The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
GSSGSSGAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
9
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HKQ B; 2COW A; 2CP6 A; 1TOV A; 2COZ A; 2CP3 A; 1WHJ A; 1WHH A; 1WHL A; 2HL5 C; 3E2U A; 2HQH A; 1IXD A; 3TQ7 P; 2CP2 A; 2E4H A; 3RDV A; 2HL3 A; 2E3H A; 2QK0 A; 2Z0W A; 2COY A; 1WHK A; 1LPL A; 2M02 A; 1TXQ A; 2CP0 A; 2E3I A; 1WHG A; 2MPX C; 2CP7 A; 2HKN A; 4B6M A; 2CP5 A; 1WHM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V8I A; 5A2Q E; 4PLI A; 4Y28 E; 3LH5 A; 3QYH B; 1R8O B; 3H0F A; 4XTY A; 4JJN K; 4FYX B; 2IVW A; 2QDY B; 5GAM e; 1OQK A; 1NJI U; 2RF0 A; 1UGR B; 1G3Y A; 1FMW A; 4LDW A; 2K5F A; 2DVJ A; 2VXE A; 3H9N A; 3OYN A; 1QP2 A; 3JSC A; 1KK7 A; 4KUL A; 4ZGD B; 1D0Z A; 5FU7 B; 3DB3 A; 1QW1 A; 2LJ0 A; 4R55 A; 3NTH A; 1VQK T; 2JM8 A; 4KUI A; 4E7I A; 3INZ A; 3HRS A; 2R57 A; 1V29 B; 4JLG A; 3RKX A; 2Y90 A; 4M7D B; 1Q86 U; 2FZC B; 3MET A; 2ZPF B; 1PSE A; 3CXC P; 3PNW C; 3S6W A; 3G4S Q; 2E64 A; 3CC2 T; 2ATC B; 2YLB A; 1WXT A; 3GP8 A; 1WHL A; 1VQO Q; 5GMK j; 1VOM A; 1YCS B; 1MMG A; 4BDY A; 2JZ2 A; 3CCM T; 2E3H A; 4BB7 A; 3CPW P; 5AYF A; 2PZ1 A; 1KHC A; 3CCJ Q; 4LNP A; 2DD5 A; 3CD6 Q; 3LW5 E; 5GAO q; 1VUB A; 5IAY A; 2MIO A; 3QYG B; 2G6F X; 1NJI R; 2SRC A; 3TEE A; 4J9F A; 1YHQ Q; 1TOV A; 1G3W A; 1JRI A; 1RAH B; 4M7A D; 2RJF A; 3NHN A; 2LDM A; 4AG2 C; 2K4Y A; 5GAN 8; 2DE0 X; 2FG0 A; 2CP0 A; 4J5Y A; 5GAM f; 1QKW A; 4RG8 A; 5FU6 C; 4C92 B; 2CP5 A; 1BI3 A; 5IXF A; 1Q86 R; 1VYT A; 4OMM A; 2EFI A; 3CC4 Q; 1M4Z A; 4E7Z A; 3RES A; 1I5L A; 5LJ3 e; 4F14 A; 2CKK A; 3LLR A; 3RIR A; 4HVV A; 2X4J A; 2K3B A; 1RLQ C; 4DOV A; 3V8L A; 1XJW B; 3CCE A; 3OS0 A; 3BFM A; 1VA7 A; 1JEG A; 1W6X A; 1AWJ A; 1KD1 R; 4PJO B; 2O01 E; 4GLK A; 3WXM B; 1M1G A; 5GAN 4; 2WAC A; 2LQK A; 2X9H A; 2X51 A; 2VVK A; 3L42 A; 3JB9 I; 4PJL A; 4PFZ A; 4M78 G; 3I55 T; 1TXQ A; 3G7Z A; 1BI0 A; 