The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
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Chain Sequence |
GSPGIQVKALYDYDAQTGDELTFKEGDTIIVHQKDPAGWWEGELNGKRGWVPANYVQDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Acanthamoeba castellanii
|
| molecule keywords |
Myosin heavy chain IB
|
| total genus |
13
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QLY A; 4Z89 A; 1UG1 A; 3GBQ A; 4CC4 B; 2W0Z A; 1SPK A; 1PKT A; 1X2K A; 2DJQ A; 1RUW A; 1NYF A; 1I1J A; 4RTZ A; 2CT3 A; 2J05 A; 1I0C A; 3I35 A; 3RNJ A; 2EW3 A; 1AVZ C; 4Z88 A; 1M3C A; 2RMO A; 3EG0 A; 2K6D A; 2M51 A; 2O2O A; 4ESR A; 4RTX A; 2F2X A; 2OI3 A; 1X6B A; 1K9A A; 1UEC A; 1SHF A; 1NEG A; 4RTT A; 4K11 A; 2JM8 A; 3NPF A; 3EGU A; 2EGE A; 3VS4 A; 1GCP A; 1GFD A; 1VYV A; 2EBP A; 2J06 A; 2DL5 A; 2DX1 A; 1A0N B; 2LX7 A; 2CH4 A; 1NG2 A; 1S1N A; 2FO0 A; 4ORZ A; 2FG0 A; 2FPD A; 2YDL A; 1AEY A; 2E5K A; 3M0P A; 2SEM A; 3UF4 A; 1KFZ A; 1B07 A; 4F17 A; 2DF6 A; 1Z9Z A; 2CSQ A; 3I9Q A; 2RQW A; 1KIK A; 1GFC A; 5I22 A; 2LJ1 A; 2M0Y A; 2RQT A; 2AK5 A; 3ZL7 C; 4E6R A; 2GNC A; 1XOV A; 1NLO C; 1ZUK A; 1UGV A; 4HVW A; 3UAT A; 1W1F A; 1QWE A; 2ED0 A; 2HCK A; 5FWB A; 4GBQ A; 1AWJ A; 3UA6 A; 4D8D A; 2KGT A; 2RQV A; 1X43 A; 2J6K A; 1RI9 A; 1ZBJ A; 2EQI A; 1GBQ A; 1OEB A; 3ULR B; 1GRI A; 4RTV A; 1QWF A; 2YUO A; 2O9S A; 1UHF A; 1TUC A; 4J9F A; 2FPE A; 1Y57 A; 1PKS A; 1OPL A; 2X3X D; 2DBK A; 4J9B A; 2K2M A; 2YT6 A; 1TUD A; 3U23 A; 1HJD A; 1T3S A; 5I11 A; 2ABL A; 2AZV A; 5IHK A; 2LNH B; 2HBW A; 4RTW A; 1AOJ A; 1E6H A; 4J9D A; 2LZ6 B; 1BBZ A; 4JZ3 A; 2O88 A; 5GJW B; 3EHR A; 2DIL A; 1AWW A; 3H0H A; 3REA B; 3VS5 A; 4OMM A; 2C0T A; 1AZG B; 3TSW A; 1WDX A; 2JW4 A; 3EG2 A; 2C0I A; 5IHI A; 1M27 C; 1HD3 A; 1RLQ C; 2DVJ A; 4HVV A; 3VS0 A; 1X69 A; 2EYY A; 2YUN