The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
GSSGSSGVRSQVLKYMVPGARVIRGLDWKWRDQDGSPQGEGTVTGELHNGWIDVTWDAGGSNSYRMGAEGKFDLKLAPGYSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of Mib-herc2 domain in HECT domain containing protein 1
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1
|
| total genus |
8
|
| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2006-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06701 | MIB_HERC2 | Mib_herc2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DKM A; 2DK3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KUL A; 5GAM f; 2ESW A; 3A1P A; 2HDA A; 1W6X A; 2JS2 A; 4IIM A; 5A2Q E; 3EGD B; 2EGC A; 4F14 A; 3IQL A; 3RNJ A; 2BIV A; 4C5I A; 1FWZ A; 2E70 A; 3PIP A; 4M7D A; 3M9Q A; 1I0C A; 4Q5W A; 3DB3 A; 3JCM f; 3R6N A; 3VS3 A; 4M78 D; 2ZPG B; 4J7I A; 3SWN C; 3JB9 H; 1P92 A; 2I2L A; 4HT8 A; 2COW A; 1WFW A; 1XJW B; 2GNC A; 3GBQ A; 4HT9 A; 2GCX A; 1X6G A; 2ECZ A; 2KYB A; 5GMK j; 2LJ0 A; 4P5N A; 1BIB A; 1UGS B; 5CKH A; 1D0Y A; 1VQ5 T; 1M90 U; 3CC7 Q; 5GAN d; 1YJW Q; 1U1S A; 3CBM A; 1D3B B; 3GLX A; 2ZCF B; 3G6E Q; 1V29 B; 5LJ3 h; 3OYC A; 3G4S Q; 1G83 A; 4RG8 A; 1C0M A; 3H0F A; 1M3B A; 3OSV A; 4C8Q D; 2BUD A; 1TTH B; 4FSS A; 5HCK A; 5FW9 A; 1OV3 A; 4PL6 A; 4M75 D; 2DK3 A; 2RQW A; 4QT7 A; 4XQ3 A; 4A4K A; 2K5F A; 4M7D B; 3EFO A; 2VVK A; 3MP1 A; 4JJN K; 1PCX A; 3KUF A; 3M59 A; 2YXY A; 2FB7 A; 1YJ9 A; 4O5V A; 1W2B P; 5FRO A; 2DEQ A; 5CAI A; 1W70 A; 1GCP A; 3X28 B; 2YRC A; 2DPP B; 2HQE A; 1LVK A; 3QWY A; 2O4X A; 2CH4 W; 1QKX A; 2DVJ A; 3CCE Q; 4NL2 A; 2RMO A; 1AWX A; 2YHT A; 2QQB A; 4BUG A; 2CT4 A; 3L2U A; 1VQ4 A; 2YWW A; 3OYA A; 4FYW B; 5GAM e; 4RTY A; 1SRM A; 1PSE A; 3I9Q A; 2DEU A; 1LNX A; 5CQY A; 4FM4 B; 3UT1 A; 2V8J A; 1I81 A; 1QVF P; 3C95 A; 2AZV A; 2ZPI B; 4GLM A; 4C8Q C; 2KYM A; 1WPY A; 2CZ7 B; 3JCM e; 3I55 A; 3OYK A; 4M75 C; 3JB9 I; 5DLO A; 2HL5 C; 2O4X B; 1AVZ C; 4MMK A; 4RCB A; 1VQ7 T; 4M7A G; 2F5T X; 1K9M R; 