The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPAEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The high-resolution NMR structure of the R21A Spc-SH3:P41 complex: Understanding the determinants of binding affinity by comparison with Abl-SH3
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
11
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KRN A; 2LQW A; 1CKB A; 2DM1 A; 2L2P A; 2KXD A; 4RUG A; 1ZBJ A; 5IHN A; 2DJQ A; 2EGC A; 2CDT A; 2P4R A; 4AFS C; 1X27 A; 2LNH B; 1H92 A; 1NLO C; 1PKT A; 1GBQ A; 4J9G A; 1I07 A; 1SSH A; 4AG2 C; 2O9V A; 4Z89 A; 2DL7 A; 2GBQ A; 1M3A A; 4JJD A; 1UHF A; 4OMP A; 2DYB A; 4HXJ A; 1M3C A; 2EYY A; 1NEG A; 3VS6 A; 2CUD A; 2V1Q A; 1UDL A; 2DRK A; 2M51 A; 1SRM A; 1IO6 A; 2FO0 A; 3VS5 A; 2JTE A; 1UHC A; 2CSQ A; 1JXO A; 2KT8 A; 1WA7 A; 2OJ2 A; 1G83 A; 1U3O A; 4HCK A; 1QKW A; 3REA B; 2K2M A; 3QWY A; 4OMN A; 4RTV A; 2H8H A; 3H0H A; 1QLY A; 5IHK A; 2EKH A; 2FPE A; 2VWF A; 1RLQ C; 1UUE A; 2A08 A; 2W0Z A; 2V1R A; 4J9F A; 2ED1 A; 2SRC A; 1PRM C; 2D8H A; 3M0S A; 2AZV A; 1ZUK A; 1RUW A; 4DEY A; 3I5S A; 2KRO A; 4LUD A; 1VA7 A; 2I0N A; 1X6G A; 4HVV A; 4F16 A; 1RI9 A; 3NPF A; 5FWB A; 2EGA A; 2VKN A; 1K1Z A; 4HVW A; 1AWW A; 5GJW B; 4ZNX A; 2JW4 A; 2J6K A; 4GBQ A; 2RQU A; 2DNU A; 2C0T A; 1ARK A; 2EBP A; 3UAT A; 3NHN A; 1AEY A; 1K4U S; 4EIK A; 1NYG A; 2DA9 A; 2ROL A; 3U23 A; 4AFQ C; 2RQW A; 1SHG A; 2KNB B; 2DX1 A; 3VS2 A; 2RF0 A; 1MUZ A; 1GCP A; 4D8D A; 1G2B A; 1QWF A; 1VYV A; 2PTK A; 2CUB A; 1T3L A; 1YWO A; 2LCS A; 4A63 B; 4DEX A; 1UFF A; 4CC4 B; 2KEA A; 2KRM A; 1ABQ A; 1WIE A; 2FRY A; 2KE9 A; 1Z9Z A; 1OEB A; 2SEM A; 1PKS A; 2D1X A; 1KSW A; 1UTI A; 4E6R A; 2JMC A; 3SEM A; 3M0T A; 1YN8 A; 3M0Q A; 1KIK A; 2RQV A; 3SHW A; 3CQT A; 1EFN A; 1I1J A; 2RN8 A; 1NEB A; 3QWX X; 4OMO A; 2D0N A; 4JZ4 A; 2J7I A; 1AZG B; 2J6O A; 1YWP A; 1GBR A; 3EHR A; 1X6B A; 2FG0 A; 2KR3 A; 1ZSG A; 2GTO A; 3LH5 A; 3H0I A; 4JZ3 A; 2JS2 A; 1QCF A; 2AKK A; 2BZX A; 4J9B A; 2J06 A; 4WCI A; 1HJD A; 1K0X A; 4AG1 C; 5FW9 A; 1K9A A; 1AOJ A; 3NMZ C; 2EYZ A; 2EVR A; 2YUQ A; 4RTY A; 3ZL7 C; 1E6H A; 3I5R A; 3H0F A; 3VS7 A; 3GBQ A; 3M0P A; 2AKL A; 2A28 