The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| total genus |
8
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OPL A; 2KRN A; 2KXC A; 1VA7 A; 4Y92 A; 3EG3 A; 4D8K A; 1PNJ A; 1W1F A; 2YDL A; 2FO0 A; 2M0Y A; 1M3C A; 2ROT A; 4OML A; 2PZ1 A; 2CDT A; 1ABQ A; 1Z9Q A; 2YUQ A; 1KSW A; 4AG1 C; 2K79 A; 2OAW A; 1T3L A; 2RMO A; 2KYM A; 3M0Q A; 1UE9 A; 2LMJ A; 1ARK A; 2JXB A; 1V1C A; 2D8J A; 4J9D A; 3M0T A; 2VKN A; 2GTO A; 2RQW A; 3VS7 A; 1H3H A; 2CH4 A; 2YSQ A; 3ULR B; 1YWO A; 2CT4 A; 2HEQ A; 1UHF A; 3VS0 A; 2FPE A; 1PKT A; 2BTT A; 1BU1 A; 2BZ8 A; 3TSW A; 1X6G A; 4QT7 A; 2RF0 A; 4DEY A; 1AD5 A; 4JPB W; 2NWM A; 2FRY A; 3SHW A; 4Z8A A; 2JT4 A; 4RUG A; 2ECZ A; 3SEM A; 1I1J A; 3R6N A; 1OEB A; 2O31 A; 2ABL A; 4IIO A; 1HJD A; 1U5S A; 5I22 A; 1UHC A; 1VYT A; 4JJC A; 1TUC A; 1ZX6 A; 1CKA A; 2DJQ A; 2KBT A; 4OMO A; 3NPF A; 2FPD A; 1GFC A; 3IQL A; 3UA7 A; 1WXU A; 2CSQ A; 2DL3 A; 3EG2 A; 2DRK A; 2KEA A; 3U23 A; 4AG2 C; 5IHK A; 2AZS A; 4E6R A; 1OPK A; 1RI9 A; 2LX7 A; 1UJY A; 3KFV A; 1K9A A; 2AK5 A; 3PE0 A; 1E7O A; 4HVV A; 2DNU A; 1QWF A; 1UFF A; 4F14 A; 1GRI A; 2D1X A; 1ZLM A; 2DRM A; 5FWC A; 1BBZ A; 1N5Z A; 2EVR A; 2DL8 A; 1WXT A; 1YCS B; 1BB9 A; 2JS0 A; 4GLM A; 4DEX A; 2SRC A; 2D8H A; 1RLQ C; 2L0A A; 4X1V A; 2CT3 A; 1SHF A; 1PRL C; 2J6O A; 3I35 A; 1GBQ A; 1GCQ C; 2CRE A; 2GNC A; 2EYZ A; 2J05 A; 4AFU C; 3LH5 A; 2ESW A; 1SRL A; 2KNB B; 2L3S A; 1BK2 A; 2EGC A; 2FRW A; 3A98 A; 4J9F A; 3I5R A; 1WDX A; 3CQT A; 4F16 A; 1QKW A; 2HBW A; 1YN8 A; 1U3O A; 2JS2 A; 1WA7 A; 3M0R A; 4JZ3 A; 1ABO A; 1TUD A; 1PWT A; 3RBB B; 2DBM A; 3VS4 A; 3ZL7 C; 2L3P A; 1B3Q A; 4JJB A; 1ZSG A; 2MCN A; 2A36 A; 1AOJ A; 1U06 A; 2O2O A; 4LN2 A; 3EHR A; 1AWW A; 1M27 C; 1UJ0 A; 2I0N A; 1RLP C; 1G2B A; 1NM7 A; 2DL4 A; 2EGA A; 3EHQ A; 4RTX A; 2B86 A; 1M30 A; 2KYB A; 1T3S A; 4RTV A; 1K4U S; 2EBP A; 2J6K A; 4AFS C; 1QKX A; 2K7A A; 2FPF A; 1B07 A; 1UGV A; 2BZY A; 1EFN A; 5IH2 A; 1KIK A; 1M3B A; 1GCP A; 3VS6 A; 4JJD A; 1CSK A; 4J9H A; 4OMN A; 1JO8 A; 4JZ4 A; 5FW9 A; 1NG2 A; 1JXO A; 1WIE A; 1WX6 A; 5I11 A; 2LZ6 B; 2FEI A; 3VS3 A; 2LJ3 A; 1M8M