A; 2NUZ A; 2EGC A; 2D1X A; 3M0Q A; 2K3B A; 2GQI A; 1BK2 A; 5FWC A; 2D8J A; 2BZY A; 2EYW A; 2A37 A; 2KNB B; 1PWT A; 1KJW A; 2JM9 A; 3EG1 A; 1J3T A; 1QKW A; 2V1R A; 1K1Z A; 4HVU A; 4LUD A; 2DLP A; 2F2V A; 2I0N A; 2DL4 A; 1UHC A; 2CUB A; 2W10 A; 2DL8 A; 3VRZ A; 2ECZ A; 1SRL A; 2ROL A; 2PZ1 A; 2A36 A; 4JZ4 A; 2GTO A; 1CKA A; 1VA7 A; 2BTT A; 4OMN A; 2EVR A; 2QDL A; 1JEG A; 1FMK A; 1ZX6 A; 3VS2 A; 2GTJ A; 1PNJ A; 4M4Z A; 4RUG A; 2JS2 A; 2V1Q A; 2RQR A; 3RBB B; 2CUD A; 2J7I A; 4EIK A; 3A98 A; 3PE0 A; 1FYN A; 2A28 A; 1WIE A; 2C0O A; 2DL7 A; 4F16 A; 2HEQ A; 1PRM C; 2JT4 A; 2RF0 A; 4Y92 A; 4A63 B; 1U3O A; 1NM7 A; 2RQU A; 1WXB A; 2CH4 W; 1YCS B; 1UE9 A; 2DMO A; 2ROT A; 1H92 A; 1AD5 A; 1X2Q A; 4JJD A; 1T0H A; 2DYB A; 2KRO A; 1WFW A; 1M3A A; 1NLP C; 1LCK A; 2O31 A; 2LP5 A; 1K76 A; 2ED1 A; 4WCI A; 1MV3 A; 1Z9Q A; 1CKB A; 3THK A; 2OAW A; 1T0J A; 2K79 A; 3M0S A; 4D8K A; 1G83 A; 1JU5 C; 4DEX A; 1WA7 A; 2SRC A; 1EFN A; 1X27 A; 2KBT A; 2EYZ A; 3M0R A; 4J9C A; 4OML A; 1M30 A; 1W6X A; 5IXB A; 4IIO A; 3M0T A; 2O9V A; 4FSS A; 5L23 A; 1V1C A; 2DNU A; 2EYX A; 2J6O A; 1AZE A; 1U5S A; 2LJ3 A; 4AFQ C; 3VS1 A; 2LJ0 A; 2DM1 A; 4LNP A; 2DA9 A; 4J9E A; 1UJ0 A; 2MIO A; 2KE9 A; 1UFF A; 4CC2 A; 4J9G A; 2VKN A; 2AZS A; 2NWM A; 1MUZ A; 1ZSG A; 5FW9 A; 3EG3 A; 1T3L A; 1OPK A; 4QT7 A; 2K9G A; 1AWO A; 2F2W A; 2PTK A; 4OMQ A; 2LQN A; 2FRY A; 4F14 A; 3H0F A; 1KSW A; 1WYX A; 5EC7 A; 2D0N A; 2FEI A; 2FRW A; 1M8M A; 1H3H A; 1QCF A; 2YSQ A; 2L3S A; 2KR3 A; 3LH5 A; 1OOT A; 2HDA A; 1BB9 A; 3VS6 A; 4AFZ C; 5IHN A; 4AFS C; 3QWX X; 2EPD A; 5GJV B; 3KFV A; 1QKX A; 2HSP A; 3NMZ C; 1SHG A; 1YP5 A; 3QWY A; 1HSQ A; 1JQQ A; 3PVQ A; 4JJC A; 2KRS A; 1E7O A; 1CSK A; 5ECA A; 3M0U A; 2DBM A; 1MV0 B; 2YUP A; 1ZUY A; 1K0S A; 2LCS A; 1GBR A; 1UDL A; 1YNZ A; 2DRK