The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
GSSGSSGMATKARVMYDFAAEPGNNELTVTEGEIITVTNPNVGGGWLEGKNNKGEQGLVPTDYVEILPNDGKDPFSC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis
|
| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9
rcsb |
| molecule keywords |
Sorting nexin-9
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| total genus |
8
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| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EG2 A; 2HSP A; 4AFQ C; 3ZL7 C; 2KRO A; 5GJW B; 1U06 A; 1B07 A; 2KEA A; 1ARK A; 3THK A; 1U5S A; 2GGR A; 2YSQ A; 2D8H A; 1G83 A; 2SRC A; 2W10 A; 5IHK A; 1NM7 A; 1PHT A; 2JMA A; 1MV0 B; 2DL7 A; 3I5R A; 2RMO A; 2ESW A; 4LN2 A; 2CUD A; 2DL4 A; 1K0X A; 2EYX A; 3U23 A; 4M4Z A; 2YDL A; 2O88 A; 4Z89 A; 4OMQ A; 4DEX A; 2BTT A; 2HEQ A; 2LX7 A; 1PRM C; 4OMP A; 4AFZ C; 1W1F A; 2K3B A; 4HVV A; 1WLP B; 2JS0 A; 2EGA A; 2GTO A; 3VS5 A; 2J05 A; 2KT8 A; 2LJ0 A; 1ZUY A; 2KT1 A; 2RN8 A; 2VVK A; 1G2B A; 1TUC A; 4D8K A; 2GQI A; 3VS0 A; 2OJ2 A; 1NG2 A; 3VS4 A; 2DLP A; 1ZBJ A; 5EC7 A; 1GBR A; 2IIM A; 1EFN A; 3TVT A; 1UFF A; 2J6F A; 3NHN A; 1H3H A; 2AK5 A; 2DYB A; 2C0O A; 2KYB A; 1Z9Q A; 1M3B A; 1WXT A; 2DA9 A; 2EW3 A; 2KRS A; 1X6B A; 2DMO A; 2L3S A; 4Y92 A; 1K76 A; 1AOJ A; 3JV3 A; 4JJD A; 1N5Z A; 1ZUU A; 2AKL A; 2KE9 A; 2LMJ A; 1JEG A; 1PNJ A; 2FRY A; 2FG0 A; 2KYM A; 3M0Q A; 1AZE A; 2K6D A; 2X3W D; 3GBQ A; 2LQN A; 1JQQ A; 2VWF A; 4JZ3 A; 2F2W A; 1AVZ C; 2DNU A; 4ORZ A; 1ABQ A; 1ZUK A; 2ROL A; 1M8M A; 2GNC A; 1E6G A; 4J9D A; 2MCN A; 1WIE A; 1QCF A; 4DEY A; 1CKA A; 3RBB B; 4J9E A; 2JM9 A; 1TG0 A; 2FPE A; 2YUQ A; 1CKB A; 2L3P A; 2FEI A; 2D0N A; 3M0R A; 1HSQ A; 1UHF A; 2V1R A; 3EG3 A; 1X2K A; 2CRE A; 5IHN A; 2F2V A; 2SEM A; 2VKN A; 2FPD A; 1YCS B; 2GTJ A; 4RUG A; 4K11 A; 2NWM A; 