The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
61
|
structure length |
61
|
Chain Sequence |
MRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structures of the P120 Rasgap SH3 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
|
| molecule tags |
Signal transduction
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B07 A; 2LJ3 A; 2VVK A; 2CT3 A; 4CC3 A; 1WYX A; 2D8H A; 4Z89 A; 1WLP B; 1Z9Q A; 2L3Q A; 2XMF A; 2CUD A; 4CC7 A; 1WXT A; 2KT1 A; 2O9V A; 1UJY A; 2D8J A; 3NGP A; 2RQV A; 2MIO A; 3O5Z A; 5I11 A; 2YT6 A; 4HVU A; 2LMJ A; 1UDL A; 1SRM A; 2ESW A; 1U3O A; 1Y57 A; 2OI3 A; 2BZ8 A; 4X1V A; 1GCQ C; 1PKS A; 3U23 A; 2C0T A; 2EYY A; 5ECA A; 1X43 A; 2ED0 A; 2YUP A; 1QLY A; 1WDX A; 1QWF A; 1K0S A; 2LCS A; 1W1F A; 2X3W D; 2B86 A; 3VS1 A; 1KIK A; 3TSZ A; 3JV3 A; 1VYV A; 1SHG A; 3QWX X; 1AZG B; 1OPL A; 2RPN A; 2LP5 A; 2M51 A; 1QCF A; 1AWO A; 1NLO C; 4DEX A; 2YUQ A; 1UEC A; 1BU1 A; 2LQW A; 2FPE A; 1NEG A; 1YCS B; 1NG2 A; 1FYN A; 3GBQ A; 2J05 A; 2A36 A; 2CSQ A; 1UHC A; 2GNC A; 3I5S A; 4K11 A; 2KXD A; 1E7O A; 2GQI A; 1ZX6 A; 2DBK A; 3ULR B; 3I35 A; 1H92 A; 2V1R A; 2RQT A; 3IQL A; 1GBQ A; 1KJW A; 2NWM A; 4AFQ C; 1J3T A; 1UG1 A; 1BK2 A; 2JXB A; 2JS2 A; 1VYU A; 1K1Z A; 1UHF A; 1UGV A; 2EGC A; 2GGR A; 2MCN A; 4RTT A; 1H3H A; 3VS4 A; 1RLQ C; 2M0Y A; 4HVW A; 1E6H A; 1WI7 A; 3H0I A; 1WIE A; 2J6O A; 1UJ0 A; 5EC7 A; 1X27 A; 1M27 C; 2BTT A; 4KRT A; 2DL8 A; 4F16 A; 1SRL A; 3RNJ A; 4FSS A; 1B3Q A; 2AZV A; 2DYB A; 4Z8A A; 2KRO A; 2GBQ A; 2JS0 A; 4RTU A; 2A37 A; 5GJV B; 1M3C A; 1NM7 A; 1E6G A; 4M4Z A; 4GBQ A; 4JZ4 A; 1M3B A; 1GRI A; 2RMO A; 1WX6 A; 1VYT A; 3CQT A; 5IH2 A; 5I22 A; 2G6F X; 2OJ2 A; 3VS0 A; 4OMQ A; 1SPK A; 4IIM A; 1YNZ A; 1Z9Z A; 2KYM A; 4WCI A; 1WA7 A; 1QKW A; 5IXF A; 3UA6 A; 2X3X D; 2CUB A; 2DNU A; 1MV3 A; 2C0I A; 4J9C A; 3R6N A; 3VRZ A; 1N5Z A; 1T3S A; 1JQQ A; 3M0S A; 2EQI A; 2GTO A; 2EBP A; 1H8K A; 2O9S A; 2KRN A; 2KBT A; 5IHK A; 2YDL A; 4OMP A; 1HSQ A; 2KRM A; 4A63 B; 4AFU C; 1PRM C; 2HDA A; 2LJ0 A; 2ENM A; 4F14 A; 2JT4 A; 2JTE A; 1WFW A; 4RTW A; 4AG1 C; 4E6R A; 1T0J A; 2BZY A; 2LJ1 A; 4RTV A; 3NPF A; 1V1C A; 1ZLM A; 