The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGFCGRARVHTDFTPSPYDTDSLKLKKGDIIDIISKPPMGTWMGLLNNKVGTFKFIYVDVLSSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain from human SAM and SH3 domain containing protein 1
rcsb |
| molecule keywords |
SAM and SH3 domain-containing protein 1
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
5
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YUP A; 4AG1 C; 3REA B; 2J05 A; 2CSQ A; 3VS2 A; 4WCI A; 5GJV B; 1GCP A; 1JEG A; 2D0N A; 3EHQ A; 1SSH A; 2C0I A; 1H8K A; 3M0U A; 2JS0 A; 1WXB A; 2CRE A; 1NYG A; 2EYZ A; 3PVQ A; 4LN2 A; 1VYU A; 1RUW A; 2OAW A; 1BU1 A; 1QCF A; 2MOX A; 2RNA A; 4CC7 A; 2DBK A; 2A08 A; 3REB B; 1ZX6 A; 2P4R A; 1PKS A; 2L3S A; 2LP5 A; 2LX7 A; 1QWE A; 2DYB A; 2SEM A; 4OMM A; 1WYX A; 1U5S A; 1H3H A; 2FPD A; 5L23 A; 2KT1 A; 1QLY A; 2PNI A; 3QWX X; 2D1X A; 3EG2 A; 1OOT A; 4JJC A; 1X69 A; 1M3B A; 2KEA A; 2NUZ A; 5IHN A; 1SHG A; 2GTO A; 2KYB A; 2GNC A; 2PZ1 A; 3UA6 A; 1MV0 B; 2KYM A; 2X3X D; 1AWJ A; 1NG2 A; 1YCS B; 2LJ3 A; 1AWX A; 1YN8 A; 4E6R A; 1PNJ A; 2GQI A; 3VS5 A; 2F2X A; 4JZ4 A; 3R6N A; 1UG1 A; 2KR3 A; 1ZBJ A; 4AFS C; 2FPE A; 3ZL7 C; 1KIK A; 1W1F A; 1JXM A; 2EYX A; 3EG3 A; 1V1C A; 4Z88 A; 2EQI A; 1T3L A; 2KXD A; 1JU5 C; 2YT6 A; 2GBQ A; 3JV3 A; 2JS2 A; 2M51 A; 1PKT A; 2FEI A; 4A63 B; 1GL5 A; 3M0Q A; 2AKL A; 1B07 A; 2JM8 A; 1AOJ A; 4JZ3 A; 1JXO A; 1MUZ A; 2YUN A; 2DF6 A; 1ABQ A; 1KFZ A; 1BBZ A; 2KGT A; 1NM7 A; 2KRN A; 1SPK A; 4GLM A; 2X3W D; 4F16 A; 1YNZ A; 3VRZ A; 3TSW A; 1ZLM A; 2LZ6 B; 1M3A A; 3NPF A; 2FO0 A; 1B3Q A; 2RQW A; 5IHI A; 2EYW A; 2MIO A; 1WX6 A; 2EVR A; 2YSQ A; 1QKW A; 5EC7 A; 3VS4 A; 3EG1 A; 1PRL C; 2O2O A; 2RQU A; 2W0Z A; 1I07 A; 1AEY A; 1H92 A; 1T0H A; 2PTK A; 3KFV A; 2BZX A; 3PVL A; 2DL5 A; 1AZE A; 4CC3 A; 2CSI A; 