The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
GSPGIQVKALYDYDAQTGDELTFKEGDTIIVHQKDPAGWWEGELNGKRGWVPANYVQDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Acanthamoeba castellanii
|
| molecule keywords |
Myosin heavy chain IB
|
| total genus |
13
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KRM A; 5FWB A; 1E6G A; 3QWX X; 4GLM A; 2YUQ A; 1G2B A; 2KR3 A; 1YWP A; 2FO0 A; 2JMA A; 2RQU A; 2DRM A; 2L3S A; 2DL7 A; 2LP5 A; 2O31 A; 3LH5 A; 1PWT A; 3H0F A; 1E7O A; 2YDL A; 1YN8 A; 2CSI A; 4HVV A; 3M0U A; 2BZ8 A; 4AFQ C; 5IHK A; 1SHF A; 2F2V A; 1BU1 A; 3UA7 A; 2IIM A; 1QCF A; 1ARK A; 4F14 A; 1H8K A; 1S1N A; 2D1X A; 4LUE A; 2YT6 A; 2G6F X; 1JU5 C; 2W10 A; 2AK5 A; 4OMQ A; 2W0Z A; 2J7I A; 1W6X A; 1UEC A; 1AWX A; 3VRZ A; 2O9S A; 4D8K A; 1TG0 A; 4J9E A; 4J9G A; 2FRY A; 2GGR A; 2KNB B; 3M0P A; 1WA7 A; 3SEM A; 1GFC A; 3VS4 A; 1BB9 A; 2A28 A; 4R0K A; 1WDX A; 5FW9 A; 4RTU A; 1X6B A; 2ECZ A; 2CT4 A; 1M3C A; 1NEB A; 1PKS A; 2L3Q A; 1H92 A; 1HJD A; 4LN2 A; 3KFV A; 1M30 A; 4CC2 A; 2JM8 A; 1BBZ A; 1WI7 A; 4KRT A; 1Y0M A; 3R6N A; 3IQL A; 1GCQ C; 2D0N A; 2C0O A; 4AG1 C; 2D8J A; 2K79 A; 2JMC A; 1AZE A; 1SHG A; 1J3T A; 1I0C A; 1ZSG A; 2FPF A; 1AWW A; 2DIL A; 3TVT A; 4RTX A; 2EGC A; 1YCS B; 2LNH B; 2KXC A; 1RLP C; 2ROL A; 1X6G A; 2DL3 A; 3SHW A; 4E6R A; 1X69 A; 5IHI A; 5IXF A; 2KRS A; 4OMM A; 3VRY A; 2GQI A; 3M0S A; 1GCP A; 1QKW A; 4AFS C; 2F2X A; 3I5S A; 1K4U S; 4OMO A; 4HCK A; 4JZ4 A; 1Z9Z A; 3ULR B; 3VS3 A; 3PE0 A; 2HBW A; 2O9V A; 4F16 A; 2EGA A; 2CH4 A; 4Z88 A; 4ESR A; 4X1V A; 2LX7 A; 1AVZ C; 1RI9 A; 1UE9 A; 1WYX A; 3TSZ A; 2O2O A; 2DE0 X; 1OV3 A; 1VYU A; 2DA9 A; 1CSK A; 2RN8 A; 2KYB A; 2M0Y A; 2JXB A; 4Y92 A; 5HCK A; 3EG3 A; 3VS0 A; 2GTO A; 2K2M A; 2KEA A; 3C0C A; 4AG2 C; 1ABO A; 2FEI A; 2VWF A; 1KFZ A; 2DYB A; 2I0N A; 4IIM A; 2VKN A; 4AFZ C; 4A63 B; 4Z89 A; 2RQT A; 1B3Q A; 1CKA A; 4LUD A; 4RTT A; 2K9G A; 1JQQ A; 1UG1 A; 2JM9 A; 2ROT A; 2GTJ A; 2J05 A; 4DEX A; 1GCQ A; 2RPN A; 4RTV A; 1NEG A; 2ABL A; 1UHF A; 2YUP A; 2X3X D; 2GBQ A; 3QWY A; 2M51 A; 2A36 A; 1NM7 A; 1HSQ A; 1QWE A; 3UF4 A; 3EG1 A; 1GRI A; 2RMO A; 1MV0 B; 2NWM A; 1NYF