The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
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| total genus |
8
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| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YT6 A; 4JJC A; 2AZV A; 2A37 A; 2O9V A; 4LUE A; 4J9B A; 2MCN A; 2J05 A; 4K11 A; 2RQU A; 1Z9Z A; 4EIK A; 4JZ4 A; 1NYG A; 2HCK A; 5IHK A; 3I35 A; 4CC3 A; 3EG0 A; 3TVT A; 4IIM A; 2ED0 A; 3FJ5 A; 2X3W D; 1VYT A; 3M0U A; 5IHN A; 2KYM A; 2J6F A; 1X2Q A; 1MUZ A; 2RQV A; 2VWF A; 2ROL A; 2YDL A; 2L3Q A; 2M0Y A; 3M0R A; 3NHN A; 2DNU A; 2KEA A; 2L3P A; 2K7A A; 2KYB A; 1QKX A; 1T0H A; 1TG0 A; 4RTY A; 1OPL A; 2CUB A; 3TSW A; 3RNJ A; 1NEG A; 2LQN A; 1K4U S; 2CSQ A; 1X27 A; 4RTX A; 1PKT A; 3PE0 A; 1UDL A; 2EQI A; 4AG2 C; 2B86 A; 4J9G A; 1QLY A; 2FRY A; 2DRM A; 1GCP A; 3NGP A; 2JM8 A; 2ESW A; 3GBQ A; 3VS0 A; 1KFZ A; 3I5S A; 3TSZ A; 2L3S A; 1BU1 A; 1H92 A; 1M3A A; 1AZG B; 2DIL A; 1NM7 A; 1RI9 A; 2DX1 A; 1NYF A; 1I07 A; 3VS6 A; 2EGE A; 2DRK A; 1NLO C; 2KRM A; 4DEX A; 2F2V A; 2GGR A; 2A08 A; 2CRE A; 1E6H A; 1QWF A; 1T3S A; 3QWY A; 1PRM C; 1WX6 A; 1CKA A; 5IXB A; 4X1V A; 3A98 A; 4OMO A; 2VVK A; 4D8D A; 3CQT A; 2SRC A; 2FPE A; 2FPF A; 2LCS A; 1WYX A; 4J9E A; 1SHF A; 2DF6 A; 1FYN A; 1E6G A; 1N5Z A; 2KBT A; 1GCQ A; 3UA6 A; 2IIM A; 4LUD A; 1JQQ A; 1K9A A; 2EYY A; 1KSW A; 1UEC A; 2YUQ A; 2JMA A; 2GNC A; 1SHG A; 4ORZ A; 1CKB A; 3EGU A; 4RTW A; 2LZ6 B; 1UJ0 A; 1SRM A; 1WXB A; 4ESR A; 5IHI A; 1GBR A; 1JU5 C; 4FSS A; 3EG3 A; 2KRN A; 2KNB B; 1K0S A; 5EC7 A; 3RBB B; 2X3X D; 2RNA A; 1MV3 A; 4J9F A; 4HCK A; 2FRW A; 5GJV B; 2DMO A; 2AZS A; 2DL8 A; 2ED1 A; 2DL7 A; 1AZE A; 4WCI A; 1SRL A; 1ABQ A; 2EVR A; 2ROT A; 1X43 A; 4OMN A; 2GBQ A; 3IQL A; 3EG2 A; 1UTI A; 2MIO A; 1UE9 A; 1XOV A; 1YWO A; 2A28 A; 3EHR A; 3VS5 A; 2C0T A; 1QCF A; 4KRT A; 2G6F X; 2RQW A; 2LP5 A; 1PNJ A; 3KFV A; 2NUZ A; 2PNI A; 2DE0 X; 4CC7 A; 2DBM A; 2V1Q A; 2A36 A; 