A; 4RTZ A; 2CH4 W; 2FRW A; 2JM9 A; 2JS0 A; 2DL4 A; 2LMJ A; 2FPF A; 2GTJ A; 2NWM A; 1TG0 A; 2CT4 A; 2EGE A; 1VYU A; 2L3P A; 2CT3 A; 3EGU A; 1SEM A; 1MV3 A; 1ZUU A; 2ESW A; 1CSK A; 1PHT A; 2HEQ A; 3JV3 A; 1K76 A; 2K7A A; 4AFZ C; 2F2V A; 1W1F A; 2MOX A; 1SRL A; 1X2Q A; 1JU5 C; 5FWC A; 4AFU C; 5HCK A; 2BZ8 A; 2JXB A; 5IH2 A; 2HSP A; 1UJY A; 4ESR A; 3TSZ A; 1GL5 A; 1N5Z A; 3UA6 A; 1WDX A; 2MCN A; 2ECZ A; 2O31 A; 3TSW A; 1NM7 A; 2K3B A; 1UGV A; 4OMM A; 4Z8A A; 1U5S A; 3EHQ A; 3C0C A; 2F2W A; 2K9G A; 3R6N A; 1Z9Q A; 1WXU A; 3REB B; 4JJB A; 1Y0M A; 2OAW A; 2YUN A; 2CSI A; 1U06 A; 2YDL A; 2G6F X; 2DL8 A; 1HD3 A; 1W6X A; 2EYX A; 1M27 C; 3ULR B; 2D8J A; 2EQI A; 3PE0 A; 1JQQ A; 4RTW A; 2LJ1 A; 2ED0 A; 3PVL A; 1B07 A; 2JM8 A; 4CC7 A; 4IIO A; 2DRM A; 1WFW A; 2DL3 A; 4LUE A; 1QKX A; 4K11 A; 1ABO A; 2OI3 A; 2LP5 A; 1M3B A; 1AWO A; 4X1V A; 2NUZ A; 1T0H A; 2EPD A; 2RQR A; 4J9D A; 2O9S A; 2RQT A; 2F2X A; 1YNZ A; 4D8K A; 3A98 A; 2KXC A; 3O5Z A; 2DL5 A; 1WYX A; 4RTU A; 4Y92 A; 2DBK A; 3UF4 A; 1WXT A; 2GNC A; 4CC2 A; 3EG0 A; 3TVT A; 1AZE A; 2KGT A; 1GCQ A; 1PNJ A; 3I9Q A; 2LQN A; 4RTT A; 2A37 A; 2MIO A; 1FYN A; 2YSQ A; 1UG1 A; 2L3S A; 4JJC A; 3RBB B; 1W70 A; 1ZX6 A; 1E6G A; 2KYM A; 2CRE A; 2KYB A; 2KRS A; 1JO8 A; 1B3Q A; 1JEG A; 3IQL A; 2DLP A; 3M0U A; 3VRZ A; 1T0J A; 4LE9 A; 4J9I A; 1NLP C; 1PRL C; 1X2K A; 2RNA A; 1GRI A; 3M0R A; 2C0O A; 1BK2 A; 2A36 A; 2AK5 A; 1AD5 A; 1BBZ A; 2L3Q A; 1WI7 A; 2YT6 A; 4F14 A; 4OML A; 5IXB A; 1SHF A; 5IXF A; 4OMQ A; 1WX6 A; 1UJ0 A; 1TUD A; 2ROT A; 2DBM A; 5L23 A; 5I11 A; 1KFZ A; 2AZS A; 2RMO A; 4JPB W; 1AWX A; 2X3W D; 5IHI A; 3EG1 A; 2VVK A; 2HCK A; 2YUO A; 2FEI A; 2B86 A; 2PZ1 A; 1ZLM A; 2LX7 A; 2RPN A; 1Y57 A; 2YUP A; 1I0C A; 2GQI A; 3EG2 A; 3VS3 A; 2PNI A; 3VRY A; 2KT1 A; 4GLM A; 4F17 A; 5EC7 A; 1TUC A; 1J3T A; 3FJ5 A; 1K0S A; 1VYT A; 3EG3 A; 4IIM A; 5ECA A; 3RNJ A; 2XMF A; 2GGR A; 1XOV A; 4ORZ A; 2JT4 A; 1GFC A; 2DE0 X; 2M0Y A; 1UE9 A; 1BU1 A; 2ABL A; 1BB9 A; 2CH4 A; 4CC3 A; 1HSQ A; 1SPK A; 4FSS A; 1FMK A; 4QT7 A; 1YCS B; 3THK A; 1LCK A; 2HDA A; 1OV3 A; 2KBT A; 2BZY A; 3KFV A; 2J6F A; 3H41 A; 1M30 A; 2X3X D; 1OOT A; 3UA7 