The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
GSPGIQVKALYDYDAQTGDELTFKEGDTIIVHQKDPAGWWEGELNGKRGWVPANYVQDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
rcsb |
| molecule keywords |
Myosin heavy chain IB
|
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Acanthamoeba castellanii
|
| total genus |
13
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RQW A; 2KBT A; 1TUC A; 2YUO A; 2HCK A; 1UJ0 A; 2O9V A; 1AWW A; 2ABL A; 2BZX A; 2X3W D; 2EYX A; 1UE9 A; 2DL5 A; 1U06 A; 2KGT A; 4CC3 A; 2RPN A; 4RTU A; 3ULR B; 1E7O A; 1UG1 A; 2D0N A; 2ED0 A; 3M0R A; 2DL4 A; 2ESW A; 1AWO A; 2ED1 A; 1OPL A; 2DMO A; 4X1V A; 3ZL7 C; 2EBP A; 1Y0M A; 1ZLM A; 3R6N A; 1S1N A; 2ENM A; 2YDL A; 1T0J A; 1AVZ C; 1JXO A; 2X3X D; 5I22 A; 4CC7 A; 2F2X A; 2AZS A; 3GBQ A; 4AG2 C; 1WYX A; 1SHF A; 2DLP A; 5ECA A; 3RNJ A; 3VRZ A; 1UHF A; 2DIL A; 2PZ1 A; 4OMN A; 4D8D A; 2GQI A; 4D8K A; 1UDL A; 1YCS B; 1ZUK A; 2HDA A; 2L0A A; 2EQI A; 2CUB A; 1T3S A; 3EG2 A; 1M3A A; 1UJY A; 2DJQ A; 4LE9 A; 1WXU A; 2EGE A; 1CSK A; 2J6K A; 1H92 A; 1SHG A; 1B07 A; 2YT6 A; 1GCQ C; 3I9Q A; 3EG3 A; 2MCN A; 1EFN A; 4OMM A; 3VS3 A; 1AWX A; 1SEM A; 1JO8 A; 4DEX A; 1NYG A; 1ZBJ A; 1AZE A; 1AD5 A; 2CDT A; 2FPE A; 4HCK A; 2KNB B; 4E6R A; 1KIK A; 1T0H A; 4RTW A; 3PVL A; 3EG1 A; 5L23 A; 2JM8 A; 2DM1 A; 2V1R A; 3VS2 A; 2W10 A; 1WFW A; 2RQT A; 1LCK A; 1PHT A; 1MV3 A; 1JQQ A; 2DBM A; 4CC2 A; 2KRS A; 2YUQ A; 4JZ3 A; 2F2W A; 1H8K A; 5IXB A; 2CT4 A; 2HSP A; 3M0S A; 3NPF A; 2D8H A; 1VYU A; 5HCK A; 1GFC A; 1QWE A; 4RTZ A; 1JXM A; 2JW4 A; 1X2Q A; 1U3O A; 4AFQ C; 2RQR A; 2JTE A; 1N5Z A; 3QWY A; 1M3C A; 2RQU A; 4Y92 A; 2VWF A; 4R0K A; 1ZUY A; 2EYZ A; 2CH4 W; 2CH4 A; 1QWF A; 4AFZ C; 2L3S A; 1NYF A; 1WIE A; 4GBQ A; 3EHQ A; 3H0H A; 5IXF A; 1TG0 A; 2I0N A; 2K79 A; 1BBZ A; 1QKX A; 4M4Z A; 1SRL A; 4JJD A; 1NM7 A; 2RMO A; 3KFV A; 3RBB B; 2AKK A; 3TSZ A; 2M0Y A; 4OMO A; 1PNJ A; 4LN2 A; 2BTT A; 2KYB A; 2RF0 A; 1GBR A; 1GBQ A; 2J06 A; 2PTK A; 2AZV A; 3NHN A; 3UF4 A; 2LNH B; 2LCS A; 1MUZ A; 1NLP C; 2GTJ A; 2CSQ A; 3VS4 A; 1H3H A; 2KT1 A; 2EKH A; 3O5Z A; 3I5S A; 2JMA A; 1B3Q A; 1ZX6 A; 4HVU A; 1G83 A; 1OPK A; 4OML A; 1K76 A; 1NEB A; 3UAT A; 1T3L A; 4EIK A; 2RNA A; 2C0O A; 3CQT A; 2DRK A; 1PKT A; 1AOJ A; 1X43 A; 1GCP A; 2CUD A; 2H8H A; 2LJ3 A; 1X6B A; 3EG0 A; 1MV0 B; 2OAW A; 2GGR A; 3JV3 A; 2NUZ A; 2O31 A; 2XMF A; 1KJW A; 2DNU A; 1TUD A; 2VKN A; 4AFU C; 1M27 C; 3M0T A; 4QT7 A; 1FMK A; 3REB B; 2KYM A; 4F14 A; 2DE0 X; 2EYY A; 2SEM A; 4WCI A; 1ABO A; 2BZY A; 2DL8 A; 2KT8 A; 3PVQ A; 2LZ6 B; 2KRO A; 4Z8A A; 1K0S A; 5IHI A; 3VS5 A; 1NG2 A; 1NEG A; 4RTV A; 2YUP A; 1NLO C; 2J6F A; 4Z88 A; 3H41 A; 2F2V A; 3H0I A; 1OV3 A; 2KR3 A; 4DEY A; 1RLQ C; 3VS7 A; 2E5K A; 4JJB A; 1AEY A; 4ESR A; 4F17 A; 2OI3 A; 2P4R A; 2OJ2 A; 3H0F A; 3M0Q A; 1SRM A; 1K0X A; 1BK2 A; 1E6H A; 1RI9 A; 2L2P A; 4LUD A; 1IO6 A; 4J9G A; 4AG1 C; 2LJ1 A; 2FEI A; 1YN8 A; 4K11 A; 2NWM A; 2KRN A; 2LQN A; 4RUG A; 4JJC A; 1WLP B; 2JS2 A; 2DL3 A; 1RUW A; 2KXD A; 4J9H A; 2LQW A; 4RTX A; 2LX7 A; 4J9D A; 2JT4 A; 3IQL A; 2A36 A; 2MOX A; 3EGU A; 2O2O A; 3UA7 A; 4IIM A; 1ZUU A; 2A08 A; 1Z9Z A; 1PRM C; 5GJV B; 1JEG A; 2KXC A; 1YWP A; 3QWX X; 2DL7 A; 2K2M A; 1XOV A; 4J9I A; 1PWT A; 1I0C A; 2LMJ A; 2MIO A; 1I1J A; 1QKW A; 1ARK A; 1WA7 A; 2KRM A; 2RN8 A; 1VA7 A; 1YWO A; 2JMC A; 1UEC A; 2QDL A; 1HD3 A; 3NGP A; 2DA9 A; 2EPD A; 2J05 A; 2DF6 A; 1AWJ A; 1G2B A; 2K6D A; 1UTI A; 5IH2 A; 1UGV A; 2AKL A; 2K9G A; 2FPD A; 1SSH A; 1ABQ A; 1QLY A; 3PE0 A; 2GNC A; 2JM9 A; 2FG0 A; 1SPK A; 2HEQ A; 3EHR A; 2GBQ A; 4JZ4 A; 1K1Z A; 2AK5 A; 3THK A; 3VS6 