2K9G A; 4GLM A; 1T3L A; 4RTU A; 4E6R A; 1GL5 A; 2RQT A; 2EBP A; 2JS2 A; 1AEY A; 1WXT A; 2M51 A; 3REB B; 2YUP A; 1QWE A; 1ZLM A; 2DL3 A; 1YNZ A; 3LH5 A; 1GFC A; 1AVZ C; 1QKW A; 1OOT A; 2BZY A; 1YCS B; 1UG1 A; 3PVQ A; 5GJW B; 1M30 A; 4HVW A; 1OV3 A; 1WFW A; 3M0T A; 2LQW A; 2CH4 A; 4OMP A; 1U06 A; 1AWW A; 4OML A; 2J6O A; 2K3B A; 2DVJ A; 2HEQ A; 5IXF A; 1S1N A; 4RUG A; 1W6X A; 2DJQ A; 3ULR B; 5L23 A; 2JW4 A; 3SEM A; 2DYB A; 1VYV A; 1UHF A; 4HXJ A; 1A0N B; 1UJY A; 1FMK A; 3O5Z A; 4Z88 A; 2DL5 A; 4J9I A; 1G83 A; 2LX7 A; 1Z9Q A; 2W10 A; 2J6K A; 2L2P A; 1WIE A; 1AWO A; 3H41 A; 2HDA A; 1ZBJ A; 2KRS A; 1X6G A; 1JXM A; 1X69 A; 4CC4 B; 2DBK A; 2FO0 A; 1PRL C; 1WDX A; 2HSP A; 4GBQ A; 1RUW A; 2OJ2 A; 2J06 A; 2I0N A; 4F16 A; 2YSQ A; 5HCK A; 2FG0 A; 4J9H A; 3VS2 A; 1M3B A; 2D0N A; 4JZ3 A; 4AG1 C; 4Y92 A; 2K2M A; 4R0K A; 1UUE A; 2O31 A; 3M0Q A; 2QDL A; 1KJW A; 2GTO A; 1H3H A; 2KXD A; 1TUD A; 1LCK A; 2SEM A; 4AFU C; 3M0S A; 3EHQ A; 3QWX X; 3UAT A; 2AKK A; 2CH4 W; 1M3C A; 2ECZ A; 1UHC A; 4HVU A; 4AFQ C; 2F2W A; 2K6D A; 4IIO A; 1ZX6 A; 1SEM A; 4A63 B; 4J9C A; 1IO6 A; 2JTE A; 1E7O A; 3NMZ C; 5I11 A; 1W1F A; 2O9S A; 2MOX A; 2V1R A; 2HBW A; 4CC2 A; 1UGV A; 2E5K A; 2CT3 A; 3EG1 A; 1NEB A; 2C0O A; 3VRY A; 1B07 A; 2NWM A; 3VS1 A; 4JJB A; 1YWP A; 1WLP B; 3NPF A; 3ZL7 C; 2H8H A; 4Z89 A; 2FPD A; 4OMQ A; 3VS3 A; 2J7I A; 4LE9 A; 1BBZ A; 3I9Q A; 3R6N A; 3THK A; 1PHT A; 2KXC A; 2RQR A; 2RF0 A; 2O88 A; 1T0J A; 2LJ3 A; 2L0A A; 2EW3 A; 4LNP A; 1NLP C; 2DLP A; 1SSH A; 1HSQ A; 1Y57 A; 2AKL A; 5FW9 A; 2KGT A; 2XMF A; 1RLQ C; 1UFF A; 1TUC A; 1ZUK A; 3JV3 A; 1AOJ A; 2DM1 A; 3U23 A; 1WI7 A; 2GQI A; 1X2K A; 1AWJ A; 4F14 A; 2GTJ A; 2P4R A; 1HJD A; 2D8J A; 2KE9 A; 4QT7 A; 1V1C A; 3H0H A; 1YN8 A; 2YUO A; 1AD5 A; 2KT8 A; 3UA7 A; 2JXB A; 5FWC A; 4RTT A; 4HVV A; 1RLP C; 1OEB A; 3VS4 A; 1GCQ C; 2JS0 A; 1K0X A; 2RPN A; 4RTV A; 2KRO A; 2DA9 A; 2CSI A; 2JMC A; 3M0P A; 1G2B A; 