The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
78
|
structure length |
78
|
Chain Sequence |
GSSGSSGKVWKPGDECFALYWEDNKFYRAEVEALHSSGMTAVVKFTDYGNYEEVLLSNIKPVQTEAWVRDPNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the Tudor domain of Tudor domain containing protein 3 from mouse
rcsb |
| molecule keywords |
Tudor domain-containing protein 3
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
5
|
| structure length |
78
|
| sequence length |
78
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OS2 A; 3PNW C; 3NTH A; 4X34 A; 3OYB A; 3L2W A; 3FLG A; 2BIV A; 4BDY A; 3OYF A; 3OYE A; 3PMI A; 3MEU A; 4E7L A; 1WGS A; 3Q1J A; 3OYJ A; 2L89 A; 3P8H A; 2M16 A; 3CEY A; 4QQG A; 4BDZ A; 5FRM A; 2EQJ A; 2K3X A; 4OVA A; 2RHY A; 3KUF A; 4IUP A; 3L2U A; 4HCZ A; 2O4X A; 2R57 A; 2X4Y A; 3LYI A; 4IUQ A; 2E5Q A; 2R5M A; 3PFS A; 5IN1 A; 3OYN A; 3OYH A; 4E7I A; 4BAC A; 2RJD A; 3MET A; 3MO8 A; 4II1 A; 2R58 A; 3OYM A; 2M1H A; 2XDP A; 3S6W A; 2RJC A; 3SD4 A; 3P8D A; 4EDU A; 3S3N A; 3OMC A; 5FRO A; 2MWP A; 4C5E A; 5D6Y A; 2RJE A; 3LLR A; 3OYI A; 2QQR A; 2JTF A; 3OMG A; 1MHN A; 3GOX A; 2LRQ A; 3QKJ A; 3E9G A; 2RI3 A; 3QJ6 A; 3OS1 A; 3E9F A; 3L2R A; 2M0O A; 4LD6 A; 4QQD A; 4E7J A; 3LGL A; 2F5K A; 5J26 A; 3L2Q A; 2X4W A; 3OYK A; 4ZTF A; 1KHC A; 3QII A; 3OYC A; 2QQS A; 2JZ2 A; 5D6W A; 2RHI A; 3NTI A; 1XNI A; 4IUV A; 5M9O A; 2WAC A; 2EKO A; 3BDL A; 4IUR A; 3MEV A; 5C6S A; 2RHU A; 3PMT A; 4B9X A; 4GY5 A; 3MP8 A; 3DLM A; 4L59 A; 4PL6 A; 4C5I A; 3MEW A; 3OY9 A; 5KH6 A; 4A4G A; 1OZ2 A; 4BE1 A; 3S3M A; 2YRV A; 2EQK A; 4Q5W A; 4BE2 A; 2D9T A; 3OYD A; 2E6N A; 2XK0 A; 3S3O A; 4N4H A; 2R5A A; 1G5V A; 1RI0 A; 4FU6 A; 2G3R A; 3OYL A; 3L42 A; 2RHX A; 3FC3 A; 3FDR A; 2LTO A; 2L8D A; 3LH0 A; 3LX7 A; 2LDM A; 4IUU A; 3UT1 A; 2O4X B; 3OS0 A; 1WJR A; 4RG2 A; 3ME9 A; 5KCH A; 4QW2 A; 3M9Q A; 2DIG A; 4NS5 A; 3OQ5 A; 4N4G A; 2L3R A; 3MEA A; 4PLI A; 2RI5 A; 5J39 A; 2HQX A; 2CKK A; 5KCO A; 3EAE A; 2IG0 A; 4FL6 A; 3OB9 