The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTAVARYNFAARDMRELSLREGDVVRIYSRIGGDQGWWKGETNGRIGWFPSTYVEEEGIQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2
rcsb |
| molecule keywords |
Protein vav-2
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H8H A; 2J6O A; 1G2B A; 3VRY A; 4J9E A; 2DRM A; 1ABO A; 1V1C A; 4DEY A; 3REB B; 2EBP A; 4AG1 C; 1AEY A; 2JMC A; 1ARK A; 2O9S A; 1AZE A; 1T3S A; 1NEG A; 3EG0 A; 2LJ0 A; 1ZX6 A; 2KE9 A; 2OI3 A; 4CC4 B; 4Y92 A; 4Z88 A; 2L0A A; 3VRZ A; 5FWB A; 1GRI A; 2JM8 A; 2YT6 A; 3UAT A; 1PHT A; 1M30 A; 4RUG A; 2YUP A; 1KFZ A; 2FRW A; 4LUE A; 1JU5 C; 1VYU A; 3EG3 A; 2CSI A; 1FYN A; 1QCF A; 2P4R A; 2CUD A; 1K0S A; 1OPL A; 4AFS C; 4AFZ C; 4F17 A; 5IHN A; 3VS1 A; 4JJD A; 1AWO A; 2D8J A; 4JZ4 A; 3THK A; 2KEA A; 2DBM A; 2XMF A; 4LUD A; 5IXB A; 1I0C A; 3H0I A; 1RI9 A; 2KBT A; 2GBQ A; 2BZY A; 1X6B A; 1GBQ A; 1B3Q A; 3PVQ A; 1GBR A; 4FSS A; 1ZUY A; 4RTY A; 4F14 A; 2LQN A; 1Y57 A; 2GGR A; 3VS3 A; 4JJB A; 1UTI A; 1H8K A; 2DF6 A; 1VA7 A; 2FG0 A; 2C0I A; 3UF4 A; 3C0C A; 2KXC A; 3U23 A; 3NHN A; 3VS4 A; 2DVJ A; 1HSQ A; 2LZ6 B; 3I9Q A; 1M3C A; 4LNP A; 2EVR A; 3PVL A; 2L3Q A; 1QLY A; 3LH5 A; 2DL7 A; 1UUE A; 1UE9 A; 1SHF A; 1M3A A; 1MV0 B; 2D8H A; 1QKX A; 3SEM A; 1X2Q A; 3H0F A; 4JPB W; 2KRN A; 1X27 A; 1KSW A; 2NUZ A; 1WXT A; 1QKW A; 1FMK A; 2G6F X; 3VS5 A; 3M0P A; 4ZNX A; 1GCQ C; 1WA7 A; 2KRM A; 4J9I A; 2FO0 A; 2A08 A; 3VS7 A; 2LJ1 A; 4CC7 A; 1GFD A; 4A63 B; 1NYG A; 4JZ3 A; 4KRT A; 5FW9 A; 2KNB B; 2F2W A; 2EQI A; 1MUZ A; 5FWC A; 2RQT A; 4HXJ A; 1K76 A; 1BBZ A; 1LCK A; 2PNI A; 2L3S A; 2DNU A; 1VYT A; 2ROL A; 2F2X A; 1ZSG A; 2DJQ A; 1M8M A; 4OMN A; 1E6G A; 3VS6 A; 1ZUU A; 2KT8 A; 4RTZ A; 3QWX X; 3TVT A; 2J6K A; 4OML A; 1PKS A; 3EG1 A; 4RTU A; 2MOX A; 2FRY A; 1K1Z A; 2SRC A; 4ESR A; 1AD5 A; 2LP5 A; 2SEM A; 4D8K A; 1X2K A; 2NWM A; 2OJ2 A; 2DL8 A; 1U3O A; 2EYW A; 2GTJ A; 2HEQ A; 2YUO A; 4K11 A; 1ABQ A; 1QWF A; 3GBQ A; 1WXB A; 4J9H A; 1I1J A; 1AVZ C; 1CKB A; 2DX1 A; 1WYX A; 2ENM A; 2LNH B; 2RF0 A; 4AFQ C; 4F16 A; 1H3H A; 2L3P A; 3PE0 A; 2KRS A; 1WLP B; 2ROT A; 2A36 A; 2RQV A; 1A0N B; 2RN8 A; 3M0S