1U3O A; 2JM9 A; 2O2O A; 1GFD A; 1I0C A; 1VA7 A; 1ABO A; 3C0C A; 2LNH B; 1M8M A; 2EPD A; 1K76 A; 1GRI A; 2D1X A; 2AK5 A; 1U5S A; 2FEI A; 2EGA A; 2EYW A; 3UF4 A; 1EFN A; 1AWX A; 2EGC A; 2CUD A; 1CSK A; 1X6B A; 2EKH A; 1ZSG A; 2EYX A; 5I22 A; 4Z8A A; 1ARK A; 1VYU A; 2C0I A; 4J9D A; 1PKS A; 2RN8 A; 1K1Z A; 3H0I A; 4JJD A; 2K79 A; 2YUN A; 2RMO A; 4F17 A; 4OMM A; 4AFZ C; 2ENM A; 3SHW A; 1OPK A; 3H0F A; 3I5R A; 4LN2 A; 1NG2 A; 1YP5 A; 2BZX A; 2OI3 A; 2LJ0 A; 3REA B; 2JT4 A; 3VRZ A; 2KR3 A; 4D8K A; 1MV0 B; 5FWB A; 1JXO A; 1B3Q A; 2PTK A; 1SPK A; 1BK2 A; 2PZ1 A; 4DEY A; 2DL4 A; 2KT1 A; 2EYZ A; 2W0Z A; 2CT4 A; 2BTT A; 1Y0M A; 2F2X A; 2ABL A; 1H8K A; 1J3T A; 1W70 A; 1HD3 A; 1I1J A; 1PWT A; 1KIK A; 4AFS C; 4M4Z A; 1ZUY A; 2D8H A; 2OAW A; 2CDT A; 2BZ8 A; 4JPB W; 1WXU A; 1ZUU A; 5ECA A; 5IH2 A; 2VKN A; 1WA7 A; 1JEG A; 1JO8 A; 2LJ1 A; 4ZNX A; 3VS7 A; 3PVL A; 1M27 C; 1BB9 A; 2LMJ A; 4RTZ A; 1GBQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AZV A; 5AT1 B; 2O01 E; 4OGC A; 2J05 A; 3JCM J; 2COZ A; 1NYG A; 1UGS B; 2LNV A; 4C8Q C; 5LJ3 e; 2CP5 A; 1MUZ A; 5GAM e; 4C8Q D; 4M7D A; 2L3Q A; 3E9F A; 1VQL Q; 3NHN A; 2DNU A; 2P0Q A; 1VQO Q; 1YJN A; 4NL3 A; 2HQH A; 3LWH A; 3FDR A; 4PKC C; 1OI1 A; 4PFO A; 1P92 A; 4IKF A; 4L6V 5; 1K4U S; 2CSQ A; 2D9T A; 1K73 C; 5LJ3 j; 3L2R A; 1PKT A; 3L1A A; 1M5Q 1; 2O4X A; 5GAM j; 3M58 A; 2E4H A; 2BUD A; 4MZT A; 1W2B S; 1QLY A; 3CCJ A; 4UC4 A; 2RM4 A; 2X4J A; 3UDC A; 3CCU T; 5CIU A; 5FU6 B; 2ZPG B; 4KBM B; 2JM8 A; 1KFZ A; 4F7U A; 4N4H A; 1M2V A; 3OW2 S; 1G3S A; 4IUP A; 5GAN e; 2EYQ A; 2DRK A; 2GGR A; 2YHT A; 2CRE A; 3OMC A; 4M75 E; 4C0F A; 1PRM C; 1N9R A; 2BIV A; 2WAC A; 3G71 Q; 4D8D A; 2SRC A; 5GAN j; 2FPF A; 1WQW A; 4XTW A; 2CZ7 B; 1IRX A; 1VIF A; 1GCQ A; 3HL8 A; 2IIM A; 1LOJ A; 3CD6 A; 1Y7X A; 1JQQ A; 1YIJ A; 1QVP A; 2IPO B; 1UEC A; 4OMF B; 4DOW A; 1NE8 A; 1Y96 A; 2JMA A; 3QJ6 A; 2GNC A; 3OY9 A; 3EGU A; 5KH6 A; 