A; 5C0M A; 1N27 A; 1OYX A; 4ZTJ A; 2LCC A; 3H6Z A; 2EQU A; 2K3Y A; 2FHD A; 3FEO A; 1OZ3 A; 3H8Z A; 5CIU A; 3QBY A; 4QQ6 A; 1WJS A; 5KE2 A; 4PLL A; 4A4E A; 2RHZ A; 2MWO A; 4C5G A; 4QVZ A; 5FRN A; 3OA6 A; 3MP6 A; 3LGF A; 5KE3 A; 3DB3 A; 2DAQ A; 5D6X A; 4B9W A; 2VYT A; 4E7K A; 3NTK A; 2RO0 A; 4IUT A; 3OYG A; 4IKF A; 4UC4 A; 1SSF A; 3C4S A; 4C5H A; 1H3Z A; 2GFU A; 2P0K A; 4E7H A; 2B8A A; 2GF7 A; 3UWN A; 4Z02 A; 4BD3 A; 4CRI A; 2DIQ A; 2EFI A; 2RI2 A; 3ASK A; 1WJQ A; 2GFA A; 2NLU A; 4BE0 A; 2EQM A; 3MP1 A; 3OYA A; 3L2V A; 3DB4 A; 1OI1 A; 2HQE A; 4A4H A; 5IAY A; 2LVM A; 2X4X A; 2RJF A; 2BUD A; 3ZEH A; 3O8V A; 3F70 A; 2BKD N; 2X35 A; 4A4F A; 2PQW A; 4N4I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L5Q A; 1V76 A; 3NHN A; 3OYB A; 4L5G A; 1Q95 G; 2RK2 A; 1UE9 A; 2AT1 B; 1KJW A; 2E41 A; 3J81 E; 3QDF A; 3EGX B; 1H64 1; 3EG2 A; 2E5Q A; 3HP9 A; 4EPC A; 3JCM b; 1X2Q A; 2E12 A; 4RG8 A; 3CCM Q; 3M0R A; 1YJN T; 2CP5 A; 1K0S A; 3TQ7 P; 3G7Z A; 4FW1 A; 1NEG A; 1X75 C; 1YCY A; 3E9G A; 3CCU T; 5GAO q; 1LJO A; 4LD6 A; 3JCM Q; 2HSP A; 1IHW A; 3QHS A; 1WIE A; 3EH1 A; 4JZ4 A; 5GAO m; 1QW1 A; 1Q82 U; 2RB6 A; 2DL5 A; 3VS1 A; 1Y57 A; 2ATC B; 3JCM X; 3S3M A; 1LVK A; 2D9T A; 3GLX A; 2CSI A; 2K2V A; 2KNB B; 2QAZ A; 2O4X B; 1S1N A; 3MHX A; 8AT1 B; 2CS7 A; 2OAW A; 1FYN A; 5GMK j; 1Q86 C; 2CKK A; 2A37 A; 3EFO A; 3PT9 A; 3RBB B; 1M90 U; 2V26 A; 2MWO A; 2PU9 B; 1X6B A; 3MP6 A; 2COW A; 4V2S A; 2K4Y A; 4J9B A; 1SHG A; 4C8Q A; 3C4S A; 2MI6 A; 1H3Z A; 1PG5 B; 2A28 A; 4LUE A; 4MDW A; 2C0O A; 4IIM A; 4O6J A; 4Z02 A; 3SFM A; 4Z89 A; 3TCJ A; 2FZC B; 3CBM A; 3L2V A; 3DB4 A; 1IZ6 A; 4D6W A; 2IPO B; 4A4H A; 3CCJ Q; 2X35 A; 1M4Z A; 3QPH A; 2X9H A; 3PNW C; 4E2F B; 1ZQ1 A; 3BE3 A; 1H92 A; 3CCR Q; 2OTJ T; 2C0I A; 5EG2 A; 3JB9 I; 2O31 A; 2PVG B; 2LNV A; 1YJN A; 2RHY A; 5KYY A; 3LYI A; 3EFS A; 1JBM A; 3MCA B; 1K73 U; 4M7D C; 3OBY A; 3OSS C; 3I5R A; 3CME Q; 3CCU A; 5IHN A; 1QLY A; 4C92 E; 3M53 A; 4OF1 A; 1KIK A; 3C12 A; 2HZY A; 