2FRW A; 1CSK A; 5FW9 A; 1X2Q A; 1YP5 A; 1GBR A; 1UHC A; 4LNP A; 2ABL A; 1GBQ A; 1I1J A; 2ED1 A; 2VVK A; 3SEM A; 2LCS A; 3VS1 A; 2LJ1 A; 3I9Q A; 1UTI A; 2DIL A; 1AVZ C; 3H0F A; 3CQT A; 4ORZ A; 1SRM A; 2AZS A; 2W10 A; 1WXU A; 4D8D A; 4LUE A; 2DRK A; 4HVV A; 1N5Z A; 1Y57 A; 2DJQ A; 2EGC A; 1AWW A; 1T3S A; 1WLP B; 2EBP A; 4Z8A A; 2A36 A; 4J9C A; 4ESR A; 1PRM C; 1X43 A; 2JTE A; 2HBW A; 1G2B A; 3NMZ C; 1X6G A; 2CH4 A; 2BZ8 A; 1SHF A; 1NEB A; 2DL4 A; 4RUG A; 5HCK A; 1QWF A; 1AWO A; 1UEC A; 1K9A A; 1ABO A; 4RTW A; 2DNU A; 2A37 A; 4M4Z A; 2I0N A; 1RI9 A; 3EG0 A; 4DEY A; 4J9H A; 1U3O A; 2EW3 A; 2QDL A; 2YUO A; 5IXF A; 3NHN A; 3FJ5 A; 2FPF A; 2L0A A; 2H8H A; 1OV3 A; 2KT8 A; 2XMF A; 1M27 C; 1SEM A; 1K4U S; 1UHF A; 4CC4 B; 1FMK A; 2HEQ A; 4KRT A; 3H0H A; 1SRL A; 2GTJ A; 4Z89 A; 4GBQ A; 5I22 A; 3U23 A; 4DEX A; 2LMJ A; 4CC2 A; 3NGP A; 3M0P A; 3O5Z A; 3M0S A; 1OEB A; 1TUC A; 2O88 A; 2K7A A; 1AZG B; 1TUD A; 4J9E A; 5FWB A; 3M0R A; 1GCQ C; 2OJ2 A; 1WI7 A; 3RBB B; 1J3T A; 2AK5 A; 4J9F A; 2VWF A; 3UA7 A; 1E7O A; 4HCK A; 4RTT A; 1ARK A; 2AZV A; 2JMC A; 2KBT A; 2RMO A; 3VS3 A; 2V1R A; 2C0O A; 3H0I A; 1BB9 A; 2O9S A; 5FWC A; 2EGA A; 1ZSG A; 2RPN A; 1HSQ A; 3LH5 A; 5IH2 A; 2KE9 A; 2CT4 A; 1KSW A; 3QWY A; 2EYY A; 3PE0 A; 2KXC A; 2EKH A; 1ZUU A; 2ECZ A; 4J9B A; 2DL7 A; 2DL8 A; 1M3C A; 1PHT A; 4J9D A; 1NEG A; 2LQW A; 4RTV A; 2NWM A; 4RTY A; 1NLP C; 4AFU C; 5GJW B; 2CUD A; 1K0S A; 2LJ0 A; 1KJW A; 1AD5 A; 1K0X A; 2K6D A; 2F2V A; 2M0Y A; 1Z9Z A; 3C0C A; 2LNH B; 1BK2 A; 4RTZ A; 1UGV A; 4LE9 A; 1CKA A; 1MV3 A; 5IHK A; 1OPK A; 1GRI A; 1JQQ A; 1GFD A; 3ULR B; 3UAT A; 2SRC A; 1I0C A; 1M8M A; 4HVW A; 1K76 A; 2V1Q A; 2VKN A; 4R0K A; 2ESW A; 2RQT A; 3VS6 A; 1E6H A; 2DRM A; 2D8H A; 2J6K A; 1Z9Q A; 2JMA A; 1FYN A; 1E6G A; 1RLQ C; 3I5S A; 1JO8 A; 