1CSK A; 1XOV A; 1NLP C; 2JMC A; 5FW9 A; 4HXJ A; 2D1X A; 3VS6 A; 2A28 A; 4J9F A; 2F2X A; 2KNB B; 1ARK A; 2DMO A; 3QWY A; 2DM1 A; 2FRW A; 3M0Q A; 2DE0 X; 2DL3 A; 2DVJ A; 3NHN A; 1U06 A; 2L3P A; 1I07 A; 1ZUU A; 2RNA A; 1HJD A; 1Y0M A; 2DL5 A; 2HBW A; 1OPK A; 1AZE A; 2OAW A; 2CT4 A; 2QDL A; 1AEY A; 2W0Z A; 2O88 A; 1AWX A; 2KR3 A; 3VRY A; 3VS3 A; 1U5S A; 2DJQ A; 1AVZ C; 2YSQ A; 1PNJ A; 4AG2 C; 2IIM A; 4ZNX A; 2DLP A; 2SRC A; 2EGA A; 1YP5 A; 1JXO A; 4CC2 A; 1ZUK A; 2DL7 A; 1S1N A; 1GL5 A; 3EG0 A; 2E5K A; 2HEQ A; 2J06 A; 1W6X A; 2AZS A; 3I5R A; 3UAT A; 4RTZ A; 1TUC A; 4GLM A; 2DRM A; 2ROT A; 1AD5 A; 2ED1 A; 1A0N B; 2NUZ A; 4JJD A; 2EYZ A; 3I9Q A; 2ROL A; 4J9G A; 3TSW A; 1X2K A; 1TG0 A; 1WXB A; 2H8H A; 4J9I A; 3SHW A; 4AFS C; 2LNH B; 1M30 A; 1VA7 A; 2W10 A; 3RBB B; 1K0X A; 2PTK A; 1YWO A; 4D8D A; 3REB B; 2L2P A; 2FRY A; 5L23 A; 1UE9 A; 1PKT A; 1UTI A; 3NMZ C; 1IO6 A; 2O31 A; 2HSP A; 1GFD A; 3THK A; 2YUO A; 4RUG A; 3ZL7 C; 3H41 A; 1AWW A; 2F2W A; 3FJ5 A; 4J9B A; 2KYB A; 1QWE A; 1X2Q A; 1JU5 C; 1WXU A; 2V1Q A; 4OMM A; 4IIO A; 2RQU A; 1FMK A; 4Y92 A; 2LX7 A; 1G2B A; 5FWB A; 4F17 A; 2RF0 A; 2EW3 A; 4LUD A; 1BBZ A; 1UUE A; 3SEM A; 5HCK A; 2EVR A; 2F2V A; 4OMO A; 1UFF A; 3EHQ A; 3REA B; 2L0A A; 2CDT A; 1M8M A; 2KT8 A; 1OEB A; 3VS5 A; 2MOX A; 1I1J A; 1PHT A; 3H0H A; 4CC4 B; 1RUW A; 1BB9 A; 3A98 A; 2A08 A; 2RQR A; 1G83 A; 4LUE A; 1HD3 A; 4JZ3 A; 1GCP A; 4ESR A; 2AKL A; 1ZBJ A; 4LE9 A; 2SEM A; 3M0P A; 1KFZ A; 4HVV A; 2DX1 A; 5FWC A; 2JM9 A; 3H0F A; 4J9E A; 1SSH A; 1OV3 A; 3EG3 A; 3VS2 A; 2DF6 A; 2CH4 A; 1CKA A; 1EFN A; 1RI9 A; 2K3B A; 5IXB A; 3M0R A; 4R0K A; 2K7A A; 1ABO A; 2CRE A; 2RN8 A; 1NYG A; 2K2M A; 2KGT A; 1KSW A; 2PZ1 A; 3PVL A; 1TUD A; 1AWJ A; 1GCQ A; 1T3L A; 2RQW A; 4JPB W; 4ORZ A; 2J7I A; 2LZ6 B; 2HCK A; 4D8K A; 1MV0 B; 4LNP A; 2O2O A; 2YUN A; 1PWT A; 2FO0 A; 2JMA A; 3PVQ A; 1GFC A; 2VKN A; 1AOJ A; 2K9G A; 5GJW B; 3M0U A; 2FEI A; 1LCK A; 1SHF A; 5IHN A; 4QT7 A; 2BZX A; 2KXC A; 1T0H A; 1RLP C; 2EYW A; 2EPD A; 4OMN A; 2EYX A; 1X69 A; 2DL4 A; 3VS7 A; 1K4U S; 2FPD A; 1K76 A; 1JXM A; 1NYF A; 2DBM A; 2D0N A; 4OML A; 4RTX A; 3EGU A; 1NEB A; 1SEM