The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
GSSGSSGDYCKVIFPYEAQNDDELTIKEGDIVTLINKDCIDVGWWEGELNGRRGVFPDNFVKLLSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the third SH3 domain of SH3-domain kinase binding protein 1 (Regulator of ubiquitous kinase, Ruk)
rcsb |
| molecule keywords |
SH3-domain kinase binding protein 1
|
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
7
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5EC7 A; 1NLO C; 2VKN A; 2HEQ A; 2M51 A; 2YSQ A; 1M3C A; 1GCP A; 1M8M A; 1UUE A; 1UE9 A; 1GFC A; 4JJC A; 1CSK A; 3UA7 A; 1WIE A; 1IO6 A; 1QWF A; 4J9D A; 1JXO A; 4RTZ A; 1EFN A; 5IXF A; 2DMO A; 3EGU A; 4LNP A; 2DVJ A; 4Z89 A; 1QCF A; 1AWW A; 2JMC A; 1MV0 B; 2VVK A; 1ZUY A; 1T3S A; 1NLP C; 2CT4 A; 2J7I A; 1BBZ A; 4WCI A; 1T0J A; 2AZS A; 2EYW A; 2JM9 A; 2VWF A; 2JMA A; 5I11 A; 1GCQ A; 5GJW B; 1W6X A; 1NM7 A; 1X6G A; 2J6K A; 1K1Z A; 2YT6 A; 2GTJ A; 1PNJ A; 1UTI A; 1OV3 A; 3H0F A; 3VS5 A; 2W10 A; 4J9B A; 4Y92 A; 2DRK A; 2KR3 A; 1OEB A; 4CC4 B; 4CC2 A; 2OJ2 A; 2LJ0 A; 1AWX A; 2QDL A; 2FPD A; 3VS3 A; 1OOT A; 2F2V A; 2H8H A; 1GL5 A; 2DRM A; 1Y0M A; 1RUW A; 1RLP C; 3VS1 A; 2GGR A; 1MUZ A; 2EGA A; 3TSZ A; 4F17 A; 3PVQ A; 4K11 A; 3EG0 A; 1X6B A; 2B86 A; 2DIL A; 1E6H A; 2NWM A; 2KNB B; 2DL3 A; 1X69 A; 4OML A; 2FEI A; 2L3S A; 2ROL A; 2RPN A; 4M4Z A; 2EW3 A; 1ZUU A; 3REB B; 1SRM A; 2D8J A; 3NPF A; 5IHN A; 4JJB A; 3ULR B; 1K4U S; 1I1J A; 4OMM A; 1TG0 A; 2LJ3 A; 1W70 A; 3EG2 A; 2BZ8 A; 1ZBJ A; 2GTO A; 4F16 A; 4RUG A; 2DL4 A; 2C0T A; 1UDL A; 2V1Q A; 1UHF A; 5IHK A; 1GBQ A; 3U23 A; 2K3B A; 2PTK A; 2FPE A; 2RQW A; 1I0C A; 4OMQ A; 1Z9Q A; 2O31 A; 3C0C A; 3IQL A; 3FJ5 A; 4OMP A; 2KGT A; 3M0T A; 2ENM A; 5IXB A; 1VYU A; 2J06 A; 1AZE A; 2LQW A; 2KXC A; 4LN2 A; 2YUN A; 4J9G A; 2HSP A; 4AG1 C; 2D8H