1TS9 A; 4NL3 A; 2YLB A; 2EKH A; 4M78 E; 3E9G A; 1JO8 A; 5GMK i; 2BTT A; 3M54 A; 2CSQ A; 4QQG A; 1YJW A; 1RAI B; 1XOV A; 1Q82 C; 2JZ2 A; 2MWP A; 3DKM A; 3G6E A; 3G4S A; 1GFC A; 3UF4 A; 5GMK h; 3VUB A; 5GMK l; 1YIT A; 3VRY A; 4PJM A; 2EQK A; 5CKD A; 1Q86 U; 3L2W A; 2RHU A; 2XI9 A; 4M75 E; 1BIA A; 3OYG A; 2CH4 A; 3L1A A; 3EH2 A; 1J3T A; 5LJ3 d; 3CCS A; 4LD9 K; 2OTL T; 4DBR A; 1ZQ1 A; 5GAN 7; 4KGZ B; 4JJB A; 7AT1 B; 3H41 A; 1UGP B; 1VUB A; 2D9T A; 3NMZ C; 3E9F A; 1WLP B; 1RLQ C; 1UDL A; 2BKD N; 2VAS A; 4DOW A; 1V76 A; 5GJW B; 1PNJ A; 2RK1 A; 4EIK A; 4HCK A; 3CCE A; 4FYY B; 2RQT A; 2KEA A; 5CCA A; 1AWJ A; 2BE9 B; 2ENM A; 4D6W A; 1VQN A; 1U3O A; 2HBW A; 3A8G B; 2QTV A; 2L2P A; 4JZ3 A; 5D6X A; 1WGS A; 3CCU T; 4C5G A; 1ZLM A; 3TQ7 P; 1Q7Y R; 3I5S A; 2MK5 A; 4JPB W; 4Y91 A; 1TXQ A; 1QVG A; 1BI1 A; 2IPO B; 1KHC A; 3CCR Q; 4OMQ A; 1WXB A; 2COY A; 2X4Y A; 1RAD B; 1NZ9 A; 1X75 C; 2DRM A; 5I21 A; 4M77 A; 4BE0 A; 2JTE A; 2PUO B; 4Z02 A; 1AD5 A; 4JRQ A; 1S72 T; 1YP5 A; 2CSI A; 3JCM X; 1CKA A; 2F2W A; 3TSZ A; 5EC7 A; 3L2V A; 5IXB A; 1XTD A; 2M51 A; 3QHS A; 3ZBD A; 1OX9 A; 3CC4 Q; 2PU9 B; 1Q81 U; 1MMN A; 2A28 A; 3ZFJ A; 2AHJ B; 3DLM A; 4C0D B; 1YI2 T; 4KRT A; 5CIU A; 1K0X A; 3OY9 A; 1NJI C; 4F7U E; 4BY6 B; 3MHX A; 1GCQ A; 1UG1 A; 2COZ A; 2OJ2 A; 3O8V A; 2JJ9 A; 1H92 A; 5GMK m; 3RR6 A; 3GP8 A; 1BCM A; 2XMF A; 4HVU A; 4E7I A; 1VQK T; 3M58 A; 1ZUY A; 2DZ9 A; 3EH1 A; 3VRZ A; 1X69 A; 2JVV A; 1YCY A; 3DLL A; 4NOY A; 1AT1 B; 2FPF A; 2MCN A; 4FYV B; 2O01 E; 1LPL A; 4M78 G; 4JRK A; 1M3A A; 2YRD A; 1PKT A; 2VKN A; 2FZG B; 4MML A; 3G1J A; 3J7A F; 3CCL T; 4BDY A; 4FW2 A; 3CCV Q; 2RQV A; 2DXT A; 2E3H A; 1UEC A; 4OMO A; 2GFA A; 4KH0 B; 2G3R A; 1K8A C; 2BZ8 A; 3PIO A; 2VGM A; 3H8Z A; 4XTW A; 1QWE A; 1JQQ A; 1WXT A; 4N4H A; 4PJL A; 5L23 A; 1WXU A; 4C8Q F; 4C8Q G; 3AHU A; 2KRM A; 1UHF A; 3H0I A; 2MAM A; 1WA7 A; 3CCR A; 4FYX B; 3J81 E; 1VQ6 Q; 1WHM A; 4M75 G; 4E47 A; 2KT8 A; 1Q95 G; 2R57 A; 1GL5 A; 3OBY A; 