3HTR A; 3HRU A; 1SRM A; 3C94 A; 5IHI A; 4F7U F; 3BE3 A; 2FHD A; 3HRS A; 2L3R A; 1XJW B; 2A7Y A; 2R5M A; 4C0G A; 1K0S A; 3EH2 A; 2RNA A; 1MV3 A; 4J9F A; 4PJO A; 4LDW A; 4AT1 B; 4FU6 A; 5GJV B; 6AT1 B; 3OYF A; 2NUT A; 1D3B A; 2DL8 A; 2ED1 A; 2RHI A; 2F1L A; 4M75 F; 1X43 A; 5AYF A; 2DFU A; 3CCE A; 3EG2 A; 1VQ9 T; 1UTI A; 1UE9 A; 1Y07 A; 4OB1 B; 2A28 A; 3CCQ T; 2C0T A; 4OVA A; 2OAU A; 3QUI A; 2NUZ A; 2PNI A; 1SG5 A; 2DBM A; 3M5A A; 2A36 A; 2LT1 A; 4M78 E; 4RTU A; 4E6R A; 3EAE A; 5A0G A; 3OYJ A; 1BYM A; 2QEX T; 1GL5 A; 5LJ5 g; 1KK7 A; 2EBP A; 1AEY A; 3REB B; 1RL2 A; 2YUP A; 2KMT A; 1U8R A; 3LH5 A; 2XDB A; 2MI6 A; 1RAI B; 2WSE E; 3R6O A; 1YCS B; 1M90 C; 2QQA A; 2YRV A; 3JSC A; 2M9U A; 1Q81 R; 1OV3 A; 2K5F A; 1Q82 C; 1EZZ B; 2J6O A; 2HEQ A; 2DJQ A; 3ULR B; 3MPU B; 2XD0 A; 5GAN 8; 3HFO A; 4HXJ A; 4J6Y A; 1MMG A; 3EGX B; 1A0N B; 3CBM A; 4KT0 E; 5GAO l; 1UJY A; 2DL5 A; 2FB7 A; 1Z9Q A; 4P5N A; 3V8L A; 3H41 A; 2EAY A; 4JLI A; 2P0P A; 7AT1 B; 2P0K A; 2RJC A; 2DBK A; 3EH1 A; 1KC8 R; 2HSP A; 1RUW A; 2OJ2 A; 1YFN A; 2GQV A; 3ZEH A; 2YSQ A; 2FG0 A; 4E7K A; 4M7A E; 1KD1 C; 2K2M A; 2ZAE A; 3JCM h; 4R0K A; 4ZN3 A; 4C8Q A; 2GTO A; 4LXC A; 1VUB A; 3CCU A; 2KAF A; 3LW5 E; 3UAT A; 4C92 G; 3CCL T; 4IUT A; 2ECZ A; 2CS7 A; 1QQJ A; 3EGD B; 2OTL T; 2GCX A; 4ZGD B; 2JTE A; 2HBW A; 3P8D A; 1VQ8 Q; 2XU8 A; 2E5K A; 3OA6 A; 3EG1 A; 2NWM A; 2ZPI B; 3LH0 A; 3X28 B; 1PD0 A; 3CC4 Q; 2DD4 A; 5CKE A; 1H64 1; 1JRI A; 4HA8 A; 4LE9 A; 1BBZ A; 1PHT A; 4MZP A; 2RQR A; 3RIR A; 1Y71 A; 1N9S A; 1BIA A; 2VV5 A; 3M9Q A; 1NLP C; 2DLP A; 1SSH A; 2PU9 B; 3UPU A; 4C8Q F; 1K73 U; 1TUC A; 1ZUK A; 1WQ7 A; 4X9D A; 4FL6 A; 3M4G A; 3U23 A; 2GQI A; 5LJ3 d; 1AWJ A; 3RMQ A; 3JCM f; 1HJD A; 1YJ9 Q; 2MAM A; 3PFS A; 3PT9 A; 2CZ1 B; 2KE9 A; 5GAM g; 3VJP A; 4QT7 A; 1B34 B; 4BE0 A; 1AD5 A; 2XID A; 1VQ5 Q; 5A2Q E; 3TCJ A; 5D6W A; 4PFP A; 3ZFJ A; 1EIF A; 2DA9 A; 4XTZ A; 1VQ6 T; 2CSI A; 1U3O A; 