The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
GPGIQVKALYDYDAQTGDELTFKEGDTIIVHQKDPAGWWEGELNGKRGWVPANYVQDI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
rcsb |
| molecule keywords |
Acanthamoeba Myosin IB
|
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Acanthamoeba
|
| total genus |
11
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O88 A; 2KBT A; 1E7O A; 1I07 A; 4Y92 A; 1RUW A; 2KXD A; 1UJ0 A; 2L3P A; 3M0U A; 4ZNX A; 2PTK A; 2K79 A; 1Z9Q A; 2OI3 A; 4RTX A; 1ARK A; 2FG0 A; 3LH5 A; 3U23 A; 1GCQ A; 2O9S A; 2KRN A; 2CT3 A; 2D8J A; 2JMA A; 1AWO A; 1QWE A; 2GGR A; 2KRM A; 1WXT A; 2ENM A; 1K0X A; 2LJ0 A; 2RQU A; 4CC3 A; 2CRE A; 5FW9 A; 1M3C A; 2W10 A; 3ZL7 C; 1W6X A; 2B86 A; 2DVJ A; 2RF0 A; 2EGE A; 2BZ8 A; 2VKN A; 2EPD A; 3THK A; 2JM9 A; 4J9I A; 4LN2 A; 1Y0M A; 3I5S A; 3I35 A; 1QLY A; 3VRZ A; 3R6N A; 2ED0 A; 1NLP C; 1M30 A; 2KXC A; 2O2O A; 1X6G A; 1RLP C; 2K6D A; 2RNA A; 4JJD A; 4E6R A; 2CSQ A; 3VS1 A; 1YN8 A; 4HCK A; 2DLP A; 1K76 A; 2HEQ A; 2IIM A; 1B3Q A; 3M0P A; 2FO0 A; 5IH2 A; 2O31 A; 1W70 A; 1JEG A; 1SPK A; 4LNP A; 2RQT A; 2DYB A; 4F16 A; 4GLM A; 4J9D A; 2K2M A; 1MV3 A; 2DX1 A; 2CSI A; 3PE0 A; 4HVU A; 3VS0 A; 1SRM A; 2KEA A; 3QWX X; 1JXO A; 4QT7 A; 1UDL A; 2KE9 A; 1T3S A; 1WXU A; 3EG1 A; 1M3B A; 1SSH A; 1UG1 A; 2LJ1 A; 3VS3 A; 2CUD A; 1NEB A; 1GBQ A; 3A98 A; 4F17 A; 4ESR A; 1OEB A; 1GBR A; 2RMO A; 4AFU C; 2AKL A; 1JXM A; 2V1R A; 1PKS A; 2OJ2 A; 4LE9 A; 3VRY A; 1CKB A; 1WIE A; 2ROL A; 2KT1 A; 3IQL A; 4FSS A; 2LJ3 A; 1UEC A; 1AWW A; 3EHQ A; 1ZUK A; 3M0Q A; 3M0T A; 4AG1 C; 2DBM A; 2SEM A; 2KYB A; 3EG2 A; 2W0Z A; 2DL7 A; 2JS2 A; 1X6B A; 2J6O A; 4IIM A; 4RTY A; 1ABO A; 1QKX A; 2J6K A; 2VWF A; 1VYT A; 2X3W D; 4DEX A; 1HJD A; 2GTO A; 1YWO A; 2M0Y A; 3UF4 A; 5IXB A; 4JPB W; 4K11 A; 2JXB A; 2BTT A; 1OV3 A; 2CH4 A; 2EYW A; 2F2V A; 2KRO A; 3REB B; 2LMJ A; 3PVQ A; 1M8M A; 2DJQ A; 2L0A A; 1ZX6 A; 2K7A A; 2LQW A; 4AG2 C; 5ECA A; 1I0C A; 4KRT A; 1BK2 A; 1WLP B; 2J05 A; 2VVK A; 2CT4 A; 5IHK A; 2DE0 X; 1WYX A; 2FEI A; 4RUG A; 4J9E A; 2RPN A; 1AVZ C; 3EGU A; 2ABL A; 3UA7 A; 5I11 A; 1TUC A; 3VS4 A; 2EGA A; 2DNU A; 2MOX A; 1CSK