4RTT A; 2K2V A; 3EGX A; 1NPR A; 2K4Y A; 2V26 A; 3VU3 C; 4L59 A; 4PJO C; 2DO3 A; 2EW3 A; 5GAN 6; 2KGT A; 1TUG B; 2V1Q A; 4XU0 A; 5I11 A; 3G71 T; 2CUB A; 2OAU A; 2KT1 A; 2DTI A; 3CPW P; 3M53 A; 4D8D A; 3GIB A; 3CC4 A; 5KYY A; 5KH6 A; 1M8M A; 1TUD A; 1M1K C; 2W0Z A; 1RAB B; 3C12 A; 1M1F A; 4C92 C; 2FEI A; 4OB2 B; 3VYG A; 1M3C A; 3OYF A; 5GAM g; 1B07 A; 2LCS A; 5L8R E; 4II1 A; 6AT1 B; 1VQ9 Q; 2RF0 A; 2YUP A; 1VQO T; 3EGX B; 2CZ1 B; 3TVT A; 2GFU A; 2P0P A; 3OA6 A; 4PNO A; 4CC3 A; 3X26 B; 4JRI A; 1FYN A; 2SEM A; 4JJC A; 3OYE A; 2ROT A; 4FT2 A; 3CC7 T; 5GAO l; 3O5Z A; 3QDR B; 3SDZ A; 1ABQ A; 1FMK A; 3V8J A; 3QKJ A; 5KYY B; 1ZUU A; 3CD6 Q; 1QP3 A; 1CSK A; 4PK4 A; 4IUU A; 2PUK B; 5IXF A; 1ZX6 A; 1RAE B; 4WF2 A; 2LJ3 A; 3CCV A; 2K9G A; 2MIO A; 1G2B A; 3TU4 K; 4LE9 A; 2HEQ A; 3LH0 A; 3M4G A; 4J6X A; 2XDP A; 1T3S A; 1IRE B; 4ELZ C; 2RPN A; 4LUE A; 4F7U G; 1C6V X; 1KC8 U; 1N27 A; 2KRS A; 2FZC B; 2EPD A; 3PNW C; 1EX4 A; 2V8I A; 1VQM T; 3VV0 A; 4LDX A; 2RNA A; 3GNG A; 3LWI A; 3CCJ T; 2LQK A; 3ZEH A; 4F04 B; 2WAC A; 1PRL C; 2J6O A; 2M9U A; 3NGP A; 5M9O A; 2JN0 A; 2HSP A; 3OW2 P; 5GAN h; 3CCQ Q; 4ZGD B; 1N8R R; 2K3B A; 2F2X A; 1X01 A; 2VV5 A; 4O6J A; 4N0A A; 2GBQ A; 3HP9 A; 1YHQ A; 1U5S A; 5GAN 5; 2ZGW A; 2CKK A; 2CGH A; 1MGQ A; 3OYH A; 2DIG A; 4HCC A; 2FL7 A; 5IN1 A; 5GAN 2; 1ZSZ A; 2GF7 A; 2E1H A; 1WZO A; 1NLP C; 2E6Z A; 2KE9 A; 2C0T A; 2DTH A; 2DYB A; 2O31 A; 3LYI A; 1IGQ A; 3BY7 A; 3QYH B; 2RA2 A; 3SD4 A; 4KUI A; 3MEA A; 3VS2 A; 4OGE A; 1IRX A; 1X6B A; 1SEM A; 3S3M A; 1VQ9 A; 4EMK A; 2KNB B; 1U06 A; 2JMC A; 2NYS A; 3OS0 A; 2NUT B; 1SF9 A; 1R0B G; 1K73 C; 4C0G A; 1VIE A; 3NTK A; 2YT6 A; 2EGE A; 2KXC A; 5KCO A; 3MPU B; 1PHT A; 2HCK A; 5IHK A; 2HSE B; 4J6W A; 1B3Q A; 1OX8 A; 1X43 A; 2ZAE A; 2KRN A; 4Y92 A; 3CD6 A; 2FRW A; 4MDW A; 2E6N A; 1ZSZ B; 4DA4 A; 5GAO m; 2P84 A; 4LN2 A; 2FVU A; 2XIC A; 2EKO A; 1UFF A; 1GBQ A; 4RTV A; 2JUF A; 3VS7 A; 4D8K A; 4K11 A; 1NEB A; 3M0S A; 1VQ4 Q; 1M2V A; 