The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
97
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structure length |
97
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Chain Sequence |
GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
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| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
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| structure length |
97
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| sequence length |
97
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ABQ A; 2H8H A; 4RTY A; 2B86 A; 2RPN A; 3EG3 A; 2LZ6 B; 2K9G A; 3VS4 A; 5FWB A; 1X6B A; 1SPK A; 2O88 A; 2AZS A; 1M27 C; 2FO0 A; 3H41 A; 4J9H A; 2PNI A; 3VS2 A; 2PTK A; 2FPD A; 2EGA A; 4JJC A; 1WLP B; 5I11 A; 5IHN A; 4M4Z A; 3VS3 A; 3EG0 A; 1H8K A; 1WA7 A; 4HVV A; 4OMO A; 1WIE A; 2DRM A; 2LQW A; 2HEQ A; 2X3X D; 2JMC A; 2KEA A; 2J6F A; 1PKT A; 1WX6 A; 1AVZ C; 2RQT A; 3I5R A; 4DEY A; 1YN8 A; 2JM9 A; 2DE0 X; 2RQW A; 2K3B A; 2L3Q A; 2RF0 A; 1SRM A; 3M0S A; 1BB9 A; 2EYX A; 2LJ3 A; 2M0Y A; 1K1Z A; 3UA7 A; 4LN2 A; 2LJ0 A; 2C0I A; 2RNA A; 2ESW A; 2NUZ A; 1NLP C; 1B07 A; 2F2V A; 3JV3 A; 1S1N A; 1VA7 A; 2LMJ A; 1B3Q A; 2DX1 A; 4LNP A; 3EG2 A; 2BZX A; 3M0T A; 2D8H A; 2EPD A; 2IIM A; 4HCK A; 5IHI A; 3NGP A; 1G83 A; 2HCK A; 3VS5 A; 1AWJ A; 1ZLM A; 4OMQ A; 3VS1 A; 2VVK A; 2J6K A; 2KGT A; 2J06 A; 2VKN A; 1K0X A; 1RI9 A; 3VS6 A; 1NG2 A; 2DIL A; 5IH2 A; 1H92 A; 2ED1 A; 1TG0 A; 2EYY A; 4JZ4 A; 2KXD A; 1MUZ A; 2KRN A; 2LJ1 A; 4J9C A; 3GBQ A; 2KRO A; 2FPF A; 1M3C A; 1HD3 A; 1Z9Q A; 4IIM A; 2CDT A; 1UJY A; 2DA9 A; 1UE9 A; 1X6G A; 2YUP A; 1JO8 A; 3NHN A; 5HCK A; 1KJW A; 1X69 A; 2DYB A; 2KYB A; 1BU1 A; 1AEY A; 1WDX A; 1XOV A; 1JXO A; 2FEI A; 4Z8A A; 1FMK A; 1AWW A; 2YUO A; 4QT7 A; 2ECZ A; 1G2B A; 4J9I A; 5L23 A; 2CH4 A; 1U3O A; 2ABL A; 3VS0 A; 1X43 A; 1LCK A; 2GTJ A; 2DVJ A; 2FPE A; 3TSW A; 2JXB A; 4J9F A; 1IO6 A; 4ESR A; 1CSK A; 1NEG A; 1YCS