A; 4AFZ C; 1JQQ A; 1KFZ A; 3I5S A; 3O5Z A; 1H8K A; 5IHI A; 2V1Q A; 2EGE A; 2ED1 A; 2K3B A; 4CC3 A; 2W0Z A; 4ORZ A; 2HDA A; 1AWX A; 1CKB A; 2DVJ A; 2K2M A; 2F2X A; 2KRM A; 4D8D A; 2E5K A; 1NEG A; 1WYX A; 2C0I A; 4ZNX A; 2DBK A; 1NLP C; 1AVZ C; 2L2P A; 1S1N A; 1W6X A; 2ENM A; 2DM1 A; 2GTJ A; 4Z88 A; 2DF6 A; 3RNJ A; 3C0C A; 1UTI A; 3H0F A; 1ZUK A; 1WI7 A; 2W10 A; 1T0H A; 2YUO A; 1AZE A; 1PHT A; 2JTE A; 1OOT A; 1MV0 B; 1NLO C; 2LJ1 A; 2O9S A; 4IIM A; 1X27 A; 4J9B A; 3VRZ A; 1G83 A; 2EKH A; 1QCF A; 4CC2 A; 5FWB A; 4RTW A; 4FSS A; 2RPN A; 2EW3 A; 1FMK A; 2GGR A; 3NGP A; 3QWY A; 2JM8 A; 4R0K A; 1FYN A; 1JEG A; 1X69 A; 1X2K A; 2VWF A; 1Z9Z A; 2JM9 A; 3UF4 A; 3REB B; 1AZG B; 3QWX X; 2DL5 A; 4EIK A; 2H8H A; 3H41 A; 2DL7 A; 2IIM A; 5IXF A; 2JMC A; 3H0H A; 4LUD A; 4RTT A; 2OI3 A; 5EC7 A; 5IXB A; 2LQW A; 1K76 A; 3UA6 A; 1RUW A; 2A37 A; 1A0N B; 2XMF A; 1HD3 A; 1KJW A; 1UUE A; 1AEY A; 1E6G A; 2C0T A; 1TG0 A; 2NUZ A; 1ZBJ A; 2DLP A; 3GBQ A; 2A28 A; 2EPD A; 2F2V A; 4RTZ A; 1SSH A; 4HCK A; 4Z89 A; 2K6D A; 2CUD A; 1QWE A; 2F2W A; 1I0C A; 2YUP A; 2ED0 A; 1NYG A; 2RN8 A; 2LP5 A; 3TVT A; 3H0I A; 1Y0M A; 2AKL A; 1SEM A; 4M4Z A; 1M3A A; 1UDL A; 2SEM A; 1I07 A; 3M0U A; 4A63 B; 1K0X A; 2CH4 W; 2L3Q A; 1E6H A; 1ZUY A; 2LCS A; 2RQT A; 1VYV A; 2C0O A; 1WFW A; 4HXJ A; 2KRS A; 2BZX A; 2EYX A; 2GQI A; 1GCQ A; 2KGT A; 1YWP A; 4J9C A; 3EG0 A; 4LE9 A; 2J6F A; 2X3W D; 2LNH B; 2DYB A; 2GBQ A; 2PNI A; 2KR3 A; 2OJ2 A; 3TSZ A; 3NMZ C; 2FG0 A; 2DIL A; 4RTY A; 4GBQ A; 1MUZ A; 3PVQ A; 1GL5 A; 3M0P A; 1SPK A; 2ROL A; 1T0J A; 1ZUU A; 2MIO A; 1VYU A; 2J7I A; 3VS2 A; 1NEB A; 2RQU A; 4K11 A; 3REA B; 1MV3 A; 1AWO A; 1IO6 A; 1H92 A; 2P4R A; 1GBR A; 2HCK A; 1JU5 C; 1YNZ A; 4CC7 A; 1OV3 A; 2J06 A; 2QDL A; 1JXM A; 1UEC A; 2EYY A; 1SHG A; 3EGU A; 2KT1 A; 3VS5 A; 4J9E A; 1K1Z A; 2M51 A; 4KRT A; 3EG1 A; 3NHN A; 3JV3 A; 2K9G A; 3VRY A; 1HSQ A; 1LCK A; 1X43 A; 1X6B A; 2AZV A; 5IHN A; 1YP5 A; 2CUB A; 5GJV B; 4HVW A; 2RQR A; 4OMP A; 1XOV A; 1NYF A; 1PKS A; 2A08 A; 4RTU A; 1SRM A; 4ESR A; 1J3T A; 1Y57 A; 3FJ5 A; 2VVK A; 4WCI A; 1X2Q A; 1PRM C; 2DMO