2FL7 A; 1M1K U; 4IUR A; 2DER A; 5I2M A; 4F16 A; 2JMC A; 5GAM h; 1YJW Q; 2KE9 A; 3EFS A; 1K8A R; 1LVK A; 2COZ A; 4QKU A; 5CO7 A; 1A0N B; 5D7U A; 2O4X A; 1PKT A; 5GMK m; 3DKM A; 1RLP C; 2KXD A; 3OW2 A; 1PRL C; 3UA7 A; 5GAO p; 3FB9 A; 3OW2 S; 2K5I A; 1M1F A; 3M9Q A; 1N27 A; 2SEM A; 2CT4 A; 4J8O A; 4PJM A; 1VQL T; 2NUP B; 2PUK B; 3QBY A; 2VKN A; 1CKB A; 1I8F A; 3OYM A; 2DKG A; 1NPP A; 2KSS A; 2HD0 A; 4D6W A; 2DYI A; 2DBK A; 1WPY A; 2K79 A; 5LJ5 f; 2D1X A; 2J6K A; 4M4Z A; 4OB3 B; 5LJ3 f; 3M5A A; 3V7R A; 2YRD A; 3J7A F; 3EGD A; 2E70 A; 3LH0 A; 2ECZ A; 1JBM A; 4PL6 A; 4ZN1 A; 4N4G A; 1UGV A; 2L3P A; 4FM4 B; 4J7F A; 1UGP B; 1VQ8 A; 5DLQ E; 1U3O A; 1VYU A; 4C8Q F; 1VQ7 A; 1AD5 A; 1Y0M A; 4C0Z A; 3I35 A; 3QPH A; 3LGF A; 1M1K R; 3FJ5 A; 3G6E Q; 4XTW A; 2XD0 A; 2HCK A; 2K5L A; 2CZ6 B; 1RAG B; 2YRV A; 4LE9 A; 3VJP A; 5GAO l; 3LGL A; 2MAM A; 3PT9 A; 1M3A A; 4CC2 A; 2JW4 A; 2DL7 A; 1IB8 A; 5CKH A; 2CH4 A; 1M5Q 1; 2YRC A; 2RQR A; 1N8R C; 4E2F B; 3UT1 A; 1NPR A; 3VS1 A; 4M7A G; 2EGA A; 2Y4Y A; 2V1R A; 3SHW A; 3RBB B; 4DOW A; 4HKE A; 5LJ5 h; 1MMA A; 5LJ3 h; 1IO6 A; 1GL5 A; 3H0I A; 1HK9 A; 1YBY A; 5KYN A; 1B34 A; 2RM4 A; 2KT8 A; 2MYS A; 4ORZ A; 1IHW A; 1MGQ A; 2RB6 A; 3OYE A; 4DBR A; 4HCK A; 2K2V A; 4E7J A; 4AT1 B; 2F1L A; 1T0H A; 3G4S T; 2QGG A; 2H3E B; 1TSF A; 1D3B A; 1TWB A; 1SSH A; 4MZM A; 3G71 A; 4Q5W A; 4BE2 A; 3DLM A; 2RN8 A; 3VS0 A; 1SSF A; 5GAN j; 1KQS A; 3JCM Q; 1NM7 A; 1AHJ B; 2CP6 A; 5GAM d; 5D6Y A; 1T0J A; 2H3J A; 1K4U S; 3QWX X; 4L6V 5; 1UEC A; 1DJ7 B; 4LDU A; 2AKK A; 3CCU T; 4M75 A; 1YHQ T; 3M0T A; 3GBQ A; 1BIB A; 3OYG A; 2DMO A; 3P8H A; 4NL3 A; 4M75 E; 1YI2 T; 2PTK A; 2VAS A; 4IUQ A; 2K9G A; 2MMP A; 1OX9 A; 3E9F A; 1AOJ A; 2EWN A; 4A4E A; 1TU0 B; 1NJI C; 4GLM A; 5AT1 B; 2HBP A; 5KYX A; 3FC3 A; 2YUO A; 1NBE B; 5I11 A; 1JQQ A; 3CCV T; 1RAD B; 2J05 A; 3CCQ A; 1AVZ C; 4C0D B; 3PVQ A; 1U8R A; 1XNI A; 2QAZ A; 5J39 A; 1VQN