A; 4AFU C; 2K7A A; 1H3H A; 2JS0 A; 1YCS B; 2GNC A; 4HVV A; 1UEC A; 2FPF A; 2KT8 A; 1NEG A; 2XMF A; 3RBB B; 2D0N A; 3I5R A; 1PRM C; 2JT4 A; 1U3O A; 2LNH B; 3M0S A; 1K0X A; 1ABQ A; 2EPD A; 2ED0 A; 1UG1 A; 2RF0 A; 3TSW A; 1E7O A; 4RTX A; 1G2B A; 1SHF A; 2MCN A; 2OAW A; 2JM8 A; 2RQV A; 1UJY A; 2BTT A; 2D1X A; 2CT3 A; 1NEB A; 1S1N A; 3H0I A; 5FWB A; 1SSH A; 1T3L A; 2KYB A; 1OPL A; 1U06 A; 2DX1 A; 1V1C A; 3EG3 A; 1UJ0 A; 2KRO A; 3EHQ A; 2L3P A; 4D8K A; 2CH4 W; 2RN8 A; 4RTU A; 2RQR A; 2ECZ A; 1WI7 A; 4LE9 A; 1GRI A; 2EVR A; 1NG2 A; 3VRY A; 2MIO A; 3PVL A; 2BZY A; 2JXB A; 2ESW A; 2BZX A; 2JTE A; 1VA7 A; 2DE0 X; 2I0N A; 2NUZ A; 2DYB A; 1JEG A; 1FMK A; 4J9H A; 2DL8 A; 3R6N A; 4A63 B; 4HVU A; 3A98 A; 1G83 A; 1ABO A; 1X27 A; 4OMO A; 1X2K A; 2L3Q A; 2YUP A; 2CSI A; 3GBQ A; 2JW4 A; 1JXM A; 4GBQ A; 2J6O A; 1HSQ A; 3TVT A; 2IIM A; 2AKL A; 4E6R A; 3KFV A; 3NGP A; 5I22 A; 1I07 A; 2YDL A; 2KRN A; 2LX7 A; 1PWT A; 1UGV A; 3NMZ C; 4Z8A A; 3M0U A; 1PKT A; 2K9G A; 1ZLM A; 1UHC A; 2F2X A; 2RQU A; 4Z88 A; 2G6F X; 1ARK A; 3UF4 A; 1BB9 A; 3EG1 A; 1HJD A; 1J3T A; 4RTW A; 2A28 A; 4KRT A; 4HXJ A; 1RLQ C; 4AFZ C; 1TUD A; 2ROT A; 2EKH A; 1X2Q A; 1GFD A; 2RMO A; 4ESR A; 3M0Q A; 1WYX A; 2J05 A; 1WXU A; 3RNJ A; 1M3A A; 2E5K A; 2CH4 A; 4J9C A; 1WXT A; 1JO8 A; 2CUD A; 4LUD A; 4AFQ C; 1NYG A; 3VS6 A; 1FYN A; 1WDX A; 1E6G A; 2LCS A; 2RNA A; 1LCK A; 1ZSG A; 2YUO A; 3M0P A; 1YWP A; 4X1V A; 4CC3 A; 1WA7 A; 3THK A; 1MV3 A; 1M3B A; 3UAT A; 4EIK A; 2W0Z A; 1WLP B; 3VS7 A; 3I35 A; 3PE0 A; 1QLY A; 1X43 A; 5L23 A; 4QT7 A; 4DEY A; 2EYZ A; 1ZX6 A; 2KE9 A; 1VYV A; 3I9Q A; 2KXD A; 1SPK A; 4DEX A; 2AK5 A; 2F2W A; 1M27 C; 3SEM A; 4HCK A; 2SEM A; 5FWC A; 4AFS C; 2HDA A; 4RTV A; 2LQN A; 3H0H A; 1YWO A; 1AVZ C; 1CKA A; 1QKW A; 2CUB A; 2EQI A; 2DNU A; 1RI9 A; 1PKS A; 