A; 2EYY A; 1YNZ A; 1YCS B; 4HVU A; 4OMP A; 1TUD A; 2DL4 A; 3EHR A; 1Z9Q A; 2KYB A; 2RQR A; 5I11 A; 5IH2 A; 3O5Z A; 2V1R A; 1BK2 A; 4J9G A; 1NLP C; 4IIM A; 2DE0 X; 2W0Z A; 1UG1 A; 1UHC A; 2EGC A; 2ABL A; 2GNC A; 3H41 A; 2GQI A; 2CUB A; 2RPN A; 1K9A A; 1PNJ A; 2YUQ A; 1OEB A; 3TSZ A; 1UHF A; 5IHI A; 4E6R A; 4RTX A; 4RTV A; 2RNA A; 2YSQ A; 1WXU A; 2HCK A; 3EG2 A; 4Z89 A; 2J7I A; 3VS2 A; 2DYB A; 1W1F A; 3IQL A; 1GCQ A; 1WFW A; 3TSW A; 4OMM A; 2VVK A; 1UFF A; 2CRE A; 4Z8A A; 1X43 A; 1TUC A; 2DM1 A; 2FPD A; 2KR3 A; 4JJC A; 3RBB B; 2EYZ A; 3ZL7 C; 2AZV A; 3NGP A; 2ECZ A; 3ULR B; 1CKA A; 1T3L A; 1JQQ A; 2L2P A; 1U06 A; 1H92 A; 2CSQ A; 2BZX A; 2JM9 A; 1ZBJ A; 2FEI A; 2LQW A; 3M0Q A; 1NLO C; 2JS0 A; 5HCK A; 2DLP A; 2K7A A; 3CQT A; 1NEB A; 1UGV A; 2ED0 A; 2DA9 A; 2RQU A; 3SHW A; 1AZG B; 1GL5 A; 1RLP C; 2KXD A; 1UJY A; 2ESW A; 2EKH A; 2FPE A; 2CH4 A; 5I22 A; 3A98 A; 5IXF A; 1E6H A; 2RQW A; 3NPF A; 2W10 A; 1PKT A; 1OV3 A; 4J9F A; 3M0U A; 2IIM A; 1NM7 A; 3VS0 A; 1JXO A; 2VWF A; 2LMJ A; 2CH4 W; 1AWJ A; 2AZS A; 1WX6 A; 4LN2 A; 1AWW A; 2EGA A; 4X1V A; 2X3X D; 1WIE A; 1EFN A; 3M0R A; 2BZ8 A; 1RUW A; 2JT4 A; 3UA6 A; 2J06 A; 1AWX A; 4EIK A; 2OAW A; 1PRL C; 1JXM A; 1GFC A; 1YP5 A; 2DRK A; 2DMO A; 1B07 A; 5EC7 A; 2V1Q A; 4QT7 A; 1YWP A; 3I35 A; 3FJ5 A; 2C0O A; 1PWT A; 2O9V A; 2JW4 A; 1GCP A; 1BU1 A; 1M27 C; 1SRL A; 2CT3 A; 3M0T A; 4R0K A; 2J05 A; 2MIO A; 2KGT A; 3EGU A; 1UEC A; 2EW3 A; 1SHG A; 1MV3 A; 4HCK A; 4GBQ A; 2I0N A; 2DL3 A; 1XOV A; 1ZLM A; 1QWE A; 1X6G A; 2EGE A; 2PTK A; 2MCN A; 4AFU C; 1OPK A; 2X3W D; 1PRM C; 2F2V A; 4RTT A; 2HDA A; 1WI7 A; 3KFV A; 2J6F A; 1JEG A; 2LX7 A; 3I5R A; 1HD3 A; 2K3B A; 2EYX A; 5GJW B; 4LE9 A; 1ZUK A; 1X69 A; 2AKK A; 3QWY A; 4M4Z A; 2JXB A; 4J9B A; 2CT4 A; 1I07 A; 1NYF A; 2YDL A; 3EHQ A; 2VKN A; 1SEM A; 2E5K A; 1KIK A; 2CDT A; 2O88 A; 1U5S A; 1SPK A; 1T0H A; 1T0J A; 5L23 A; 1YWO A; 2LCS A; 2GTO A; 1G83 A; 1W6X A; 1Y0M A; 2AK5 A; 5ECA A; 1K4U S; 2LJ3 A; 1E7O A; 2K6D A; 4AG2 C; 1N5Z A; 3JV3 A; 1VYV A; 2HBW A; 1RLQ C; 2KYM A; 2JTE A; 2M51 A; 4CC3 A; 1WDX A; 1KJW A; 3H0H A; 2RMO A; 4RTW A; 1JO8 A; 1UJ0 A; 