T; 1N5Z A; 1D1A A; 4XTZ A; 1QQJ A; 2KK4 A; 3HTR A; 3JCM f; 2PVD B; 2LNV A; 2LC4 A; 1WXB A; 2J06 A; 4J9E A; 2CP3 A; 4M77 D; 5CCA A; 4M78 A; 3FLG A; 1QVG P; 1OPL A; 3Q1J A; 4HCC A; 2HNI A; 1EFN A; 4ANJ A; 2JS2 A; 1JXM A; 4PJN A; 4KGX B; 4M78 E; 4FT2 A; 2HAX A; 2DNU A; 3BY7 A; 2KI7 A; 5GMK e; 1RI0 A; 3ZFJ A; 2CGH A; 3RKY A; 4EPC A; 2J6O A; 2CUD A; 1VQ6 Q; 2O2O A; 3HFO A; 2LJ1 A; 5HCK A; 1YJW T; 3TVT A; 3LYI A; 3UAT A; 1YJN A; 2KT1 A; 3JCM W; 1G5V A; 4X1V A; 1CSK A; 2DXB A; 2ED0 A; 2EGE A; 4RTU A; 1SHG A; 5LJ5 d; 3OYB A; 1BIA A; 3OYJ A; 1M8M A; 2QTV A; 5LJ3 d; 2KVQ G; 4M7D F; 2DXT A; 3QUI A; 3JCM h; 2W10 A; 3CPF A; 2D0Q B; 3QZ9 B; 3CC7 T; 3OYA A; 1WIE A; 3JCM V; 4M78 C; 1T3S A; 1VQ5 T; 1OU9 A; 2A37 A; 4FIB A; 3X28 B; 1W1F A; 1YNZ A; 2QG9 B; 3H8Z A; 4ELY C; 3PMI A; 4CC3 A; 1D09 B; 1D0Y A; 4JRI A; 2A3L A; 1YIT A; 1IZ6 A; 1PD0 A; 2O4X B; 4FYW B; 4J9B A; 4RTZ A; 3A8O B; 4C5I A; 1VQP A; 2MWO A; 1M27 C; 4P5N A; 4RCC A; 3U23 A; 2DRK A; 2E41 A; 3CBP A; 2AK5 A; 2EKH A; 3M53 A; 2AT1 B; 3HP9 A; 1VQ8 Q; 2DIG A; 1Z9Q A; 1VQ7 Q; 5CAI A; 1EZZ B; 3GLX A; 2LQN A; 4RTX A; 1TUC A; 2ZPH B; 2QTX A; 1M1K C; 1VQM A; 2KYM A; 1PM3 A; 4BI4 A; 2X4W A; 4JLI A; 3VV0 A; 2OI3 A; 1R77 A; 3EGD B; 2EQK A; 4XU0 A; 1ZUY A; 3VYH B; 3E19 A; 1M2V A; 3MEU A; 5IN1 A; 1FMV A; 2WSC E; 4LDV A; 2X4Y A; 2DM1 A; 4EMH A; 1UHF A; 4A4F A; 2HMA A; 1PKS A; 4M7A F; 5KYW A; 2PVG B; 1RAE B; 1BCO A; 3ASK A; 3CME Q; 2RK2 A; 5ECA A; 1ZBX A; 3ER0 A; 4R56 A; 3I9Q A; 2KDS A; 2KBT A; 2W0Z A; 3QHS A; 5CR2 A; 1X6G A; 1SF9 A; 5EG2 A; 4IKF A; 2EYX A; 1M3B A; 2NLU A; 4FL6 A; 5GMK h; 4ATO A; 1G3S A; 5IHK A; 4M77 G; 2YLC A; 4AFQ C; 4Z88 A; 3I56 Q; 3CMA A; 3HSB A; 2P4R A; 2XK0 A; 3JAM E; 4DA4 A; 4JRK A; 3G71 Q; 4BY6 C; 1SEM A; 4OF1 A; 1B07 A; 2OX7 A; 2RI5 A; 4FT4 A; 1F1B B; 1D1C A; 4PK4 A; 3F70 A; 1B34 B; 3RUX A; 2MOX A; 3TSZ A; 2HDA A; 4HA8 A; 5HK3 A; 2LCS A; 2ZAE A; 4C8Q G; 1WA7 A; 