A; 2CUB A; 4OMN A; 2AKK A; 2M51 A; 3M0S A; 4Z89 A; 1E6H A; 2K3B A; 2ROT A; 3UA6 A; 1T0H A; 1B07 A; 4JZ3 A; 1UE9 A; 1JU5 C; 1FMK A; 2XMF A; 2JMC A; 1AWJ A; 1BB9 A; 4WCI A; 2AK5 A; 1UTI A; 2EGC A; 2E5K A; 2ESW A; 2LQN A; 3QWY A; 3UAT A; 1VYU A; 4RTW A; 2DL8 A; 2PNI A; 5L23 A; 1UFF A; 1NLO C; 2J7I A; 1K9A A; 1AOJ A; 2YUN A; 2RN8 A; 4J9F A; 5IHI A; 1GFD A; 1K1Z A; 1OOT A; 2FRW A; 2O9V A; 2X3X D; 3SEM A; 1AEY A; 1K4U S; 1V1C A; 2GBQ A; 2QDL A; 1SHF A; 2RQV A; 2DMO A; 4CC2 A; 4D8K A; 4OMO A; 1I1J A; 2EQI A; 3TVT A; 1H3H A; 4CC7 A; 2L3S A; 1GFC A; 1XOV A; 2F2X A; 2YDL A; 1WXB A; 2L3Q A; 1OPL A; 1BU1 A; 2LCS A; 3RNJ A; 1YNZ A; 3TSZ A; 4A63 B; 1RI9 A; 1QWF A; 3PVL A; 2KR3 A; 4R0K A; 1WI7 A; 2L2P A; 1YP5 A; 1BBZ A; 3ULR B; 2KYM A; 1UUE A; 3JV3 A; 1WFW A; 2SRC A; 3H0I A; 1X2K A; 1A0N B; 4HVV A; 1Y57 A; 1KFZ A; 4OMP A; 1PNJ A; 2RQW A; 4M4Z A; 1ZUU A; 2GQI A; 1WA7 A; 2EYX A; 1X43 A; 5GJW B; 2HSP A; 1IO6 A; 1PHT A; 5FWC A; 1WX6 A; 2YSQ A; 1ZSG A; 2CH4 W; 4GBQ A; 2D1X A; 1G2B A; 2D0N A; 1PKT A; 2YT6 A; 1X69 A; 1ZUY A; 4ORZ A; 4Z8A A; 1AZE A; 3VS7 A; 2HBW A; 1U3O A; 1Z9Z A; 1TG0 A; 3H41 A; 1PWT A; 1FYN A; 2ED1 A; 1U5S A; 1KSW A; 1NG2 A; 1YWP A; 1AWX A; 2C0I A; 1SEM A; 2LP5 A; 1M3A A; 4HVW A; 3H0F A; 4OMM A; 1EFN A; 1GL5 A; 2OAW A; 2A37 A; 3TSW A; 2DL5 A; 1M27 C; 1S1N A; 2BZX A; 1TUD A; 3RBB B; 2EYZ A; 5HCK A; 1KJW A; 2G6F X; 2LNH B; 1MV0 B; 1MUZ A; 1ABQ A; 5FWB A; 2A28 A; 2BZY A; 3M0R A; 2P4R A; 4LUE A; 4Z88 A; 3FJ5 A; 4J9G A; 4AFQ C; 2MCN A; 2DIL A; 2KNB B; 2HCK A; 4JJB A; 1NYF A; 1JQQ A; 2NWM A; 1PRM C; 4EIK A; 4RTZ A; 3NPF A; 2H8H A; 1NEG A; 1T0J A; 1E6G A; 2DF6 A; 2FPD A; 2C0O A; 1GCQ C; 1QCF A; 3VS2 A; 1X2Q A; 1PRL C; 2EYY A; 5I22 A; 2AZV A; 3I5R A; 1YCS B; 1GRI A; 1H8K A; 4IIO A; 5GJV B; 2DL4 A; 2DRK A; 1X27 A; 2JT4 A; 3CQT A; 1CKA A; 3O5Z A; 2FPE A; 2F2W A; 3EG0 A; 3NGP A; 4RTT A; 1VYV A; 2KRS A; 2LX7 A; 2GTJ A; 1UHF A; 2EBP A; 4X1V A; 2PZ1 A; 2JS0 A; 2YUQ A; 2V1Q A; 2C0T A; 4DEY A; 1AD5 A; 1UHC A; 3VS6 A; 3NMZ C; 2JTE A; 1SRL A; 2EW3 A; 1J3T A; 1G83 A; 2DA9 A; 2RQR A; 2J06 A; 1HSQ A; 3NHN A; 5IXF A; 1QKW A; 4J9B A; 1T3L A; 3KFV A; 2FPF A; 4HXJ A; 1ZLM A; 4RTV A; 4F14 A; 2DM1 A; 5EC7 A; 1K0S A; 3H0H A; 2ECZ A; 1HD3 A; 1NM7 A; 3REA B; 1OPK A; 1AZG B; 2MIO A; 2HDA A; 4JZ4 A; 2A08 A; 2D8H A; 1SHG A; 1GCP A; 1U06 A; 3EHR A; 1KIK A; 2YUO A; 1UJY A; 1RLQ C; 2K9G A; 4OML A; 3I9Q A; 4OMQ A; 4CC4 B; 2KGT A; 2FRY A; 1LCK A; 3GBQ A; 4AFZ C; 2YUP A; 2EKH A; 2A36 A; 4RTU A; 4D8D A; 2DRM A; 2KT8 A; 4J9H A; 4AFS C; 2JW4 A; 4JJC A; 4LUD A; 2J6F A; 1W1F A; 2CDT A; 5IHN A; 2EVR A; 2LZ6 B; 2DBK A; 3C0C A; 1H92 A; 1VA7 A; 2I0N A; 2AZS A; 4J9C A; 2NUZ A; 1JO8 A; 1NYG A; 1WDX A; 1UGV A; 1N5Z A; 1ZBJ A; 3EG3 A; 3SHW A; 2JM8 A; 3VS5 A; 2GNC A; 2DL3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O88 A; 5GAN h; 5GMK i; 4OVA A; 1Q86 R; 1I07 A; 1RUW A; 1UJ0 A; 1VUB A; 3BDL A; 1WPY A; 1VQ7 T; 3NFC A; 3JCM J; 1VIE A; 1Q81 U; 4C92 E; 5CQY A; 4C0F A; 4J7I A; 3MCA B; 2HAX A; 3TU4 K; 2P84 A; 4RKU E; 2BE9 B; 3OYN A; 3BDU A; 5LJ3 f; 3CC4 A; 2CT3 A; 4M7A E; 5GAN e; 3ER0 A; 1KHC A; 2JMA A; 2K3X A; 3G6E Q; 1M1G A; 1D09 B; 5LL6 S; 1K0X A; 4M78 A; 4PJL A; 4MDX A; 5FW9 A; 4X9C A; 1ZSZ B; 4PJO B; 1TSF A; 2DVJ A; 2EGE A; 2ZPF B; 2BZ8 A; 3FB9 A; 3THK A; 2GQV A; 1WHH A; 1Y0M A; 3I5S A; 3I35 A; 1QLY A; 1QCN A; 1JJ2 P; 3HFN A; 4TVR A; 1YJ9 Q; 3GF5 A; 3MPU B; 2KXC A; 1VQK T; 2K6D A; 3CCL A; 2P0Q A; 1OU8 A; 3M0P A; 2FO0 A; 3L2R A; 3JCM b; 1OX8 A; 1W70 A; 4XU3 A; 1SPK A; 2RK2 A; 3L2Q A; 1VQL T; 2DYB A; 1O75 A; 4GLM A; 4J9D A; 3EGX A; 1QVG P; 4JRI A; 1N27 A; 1UGP B; 2DX1 A; 1QVP A; 4IUT A; 1PSE A; 3X20 B; 1SRM A; 2KEA A; 2LCL A; 4PFP A; 4QT7 A; 1T3S A; 4C92 C; 1WXU A; 1M3B A; 3BW1 A; 3SWN A; 3LH0 A; 1SSH A; 1U1S A; 1UG1 A; 1NJI R; 3VS3 A; 1GBQ A; 4M7A C; 3SDZ A; 1I5L A; 2LT4 A; 2QQS A; 1WHG A; 5KH6 A; 5CKF A; 3HKS A; 3CCQ T; 2DPP B; 4ZGD B; 2V1R A; 3RR6 A; 4KGV B; 1IXD A; 1CKB A; 1WIE A; 2LJ3 A; 3M4Y A; 3CCL Q; 5FU6 B; 4HKE A; 5GAO l; 1ZUK A; 1C0M A; 3M0T A; 4J7F A; 2SEM A; 4J5Y A; 2W0Z A; 3I56 T; 1MHN A; 1VQ9 T; 2JS2 A; 1KQS S; 2J6O A; 3CME T; 1YJW T; 1MMD A; 2VWF A; 2FL7 A; 1VQN A; 2DXU A; 2GTO A; 4PK4 A; 3UF4 A; 3GOX A; 3G7Z A; 4K11 A; 2CP6 A; 1PC0 A; 1VIF A; 1OV3 A; 3M4G A; 1VQM A; 3J81 E; 2F2V A; 1IZ6 A; 4PJO F; 4J8O