A; 2JS0 A; 2IIM A; 2CDT A; 2XMF A; 2RNA A; 1TG0 A; 2JXB A; 4LN2 A; 3VS7 A; 1GL5 A; 1G2B A; 3SHW A; 5IH2 A; 4J9H A; 4J9I A; 2CRE A; 4GLM A; 2H8H A; 4X1V A; 1ABO A; 1K0X A; 4OMP A; 3VRY A; 3SEM A; 5IXF A; 2FPF A; 1WXT A; 4HCK A; 1ZUU A; 3H0I A; 3H41 A; 1PRL C; 4CC3 A; 1AWX A; 1PHT A; 2LQW A; 3UA7 A; 4OMO A; 2KT8 A; 3CQT A; 1NYG A; 1UUE A; 2ENM A; 1GCQ C; 2GBQ A; 2KRN A; 2L0A A; 2VVK A; 2MOX A; 4LUE A; 2A08 A; 4LE9 A; 2EGA A; 2KRM A; 2K7A A; 1W70 A; 1ARK A; 1U06 A; 3NGP A; 1SSH A; 2BZ8 A; 2EKH A; 1SRM A; 1VYU A; 4JJB A; 3REB B; 3VS3 A; 1JO8 A; 2AKL A; 2KXC A; 2G6F X; 2OJ2 A; 3I5S A; 1NEB A; 2JMA A; 3TSZ A; 2AKK A; 2PNI A; 2L3Q A; 1M3B A; 3O5Z A; 2JMC A; 3C0C A; 2L2P A; 2RN8 A; 1VYT A; 2KYM A; 2VWF A; 3EHQ A; 1WI7 A; 1B3Q A; 4RTU A; 1YN8 A; 2B86 A; 2KYB A; 1RLP C; 2CSI A; 1JXM A; 2RPN A; 3TVT A; 1GCQ A; 4IIM A; 1UTI A; 1H8K A; 2L3P A; 4KRT A; 2GGR A; 2DE0 X; 2KT1 A; 3I5R A; 1SEM A; 1YWO A; 3NHN A; 2BZX A; 2D8H A; 4AG1 C; 1YWP A; 2DRM A; 1WX6 A; 3JV3 A; 2DL3 A; 1BU1 A; 1X6G A; 2MCN A; 2KXD A; 4AFU C; 1UJY A; 2ESW A; 2P4R A; 1Y0M A; 4CC7 A; 4AG2 C; 4ZNX A; 4HXJ A; 1K4U S; 1ZLM A; 2KEA A; 4R0K A; 4RTY A; 1E6G A; 2CT4 A; 1ABQ A; 4DEY A; 2X3W D; 4JPB W; 3R6N A; 3PVL A; 1I07 A; 4Z8A A; 3FJ5 A; 2JTE A; 1OV3 A; 1JXO A; 2YUQ A; 3IQL A; 2LMJ A; 1N5Z A; 2J6F A; 1WXU A; 5HCK A; 1WLP B; 1IO6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YLC A; 5CO7 A; 2W0Z A; 3L2Z A; 2E12 A; 2X9H A; 3GPL A; 1IGQ A; 2BUD A; 2K5F A; 3PT9 A; 4OGE A; 4L59 A; 3WVD B; 1NYF A; 1LNX A; 1QMC A; 3TCJ A; 3G4S Q; 4KH0 B; 2CYZ B; 2CT3 A; 2J05 A; 3CCU Q; 2EW3 A; 2K5L A; 3A8G B; 1Y96 B; 4HT9 A; 3G6E T; 3UT1 A; 4RKU E; 3EG0 A; 3PTA A; 2CS7 A; 2OTJ A; 1YBY A; 4Z02 A; 1ZBX A; 4B9W A; 2CP3 A; 5KYX A; 1M90 U; 4LDX A; 4M77 D; 3NPF A; 2EGE A; 3VS4 A; 