2RQT A; 3THK A; 5GAM g; 3M0Q A; 2CZ1 B; 1PSF A; 3JCM d; 3A98 A; 2F2X A; 3PMT A; 4KUD K; 1HJD A; 1YWO A; 4WCI A; 1G8X A; 1E7O A; 3PIO A; 1D3B B; 3GNG A; 4PNO A; 2QAS A; 2QK0 A; 1IGQ A; 3OMC A; 2QQ9 A; 1WZO A; 4OP0 A; 3NTK A; 2M9U A; 4BE1 A; 1GCQ C; 1N8R R; 1QVF P; 1ZHI A; 1QMC A; 2EJF A; 2DL4 A; 1U06 A; 1BI1 A; 2FYK A; 1ZX6 A; 2O88 A; 1S1N A; 3I5S A; 3RKW A; 4M75 B; 1Y71 A; 4D8D A; 5GAN 7; 3EG1 A; 5DLO A; 2CH4 W; 2RQW A; 4KH1 B; 3VS6 A; 3O5Z A; 1WJS A; 2JVV A; 3CCL A; 5KYU A; 1VQ9 T; 5M9O A; 2DZ9 A; 2ESW A; 1GRI A; 2J6F A; 2LQ8 A; 2YXY A; 1WFW A; 4J7I A; 4A4G A; 2QEX A; 5KYX B; 5GAN e; 1W2B P; 4OGC A; 1UGS B; 3VU3 C; 2JS0 A; 2OJ2 A; 4RTV A; 2DET A; 2WSE E; 1VQ6 T; 3RR6 A; 1B3Q A; 2E10 A; 1M2O A; 2OTL T; 3CCS A; 1VQ4 A; 4QVC A; 1MMN A; 3OY9 A; 1QCF A; 3REB B; 1JO8 A; 4J6Y A; 2RH2 A; 5FRO A; 4C92 D; 4M78 B; 2AZV A; 4QT7 A; 5A0L A; 4JRQ A; 1X6O A; 1VIF A; 1S72 Q; 2EQM A; 2X3W D; 2DEQ A; 1I81 A; 1TUG B; 4GBQ A; 5LL6 S; 5D6W A; 4ZNX A; 3OS5 A; 2L5Q A; 4F7U F; 2A0F B; 2MPX C; 4IUT A; 5LJ5 g; 1ZA2 B; 2DL8 A; 5LJ3 g; 1M8V A; 3CCR T; 2DTI A; 4II1 A; 3JB9 H; 3V7C A; 2PU9 B; 4PJO D; 2DAQ A; 4BI3 A; 1WI7 A; 2L3R A; 3KBG A; 1ZLM A; 3DLL A; 5IT9 E; 2QI2 A; 2YT6 A; 2NWM A; 2DLP A; 3PFS A; 1NZ9 A; 1GBR A; 2DIQ A; 2GGR A; 1I0C A; 1OOT A; 1N9S A; 1V1C A; 2F2W A; 1E6G A; 1KIK A; 1NG2 A; 1OZ2 A; 2OTJ A; 1YJ9 T; 2KEA A; 3TCJ A; 1YIT Q; 1JB0 E; 2EJ9 A; 5CQY A; 1G2B A; 1VQP Q; 1MUZ A; 4ZGE B; 1O75 A; 5KYY A; 5GJW B; 2KAF A; 2YUP A; 2COY A; 1RL2 A; 2DO3 A; 2ZCF B; 3J81 E; 3JCM c; 1Y96 B; 3C12 A; 5GAN f; 2E65 A; 2XDP A; 3NMZ C; 2J7I A; 4J6W A; 1PNJ A; 1EIF A; 1ZQ1 A; 2FRY A; 4JUV A; 1NLP C; 4DEX A; 3CXC A; 1YIJ T; 4RCB A; 2EIF A; 1X75 C; 2KRM A; 3CXC S; 4NL2 A; 1VQM Q; 2P84 A; 1RAC B; 5L23 A; 3V7S A; 4GY5 A; 4ZGJ B; 2QA4 T; 5CKB A; 1D1B A; 1VQK A; 4M7D G; 3L2U A; 1RAA B; 3CME T; 3CPW A; 2XDB A; 4FSS A; 4QVD A; 3ZL7 C; 4Z8A A; 4B9X A; 3CPW