The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
GSSGSSGNKVRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSDSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of 130 kDa phosphatidylinositol 4,5-biphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein
rcsb |
| molecule keywords |
130 kDa phosphatidylinositol 4,5-biphosphate-dependent ARF1
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OJ2 A; 3EG1 A; 2ED1 A; 3EHR A; 5FWC A; 2GGR A; 2DX1 A; 1WXB A; 2RQR A; 2IIM A; 1X43 A; 2DL7 A; 2PTK A; 1WI7 A; 3FJ5 A; 4E6R A; 1U3O A; 4RUG A; 1UUE A; 3EG0 A; 3VS5 A; 3VRZ A; 1TUC A; 4RTT A; 2K7A A; 5ECA A; 3REB B; 1VA7 A; 2O9V A; 1UHC A; 1M3A A; 2JXB A; 1RI9 A; 2EGC A; 1MV3 A; 1JXM A; 2HEQ A; 2OAW A; 1H8K A; 1AWW A; 2CT4 A; 2LZ6 B; 4HVU A; 1IO6 A; 2F2W A; 1BB9 A; 1PRM C; 4CC7 A; 1HD3 A; 1AZG B; 2GBQ A; 4FSS A; 4GLM A; 3VS0 A; 1WXT A; 2DJQ A; 1OPK A; 2KRM A; 2E5K A; 1UJY A; 1PRL C; 4OMN A; 4J9D A; 4LE9 A; 2YUN A; 2X3X D; 3VRY A; 1GL5 A; 1J3T A; 4RTY A; 4RTW A; 2DBK A; 5L23 A; 2EW3 A; 1OEB A; 3M0S A; 1SHG A; 1X6B A; 2CSQ A; 2A36 A; 2EGA A; 4OMP A; 1SRL A; 2YT6 A; 1RLQ C; 3M0U A; 1H3H A; 3VS7 A; 1M3B A; 1GBQ A; 1T3S A; 3IQL A; 2CH4 A; 2EYY A; 2RQU A; 4OML A; 1M8M A; 1B07 A; 1KJW A; 1YN8 A; 2RQW A; 1W6X A; 3A98 A; 4JJC A; 4LNP A; 4F16 A; 1WFW A; 1ZX6 A; 2YUO A; 1Y0M A; 1FMK A; 1AEY A; 3CQT A; 1M3C A; 1UGV A; 2JW4 A; 2DNU A; 2RPN A; 3M0P A; 1NEG A; 3ULR B; 4AFS C; 2DBM A; 1EFN A; 4J9G A; 2KRN A; 2HCK A; 1E6G A; 1T0H A; 2EYW A; 2EKH A; 2KXC A; 3NHN A; 2D8H A; 4X1V A; 1ZUU A; 4D8K A; 3NMZ C; 4JJD A; 3QWX X; 4LN2 A; 2J7I A; 1M30 A; 4KRT A; 1WXU A; 4R0K A; 2RNA A; 4J9F A; 2ENM A; 4AG2 C; 1UDL A; 2JT4 A; 5IHN A; 3U23 A; 2DIL A; 1Z9Z A; 4HCK A; 4RTZ A; 2O31 A; 2LX7 A; 1PNJ A; 1GFD A; 2W0Z A; 2EVR A; 2GTJ A; 4IIO A; 2NUZ A; 2JMC A; 2HBW A; 1U5S A; 3PVQ A; 1ZUY A; 2LJ3 A; 2FO0 A; 2DLP A; 2CDT A; 3TVT A; 2DF6 A; 4J9E A; 2PZ1 A; 2DE0 X; 1CKB A; 1YCS B; 3H41 A; 2A28 A; 3NGP A; 1ABO A; 1PHT A; 3VS1 A; 1AWO A; 1WLP B; 2J05 A; 2KEA A; 2L3Q A; 1BBZ A; 2J6F A; 3EHQ A; 3TSZ A; 1PKT A; 2YUP A; 1OOT A; 1VYT A; 4AFU C; 2RMO A; 3LH5 A; 1V1C A; 1FYN A; 1G2B A; 1T0J