4D8D A; 2QDL A; 2K79 A; 3NMZ C; 2DBK A; 4HVW A; 1HJD A; 5IHK A; 2C0T A; 1J3T A; 4WCI A; 1IO6 A; 2EPD A; 4IIO A; 1S1N A; 1K0X A; 2HSP A; 2B86 A; 2FPF A; 4GLM A; 3UA7 A; 2A28 A; 1M3B A; 3REA B; 2BTT A; 2DIL A; 2KT1 A; 2K2M A; 2O31 A; 1SSH A; 2ED1 A; 2JMA A; 2M0Y A; 2PZ1 A; 2AKL A; 4ORZ A; 1TG0 A; 1W70 A; 4OMO A; 2O2O A; 1UDL A; 4J9D A; 1AOJ A; 2KRO A; 5GJV B; 2DL5 A; 1Z9Z A; 2D0N A; 4OMQ A; 1BB9 A; 4CC2 A; 2D1X A; 1CSK A; 2A37 A; 3RNJ A; 4DEX A; 2JS2 A; 2YUN A; 1SRM A; 1YN8 A; 1OOT A; 1NG2 A; 2K9G A; 3R6N A; 3I5S A; 4J9C A; 4HVV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M9Q A; 1G2B A; 1FXX A; 2DRM A; 5FRO A; 2G3R A; 3UDC A; 3CCS Q; 2EBP A; 1AEY A; 2JMC A; 3QO3 A; 2O9S A; 3HKS A; 3BY7 A; 2IPO B; 3CCU Q; 3O8V A; 4UC4 A; 4CC4 B; 4Y92 A; 4Z88 A; 1VQ7 Q; 3EG9 A; 5FWB A; 2JM8 A; 3HPW A; 4PK4 A; 5GAM j; 1VQP Q; 4QVD A; 4N0A C; 2EFI A; 2Z0W A; 3SWN C; 1HK9 A; 1KFZ A; 4LUE A; 2P4R A; 2CUD A; 4ME7 A; 4AFZ C; 4KGZ B; 4F17 A; 2D6F A; 4IUT A; 5IHN A; 2HD0 A; 4JJD A; 1G3S A; 1AWO A; 4LDW A; 2D8J A; 4JZ4 A; 5J26 A; 2GFU A; 4LUD A; 5IXB A; 1I0C A; 2FL7 A; 1VQ6 A; 5HK0 A; 2KBT A; 5I2M A; 3PVQ A; 4M77 B; 2QAS A; 2KDS A; 1Y57 A; 2GGR A; 4ZN1 A; 3G4S A; 4JJB A; 5FU6 B; 2CZ1 B; 3CME A; 3CD6 Q; 2DF6 A; 3G71 Q; 3HP9 A; 1VA7 A; 2QTX A; 2C0I A; 2ZCF B; 4BAC A; 1YBY A; 4EMH A; 3FB9 A; 3VS4 A; 4DOV A; 3M57 A; 2BE7 D; 1VQ4 T; 1QLY A; 3OYN A; 2EQJ A; 3H6Z A; 2MMP A; 2FZG B; 1VQL T; 3URG A; 1MV0 B; 5A2Q E; 2RM4 A; 1WHH A; 3H0F A; 4JPB W; 2AT1 B; 1UB4 A; 1WHJ A; 3BW1 A; 4DOW A; 1V29 B; 2G6F X; 1Q82 R; 4ZNX A; 1GCQ C; 4M7A D; 3OYF A; 3CCE T; 2A08 A; 2LJ1 A; 2L3R A; 4C8Q F; 1X6O A; 4C92 B; 4WF2 A; 1QVG A; 2LCC A; 2Y90 A; 2F2W A; 1MUZ A; 5FWC A; 2V8K A; 2RQT A; 1LCK A; 4PJO A; 1YHQ Q; 1MND A; 3DKM A; 1TWB A; 3M56 A; 4XU0 A; 1XTD A; 4PJO E; 2F2X A; 3WXM B; 2AHJ B; 1M90 U; 1M2V A; 4M78 D; 3CCM T; 4RTZ A; 1JBM A; 3QWX X; 3R6O A; 1IZ6 A; 3V7R A; 5GMK e; 1PSE A; 3OYE A; 4FIB A; 3CC7 A; 4QVC A; 4XTV A; 4D8K A; 2K3X A; 1X2K A; 4OP0 A; 3CCS T; 4J6X A; 2GTJ A; 2YUO A; 3OBY A; 4MDX A; 3GBQ A; 3JCM J; 1D1A A; 3QJY A; 4PLL A; 1I1J A; 4M77 C; 3JCM d; 3TEE