4HCB A; 1KC8 R; 5GMK h; 3L2Q A; 4XQ3 A; 2QQS A; 4M78 A; 2D8H A; 3GIB A; 1WFW A; 5GMK l; 1TU0 B; 3PMT A; 2CUD A; 4M75 C; 1VQM Q; 2DTH A; 2V8J A; 3CCE A; 4FU6 A; 3RKW A; 5LJ5 h; 4IUU A; 1UJ0 A; 2LDM A; 5GAN 4; 3J80 E; 2DIL A; 4F16 A; 4JPB W; 1K8A R; 4M7D B; 1N9S A; 1QCF A; 1QVG A; 2LX9 A; 1PC0 A; 1D3B B; 1WHM A; 2QXF A; 1NJI U; 1XQH A; 1NLP C; 3X25 B; 2K3Y A; 4XAX B; 2ED0 A; 2A3L A; 4CC3 A; 4C5G A; 1UJY A; 1ZUY A; 3EGD B; 3MJX A; 4JUV A; 4LDW A; 2VYT A; 4FT2 A; 2CP6 A; 1UTI A; 2HEQ A; 1GXI E; 4C0G A; 1AT1 B; 2GNC A; 3FJP A; 4RTY A; 4BE0 A; 4ZNX A; 2EQM A; 1X2K A; 1AVZ C; 4M75 B; 2YUO A; 2E70 A; 1OX9 A; 2OTJ A; 1RAI B; 3OW2 A; 3HRS A; 2GBQ A; 1U1T A; 2DBM A; 1K1Z A; 2KRN A; 5IH2 A; 1PSF A; 4C92 F; 1KQ2 A; 1UGV A; 2RK1 A; 3CC7 A; 3X26 B; 2CYZ B; 3A8M B; 3VUB A; 4BDZ A; 3TSZ A; 3IQL A; 2L3S A; 2J05 A; 2VC8 A; 1JQQ A; 3VKI A; 5I2S A; 1QVG P; 2E64 A; 3MO8 A; 3SD4 A; 2DET A; 2MWP A; 4C5E A; 5GAN d; 2LX7 A; 1IRE B; 1AWJ A; 4EMK A; 4NL2 A; 1TS9 A; 2HL5 C; 1Q7Y R; 1O75 A; 2LP5 A; 2ROL A; 2EKO A; 2F2X A; 4KRT A; 2XMF A; 2MAM A; 4PL6 A; 4ATO A; 2QI2 A; 4EIK A; 3OW2 P; 3V7R A; 1VQ4 A; 4F7U E; 1G5V A; 4J7I A; 4C8Q C; 1SF9 A; 4Y28 E; 2DLP A; 2QEX T; 5GAN 5; 3LH0 A; 3OS0 A; 4DOW A; 1B34 A; 5LJ3 j; 2KT1 A; 3N5B B; 9ATC B; 2QAS A; 3BW1 A; 1YFN A; 5C0M A; 1YCS B; 1BYM A; 4J9G A; 4ZTJ A; 3M57 A; 3G71 Q; 2QDY B; 2FHD A; 2BZX A; 2DL7 A; 2RHZ A; 4FM4 B; 4C92 G; 1VQN T; 1RUW A; 2HNI A; 1AD5 A; 3NTK A; 2AZS A; 1VQ7 Q; 1FMV A; 4E6R A; 5CKD A; 3ZL7 C; 3QZ5 B; 3EFO B; 1RAG B; 4CRI A; 1TXQ A; 1WJQ A; 4M7A E; 1TG0 A; 5CKF A; 1YNZ A; 2O9S A; 1WXB A; 5FU6 C; 1F1B B; 2YUP A; 3QUI A; 4BUG A; 1X01 A; 1VQO Q; 4C8Q B; 2W0Z A; 2XKO C; 1NJI R; 2DEQ A; 4M78 C; 4PJL A; 2KK4 A; 1M3B A; 1Q86 R; 1TOV A; 3L2U A; 2R57 A; 3QWY A; 3PFS A; 4C92 D; 2DD5 A; 1BBZ A; 4J9I A; 2DA9 A; 4HA8 A; 4RMO A; 4J83 A; 2HBW A; 1D1B A; 2XDD A; 5D6Y A; 2KAF A; 2RD1 A; 1NM7 A; 4OMO A; 4OMN A; 2LRQ A; 5LJ3 h; 4KT0 E; 1KQS A; 5LJ5 f; 3A1P A; 3E9F A; 