A; 2CSI A; 2KRS A; 2RQV A; 2C0O A; 2K6D A; 4Z88 A; 1X2K A; 4Y92 A; 2SEM A; 1BK2 A; 2L3S A; 2ROT A; 3VS4 A; 5FW9 A; 3SEM A; 2W10 A; 2EBP A; 3QWY A; 4WCI A; 1QCF A; 1GCQ A; 1PKS A; 2C0T A; 2FPF A; 3EG3 A; 3O5Z A; 2FRY A; 2LP5 A; 2D1X A; 1SEM A; 4JPB W; 3RBB B; 5IXB A; 4IIM A; 2YDL A; 1SRM A; 4ZNX A; 3NPF A; 2L3P A; 2CRE A; 5I22 A; 1UE9 A; 5I11 A; 1HSQ A; 4GBQ A; 1N5Z A; 4DEX A; 1AZE A; 1QKW A; 4HVW A; 5IH2 A; 2K79 A; 2KT8 A; 2DL8 A; 1GFC A; 2BTT A; 1NYF A; 1KFZ A; 2KRO A; 1JU5 C; 1QWE A; 2A37 A; 4AG1 C; 2XMF A; 2PNI A; 4OMM A; 4CC4 B; 4J9I A; 3H0H A; 4QT7 A; 3I9Q A; 4F14 A; 4EIK A; 3VS3 A; 1MUZ A; 1VYV A; 1K4U S; 1QLY A; 2K3B A; 1I0C A; 4AFZ C; 2O88 A; 2LQN A; 2GTO A; 5HCK A; 1UFF A; 2CT3 A; 1JQQ A; 2OI3 A; 1JO8 A; 3EG2 A; 2CUD A; 1K1Z A; 2AKK A; 2JM8 A; 2JS0 A; 1ABQ A; 2FEI A; 2CH4 W; 1Z9Q A; 4CC3 A; 2QDL A; 4D8D A; 2MCN A; 2BZY A; 2DL5 A; 1NLO C; 1X69 A; 1CKA A; 3M0T A; 1NM7 A; 4RTV A; 1AVZ C; 2KXD A; 1ZLM A; 1RUW A; 2VWF A; 2H8H A; 3PVL A; 3PE0 A; 2X3W D; 5IHI A; 5IXF A; 4HVV A; 2DYB A; 1TUD A; 1MV0 B; 1QWF A; 3SHW A; 2F2X A; 1RLP C; 2L0A A; 1YWO A; 4OMO A; 2KYB A; 1UEC A; 2CUB A; 2K9G A; 4AFQ C; 1WYX A; 2AK5 A; 1K76 A; 1KIK A; 3JV3 A; 2DRK A; 4J9C A; 2DRM A; 2LMJ A; 1SHF A; 3KFV A; 1NG2 A; 4F17 A; 4JZ3 A; 1S1N A; 4LUD A; 1K0S A; 2DMO A; 1LCK A; 2KT1 A; 2O2O A; 1JXO A; 4M4Z A; 2G6F X; 2FPD A; 4CC2 A; 1YWP A; 2J06 A; 2P4R A; 4A63 B; 1YP5 A; 2EYX A; 2YSQ A; 2LCS A; 2AZS A; 1GCP A; 2ED0 A; 5FWB A; 1B3Q A; 1E6H A; 1VYU A; 1ARK A; 1W70 A; 1OV3 A; 2FPE A; 2HSP A; 1QKX A; 1TG0 A; 2EQI A; 2DVJ A; 3UA6 A; 2I0N A; 1H92 A; 1UHF A; 1ZUK A; 2MOX A; 2EYZ A; 5GJW B; 1WX6 A; 1G83 A; 4LUE A; 1AD5 A; 2O9S A; 3M0Q A; 2JTE A; 2D8J A; 2KNB B; 3H0F A; 1AOJ A; 2KYM A; 2J6O A; 2AZV A; 4OMQ A; 1T3L A; 1X2Q A; 1X27 A; 2YUQ A; 1UJ0 A; 1JEG A; 3TSW A; 1CSK A; 2A08 A; 1GCQ C; 1KSW A; 1UG1 A; 2LNH B; 1ZSG A; 2ESW A; 2VVK A; 4JJB A; 2ROL A; 2M0Y A; 4Z89 A; 1AWJ A; 2JMA A; 2GQI A; 3REA B; 5EC7 A; 1NYG A; 1A0N B; 2KR3 A; 2LJ0 A; 3I5R A; 2LQW A; 2F2V A; 3GBQ A; 1I07 A; 3ZL7 C; 2RF0 A; 1GRI A; 2DL4 A; 2ECZ A; 1WDX A; 3THK A; 2B86 A; 4HXJ A; 4ORZ A; 1K0X A; 1K9A A; 2LJ1 A; 2DM1 