A; 1PWT A; 1T3S A; 1ZUY A; 2O2O A; 2LJ0 A; 4LNP A; 1V1C A; 2K79 A; 5GJV B; 1H3H A; 1M8M A; 3VS0 A; 4R0K A; 1QWE A; 1X43 A; 1WLP B; 2O88 A; 4J9H A; 4Z88 A; 3I35 A; 3PVQ A; 2C0I A; 4M4Z A; 4J9C A; 1OPK A; 2HBW A; 1GFD A; 2W10 A; 2DVJ A; 1RLP C; 1KJW A; 1A0N B; 4RTX A; 3NGP A; 1NYF A; 3VS4 A; 3VS1 A; 1CKA A; 4KRT A; 1OPL A; 2EW3 A; 1H8K A; 1WXB A; 1YP5 A; 1X69 A; 2LZ6 B; 2L0A A; 5I22 A; 1E7O A; 4LN2 A; 1MV0 B; 4HVU A; 2IIM A; 2FPD A; 2QDL A; 2K6D A; 2JMA A; 2ENM A; 2EYW A; 1AVZ C; 1S1N A; 1AWJ A; 2DIL A; 1JXM A; 4J9E A; 2LJ3 A; 2J05 A; 2DMO A; 1GCQ C; 2E5K A; 2DF6 A; 2BTT A; 1NG2 A; 1UEC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DOV A; 2DM1 A; 2L2P A; 1VQK T; 1TOV A; 2DJQ A; 1VQM Q; 3CMA A; 2CDT A; 2P4R A; 4EMK C; 1VQ8 Q; 2RA2 A; 4C8Q A; 1X27 A; 4A53 A; 1PKT A; 1M2V A; 2QAS A; 3CCR A; 1SSH A; 2C06 A; 3CCQ A; 5CCA A; 4PJL A; 4Z89 A; 3CCJ A; 1PG5 B; 3CC7 A; 4HXJ A; 3A5Z B; 4F7U B; 1KHC A; 2DRK A; 3M53 A; 4ZN1 A; 3CPW P; 3CMA T; 2CGH A; 2CSQ A; 4B9X A; 1JXO A; 2KT8 A; 2OJ2 A; 1K8A C; 3OSS C; 3CPF A; 3CCR T; 1BKB A; 1QVF S; 4RTV A; 2CP7 A; 3CCJ T; 2FPE A; 1M1F A; 2VWF A; 1QVG A; 2A08 A; 2W0Z A; 3CC7 T; 3INZ A; 2V1R A; 2ED1 A; 2MYS A; 1PRM C; 3A1P A; 3PNW C; 1RAD B; 1YI2 A; 2JVV A; 2I0N A; 2DFU A; 4ZGE B; 2E6N A; 1OU8 A; 1SKU B; 5L8R E; 3FC3 A; 3NPF A; 5D7U A; 2VKN A; 3JB9 G; 4HT9 A; 1M1K R; 1K1Z A; 5GAN 4; 2QA4 Q; 4A4E A; 3EH2 A; 1K73 C; 2DNU A; 1NE8 A; 2VXE A; 2CP0 A; 5IT9 E; 1K4U S; 4C92 F; 3OW2 A; 1TXQ A; 4KGZ B; 4KUI A; 4AFQ C; 2RQW A; 1YI2 T; 2KNB B; 2DET A; 3EGD A; 1WHG A; 1G2B A; 5GAM g; 2RD1 A; 1YJN T; 3G6E A; 2KEA A; 5CQY A; 4M75 E; 2GQV A; 3M5A A; 2A7Y A; 4V2S A; 2YLC A; 1NJI R; 4JRP A; 4RG8 A; 1Z9Z A; 2QXF A; 1YIJ Q; 2MWP A; 1U1T A; 2HQE A; 5HKC A; 4A4G A; 1VQ5 A; 1D3B A; 2RHI A; 4J83 A; 1KIK A; 2FZG B; 4LD6 A; 5AYF A; 4PK4 A; 2RQV A; 3A8L B; 5LJ5 j; 2MMP A; 4M78 F; 2CZ7 B; 5FU6 C; 2VGN A; 7AT1 B; 3G6E T; 3VJP A; 3EHR A; 1X6B A; 2FG0 A; 1KC8 C; 1H3Z A; 3BY7 A; 1BYM A; 5CAI A; 2KVQ G; 3EFO A; 1I5O B; 1QCF A; 3M4G A; 2BZX A; 3MHX A; 4WCI A; 5KYX B; 2DZC A; 3MEA A; 1VQ5 T; 5GAN 2; 4AG1 C; 3J81 E; 3NMZ C; 1IGQ A; 2EYZ A; 1JBM