A; 1CKB A; 2L3S A; 3LH5 A; 4EIK A; 3PE0 A; 2VWF A; 3UF4 A; 1I0C A; 2CSI A; 1JO8 A; 3KFV A; 4JJB A; 1GBR A; 2PNI A; 1ZSG A; 2AKK A; 3UA7 A; 1M3A A; 2FG0 A; 3M0T A; 2AK5 A; 1QKX A; 1K9A A; 2KE9 A; 2J6F A; 4JJC A; 3EG1 A; 1X6G A; 2DA9 A; 3TVT A; 4HCK A; 1JEG A; 2FPF A; 3EG2 A; 2CH4 W; 2KEA A; 4J9D A; 2KRS A; 4DEY A; 5IHI A; 1YN8 A; 1X6B A; 2J6K A; 2JM8 A; 1OOT A; 2EGE A; 3C0C A; 1MUZ A; 2DRK A; 2I0N A; 2P4R A; 2EKH A; 4LN2 A; 4AFZ C; 1W70 A; 2K79 A; 1YWP A; 2ECZ A; 2GTJ A; 1PRL C; 1ABQ A; 2DIL A; 4RTY A; 2ABL A; 2C0O A; 1ZUY A; 4Z88 A; 2JW4 A; 2LQN A; 3EHR A; 4J9H A; 2K6D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HQH A; 2CT3 A; 3I55 T; 4M7D C; 2XMF A; 5HK3 A; 5GAN j; 2KT1 A; 2O9V A; 1VQ8 A; 1VQ8 Q; 2RH2 A; 1YJN A; 1YJN Q; 4C8Q C; 2QEX A; 3NGP A; 2QEX Q; 2P0P A; 1K9M R; 1IHW A; 3O5Z A; 5HKC A; 2YT6 A; 5GAM f; 3R6O A; 2OTJ A; 2OTJ Q; 2YRC A; 1OQK A; 4R55 A; 1WHJ A; 4ZGE B; 1IB8 A; 1D0X A; 2EYY A; 4MDW A; 3U23 A; 1VQP Q; 1G3W A; 3CPW S; 1K0S A; 2X3W D; 2B86 A; 2PVG B; 2PVD B; 3VS1 A; 4M77 E; 1Q7Y C; 2H3J A; 3JV3 A; 1Y96 B; 1VYV A; 1SHG A; 4M75 G; 2QQ9 A; 4NS5 A; 5I21 A; 1M2V A; 6AT1 B; 2RPN A; 1W2B A; 3QBY A; 4ZTJ A; 1RL2 A; 3P8H A; 3VJP A; 2QQB A; 1NG2 A; 2CP3 A; 1QP3 A; 4O5V A; 2CP0 A; 2J05 A; 1OU9 A; 5I2M A; 2AIR B; 4K11 A; 1ZX6 A; 2ZPG B; 2DBK A; 2F69 A; 3CXC S; 3QXE B; 2P0Q A; 2XD0 A; 4F7U G; 5GMK i; 3I55 A; 2FZG B; 3I55 Q; 1J3T A; 2DD4 A; 4OMF B; 3LWH A; 2DYI A; 5DY9 A; 2JS2 A; 3MJX A; 3DLM A; 1K1Z A; 4XK8 E; 3M4G A; 2PQW A; 2CKK A; 4RTT A; 1H3H A; 3CC2 T; 1E6H A; 1D09 B; 1IZ6 A; 1X01 A; 2J6O A; 2GFU A; 3X24 B; 4KGV B; 2DL8 A; 1SRL A; 1QW1 A; 4C5H A; 2HAX A; 2ZCF B; 2E6Z A; 4GBQ A; 1FWZ A; 2M9U A; 1GRI A; 2RMO A; 3AT1 B; 5I22 A; 2RI5 A; 1VQ9 A; 1VQ9 Q; 4IIM A; 1YNZ A; 5CKB A; 4WCI A; 2RHI A; 1QKW A; 1OZ2 A; 3PMT A; 3UA6 A; 2C0I A; 2V8J A; 2QAZ A; 3OMC A; 1T3S A; 2KBT A; 2B8A A; 4LD6 A; 1Y7X A; 1LVK A; 4OMP A; 4P5N A; 4HKE A; 1HYO A; 3S3M A; 3GPL A; 1ZQ1 A; 4ZTF A; 2HDA A; 3J7A F; 1W4S A; 2JT4 A; 2LVM A; 3OS2 A; 4V2S A; 2RI2 A; 2LDM A; 4C0Z A; 3HKS A; 4DOV A; 1ZLM A; 2GCX A; 2JMC A; 4M77 C; 4F04 B; 2YRD A; 2A28 A; 1K73 U; 