9ATC B; 1AWW A; 2M0Y A; 2O2O A; 2E5K A; 3URG A; 4EMK B; 1I1J A; 2HMA A; 4B9X A; 2J06 A; 4XTU A; 3OYJ A; 5KYX A; 3M0U A; 3MP6 A; 5KYW A; 2X51 A; 3I55 Q; 2W10 A; 1YIJ T; 3AT1 B; 5HK0 A; 3EG9 A; 4RUG A; 4E7K A; 1MV3 A; 1PD1 A; 5CQX A; 2AKK A; 5CKB A; 3CCQ A; 3A5Z B; 3CC2 Q; 1RAC B; 4DEY A; 3HTR A; 5CO7 A; 3RKY A; 2JNG A; 2PVD B; 1TSF A; 3V7S A; 2VXF A; 1YNZ A; 4PJO F; 3HRS A; 1M2V B; 2E3I A; 4A4H A; 3LW5 E; 1AEY A; 4BI4 A; 2FPD A; 3GF5 A; 4N4I A; 1QW1 A; 2VWF A; 1NG2 A; 2HQX A; 1I4K 1; 1G3W A; 1JJ2 S; 2KVQ G; 4A4F A; 1VQL T; 2FO0 A; 3HSB A; 4FL6 A; 2ABL A; 4C92 F; 3OMC A; 4M7A A; 1YIT Q; 2LT4 A; 3PMI A; 2QEX A; 2O88 A; 2CP7 A; 3UA6 A; 3EG9 B; 5LJ5 g; 2XDD A; 2P0K A; 2RHI A; 1OOT A; 3MP8 A; 1O75 A; 4WTO B; 3CCS Q; 3V8K A; 2MI6 A; 1M90 R; 2K5I A; 3UPU A; 1HD3 A; 1BCO A; 1SG5 A; 4JJD A; 1RAF B; 2HNI A; 2FYK A; 1QP2 A; 4JZ4 A; 5D6Y A; 8AT1 B; 4E6R A; 1RAH B; 2JOY A; 3WVD B; 2ZPE B; 4ORZ A; 2ROL A; 4X9C A; 2K3Y A; 1TG0 A; 2Y4Y A; 1M90 C; 1YCS B; 1WHG A; 1V1C A; 4IUQ A; 1VQN Q; 4GLK A; 1K9A A; 4BI3 A; 4XTY A; 3TSW A; 2DVE A; 4OMM A; 2EJ9 A; 1XNI A; 2QA4 A; 3X25 B; 2XU8 A; 2CP6 A; 2ZZD A; 4BY6 C; 3EFO B; 4J9D A; 3CCM T; 4Z8A A; 1NM7 A; 2JT4 A; 3QYG B; 4XTV A; 1WDX A; 1VYV A; 1M2O A; 3P8D A; 3S3O A; 1JBM A; 1M5Q 1; 2K79 A; 1FX7 A; 2QQS A; 4M7D F; 2V8K A; 2EIF A; 2ZPB B; 4IUR A; 4JLG A; 3A98 A; 4JDS A; 4OML A; 4KGV B; 1Q82 U; 2DFU A; 4FCY A; 2LX7 A; 1E7O A; 3CC2 A; 1OYX A; 3M57 A; 1KD1 U; 3UAT A; 2BZX A; 2YRV A; 1BU1 A; 3CXC S; 2DL5 A; 2WSF E; 4HA8 A; 3BE3 A; 1K9M C; 1WX6 A; 3M0T A; 1KFZ A; 1QLY A; 3EGU A; 2EYZ A; 1E6G A; 3E1S A; 1VIF A; 3FIF A; 2J6F A; 4C5H A; 1F1B B; 2DZC A; 4XU3 A; 2CRE A; 4C8Q E; 4L5G A; 1VQ6 T; 2MMP A; 1WYX A; 4JUV A; 1KD1 R; 3QSU A; 4BD3 A; 3OYN A; 2DA9 A; 3MET A; 2ATC B; 3ZL7 C; 1OU9 A; 2XG8 D; 2YLC A; 5HK3 A; 1IO6 A; 1MHN A; 3MEV A; 3P8B B; 2ED0 A; 5DY9 A; 2C0I A; 3QG1 A; 2D0Q B; 3QZ5 B; 4ESR A; 2O9V A; 2K2M A; 1PKS A; 2CP0 A; 2RHY A; 4FSX A; 4IIO A; 2NWM