The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LZ6 B; 3VS0 A; 2F2V A; 3H0F A; 3PE0 A; 2CRE A; 2EYZ A; 2DA9 A; 1M3A A; 2ENM A; 2RQT A; 4RTY A; 1Z9Z A; 3VS6 A; 2RQV A; 4D8D A; 2K2M A; 2RQU A; 4D8K A; 1WDX A; 2DRK A; 3EG2 A; 2FPD A; 1WIE A; 2MCN A; 1X2K A; 1VYV A; 2ED0 A; 3NPF A; 2VKN A; 2CSQ A; 1SHF A; 1OPL A; 2RN8 A; 3M0P A; 2DJQ A; 1WLP B; 2GTO A; 1TG0 A; 1AOJ A; 2FPE A; 1UTI A; 2YDL A; 2EGA A; 1PKS A; 3KFV A; 2DBM A; 3IQL A; 2KR3 A; 1PRM C; 4J9H A; 3M0Q A; 2YUO A; 1FMK A; 1BU1 A; 2LNH B; 4AFZ C; 2LP5 A; 2RPN A; 3TVT A; 4AG1 C; 1NLP C; 1B07 A; 1I0C A; 2G6F X; 2O9S A; 3EG0 A; 2LX7 A; 1AD5 A; 2EKH A; 2J6K A; 2K3B A; 1E7O A; 4J9I A; 1Y0M A; 3VS1 A; 3I5S A; 3VRZ A; 3EHR A; 4OMP A; 2MIO A; 4IIM A; 1JXM A; 1GBQ A; 2X3X D; 1PWT A; 3FJ5 A; 2SRC A; 2A08 A; 5FW9 A; 3UA7 A; 2D0N A; 1QKX A; 4JJB A; 2M51 A; 2K9G A; 2DBK A; 1U06 A; 1XOV A; 4FSS A; 2EGE A; 3NGP A; 2F2W A; 1ZLM A; 2JW4 A; 2A37 A; 2ECZ A; 5I22 A; 5HCK A; 3REA B; 1WYX A; 3CQT A; 1KJW A; 2AZV A; 1NG2 A; 4GLM A; 3EG1 A; 1YN8 A; 2RNA A; 4EIK A; 1X6G A; 1HJD A; 1JXO A; 1M30 A; 2KRO A; 1MUZ A; 1H3H A; 2W0Z A; 1UJY A; 1QWE A; 4Z89 A; 2O9V A; 2HBW A; 3UF4 A; 1KSW A; 4DEX A; 2JT4 A; 4JJC A; 1OV3 A; 2P4R A; 2YUP A; 1EFN A; 3EGU A; 2YSQ A; 1KFZ A; 4OML A; 3PVQ A; 5IH2 A; 2CH4 W; 4ESR A; 1NEG A; 2ROT A; 2DYB A; 2CT3 A; 4Y92 A; 1WXT A; 4RTT A; 1ZX6 A; 5IHN A; 1HSQ A; 2OAW A; 2DX1 A; 2W10 A; 4HCK A; 3VRY A; 2CH4 A; 1WFW A; 3O5Z A; 3QWX X; 2D8J A; 2CUD A; 1K9A A; 3RBB B; 4R0K A; 1NYG A; 1TUC A; 1BB9 A; 2DVJ A; 3VS2 A; 2RF0 A; 2EVR A; 2PZ1 A; 4HVW A; 1OOT A; 3PVL A; 1UHF A; 2B86 A; 1G2B A; 2I0N A; 2J7I A; 1UGV A; 1UE9 A; 3QWY A; 1I07 A; 3M0U A; 2E5K A; 4ZNX A; 2H8H A; 2HSP A; 3GBQ A; 2KRS A; 2KE9 A; 1NEB A; 3THK A; 2MOX A; 1MV0 B; 1NLO C; 4OMN A; 1RI9 A; 3VS5 A; 2IIM A; 3R6N A; 3SHW A; 1X43 A; 1GRI A; 2DRM A; 3M0S A; 1X2Q A; 4IIO A; 1H8K A; 3H41 A; 4CC2 A; 2YT6 A; 2BZY A; 3I5R A; 1QKW A; 4HXJ A; 1YWO A; 1K4U S; 1SHG A; 2KEA A; 1VYU A; 4J9E A; 1V1C A; 2CSI A; 4HVV A; 4HVU A; 3H0H A; 5ECA A; 1ABO A; 1JU5 C; 2M0Y A; 2CT4 A; 5GJW B; 1ZBJ A; 1JO8 A; 1E6H A; 5I11 A; 2L3P A; 1KIK A; 1PHT A; 1K1Z A; 4LNP A; 1CSK A; 1WI7 A; 2BZX A; 1GCQ A; 4JZ3 A; 1M3C A; 4J9C A; 2KT1 A; 4AFU C; 1JQQ A; 5EC7 A; 2FRY A; 1ZSG A; 2CUB A; 4LUD A; 1U5S A; 1LCK A; 4OMQ A; 4RTX A; 1U3O A; 1AWO A; 1T3S A; 1FYN A; 1T0J A; 2DL8 A; 1VA7 A; 4CC3 A; 3JV3 A; 4JJD A; 2RQR A; 4J9B A; 2FG0 A; 1M8M A; 1SPK A; 2A28 A; 2YUN A; 4F14 A; 2AKL A; 2X3W D; 4F16 A; 2DE0 X; 1UDL A; 2EGC A; 1PRL C; 1X69 A; 4WCI A; 4LUE A; 4ORZ A; 1ARK A; 2ED1 A; 1ZUK A; 1H92 A; 1E6G A; 2OI3 A; 4J9D A; 1PKT A; 4KRT A; 3U23 A; 1QLY A; 2J05 A; 4OMO A; 4LE9 A; 3UA6 A; 1CKB A; 1QWF A; 5FWC A; 2KXD A; 1WXB A; 3ZL7 C; 2JS2 A; 2JM9 A; 2AKK A; 2D1X A; 2CDT A; 2JMA A; 2RQW A; 2LQW A; 2NWM A; 4Z88 A; 1AWW A; 1VYT A; 1K76 A; 1GFC A; 2ABL A; 2LJ3 A; 1X27 A; 1YP5 A; 1AZE A; 2J6O A; 2L3Q A; 3SEM A; 2VWF A; 3NHN A; 1AEY A; 4M4Z A; 1I1J A; 3TSZ A; 4RTZ A; 4J9F A; 4RTW A; 3REB B; 1SRL A; 4JZ4 A; 2J6F A; 1PNJ A; 1SEM A; 3H0I A; 1YWP A; 1AWJ A; 1GL5 A; 1T3L A; 1X6B A; 4RTV A; 2DMO A; 2KYB A; 1G83 A; 1SRM A; 2DL7 A; 1RUW A; 2LQN A; 2YUQ A; 3VS7 A; 2KNB B; 2LCS A; 3M0R A; 2DF6 A; 4AG2 C; 4Z8A A; 1UHC A; 4QT7 A; 2BZ8 A; 2DL5 A; 2L0A A; 2OJ2 A; 3I9Q A; 2DM1 A; 1Z9Q A; 1AZG B; 2DL3 A; 2K79 A; 3I35 A; 2K6D A; 2BTT A; 2JS0 A; 2VVK A; 4JPB W; 2L2P A; 2O31 A; 2D8H A; 2PNI A; 2ROL A; 2LJ0 A; 4A63 B; 1ABQ A; 2EW3 A; 2KT8 A; 2L3S A; 1OPK A; 2FRW A; 2HEQ A; 1UFF A; 1NYF A; 1UJ0 A; 1N5Z A; 1W1F A; 4K11 A; 4CC4 B; 1UG1 A; 3TSW A; 1W70 A; 1GFD A; 2V1R A; 1K0S A; 2HDA A; 4AFQ C; 1GCQ C; 3C0C A; 4E6R A; 1ZUU A; 1AWX A; 1OEB A; 2GGR A; 2DNU A; 2GTJ A; 1WXU A; 4CC7 A; 2EBP A; 2AZS A; 3NMZ C; 2ESW A; 2SEM A; 2KGT A; 2GBQ A; 3VS3 A; 1W6X A; 3UAT A; 2DL4 A; 1B3Q A; 3VS4 A; 2FO0 A; 2JXB A; 2KBT A; 5IHI A; 2EPD A; 1A0N B; 3EHQ A; 5L23 A; 2NUZ A; 1RLP C; 1Y57 A; 2F2X A; 2JTE A; 1IO6 A; 2A36 A; 1TUD A; 2HCK A; 1NM7 A; 1QCF A; 2KYM A; 2J06 A; 1K0X A; 2FPF A; 3LH5 A; 2FEI A; 2O88 A; 4AFS C; 1BBZ A; 1JEG A; 2EQI A; 2V1Q A; 2RMO A; 1WX6 A; 2KRN A; 4DEY A; 4RUG A; 2JM8 A; 3A98 A; 3EG3 A; 2GQI A; 2EYY A; 4F17 A; 5GJV B; 2DIL