A; 1WYX A; 2VAS A; 2ENM A; 3HSB A; 1EIF A; 2RF0 A; 5GAO r; 2NYS A; 1KD1 R; 3CCU T; 1VQ7 T; 2L3P A; 2KRS A; 1WLP B; 5FU6 C; 3OYB A; 3TQ7 P; 2VC8 A; 5GAO q; 4BY6 B; 2EYY A; 1VQ5 A; 2CP0 A; 2DIG A; 1BI3 A; 1V76 A; 2YLB A; 3LYI A; 4IUQ A; 1YJ9 T; 2CGH A; 3EHR A; 1QVF P; 5KCH A; 2KYB A; 2RQR A; 2BUD A; 5IH2 A; 5LJ5 e; 1I4K 1; 3FC3 A; 2DE0 X; 1RAE B; 2GNC A; 2ZGW A; 1ZSZ A; 4M75 G; 4O6J A; 2QDY B; 4M75 F; 2E41 A; 1UHF A; 2E6N A; 5KYN A; 3G71 T; 2OTL Q; 2RNA A; 4C92 C; 1WXU A; 1YI2 Q; 4XU3 A; 2F1L A; 3EG2 A; 3VV0 A; 4E47 A; 4Z89 A; 1M1F A; 5KYW B; 4M7D F; 1SG5 A; 1W1F A; 2FZC B; 1C6V X; 1WFW A; 2ZPF B; 3TSW A; 2O01 E; 1UFF A; 1QW1 A; 2DM1 A; 4F7U B; 4JJC A; 1IRX A; 3CCR A; 3VU3 C; 3ZL7 C; 2DXB A; 1K73 R; 5KCO A; 3V7S A; 2Y4X A; 3MEW A; 1JQQ A; 1JJ2 S; 5FRN A; 2CSQ A; 5GAN e; 5CR2 A; 1VQK Q; 3RUX A; 4MMK A; 3JAM E; 2V26 A; 1QVG P; 4F04 B; 2JS0 A; 2K7A A; 3CQT A; 3CCJ A; 4BD3 A; 4C8Q E; 3MEA A; 2DXT A; 3L2R A; 4B6M A; 2KXD A; 2ESW A; 2MAM A; 1AHJ B; 2COW A; 4FL6 A; 4BY6 C; 2GFA A; 1PKT A; 4NS5 A; 2NUT A; 2LMJ A; 1LNX A; 2CH4 W; 1YJN Q; 3I55 Q; 1WX6 A; 1RAB B; 3M58 A; 3MP6 A; 1AWW A; 4YTL A; 4QW2 A; 2EGA A; 1VQ9 A; 5AT1 B; 1EFN A; 3CCL Q; 3MP8 A; 1B34 A; 4HT8 A; 1RUW A; 2JT4 A; 4AMC A; 1KHC A; 2QGF B; 3RKW A; 1GFC A; 1WPY A; 4PFO A; 2E3I A; 4OGE A; 1ZHI A; 5EC7 A; 4EMG A; 4NL2 A; 2O4X B; 2KQW A; 1TS9 A; 3EH1 A; 4R0K A; 1P92 A; 1N9S A; 2J05 A; 2PUK B; 5GMK j; 1M1K R; 4QKU A; 1UEC A; 2EW3 A; 2RJF A; 1RAH B; 4GBQ A; 2XK0 A; 2EYQ A; 1TUG B; 4XK8 E; 2DVE A; 1OYX A; 1K9M C; 5LJ3 g; 2MCN A; 4AFU C; 2X3W D; 3RMS A; 1UGQ B; 2DIQ A; 4PFZ A; 2F2V A; 2LX7 A; 2L89 A; 5LJ5 d; 4PJM A; 3X24 B; 2K3B A; 1N27 A; 1S72 Q; 2OTL T; 4HCB A; 2FVU A; 2HL3 A; 4M75 A; 4RCC A; 4M75 E; 5DY9 A; 5M9O A; 1UGS B; 3JSC A; 2JXB A; 1YI2 T; 2CT4 A; 1PSF A; 1NJI U; 1I07 A; 2YDL A; 3WVE B; 2NLU A; 2VKN A; 1SEM A; 4TVR A; 2O88 A; 4FT4 A; 4IKF A; 1ZQ1 A; 1LOJ A; 1WJS A; 1PCX A; 5HY6 A; 4JLG A; 1EX4 A; 4M7D E; 1RAF B; 1W2B A; 4X9D A; 4C5G A; 1W6X A; 1Y0M A; 2DK3 A; 3I56 Q; 3L42 A; 3OQ5 A; 1E7O A; 3JCM h; 3JV3 A; 1VYV A; 2B8A A; 3L2Z A; 2PUO B; 4CC3 A; 3GIB A; 2HL5 C; 