1QVF P; 2JUF A; 3X26 B; 2AT1 B; 3PMT A; 2NUP B; 1VQ9 A; 5CCA A; 1ABO A; 3CCQ A; 2LDM A; 1GRI A; 1TH7 A; 1TWB A; 4J83 A; 1VQN T; 2AK5 A; 4XK8 E; 5GAO n; 5KYW B; 2EGC A; 4N4I A; 5GAN d; 2QEX A; 4GLK A; 2E65 A; 4C5E A; 4JS5 A; 5J26 A; 4RG8 A; 2EKH A; 3VYH B; 4M75 B; 1IRE B; 2MK5 A; 1PKS A; 4JJD A; 4XQ3 A; 2K79 A; 2YUN A; 1OX8 A; 2E1H A; 3DLM A; 2JVV A; 2GFU A; 3H0F A; 2QK0 A; 2FL7 A; 3REA B; 2JJ9 A; 1MV0 B; 5FWB A; 1JXO A; 3CCM T; 4C92 E; 2PTK A; 1NPR A; 3OQ5 A; 5GMK h; 2DL4 A; 2EWN A; 5CKF A; 3G7Z A; 3MO8 A; 1ZBX A; 2F2X A; 2DKG A; 2RHZ A; 3JCM X; 4M4Z A; 2OAW A; 4JPB W; 1WXU A; 3G4S T; 5KYN A; 1WA7 A; 2D0Q B; 1JO8 A; 1R0C B; 3GPL A; 4FW1 A; 4A4K A; 2LMJ A; 3RKY A; 4PLL A; 3KBG A; 4E7L A; 2JTM A; 4JJC A; 1YHQ T; 4M75 C; 2O9V A; 2X4Y A; 4KUI A; 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1M4Z A; 2QYZ A; 3EGD A; 4O6J A; 2B8A A; 3JCM e; 1HYO A; 1ZHI A; 2EYY A; 4BI3 A; 4MDW A; 5GAN 7; 4R55 A; 3I55 Q; 2YUQ A; 4ORZ A; 1CKB A; 2JTF A; 1VQ7 T; 1I8F A; 1UJ0 A; 3Q1J A; 1KHC A; 4ESR A; 1WXB A; 1M1K R; 1GBR A; 3LLR A; 3RMS A; 5GAO q; 3I56 A; 4FSS A; 1ZA1 B; 2KRN A; 5EC7 A; 3RBB B; 1NPP A; 2FRW A; 5GAN 6; 3CXC A; 2X9H A; 1VQL T; 2AZS A; 4WCI A; 1SRL A; 3CCR T; 1VQO T; 3CCE Q; 4OMN A; 2GBQ A; 3CCM A; 1I4K 1; 4PJO G; 3E2U A; 4XTU A; 3HRT A; 4BI4 A; 1YJW T; 4KRT A; 2RQW A; 2CYZ B; 2LP5 A; 1PNJ A; 3OYE A; 3C95 A; 4M7A D; 4CC7 A; 2EQJ A; 4A4E A; 1G5V A; 2K9G A; 1T3L A; 2QG9 B; 1B34 A; 3VYG A; 2RQT A; 3CBO A; 2WSC E; 2V26 A; 3QJY A; 1ZLM A; 1MGQ A; 1YNZ A; 3G4S A; 4IUQ A; 4YTL A; 2NLU A; 1SKU B; 1GFC A; 1QKW A; 1OYX A; 1V76 A; 5CAI A; 2AIR B; 1NZ9 A; 3WVE B; 2HNI A; 3OS5 A; 2K4Y A; 5HY6 A; 4M7D E; 3A8L B; 2MYS A; 1XTD A; 2EIF A; 1YHQ A; 2NUP A; 4E7I A; 1RAH B; 2LQW A; 3CME A; 3JCM W; 1AWW A; 3PMI A; 2K3B A; 2QI2 A; 3CCV A; 1BKB A; 1W6X A; 4FW2 A; 2GFA A; 2K57 A; 2DYB A; 2Y4X A; 2HSE B; 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