A; 2V1Q A; 2DNU A; 5IXB A; 4J9B A; 3REA B; 1ZBJ A; 2LCS A; 1I07 A; 2DL8 A; 2V1R A; 1CKB A; 1M3A A; 2EW3 A; 2JW4 A; 1UUE A; 2EPD A; 2GNC A; 5I22 A; 2FG0 A; 2KRO A; 2QDL A; 1HD3 A; 2MCN A; 2KXD A; 3VS5 A; 2YSQ A; 3VS2 A; 3EGU A; 1SSH A; 1EFN A; 4IIO A; 3EHQ A; 2HDA A; 3VS1 A; 2HEQ A; 1WFW A; 3U23 A; 3EG2 A; 1X2K A; 4CC3 A; 3NMZ C; 1WXB A; 2O88 A; 2XMF A; 2C0T A; 1E6H A; 3NGP A; 2AZS A; 1ZLM A; 2AKK A; 3M0R A; 2DM1 A; 2L0A A; 3EHR A; 3ZL7 C; 1QLY A; 5ECA A; 1M8M A; 1K9A A; 1AEY A; 1U5S A; 3EG0 A; 1MV3 A; 2J6K A; 2ED0 A; 3A98 A; 2X3W D; 1RLQ C; 1KIK A; 1KSW A; 1FMK A; 1OEB A; 4HVW A; 2DVJ A; 2KBT A; 1ABQ A; 1VYT A; 3VS6 A; 1A0N B; 2ENM A; 4RTW A; 4JJB A; 4HVU A; 4LNP A; 2KE9 A; 1Y57 A; 1AD5 A; 4FSS A; 2RQV A; 1M27 C; 2LJ3 A; 1U06 A; 1WX6 A; 2LMJ A; 1H3H A; 3THK A; 1T3S A; 4DEY A; 2OI3 A; 4RTZ A; 4ZNX A; 1GFD A; 3NHN A; 2CUB A; 1JO8 A; 1K76 A; 4WCI A; 1SEM A; 1GBR A; 1GBQ A; 2CDT A; 2KT1 A; 2DL5 A; 2SRC A; 2YUO A; 3TSW A; 4AFU C; 5FWC A; 3M0T A; 2FPE A; 2SEM A; 2RQW A; 4JPB W; 4QT7 A; 1PRM C; 1WXT A; 3FJ5 A; 1NYG A; 1K1Z A; 2PZ1 A; 2MIO A; 2DBM A; 1IO6 A; 4OMP A; 3GBQ A; 3CQT A; 4J9C A; 4LE9 A; 4OMN A; 2DMO A; 1PRL C; 2DRK A; 2OJ2 A; 2VVK A; 3M0Q A; 4Z8A A; 2LZ6 B; 1UFF A; 1XOV A; 2AZV A; 2EYY A; 3RNJ A; 5I11 A; 1W70 A; 4CC4 B; 2DBK A; 2RNA A; 2CT3 A; 1OPK A; 2YUN A; 2JTE A; 3I5R A; 2DX1 A; 2B86 A; 1VA7 A; 5GJV B; 2HSP A; 2BZX A; 3JV3 A; 1UJY A; 2JT4 A; 1X27 A; 1T3L A; 1JXO A; 2LJ1 A; 3UAT A; 1AWJ A; 2A37 A; 4JZ3 A; 3PVQ A; 2JS2 A; 1UTI A; 1NLP C; 1MUZ A; 2KYM A; 1AOJ A; 2RF0 A; 5GJW B; 3NPF A; 2OAW A; 2DL4 A; 1OPL A; 2MOX A; 2RQR A; 4CC7 A; 2AKL A; 3O5Z A; 4D8D A; 1NLO C; 1FYN A; 2FPD A; 1UJ0 A; 2ESW A; 1K0X A; 1X2Q A; 1T0H A; 4F17 A; 1YP5 A; 2DLP A; 2HCK A; 1WIE A; 1PNJ A; 1K0S A; 2CSQ A; 2KRN A; 4ORZ A; 1AZG B; 1UGV A; 1B07 A; 2H8H A; 1PKT A; 2BTT A; 4HXJ A; 1ZUU A; 2DJQ A; 1PHT A; 2ED1 A; 2EGE A; 2J06 A; 3I9Q A; 1G83 A; 2LQN A; 2J6F A; 4JJD A; 1AWO A; 2PTK A; 3REB B; 2EYW A; 2EBP A; 3H0H A; 2J6O A; 4J9F A; 4K11 A; 1ZX6 A; 4JJC A; 1JXM A; 2A08 A; 2C0I A; 2CRE A; 1ZUY A; 2E5K A; 2D8H A; 1SRM A; 4M4Z A; 4RUG A; 1SRL A; 1W1F A; 1SPK