A; 2G6F X; 4F17 A; 2JMA A; 2KT8 A; 2YUN A; 5L23 A; 3I9Q A; 3THK A; 2LQN A; 2DX1 A; 1GFD A; 4OMM A; 2CSI A; 2EQI A; 1QLY A; 2DA9 A; 3VS1 A; 2YT6 A; 2O88 A; 2KE9 A; 2PTK A; 2RNA A; 2EYW A; 2KXD A; 2V1R A; 3UAT A; 2LJ0 A; 5HCK A; 4AFQ C; 2X3X D; 3M0S A; 2O9V A; 2MOX A; 3PVL A; 5GJW B; 2JW4 A; 2DE0 X; 4LNP A; 4J9G A; 4CC4 B; 2KRO A; 1W70 A; 1UG1 A; 1WXB A; 2HSP A; 4OMQ A; 2AKK A; 4LUE A; 4HVU A; 1WLP B; 5ECA A; 1K0S A; 2D0N A; 4J9I A; 2RQV A; 1AWJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UGS B; 1TTH B; 4C92 D; 3CPW S; 1W1F A; 2GQV A; 2OTJ T; 2HZY A; 3DLM A; 1M3C A; 3JCM Q; 2YRC A; 3PIP A; 2YUQ A; 1KSW A; 4AG1 C; 1VQ9 Q; 2YXY A; 2GF7 A; 1T3L A; 2KYM A; 5KYX A; 1ARK A; 2LX9 A; 2QTX A; 1YIT A; 1JB0 E; 3M0T A; 2CP7 A; 5J3B A; 4IUU A; 2RQW A; 1H3H A; 3S3N A; 2CH4 A; 1YWO A; 2H3E B; 3MHX A; 5DM7 R; 3CCL T; 4BY6 C; 1Q82 C; 2C06 A; 4EPC A; 2RF0 A; 2OTJ A; 1RAD B; 3G6E Q; 3OYL A; 3UT1 A; 2KMT A; 4XU1 A; 4IUR A; 4Z8A A; 5LJ3 j; 2JT4 A; 2HAX A; 2ECZ A; 4TVR A; 4BE2 A; 4C0D C; 2D9T A; 2ABL A; 3TEE A; 4BAC A; 1Q81 C; 2QAZ A; 1VYT A; 1ZX6 A; 4X9C A; 2QYZ A; 3CCL A; 2MYS A; 3G1J A; 2XDD A; 2EJ9 A; 2DJQ A; 4OMO A; 1GFC A; 1OX8 A; 2KK4 A; 2ZCF B; 2CSQ A; 3EG2 A; 2R5A A; 3OY9 A; 4J7F A; 3LGF A; 4HT9 A; 4DOV A; 2DER A; 4MML A; 5CKE A; 4C8Q G; 1D0Z A; 5KYU A; 4C0G A; 2DNU A; 3E1S A; 4L59 A; 3GP8 A; 1G3W A; 3JB9 D; 2FHD A; 1BBZ A; 1P92 A; 1ZA1 B; 3CXC A; 2EVR A; 2X4W A; 1YHQ Q; 1Q86 C; 2D8H A; 2DEQ A; 2CT3 A; 5A2Q E; 1O9S A; 2EQU A; 1SHF A; 3FRN A; 1PRL C; 2VAS A; 3I35 A; 2CRE A; 2RA2 A; 5CCA A; 3OYI A; 2HD0 A; 3LH5 A; 3CCQ Q; 1MMG A; 3C4S A; 1YI2 Q; 3I5R A; 3RMQ A; 2HBW A; 2KSS A; 2JS2 A; 2DYI A; 3OYJ A; 3M0R A; 2DAQ A; 3OYY A; 3CCE Q; 1TUD A; 1PWT A; 3RBB B; 2K5L A; 3ZL7 C; 2L3P A; 2RHI A; 1U1S A; 1VQ5 T; 1KQ1 A; 1B3Q A; 1HXD A; 3MCA B; 3CPW P; 2K5I A; 3MKD A; 2MK5 A; 1AWW A; 3EHR A; 1UJ0 A; 3HRU A; 1RLP C; 4DQ2 A; 4N0A A; 2KYB A; 1D1A A; 1T3S A; 4RTV A; 4A53 A; 4DOW A; 1QCN A; 2EBP A; 2J6K A; 2RJD A; 2ZAE A; 5CIU A; 2K7A A; 1YJ9 A; 4QVC A; 2H3J A; 1D0Y A; 2BZY A; 1Q95 G; 3DB4 A; 2HBP A; 5CO7 A; 1VQ5 