1FMV A; 4RTW A; 4II1 A; 1B7T A; 4HVW A; 2QEX Q; 1WJQ A; 1HJD A; 3J81 E; 1U8R A; 4WCI A; 4BUG A; 3PIO A; 2COZ A; 2YRV A; 2DET A; 2EWN A; 4A54 A; 3BDU A; 3P8B B; 1PG5 B; 2A28 A; 5GAN d; 2XHC A; 3REA B; 2BTT A; 1D0Z A; 2LRQ A; 5GAN 7; 2NUP B; 4QVZ A; 1OX9 A; 4FW2 A; 2JN0 A; 1G3W A; 3OYY A; 4GLK A; 3I55 T; 1W70 A; 2BE9 B; 3A8O B; 4J9D A; 2KRO A; 5GJV B; 4XU1 A; 1KC8 U; 1IB8 A; 1K8A R; 3J7A F; 2P0K A; 1BB9 A; 5GAN j; 3GNG A; 3MCA B; 2KVQ G; 3EFO B; 3RNJ A; 4DEX A; 2YUN A; 5GAM e; 3CBM A; 4A4E A; 2RB6 A; 3R6N A; 1YJW A; 2LDM A; 1PD0 A; 4E7Z A; 3SB2 A; 3I5S A; 1MGQ A; 2J6O A; 3FDR A; 3LW5 E; 1V1C A; 3CBO A; 3SFM A; 3T9N A; 4AG1 C; 3C95 A; 1BI2 A; 1ARK A; 1T3S A; 1NEG A; 3EGD A; 3EG0 A; 2LJ0 A; 3LWI A; 4QQG A; 2OI3 A; 3S6W A; 1PHT A; 3FRN A; 3CCQ A; 3CPW P; 2YUP A; 2PVD B; 1JU5 C; 2DYI A; 3EG3 A; 1JB0 E; 1Y07 A; 2L5Q A; 1OPL A; 4LD6 A; 4BB7 A; 2XID A; 1S72 T; 2E3H A; 1VQ6 Q; 3OYH A; 4RKU E; 4BE2 A; 4J6W A; 4XTY A; 3OW2 S; 1OU9 A; 3NTI A; 2HAX A; 1B3Q A; 1GBR A; 3G4S Q; 2P0P A; 2IVW A; 4FSS A; 3CME Q; 1X75 C; 4RTY A; 2LQN A; 4FW1 A; 3UWN A; 3ZBD A; 3LWH A; 1XJW B; 1Q7Y C; 3ASK A; 4DBH A; 4E7H A; 1VIF A; 1W2B P; 3QYG B; 3UF4 A; 3I56 T; 3C0C A; 3M53 A; 2R58 A; 4PJO D; 5A0G A; 2DVJ A; 3OS0 A; 5GMK h; 2XDB A; 1Q86 R; 2EVR A; 4A53 A; 3S3O A; 1NJI C; 2L3Q A; 5KYU A; 2CZ6 B; 3CC4 Q; 1Q82 U; 3QZ9 B; 1KHI A; 5KE3 A; 5IT9 E; 2ZZD A; 1M5Q 1; 3OB9 A; 1X27 A; 1VQO A; 2AIR B; 1WXT A; 1FMK A; 2EJG A; 4J9I A; 3JCM g; 2FO0 A; 3KBG A; 3RDV A; 2MYS A; 3VS7 A; 4CC7 A; 1RL2 A; 1GFD A; 1NYG A; 4JZ3 A; 1MMN A; 2KNB B; 2P4T A; 3C12 A; 4M77 G; 1BBZ A; 1R0C B; 2EQM A; 4M77 F; 1H64 1; 1M8M A; 4B9X A; 2KT8 A; 5GAN 6; 3CC7 Q; 4ELY C; 2J6K A; 2DER A; 3OSV A; 1RAC B; 1BI1 A; 1RAG B; 2IG0 A; 2MOX A; 2JTF A; 2SRC A; 1KD1 U; 1N9R A; 2LP5 A; 2E5Q A; 2OJ2 A; 5D6W A; 4N0A A; 5GAM d; 3QG1 A; 3OYG A; 5KYX B; 3SWN A; 2EYW A; 4PLI A; 1OZ3 A; 4KUI A; 1WXB A; 2JVV A; 4DBR A; 5A0D A; 1KC8 C; 3DB4 A; 4F16 A; 1R8O B; 3PE0 A; 2RI5 A; 3CC2 A; 3FJP A; 2RI2 A; 4JRQ A; 2A36 A; 1VQ5 Q; 1A0N B; 3BE3 A; 5KYY A; 5HKC A; 3HRS A; 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