5J3B A; 2P0P A; 1GCP A; 3KUF A; 4M78 D; 1GFD A; 1VYV A; 5GAO r; 4BY6 C; 2LX7 A; 2KVQ G; 3A8M B; 4XTZ A; 3E2U A; 5GAN 7; 2KMT A; 4M75 B; 1K8A R; 1AEY A; 2E5K A; 1VQ9 Q; 3RUX A; 2SEM A; 1B07 A; 4F17 A; 2RI5 A; 2FZK B; 5A0G A; 3JCM b; 1U1S A; 3I9Q A; 3LGL A; 1GFC A; 1M1K R; 5I22 A; 4HKE A; 5KE2 A; 3S3N A; 1Y7X A; 2RJF A; 3E19 A; 1XOV A; 1ZUK A; 4HVW A; 3L2U A; 2WSC E; 1VQ7 T; 1IZ6 A; 2ED0 A; 3E1S A; 1WHL A; 3UA6 A; 3MP8 A; 1X43 A; 5M9O A; 4J7I A; 3ULR B; 1M1F A; 4X9C A; 1UHF A; 2LRQ A; 1FMW A; 1VQ6 A; 4J9B A; 1TUD A; 3U23 A; 3OYH A; 1JRI A; 4QVC A; 3NTI A; 4FYY B; 4M77 G; 2LNH B; 4RTW A; 2QG9 B; 2E41 A; 1AOJ A; 4RG2 A; 3PIP A; 2ZZD A; 4ZGD B; 3L2V A; 4ELY C; 2RHY A; 2QGG A; 5C6S A; 1YJ9 T; 3H0H A; 4OMM A; 3TRE A; 5HY6 A; 3TSW A; 3QBY A; 2CKK A; 2F5T X; 1OZ2 A; 3OYI A; 1AHJ B; 2JW4 A; 1WQ7 A; 3QYH B; 3PFS A; 1IB8 A; 2QQB A; 3JCM g; 3VS0 A; 2NUZ A; 2VGN A; 2JJ9 A; 2FZG B; 1I81 A; 1HK9 A; 1BK2 A; 5A2Q E; 3LX7 A; 2BZY A; 4RMO A; 2A37 A; 2HZY A; 2KNB B; 4FW2 A; 1J3T A; 3EFO A; 3Q1J A; 2V1R A; 3CXC S; 4LUD A; 3GIB A; 3OYE A; 2DL4 A; 1UHC A; 2LC4 A; 4J8O A; 3VRZ A; 4M7D C; 2HBP A; 1SRL A; 2DZ9 A; 2E64 A; 2PZ1 A; 2LQK A; 4JZ4 A; 1Q81 U; 2BTT A; 2HQX A; 1M90 R; 3S6W A; 4M77 E; 1YI2 Q; 4M78 E; 1PNJ A; 3OSS C; 2V1Q A; 3RMS A; 2XID A; 3RBB B; 1B34 B; 2J7I A; 3PE0 A; 1FYN A; 3CCR T; 1PSF A; 3L2R A; 3V7S A; 4JUV A; 2RF0 A; 2X4Y A; 5GAN h; 4P5N A; 1MMD A; 1ZHI A; 4FL6 A; 1KHI A; 3ME9 A; 4F7U A; 5CK9 A; 4E2F B; 1NM7 A; 1BIB A; 5GAN 3; 2AT1 B; 3M5A A; 1D1C A; 2DMO A; 2ROT A; 1AD5 A; 2HMA A; 3GNF B; 2RI3 A; 2DJZ A; 4JJD A; 1T0H A; 5LL6 S; 3ZFJ A; 1NLP C; 5LJ5 j; 3A8O B; 2LT1 A; 1MV3 A; 4BI8 B; 3THK A; 1P92 A; 2BKD N; 1X6O A; 4UC4 A; 2K79 A; 1YJ9 A; 1ACM B; 1JU5 C; 2SRC A; 1XQH A; 4AMC A; 4BUG A; 1G3Y A; 4J9C A; 3FEO A; 