A; 1KD1 R; 8AT1 B; 2O4X B; 1WJR A; 4OMN A; 4OB2 B; 5D6W A; 4OVA A; 2EJG A; 2LZ6 B; 1WZO A; 2FEI A; 3VS3 A; 2VXF A; 1U1T A; 1QP2 A; 1B34 A; 1UEB A; 2MWO A; 1KFZ A; 3O5Z A; 5IHI A; 1BI1 A; 2CS7 A; 1OYX A; 2K3B A; 4CC3 A; 1VQL A; 3CCM T; 1CKB A; 3M57 A; 3I55 T; 4ZN3 A; 1K9M C; 2DVJ A; 4M7D B; 1EIF A; 1FX7 A; 2F2X A; 1IGU A; 3EH2 A; 3EGX B; 3UWN A; 1NEG A; 2RK2 A; 4OB3 B; 4ME7 A; 2DBK A; 4C5I A; 1S1N A; 4Z88 A; 2F5T X; 2DM1 A; 1VQ7 T; 1H3Z A; 4ELZ C; 1TS9 A; 2JZ2 A; 3LWH A; 1BIA A; 3QUI A; 2K3X A; 4PKC C; 3CCV T; 3TQ7 P; 1S72 T; 2JTE A; 2COY A; 3I55 A; 1OOT A; 4E7J A; 1HK9 A; 5GAN f; 3JB9 I; 1X27 A; 2L5Q A; 5GAM h; 2EKH A; 4HT8 A; 1AT1 B; 4FW2 A; 3GLX A; 2E65 A; 1YJN A; 1KC8 U; 2VYT A; 2OTL Q; 4RTW A; 1VQ7 A; 4JS4 A; 1AHJ B; 3OYB A; 3KBG A; 3V7R A; 4M7D E; 2CYZ B; 2YLB A; 3CCV A; 1X2K A; 4NL2 A; 1VQ4 T; 3C12 A; 2DIQ A; 2VWF A; 3SD4 A; 3UF4 A; 4C92 F; 2QQS A; 5EG2 A; 5FRN A; 1AZG B; 4O5V A; 2MI6 A; 5GAM e; 2PVD B; 2RI2 A; 2KQW A; 2A7Y A; 3QWX X; 1K8A U; 1BKB A; 4EIK A; 3JB9 J; 3L42 A; 2VUB A; 2H8H A; 1PG5 B; 2IIM A; 4FT2 A; 5IXF A; 1IB8 A; 1N6A A; 3CC2 T; 2ZPG B; 1RUW A; 4M78 G; 1VQ4 A; 3JCM V; 1OZ3 A; 2LCC A; 1G3Y A; 5DLO A; 4XTW A; 3MEU A; 1WHH A; 2A28 A; 2F2V A; 1SSH A; 4HCK A; 4Z89 A; 1NZ9 A; 4OB0 B; 4OGC A; 3EFO B; 1Q81 U; 2ZPH B; 1RAI B; 1I0C A; 1JRI A; 3EH1 A; 5GAN 3; 2D6F A; 4E47 A; 5KYW A; 1IHW A; 4M7A G; 2RN8 A; 3HPW A; 4M7D C; 1LJO A; 2DET A; 4LDY A; 3OS1 A; 3HL8 A; 1M1F A; 4P5N A; 1M5Q 1; 2AKL A; 2DO3 A; 4F7U B; 2VV5 A; 3QII A; 1UDL A; 1M90 C; 2DXU A; 2QA4 T; 3TRE A; 3M0U A; 3PMT A; 2NUT B; 5FRO A; 1K0X A; 1WJS A; 4M77 G; 3QJY A; 1VYV A; 3P8B B; 4QVD A; 4C8Q B; 2EYX A; 2YHT A; 4XU2 A; 1YWP A; 3V8K A; 3JB9 F; 4YTL A; 3FEO A; 3X26 B; 2J6F A; 2HQH A; 1NJI R; 3CME T; 3OS0 A; 3RDV A; 4RTY A; 1MUZ A; 5LJ5 f; 1GL5 A; 4FIB A; 2QA4 A; 2CZ1 B; 2HNI A; 3CC2 Q; 2DPP B; 3X20 B; 2RQU A; 1TU0 B; 4BI4 A; 4GY5 A; 4E7Z A; 2HCK A; 2FZK B; 1N27 A; 1PD1 A; 5HY6 A; 1JXM A; 1FWZ A; 2EYY A; 3EGU A; 3CME A; 2RJE A; 3JRZ A; 2R5M A; 3G71 T; 2RO0 A; 2FYK A; 4C8Q E; 1X6B A; 3VU3 C; 1RAA B; 2BKD N; 2RQR A; 3PT9 A; 3BE3 A; 1XOV A; 1NYF A; 4OP0 A; 4ESR A; 2V8K A; 5L8R E; 4WCI A; 3OYF A; 4L6V 5; 2G6F X; 2JMA A; 2KT8 A; 4KGV B; 3I9Q A; 4IUV A; 3BDL A; 4OMM A; 1VUB A; 3BW1 A; 1QLY A; 3G71 A; 3HHT B; 2XU8 A; 2DA9 A; 3VS1 A; 1KG1 A; 2YT6 A; 3CC7 T; 3O8V A; 2KXD A; 5GAM d; 4LDV A; 2RHZ A; 2LJ0 A; 2RHY A; 3OMC A; 5IT9 E; 1BI0 A; 2DE0 X; 2EAY A; 2WSF E; 4FW1 A; 3RKW A; 4OMQ A; 1GXI E; 1WLP B; 2M02 A; 4ZGD B; 4J9I A; 4DBR A; 4C8Q C; 1N8R R; 2KXC A; 1VQN T; 3EG3 A; 4D8K A; 4MDX A; 4ZGE B; 5LL6 S; 2FO0 A; 2QQ9 A; 2ROT A; 3M5A A; 3HSB A; 2CDT A; 1ABQ A; 2OAW A; 4HKE A; 3M0Q A; 3P8H A; 1JBM A; 2QQR A; 1PD0 A; 2M1H A; 3OYC A; 2VKN A; 3DKM A; 2K5F A; 2YSQ A; 3ULR B; 2JTF A; 2HEQ A; 1UHF A; 4RMO A; 3VS0 A; 1PKT A; 3VUB A; 2BZ8 A; 4NL3 A; 4J6W A; 3FLG A; 2MF2 A; 1FXX A; 3HRS A; 4JPB W; 1BIB A; 2E41 A; 4RUG A; 3E19 A; 3SEM A; 3JCM c; 3R6N A; 1OEB A; 2O31 A; 2JJ9 A; 4FM4 B; 2LCL A; 3SWN B; 4XTZ A; 1KHI A; 4IIO A; 1HJD A; 1U5S A; 3BDU A; 2QG9 B; 4CI0 C; 1VQK Q; 1EX4 A; 4L5G A; 1TUC A; 1CKA A; 3L2U A; 4Y91 A; 2RHX A; 2YLC A; 2DRK A; 1RI0 A; 3U23 A; 4AG2 C; 2AZS A; 4E6R A; 3LWI A; 4E7S A; 4LD9 K; 1OPK A; 2LX7 A; 1K9A A; 1VQP T; 2AK5 A; 1E7O A; 2RI3 A; 4LDX A; 4F14 A; 1GRI A; 2CZ7 B; 3ZFJ A; 4LXC A; 3CC4 A; 1PC0 A; 4M78 B; 3J81 E; 1YFN A; 5FWC A; 1LPL A; 2FZC B; 2PUO B; 2CP0 A; 1BB9 A; 2YRD A; 4DEX A; 2V8J A; 4N4G A; 3LW5 E; 1MMD A; 2EJF A; 3JCM P; 2XK0 A; 5GAO m; 2J6O A; 1GBQ A; 2DD4 A; 4M7A B; 1GCQ C; 2GNC A; 3CCS T; 1C0M A; 3CCJ Q; 5GAM j; 2ESW A; 3JCM h; 5GAN h; 1VIE A; 2KNB B; 3JCM W; 1BK2 A; 2EGC A; 3URG A; 3A98 A; 2VGN A; 3S3O A; 2EIF A; 1YN8 A; 1KQS S; 1OUL A; 1Q7Y C; 3M53 A; 3M56 A; 5LJ3 f; 1XJW B; 3TCJ A; 3VS4 A; 4M77 B; 4M78 E; 4HCZ A; 1KC8 C; 2DTH A; 4BE1 A; 2X4J A; 1UB4 A; 1AOJ A; 1U06 A; 3CCS A; 3JCM e; 5GAN e; 4LN2 A; 3CCU T; 5C0M A; 2RM4 A; 1VQ8 Q; 1G2B A; 3G4S A; 4RTX A; 2B86 A; 1M1K R; 1ACM B; 5DY9 A; 4AFS C; 1EZZ B; 4M7A E; 5D7U A; 5LJ3 g; 3SWN C; 1M3B A; 1GCP A; 3QDF A; 3VS6 A; 1K8A C; 4JJD A; 3UPU A; 1CSK A; 2XD0 A; 1MNE A; 2K4Y A; 3HFN A; 3CCU A; 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