2CH4 W; 4J9G A; 1UJ0 A; 2J06 A; 2BTT A; 3TSZ A; 1YWO A; 4OMN A; 2YDL A; 1QKX A; 2K3B A; 4AG2 C; 2K79 A; 2JXB A; 2O9V A; 3I35 A; 3H41 A; 5ECA A; 5I11 A; 4FSS A; 2DMO A; 2JT4 A; 1A0N B; 2ROL A; 4ZNX A; 1VA7 A; 1X2K A; 1WIE A; 2KNB B; 3UF4 A; 1EFN A; 2ROT A; 4RTU A; 4OMO A; 1ZUY A; 2FRY A; 2E5K A; 1GCQ A; 2J7I A; 2KRS A; 2OI3 A; 4K11 A; 2DLP A; 2DL3 A; 4JJD A; 4LUD A; 1YWP A; 1W6X A; 2KRO A; 2KRM A; 1S1N A; 3VS0 A; 1UUE A; 4JJB A; 1UJY A; 2B86 A; 2JM9 A; 2DBM A; 2AKK A; 2HCK A; 1X6B A; 2J6F A; 4HVU A; 1NLO C; 1G83 A; 4F17 A; 2D8J A; 3EGU A; 1T0J A; 1UE9 A; 2DA9 A; 5IXB A; 3TVT A; 1CKB A; 2K2M A; 1W70 A; 4OMP A; 1ZUK A; 1LCK A; 4OML A; 4AFZ C; 3VRY A; 2RF0 A; 2YUQ A; 2C0T A; 2FG0 A; 4OMQ A; 2RQV A; 2CDT A; 3SHW A; 4D8K A; 3VS7 A; 4JPB W; 4AFQ C; 2MCN A; 1WXT A; 3GBQ A; 1GFC A; 4IIO A; 4RTX A; 3I5R A; 1VYV A; 2DVJ A; 2L3Q A; 2F2W A; 1HD3 A; 2G6F X; 1K1Z A; 2ED0 A; 4IIM A; 1UFF A; 2HDA A; 3RNJ A; 1Y0M A; 3A98 A; 4QT7 A; 2EPD A; 1TG0 A; 2RN8 A; 3IQL A; 2L3P A; 1WFW A; 2GGR A; 1RLP C; 2EGE A; 2IIM A; 1XOV A; 1M30 A; 2CT3 A; 2DE0 X; 3THK A; 2DM1 A; 2HSP A; 4EIK A; 2J6O A; 3M0T A; 2A28 A; 4X1V A; 1VYT A; 2ENM A; 2O31 A; 1WA7 A; 2RQR A; 4F14 A; 1OPL A; 2L2P A; 2BZY A; 1X27 A; 1IO6 A; 1WDX A; 1HJD A; 4Y92 A; 2LQN A; 4HXJ A; 1PWT A; 1U06 A; 4J9I A; 2JW4 A; 2K9G A; 3EHR A; 1UDL A; 2CUB A; 2DX1 A; 1NYF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H8Z A; 1M1F A; 3JCM Q; 3REA B; 2CSQ A; 1GCP A; 4M78 C; 3MO8 A; 5FRN A; 2CRE A; 1NYG A; 3SWN C; 1VYU A; 3F70 A; 2DBK A; 1TH7 A; 3KUF A; 1RAA B; 3I56 T; 3REB B; 1ZX6 A; 1BIB A; 1EX4 A; 5GAN 8; 5LJ5 j; 2QXF A; 3CCE Q; 1YJN Q; 1IHW A; 1D0X A; 2DYB A; 1G3T A; 8AT1 B; 3M53 A; 3A8M B; 3CCL A; 1U5S A; 2FPD A; 5L23 A; 4QQG A; 1NPR A; 4M75 E; 3G4S Q; 4F7U E; 4ELY C; 2NUZ A; 5KYY