B; 4GLM A; 1ZBJ A; 2K2M A; 2EW3 A; 2EGE A; 1X2Q A; 3LH5 A; 2CT3 A; 2DM1 A; 1T0J A; 4RTW A; 4HXJ A; 1Z9Z A; 2J7I A; 1W1F A; 2CH4 W; 1PHT A; 2RN8 A; 1OEB A; 2HDA A; 3THK A; 2ROL A; 3REA B; 1M30 A; 2KT1 A; 1X2K A; 2DRK A; 2L3P A; 4AFQ C; 2O9V A; 1MV0 B; 2A28 A; 3H0F A; 1YWP A; 5I22 A; 2W0Z A; 4ORZ A; 1UTI A; 1H3H A; 4JJB A; 2DBM A; 2DL8 A; 1QKW A; 2AKL A; 2GTO A; 2KT8 A; 3FJ5 A; 1SHG A; 4EIK A; 1N5Z A; 2MOX A; 1KSW A; 3KFV A; 1RUW A; 3M0R A; 2J6O A; 2EYW A; 4J9G A; 5GJW B; 4F17 A; 2YUQ A; 2ROT A; 2D0N A; 2AKK A; 2LP5 A; 1VYV A; 1SSH A; 3VRZ A; 4WCI A; 1AWX A; 1KFZ A; 1WYX A; 1J3T A; 1OPL A; 2YT6 A; 2KBT A; 1V1C A; 2JW4 A; 2DF6 A; 1YNZ A; 2YSQ A; 2DL4 A; 1QLY A; 2CUD A; 4LUE A; 2RQV A; 4AFU C; 2KYM A; 4GBQ A; 1WXB A; 1UJ0 A; 2K6D A; 1PRM C; 2BTT A; 2V1R A; 4OML A; 2CSI A; 1W70 A; 2EQI A; 2W10 A; 2O31 A; 3U23 A; 1I1J A; 1WFW A; 1ZX6 A; 2GGR A; 4F16 A; 4AG1 C; 1KIK A; 2KRM A; 4JZ3 A; 1EFN A; 3TVT A; 4JPB W; 4CC3 A; 2RMO A; 1T0H A; 3QWY A; 1TUD A; 1T3L A; 2X3W D; 1ABO A; 1QWF A; 3PE0 A; 2FRY A; 1AWO A; 1NLO C; 2GQI A; 1K4U S; 1GFC A; 2I0N A; 2CT4 A; 1W6X A; 3VRY A; 4Z89 A; 1GCQ A; 3UF4 A; 3UA6 A; 1ZUY A; 1M3B A; 4RUG A; 1I07 A; 2C0O A; 3EHR A; 1AOJ A; 2A08 A; 2F2X A; 2DL3 A; 2RQU A; 2KNB B; 3I5S A; 1WXU A; 2LCS A; 1YP5 A; 1ZSG A; 2XMF A; 3C0C A; 4HVU A; 1K9A A; 2JMA A; 2AZV A; 2O9S A; 5GJV B; 4J9E A; 1SHF A; 1PRL C; 3M0U A; 2SRC A; 1BBZ A; 2LNH B; 2KE9 A; 5EC7 A; 1PWT A; 4RTZ A; 1JU5 C; 2P4R A; 4AG2 C; 2FRW A; 2JM8 A; 4RTV A; 2O2O A; 1FYN A; 1GCQ C; 3ZL7 C; 1NEB A; 1K76 A; 2NWM A; 1GL5 A; 2EVR A; 2FG0 A; 1UHC A; 1E6G A; 1RLP C; 3RBB B; 4IIO A; 1UDL A; 4CC7 A; 2VWF A; 1JQQ A; 2YDL A; 2HBW A; 1OPK A; 2DL5 A; 1WI7 A; 3O5Z A; 3M0P A; 3SEM A; 3EG1 A; 3QWX X; 1ARK A; 2QDL A; 2MCN A; 1U06 A; 1NYF A; 1I0C A; 2E5K A; 2EGC A; 1U5S A; 1ZUU A; 2D8J A; 2JS2 A; 2M51 A; 1M8M A; 1Y57 A; 4AFS C; 1YWO A; 2L2P A; 4X1V A; 1JXM A; 5IHK A; 1GBR A; 2JT4 A; 2MIO A; 2G6F X; 2OAW A; 2DLP A; 1GRI A; 1SRL A; 2CSQ A; 