4AG2 C; 2DBK A; 5IHI A; 1YN8 A; 2PNI A; 4IIM A; 1QWE A; 1NYF A; 2DF6 A; 4IIO A; 2DLP A; 1AEY A; 5HCK A; 2X3X D; 1YP5 A; 2EBP A; 4CC7 A; 2J6F A; 1H92 A; 2RQT A; 3EHR A; 2FRW A; 4RTT A; 3VS4 A; 2O9V A; 4R0K A; 1K9A A; 2LZ6 B; 4J9I A; 4JPB W; 2CSQ A; 4JZ4 A; 2K2M A; 2DBM A; 2A36 A; 2KT1 A; 2LMJ A; 2EYY A; 3ZL7 C; 1QKX A; 1K0S A; 2A37 A; 2K79 A; 2PZ1 A; 2SRC A; 1KSW A; 3M0R A; 1AD5 A; 4JZ3 A; 1BK2 A; 3REA B; 2K6D A; 2L0A A; 1KJW A; 3QWY A; 1CKB A; 2KRM A; 3LH5 A; 3JV3 A; 2HCK A; 1KFZ A; 2L2P A; 1OPK A; 1WFW A; 4ZNX A; 4FSS A; 1Y57 A; 4JJD A; 2OI3 A; 1AWJ A; 5IH2 A; 2DM1 A; 2ABL A; 2HBW A; 3VS0 A; 1BU1 A; 4D8D A; 3NHN A; 3UA6 A; 1K76 A; 1SRL A; 2GQI A; 1AWO A; 5ECA A; 2ED1 A; 1VYT A; 2DJQ A; 1XOV A; 2DL5 A; 1SHG A; 3CQT A; 3I5S A; 2CRE A; 2MOX A; 2O88 A; 4LUE A; 1AOJ A; 1ZUK A; 4F14 A; 1KIK A; 4J9E A; 1WX6 A; 2A08 A; 2DA9 A; 4ORZ A; 2LJ1 A; 2AZV A; 4J9F A; 1UFF A; 1Z9Z A; 4GLM A; 5FW9 A; 1W1F A; 2FO0 A; 4HVW A; 3H41 A; 1B3Q A; 1B07 A; 1M30 A; 2KRS A; 2KEA A; 3VRZ A; 4RTY A; 1HD3 A; 2JS2 A; 1GBR A; 1JQQ A; 1GCQ C; 2C0O A; 2YUQ A; 1H8K A; 2EGC A; 1PRL C; 2EYX A; 3O5Z A; 1PHT A; 3QWX X; 2FRY A; 3VS2 A; 1T0H A; 2O2O A; 2EGE A; 2DL7 A; 2O9S A; 2AKK A; 4OMN A; 2V1R A; 2KBT A; 2X3W D; 1JU5 C; 1YNZ A; 5GJV B; 1A0N B; 2KYM A; 2CDT A; 1WXB A; 1TUC A; 2P4R A; 1AZG B; 1N5Z A; 3SHW A; 2LP5 A; 2C0I A; 1SEM A; 1U5S A; 2M0Y A; 2FG0 A; 2GBQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LJ3 f; 1M8V A; 1RL2 A; 2M51 A; 3MHX A; 3CCS T; 5GAO r; 3RDV A; 2HNI A; 3I56 A; 3VYG A; 1GFC A; 2K57 A; 3JCM c; 4C5I A; 4ATO A; 1M90 U; 2Y90 A; 4BB7 A; 5KYU A; 2BE7 D; 2LRQ A; 2QTV A; 2BIV A; 1YCY A; 1WJQ A; 2JMC A; 4A53 A; 1KD1 C; 1Y96 B; 2VVK A; 2YRV A; 1QVF P; 1NE8 A; 3CCV Q; 3CC7 Q; 4J7F A; 2CT4 A; 3DLM A; 2J7I A; 4XU3 A; 3L2R A; 4EMK A; 2JM9 