3NGP A; 2DM1 A; 4FSS A; 1GL5 A; 2CSQ A; 3VRY A; 2DX1 A; 2A36 A; 1FYN A; 1T0H A; 3ULR B; 4EIK A; 2AKK A; 3R6N A; 1Y0M A; 4X1V A; 1ZSG A; 2FPF A; 2K2M A; 2RQW A; 2DF6 A; 2JT4 A; 2JMC A; 1VA7 A; 2DBK A; 3EGU A; 3EHR A; 1PKT A; 1Y57 A; 1ZX6 A; 1UGV A; 1UHC A; 2LCS A; 2M51 A; 1QKX A; 1M30 A; 4ESR A; 3PVL A; 1S1N A; 4OMO A; 1YN8 A; 4CC3 A; 1JXM A; 3VRZ A; 1AWW A; 1WXU A; 1UG1 A; 1XOV A; 1BBZ A; 1K4U S; 1UDL A; 1ABO A; 1GFD A; 4J9B A; 2OI3 A; 2EVR A; 1I07 A; 1VYT A; 5I22 A; 4JJB A; 2ABL A; 2JW4 A; 4OMM A; 3REB B; 2DL5 A; 1RUW A; 1T3L A; 3VS6 A; 2O9S A; 2YUO A; 4CC2 A; 3SEM A; 1KSW A; 2P4R A; 1QLY A; 2XMF A; 2A08 A; 1WFW A; 1AWO A; 1GCQ A; 2LJ3 A; 4D8D A; 1YWO A; 1LCK A; 4J9G A; 4JPB W; 1U3O A; 2B86 A; 2FO0 A; 2RQV A; 4F14 A; 2JXB A; 2JTE A; 1GFC A; 1T0J A; 5HCK A; 1NYG A; 2QDL A; 1NEB A; 4A63 B; 1CSK A; 2EGC A; 1SHG A; 4AFU C; 5I11 A; 2KR3 A; 3QWY A; 4IIM A; 1UJY A; 2LNH B; 1K1Z A; 1FMK A; 2AZS A; 3UF4 A; 2A37 A; 2KGT A; 2DRM A; 2EQI A; 4HVU A; 2MOX A; 2A28 A; 1M3A A; 1AD5 A; 4RTU A; 1JXO A; 1SHF A; 1UJ0 A; 5FW9 A; 2NUZ A; 3TSW A; 1J3T A; 3I9Q A; 1A0N B; 3M0T A; 2PNI A; 4JZ4 A; 1MV3 A; 1OPK A; 1MUZ A; 2J6K A; 1WI7 A; 2O31 A; 2D8J A; 5IXB A; 1BU1 A; 1K0S A; 2CH4 A; 2KRN A; 1PRL C; 2AZV A; 4GBQ A; 1AWX A; 4HVW A; 1AWJ A; 1WYX A; 4WCI A; 1SRL A; 2L2P A; 4RTV A; 2MIO A; 3PVQ A; 2ECZ A; 3QWX X; 1X27 A; 2K79 A; 2LZ6 B; 1H8K A; 2HDA A; 3VS2 A; 3REA B; 2DL8 A; 2ROT A; 2EGE A; 4J9C A; 1SPK A; 1AZG B; 1WX6 A; 1RI9 A; 2DRK A; 5IXF A; 2RF0 A; 4HCK A; 2CUB A; 2J6O A; 4OML A; 1QWE A; 1HD3 A; 2BZY A; 4LE9 A; 3LH5 A; 4RTY A; 4AG1 C; 2CT3 A; 1KJW A; 4LUD A; 1GRI A; 3VS7 A; 1NLO C; 1OOT A; 1SRM A; 2L0A A; 4Z88 A; 4RTX A; 1T3S A; 1VYV A; 2CH4 W; 3NPF A; 5FWC A; 1X2Q A; 4OMN A; 4R0K A; 2LP5 A; 3FJ5 A; 3TSZ A; 1QWF A; 1TUD A; 2LQW A; 2O2O A; 3M0P