3I56 T; 3L2R A; 3EGX A; 2KNB B; 4A4F A; 1IHV A; 2GF7 A; 5FRO A; 3QWY A; 3MO8 A; 4C92 G; 4RKU E; 4J83 A; 2DVJ A; 2VGM A; 2MWO A; 3RER A; 2QXF A; 2GFA A; 3OYE A; 4M7A B; 1ZUU A; 3E2U A; 1SSF A; 3L42 A; 3C95 A; 1IGQ A; 2L3R A; 2E5Q A; 8AT1 B; 1VQ6 T; 4PL6 A; 2CT4 A; 3OYY A; 5CAI A; 1B34 A; 3VS3 A; 4E7K A; 2DJQ A; 4ZN1 A; 5HY6 A; 1NPP A; 3CCS A; 1WJR A; 2DLP A; 2SRC A; 2LNV A; 3PMI A; 2DL7 A; 3OBW A; 1UEB A; 4PJO B; 3UWN A; 1Q82 C; 4FM4 B; 4FW1 A; 1R0C B; 2J06 A; 2X4J A; 2M02 A; 4JS4 A; 3OW2 S; 3M4Y A; 3OYL A; 1TUC A; 2AHJ B; 2RI3 A; 4PLL A; 2DRM A; 3EAE A; 2KMT A; 5GAO p; 1O9S A; 2EYZ A; 3V8K A; 4JUV A; 1Q95 G; 2ROL A; 5C0M A; 5LJ3 e; 2LCL A; 3JCM h; 4J9G A; 3TSW A; 1X2K A; 1PD1 A; 4AFS C; 4XU0 A; 1VA7 A; 3RBB B; 1QCO A; 3I56 A; 3I56 Q; 3V8J A; 3URG A; 1YWO A; 4BD3 A; 2HSE B; 1NJI R; 5GAN g; 4N4H A; 1DJ7 B; 3THK A; 1Q7Y R; 3ZL7 C; 4ME7 A; 1AWW A; 3FJ5 A; 2Z0W A; 2YLB A; 3M55 A; 1X2Q A; 3DB4 A; 1WJS A; 1YBY A; 1VQ6 A; 1VQ6 Q; 2DAQ A; 2Y4Y A; 4M75 F; 1BBZ A; 5GAM h; 1VQ7 T; 4OF1 A; 2X51 A; 3CCJ A; 3DKM A; 2DTI A; 3JRZ A; 2CDT A; 1C6V X; 3S3O A; 1PHT A; 4BUG A; 1NZ9 A; 3H9N A; 5A2Q E; 1BB9 A; 4M7D F; 4C0F A; 2PVO B; 1G83 A; 4BE1 A; 4E7J A; 4LUE A; 1HD3 A; 3SB2 A; 4YTL A; 4C8Q F; 5GMK j; 2AKL A; 1ZBJ A; 2WAC A; 1Q81 R; 1WQ7 A; 2LT4 A; 4F7U F; 1KFZ A; 4HVV A; 5A0L A; 2DX1 A; 5FWC A; 2A3L A; 1RAF B; 1U1S A; 1M1K R; 4E47 A; 1RAD B; 3H0F A; 1MMA A; 2RJC A; 2ATC B; 2CP5 A; 2DF6 A; 3P8B B; 4MDX A; 3JCM d; 1M8V A; 4EMH A; 3CCL T; 2KGT A; 1KSW A; 3PVL A; 2LT1 A; 1YIT T; 2OAU A; 1MND A; 1SF9 A; 1GCQ A; 4R56 A; 4JRK A; 4JPB W; 1TOV A; 4XTZ A; 1BI0 A; 3CBP A; 3JAM E; 3QG1 A; 3EGD B; 2X4W A; 1FXX A; 2O2O A; 1PWT A; 2JMA A; 1W2B P; 1AOJ A; 4KGZ B; 3M0U A; 2FEI A; 1SHF A; 2X4X A; 4M78 E; 2QGG A; 5IHN A; 4QT7 A; 4XQ3 A; 3JCM W; 4A53 A; 1VQL T; 2XID A; 1RLP C; 9ATC B; 2EYX A; 5GAM d; 2DL4 A; 2FPD A; 4RTX A; 1NYF A; 2DBM A; 1SEM A; 1CKB A; 3LH5 A; 4M7A C; 3UF4 A; 1ZSZ A; 1ZBX A; 4J6X A; 1JJ2 S; 1ZSG A; 2CP2 A; 1PC0 A; 2QQR A; 1M3A A; 2FG0 A; 3QYH B; 1NBE B; 2KE9 A; 4L5G A; 4JJC A; 1MMG A; 2L5Q A; 2CH4 W; 2IVW A; 2XU8 A; 4FYW B; 3CCR T; 5CCA A; 2J6K A; 