A; 5GJW B; 2VAS A; 3WVD B; 3EAE A; 4DOV A; 3M53 A; 4GLK A; 5LJ5 d; 2MMP A; 3SFM A; 1XJW B; 1X6G A; 2J6K A; 3J81 E; 1K1Z A; 1ZSZ B; 1VQM T; 1UTI A; 3JCM V; 2KR3 A; 1LPL A; 2RJE A; 3CPW S; 1QMC A; 1PSF A; 1UGP B; 2FPD A; 4JS5 A; 3FC3 A; 1RLP C; 4PJJ A; 2QQB A; 3TSZ A; 4FYW B; 4JUV A; 1BIB A; 1X01 A; 2WSC E; 1QP3 A; 3OYY A; 4M77 E; 5GAN 2; 3OS1 A; 1M2V B; 2L3S A; 2LVM A; 3LW5 E; 3REB B; 1SRM A; 5IHN A; 1I1J A; 5FRO A; 5AT1 B; 1ZBJ A; 2GTO A; 2HAX A; 4RUG A; 3CCU Q; 4IUV A; 2JJ9 A; 3E9G A; 5IHK A; 5GAM h; 5LJ3 e; 1GBQ A; 4FCY A; 2HKN A; 2PTK A; 1I0C A; 2XK0 A; 4D6W A; 1NJI C; 1VQ9 T; 3X26 B; 3BE3 A; 3IQL A; 3OYL A; 5CKD A; 3RUX A; 2ENM A; 4PLL A; 4LD6 A; 2LT4 A; 4F7U F; 2QA4 Q; 3RER A; 1AZE A; 5GAN 4; 2KXC A; 4KUD K; 4AG1 C; 2JUF A; 3QUI A; 2K7A A; 2JS0 A; 1YCS B; 2MAM A; 7AT1 B; 1UEC A; 1K73 U; 1IZ6 A; 2D0N A; 3I5R A; 1PRM C; 2LNH B; 4II1 A; 2ED0 A; 2ZPE B; 2RF0 A; 1Q7Y R; 2KY9 A; 5KCH A; 4QVZ A; 1N8R R; 2RQV A; 3OMG A; 2D1X A; 1NEB A; 3LWH A; 3JB9 J; 1UJ0 A; 3EHQ A; 3S6W A; 3OYG A; 5I2M A; 4RMO A; 2JN0 A; 2KAF A; 5FU7 C; 2YHT A; 2RI5 A; 2D6F A; 3CBM A; 5FU6 C; 1GRI A; 3G7Z A; 2EVR A; 5CCA A; 1KC8 C; 3N5B B; 2ESW A; 3RR6 A; 2BZX A; 1TWB A; 3S3M A; 2JTE A; 4N4I A; 2NUZ A; 1TUG B; 4F7U A; 1JEG A; 1FMK A; 3CCQ T; 4J9H A; 2DL8 A; 4FT2 A; 4M7D C; 2QAS A; 4HVU A; 4IKF A; 4OMO A; 2EQK A; 3PNW C; 3G4S A; 4O6J A; 4GBQ A; 3P8B B; 5GAN d; 1VQP A; 1HSQ A; 1YBY A; 2DJZ A; 1VQK A; 2AKL A; 3L2Q A; 4E6R A; 4ZGE B; 3KFV A; 3A8O B; 2YDL A; 1KQS P; 4HCB A; 2LX7 A; 3EGD A; 2H3E B; 1PWT A; 4BDZ A; 1WHJ A; 2RI2 A; 4F7U E; 3DB4 A; 1VQ5 A; 4RG8 A; 1PKT A; 4XTY A; 2K9G A; 1ZLM A; 1UHC A; 2NUP B; 2G6F X; 3UF4 A; 3EG1 A; 4C92 G; 1FMW A; 1JJ2 S; 2CS7 A; 2A28 A; 1O9S A; 3OBW A; 5J3B A; 4C8Q C; 1TUD A; 2DER A; 5LJ5 j; 3OS2 A; 1IHW A; 3RES A; 5KYW