A; 2BE7 D; 4BB7 A; 4N0A C; 1D1A A; 1OUL A; 4IUV A; 2JTF A; 3CC2 A; 4AG2 C; 5ECA A; 2HL5 C; 5AT1 B; 5IHK A; 2Y90 A; 2DE0 X; 2R57 A; 3CMA A; 2FHD A; 2RPN A; 1ZA2 B; 1YCY A; 2LCC A; 3PFS A; 5I11 A; 4WTO B; 3CXC S; 2V8J A; 5GMK e; 2EGA A; 2DNU A; 2KQW A; 3CCV Q; 2CUB A; 4FYV B; 3M0S A; 1W2B A; 4OB2 B; 1E6H A; 2ROT A; 1T0H A; 2RHU A; 4JZ3 A; 3LX7 A; 4XTY A; 2PU9 B; 2DAQ A; 3EH1 A; 2L8D A; 3JCM g; 2JMC A; 1AWJ A; 2EJ9 A; 2EGC A; 1Y71 A; 5GAN 5; 2E5K A; 2XK0 A; 1VQ8 T; 3HRT A; 3QWY A; 3OW2 A; 1VYU A; 3G4S T; 5LJ3 d; 1Y07 A; 1W4S A; 2DL8 A; 1VQM Q; 1UFF A; 4QKU A; 4M7D D; 3CC2 Q; 2RI5 A; 1QQJ A; 1VQ7 A; 1EIF A; 3CMA Q; 4QQD A; 3CC7 T; 1YI2 T; 4KUD K; 1TXQ A; 1BCM A; 3NTI A; 2DMO A; 4CC2 A; 4M7A B; 1H3H A; 2YRC A; 4CC7 A; 2L3S A; 1S72 Q; 2F2X A; 2IVW A; 1WXB A; 4MMK A; 4OMF B; 2LCS A; 4PJM A; 3TSZ A; 5GAO q; 2VUB A; 1OYX A; 2FVU A; 1YFN A; 2QTX A; 1K9M R; 2E6N A; 3ZBD A; 4O5V A; 2HQE A; 4BI3 A; 2KYM A; 1UUE A; 1WNL A; 2XDD A; 4EMG A; 1LNX A; 3LYI A; 2DXC A; 2WAC A; 1WFW A; 4BAC A; 2PQW A; 1PNJ A; 5GMK j; 3WVD B; 1QVF S; 2KK4 A; 3J7A F; 1BYM A; 4M4Z A; 2GQI A; 3NTK A; 1VQK A; 1D3B A; 3M56 A; 1M2O A; 1PHT A; 1VQ7 Q; 3EFS A; 1WX6 A; 1WHM A; 4LDX A; 5KCH A; 4M78 E; 1RL2 A; 2D0N A; 2O4X A; 1VQL A; 4F7U A; 1AZE A; 2JJ9 A; 2LX9 A; 4ZN1 A; 4M75 A; 1WHJ A; 4ZGJ B; 1YWP A; 3HTR A; 4NS5 A; 5CKE A; 1SEM A; 4QQG A; 2RJD A; 1EFN A; 2X4X A; 1M90 R; 2QQ9 A; 2IPO B; 1KJW A; 3CCR T; 1MUZ A; 1ABQ A; 3CCQ A; 1R0C B; 3M0R A; 2P4R A; 5LJ5 g; 1N8R R; 4ZGE B; 3SB2 A; 3JSC A; 3DLL A; 4AFQ C; 3EFO B; 2HCK A; 1NYF A; 1JQQ A; 2E3H A; 3NPF A; 2H8H A; 3I56 A; 5GAM f; 4GY5 A; 1VQ9 A; 2VV5 A; 1E6G A; 2DF6 A; 2FPD A; 3CME A; 1JJ2 S; 1YJW A; 1QP2 A; 4M7A F; 4KT0 E; 9ATC B; 3I5R A; 1YCS B; 1GRI A; 1H8K A; 2VYT A; 2XDB A; 3LGL A; 4C92 G; 2JT4 A; 3CQT A; 1CKA A; 4M78 C; 1M5Q 1; 4FL6 A; 4PLL A; 3CPW P; 2RK1 A; 5A0L A; 3S3M A; 2F2W A; 3EG0 A; 3NGP A; 1D1B A; 1Y7X A; 4OGC A; 5GAN 6; 2XU8 A; 2KI7 A; 2PZ1 A; 1QVG S; 2C0T A; 1K73 R; 5KYY A; 4L6V 5; 1UHC A; 3QZ5 B; 2P0K A; 3TQ7 P; 1Q86 C; 1WQW A; 2J06 A; 1TTH B; 5DY9 A; 2OTL Q; 3NHN A; 1WGS A; 2JOY A; 3WVE B; 4VUB A; 1KQ2 A; 2HKQ B; 3KFV