A; 1XOV A; 1W1F A; 4ESR A; 4JZ4 A; 1SPK A; 2AKL A; 2JM9 A; 2M51 A; 2KGT A; 2DA9 A; 3I35 A; 2EGE A; 1Y57 A; 3UF4 A; 2D0N A; 2NWM A; 1GBR A; 1X6G A; 2V1R A; 1E7O A; 3RNJ A; 1WA7 A; 3C0C A; 1HJD A; 3UA7 A; 4Z8A A; 2KBT A; 4J9H A; 2J6K A; 1NLP C; 1BU1 A; 3VS2 A; 4K11 A; 1I1J A; 1AWX A; 2VKN A; 1ZBJ A; 2BZ8 A; 2K2M A; 5GJV B; 2DL3 A; 2JS2 A; 2V1Q A; 2HDA A; 3EGU A; 1YNZ A; 2FG0 A; 4RTX A; 4DEY A; 1WIE A; 3M0R A; 2EPD A; 1UTI A; 1NEB A; 2RQT A; 1OPL A; 2L2P A; 4RTU A; 2BZX A; 3I5S A; 3UAT A; 3R6N A; 2SRC A; 2ABL A; 1PWT A; 3H0I A; 1M27 C; 2KE9 A; 5IHK A; 1U06 A; 4J9B A; 3VS6 A; 1SSH A; 2C0I A; 2FRW A; 2MIO A; 2GNC A; 2RN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OJ2 A; 3EG1 A; 5FWC A; 2GGR A; 2DX1 A; 2HMA A; 2XD0 A; 2DZ9 A; 1I81 A; 3G1J A; 3PNW C; 1NE8 A; 4C5H A; 4OB0 B; 1W2B S; 4E6R A; 2RHI A; 5KYU B; 2M0O A; 3C94 A; 1WPY A; 4PFZ A; 4PJO C; 2VXE A; 4RTT A; 1VA7 A; 2JXB A; 1RI9 A; 2EGC A; 3FDR A; 3NFC A; 1H8K A; 1RAE B; 2F2W A; 3J7A F; 1ZSZ B; 2AIR B; 3P8B B; 2DFU A; 2ZAE A; 1WXT A; 2DJQ A; 5GAM d; 4M75 A; 4M7D F; 3CCV A; 2QGF B; 2DET A; 1V76 A; 2YUN A; 3VRY A; 1VQK A; 4RTY A; 1YBY A; 3EFO B; 2DBK A; 2E1H A; 3M0S A; 1SRL A; 2ZGW A; 3JB9 I; 4HCZ A; 1RLQ C; 3OYA A; 4RCB A; 3IQL A; 2M02 A; 3LGL A; 4NOY A; 1VQM T; 2HKN A; 2RQU A; 4MMK A; 1YN8 A; 3P8H A; 2RQW A; 1W6X A; 3A98 A; 3OBY A; 3QXE B; 4PKC C; 5CCA A; 3HHT B; 3CXC S; 4M75 F; 1WFW A; 1RL2 A; 3MJX A; 1Y0M A; 5LL6 S; 3CQT A; 3OS2 A; 3CCU A; 1HXD A; 4N0A A; 5GAN h; 3DLM A; 2JW4 A; 1VQO A; 3TCJ A; 3G71 T; 3X24 B; 1YJ9 T; 4AFS C; 2DBM A; 3KXT A; 2F69 A; 4GY5 A; 1VQN T; 4DQ2 A; 1T0H A; 4M78 A; 1O9S A; 1QP2 A; 2EKH A; 1YIJ Q; 3CCM Q; 4X1V A; 3FB9 A; 4C8Q D; 2M9U A; 1ZUU A; 3MEA A; 4PLI A; 5IAY A; 3BE3 A; 3EGX A; 2ZPB B; 2J7I A; 4C92 E; 2RHU A; 2DKG A; 1OZ2 A; 4KRT A; 4J9F A; 2ENM A; 4RG8 A; 2JNG A; 1UDL A; 2JT4 A; 2DEU A; 1GXI E; 4C5G A; 2A3L A; 5IHN A; 2CZ6 B; 4RTZ A; 5AT1 B; 2O31 A; 4PJN A; 3DLL A; 4M78 F; 3DB4 A; 2NUZ A; 2COY A; 3GLX A; 1B7T A; 1ZUY A; 1MMA A; 9ATC B; 2LQK A; 3NTI A; 1QP3 A; 4KUD K; 3TVT A; 2OX7 A; 2DXU A; 1Y07 A; 1CKB A; 3NGP A; 4PJO E; 1ABO A; 3VS1 A; 3CCE T; 4FW2 A; 1AWO A; 