A; 3ME9 A; 3OS0 A; 4F7U G; 3H0F A; 2LC4 A; 2RK2 A; 2L5Q A; 5LJ3 e; 1WNL A; 3OYK A; 1D1C A; 2AKL A; 3OBW A; 4N4I A; 2A0F B; 1G5V A; 2CH4 W; 2XKO C; 2LMJ A; 5A0D A; 3CPW S; 4ELY C; 2FPF A; 2DEQ A; 1OX8 A; 1TG0 A; 2L3P A; 2FHD A; 3EGU A; 1I5L A; 1MV3 A; 1K76 A; 1VQM A; 1YHQ Q; 1VQ8 A; 3I56 Q; 3RUX A; 5GAO m; 2OAU A; 3CCV Q; 4C8Q B; 1C1A A; 1N27 A; 3LYI A; 4PJO F; 3OW2 P; 3BE3 A; 3OMC A; 1M2V B; 2QEX T; 1Q86 R; 3GF5 A; 1UJY A; 1F1B B; 1Y07 A; 2MCN A; 2O31 A; 1VQO Q; 4OMM A; 1U5S A; 2F2W A; 1Z9Q A; 4JJB A; 4BI8 B; 1Y0M A; 3ZEH A; 4JS5 A; 1WQW A; 2NUP A; 2CSI A; 2YDL A; 2DL8 A; 2KDS A; 1IB8 A; 4XAX B; 2V26 A; 2D8J A; 2EQI A; 4A54 A; 1O9S A; 4BDZ A; 2EQU A; 4M77 G; 4J6Y A; 4IIO A; 5KYN A; 2HKQ B; 3D7S B; 1WFW A; 1X75 C; 3VUB A; 3KUF A; 3OYC A; 3GP8 A; 2XD0 A; 1QKX A; 2D9T A; 3RES A; 4PLI A; 2OI3 A; 3SWN B; 1BI2 A; 1Q82 C; 1T0H A; 3X28 B; 1Q7Y R; 4J9D A; 2O9S A; 2XDP A; 1NPP A; 3G7Z A; 2QGG A; 2KXC A; 4RTU A; 3C4S A; 2P0K A; 2BUD A; 3LGL A; 1WXT A; 3TVT A; 1GCQ A; 1N8R U; 1IZ6 A; 5I2M A; 4M7A D; 4ZGD B; 1HYO A; 1W70 A; 3OYL A; 4YTL A; 1E6G A; 2KYM A; 3DLL A; 4IUP A; 2KYB A; 2KRS A; 3EGD B; 1SF9 A; 2P4T A; 3VRZ A; 3QKJ A; 1QCN A; 4N0A A; 2BIV A; 4HCB A; 1FMV A; 2RNA A; 1KHI A; 4XU0 A; 4DBR A; 2QYZ A; 3JCM W; 1YIJ A; 1ZSZ C; 2AK5 A; 1AD5 A; 1K9M C; 1Y96 A; 5GAN 8; 2OTL Q; 1M90 U; 5LJ5 e; 4F14 A; 1XJW B; 4HA8 A; 4JRQ A; 5J26 A; 4JPB W; 3RR6 A; 2X3W D; 5LJ3 g; 4KT0 E; 3EG1 A; 2VVK A; 2RHX A; 2YUO A; 4E7I A; 3EGX A; 5GAO q; 4C8Q G; 1ZLM A; 3QZ5 B; 4M75 D; 4IUU A; 1I0C A; 1W4S A; 2DXB A; 1ZA2 B; 3VS3 A; 3EFO B; 4N4H A; 1RAE B; 2FB7 A; 3VRY A; 3OW2 S; 2YHT A; 4F17 A; 1JB0 E; 4OGE A; 2HL3 A; 2D6F A; 1TUC A; 4FIB A; 4QVD A; 3NTI A; 4J7F A; 1VYT A; 3QII A; 3CC4 T; 4XTV A; 4CRI A; 5ECA A; 3RNJ A; 3FDR A; 1RAG B; 1RAI B; 1GFC A; 3CC2 Q; 1BU1 A; 2DJZ A; 4OB0 B; 4KBM B; 3CCM Q; 1VQL A; 1KD1 C; 1VQK Q; 3AT1 B; 4XK8 E; 3THK A; 1LCK A; 2HDA A; 1YHQ A; 4E47 A; 1RAF B; 3UPU A; 1QVF A; 3KFV A; 2J6F A; 3CCV A; 3C95 A; 5A0L A; 2HSE B; 1ACM B; 2LJ0 A; 3QDR B; 2AHJ B; 2DXT A; 5GJV B; 3PIP A; 1M8M A; 4M7D A; 4XTY A; 1VQO A; 2O88 A; 1H64 1; 3R6O A; 4Z88 A; 3AHU A; 4A4H