A; 1J3T A; 2GNC A; 4OMM A; 1GBR A; 1CKA A; 5IXF A; 2LMJ A; 1YCS B; 1MV3 A; 1SSH A; 2EYW A; 5IXB A; 2XMF A; 1ZUY A; 1YNZ A; 1M27 C; 1UUE A; 2KRM A; 2DLP A; 2O2O A; 1S1N A; 4RTU A; 2QDL A; 4LN2 A; 1AVZ C; 3ULR B; 4J9G A; 2AK5 A; 2C0T A; 2C0O A; 2KXC A; 1T0H A; 4GBQ A; 2LJ1 A; 1WA7 A; 1GCP A; 5IHK A; 2EYX A; 2K7A A; 2JMC A; 3RNJ A; 3M0T A; 1UEC A; 1BK2 A; 2C0I A; 5FWB A; 4X1V A; 1HD3 A; 2PTK A; 1RLQ C; 1M3B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DA4 A; 3JCM J; 3JCM b; 3PE0 A; 1BIB A; 2FL7 A; 1D3B A; 3MJX A; 2DA9 A; 4F04 B; 4C92 G; 3I56 T; 1Z9Z A; 3M55 A; 4Y91 A; 5J39 A; 1M90 C; 1QVG A; 2QTX A; 4XTY A; 4D8D A; 1YHQ Q; 2I2L A; 2K2M A; 1OI1 A; 4D8K A; 1IGU A; 1RAI B; 1KHI A; 2VGN A; 4PKC C; 2ED0 A; 1VYV A; 3P8D A; 4RCB A; 3NPF A; 2HQE A; 4OVA A; 2KMT A; 2CSQ A; 2RN8 A; 4GLK A; 1WLP B; 5GAN 7; 4FYV B; 5GAN f; 3V8L A; 3ZBD A; 1R0C B; 3CCJ T; 2VGM A; 4BI8 B; 2HZY A; 2Y4Y A; 5KYW B; 3G4S T; 2DBM A; 2QGG A; 3EGD B; 5CQX A; 2OTL T; 3M0Q A; 2LNH B; 1BU1 A; 4AFZ C; 5GAM g; 1EX4 A; 3TVT A; 4OB1 B; 1JJ2 A; 1NLP C; 4M75 F; 2K4Y A; 4PK4 A; 2COY A; 1WJS A; 1KQ1 A; 4KUI A; 2LX7 A; 2EKH A; 3EFR A; 4EMG A; 3MEA A; 1MND A; 1Q7Y U; 1TSF A; 3I5S A; 3JCM g; 5KYY B; 4C5I A; 4XQ3 A; 1K73 R; 2X3X D; 2JTM A; 3FJ5 A; 2WSE E; 3G71 T; 3UA7 A; 3P8B B; 1VQ8 A; 4BAC A; 4JJB A; 4FU6 A; 3CCR Q; 1XOV A; 4IUU A; 2RM4 A; 3QDR B; 4B6M A; 2A37 A; 2DEU A; 4ZN3 A; 4RG2 A; 1IZ6 A; 2EJ9 A; 1IXD A; 3I55 A; 1B34 A; 3MHX A; 3QYG B; 1MUZ A; 4KGV B; 1UJY A; 9ATC B; 2O4X A; 1VQO A; 4Z89 A; 5FU7 B; 4AT1 B; 4ZTF A; 2QYZ A; 4C8Q C; 4M77 E; 5DY9 A; 1PSE A; 4FM4 B; 4F7U F; 2CH4 W; 2M9U A; 4ESR A; 2ROT A; 2X4J A; 2MPX C; 2DX1 A; 2OAU A; 2X51 A; 3NFC A; 4QKU A; 2EQK A; 2LX9 A; 1K9A A; 2E65 A; 1VQ9 T; 4M78 B; 3CCQ Q; 2NUP A; 2F5T X; 2RHX A; 1NYG A; 4IUP A; 3RDV A; 4M7A B; 3GPL A; 4HVW A; 5GAN 2; 3X28 B; 1FX7 A; 4OGE A; 3JCM e; 5CKH A; 3CPW S; 1UE9 A; 3CC2 Q; 3QKJ A; 2E5K A; 2KSS A; 4R56 A; 3GBQ A; 5CIU A; 2EAY A; 1NEB A; 4PFO A; 3CC4 A; 1MV0 B; 4A4F A; 3SWN A; 4OMN A; 1RI9 A; 3VS5 A; 4B9X A; 4EMK B; 3R6N A; 1X43 A; 3JCM X; 