The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTAVARYNFAARDMRELSLREGDVVRIYSRIGGDQGWWKGETNGRIGWFPSTYVEEEGIQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Protein vav-2
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EBP A; 2HSP A; 4RTY A; 2DLP A; 4LE9 A; 2YUO A; 2FO0 A; 3NPF A; 2L2P A; 1ZBJ A; 2GTO A; 4IIM A; 2H8H A; 1PKT A; 4D8D A; 1UGV A; 2LNH B; 1AEY A; 1WXU A; 2A28 A; 1SEM A; 2JMC A; 4RTW A; 2DX1 A; 1AD5 A; 2JT4 A; 4F16 A; 1KSW A; 1YWO A; 4EIK A; 2E5K A; 3M0P A; 2KT8 A; 1OOT A; 2LX7 A; 3FJ5 A; 1X6B A; 1GBQ A; 1FMK A; 1RLP C; 4A63 B; 1ZUY A; 1T0H A; 2QDL A; 3PVQ A; 2FEI A; 3REB B; 4AFQ C; 1UHC A; 2LMJ A; 4RTX A; 3QWY A; 4Z89 A; 1M3C A; 2EGE A; 4CC7 A; 1UEC A; 2DNU A; 2FPD A; 2DM1 A; 1X69 A; 1ZUU A; 1K0S A; 2KRM A; 1UDL A; 2CH4 A; 1GRI A; 2AKL A; 2YDL A; 3M0S A; 4AG2 C; 3VS7 A; 2SEM A; 1GFC A; 1OPL A; 2J6F A; 2ROL A; 2JMA A; 2BZX A; 2CSQ A; 1J3T A; 1Z9Z A; 3QWX X; 1JQQ A; 2GQI A; 1X2Q A; 1UFF A; 1I0C A; 1E7O A; 1VYV A; 2OJ2 A; 1IO6 A; 5IHN A; 3KFV A; 4E6R A; 1H92 A; 1QWF A; 2EYW A; 1TUD A; 3H0F A; 3EG0 A; 2CT3 A; 4LUD A; 2JS2 A; 3RBB B; 1AWJ A; 2LZ6 B; 2OAW A; 1YWP A; 4J9I A; 3NMZ C; 5FWB A; 1UJY A; 2LP5 A; 1Y57 A; 3PE0 A; 1JXM A; 2BTT A; 1SSH A; 1M30 A; 2GNC A; 4HVW A; 2ABL A; 1RUW A; 4RTT A; 1PRM C; 2CH4 W; 3TSW A; 2DVJ A; 1WX6 A; 1YN8 A; 2KYM A; 2KRO A; 1OV3 A; 2KT1 A; 4HCK A; 1KFZ A; 2I0N A; 1YP5 A; 1GCQ A; 1X27 A; 2GGR A; 1JXO A; 3I5R A; 2HEQ A; 1WLP B; 1VA7 A; 4M4Z A; 1TUC A; 1SHG A; 4OMM A; 1RLQ C; 1UG1 A; 4JZ3 A; 4AFZ C; 1CKA A; 1QCF A; 1W70 A; 2O88 A; 2PNI A; 5IXF A; 4J9C A; 2A37 A; 2ENM A; 2LJ1 A; 1ZX6 A; 2RMO A; 4RUG A; 2CSI A; 2EGC A; 3UAT A; 1ZSG A; 1GFD A; 1T0J A; 3VS2 A; 2YSQ A; 2KR3 A; 2AZS A; 1M3A A; 2J05 A; 5IHK A; 4WCI A; 2HBW A; 3UA6 A; 3H41 A; 1K4U S; 1K0X A; 2ECZ A; 1A0N B; 2L3P A; 1E6G A; 1Y0M A; 1S1N A; 4J9H A; 1NYF A; 4JJD A; 4CC3 A; 5IXB A; 1SHF A; 2L3S A; 4HVU A; 1BB9 A; 2JW4 A; 1OEB A; 1EFN A; 1HD3 A; 3C0C A; 3LH5 A; 2KGT A; 3NGP A; 2DMO A; 2KBT A; 3TVT A; 1AWW A; 5EC7 A; 1NEB A; 1PHT A; 2RQT A; 2FRW A; 2ROT A; 3VRY A; 2YUQ A; 2EQI A; 4HVV A; 1U06 A; 2K7A A; 2OI3 