A; 2D8J A; 2FRY A; 1M8M A; 4HVW A; 4IIO A; 4ZNX A; 1V1C A; 5FWB A; 1Z9Q A; 1QCF A; 2V1Q A; 1AZG B; 4FSS A; 1UFF A; 3SEM A; 1ZSG A; 2B86 A; 2DYB A; 4HVV A; 1JU5 C; 1BU1 A; 1WI7 A; 1UHC A; 1X6G A; 2ECZ A; 2RQV A; 1GFD A; 1M30 A; 4AFS C; 1KSW A; 2A37 A; 3UA6 A; 4KRT A; 1UUE A; 4F16 A; 2JXB A; 2EGA A; 2DX1 A; 2GTO A; 4OMP A; 4Z89 A; 1GCQ A; 4J9F A; 4HXJ A; 2M51 A; 3TVT A; 1VYV A; 2CT3 A; 2PNI A; 2VVK A; 1U5S A; 2KEA A; 1K4U S; 4LUE A; 2J6O A; 2DVJ A; 1GRI A; 1WX6 A; 2IIM A; 2K3B A; 1X2K A; 4GLM A; 5IHN A; 3SHW A; 1HSQ A; 2C0I A; 2CRE A; 2ROL A; 2EW3 A; 2HBW A; 4LNP A; 1Y57 A; 2SRC A; 4J9C A; 1W70 A; 2A28 A; 2O9S A; 1WXB A; 3I5R A; 2YUN A; 4A63 B; 1M3B A; 3M0P A; 2CSI A; 1OEB A; 2DBK A; 4RTY A; 2EYW A; 2FO0 A; 2JS0 A; 5EC7 A; 1PRL C; 4J9B A; 3REA B; 2LJ0 A; 2J7I A; 2G6F X; 1X27 A; 2FRW A; 1W6X A; 1WDX A; 1OOT A; 2LP5 A; 1FYN A; 1X69 A; 5FW9 A; 1VYT A; 1J3T A; 1HJD A; 2W0Z A; 1YP5 A; 2K7A A; 3I35 A; 2DRM A; 4RTT A; 1E6G A; 3U23 A; 2KE9 A; 2EGC A; 4CC4 B; 1RLP C; 2EVR A; 5GJW B; 5IHK A; 3M0U A; 4OMQ A; 1WXT A; 4JPB W; 1A0N B; 3A98 A; 2L3P A; 2BZ8 A; 1PKS A; 1I07 A; 1YNZ A; 1GL5 A; 2D1X A; 3TSW A; 2YSQ A; 1W1F A; 4ORZ A; 3VS1 A; 4J9E A; 1CKB A; 5FWC A; 1BB9 A; 1KFZ A; 2ROT A; 2L3Q A; 2FPF A; 1CKA A; 3VRY A; 3C0C A; 3NMZ C; 3LH5 A; 2O88 A; 3FJ5 A; 5I11 A; 2C0T A; 1K9A A; 3VS0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PL6 A; 3LW5 E; 2GCX A; 2O9V A; 1AWW A; 1QCN A; 5CQY A; 3RES A; 2X3W D; 5LJ3 h; 1UE9 A; 1M5Q 1; 2KGT A; 2OTJ A; 5LJ3 j; 4RTU A; 1YIT T; 4J7F A; 5I2S A; 1UG1 A; 3CCU T; 1WZO A; 3CC2 T; 5KYU B; 1NJI R; 2HQX A; 3M55 A; 1S1N A; 5CKD A; 1JJ2 P; 1K73 R; 1F1B B; 4M75 C; 2A0F B; 5I22 A; 4CC7 A; 2F2X A; 3GBQ A; 1QVG A; 2MF2 A; 4D8K A; 3HRT A; 4F7U F; 1UDL A; 2VGN A; 1T3S A; 2JUF A; 2EAY A; 3JRZ A; 3CCR Q; 2DJQ A; 3CC4 T; 1WXU A; 1D0Z A; 2J6K A; 2RM4 A; 2DK3 A; 1S72 T; 2K5I A; 3CCJ T; 4DEX A; 3EFS A; 2RH2 A; 3MP1 A; 4C8Q D; 3OS1 A; 3BW1 A; 2HL3 A; 3HFN A; 4C0D B; 4E6R A; 2F69 A; 1K8A C; 2MAM A; 5LJ5 f; 4OB3 B; 1T0H A; 3PVL A; 5L23 A; 1PG5 B; 1RAE B; 1OYX A; 3PTA A; 5GMK i; 1RAC B; 2RQT A; 2WAC A; 3CPW P; 5GAM h; 1JQQ A; 1JBM A; 2CP6 A; 5GAM j; 4MDW A; 4F7U B; 5J39 A; 4OGC A; 4PJO D; 1GFC A; 4HA8 A; 4RTZ A; 2M9U A; 4QQD A; 2HNI A; 1X2Q A; 1U3O A; 4AFQ C; 1NJI U; 4R0K A; 1K73 U; 2HL5 C; 3CME A; 2BE9 B; 2NUT A; 1NYF A; 3H0H A; 1TG0 A; 4KH1 B; 3RER A; 1MMN A; 1SRL A; 3JCM X; 3KFV A; 1SSF A; 3QYH B; 3RBB B; 2QA4 T; 3RIR A; 1TTH B; 1X75 C; 4A53 A; 1ZA1 B; 3OYF A; 1BYM A; 1VQK T; 2CYZ B; 3JCM d; 2GTJ A; 2JTF A; 2CSQ A; 3E1S A; 4EMH A; 2KT1 A; 4BB7 A; 3O5Z A; 1VQ9 Q; 2HBP A; 5C0M A; 5CK9 A; 4M7A A; 1D1A A; 2VC8 A; 2QXF A; 3BDL A; 3EFO B; 2HQH A; 1YBY A; 3M53 A; 3CCL A; 3MEU A; 4Z02 A; 3FJP A; 4DBQ A; 1X6B A; 3EG0 A; 3EG9 A; 2GGR A; 4ZN3 A; 4PJJ A; 3DLL A; 2O31 A; 2XMF A; 2JN0 A; 1UGR B; 5GAN f; 1YIJ T; 5LJ3 e; 2HZY A; 4AFU C; 3JB9 I; 3KUF A; 5HK3 A; 4F14 A; 2DE0 X; 1XNI A; 2EYY A; 5A0D A; 5A2Q E; 3OYH A; 5IN1 A; 4LD6 A; 2L5Q A; 2KT8 A; 5HY6 A; 2RHX A; 4RG2 A; 4Z8A A; 3VKI A; 3NFC A; 1BCO A; 2WSE E; 5DLO A; 4IUT A; 1NG2 A; 4Z88 A; 2J6F A; 2DZ9 A; 1TUG B; 2RK2 A; 1V76 A; 1OV3 A; 1RLQ C; 1WQW A; 2V8K A; 2E5K A; 5KCO A; 4ESR A; 1WQ7 A; 2P4R A; 4IUV A; 1YCY A; 3QZ5 B; 1K0X A; 1I5L A; 2HSE B; 4CI0 C; 2YLB A; 3TQ7 P; 3CCR A; 1YN8 A; 4M7D G; 1BKB A; 2LQN A; 4JLI A; 3EGD B; 4AT1 B; 5FU6 B; 4J9D A; 4ZN1 A; 1UGQ B; 2DO3 A; 4DQ2 A; 5GMK h; 1VOM A; 5GMK j; 3EGU A; 2O2O A; 3UA7 A; 4C8Q B; 2ZPG B; 1ZUU A; 4M77 G; 3CCM Q; 1OZ3 A; 5GJV B; 1JEG A; 2COW A; 4DBR A; 4P5N A; 1VQP T; 3L2Z A; 1WHK A; 3L2V A; 2K2M A; 4J9I