4M7D D; 3EG9 B; 2L3Q A; 1X6O A; 4PJO A; 1PKT A; 3I55 A; 4OB3 B; 3NTH A; 2DD4 A; 4Z88 A; 1YHQ A; 1BK2 A; 3A5Z B; 3G7Z A; 1SKU B; 5FW9 A; 3SEM A; 3QWY A; 2WSE E; 1R77 A; 4J8O A; 1GCQ A; 3CCR A; 1EIF A; 5EG2 A; 4II1 A; 1RAI B; 4E7K A; 1UGS B; 4JPB W; 5IXB A; 4XTU A; 3CME Q; 3VV0 A; 5KCH A; 2L3P A; 1K8A U; 4OGC A; 3L2Q A; 1UE9 A; 1C6V X; 4M7A E; 5GAN 4; 2BE9 B; 3VYG A; 4GBQ A; 2VXF A; 1QKW A; 1D1A A; 4M7A A; 5IH2 A; 2EQK A; 2X51 A; 4AT1 B; 2K79 A; 4BDY A; 3CCQ T; 6AT1 B; 1NYF A; 5GAN 2; 1S72 T; 4JS5 A; 3VU3 C; 1D0Z A; 3LW5 E; 5LJ3 e; 1QVG S; 1MMD A; 4M77 E; 4CC4 B; 4J9I A; 1HYO A; 3JCM X; 4M77 A; 4EIK A; 1TTH B; 1VYV A; 1QLY A; 2K3B A; 4DOW A; 3QZ9 B; 1EZZ B; 4M7A F; 2R57 A; 2RO0 A; 3CC7 T; 2GTO A; 1FMV A; 1YI2 T; 2DAQ A; 2CT3 A; 2OI3 A; 2GF7 A; 2AKK A; 2JS0 A; 3JSC A; 3JB9 H; 5FRN A; 1Z9Q A; 2EYQ A; 2MCN A; 2BZY A; 4KBM B; 1VIE A; 5GAO n; 3JCM V; 4ELZ C; 1YIT T; 2E4H A; 1CKA A; 1OUL A; 1D1B A; 3GPL A; 1YJN T; 3MEU A; 1M1F A; 2VWF A; 2H8H A; 5IXF A; 2CP3 A; 3L1A A; 1QWF A; 5DM7 R; 1VQ5 T; 2LCL A; 2QEX T; 2DZC A; 3OYN A; 2QYZ A; 2AK5 A; 1K76 A; 2DRK A; 3N5B B; 1M1G A; 1SHF A; 4F17 A; 4C8Q G; 2DMO A; 1LCK A; 4WTO B; 1P92 A; 2DXB A; 4M4Z A; 1PD1 A; 2FPD A; 2COZ A; 1VQM Q; 2EYX A; 3JCM d; 2MMP A; 3CMA T; 2AZS A; 2CGH A; 3QG1 A; 1B3Q A; 1E6H A; 5GAO r; 1MMN A; 2LC4 A; 1OV3 A; 4DBH A; 2HQE A; 2HSP A; 2P0Q A; 1TG0 A; 2XU8 A; 3G71 Q; 4C92 B; 5I21 A; 2X4J A; 1WX6 A; 4LDU A; 1VQN Q; 1G83 A; 2L8D A; 2F1L A; 1ACM B; 3OA6 A; 3TU4 K; 2X9H A; 5LJ3 d; 3MKD A; 2DER A; 2D8J A; 1MNE A; 1AT1 B; 1AHJ B; 1M2V B; 1VQ8 A; 3RDV A; 3S3O A; 3RUX A; 2OAU A; 3LGF A; 3AHU A; 2YUQ A; 1UJ0 A; 2A08 A; 2OTJ A; 4A54 A; 1KSW A; 4J83 A; 2ESW A; 4JJB A; 5A0L A; 2JTF A; 2XHC A; 3S3M A; 1QMC A; 5CKF A; 5GAN f; 2JMA A; 2GQI A; 2M16 A; 1N9S A; 1BCM A; 2OTL T; 3REA B; 5EC7 A; 1A0N B; 4R55 A; 4NL3 A; 2VB6 A; 2RHX A; 1I07 A; 1BKB A; 5KYW B; 4XU0 A; 2DL4 A; 2QQA A; 4FT2 A; 1XJW B; 1ZQ1 A; 2B86 A; 2HL3 A; 1LNX A; 2RJE A; 4ORZ A; 1Q95 G; 1K9A A; 1KQ1 A; 1XOV A; 2COW A; 4JZ4 A; 1SPK A; 2AKL A; 2QDY B; 2K5L A; 1G3T A; 1RAF B; 3CCE Q; 3RR6 A; 2X4X A; 3RNJ A; 1WA7 A; 4IKF A; 3HRU A; 5GAM g; 5KYU A; 5CKE