A; 2RQU A; 3C0C A; 1BB9 A; 2EYW A; 1I0C A; 4RTZ A; 1GCQ C; 2DE0 X; 2EYZ A; 1E7O A; 2X3X D; 4AG2 C; 2DJQ A; 1RLP C; 2BZ8 A; 1JO8 A; 5L23 A; 2L3Q A; 5GJV B; 4F16 A; 3PE0 A; 1I1J A; 3NMZ C; 3IQL A; 1JU5 C; 3I35 A; 3UA6 A; 2C0T A; 2EYY A; 2I0N A; 3CQT A; 2KBT A; 4RTW A; 1K9A A; 2F2X A; 2K7A A; 4KRT A; 2DL3 A; 2DIL A; 1M27 C; 4LUE A; 5ECA A; 2ED1 A; 3M0S A; 4J9F A; 2KXD A; 3KFV A; 2KNB B; 1YP5 A; 4RTT A; 1X6G A; 2FRW A; 4ZNX A; 3O5Z A; 3UA7 A; 1QKW A; 1KFZ A; 2EBP A; 3UAT A; 2HCK A; 2CT4 A; 1WDX A; 1W70 A; 2HBW A; 2M0Y A; 1NLP C; 2KXC A; 2KRM A; 2J7I A; 2G6F X; 1YWP A; 1PWT A; 1WXB A; 2W0Z A; 1VYU A; 2YUP A; 3H41 A; 2RPN A; 1NEG A; 1GBQ A; 2DBM A; 2OAW A; 2YUN A; 1IO6 A; 1RLQ C; 5FWB A; 2BZX A; 4GLM A; 2DVJ A; 3H0H A; 1PKS A; 1UE9 A; 1V1C A; 1H92 A; 3A98 A; 3EG0 A; 3VS1 A; 1E6H A; 1OV3 A; 2CDT A; 2EPD A; 2RNA A; 2H8H A; 2RQT A; 4IIO A; 4E6R A; 2GBQ A; 5IH2 A; 4J9I A; 2K9G A; 4AFS C; 1GCP A; 3H0F A; 2D1X A; 2LJ1 A; 4J9H A; 4HXJ A; 4JJC A; 1OPL A; 1UEC A; 2ED0 A; 2RQR A; 3EG1 A; 1AEY A; 1W6X A; 1KIK A; 1NYF A; 2JM8 A; 1SSH A; 1BK2 A; 4F17 A; 1HJD A; 1OEB A; 2C0I A; 1WA7 A; 1ZLM A; 3I5S A; 1M3C A; 3H0I A; 1UTI A; 3VS3 A; 1YNZ A; 2ENM A; 2J06 A; 1Z9Z A; 4CC4 B; 2PTK A; 2EKH A; 3EHQ A; 4Z8A A; 2YT6 A; 2O9V A; 2CSI A; 2JS2 A; 1SEM A; 2PZ1 A; 2V1Q A; 3SHW A; 4LNP A; 3RNJ A; 1B3Q A; 5IHI A; 1UUE A; 1X69 A; 4QT7 A; 1X43 A; 4CC7 A; 3M0U A; 2E5K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EG2 A; 2RB6 A; 4AFQ C; 5A2Q E; 5CQY A; 1ZSZ B; 4XQ3 A; 5GJW B; 4E7I A; 2MMP A; 1B07 A; 1KQ2 A; 3PIP A; 2JNG A; 2KEA A; 1ARK A; 2QEX A; 4TVR A; 3CCJ A; 1SKU B; 1NJI R; 2QTX A; 2SRC A; 1BI2 A; 3P8B B; 3BFM A; 1VQ9 A; 3OQ5 A; 2DL7 A; 3I5R A; 5CKH A; 3JB9 I; 2ESW A; 2DL4 A; 4LDY A; 3RR6 A; 1D1C A; 3PGG A; 2K57 A; 2YDL A; 3CC4 Q; 3V8K A; 1X01 