5KYY B; 3L2R A; 4QQD A; 5GJV B; 2DRK A; 2BE9 B; 3G4S A; 1VQ6 Q; 1YI2 T; 1OV3 A; 3NGP A; 1R0C B; 5C6S A; 2X4J A; 4CC2 A; 3G6E Q; 3D7S B; 2QEX A; 4L59 A; 2PNI A; 1SEM A; 1JRI A; 1VQ5 T; 2D1X A; 4PKC C; 3HFO A; 4RCC A; 3WVD B; 2YXY A; 1QP2 A; 2G3R A; 1HSQ A; 3PTA A; 4M78 B; 3I56 Q; 5L8R E; 2YWW A; 4RG2 A; 1VQ8 Q; 1LPL A; 2ESW A; 4KGZ B; 4PJO E; 2L3R A; 1VQN A; 2RI5 A; 1YP5 A; 5AYF A; 4DA4 A; 2IG0 A; 4N0A A; 2HL3 A; 3REA B; 3VS3 A; 4M77 E; 3CCQ A; 2K79 A; 4FW2 A; 1X69 A; 1UDL A; 1T3S A; 2I2L A; 1M1G A; 2LMJ A; 5GMK m; 4E47 A; 1KQS P; 5KYU A; 1EX4 A; 1E6G A; 2G6F X; 1NPR A; 3GNF B; 1RAE B; 4DEX A; 2ZGW A; 4JS4 A; 2DL8 A; 3OYA A; 1S72 T; 2CT3 A; 2CP3 A; 1KFZ A; 2K3B A; 1QVG S; 5IAY A; 5FLX E; 3PIP A; 4EMK C; 2H3E B; 4F17 A; 1YIT T; 4X34 A; 3NPF A; 2DXU A; 1W1F A; 3UPU A; 2BIV A; 3OYF A; 3M0P A; 2EQI A; 3JCM f; 3CC4 T; 2L89 A; 2LQW A; 2M16 A; 4PJJ A; 4OVA A; 2ZPF B; 1M8V A; 2C0T A; 4CC4 B; 4BAC A; 2RJD A; 4A4K A; 1N8R U; 4II1 A; 2O01 E; 2XDP A; 4EDU A; 1GRI A; 1RAA B; 5FRO A; 4HVU A; 1GCQ A; 1OEB A; 3CC2 Q; 1UGP B; 1YJ9 T; 1K0X A; 2DNU A; 1YI2 A; 5CAI A; 3OW2 S; 2JVV A; 1KHC A; 4RTU A; 5I2M A; 1VQ5 A; 1VA7 A; 1U1S A; 1Y96 A; 4R0K A; 2PVO B; 3PGG A; 1VQL A; 2J6O A; 3VUZ A; 3VYH B; 2GQI A; 2QA4 A; 2E3H A; 1KG1 A; 2XU8 A; 2ZPE B; 4EMK B; 2LQN A; 3OYD A; 2BTT A; 4M77 F; 2MCN A; 3FC3 A; 1Q82 C; 1ZBJ A; 2KYB A; 2VUB A; 4HCC A; 1H3H A; 1ZBX A; 1RLP C; 1I8F A; 3JCM V; 1TWB A; 1K76 A; 2O88 A; 2EJ9 A; 1OZ3 A; 1AHJ B; 1WJS A; 5KE2 A; 1G3T A; 3VRZ A; 1Z9Z A; 1B34 B; 1I5L A; 3I55 T; 2HBP A; 2VGM A; 1S72 A; 1QWF A; 3JRZ A; 4PNO A; 1XTD A; 3M4G A; 1M90 C; 2WSF E; 4AG1 C; 1BIB A; 1G83 A; 1QVF A; 1YIT A; 1AZG B; 2FO0 A; 2XHC A; 2DER A; 2ZPG B; 2KVQ G; 4J9E A; 3V8K A; 3RKY A; 3CC4 A; 2BZY A; 3CPF A; 2BUD A; 3LW5 E; 2FPE A; 2E3I A; 1K9M U; 2CH4 A; 2BKD N; 2J06 A; 4PJM A; 4LD9 K; 4KUI A; 4C92 A; 1I1J A; 1ZHI A; 1CKB A; 2JM9 A; 2GGR A; 3PMI A; 1RAH B; 3P8H A; 1IRX A; 2NUP B; 3U23 A; 1FMW A; 4HCZ A; 3E19 A; 