 A; 3VUZ A; 1Q82 R; 1PRL C; 2J6O A; 2M9U A; 5LJ3 g; 3VYG A; 4JPB W; 3AHU A; 2VUB A; 5HCK A; 1TOV A; 2RHU A; 1VQO A; 3CCL A; 2DZ9 A; 2CGH A; 1VQ7 A; 2ZCF B; 3VS3 A; 1YWP A; 2X4J A; 1VQL T; 2ENM A; 4BY6 B; 2DD4 A; 4C92 C; 4FSS A; 4OMP A; 1Q7Y R; 4M75 F; 1BCO A; 4MZM A; 2DX1 A; 1LJO A; 1QCO A; 1NPR A; 1VQ8 Q; 3H41 A; 4KBM B; 1D3B B; 2HL3 A; 1QVG A; 5KYN A; 2HQH A; 4JS5 A; 1YJ9 Q; 1PM3 A; 5LJ3 h; 2JM8 A; 1D3B A; 1NJI R; 1HYO A; 4MDW A; 2EJF A; 5CKB A; 1ABO A; 3QPH A; 1YIJ Q; 2RO0 A; 3THK A; 4E7J A; 4XU3 A; 3CC2 Q; 1QKX A; 5GAN g; 3CBO A; 2H3E B; 3CCR T; 4RTZ A; 5CAI A; 1PCX A; 1VIF A; 3KUF A; 4EPC A; 3PFS A; 2DL3 A; 2E4H A; 4M75 C; 4LNP A; 1S72 T; 1SF9 A; 4LUE A; 4F7U E; 2COZ A; 1S1N A; 1NLO C; 4M78 E; 3VS0 A; 1YP5 A; 3REB B; 4C92 B; 2HAX A; 4F14 A; 3GP8 A; 5FLX E; 4F7U G; 1OOT A; 1YFN A; 2BZX A; 4BI4 A; 1AWJ A; 4O6J A; 2DEQ A; 2QG9 B; 1WHM A; 4C92 A; 2EJG A; 5FU7 C; 2EVR A; 1P92 A; 3I5R A; 2C0O A; 2K2M A; 1G3T A; 1FWZ A; 4QKU A; 2LQN A; 1VQ6 A; 5GAM j; 4PJJ A; 2LDM A; 5LL6 S; 5GAO p; 1K9M R; 3LYI A; 3OMG A; 4FCY A; 1KD1 C; 1RAB B; 3I55 A; 2FHD A; 1YJW Q; 3CCE A; 4M75 B; 5GMK l; 1MMN A; 3H6Z A; 4FYV B; 2C0T A; 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4OMO A; 1RI0 A; 3CME Q; 2MCN A; 4RTX A; 1E7O A; 2FEI A; 2XIC A; 4PJN A; 2OTJ Q; 1OZ2 A; 4E7H A; 1U8R A; 1WJS A; 4PKC C; 4IUT A; 3ZFJ A; 1AZG B; 1VQ8 A; 2BUD A; 2MI6 A; 2MK5 A; 2RHX A; 2EAY A; 2CP0 A; 4XTW A; 2DFU A; 2HBW A; 3CCJ T; 2RQW A; 1UGS B; 1VQ5 T; 3EFO B; 3MP8 A; 5IHN A; 1YJ9 A; 1YI2 T; 1QKW A; 3GPL A; 5IHI A; 4A4E A; 2KVQ G; 1X2Q A; 1G3S A; 2FG0 A; 2NUP B; 2QDY B; 2XK0 A; 4RUG A; 1YIJ A; 3EFO A; 1VQP T; 4VUB A; 3CC2 A; 1WFW A; 1N8R R; 1ZUK A; 4RMO A; 2NUP A; 1BCM A; 1ZLM A; 4BE0 A; 5GMK h; 4M78 B; 2KBT A; 2CS7 A; 5IHK A; 1B3Q A; 1PG5 B; 3VS7 A; 2K4Y A; 2ZAE A; 1WHK A; 4M78 A; 5LJ5 j; 4FSX A; 3OYY A; 1IGQ A; 2M0Y A; 1OI1 A; 4J9D A; 4ANJ A; 3GIB A; 2VV5 A; 4OB2 B; 2A08 A; 2K79 A; 1JXM A; 1WQ7 A; 4M77 D; 2LJ1 A; 2KMT A; 2AKK A; 2L3S A; 3L1A A; 1N27 A; 7AT1 B; 4CC4 B; 4O5V A; 3JCM d; 3QZ9 B; 3VS6 A; 3M0U A; 2AZS A; 3BDU A; 2W10 A; 4BUG A; 2B8A A; 1QVF A; 2V8I A; 3ER0 A; 4IIM A; 4HCZ A; 1QLY A; 1YJW A; 3NHN A; 4LDW A; 4RTY A; 4QVZ A; 4DOW A; 1M3C A; 1M3B A; 3AT1 B; 2ZZD A; 1KSW A; 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