A; 3RMQ A; 4HXJ A; 4JRK A; 5CKD A; 4HCB A; 4MZM A; 2FZK B; 3G1J A; 1VQ9 Q; 2E41 A; 3D7S B; 5EC7 A; 3RDV A; 2P4T A; 3H0H A; 1YJW Q; 3A8M B; 2ECZ A; 1OPK A; 4IKF A; 1AZG B; 2EFI A; 1RAF B; 1VQ8 A; 3TRE A; 1U06 A; 5IAY A; 3G4S A; 4GLK A; 3HRS A; 2FRY A; 4FYW B; 3ZFJ A; 3SWN C; 4E47 A; 1TOV A; 1P92 A; 4D8D A; 4FT2 A; 3MEV A; 2DRM A; 4CRI A; 2L3R A; 4JJC A; 2CDT A; 3EAE A; 2CP3 A; 4RG8 A; 2JZ2 A; 1VQ6 T; 3QDR B; 1ACM B; 1VA7 A; 3CC7 A; 1YI2 A; 5CIU A; 3PGG A; 4B9W A; 1JO8 A; 1WDX A; 2KSS A; 3TEE A; 4QVZ A; 3EG3 A; 1MND A; 1RAE B; 2GCX A; 4ZTJ A; 4IUR A; 3VS5 A; 2AZV A; 2KBT A; 3RER A; 4Y92 A; 3PMI A; 5D7U A; 1RAC B; 2OI3 A; 4DA4 A; 2HNI A; 1UGS B; 5FRN A; 3KUF A; 3OYA A; 2FG0 A; 4E7I A; 1Y96 A; 3QBY A; 4DOV A; 1GCQ A; 5GAN f; 4RCC A; 2CP7 A; 2D8J A; 2LNV A; 1VOM A; 2ZPG B; 1YBY A; 1AWO A; 2JVV A; 4ZTF A; 4P5N A; 2ENM A; 1X75 C; 4BDY A; 2AHJ B; 2LJ0 A; 2EJF A; 4CC3 A; 3OBY A; 1HXD A; 3L2Z A; 4M78 B; 1KC8 U; 1I8F A; 1W6X A; 3ASK A; 1YI2 Q; 2E1H A; 5GAN 2; 1KQS A; 2QAZ A; 2VKN A; 2VXE A; 5DM7 R; 4C5I A; 3OYC A; 4PFO A; 4J9I A; 4F04 B; 2CGH A; 3R6N A; 2CYZ B; 4XTX A; 3L2W A; 5KYX A; 1M30 A; 1X6G A; 3HFO A; 2CZ0 B; 1ZA1 B; 2QGG A; 2DFU A; 5GAM d; 3FDR A; 2IIM A; 1LPL A; 4KGX B; 3QZ9 B; 5IH2 A; 2O31 A; 3QYH B; 4PLI A; 2R5M A; 4O6J A; 3CCR A; 1WQ7 A; 4F16 A; 5KCO A; 2K2M A; 2CZ6 B; 5CVI A; 2CSI A; 3EGX B; 2KAF A; 4F7U E; 4HVU A; 3CEY A; 1K8A R; 5D6X A; 4M75 E; 3OYI A; 2MF2 A; 5LJ3 g; 2RM4 A; 5IN1 A; 2CUD A; 1NEB A; 4PNO A; 3SWN B; 4F17 A; 1MMG A; 2K5I A; 1YJN T; 5CKB A; 2E3I A; 4ESR A; 1U8R A; 3H8Z A; 2RMO A; 4AFU C; 1Q7Y R; 2X9H A; 1B34 A; 1JXM A; 2ATC B; 2OJ2 A; 3E1S A; 3C12 A; 2EQU A; 2ROL A; 1PM3 A; 1IHW A; 1UEC A; 1AWW A; 3JB9 J; 2COY A; 2NUT A; 2MYS A; 2KYB A; 3EG2 A; 2DL7 A; 3OS2 A; 1BCO A; 1VQP T; 1ABO A; 1QKX A; 1PCX A; 4NL2 A; 2ZAE A; 1VYT A; 4DEX A; 3JCM W; 2M0Y A; 1YWO A; 4BDZ A; 4MDW A; 2ZCF B; 2DK3 A; 3CBP A; 2LVM A; 4EPC A; 4M77 D; 2CH4 A; 4M78 F; 2NLU A; 6AT1 B; 5FU7 C; 5IT9 E; 4HT9 A; 2L0A A; 4KRT A; 4ME7 A; 3GNF B; 2CT4 A; 4M75 C; 4RUG A; 3EGU A; 4M78 G; 3TCJ A; 4ELZ C; 1N6A A; 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