A; 1ZSZ B; 4BI4 A; 3UA6 A; 3QZ9 B; 1MV0 B; 3QJY A; 2A7Y A; 2X3X D; 4QVC A; 1NG2 A; 4M7A A; 2LCL A; 3QII A; 5GAO q; 4E6R A; 5DLQ E; 2FB7 A; 3VS5 A; 4PKC C; 2PU9 B; 4MZT A; 4XU2 A; 2X4W A; 2HQX A; 4A4H A; 1IHV A; 4AFS C; 4Y28 E; 3ZL7 C; 3CCM T; 1V1C A; 1FWZ A; 2EQI A; 4M77 D; 2YRD A; 3DB4 A; 1G8X A; 2GBQ A; 1FX7 A; 2LVM A; 3JV3 A; 5GAM h; 3CCV Q; 4DBH A; 2V8J A; 1Q86 U; 1PKT A; 4C92 C; 1OYX A; 2P4T A; 3V7R A; 3PTA A; 4KUL A; 1VQ7 Q; 2K3Y A; 2D6F A; 4BE1 A; 4B9W A; 1YCY A; 2DF6 A; 2RJC A; 1XJW B; 2KGT A; 2DKG A; 2X3W D; 2RJD A; 3RMS A; 3VRZ A; 5A0L A; 3TSW A; 3CC4 T; 1M1K U; 2LZ6 B; 3NPF A; 2LDM A; 2RQW A; 3CC2 Q; 2R5A A; 5CK9 A; 2H3E B; 2P0K A; 2OX7 A; 4OB1 B; 4PJL A; 1YI2 T; 2Y90 A; 3LH0 A; 4BE0 A; 4FT4 A; 4XTX A; 2K3X A; 3V8J A; 1K9M C; 4QQ6 A; 4Y91 A; 1VQM T; 3OYG A; 1K9M R; 2PTK A; 5LJ5 e; 2I2L A; 1TS9 A; 1AZE A; 2DAQ A; 1D0Z A; 3L2Z A; 3MPU B; 2VV5 A; 3E9G A; 2ZPF B; 2LNV A; 1X2Q A; 3M58 A; 2O4X B; 1RAE B; 2ED1 A; 1KK7 A; 5FRM A; 3I9Q A; 2D0Q B; 2WSE E; 3H6Z A; 3H0F A; 2E10 A; 3CQT A; 4M78 B; 4ORZ A; 2QI2 A; 2AZS A; 5GAO r; 4PJO B; 4F7U A; 2EKO A; 3SWN B; 5IT9 E; 4XU3 A; 1X75 C; 4DA4 A; 3ER0 A; 4M75 C; 4Z8A A; 2D9T A; 1UGS B; 2JTE A; 3CD6 A; 1X6G A; 2CH4 A; 1SHF A; 1NEB A; 5HCK A; 4M7A G; 2EIF A; 1RAD B; 1NE8 A; 1ABO A; 4JLG A; 2QEX A; 4LDV A; 1AT1 B; 1KQS A; 2I0N A; 3A8G B; 5GAN 2; 3I56 Q; 9ATC B; 1TU0 B; 2A3L A; 2QDL A; 2RHX A; 4FYX B; 4X9D A; 3NHN A; 3CME Q; 1I5L A; 2YLC A; 2EQM A; 4LDX A; 2H8H A; 2QK0 A; 1OV3 A; 1OX8 A; 2XMF A; 1MMA A; 4RG8 A; 4X9C A; 1SEM A; 5GMK i; 1K4U S; 1VQ4 A; 2XID A; 4CC4 B; 3H0H A; 3OB9 A; 1SRL A; 2GTJ A; 4Z89 A; 1RI0 A; 1YIT A; 4GBQ A; 3U23 A; 2QGF B; 1ZHI A; 2EQK A; 3EGD B; 3NGP A; 4PLL A; 1Q7Y U; 3M0S A; 2O88 A; 4J9E A; 1SKU B; 2CUB A; 1VQN T; 4E7K A; 4BI8 B; 1Y71 A; 