2NUT A; 3QUI A; 2EGE A; 1EX4 A; 2P4R A; 5KYU A; 1PSE A; 4KUI A; 2CP7 A; 4N0A C; 2K79 A; 3CCL Q; 3CCL A; 1YWP A; 4IUR A; 2ECZ A; 1YIT Q; 1YIT A; 1Q86 C; 2GTJ A; 3RKW A; 1I5O B; 2DIL A; 2ZPB B; 1G3Y A; 4Z88 A; 4C92 F; 2VXF A; 4RMO A; 5GMK l; 5FRM A; 4ZGD B; 4ZN3 A; 2EAY A; 3CD6 A; 3CD6 Q; 1G3S A; 1Z9Q A; 4M75 E; 4OGE A; 1UJY A; 1TXQ A; 2D8J A; 1W2B S; 3RR6 A; 2RQV A; 4ZGJ B; 2LMJ A; 3OYJ A; 2KDS A; 1UDL A; 1SRM A; 2ESW A; 4A4H A; 4BI3 A; 4X1V A; 1PKS A; 3JB9 F; 2EQK A; 3L2Z A; 3CCU T; 2ED0 A; 2YUP A; 2E41 A; 3L2Q A; 1W1F A; 2ZAE A; 4FIB A; 3L2U A; 3G6E Q; 3QWX X; 3G6E A; 1WHK A; 4F7U E; 2E10 A; 2PUO B; 3JB9 I; 2LP5 A; 1NLO C; 4IUP A; 4OB1 B; 2YUQ A; 1BU1 A; 2LQW A; 5KYW B; 2QTX A; 5LJ3 g; 1TSF A; 3MHX A; 3SWN A; 1YFN A; 2P4T A; 3LW5 E; 2MF2 A; 2KXD A; 5LJ3 h; 2GQI A; 5LJ5 e; 4EDU A; 3FC3 A; 1H92 A; 2QGF B; 2EIF A; 4M78 C; 2RA2 A; 2RQT A; 2DIG A; 3IQL A; 1N8R U; 4OP0 A; 4EMK A; 5D7U A; 1AHJ B; 4X9D A; 2JXB A; 1VUB A; 3HP9 A; 4C0D C; 3V8L A; 3ZFJ A; 2GGR A; 2KAF A; 1KQ2 A; 1I8F A; 1VQK T; 2R5M A; 3EH1 A; 5IN1 A; 5FRN A; 2EQU A; 4HVW A; 2VAS A; 3H0I A; 3QHS A; 3C4S A; 2JTM A; 5EC7 A; 1X27 A; 2L8D A; 2CZ6 B; 3RKX A; 2BTT A; 4KRT A; 3X25 B; 1K73 R; 5J26 A; 1PSF A; 1RAI B; 4LDU A; 1WNL A; 2ZZD A; 3CC7 T; 2HQX A; 1M3C A; 1NM7 A; 3QJ6 A; 2JUF A; 4M4Z A; 3M53 A; 4M77 B; 4JZ4 A; 1M3B A; 2QA4 T; 1D3B B; 5FU7 B; 1VYT A; 2JTF A; 3CQT A; 4FT4 A; 4RG2 A; 4QVD A; 3A8L B; 2DVE A; 1WA7 A; 5GAN f; 4E7I A; 5J3B A; 1WJQ A; 2X3X D; 1MV3 A; 3R6N A; 2XDB A; 1N5Z A; 2NUP A; 4EMG A; 1JQQ A; 5CKF A; 3VUB A; 2EQI A; 1YIJ T; 2QI2 A; 4JRP A; 2YDL A; 1VIE A; 5D6W A; 1QVG P; 4C92 E; 1ZA2 B; 3M9Q A; 2LJ0 A; 2ENM A; 5GAN e; 4WTO B; 4AG1 C; 2CYZ B; 2DTH A; 3L1A A; 2F5T X; 1KQ1 A; 1VQP A; 3NPF A; 3PIO A; 2X4Y A; 4M75 A; 1V1C A; 4Y91 A; 2RD1 A; 1CSK A; 3V7R A; 4N4G A; 4HXJ A; 4XTY A; 2BE7 D; 4J9F A; 2F2X A; 2IPO B; 5GAM j; 5A0D A; 3M0Q A; 1WQW A; 1UGS B; 4M7D A; 3CC7 A; 1VQ4 A; 1VQ4 Q; 3CC7 Q; 3LWI A; 4PJN A; 4M7D G; 1WHL A; 3UPU A; 4F7U A; 1QQJ A; 1KHC A; 3A5Z B; 1RAH B; 4JLG A; 4C8Q G; 4DOW A; 3BE3 A; 4M75 D; 1N8R C; 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