1HSQ A; 2SEM A; 2ED0 A; 2HSP A; 1NM7 A; 3A98 A; 1BK2 A; 5FW9 A; 3VS7 A; 4D8K A; 2LX7 A; 3H0I A; 2AK5 A; 1GCP A; 1T3S A; 3M0Q A; 4OMM A; 1UGV A; 1E7O A; 2DNU A; 2A36 A; 1AZE A; 2GNC A; 1HJD A; 2LQN A; 3I9Q A; 1GFD A; 4OMP A; 2KRS A; 3UAT A; 4CC4 B; 2EBP A; 4KRT A; 4HVW A; 2JS0 A; 2EKH A; 4F14 A; 3NMZ C; 4RTX A; 3EHQ A; 2C0T A; 4RTU A; 3H0H A; 4ZNX A; 2D1X A; 2J05 A; 2JTE A; 4R0K A; 1CKB A; 1CKA A; 2BZ8 A; 1UEC A; 2ENM A; 2YUN A; 1AD5 A; 3PVQ A; 4OMN A; 3NPF A; 5IXF A; 4CC2 A; 1MV3 A; 2DBK A; 3CQT A; 1OOT A; 4LUD A; 2KXC A; 4A63 B; 1QWE A; 1GBQ A; 1VYT A; 2PZ1 A; 4LE9 A; 1M3A A; 1UHF A; 2DJQ A; 5ECA A; 3R6N A; 2EYZ A; 1TUC A; 2DL7 A; 4D8D A; 2CUB A; 1K0S A; 2CRE A; 3RNJ A; 1A0N B; 2L0A A; 3SHW A; 2KR3 A; 1ZUK A; 2K7A A; 1X27 A; 2RQR A; 2K79 A; 1AZG B; 3PVL A; 4J9D A; 4RTT A; 3REB B; 4AFZ C; 2GBQ A; 4J9B A; 2L3S A; 1OV3 A; 4DEX A; 1RLQ C; 2DMO A; 4Z88 A; 1VYU A; 3IQL A; 1WXT A; 1Y0M A; 1JEG A; 2F2W A; 2BZY A; 4JJD A; 4FSS A; 1NYG A; 1UUE A; 2A37 A; 1PKS A; 1PNJ A; 3ULR B; 4Y92 A; 3TSZ A; 4E6R A; 1E6H A; 2OJ2 A; 1QKX A; 2OI3 A; 1SEM A; 2V1Q A; 3I35 A; 5IXB A; 1QCF A; 3EGU A; 1UFF A; 4K11 A; 5FWC A; 1UG1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ABQ A; 4M77 D; 5C0M A; 2RPN A; 3VS4 A; 4GY5 A; 3EGX A; 3FJP A; 1R0B G; 4M77 F; 2QQR A; 4PLL A; 5FWB A; 2QG9 B; 4OVA A; 2AZS A; 3DLL A; 1M27 C; 4C8Q D; 3HL8 A; 4BI3 A; 4QQD A; 1WGS A; 2FHD A; 2ZGW A; 4C92 F; 4O6J A; 2EGA A; 1B34 B; 4N4G A; 4RCC A; 5GAN 7; 4MZM A; 5I11 A; 3H8Z A; 5IHN A; 3CPW S; 3RER A; 1D1B A; 3OW2 A; 1H8K A; 5IN1 A; 2DRM A; 2LQW A; 2HEQ A; 2X3X D; 2JMC A; 2VAS A; 4A4G A; 1WX6 A; 2RQT A; 1JRI A; 4LDV A; 2RK1 A; 3MCA B; 4V2S A; 2L3Q A; 3M0S A; 2EYX A; 4ELZ C; 3CCQ A; 4N4I A; 2E10 A; 2FL7 A; 3I55 Q; 3PNW C; 2NUZ A; 1Q82 R; 3HKS A; 1S1N A; 5GAM f; 1IB8 A; 2KVQ G; 2BZX A; 1F1B B; 2EPD A; 3GIB A; 1MMD A; 5LJ3 j; 3WVD B; 3VS5 A; 2E12 A; 1ZLM A; 2FVU A; 5J3B A; 2J6K A; 3HRU A; 2FYK A; 3SWN B; 1K0X A; 3VS6 A; 2DIG A; 3F70 A; 