4M75 A; 1SKU B; 4M78 D; 1H8K A; 3H41 A; 3H9N A; 3I5R A; 5GAM h; 1WPY A; 4HXJ A; 3J80 E; 1SHG A; 2KEA A; 1VYU A; 3LWI A; 2CSI A; 4HVV A; 4HVU A; 5ECA A; 1JU5 C; 1H3Z A; 5GJW B; 5KYN A; 1JO8 A; 1E6H A; 5I11 A; 1WHH A; 3NTH A; 2ZGW A; 1PHT A; 4X34 A; 4LDU A; 4LNP A; 2V26 A; 4J9C A; 3OA6 A; 2DXT A; 1ZSG A; 1UB4 A; 4LUD A; 2E3H A; 2XID A; 4OMQ A; 3CCJ A; 1WHL A; 2GF7 A; 1AWO A; 1FYN A; 4J7F A; 2RD1 A; 1KC8 U; 3JV3 A; 2EWN A; 2K5L A; 4C0D C; 2QQB A; 1VQP Q; 2QQ9 A; 4F7U A; 3CEY A; 2A28 A; 4F14 A; 2AKL A; 1G3W A; 4BD3 A; 4PNO A; 2LRQ A; 4XU3 A; 1SSF A; 1YFN A; 4IKF A; 5A2Q E; 3WXM B; 4E7J A; 4WCI A; 4LUE A; 1IB8 A; 4D6W A; 3G71 A; 3HTR A; 1H92 A; 4KRT A; 3RMS A; 4J9D A; 1PKT A; 2VB6 A; 1QLY A; 4LE9 A; 1WQW A; 3FEO A; 2ZPE B; 4JDS A; 5FWC A; 1MHN A; 4P5N A; 2HL5 C; 2JMA A; 4XTV A; 4KGX B; 4EMH A; 3CPW P; 1AWW A; 3JSC A; 4KH0 B; 1YP5 A; 2E10 A; 3CXC P; 1Q86 U; 3JCM c; 4PJO E; 4RTZ A; 2PQW A; 4M77 C; 5GMK j; 1R8O B; 1SRL A; 2CP5 A; 1PNJ A; 1YWP A; 1QMC A; 5HKC A; 1QQJ A; 2KK4 A; 5KYU A; 3LX7 A; 2KYB A; 2D9T A; 3RES A; 1G83 A; 2LQN A; 3VS7 A; 4C8Q B; 2LCS A; 1Q82 U; 4AG2 C; 3CC7 T; 1IRE B; 4Z8A A; 2HSE B; 1D09 B; 3GF5 A; 1S72 T; 2DIQ A; 3I9Q A; 4M75 E; 2RO0 A; 2CP6 A; 1VQ8 Q; 3UPU A; 2K79 A; 3BFM A; 2JS0 A; 2VVK A; 3OYN A; 3VU3 C; 3CCU T; 4C5H A; 2D8H A; 4L59 A; 1WJQ A; 2CYZ B; 1N9R A; 5CKE A; 4L6V 5; 4A63 B; 2RI5 A; 2YHT A; 2KT8 A; 1C0M A; 3JCM d; 1G8X A; 3I55 Q; 3VKI A; 4PFZ A; 4C8Q D; 1RAF B; 1VQO Q; 1QVG S; 4HKE A; 4BUG A; 4CC4 B; 5HK3 A; 1UG1 A; 3TSW A; 1W70 A; 1U1T A; 3OS0 A; 2E5Q A; 2HDA A; 1Y07 A; 4E6R A; 3M54 A; 1ZUU A; 1AWX A; 1NBE B; 2RI3 A; 4CC7 A; 1C1A A; 2AZS A; 1W6X A; 1K73 U; 2DL4 A; 4ME7 A; 3L42 A; 2FO0 A; 2JXB A; 2KBT A; 5CKF A; 3UDC A; 2EPD A; 2E6N A; 2E12 A; 1OZ2 A; 2VAS A; 4DOW A; 5GAO l; 2F2X A; 3CCM Q; 1JJ2 S; 4XAX B; 3WVE B; 4E7I A; 2QA4 T; 3A8O B; 3EG9 B; 2KYM A; 4M78 G; 2J06 A; 2FPF A; 2QQR A; 3LH5 A; 2O88 A; 4OF1 A; 4II1 A; 1BBZ A; 1UEB A; 2OX7 A; 3CC4 Q; 2EQI A; 1RAG B; 1BI2 A; 2RMO A; 1WX6 A; 2KRN A; 4DEY A; 4J83 A; 2CP2 A; 3CCS A; 4J6W A; 3C94 A; 2JM8 A; 2VV5 