A; 1RUW A; 2P4R A; 1GL5 A; 1ZUK A; 3UA6 A; 2F2W A; 3RBB B; 1QKX A; 3H0I A; 3PVL A; 1NG2 A; 1VYV A; 2EKH A; 4J9D A; 4RTY A; 2K7A A; 2L2P A; 1Z9Q A; 2EQI A; 1OOT A; 1QWF A; 4OML A; 2EYZ A; 1UDL A; 2NUZ A; 2FRW A; 2BZY A; 1TUC A; 2L3P A; 1X43 A; 2KGT A; 4J9H A; 2PNI A; 1I1J A; 2EVR A; 4J9I A; 2EYX A; 5IHN A; 1YWO A; 5IH2 A; 1UHC A; 1TUD A; 2K3B A; 1WXU A; 5EC7 A; 1JEG A; 1YNZ A; 3I35 A; 4EIK A; 1V1C A; 3H41 A; 1U3O A; 4GBQ A; 2LJ0 A; 2KT8 A; 2DF6 A; 1KJW A; 1N5Z A; 1BK2 A; 1M3B A; 1LCK A; 1T0J A; 3VS7 A; 2JS0 A; 5L23 A; 2CUD A; 2LQW A; 2K6D A; 1WLP B; 2CH4 W; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KYU B; 3QWX X; 3QYH B; 5KYW B; 2LDM A; 3DLL A; 3R6O A; 3E9G A; 1C1A A; 1M90 U; 5GAN 8; 4M7A E; 5KCO A; 2DL7 A; 1TTH B; 2LP5 A; 3J7A F; 4IUR A; 1Q86 C; 3H0F A; 4F7U B; 3GNG A; 3JCM Q; 4HVV A; 1G3T A; 2BZ8 A; 2RHU A; 2JZ2 A; 2KDS A; 5IHK A; 4EMH A; 3UA7 A; 2NUT B; 3A5Z B; 3S6W A; 1JRI A; 4F14 A; 2A7Y A; 1H8K A; 4RKU E; 5I2M A; 1S1N A; 4M77 G; 1M90 R; 2YT6 A; 5KYY B; 2ZAE A; 4OMQ A; 2W0Z A; 5A0G A; 2J7I A; 4ATO A; 1AWX A; 2GQV A; 4XAX B; 3CMA T; 5GAM e; 3UPU A; 3CCM T; 1KD1 U; 4E2F B; 3CC2 T; 3QII A; 1X01 A; 1JJ2 P; 3OYF A; 3G7Z A; 1YJW A; 2IPO B; 2X4Y A; 3WXM B; 4R0K A; 3X26 B; 4RTU A; 1X6B A; 1NEB A; 1H92 A; 1VIF A; 2X51 A; 1HJD A; 1R0C B; 3KFV A; 1VQ9 T; 4XU3 A; 4E7Z A; 3MP1 A; 4IUU A; 1QQJ A; 5FU6 B; 1Y0M A; 2D0N A; 2C0O A; 2D8J A; 5FLX E; 4E7S A; 2JMC A; 1AZE A; 3CCS A; 3OYK A; 3J80 E; 1VQP A; 2JTF A; 2FPF A; 4QQG A; 3MHX A; 4OF1 A; 4C92 B; 2COW A; 4OB1 B; 1X6G A; 4C92 D; 1X69 A; 4OMM A; 1Y07 A; 2GQI A; 1KQ2 A; 2DXT A; 1QKW A; 3SB2 A; 4OB2 B; 1RAB B; 5LJ5 f; 2K5I A; 2QYZ A; 1IXD A; 4JZ4 A; 4BI3 A; 1O75 A; 4DOV A; 3VS3 A; 3PE0 A; 2EGA A; 2HSE B; 4Z88 A; 4X1V A; 3RKY A; 3DLM A; 2GFA A; 4ZN1 A; 1YIJ A; 2YHT A; 2HL5 C; 3TSZ A; 1OV3 A; 2M0O A; 5I21 A; 2LT1 A; 1WJR A; 2DA9 A; 2EQM A; 2M0Y A; 1TSF A; 2DJZ A; 4N4G A; 4Y92 A; 4GLK A; 1UEB A; 1PSE A; 4JLG A; 3VYG A; 4A53 A; 2GTO A; 2M1H A; 1ABO A; 1VQL Q; 1OU8 A; 2COZ A; 1LPL A; 4IIM A; 2IG0 A; 2X4X A; 4IUT A; 1CKA A; 2K9G A; 2ROT A; 4DEX A; 1XQH A; 2RPN A; 2NYS A; 1NEG A; 1UHF A; 