A; 4XTW A; 3PT9 A; 5GAO l; 3ZFJ A; 4DBH A; 4HVV A; 2JS0 A; 2DET A; 3VS5 A; 1M90 U; 4IUQ A; 2KT8 A; 2RN8 A; 4IUV A; 2DZC A; 2DLP A; 1VQ8 T; 2LT1 A; 5GAN 3; 4E47 A; 4EMK B; 1KD1 R; 1EZZ B; 2DD5 A; 2OTJ Q; 3C95 A; 1YI2 A; 4F7U B; 1G3Y A; 1Z9Q A; 2WAC A; 4JLG A; 2LTO A; 2E10 A; 3R6O A; 2CGH A; 3CMA A; 2NYS A; 4PLL A; 2QK0 A; 3EGX A; 3RER A; 4JJD A; 1ZUU A; 3GIB A; 2FRY A; 2KYM A; 5KYN A; 2K6D A; 2DVE A; 2QTV A; 2X3W D; 4HCB A; 3CCV Q; 1PSF A; 4ORZ A; 4LDU A; 1M8M A; 4A53 A; 1FMW A; 4J9D A; 4LDV A; 1WIE A; 1BCM A; 1YIJ T; 3RBB B; 4IUU A; 3Q1J A; 2JM9 A; 2FPE A; 2AHJ B; 3OW2 P; 2FEI A; 2RA2 A; 3M0R A; 2V1R A; 5IHN A; 2FPD A; 2P4T A; 2Y4X A; 1BI1 A; 5GAN j; 1O75 A; 3M57 A; 2DM1 A; 1FMV A; 4FSS A; 2E1H A; 4FT2 A; 1I81 A; 4BI3 A; 4OB1 B; 2DER A; 1RL2 A; 3SWN B; 1PG5 B; 3MEU A; 2AKK A; 3M4Y A; 4X1V A; 2FVU A; 1TSF A; 2DF6 A; 1VA7 A; 2RK1 A; 5I2M A; 2EQK A; 4M7A A; 1M30 A; 5LJ5 j; 3LGF A; 1OU9 A; 3E1S A; 1AHJ B; 4B9W A; 3OYB A; 3O8V A; 1JXM A; 8AT1 B; 3JCM P; 4C0Z A; 1UG1 A; 1XOV A; 1BIA A; 3CC2 T; 4N4H A; 1GFD A; 4J9B A; 1D09 B; 5I22 A; 2JW4 A; 3L1A A; 3REB B; 1VQL Q; 4E2F B; 4PJO B; 4KUD K; 4RKU E; 4Z02 A; 3CCU A; 3CCS Q; 1KSW A; 2RI3 A; 2ZZD A; 1RAF B; 3NTI A; 1MMG A; 1SF9 A; 2XMF A; 2A3L A; 3RKX A; 3OYA A; 1GCQ A; 1S72 T; 2DXB A; 3JAM E; 1Q7Y C; 3JCM b; 1QVF S; 2JXB A; 2JTE A; 3CPW A; 1GFC A; 1T0J A; 5HCK A; 4FIB A; 3OYJ A; 5GAN h; 1M1K U; 2QYZ A; 3J81 E; 3BDL A; 3WVE B; 1SHG A; 2KY9 A; 3QWY A; 3DLM A; 1NPP A; 1QCO A; 1X6O A; 1UJY A; 1FMK A; 3UF4 A; 2KGT A; 4M75 A; 4KBM B; 3OS0 A; 5GAM f; 2MOX A; 4CI0 C; 1OX8 A; 3CCR T; 1YCY A; 1Q82 R; 1UJ0 A; 2XK0 A; 2NUZ A; 3TSW A; 5KYY A; 2FL7 A; 2CZ0 B; 2HNI A; 2DAQ A; 4KGZ B; 3CME T; 1IGQ A; 2OAU A; 2XG8 D; 2AZV A; 2XD0 A; 5GAO m; 3PIO A; 1WYX A; 2L3R A; 4UC4 A; 3QUI A; 2MIO A; 3PVQ A; 3H6Z A; 3JCM J; 3QWX X; 2ZPG B; 1KC8 U; 4ANJ A; 3ZBD A; 5HKC A; 3QO3 A; 3REA B; 1WHK A; 2ROT A; 1TOV A; 1VOM A; 4FM4 B; 1WX6 A; 4Q5W A; 1RI9 A; 5FU7 B; 2DRK A; 1QVP A; 2C06 A; 4PFP A; 3EFO A; 1YFN A; 4KGX B; 4DOV A; 3OYI A; 2VC8 A; 4QVZ A; 1D1A A; 3LH0 A; 3LH5 A; 1K8A C; 2FZK B; 5GAN 6; 1VQ6 T; 1KJW A; 2K4Y A; 2HKQ B; 2D0Q B; 3VJP A; 3V7R A; 1OOT A; 2L0A A; 3A5Z B; 1X2Q A; 3RMS A; 4C92 A; 1NJI U; 4OMN A; 3LLR A; 2LP5 A; 2RH2 A; 1M2O A; 4QQ6 A; 2RQU A; 1OI1 A; 3QYH B; 3SFM A; 3C0C A; 2RO0 A; 3G1J A; 4PJN A; 3OYM A; 1E7O A; 2X3X D; 4AG2 C; 1VQO T; 1VQ8 A; 4M7D A; 4Y28 E; 1NPR A; 5GJV B; 4M78 C; 3GPL A; 4F16 A; 3EGX B; 4N0A C; 3NMZ C; 1ZSZ C; 5HK3 A; 2C0T A; 3NTH A; 3CQT A; 4FYY B; 1OUL A; 2DL3 A; 1M27 C; 2DIL A; 5ECA A; 4E7H A; 5D6X A; 3CCJ T; 3J7A F; 4XU0 A; 2YRC A; 3I56 Q; 4RTT A; 1M90 R; 1VQ9 T; 2HBP A; 1X6G A; 2QQB A; 3M9Q A; 5LJ3 e; 4E7K A; 4OF1 A; 1KFZ A; 2EBP A; 5CQX A; 3X26 B; 2VXF A; 2CT4 A; 2LX9 A; 4FT4 A; 3LW5 E; 4BDY A; 3M5A A; 3LWH A; 3NTK A; 1BI0 A; 1IGU A; 2KXC A; 2DJZ A; 1YIT T; 1WXB A; 5D6W A; 2W0Z A; 1GBQ A; 1HK9 A; 4EMK C; 1OZ3 A; 1RLQ C; 1QQJ A; 2DTI A; 2Y4Y A; 4F7U G; 1UE9 A; 3LWI A; 1H92 A; 3VYG A; 1H64 1; 3ASK A; 3VS1 A; 3JCM V; 1E6H A; 3HSB A; 1OV3 A; 3GNF B; 1QP2 A; 3EAE A; 5GAO p; 2D1X A; 5KE3 A; 1VQM T; 1UEC A; 1KQS S; 1MGQ A; 4M7A B; 2KMT A; 3MEA A; 2RQR A; 3CEY A; 1AEY A; 1G3T A; 3VU3 C; 2DXT A; 2HD0 A; 3V8L A; 2JM8 A; 3A1P A; 2EQU A; 1YJN Q; 5CIU A; 1OEB A; 4M78 F; 1ZLM A; 1W2B S; 1K9M C; 4F04 B; 2M0O A; 3CC7 Q; 4A4H A; 2XIC A; 2BE9 B; 3OYH A; 2OTJ A; 3OYG A; 2VGM A; 1Q95 G; 2ENM A; 2J06 A; 3LX7 A; 2AT1 B; 4QVC A; 2PTK A; 4C8Q D; 2PVG B; 5GAM d; 3L2U A; 4ZN1 A; 2JVV A; 5D6Y A; 5LJ5 g; 3L2R A; 4GLK A; 2X4J A; 1SEM A; 3SHW A; 1YJ9 T; 3RNJ A; 5IHI A; 1KHI A; 1X69 A; 4FYX B; 1PCX A; 4KUL