A; 3OS0 A; 1D09 B; 4C0D C; 1Q86 R; 2XDD A; 4K11 A; 1I1J A; 1OU8 A; 2MAM A; 2VKN A; 3PMT A; 1JB0 E; 4ANJ A; 4ME7 A; 2DL3 A; 2JS2 A; 4J6X A; 2V1Q A; 2HDA A; 3VUZ A; 1ZSZ A; 1WNL A; 3OYB A; 3C4S A; 3H9N A; 4J6W A; 2EPD A; 4RTU A; 2L2P A; 2BZX A; 2SRC A; 3A8M B; 2ABL A; 1QVF S; 4BE0 A; 3MHX A; 1TU0 B; 3EFO A; 4QVC A; 3INZ A; 1U06 A; 4C8Q C; 1VQ6 T; 2RM4 A; 2ED1 A; 1WXB A; 2IIM A; 3GOX A; 4NS5 A; 3CCQ Q; 4FYW B; 2CZ1 B; 3H8Z A; 1QCN A; 2DL7 A; 2PTK A; 4XTX A; 1S72 Q; 4XTV A; 1U3O A; 4RUG A; 3OYI A; 1UUE A; 3EG0 A; 3JB9 D; 4PK4 A; 3REB B; 3OS5 A; 5A2Q E; 3OYE A; 1OQK A; 1JXM A; 2HL5 C; 2ZPE B; 3F70 A; 5FRO A; 4DBF A; 2YRV A; 2YRD A; 4HVU A; 2QG9 B; 1WHG A; 3OY9 A; 3CCJ A; 3E9G A; 1PRM C; 2YWW A; 1HD3 A; 4A4H A; 3CC7 Q; 1YI2 Q; 1WGS A; 4V2S A; 4M7D C; 3G4S A; 3M59 A; 3CCS T; 1YIJ A; 1OX9 A; 2E5K A; 3CCM A; 2FZG B; 1HK9 A; 1PCX A; 2EAY A; 2VGM A; 1YIT Q; 2X3X D; 1M8V A; 3TQ7 P; 1YFN A; 4TVR A; 1YJN Q; 2E65 A; 5LJ5 f; 1X6B A; 4OMP A; 2Z0W A; 3VS7 A; 3FIF A; 1Q81 C; 1JJ2 A; 1Y96 B; 1VQ5 Q; 1TH7 A; 2X35 A; 2QEX Q; 3FEO A; 4JJC A; 3QJ6 A; 1EX4 A; 1ZX6 A; 1FMK A; 4BE1 A; 2CZ7 B; 1M3C A; 3QYH B; 3EG9 A; 1UGV A; 4QQG A; 2P84 A; 3FJP A; 2HBP A; 3M0P A; 1EFN A; 4OB2 B; 1OI1 A; 1YJW Q; 2F5K A; 2CKK A; 3CMA Q; 4ZGJ B; 3O8V A; 3GP8 A; 3L2U A; 3VKI A; 4JJN K; 2RH2 A; 2XDP A; 3M58 A; 3MEW A; 4E7I A; 3JCM Q; 2LTO A; 2RNA A; 2PUK B; 4AG2 C; 4E7Z A; 1M1K C; 4JRI A; 2EJG A; 5CKB A; 3EFR A; 3MP6 A; 2DIL A; 1Z9Z A; 1KD1 C; 3VUB A; 3LLR A; 4HCK A; 1U1S A; 4C8Q E; 3OYD A; 1Q86 C; 3URG A; 1VQL A; 3OW2 A; 1PNJ A; 2CYZ B; 3WXM B; 2FL7 A; 3FRN A; 3L2R A; 4EMK C; 4IUQ A; 2CDT A; 3OYH A; 2DF6 A; 2OTL Q; 1YCS B; 1PHT A; 2O01 E; 3BDU A; 2R5A A; 3OSV A; 4E47 A; 1VOM A; 5I2M A; 2YUP A; 1VYT A; 2V8J A; 2RMO A; 5HK0 A; 1WHM A; 1T0J A; 2RQV A; 2L89 A; 2C0O A; 2SEM A; 3RKW A; 2Y4Y A; 5HY6 A; 1VQ4 A; 3CCV T; 2W10 A; 5KCO A; 4J7F A; 3EGD B; 2ZZD A; 3SD4 A; 3O5Z A; 4JLI A; 2FRY A; 2EFI A; 4BE2 A; 4IIM A; 5GAM h; 4B6M A; 5J39 A; 3HP9 A; 3SWN C; 3HRT A; 4ZNX A; 4L5G A; 2CRE A; 2P0K A; 3JB9 G; 4KH0 B; 1N5Z A; 1ZA1 B; 3JCM g; 4DEX A; 1AZE A; 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