3CCR Q; 1QVF S; 8ATC B; 3GNG A; 3JCM P; 1YHQ Q; 1X6O A; 1KD1 R; 2HD0 A; 4MDW A; 4PJM A; 1WPY A; 1VQ8 T; 3GBQ A; 4LD6 A; 2RO0 A; 4D6W A; 4XTV A; 1M3C A; 1RAD B; 4ZGJ B; 1P92 A; 5GAO n; 4EMH A; 1PSE A; 1VQP T; 4IIM A; 4DOW A; 3SD4 A; 4A4H A; 3J7A F; 3A8M B; 1IZ6 A; 1UJY A; 3CCU A; 2HAX A; 4MML A; 5CO7 A; 3NHN A; 3CC4 A; 1KJW A; 4NL2 A; 1GXI E; 2NLU A; 1X69 A; 2IVW A; 5DM7 R; 3FC3 A; 3HRS A; 4JJN K; 2FEI A; 1WHG A; 4BUG A; 3CCV A; 1TOV A; 2KK4 A; 3M5A A; 4QT7 A; 3CPW P; 5J26 A; 2CH4 A; 4M7A D; 3VS0 A; 2PVD B; 1VQ4 T; 1LCK A; 4C5I A; 2WSF E; 2JXB A; 4ME7 A; 4ESR A; 1YCS B; 5A0D A; 4ANJ A; 2DVE A; 1Q7Y U; 2CH4 W; 1Q86 R; 3OS0 A; 2PVG B; 2EQU A; 2ROL A; 4RG2 A; 2XDB A; 2CP2 A; 2JZ2 A; 2VXF A; 2A0F B; 2KT1 A; 2DRK A; 1FX7 A; 4AFQ C; 4DBF A; 1YWP A; 1QVG S; 4UC4 A; 2W0Z A; 3TRE A; 1IHV A; 1OX9 A; 3JCM g; 3CXC A; 2GTO A; 2KT8 A; 4II1 A; 3FJ5 A; 1SHG A; 4XU2 A; 5GAN 3; 1M90 R; 1D1A A; 3CCS Q; 4F17 A; 2QEX A; 3NTI A; 4MZT A; 1QVF P; 1YJN Q; 4WF2 A; 4ZTJ A; 3UWN A; 2CP6 A; 3JCM W; 2WSC E; 3PT9 A; 3JB9 D; 3RES A; 4BDY A; 5A2Q E; 2YT6 A; 3LW5 E; 3KBG A; 5KYX B; 1V1C A; 1YIT T; 3L2Z A; 3JB9 F; 1QLY A; 4LUE A; 1QCN A; 2RQV A; 4AFU C; 2DJZ A; 2DXC A; 4M75 A; 1W70 A; 2EQI A; 2HMA A; 3VUZ A; 1M2O A; 4AG1 C; 5CIU A; 2GQV A; 3CCJ T; 1KIK A; 2FZC B; 3JCM J; 4BY6 B; 1YCY A; 1YJW A; 1EFN A; 2Y90 A; 4X9C A; 3TVT A; 3CBM A; 4C5H A; 3L2Q A; 2K57 A; 2Y4X A; 3QWY A; 1TUD A; 1QWF A; 4E7H A; 2FRY A; 1AWO A; 1NLO C; 1WHH A; 2L5Q A; 1G8X A; 1GFC A; 2EWN A; 3V8K A; 1SF9 A; 2EQM A; 2CZ1 B; 4A4F A; 2CT4 A; 2O4X B; 3FIF A; 3QJ6 A; 4Z89 A; 2JVV A; 3X25 B; 2VB6 A; 3OYC A; 4L6V 5; 2F69 A; 4FYW B; 2C0O A; 5I2S A; 1QVG P; 3HTR A; 2F2X A; 1ZSZ C; 3NTH A; 1QVF A; 2KNB B; 1OZ3 A; 1YP5 A; 2XMF A; 1D3B B; 3C0C A; 4HVU A; 2VC8 A; 3A8O B; 2KI7 A; 1OU8 A; 2V26 A; 5D6W A; 3OYB A; 2CP7 A; 3MEV A; 8AT1 B; 3BW1 A; 1PD1 A; 3FEO A; 5KYU B; 2FRW A; 3PFS A; 1FYN A; 1WHL A; 1K76 A; 1HYO A; 4J6Y A; 3RBB B; 2HQH A; 5GAN g; 1VQ8 A; 1UDL A; 4CC7 