A; 2KRS A; 3M0T A; 4LUE A; 2DBK A; 2VKN A; 1M3B A; 2CRE A; 2C0I A; 1VYT A; 2L3Q A; 2CUD A; 2LQW A; 1NG2 A; 1AZG B; 2JXB A; 1BU1 A; 2RPN A; 1AZE A; 1V1C A; 1WXT A; 4FSS A; 4GBQ A; 2RQV A; 2K9G A; 1VYU A; 4J9F A; 2KE9 A; 4JJB A; 2FRY A; 1UHF A; 2CUB A; 2J6O A; 2RN8 A; 3GBQ A; 4AFS C; 1KJW A; 4DEX A; 1PKS A; 1I1J A; 2DF6 A; 2F2X A; 1JEG A; 2MCN A; 2W10 A; 1Z9Q A; 2DIL A; 2EYZ A; 2M51 A; 3EG2 A; 5HCK A; 2M0Y A; 2DJQ A; 1G83 A; 2EKH A; 1M8M A; 4OMN A; 2J7I A; 2V1R A; 3SHW A; 4LN2 A; 4Z88 A; 2CT4 A; 1PRL C; 3PVL A; 4QT7 A; 2NWM A; 4ZNX A; 2HDA A; 2LCS A; 2EYY A; 5I11 A; 3M0U A; 1GL5 A; 1NM7 A; 4CC4 B; 4JZ4 A; 4RTZ A; 2DL3 A; 1X43 A; 5FWC A; 2P4R A; 2KNB B; 4CC2 A; 3I5S A; 2NUZ A; 2DL5 A; 2EW3 A; 2JTE A; 2EPD A; 3A98 A; 2FPE A; 2EVR A; 2ED1 A; 4OMQ A; 1W6X A; 2DBM A; 4ESR A; 4K11 A; 4JJC A; 2EYX A; 2MIO A; 3VS1 A; 4AFU C; 1NYG A; 1I07 A; 5I22 A; 2IIM A; 3H0I A; 3I9Q A; 2D1X A; 3EGU A; 2AZV A; 2DL4 A; 1K76 A; 4DEY A; 2F2W A; 2D8J A; 2MOX A; 1N5Z A; 2X3X D; 2JM9 A; 3VS4 A; 5GJW B; 1BBZ A; 4JPB W; 2JS0 A; 4RTU A; 4F17 A; 1UTI A; 2ESW A; 1PWT A; 2FG0 A; 5FW9 A; 3EG3 A; 1WDX A; 1YCS B; 1YNZ A; 3SEM A; 3ULR B; 1UJ0 A; 1WYX A; 4ORZ A; 2O9V A; 3RNJ A; 1QWE A; 2K6D A; 4KRT A; 1X2K A; 2DYB A; 2LJ3 A; 4AG1 C; 2VVK A; 1ZLM A; 1WFW A; 2KXD A; 1QLY A; 2A08 A; 2J06 A; 2EGA A; 1NLP C; 1TG0 A; 4X1V A; 4IIO A; 5ECA A; 4Y92 A; 4OML A; 2LJ0 A; 4OMP A; 1AVZ C; 3R6N A; 1B3Q A; 1OPK A; 1M27 C; 3VS5 A; 3VS6 A; 2O9S A; 2A36 A; 1WI7 A; 1G2B A; 3VS3 A; 2KEA A; 1AWX A; 1K9A A; 1QKW A; 2C0O A; 1B07 A; 1BK2 A; 1ZUK A; 1GCQ C; 3EG1 A; 1ABQ A; 2K2M A; 3UF4 A; 2JM8 A; 1E6H A; 2XMF A; 2YUP A; 3I35 A; 1K1Z A; 4R0K A; 2RQW A; 2AK5 A; 3VS0 A; 1KIK A; 1QKX A; 1HSQ A; 1FYN A; 2DRM A; 2DA9 A; 3CQT A; 2K3B A; 1ABO A; 2K79 A; 1NEG A; 1T3L A; 2LQN A; 2RQU A; 2PZ1 A; 4GLM A; 5IHI A; 2SRC A; 5L23 A; 2PTK A; 2W0Z A; 3JV3 A; 1T3S A; 2KRN A; 2O2O A; 3TSZ A; 3ZL7 C; 2FPF A; 2ED0 A; 2BZ8 A; 1HJD A; 2O31 A; 4Z8A A; 1RI9 A; 3IQL A; 3EHR A; 3REA B; 4RTV A; 2RNA A; 4J9D A; 1U5S A; 4J9B A; 1H3H A; 1X6G A; 1WIE A; 1MUZ A; 3THK A; 1JU5 C; 1AOJ A; 2C0T A; 3O5Z A; 2L0A A; 