A; 1PWT A; 3JCM b; 5GAM e; 2X9H A; 2XU8 A; 2E5Q A; 1WA7 A; 1VQL Q; 3CD6 Q; 5KYY B; 1MMD A; 4JLG A; 1QVF P; 1ZQ1 A; 3JB9 H; 3C4S A; 1HD3 A; 4B6M A; 1AT1 B; 2DA9 A; 4IUP A; 2EPD A; 1WJQ A; 2Y90 A; 3G6E T; 4A4G A; 2DF6 A; 4C92 A; 2CZ6 B; 1G2B A; 1YJW T; 1PCX A; 4AMC A; 2AIR B; 3CCV T; 3G4S Q; 1KQS P; 2XG8 D; 4MZP A; 1ABQ A; 3QSU A; 1QLY A; 4BI8 B; 1I8F A; 2XK0 A; 4JZ4 A; 1LPL A; 3MCA B; 2KSS A; 2FRY A; 3E9F A; 4OGE A; 3JCM W; 1V1C A; 3PIP A; 1QCF A; 3MHX A; 4M75 A; 1AZG B; 2L89 A; 3HHT B; 1Y96 B; 1IGU A; 4HVV A; 1U8R A; 5GAN 2; 3S6W A; 4ZTJ A; 2LRQ A; 1GFD A; 1SG5 A; 2M0O A; 2EQM A; 3CXC S; 4A4H A; 4KRT A; 2HKN A; 3H6Z A; 2EGA A; 3VUZ A; 3OMC A; 2GTO A; 2WSF E; 4J9F A; 4HXJ A; 3JCM h; 2M51 A; 1N6A A; 1VQ9 A; 4LUE A; 2QQA A; 2DVJ A; 2GQV A; 1GRI A; 3MET A; 4X34 A; 4II1 A; 3E9G A; 1UGS B; 3NTH A; 1KK7 A; 2RD1 A; 1R77 A; 3SHW A; 4BI3 A; 2CRE A; 4DA4 A; 3MEW A; 2EW3 A; 4HCC A; 1K9M R; 3F70 A; 4LNP A; 1HXD A; 3GP8 A; 1NPR A; 2SRC A; 4C5E A; 1W70 A; 2O9S A; 4M77 D; 1MMA A; 2ZZD A; 5J3B A; 1VQM T; 2YUN A; 4PFP A; 4A63 B; 5FU7 B; 4M75 E; 4KGV B; 2FO0 A; 4EMK A; 3JCM c; 2V8J A; 1AHJ B; 5EC7 A; 3CC7 A; 1TOV A; 3A8O B; 2G6F X; 3CMA Q; 1W6X A; 4M78 G; 2QGG A; 3I56 Q; 1LNX A; 2DER A; 5FW9 A; 4C8Q C; 4OB1 B; 4B9W A; 3V7S A; 2OTL Q; 3GOX A; 4E47 A; 2DJZ A; 1B34 A; 5D6X A; 2F5K A; 5LJ3 d; 4XTU A; 2EVR A; 2Y4X A; 1FMV A; 4OMQ A; 1KD1 C; 1A0N B; 3A98 A; 2R5A A; 3OYE A; 2L3P A; 2M02 A; 3J7A F; 5HKC A; 3JSC A; 4QVZ A; 1PKS A; 2D1X A; 2YSQ A; 4ORZ A; 3VS1 A; 3CCE Q; 4PJO C; 1UEB A; 8ATC B; 1KFZ A; 3JCM g; 2RI3 A; 2LT4 A; 4E7I A; 5GMK e; 1OU9 A; 2L3Q A; 2VAS A; 3R6O A; 1CKA A; 2OX7 A; 3OQ5 A; 4LDU A; 1KQ1 A; 4NL3 A; 1VQN Q; 3EH1 A; 5GAN 3; 1K9A A; 2LTO A; 9ATC B; 1TUC A; 3X28 B; 3CCM A; 4JRK A; 5KYU A; 1IGQ A; 3M57 A; 4FT2 