3V7S A; 1TSF A; 1H3Z A; 5D6X A; 4BB7 A; 4C92 B; 3RBB B; 1J3T A; 4J9F A; 2VWF A; 4KH0 B; 1E7O A; 1ACM B; 2RA2 A; 5D6W A; 2HZY A; 2BIV A; 1ARK A; 5LJ3 g; 2JMC A; 2DTO A; 3VS3 A; 3SFM A; 3ZBD A; 1WPY A; 2F5K A; 3HTR A; 1QVG P; 3CCS A; 1K8A C; 2QQS A; 1HSQ A; 3LH5 A; 5IH2 A; 1W2B P; 2X9H A; 1K8A R; 2QDY B; 2EYY A; 3PE0 A; 1K73 U; 2KXC A; 2EKH A; 3QUI A; 2DXU A; 2DTH A; 2F1L A; 3CC4 Q; 2ECZ A; 5HK0 A; 2PVD B; 4R56 A; 2DL8 A; 2BE7 D; 4IUQ A; 2MYS A; 1VIE A; 1PHT A; 2ZPE B; 2YRC A; 4J9D A; 1NEG A; 5HKC A; 4F7U G; 1PC0 A; 1RAC B; 5GJW B; 4E7L A; 1KJW A; 1VQM Q; 2GFA A; 3HSB A; 4KBM B; 3OYJ A; 1N8R C; 1M1G A; 3HHT B; 4C8Q F; 1Z9Z A; 2XK0 A; 3C0C A; 1H64 1; 2LT4 A; 3OW2 P; 3R6O A; 3DLM A; 4LE9 A; 2L5Q A; 3NTK A; 4ELZ C; 1UGP B; 3FC3 A; 1N8R R; 5IHK A; 1B7T A; 1GRI A; 1GFD A; 4QQD A; 3C12 A; 4M75 B; 1WHK A; 5EG2 A; 1KD1 U; 4OMF B; 1VQ8 T; 4EDU A; 2KI7 A; 1YIJ T; 2YRV A; 2ESW A; 2RQT A; 3KBG A; 2D8H A; 2ZPB B; 4M7D F; 3EFR A; 1UEB A; 2K2V A; 2ZPI B; 3WVE B; 2VXE A; 2JMA A; 4IUT A; 1FYN A; 1E6G A; 1QVP A; 3RER A; 1PM3 A; 2DZ9 A; 2BTT A; 2RO0 A; 3VUB A; 4FYY B; 1QKX A; 4AG2 C; 1QVF P; 1DJ7 B; 2O9V A; 1FMW A; 5CAI A; 4FSS A; 5GAM d; 2JT4 A; 4F04 B; 1G5V A; 4OP0 A; 1WIE A; 2X4J A; 2CP5 A; 2ROT A; 3HP9 A; 4FL6 A; 2J7I A; 1QP3 A; 2HKQ B; 4J5Y A; 2DLP A; 3OYE A; 3CCR T; 3CD6 Q; 3M4G A; 4JJB A; 4L59 A; 1VQL A; 2JM9 A; 3HRT A; 5LJ5 g; 4HVU A; 2DER A; 1IGQ A; 5GAN g; 4XTZ A; 4O5V A; 1CKB A; 2K2M A; 1VQ5 T; 3JSC A; 1Y96 A; 3BW1 A; 3EFS A; 1X01 A; 2CZ7 B; 4AFZ C; 5GAO n; 3OYY A; 2FZG B; 4C5I A; 5GAN 3; 2FG0 A; 2JTF A; 1VQ4 Q; 7AT1 B; 3SHW A; 3FJP A; 3OMC A; 4D8K A; 4AFQ C; 4JPB W; 5J39 A; 1D3B B; 1VQK A; 2HAX A; 2EQJ A; 5CQX A; 4BI3 A; 4C5H A; 2CZ0 B; 1LPL A; 2OTL A; 3I5R A; 2F2W A; 3JCM e; 1HD3 A; 4C8Q D; 4E47 A; 2HL5 C; 2HDA A; 