1MV0 B; 3UA7 A; 2DL8 A; 1NLO C; 2D8H A; 4J9E A; 4OMO A; 1CKB A; 3EHQ A; 1LCK A; 1WA7 A; 1MV3 A; 2KYB A; 1SPK A; 2DE0 X; 3VRZ A; 2CDT A; 1AWO A; 2YUN A; 2YT6 A; 2GTJ A; 2V1Q A; 2F2V A; 2DL7 A; 3M0R A; 2GBQ A; 4HXJ A; 1PNJ A; 2AKK A; 4LNP A; 1ARK A; 1JO8 A; 4F14 A; 1UE9 A; 2KXC A; 4J9G A; 5IH2 A; 2D0N A; 2RF0 A; 1CSK A; 2HCK A; 3H0H A; 2BZY A; 2X3W D; 1GCP A; 2RQR A; 4D8K A; 1GBR A; 1UUE A; 1XOV A; 3U23 A; 1WXB A; 5GJV B; 1H8K A; 2DRK A; 1U3O A; 3M0Q A; 1SRL A; 1W1F A; 1SRM A; 2G6F X; 2VWF A; 3NHN A; 2B86 A; 2J6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EBP A; 3VUZ A; 2MWP A; 1G3T A; 5HK3 A; 1VQ4 A; 1SF9 A; 4L59 A; 4JRQ A; 1WJS A; 5CKH A; 2XDB A; 3TEE A; 2FO0 A; 2YXY A; 2R57 A; 1WHL A; 2LC4 A; 1NE8 A; 2Y4Y A; 2H8H A; 1PKT A; 2EQJ A; 3CCE A; 1KQS S; 3M4G A; 1YWO A; 2DER A; 1BI1 A; 2KSS A; 2BKD N; 4C0D C; 4E7K A; 1UGR B; 1FMK A; 4A63 B; 1WHG A; 5KCH A; 3G4S A; 2D6F A; 4PJO A; 3CBM A; 4M75 A; 1QMC A; 1ZSZ B; 2QEX T; 3RIR A; 4Z89 A; 1MMA A; 4EMK B; 4CC7 A; 1M4Z A; 1MMN A; 4C5I A; 3DKM A; 4F7U F; 1ZUU A; 3CD6 A; 1WHJ A; 1UDL A; 2COY A; 2YDL A; 2AKL A; 2QI2 A; 2SEM A; 3OS2 A; 4BY6 B; 5KCO A; 1YIT Q; 2JMA A; 3CXC A; 2ZPG B; 4JS4 A; 5LJ3 e; 3OYB A; 3OYA A; 1UFF A; 1I0C A; 4KH1 B; 1VYV A; 3KUF A; 5IHN A; 3M55 A; 1QWF A; 1VQL A; 2E3H A; 3EG0 A; 1C6V X; 1D3B B; 5LJ5 e; 4XTX A; 3D7S B; 4MDX A; 2V26 A; 3MEW A; 2OAW A; 5CK9 A; 5CQY A; 3V7C A; 2KQW A; 2PU9 B; 3BFM A; 4FW1 A; 3CCR Q; 2GFU A; 5KYU B; 1QVF S; 4GLK A; 2ABL A; 2KI7 A; 4IUP A; 2VXF A; 2VGM A; 3EG9 B; 4ANJ A; 3LWI A; 2CH4 W; 4J6W A; 1VUB A; 3X20 B; 3I55 Q; 2KYM A; 1KQS P; 1RAC B; 2KRO A; 1OX9 A; 4M7A G; 5HK0 A; 2I0N A; 3CCV T; 4RMO A; 6AT1 B; 4LDX A; 3JB9 H; 1RLQ C; 4QQG A; 4AFZ C; 1QCF A; 1W70 A; 8ATC B; 2LJ1 A; 5GAN f; 4PJJ A; 3A8H B; 2CSI A; 3UAT A; 2RJF A; 1ZSG A; 1T0J A; 3QYG B; 2AZS A; 2J05 A; 3C95 A; 1VOM A; 4FYX B; 1TS9 A; 3X28 B; 1QVP A; 4M78 B; 4BDZ A; 1PSF A; 2A3L A; 3JSC A; 2L3P A; 1E6G A; 1Y0M A; 2O01 E; 2ZAE A; 3BY7 A; 4J9H A; 2X9H A; 4JJD A; 3M59 A; 2ZZD A; 1G3W A; 2JW4 A; 3CEY A; 1HD3 A; 5CR2 A; 4QVD A; 5EC7 A; 2DEU A; 2RQT A; 3KXT A; 4HVV A; 