A; 1PD0 A; 4JRK A; 1FMV A; 3A98 A; 1VIF A; 3CXC A; 5GJV B; 1J3T A; 4FYY B; 1UGP B; 5D6Y A; 4C0D B; 3FDR A; 5KYX B; 2LMJ A; 3CME A; 1N8R C; 4FYX B; 1MV3 A; 5IXB A; 3MKD A; 1D1A A; 4HA8 A; 1UUE A; 2BKD N; 1IRX A; 1S1N A; 4IUT A; 3I56 Q; 3G7Z A; 1X75 C; 2QDL A; 2YWW A; 3JB9 F; 3ULR B; 2C0O A; 3RKW A; 1BI0 A; 5IHK A; 2PUO B; 2K7A A; 3M0T A; 2F5K A; 1BK2 A; 2C0I A; 4LDV A; 4PJO C; 3QHS A; 2DTO A; 1QVP A; 1YCY A; 4FT4 A; 2F2V A; 5CVI A; 1QVF A; 2DJZ A; 5CO7 A; 2CRE A; 2DYI A; 2EYZ A; 3CCJ Q; 2RQT A; 1WQ7 A; 3MEV A; 3VS6 A; 4KUD K; 2PU9 B; 1QVG P; 4M77 B; 2E4H A; 1WDX A; 2A7Y A; 2OTL Q; 3BW1 A; 2EYQ A; 2DRK A; 7AT1 B; 3EG2 A; 2FPD A; 2QQA A; 4E47 A; 2JN0 A; 1X2K A; 2NYS A; 4OB0 B; 4HT8 A; 2VKN A; 3CC7 A; 1OPL A; 3GP8 A; 3M0P A; 5GAM j; 4JS4 A; 2DJQ A; 4BE0 A; 2GTO A; 3LYI A; 1AOJ A; 2FPE A; 2CZ1 B; 3JB9 D; 3G71 Q; 2Z0W A; 2EJF A; 3KFV A; 1YJW T; 2B8A A; 2KY9 A; 1D3B B; 2KR3 A; 1O9S A; 2GFA A; 4MMK A; 2YUO A; 1FMK A; 3CCU A; 2RPN A; 4AG1 C; 3CC2 A; 1MMN A; 1KD1 C; 2WAC A; 3EG0 A; 4M77 D; 2E64 A; 2J6K A; 2XKO C; 4ZTJ A; 1E7O A; 2WSF E; 3JB9 I; 1Y0M A; 3VS1 A; 4QW2 A; 1QP2 A; 3EFS A; 4PJJ A; 3RMQ A; 4IIM A; 1JXM A; 2OTJ T; 3EGX A; 1M9S A; 4MZP A; 5FW9 A; 1QKX A; 2M51 A; 2K9G A; 3OS2 A; 3JAM E; 2LCC A; 2DBK A; 2O01 E; 1I5O B; 2EGE A; 3NGP A; 4C0Z A; 2P4T A; 1ZLM A; 1TUG B; 4R55 A; 2FHD A; 1YI2 T; 3HPW A; 4FL6 A; 1WYX A; 2JNG A; 1YJ9 T; 4ELY C; 1SG5 A; 3EG1 A; 2RNA A; 4EIK A; 2QEX A; 1HJD A; 1MMA A; 2YXY A; 4E7S A; 2K57 A; 2KRO A; 1M4Z A; 5GMK l; 2XIC A; 2W0Z A; 1QWE A; 4JRQ A; 2QK0 A; 1VQ9 Q; 2O9V A; 1ZHI A; 3WVD B; 2JT4 A; 4JJC A; 4C8Q G; 2YUP A; 1PD1 A; 4A4G A; 1B7T A; 3EGU A; 1KFZ A; 1TOV A; 4OML A; 3PVQ A; 3HFN A; 3EFO A; 2RK2 A; 5GAO m; 3FRN A; 4BI3 A; 1ZX6 A; 1HSQ A; 4XTZ A; 2DZC A; 2LQK A; 4J6X A; 5A0G A; 4KUL A; 1U8R A; 5I2S A; 1WFW A; 4MDW A; 3RBB B; 5A0L A; 1FMW A; 4RMO A; 4R0K A; 1VQK T; 1BB9 A; 1Q82 R; 2RF0 A; 1OOT A; 2O4X B; 4J6Y A; 5FU6 C; 1ZA1 B; 3HFO A; 1UHF A; 5LJ3 d; 3M56 A; 3S3N A; 2J7I A; 1UGV A; 3CPF A; 3H8Z A; 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