A; 2JM9 A; 1CKB A; 1TU0 B; 3H0H A; 2OX7 A; 5GAM d; 3CME A; 1Q86 R; 1K4U S; 3CMA T; 2RHX A; 2MF2 A; 3VJP A; 2C06 A; 1WJR A; 3PT9 A; 1Y07 A; 4PLL A; 1JJ2 A; 2LT1 A; 2JTM A; 3I56 A; 1OPK A; 3EHQ A; 2Y90 A; 3JCM d; 1Q86 C; 4EDU A; 1QVP A; 4KT0 E; 5IH2 A; 2DIL A; 1TUC A; 3BFM A; 2VXE A; 3OBW A; 4LNP A; 3TEE A; 1KSW A; 4J9E A; 4J6Y A; 2RJE A; 4XTZ A; 5LJ5 f; 2KSS A; 3EG1 A; 1VQP T; 2KMT A; 2DF6 A; 2J05 A; 4M78 A; 1Q7Y C; 4QVZ A; 3RKW A; 3PGG A; 4Z89 A; 1M4Z A; 1VOM A; 3H9N A; 2CP3 A; 2AIR B; 2D1X A; 1KG1 A; 1NJI U; 2GQI A; 3EAE A; 2F5K A; 2KY9 A; 4ELY C; 1VQ8 T; 2KR3 A; 4ZGJ B; 4LDY A; 3SB2 A; 4OMP A; 1NE8 A; 2QTX A; 4ANJ A; 2XK0 A; 5A0D A; 1MND A; 1D1B A; 1G8X A; 4OMN A; 5GAN g; 4C8Q A; 2OTJ T; 3FEO A; 2WSE E; 3JRZ A; 1YJN A; 1KQS P; 2AKL A; 1UUE A; 4M75 A; 3BDL A; 2EWN A; 2DX1 A; 5D7U A; 3MEW A; 2K5L A; 3OQ5 A; 3MCA B; 4HCZ A; 2EYY A; 3S6W A; 1VYU A; 5AYF A; 4M78 B; 3JCM Q; 4AFZ C; 5AT1 B; 4R55 A; 4HKE A; 2QQA A; 2DBK A; 4M77 B; 3M4Y A; 3FRN A; 3HPW A; 2BE7 D; 1H64 1; 1IXD A; 1AHJ B; 1SKU B; 3V8L A; 1Q81 R; 4C5E A; 2FPE A; 4X1V A; 1T0J A; 2LQN A; 4QVC A; 4PJO D; 1W1F A; 3JCM W; 2VYT A; 2YSQ A; 1K8A U; 4OB1 B; 2EQI A; 2VUB A; 2ZPF B; 3VS1 A; 1H3Z A; 4QKU A; 1AOJ A; 1UHC A; 4BAC A; 4QW2 A; 4AT1 B; 3CXC A; 4C92 D; 3EHR A; 5FU6 B; 3UDC A; 5LJ5 e; 1RUW A; 4HCB A; 4ATO A; 3DB4 A; 1B34 A; 1WJQ A; 4RTZ A; 2ED1 A; 1QVG P; 1YJ9 T; 1VQ7 Q; 3LX7 A; 2LCC A; 5GAO p; 2DRK A; 4RG2 A; 3FDR A; 2D8H A; 2I0N A; 3X24 B; 4N0A C; 2MPX C; 3LLR A; 1M1K U; 1FMW A; 4ZN1 A; 1VQ5 A; 3N5B B; 3TCJ A; 1SRL A; 4ZGE B; 1HSQ A; 4LDW A; 4DOV A; 1VQ4 T; 3P8H A; 1YHQ Q; 2RI2 A; 2R58 A; 3SFM A; 3WXM B; 1X6O A; 3RDV A; 3L2Q A; 4F7U A; 3JAM E; 2A7Y A; 2RJF A; 2DXC A; 1R8O B; 2RO0 A; 2XID A; 1HYO A; 3CEY A; 2VB6 A; 1W2B S; 3QO3 A; 4Z88 A; 3JB9 F; 2FHD A; 3M0Q A; 2PNI A; 1IZ6 A; 2OTL Q; 3I55 T; 2A37 A; 3MO8 A; 1WJS A; 4EMK C; 2RQU A; 4M7D D; 1SHF A; 2RI5 A; 4J9I A; 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