A; 1WYX A; 3VU3 C; 3RNJ A; 1M3A A; 2CH4 A; 3M5A A; 2XU8 A; 3I56 Q; 5CKB A; 1FYN A; 2OTL A; 2LCS A; 1MMD A; 4A4K A; 4BUG A; 1WA7 A; 3ZFJ A; 1MV3 A; 3UAT A; 2V8J A; 4ELY C; 4QT7 A; 1VQL A; 1VYV A; 4JRI A; 4DEX A; 2BUD A; 4MZT A; 2QQA A; 1M27 C; 3SEM A; 1OX8 A; 2OTJ T; 2ZPF B; 3QDR B; 2SEM A; 3HHT B; 4DOW A; 2HL5 C; 2HDA A; 1QVP A; 3A1P A; 4B9X A; 4NL3 A; 1OX9 A; 3P8D A; 1QKW A; 3BY7 A; 3M4Y A; 2DBK A; 5IHI A; 4AG2 C; 1YJW Q; 1YN8 A; 1QP2 A; 2PNI A; 2Y4Y A; 3I55 Q; 1QWE A; 1Q81 R; 5HK0 A; 1W4S A; 2DF6 A; 1P92 A; 3HRS A; 4IIO A; 4XU1 A; 1N9S A; 1AEY A; 2X3X D; 1YJN A; 4NOY A; 1H92 A; 2RK2 A; 1OUL A; 3EHR A; 8ATC B; 4PJO B; 2FRW A; 3QKJ A; 5KYN A; 2O9V A; 3BW1 A; 3JB9 I; 2WAC A; 3KXT A; 5D7U A; 1VQ7 A; 2CSQ A; 2K2M A; 2KT1 A; 2EYY A; 3A8G B; 3LGF A; 3ZL7 C; 2M0O A; 3BDU A; 2PZ1 A; 4LDW A; 2SRC A; 3FJP A; 2E41 A; 2K4Y A; 4IUU A; 1M90 R; 3MP6 A; 3EGX A; 2DYI A; 3CPW P; 2VGM A; 4RKU E; 3JCM h; 2FZG B; 1KD1 U; 2L2P A; 2V8K A; 4FU6 A; 2K3X A; 1IHV A; 3QYH B; 4M7D F; 2OI3 A; 3LLR A; 4MMK A; 2DK3 A; 3UA6 A; 1KQ1 A; 1K76 A; 1UB4 A; 4RG2 A; 2NYS A; 3CC7 A; 4FW1 A; 5ECA A; 1WQ7 A; 1M1G A; 3G6E T; 2GCX A; 3I5S A; 3R6O A; 2CRE A; 4KGX B; 4LUE A; 3MET A; 2VB6 A; 2A08 A; 1VQN A; 2RH2 A; 3TU4 K; 4PJN A; 2E3I A; 1YIJ Q; 4B6M A; 3HP9 A; 4GLM A; 1S72 A; 2KRS A; 2AT1 B; 2FYK A; 2C0O A; 2DEQ A; 1RI0 A; 4F04 B; 2EGC A; 1YIT Q; 3G4S T; 4M7D D; 5D6Y A; 3BFM A; 5D6X A; 5GAN j; 4KUI A; 3SD4 A; 3VV0 A; 3VS2 A; 5IT9 E; 3VYH B; 2OAU A; 2EGE A; 1G3T A; 1I8F A; 4M77 B; 2O9S A; 4M7D A; 4OMN A; 2V1R A; 1U1S A; 3CD6 A; 2RHX A; 4M7A F; 3PTA A; 1A0N B; 2CDT A; 1AZG B; 2V8I A; 4E2F B; 1NJI U; 2LP5 A; 2FG0 A; 2RO0 A; 3JCM X; 4L5G A; 2HEQ A; 3QII A; 1VIE A; 4LDU A; 4PLI A; 1M3C A; 3E19 A; 1UUE A; 3VUZ A; 4JJC A; 2Z0W A; 1WIE A; 2P0Q A; 3J7A F; 4WTO B; 