5GMK j; 2M16 A; 4JRQ A; 4DBQ A; 3GLX A; 4M78 B; 3CBP A; 2G3R A; 4M75 G; 3UF4 A; 4C8Q G; 3VU3 C; 1OX9 A; 4M78 D; 1GRI A; 1YI2 T; 1VQN A; 3CCV A; 2KSS A; 3ZFJ A; 3TCJ A; 3QHS A; 1MNE A; 4OMF B; 2HBP A; 2DNU A; 1Q82 C; 2LCS A; 3CCU T; 1I07 A; 3OA6 A; 4PJO D; 2V1R A; 1CKB A; 3CCE T; 3EGD A; 2EW3 A; 1QCN A; 4JRK A; 4PL6 A; 2GNC A; 1M9S A; 5I22 A; 3CCR Q; 1YJ9 A; 1SG5 A; 4LDY A; 2KRO A; 4JJN K; 3OYG A; 1BI2 A; 2QDL A; 1HD3 A; 4XTW A; 4PNO A; 2YSQ A; 1I8F A; 2YXY A; 1BIA A; 1JB0 E; 1VQM A; 4IIO A; 1TH7 A; 2HEQ A; 3D7S B; 3BDL A; 5IAY A; 4CC3 A; 1WXB A; 4A4G A; 5CK9 A; 1PSF A; 3NGP A; 3OMC A; 2QAZ A; 4XTY A; 1TUG B; 1ZLM A; 2K3X A; 3M0R A; 3NTK A; 4PFO A; 4M7A D; 3MEV A; 4R56 A; 2Y4X A; 1IRE B; 2KI7 A; 3EHR A; 3GIB A; 1M8M A; 3EG0 A; 3EFO A; 2R5A A; 3S3M A; 3A98 A; 2X3W D; 1RLQ C; 4EMK B; 4M75 A; 4C8Q A; 2LQK A; 4LDX A; 4WTO B; 2L3R A; 1UGS B; 3FIF A; 2L5Q A; 5DY9 A; 4E7L A; 1C0M A; 4KH0 B; 2RJF A; 2DTH A; 3J81 E; 4DA4 A; 4C0Z A; 3G4S T; 1ZA2 B; 2DK3 A; 2ENM A; 4E47 A; 5GMK l; 2LTO A; 3BY7 A; 1Y57 A; 4LNP A; 4FSS A; 1IB8 A; 1MGQ A; 2RQV A; 1YJN A; 2RHY A; 1YIT A; 2KAF A; 3HTR A; 3NHN A; 2DD4 A; 1G3W A; 2KT1 A; 2CDT A; 1B34 A; 1WHL A; 1QP3 A; 4AMC A; 3TSW A; 3MET A; 5KYU A; 1M5Q 1; 1YJW Q; 4HCB A; 5KYW A; 5CCA A; 4BD3 A; 4QT7 A; 1PRM C; 3FJ5 A; 1K1Z A; 5D6W A; 3TU4 K; 4M75 C; 4C8Q C; 3A8G B; 5FRN A; 4F7U A; 4A54 A; 3MO8 A; 2LX9 A; 1WHH A; 4BDZ A; 3LGF A; 4OMN A; 3CCL Q; 2OJ2 A; 3QBY A; 2A3L A; 2NUT A; 1UFF A; 2EYY A; 3RNJ A; 4CC4 B; 1VQ5 A; 4O6J A; 3M9Q A; 4C5I A; 4V2S A; 2PVG B; 4JDS A; 4QQD A; 2FVU A; 4PJO F; 3PIP A; 2HSP A; 3BW1 A; 2JT4 A; 1VQP Q; 3SWN C; 1JXO A; 3GOX A; 1ZA1 B; 2FZC B; 5KH6 A; 4MDW A; 4UC4 A; 2ZZD A; 2VV5 A; 2KYM A; 5GJW B; 4Q5W A; 2OAW A; 1IRX A; 1OPL A; 2RQR A; 4KH1 B; 2AKL A; 4N4H A; 3KBG A; 1X2Q A; 1IGU A; 5LJ3 g; 2BKD N; 1K8A U; 1PNJ A; 4ORZ A; 2ZPE B; 5GAN j; 1B07 A; 3I55 Q; 1MND A; 3HFN A; 3CC7 Q; 1PC0 A; 2BTT A; 1F1B B; 4HXJ A; 1ZUU A; 5GMK m; 4M7A F; 4JRI A; 2K57 A; 1TWB A; 1G83 A; 4JJD A; 1AWO A; 1K8A R; 2RB6 A; 3REB B; 1WPY A; 4ZTJ A; 1YJW T; 1K73 R; 4C92 A; 2GCX A; 2HMA A; 4QQ6 A; 2KMT A; 3H0H A; 4J9F A; 