A; 4J9C A; 1VQL T; 2W10 A; 2DVJ A; 1RLP C; 2ZZD A; 5GAN f; 2VC8 A; 1FMW A; 2NUP B; 3P8D A; 1AHJ B; 2EW3 A; 3OYF A; 1FXX A; 1R0C B; 3ZBD A; 1C6V X; 2L0A A; 5I22 A; 3CME Q; 2E6Z A; 4LN2 A; 3CCJ Q; 4HVU A; 1VQO T; 3CC7 Q; 5HY6 A; 1PSE A; 1AVZ C; 1S1N A; 4NL3 A; 5HK0 A; 1YJW Q; 4KGV B; 1MND A; 5GAM h; 4C5G A; 2LJ3 A; 5KE3 A; 2NYS A; 2E5K A; 1XTD A; 3CBM A; 2BTT A; 2DIG A; 2KAF A; 3HRU A; 1V76 A; 1MMA A; 2X35 A; 1ZBJ A; 3UT1 A; 4AFS C; 4ELZ C; 1Q95 G; 4E7H A; 3CBO A; 3E9G A; 2E41 A; 1SSF A; 4J7I A; 2JN0 A; 2RB6 A; 1LNX A; 3V7S A; 5LJ5 g; 3JCM P; 4JJD A; 4M77 E; 2DYB A; 3G4S Q; 1PSF A; 3LWI A; 1G3S A; 1QQJ A; 1VQ7 T; 1YJN Q; 2CUD A; 1RAB B; 2M02 A; 5GAN d; 4L5G A; 2LVM A; 1UHC A; 2EJ9 A; 3LW5 E; 1G83 A; 2QQ9 A; 3V8L A; 1ZQ1 A; 3REA B; 3JCM V; 3BDL A; 4OMN A; 3JCM f; 5KYU A; 2HZY A; 2OTL A; 1Y96 B; 4HCZ A; 4FM4 B; 4M75 F; 4C92 D; 3MPU B; 3RKY A; 3M0S A; 3QDF A; 2AZV A; 1ZUK A; 4DEY A; 2MF2 A; 4LUD A; 2XU8 A; 1VA7 A; 1M1K C; 2PVG B; 1B7T A; 3EGX B; 3A8H B; 2EKO A; 1IRE B; 3JCM e; 2DEU A; 1PCX A; 3RKX A; 2JUF A; 4M77 C; 1VQ5 Q; 2R5A A; 5IAY A; 1Q81 U; 1XNI A; 4ZNX A; 2Y4Y A; 2OTL T; 2RI5 A; 4ZTJ A; 2C0T A; 2EBP A; 3X24 B; 3TQ7 P; 2HMA A; 3NHN A; 1R8O B; 1KG1 A; 2X4W A; 1AEY A; 2ROL A; 5CVI A; 1P92 A; 1SHG A; 2XDD A; 2LRQ A; 3VS2 A; 2DO3 A; 2RF0 A; 1MUZ A; 3JAM E; 2QG9 B; 2X4X A; 4D8D A; 4PLL A; 1VYV A; 4PJM A; 4M78 D; 5GAN 5; 3H6Z A; 3CC2 A; 2LCS A; 1NJI C; 2PU9 B; 4OF1 A; 1UFF A; 1VQ6 T; 5M9O A; 3CCM A; 2KRM A; 4DBQ A; 4LDY A; 2EJF A; 1WIE A; 2FRY A; 1VQK A; 2COY A; 1EZZ B; 4RKU E; 1UTI A; 4C8Q E; 2MAM A; 2OX7 A; 1HXD A; 2RHY A; 2QEX Q; 2D0Q B; 1I1J A; 4FW1 A; 5J39 A; 3TEE A; 4M7D B; 2PQW A; 5GMK m; 3CC2 T; 4O5V A; 1WHM A; 2J7I A; 1AZG B; 2CP6 A; 3OS5 A; 3EFR A; 2KR3 A; 2GTO A; 2L3R A; 3LH5 A; 3OYA A; 2QQA A; 3OYB A; 2AKK A; 4J6X A; 3SFM A; 4FT2 A; 1K9A A; 3N5B B; 2EVR A; 3L2Q A; 3CME A; 4RTY A; 3ZL7 C; 4Z02 A; 3VYG A; 2P0P A; 4A4F A; 2DER A; 3GBQ A; 4C0Z A; 4PJO D; 2A28 A; 1YJW A; 3VV0 A; 2FRW A; 1WGS A; 4C8Q C; 4BE1 A; 2JS0 A; 2HL5 C; 4RCC A; 5GMK l; 4FU6 A; 2NWM A; 2CT4 A; 1VYU A; 4QVZ A; 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