A; 1VQ7 T; 4DBH A; 3GF5 A; 3ZBD A; 2EYX A; 2IPO B; 2DL5 A; 1U06 A; 1VQL A; 3CD6 A; 3ULR B; 2QAZ A; 3QDF A; 4OB0 B; 1E7O A; 3DKM A; 2ED0 A; 4KH0 B; 3M0R A; 1D1C A; 2ESW A; 4LDY A; 5KYX B; 1OPL A; 4JUV A; 2DMO A; 4X1V A; 2LCC A; 3CC2 Q; 2D0Q B; 1LVK A; 1M9S A; 3OW2 S; 2A3L A; 5KE2 A; 1UGP B; 3G4S A; 1T0J A; 1W2B A; 4M7D F; 1AVZ C; 5GAO l; 5GAM d; 1WYX A; 2DLP A; 1QP2 A; 3RNJ A; 1Q81 R; 1UHF A; 4A4E A; 3G71 Q; 2GQI A; 1YCS B; 1R0B G; 2CUB A; 2QEX T; 4N0A C; 1M3A A; 1VQ4 T; 3CC4 Q; 2L8D A; 3NTK A; 1YJ9 A; 1SHG A; 4OMM A; 1JO8 A; 4F7U A; 2X35 A; 1S72 Q; 2FZK B; 3GLX A; 4XK8 E; 1ZBJ A; 3M5A A; 3JCM e; 4MZT A; 4PNO A; 4HCK A; 2DAQ A; 2KY9 A; 3OYJ A; 3JB9 F; 5CKH A; 1YHQ Q; 1WHG A; 4HT8 A; 2ZPI B; 1YI2 T; 1I81 A; 1WFW A; 5CKF A; 4M7D B; 1O9S A; 1X6O A; 2DBM A; 5CAI A; 5GAN 5; 2YUQ A; 4JZ3 A; 5KE3 A; 1H8K A; 3S3N A; 2CT4 A; 3L2Q A; 2HSP A; 3NPF A; 1Q82 C; 2RA2 A; 1VYU A; 3OBW A; 5HCK A; 4WTO B; 3P8H A; 3G7Z A; 3OYY A; 4M77 B; 4BDZ A; 1WHH A; 1VQ8 T; 2CP7 A; 2D6F A; 4Y92 A; 1ZUY A; 2EYZ A; 1QCO A; 3A8H B; 2LVM A; 3OYC A; 1ACM B; 4Y28 E; 1D0Y A; 1G3T A; 3QHS A; 3C12 A; 5KH6 A; 2P0K A; 1WIE A; 3CMA A; 4XAX B; 5IXF A; 1Q81 U; 3OW2 A; 2IG0 A; 2I0N A; 1VIE A; 2DFU A; 1QKX A; 3I56 A; 1Q7Y C; 4DOW A; 2OTJ T; 1QW1 A; 2LC4 A; 3OYM A; 2AKK A; 2QA4 Q; 1W4S A; 3FLG A; 4HT9 A; 4OMO A; 3EFO A; 2JOY A; 2OTL A; 4LN2 A; 2EJG A; 2RF0 A; 1GBR A; 1GBQ A; 1NLP C; 1VQK Q; 3HPW A; 4C92 C; 5GAO q; 4L6V 5; 3OYN A; 3I5S A; 3V7R A; 1B3Q A; 4HCB A; 4HVU A; 3JCM P; 1EIF A; 3CCE A; 1M90 C; 4KUL A; 2DXB A; 3E19 A; 1NEB A; 2R57 A; 3UAT A; 1KG1 A; 2RNA A; 3P8B B; 2C0O A; 3X20 B; 4ZGD B; 3CQT A; 1PKT A; 1KQ2 A; 1VQN A; 2CUD A; 3OB9 A; 3BFM A; 4KUI A; 4ZGJ B; 2YRC A; 4N4I A; 4NOY A; 4M78 F; 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