1JXM A; 2DZC A; 4M7D G; 3OSV A; 1ZUY A; 3OYM A; 5CKB A; 5CIU A; 3L1A A; 1XTD A; 1W1F A; 1YFN A; 3FDR A; 4XU1 A; 3G6E Q; 2XU8 A; 3M59 A; 1I4K 1; 3UA6 A; 2F2W A; 3RBB B; 4PFZ A; 4F7U E; 3L2W A; 4FYX B; 2EKH A; 2XD0 A; 4C0G A; 2WAC A; 1Z9Q A; 3CCS T; 2HKN A; 1NZ9 A; 3CBO A; 1MHN A; 1D0Z A; 3C4S A; 4M77 B; 1VQP T; 3EFS A; 1VUB A; 1UDL A; 4FU6 A; 1TUC A; 3LYI A; 3QYG B; 1X43 A; 3DB3 A; 5FU6 C; 2PNI A; 4KUI A; 4KT0 E; 4L59 A; 5A0L A; 5IHN A; 1QVF A; 3A8L B; 5GAO p; 5EC7 A; 1JEG A; 4XTU A; 4PJL A; 4HT8 A; 3I35 A; 2MYS A; 1M1G A; 3H41 A; 5KE3 A; 2LJ0 A; 2DF6 A; 3QSU A; 1YIJ T; 2JJ9 A; 2K6D A; 4TVR A; 1VQ4 Q; 1E6G A; 4GLM A; 1G2B A; 4QVD A; 3RER A; 2JNG A; 2KR3 A; 5GAN g; 2RQU A; 3MEW A; 4M7D A; 2RM4 A; 2Y90 A; 2QXF A; 1PWT A; 2YDL A; 4KUD K; 4C92 E; 2E5Q A; 2FHD A; 2ZPF B; 1Q81 U; 2F2V A; 1BU1 A; 2H3J A; 1DJ7 B; 2H3E B; 4PJM A; 2D1X A; 4LUE A; 5LJ3 e; 1JU5 C; 1P92 A; 2W10 A; 5D7U A; 1W6X A; 1LJO A; 3JCM P; 2DIQ A; 3OYB A; 4D8K A; 4FSX A; 5I2S A; 5GMK h; 1TG0 A; 4J9E A; 1VQL A; 1V29 B; 1VQN T; 3CCV T; 5C0M A; 2ZPG B; 3CBM A; 2GGR A; 1K9M R; 1WA7 A; 1BB9 A; 2A28 A; 1WDX A; 3RMQ A; 2ECZ A; 3C94 A; 2CT4 A; 2L3Q A; 1PKS A; 1Y71 A; 3EGX B; 4OGC A; 1FX7 A; 4CC2 A; 1VQO Q; 1YJ9 T; 1BBZ A; 1G3S A; 4M7D C; 1WI7 A; 4KRT A; 1NE8 A; 1VQM T; 2D0Q B; 4EMK A; 1J3T A; 5KYN A; 2P84 A; 4FT2 A; 3GF5 A; 3CME Q; 3AHU A; 4X34 A; 1FWZ A; 1M90 C; 4RTX A; 1BI3 A; 5GAN 4; 2XK0 A; 2F5T X; 2QGF B; 2KXC A; 3CCR A; 1X75 C; 2ROL A; 3EFO B; 2DL3 A; 3QZ9 B; 3H9N A; 4M78 E; 5IXF A; 4M75 B; 1QVF P; 2KRS A; 4C8Q B; 3ZEH A; 3M0S A; 4AFS C; 4M75 D; 2F2X A; 3CC4 Q; 4C8Q D; 3RR6 A; 1K4U S; 5GAM f; 2PVD B; 4NS5 A; 2P0P A; 1BKB A; 2MWO A; 2O9V A; 3QO3 A; 3QJ6 A; 2CH4 A; 2XI9 A; 1WYX A; 2OX7 A; 3SWN B; 1KD1 C; 2O2O A; 3JCM X; 2DE0 X; 1KK7 A; 2RN8 A; 2JXB A; 3RKX A; 1S72 A; 1XNI A; 4PLL A; 1YJN T; 5DLQ E; 4HCC A; 3VS0 A; 2KEA A; 2HZY A; 1YIT T; 4DBH A; 4FM4 B; 2VXF A; 3JB9 H; 3NTH A; 3EG9 A; 3JRZ A; 1KFZ A; 1OZ3 A; 4B9X A; 4J83 A; 2I0N A; 2VB6 A; 4DBR A; 1B3Q A; 4LUD A; 4RTT A; 3VYH B; 1UG1 A; 2JM9 A; 2CZ7 B; 5GAO r; 3G71 A; 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