A; 1TU0 B; 3HPW A; 2ZPH B; 4C5E A; 3CCV A; 2GF7 A; 1YJW Q; 3JCM W; 5GAM g; 3A8G B; 3OBY A; 4GY5 A; 3SWN C; 1PD0 A; 2EQJ A; 4QQG A; 3ZL7 C; 1VQN Q; 2LQK A; 5AYF A; 1QVG A; 5A0G A; 1U5S A; 2YSQ A; 4OB0 B; 3EFS A; 5IHK A; 5CAI A; 1NM7 A; 1TXQ A; 3EGD A; 4F7U F; 4ATO A; 4M75 B; 2IVW A; 4OGC A; 1MV0 B; 3MJX A; 4DBR A; 4LN2 A; 1WHL A; 1K0X A; 2E3I A; 2BTT A; 2HEQ A; 3E19 A; 5KYY B; 1IB8 A; 4JS4 A; 4LD9 K; 2K3B A; 1WLP B; 2DK3 A; 2EGA A; 2L89 A; 2LJ0 A; 1ZUY A; 1K73 U; 2X35 A; 2DXU A; 4M77 D; 4D8K A; 2F69 A; 3OYN A; 3UDC A; 2F1L A; 1ZBJ A; 5EC7 A; 2ATC B; 4WF2 A; 2JOY A; 2C0O A; 2KYB A; 1VQP T; 1MMN A; 2XI9 A; 3FLG A; 4E7J A; 1FXX A; 2DFU A; 2DA9 A; 1LNX A; 5GAN 5; 1VQ7 Q; 2RJF A; 3MHX A; 1VQ5 Q; 2VB6 A; 1X6B A; 2L3S A; 2MAM A; 1AOJ A; 1N5Z A; 2O01 E; 3RKW A; 2LMJ A; 2FG0 A; 3EH1 A; 4X9D A; 1PSE A; 3EFO B; 3CCM T; 2LQN A; 3OB9 A; 3JCM f; 1JQQ A; 4JZ3 A; 4L5G A; 3CBP A; 1ZUK A; 2ROL A; 5DM7 R; 3MP1 A; 2GNC A; 5KYW A; 2LCL A; 3A8H B; 2LRQ A; 4NL3 A; 1QCF A; 2E12 A; 1CKA A; 3HP9 A; 4J9E A; 3CXC P; 2YUQ A; 1EIF A; 4XTX A; 3L42 A; 4C92 B; 4C8Q G; 1HSQ A; 3PFS A; 2KVQ G; 1G8X A; 4ZTJ A; 1JJ2 P; 2F2V A; 3WXM B; 2SEM A; 2GTJ A; 1BI3 A; 1KC8 R; 4M78 E; 2CSQ A; 2OTL Q; 4M7D B; 3FIF A; 1T0H A; 1WQW A; 2MWO A; 2RHZ A; 5KYX A; 3G6E Q; 1WGS A; 3R6N A; 1QCN A; 1ZSG A; 1LPL A; 2K2M A; 4FU6 A; 4FYV B; 3M4G A; 2K5I A; 1TUG B; 1ZX6 A; 1C1A A; 1UGV A; 2CZ6 B; 5FU7 C; 4QVD A; 3OY9 A; 2HKN A; 3DB4 A; 2M51 A; 2YRD A; 1NBE B; 3PVL A; 3JCM e; 4OMO A; 1WHG A; 3OW2 S; 3JB9 H; 1YN8 A; 3S3N A; 1WXU A; 2K3X A; 3L2Z A; 1BBZ A; 2DIG A; 1K4U S; 3CPF A; 5GAN 7; 5FRO A; 1XNI A; 4N4G A; 3V7S A; 1K8A U; 1VYT A; 4JJB A; 5FLX E; 2P0P A; 1RUW A; 3CBO A; 1T3L A; 4M77 C; 2PVD B; 4M77 G; 2IPO B; 3SEM A; 2FB7 A; 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