5GAN 6; 2ZAE A; 5LJ5 f; 2O9V A; 4FSS A; 1WQW A; 1AZE A; 4IUV A; 3NTK A; 4IUP A; 2XDD A; 3SD4 A; 3URG A; 2DZC A; 3HFN A; 4LNP A; 3QII A; 1YIT T; 2F5K A; 4E7H A; 2LNV A; 2WAC A; 2OAU A; 1G3W A; 1UFF A; 4CC2 A; 1VQP A; 3VKI A; 5FW9 A; 3EG3 A; 1OPK A; 2RHU A; 4QT7 A; 3OS2 A; 1AWO A; 4M77 B; 4EMK C; 4M78 B; 1GXI E; 1KSW A; 4OB3 B; 4E7S A; 4AT1 B; 3CCV Q; 5EC7 A; 2D0N A; 4JRK A; 4GY5 A; 2YSQ A; 2L3S A; 4FYW B; 4E7I A; 1OUL A; 1OOT A; 3OSV A; 4XU0 A; 5IHN A; 3JAM E; 4FM4 B; 1H3Z A; 3NMZ C; 2HSP A; 1SHG A; 1HSQ A; 2KRS A; 2NUT B; 1IHV A; 5ECA A; 5GMK j; 2DBM A; 1I5L A; 1S72 T; 2YRD A; 2LCS A; 3I55 A; 3CCR A; 1YNZ A; 3M9Q A; 3SDZ A; 1KD1 U; 3HRT A; 2XI9 A; 4M77 F; 5C0M A; 1PD0 A; 1G2B A; 2E3I A; 1ZSZ A; 4O6J A; 2M0O A; 4J9I A; 1K0X A; 4OMP A; 3LGF A; 1M9S A; 3SEM A; 3NTH A; 4WTO B; 1U8R A; 3H0I A; 2O4X A; 3M55 A; 5J26 A; 1K9M U; 5FU6 B; 4CC3 A; 1AWX A; 4VUB A; 5CKH A; 4Y91 A; 4C5H A; 2EQU A; 2KT8 A; 4HCZ A; 3CPW A; 1PSE A; 2KRN A; 2L0A A; 4LUE A; 4C92 C; 2A08 A; 4C8Q A; 3P8D A; 2RJE A; 1WGS A; 1SRM A; 2NUP A; 1VYU A; 4JJB A; 4XTY A; 2EJ9 A; 1M5Q 1; 5HK3 A; 2XU8 A; 5GAO q; 2G6F X; 4C5G A; 4LXC A; 2JMA A; 1YIT A; 2PNI A; 1PCX A; 3MEW A; 4DOV A; 2RN8 A; 2HKQ B; 3EHQ A; 3RDV A; 3VYH B; 4A54 A; 3FB9 A; 3BE3 A; 2F69 A; 4A4F A; 1YN8 A; 2B86 A; 1Q7Y U; 2PUK B; 2LQ8 A; 4WF2 A; 3OW2 A; 2RPN A; 2MF2 A; 1IRX A; 1TU0 B; 1UTI A; 1K9M C; 1VQ8 T; 2QQR A; 4KRT A; 1RAH B; 3I5R A; 1YWO A; 1N8R U; 3SWN B; 2BZX A; 1JB0 E; 4PJO C; 2OTL T; 1WX6 A; 2OTJ Q; 2DL3 A; 1X6G A; 3MJX A; 4E7J A; 1UJY A; 1UGR B; 2ESW A; 2DVE A; 2R58 A; 1XJW B; 3CC2 T; 1S72 A; 3KBG A; 2GQV A; 5HK0 A; 4DEY A; 3HHT B; 2X3W D; 1M2V A; 3PVL A; 1RL2 A; 4Z8A A; 3FJ5 A; 2JTE A; 5GAN 5; 3MHX A; 2E70 A; 3MP6 A; 4OB0 B; 1M8M A; 1IO6 A; 4Z89 A; 3GBQ A; 5KCO A; 1Q7Y C; 3CCQ T; 3G71 Q; 4HCC A; 2IG0 A; 1B7T A; 2ATC B; 4IUT A; 4RTZ A; 1KD1 R; 5LJ5 h; 3I35 A; 1KC8 U; 4J6W A; 3JCM X; 2YXY A; 5KYX B; 3CPW S; 5LJ3 h; 3CPW P; 5CAI A; 1Q86 U; 2ZPI B; 4MZP A; 4BDZ A; 4OVA A; 4M75 G; 2JUF A; 2OI3 A; 1X6B A; 3JCM Q; 1K9A A; 1UEC A; 4C0Z A; 1AT1 B; 2QTX A; 3LWH A; 1MGQ A; 1VQM T; 4E7K A; 1K9M R; 1IXD A; 4ELZ C; 3OQ5 A; 3X26 B; 5LJ5 d; 2ZPG B; 7AT1 B; 2J06 A; 2DL5 A; 2DX1 A; 3OYL A; 2P0K A; 3OYG A; 1KQS A; 1Y07 A; 1NG2 A; 1QP3 A; 2FG0 A; 3UF4 A; 1KFZ A; 3ZBD A; 3RES A; 2DKG A; 5IAY A; 3OW2 S; 4C0D C; 1KIK A; 3OW2 P; 2K2V A; 2EIF A; 1BI0 A; 1RAI B; 2RQT A; 3ZL7 C; 4JLI A; 2VUB A; 3RKW A; 4E6R A; 2GNC A; 2JOY A; 1KC8 C; 3G6E Q; 3NFC A; 2OTL A; 1JBM A; 2HCK A; 4IUQ A; 5CQX A; 4GBQ A; 3C12 A; 1V76 A; 1JJ2 A; 1Q7Y R; 1RAB B; 2IPO B; 1VQN T; 2EQI A; 1GRI A; 2DEU A; 4F7U E; 2YUO A; 3TEE A; 1N8R R; 1SG5 A; 2X3X D; 3DKM A; 2DBK A; 4C8Q D; 2YT6 A; 4LDU A; 1QVG A; 1T3S A; 2CP7 A; 2ABL A; 1N27 A; 5CQY A; 4IKF A; 2ZPF B; 2HBW A; 1E6H A; 5GAN j; 1WZO A; 1K8A C; 1D1B A; 5GJW B; 3CCQ A; 3JCM W; 3CCJ A; 2DIL A; 4FYX B; 1AWW A; 4QQG A; 3REA B; 2DIQ A; 3VS5 A; 1NJI C; 3F70 A; 1VQ7 Q; 2HNI A; 1FXX A; 1VQ6 T; 2KY9 A; 5GAO p; 3MEU A; 3EGX A; 3EG2 A; 5GAN f; 5IHI A; 5FRM A; 2DVJ A; 2VV5 A; 4TVR A; 1X69 A; 2EYY A; 4BD3 A; 2YUN A; 3EFO B; 3J7A F; 3EH1 A; 2D1X A; 1TWB A; 2EFI A; 2K3B A; 3RR6 A; 2DER A; 1VQM A; 3QG1 A; 4B9X A; 4M7A A; 1PWT A; 1YIJ Q; 1KC8 R; 2JM9 A; 2EJG A; 2L3R A; 2YLB A; 2XIC A; 1KQS S; 3JCM h; 1K1Z A; 4HVU A; 2DLP A; 1KQS P; 3MEA A; 1NZ9 A; 2I0N A; 4C8Q G; 5FRN A; 2CUB A; 2W10 A; 3VJP A; 2LCL A; 4MDW A; 2A7Y A; 1YJ9 Q; 3FRN A; 3C95 A; 2A36 A; 1CKA A; 1R0C B; 1FMK A; 2H3E B; 1TUG B; 5GAM g; 2GTJ A; 3ASK A; 4M4Z A; 2XG8 D; 4CI0 C; 4F7U B; 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