2K7A A; 3V7S A; 2KRS A; 3M0T A; 2CRE A; 2QQA A; 1D1C A; 5LJ3 f; 2C0I A; 2OTJ A; 4LDV A; 2LT4 A; 4EMH A; 1NG2 A; 3JCM X; 1BIB A; 2NUT A; 1BU1 A; 3QG1 A; 5CAI A; 4M7D E; 3C4S A; 1QVF P; 4M77 B; 1WXT A; 3HTR A; 2K9G A; 3I56 Q; 1EX4 A; 2BUD A; 3C12 A; 1BCM A; 1NPR A; 4JLI A; 2RHU A; 2J6O A; 2VAS A; 2RN8 A; 1KJW A; 1PKS A; 3RR6 A; 4E2F B; 2RHY A; 1I1J A; 2PVD B; 1VQM A; 2MCN A; 1BYM A; 1VQ8 Q; 3PMI A; 2F69 A; 3EG2 A; 3JB9 I; 1KD1 U; 2J7I A; 4LN2 A; 4V2S A; 4PKC C; 4OB0 B; 2MF2 A; 4A4K A; 1VQN A; 2EYY A; 1UEB A; 2GF7 A; 4F7U G; 4CC4 B; 4M78 F; 4RTZ A; 1VQK Q; 1X43 A; 4OP0 A; 1KD1 R; 4ZN3 A; 5GAM j; 1WHH A; 4CC2 A; 3I5S A; 2YRC A; 4E7J A; 2QA4 Q; 5GAN 4; 4J83 A; 3CMA Q; 1VQO A; 2V8K A; 3P8H A; 2QGG A; 4N0A A; 3NTH A; 5DY9 A; 3OS0 A; 4KT0 E; 2EVR A; 4LDY A; 1KQ2 A; 4X9C A; 5C6S A; 4BE1 A; 4AFU C; 2RO0 A; 3CCM A; 5KYY A; 3H0I A; 3QYH B; 4XU1 A; 1QVG S; 2MOX A; 1D1B A; 2X3X D; 2X4J A; 1YI2 T; 5GJW B; 4JPB W; 2EJG A; 3UWN A; 1R0B G; 3QDR B; 1UTI A; 3X24 B; 1RAA B; 2RM4 A; 2Z0W A; 2KMT A; 3MEV A; 1RAH B; 3EG3 A; 1YCS B; 8AT1 B; 4IUR A; 5I21 A; 2DYB A; 1MMG A; 2CP6 A; 2LJ3 A; 3CCS A; 1ZLM A; 4M77 F; 3OW2 A; 4PJN A; 1QLY A; 2A08 A; 2EGA A; 4C5H A; 2E41 A; 2ZPB B; 1ACM B; 4X34 A; 1NLP C; 2DJZ A; 2F5T X; 2I2L A; 3JCM J; 4Y92 A; 4KUL A; 4OML A; 3CPW A; 2DFU A; 5A2Q E; 1WQ7 A; 3VS5 A; 1UGS B; 2QG9 B; 1F1B B; 2KK4 A; 5EG2 A; 2A36 A; 2KY9 A; 4IUU A; 5I2S A; 5DLO A; 1B07 A; 3KBG A; 3CCQ A; 2K2M A; 3VYH B; 4L5G A; 2HD0 A; 5CCA A; 2XDP A; 2DO3 A; 2LTO A; 3I35 A; 1VQ4 T; 3M4Y A; 3HHT B; 2E3I A; 2VXE A; 5GAO n; 3MO8 A; 4B9W A; 1Y07 A; 4RG8 A; 1D0Z A; 3OYH A; 2EYQ A; 2B8A A; 2K79 A; 1NEG A; 5IHI A; 3CCE T; 5M9O A; 1RAF B; 3GF5 A; 3G1J A; 3ZL7 C; 2ED0 A; 2X51 A; 1VQ7 Q; 3CPF A; 1PD1 A; 3EHR A; 4KUD K; 4RTV A; 4Q5W A; 3SWN A; 1QVG P; 4J9D A; 1U5S A; 2OTL A; 2NUP A; 4C92 D; 4J9B A; 1AT1 B; 1H3H A; 4PJO C; 4M75 C; 3G4S T; 3GPL A; 3H9N A; 3OYG A; 2QYZ A; 1JJ2 A; 4R55 A; 4XTZ A; 1LPL A; 3CD6 T; 1MV3 A; 2M02 A; 1YJN A; 2QQR A; 1OU8 A; 1LNX A; 4BUG A; 4OGC A; 4PFZ A; 2P0P A; 2V1Q A; 2XI9 A; 2DL7 A; 2QXF A; 3EH1 A; 1PNJ A; 4XTU A; 4LNP A; 1ARK A; 