2PUK B; 4M7D E; 3JAM E; 1JXO A; 2M16 A; 5L8R E; 4QQG A; 1K73 R; 2BE9 B; 2JVV A; 1WPY A; 1HK9 A; 1VQP Q; 3EGU A; 2EJ9 A; 1VQK Q; 2OTL T; 3HKS A; 1YJ9 A; 1BKB A; 3OSV A; 2EWN A; 4KH1 B; 3M54 A; 4WCI A; 1PD0 A; 2PUO B; 3NFC A; 4FYV B; 3PIP A; 5GMK i; 1VQ5 Q; 2JMA A; 1GCQ A; 4M7A D; 1KHC A; 1WNL A; 2QYZ A; 4OVA A; 3CCE A; 4HT8 A; 5HKC A; 5DLO A; 3TCJ A; 2H3J A; 2CP6 A; 1KK7 A; 1OV3 A; 3H0F A; 4J9B A; 4A4F A; 4CC4 B; 4CC2 A; 2OJ2 A; 4C8Q E; 3OYE A; 4C92 C; 3VS3 A; 5GAM j; 1UGQ B; 1KC8 U; 3ASK A; 4XTW A; 1Y0M A; 5CQY A; 3G71 Q; 5LJ5 g; 2GGR A; 1IXD A; 1PCX A; 5KH6 A; 1YJN T; 4K11 A; 1VQ8 A; 1XQH A; 3EG0 A; 1X75 C; 1JJ2 P; 1N6A A; 1X6B A; 2B86 A; 5CO7 A; 3M57 A; 2VV5 A; 1OZ2 A; 3A8M B; 3KUF A; 4E7H A; 3GNF B; 2NWM A; 4OML A; 1D1C A; 4M4Z A; 4E7L A; 5GMK h; 1ZUU A; 2HL3 A; 1VQL Q; 2D8J A; 4JJB A; 1LJO A; 3X20 B; 1TG0 A; 2LJ3 A; 1W70 A; 3EG2 A; 4IUQ A; 3C4S A; 5LJ3 d; 2C0T A; 1UDL A; 3CC2 Q; 3VKI A; 1UHF A; 1OQK A; 2QGF B; 3HRT A; 3J80 E; 2MI6 A; 2RQW A; 4XU2 A; 1H64 1; 2E6Z A; 4X9D A; 4A4H A; 4ANJ A; 1BYM A; 1MND A; 3CCJ A; 4L59 A; 2XG8 D; 1NZ9 A; 2D0Q B; 2RK1 A; 1VYU A; 3JCM f; 4F7U B; 4ZN3 A; 3CC7 T; 1PD1 A; 2PU9 B; 2J06 A; 2E65 A; 2YUN A; 4BD3 A; 1QW1 A; 1EZZ B; 1VQ7 Q; 5GAN 8; 1H3H A; 2QAZ A; 2M9U A; 4E7I A; 4HVV A; 4VUB A; 4FIB A; 3MPU B; 1OYX A; 5CAI A; 4QVC A; 2FPF A; 3QO3 A; 2F5K A; 3MEA A; 4J6X A; 1NEG A; 2XMF A; 2JT4 A; 3EG9 A; 1U3O A; 3M0S A; 1K0X A; 2EPD A; 4M7A G; 9ATC B; 3EGD B; 3NTH A; 5I2S A; 2I2L A; 1R77 A; 2DXC A; 4GY5 A; 2DEU A; 1ZBX A; 1R0B G; 2OAW A; 4M78 E; 1UJY A; 2CT3 A; 3E1S A; 3UDC A; 1OPL A; 1U06 A; 2KMT A; 2KRO A; 3GPL A; 3RKX A; 2L3P A; 3CPF A; 2EFI A; 3JB9 F; 3AT1 B; 2DKG A; 2ECZ A; 5KYW B; 2QG9 B; 2VGN A; 4X34 A; 1BI0 A; 2QTX A; 3PVL A; 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