1Y0M A; 1TG0 A; 4M7D E; 3PGG A; 2IIM A; 3RKW A; 3V8K A; 3CC7 A; 2DE0 X; 2DM1 A; 4OGE A; 2HSP A; 3OBY A; 3CCE A; 2KY9 A; 4X34 A; 1YJN A; 3M0T A; 3RUX A; 4DOV A; 1YJ9 T; 1WA7 A; 2RQR A; 2PVO B; 1JJ2 A; 1MMN A; 2L2P A; 1IO6 A; 4A4E A; 5C0M A; 3EG9 A; 4Y92 A; 2LQN A; 1U06 A; 1N27 A; 2JW4 A; 3QPH A; 1BIA A; 2X4Y A; 1NYF A; 2BE9 B; 1X6O A; 1OU9 A; 2HNI A; 4TVR A; 1Q81 U; 4JRP A; 2J05 A; 2MPX C; 5FRO A; 1JEG A; 1NJI U; 2HQE A; 3CXC A; 2C06 A; 2JS0 A; 1WXB A; 3A8H B; 2OAW A; 1IGU A; 2A08 A; 4MDX A; 3FEO A; 2P4R A; 1YIJ Q; 1U1T A; 3CCV A; 2FVU A; 1PKS A; 4DBF A; 4M78 E; 2SEM A; 4PJO E; 2KT1 A; 1VQ7 A; 2D1X A; 3MEW A; 1ZSZ A; 4JRK A; 3D7S B; 1O9S A; 1M3B A; 3P8B B; 1ZSZ C; 4J83 A; 2KEA A; 2KYB A; 4N0A A; 2PZ1 A; 3P8H A; 2KYM A; 3CC2 A; 1ZBX A; 1YCS B; 2DZC A; 2K5L A; 1B34 B; 3E1S A; 4KGV B; 4IUU A; 2X51 A; 3R6N A; 3A1P A; 3GNF B; 1YJW A; 1KIK A; 4PJM A; 2JNG A; 4Z88 A; 2QQA A; 2YT6 A; 3CCR Q; 3OS5 A; 2DXC A; 2M51 A; 2FEI A; 1Q82 C; 1M2O A; 3TQ7 P; 1OUL A; 3JB9 H; 5GAN 5; 1B07 A; 4MDW A; 1YBY A; 2COZ A; 4PL6 A; 2Y4X A; 4EMH A; 4JZ3 A; 5GAN h; 2HMA A; 4M7D C; 1Q82 R; 1JXO A; 1MUZ A; 3HKS A; 3JCM X; 5A0D A; 1KFZ A; 1BBZ A; 1C6V X; 3CCJ T; 4M77 F; 2HBP A; 2KVQ G; 4FW1 A; 4XTW A; 1ZLM A; 5KYW B; 2FO0 A; 2RHI A; 1B3Q A; 1WQW A; 2LQ8 A; 3QKJ A; 3CPF A; 2YSQ A; 3QHS A; 4BAC A; 3EG1 A; 1PRL C; 4IKF A; 4E7J A; 5A2Q E; 5GAM f; 4EPC A; 5CKF A; 2XDP A; 4XTV A; 4M7A D; 3JB9 G; 1H92 A; 2E12 A; 1NPP A; 3OYK A; 3I56 A; 3JCM b; 1VQP T; 2O4X A; 2EFI A; 2F69 A; 3G71 T; 3CME A; 5FW9 A; 1YP5 A; 1IRX A; 3CCU T; 2VVK A; 3SEM A; 1VQ9 T; 1QMC A; 4M78 A; 1BI3 A; 3PIO A; 4C5G A; 2OTL Q; 2CKK A; 4PJO A; 3SWN A; 3M9Q A; 3JRZ A; 2M0O A; 4PJO C; 2DEU A; 4CI0 C; 3PIP A; 4D8D A; 3J81 E; 3QO3 A; 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