1UE9 A; 2D0N A; 1VQL T; 3MP1 A; 2R5M A; 3RMQ A; 2RQR A; 1IRE B; 3JAM E; 2DIG A; 3G7Z A; 5DM7 R; 2JTM A; 4DQ2 A; 1UUE A; 3EGD A; 1KC8 U; 4MZM A; 5GAN 6; 4M78 G; 3CXC P; 5GJV B; 1B34 A; 2DRK A; 4PFO A; 2CZ7 B; 2P0K A; 2X4W A; 3OYY A; 4C0Z A; 3OA6 A; 4R56 A; 5C0M A; 2G6F X; 2X35 A; 1KC8 R; 2B86 A; 4IKF A; 3G6E A; 4FM4 B; 1HK9 A; 1M1K C; 4M7D B; 2K4Y A; 2M9U A; 3INZ A; 2EFI A; 4C8Q A; 4D6W A; 1RAD B; 2YUO A; 1YJ9 A; 3A8M B; 5CO7 A; 4J6X A; 1YCY A; 3CC4 A; 3V8K A; 2LRQ A; 3JCM e; 1UGV A; 4PJM A; 2V8I A; 1AEY A; 1WXU A; 1NBE B; 3JCM P; 4JRP A; 4EIK A; 3OS1 A; 1YJW A; 1PSE A; 1WJR A; 1OOT A; 4M77 G; 2LX7 A; 1X6B A; 4ME7 A; 1LVK A; 1JB0 E; 2M16 A; 2ZPH B; 4KBM B; 1UGQ B; 1YIJ T; 3PVQ A; 2FEI A; 3REB B; 3DLL A; 4A4E A; 1D0X A; 2RB6 A; 3QWY A; 2EQK A; 1M3C A; 2EGE A; 4F04 B; 3S3O A; 1UEC A; 1H3Z A; 2FPD A; 2DM1 A; 1M90 U; 2DZ9 A; 1VQ5 A; 2DTH A; 4WTO B; 1HXD A; 2CH4 A; 1GRI A; 3M0S A; 2JOY A; 1IZ6 A; 3FDR A; 1Q82 C; 2V8J A; 2VYT A; 2OTJ T; 2BZX A; 4FSX A; 1J3T A; 2FYK A; 3QWX X; 3PMT A; 1M90 R; 4XU2 A; 2GQI A; 1X2Q A; 4C0D B; 2OJ2 A; 1IO6 A; 4E6R A; 4MZT A; 2EYW A; 2EQM A; 1TUD A; 3H0F A; 1Q81 U; 2ZCF B; 2JS2 A; 3ASK A; 2LZ6 B; 4BB7 A; 5GAN 8; 1TXQ A; 4MDW A; 2COZ A; 5FWB A; 4M7A C; 1UJY A; 1Y57 A; 2RHI A; 3PE0 A; 1JXM A; 2BTT A; 1SSH A; 1S72 Q; 1M30 A; 2YWW A; 2O4X A; 3LGF A; 1SKU B; 2DZC A; 1Q81 R; 2DVJ A; 3UT1 A; 3CCJ A; 3CBO A; 4J7I A; 1OV3 A; 1X75 C; 1VQN T; 2GCX A; 3S3M A; 2GGR A; 2CYZ B; 3E19 A; 4MZP A; 1O75 A; 4NS5 A; 3CPW S; 4O5V A; 5KYX B; 2XDD A; 1ZX6 A; 2HL3 A; 2RMO A; 1MGQ A; 4RUG A; 4N0A C; 1VQO T; 1VQP A; 3JCM b; 2KR3 A; 3OYI A; 1YHQ A; 4FL6 A; 1G3Y A; 2HBW A; 3VV0 A; 5GAN g; 4ZGE B; 1K0X A; 4EDU A; 3CCM T; 4JJN K; 4HCZ A; 2ZPI B; 3NTK A; 3OMG A; 4N4G A; 4KH0 B; 4CC3 A; 1BB9 A; 2CZ6 B; 1VQ6 A; 3MET A; 1OEB A; 3LH5 A; 3C0C A; 2KGT A; 4PJO E; 3NGP A; 2DMO A; 2KBT A; 3CC7 A; 4M75 E; 2F1L A; 1PHT A; 2VB6 A; 1Q7Y U; 2ROT A; 1FX7 A; 2YUQ A; 4JRK A; 4P5N A; 1U06 A; 1I5L A; 4HKE A; 2OI3 A; 5GAO l; 5CKD A; 3AT1 B; 2JVV A; 2VKN A; 3OB9 A; 4ELZ C; 1OU9 A; 5DLQ E; 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