A; 1JQQ A; 1VQP A; 5CK9 A; 2YLC A; 4EMK C; 2QQ9 A; 3M0P A; 4Y28 E; 4C8Q G; 2QDL A; 4QVD A; 4M77 A; 5AT1 B; 1NYF A; 1ZUU A; 1MND A; 1M8M A; 4AFS C; 4X1V A; 3CC2 T; 1W4S A; 3GPL A; 4C8Q A; 1MMN A; 5GAO l; 2XID A; 4C92 A; 2OAW A; 2DLP A; 4JUV A; 3HHT B; 4C0F A; 1U1S A; 2M0O A; 1VQ4 A; 1B7T A; 1TWB A; 1NM7 A; 1PM3 A; 2GF7 A; 4A4K A; 3E1S A; 4D8K A; 3LWI A; 2LNV A; 4JRK A; 4C0G A; 1D0X A; 2AK5 A; 4F7U E; 2LT1 A; 3G6E Q; 2OTL Q; 1YFN A; 4M78 D; 2QQS A; 3CD6 Q; 1EZZ B; 4M78 F; 5I2M A; 3PIP A; 3I9Q A; 5D6X A; 2NUT A; 3UAT A; 4FM4 B; 1H64 1; 1V29 B; 3QZ9 B; 2EKH A; 2QI2 A; 1Y7X A; 5KYW A; 5A0L A; 4BI8 B; 4RTU A; 4ZNX A; 2D1X A; 3JCM f; 1JJ2 S; 2L89 A; 1ZSZ B; 1M1K U; 4EPC A; 1N8R U; 3C12 A; 3OYE A; 1VOM A; 2RJC A; 3FRN A; 2ENM A; 3J80 E; 3PVQ A; 4J5Y A; 3G4S Q; 2EYQ A; 4M7D E; 4CC2 A; 4LUD A; 4M7D F; 1X75 C; 2R5M A; 2DEU A; 1KQ1 A; 1VYT A; 2PZ1 A; 1YIT A; 2PUK B; 1M3A A; 2CZ6 B; 5GAM e; 3R6N A; 2EYZ A; 4D8D A; 1K0S A; 4FT4 A; 4PK4 A; 1K9M R; 1A0N B; 4N0A C; 2K7A A; 2GBQ A; 4J9B A; 6AT1 B; 1SKU B; 5HY6 A; 3E19 A; 2RM4 A; 3CCJ A; 4PJO F; 1LNX A; 5GAO r; 4M7A G; 1JEG A; 1I5O B; 4E7Z A; 4E7K A; 2F2W A; 2BZY A; 2A37 A; 2LQ8 A; 1PKS A; 3X26 B; 2QQA A; 3TSZ A; 4M7D C; 1YJ9 Q; 2YHT A; 2K5F A; 2QGF B; 5CVI A; 4ZTF A; 3UT1 A; 3CCQ T; 1QCF A; 4K11 A; 1KC8 U; 2H8H A; 1XJW B; 2RJD A; 3NTK A; 3OW2 S; 4KGZ B; 3P8H A; 2B86 A; 2ZCF B; 2LZ6 B; 2K9G A; 2DXU A; 3C4S A; 3WXM B; 3QXE B; 2PNI A; 5GAM h; 5KYY A; 2QTV A; 3EGD A; 3PTA A; 3SFM A; 1K73 R; 1JJ2 P; 2FPD A; 2H3E B; 5GAM d; 3QO3 A; 4JJC A; 1WLP B; 2D9T A; 1YI2 A; 4M4Z A; 3VS3 A; 2YRD A; 1WA7 A; 4YTL A; 3EH2 A; 5GMK j; 3CCM A; 2KY9 A; 1QVP A; 4BE0 A; 1NPP A; 3WVE B; 1R77 A; 2KMT A; 2KEA A; 1AT1 B; 4A4E A; 1PKT A; 1AVZ C; 4M75 D; 3JB9 G; 1V76 A; 4E47 A; 3I5R A; 1YN8 A; 4MDX A; 1KHI A; 2ZPE B; 3KUF A; 1VQ6 A; 5GAO m; 2M0Y A; 3UA7 A; 4DQ2 A; 3CCE T; 2ESW A; 4FIB A; 3PIO A; 1FXX A; 1UGQ B; 2DX1 A; 3Q1J A; 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