S; 2DRM A; 3EG9 A; 3X24 B; 1M90 U; 4BAC A; 3VUZ A; 4CC7 A; 5GAN 6; 3SWN C; 3C94 A; 2EYW A; 4J9D A; 2B86 A; 2HBW A; 1BCM A; 3CC2 A; 4C8Q A; 3I56 T; 4MZT A; 2X35 A; 4XK8 E; 2CDT A; 4RKU E; 2E6Z A; 2KNB B; 3V8K A; 3GF5 A; 4C8Q E; 3CCM A; 2I0N A; 1UEB A; 4M77 F; 5KYW B; 1MMD A; 2KY9 A; 4IUU A; 2K7A A; 5CQX A; 4EMK C; 2BKD N; 4JZ4 A; 1QLY A; 2F5K A; 4LUD A; 1NE8 A; 4JZ3 A; 2KRN A; 3JCM g; 4MDX A; 4C92 G; 4OMO A; 1VYV A; 5HK0 A; 1W4S A; 2IPO B; 1ARK A; 1YJ9 A; 4VUB A; 1KQS P; 3M0P A; 2HZY A; 1LPL A; 1OPK A; 1WQ7 A; 2RHZ A; 4C8Q C; 2A08 A; 2V1Q A; 1BKB A; 1JJ2 P; 2BZY A; 5FWB A; 2QQA A; 2VC8 A; 4E6R A; 2L3Q A; 2EQU A; 9ATC B; 1UHC A; 5KH6 A; 4PJO G; 2DA9 A; 1IHV A; 4TVR A; 2AKL A; 1X6B A; 1UG1 A; 1BI2 A; 4HCZ A; 4RTW A; 1LOJ A; 1I07 A; 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1TUD A; 2Y4X A; 3QWY A; 2D8J A; 3TSW A; 2M1H A; 1KJW A; 5KYY B; 1PC0 A; 3UPU A; 2CZ7 B; 4X9D A; 5CVI A; 1FYN A; 4F7U G; 5FRN A; 3HFN A; 1AT1 B; 1VQK Q; 3ZEH A; 1HYO A; 4FU6 A; 1HSQ A; 3EH1 A; 3G4S A; 2ZPG B; 3PVL A; 5FU7 C; 4NS5 A; 2LX9 A; 1OU8 A; 1Q7Y R; 2RHX A; 1VQO A; 3VS4 A; 1X2Q A; 1IRX A; 2L89 A; 3M4Y A; 2F69 A; 2JJ9 A; 3MPU B; 4M7D C; 4RUG A; 3MCA B; 3CC2 Q; 1AZG B; 1GFD A; 3SEM A; 4B9W A; 5IHN A; 1W70 A; 4X34 A; 4J9H A; 1QCO A; 1Q81 U; 3S3M A; 4FYY B; 1QWE A; 3M58 A; 4B6M A; 2DFU A; 3CCU A; 2LRQ A; 2V8K A; 1YHQ A; 4LD9 K; 3CCM Q; 2JTE A; 4EMG A; 3EG9 B; 2O9V A; 1WJR A; 2DJQ A; 2XU8 A; 5IH2 A; 2ED1 A; 4L5G A; 3EHQ A; 4KRT A; 1QKX A; 2CS7 A; 1YI2 A; 2JM9 A; 1IRE B; 2GFA A; 2E5K A; 2ENM A; 2DL3 A; 4XAX B; 1QVG A; 3R6N A; 4C8Q B; 3JB9 J; 4OMF B; 5FRM A; 4KGZ B; 3RMQ A; 1QVG S; 3G6E T; 2OAW A; 3H6Z A; 2KR3 A; 3J80 E; 1UTI A; 3HL8 A; 4M7A A; 2IIM A; 3JCM X; 3P8D A; 3CCV A; 2XDD A; 2D6F A; 1VQN A; 4C92 F; 4M7A E; 3C0C A; 4KT0 E; 4XU3 A; 1G83 A; 4LXC A; 3QSU A; 2CT3 A; 3HKS A; 2P4T A; 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