4JJN K; 2D6F A; 4P5N A; 4KUD K; 2DM1 A; 3OYM A; 3A8G B; 1BI3 A; 1MMA A; 1ZUU A; 1RL2 A; 1WQW A; 2EJG A; 2H3J A; 3VS2 A; 1OU9 A; 2QQR A; 4ORZ A; 1MHN A; 1EZZ B; 1RLQ C; 4XU3 A; 1WHH A; 1K73 C; 2M0O A; 4E7J A; 2EJF A; 1IGU A; 4J9H A; 2JZ2 A; 2JTM A; 2KT8 A; 1JXO A; 3MEV A; 4J9C A; 1QVF P; 4N4H A; 4JJD A; 2COY A; 1PRL C; 1LOJ A; 1XJW B; 3I35 A; 2HMA A; 2OAU A; 1VQK Q; 4ZN3 A; 4MMK A; 3HL8 A; 2K7A A; 5J3B A; 1M2O A; 1KQS S; 1VQ9 A; 2RQR A; 4M77 D; 3CBP A; 3VRY A; 2C06 A; 3V7C A; 2EYQ A; 5J39 A; 3R6N A; 2HQX A; 4KH0 B; 5DLQ E; 4FL6 A; 3I55 A; 4PFP A; 1N27 A; 2V8K A; 3QBY A; 2CH4 W; 4QQ6 A; 2D8J A; 4PLL A; 4A4E A; 3A8H B; 3QO3 A; 2J7I A; 3BY7 A; 3WXM B; 5CO7 A; 2KBT A; 3H0I A; 2JW4 A; 3OYG A; 2RM4 A; 4UC4 A; 1I4K 1; 2SEM A; 5GMK e; 4MZT A; 2B8A A; 1YJW Q; 3PVQ A; 1NJI C; 1B3Q A; 3FIF A; 3CCE T; 3CCR T; 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3CD6 A; 2OTJ Q; 3CMA A; 1WNL A; 1BK2 A; 1OI1 A; 3HRT A; 1X6G A; 3CCS Q; 1M3A A; 3ZBD A; 1WZO A; 2EAY A; 4JS5 A; 1TTH B; 2DXC A; 1Q82 R; 3BDU A; 3KXT A; 1E7O A; 2JOY A; 3Q1J A; 1RAC B; 2P4T A; 2K3X A; 2MIO A; 5HY6 A; 4KGV B; 1NE8 A; 4EMG A; 3A8O B; 5HCK A; 3OYN A; 1VQM A; 4C92 B; 3OMC A; 2JN0 A; 1QVF S; 4ME7 A; 4BY6 B; 3QXE B; 1UUE A; 2QQA A; 1KHI A; 2M51 A; 1M90 R; 4KUL A; 1VQP Q; 2L3Q A; 1AZE A; 4OML A; 2KGT A; 4PFZ A; 4IUV A; 1NBE B; 4FYY B; 1G3S A; 4RCB A; 5ECA A; 3CCL T; 3VYG A; 4ZGD B; 2JTE A; 1JJ2 A; 4RTZ A; 4E7S A; 4A4G A; 4M77 A; 3PVL A; 4DBF A; 1KQ1 A; 1OQK A; 3G71 T; 3S3O A; 2LTO A; 2RQT A; 3JCM h; 3HSB A; 3OQ5 A; 4LDU A; 1KD1 U; 2PUK B; 4DEY A; 4YTL A; 1VQ7 T; 5A0G A; 3JV3 A; 2EBP A; 2QQB A; 2LCC A; 1E6H A; 2NUT A; 2KY9 A; 4JRP A; 3VS0 A; 3G4S T; 3CCV Q; 1K73 R; 1AEY A; 4LDV A; 4C8Q E; 4OMM A; 2YLB A; 4MDX A; 5LJ5 g; 4E7K A; 5LJ3 e; 4IUT A; 1QKX A; 1FWZ A; 2GFU A; 2P0K A; 1VQO T; 1MMG A; 1I0C A; 1C6V X; 2JMC A; 2RI2 A; 3ZFJ A; 3HTR A; 4R56 A; 2YLC A; 4FIB A; 3THK A; 2VVK A; 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