The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
MQGVVKVNSALNMRSGPGSNYGVIGTLRNNDKVEIIKEVDGWYEIRFNGKVGYASKSYITIVNEGSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of SH3 domain from CPF_0587 (fragment 415-479) from Clostridium perfringens. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target CpR74A.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Clostridium perfringens
|
| molecule keywords |
Probable enterotoxin
|
| total genus |
5
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08239 | SH3_3 | Bacterial SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GTJ A; 2JT4 A; 1U5S A; 3SHW A; 2AZV A; 4K11 A; 2MOX A; 2JW4 A; 1UGV A; 3IQL A; 2DLP A; 2ED1 A; 1WFW A; 2EQI A; 2DBM A; 5EC7 A; 1KJW A; 1ZUY A; 4AG2 C; 1BBZ A; 3NHN A; 1E7O A; 4LN2 A; 2J6F A; 2ROL A; 4ESR A; 2RQV A; 1KFZ A; 3EG0 A; 2KEA A; 2X3W D; 3I5R A; 1TUD A; 2A36 A; 4JZ4 A; 2AZS A; 1M3B A; 1PNJ A; 1FMK A; 3CQT A; 2RNA A; 1AWX A; 1GBQ A; 2DYB A; 4JJB A; 2JMA A; 1YWO A; 1MV0 B; 4CC2 A; 3GBQ A; 2KT1 A; 1JEG A; 1X43 A; 2PZ1 A; 1OOT A; 2YDL A; 1M3A A; 3C0C A; 2MIO A; 2FO0 A; 1CKA A; 1ZX6 A; 1W1F A; 2LJ3 A; 1T3S A; 5IH2 A; 1K76 A; 2IIM A; 1VYU A; 1HJD A; 2I0N A; 2RQT A; 3QWX X; 2RQU A; 1UDL A; 3PE0 A; 2EBP A; 5GJW B; 2FG0 A; 1ZLM A; 2GNC A; 4RTU A; 3VS3 A; 2KRO A; 4F14 A; 1IO6 A; 1WYX A; 3H41 A; 3M0P A; 1NLP C; 2C0I A; 5L23 A; 1YNZ A; 2LMJ A; 1X2Q A; 2EYX A; 3VRZ A; 2KRS A; 2EYZ A; 2LP5 A; 1U3O A; 2ROT A; 2GTO A; 5I11 A; 2EPD A; 4OMQ A; 2SEM A; 1H92 A; 3EG1 A; 1UEC A; 4D8K A; 4J9F A; 1M3C A; 1H8K A; 2A37 A; 1UJ0 A; 3H0H A; 3I35 A; 3I5S A; 1ABQ A; 3KFV A; 1K0S A; 4HVW A; 2X3X D; 1AVZ C; 2K79 A; 2L3Q A; 3A98 A; 2CDT A; 3VS2 A; 3VRY A; 1SHF A; 4RUG A; 2O88 A; 1K4U S; 1YN8 A; 1OPK A; 2DM1 A; 3UAT A; 1V1C A; 1ZUK A; 2SRC A; 2YUQ A; 3UA6 A; 2J6O A; 2B86 A; 1J3T A; 2DE0 X; 1WXT A; 2BTT A; 3REA B; 1T3L A; 4OMN A; 2FPD A; 1GRI A; 1HSQ A; 2DL5 A; 1NEB A; 2DX1 A; 5ECA A; 1X27 A; 2LJ0 A; 3UF4 A; 1E6G A; 2CSQ A; 2L0A A; 2AKK A; 2DL7 A; 2DMO A; 1I07 A; 2JTE A; 2NWM A; 2FPE A; 2YUO A; 1A0N B; 4J9H A; 2L2P A; 1VYT A; 3NPF A; 3SEM A; 1MV3 A; 1AWO A; 3FJ5 A; 2H8H A; 1T0H A; 2C0O A; 2L3S A; 4HCK A; 3VS4 A; 1X69 A; 2DNU A; 2EW3 A; 3QWY A; 1JQQ A; 1MUZ A; 2VKN A; 4JPB W; 1T0J A; 1PKT A; 1NG2 A; 1Y0M A; 1WLP B; 1I0C A; 2BZY A; 4ZNX A; 2MCN A; 2NUZ A; 2CUB A; 3EG3 A; 1UG1 A; 1U06 A; 1I1J A; 2AK5 A; 3EGU A; 2OAW A; 4D8D A; 2J05 A; 1Z9Q A; 3JV3 A; 4GBQ A; 4LUE A; 2CSI A; 2DRK A; 1H3H A; 1K9A A; 1UFF A; 1VA7 A; 2CH4 W; 2JM8 A; 2KBT A; 1Z9Z A; 1HD3 A; 4AFS C; 1GCQ C; 1X2K A; 1PRM C; 2PNI A; 4J9B A; 1ZSG A; 2DVJ A; 2J6K A; 5FWC A; 2ENM A; 1RI9 A; 2RPN A; 3NGP A; 4RTX A; 4J9E A; 4LUD A; 2DIL A; 2KYM A; 4OMM A; 1NYG A; 2P4R A; 3VS7 A; 1AEY A; 1QCF A; 3M0Q A; 1OV3 A; 2GQI A; 1G2B A; 2HEQ A; 4CC3 A; 5IHK A; 1NM7 A; 3M0R A; 5GJV B; 2O31 A; 1PWT A; 2KRN A; 3LH5 A; 1QLY A; 4AFQ C; 2YUN A; 3U23 A; 2EGC A; 5I22 A; 3RNJ A; 2ED0 A; 1UHC A; 1WXB A; 1SRM A; 4J9I A; 2PTK A; 2W0Z A; 3REB B; 1RUW A; 2KXC A; 4DEX A; 2V1Q A; 2KGT A; 4HVU A; 4JZ3 A; 3R6N A; 1K1Z A; 2CT4 A; 2FRW A; 1K0X A; 1YCS B; 3THK A; 1JO8 A; 3VS6 A; 2J7I A; 4WCI A; 2ESW A; 1S1N A; 2HBW A; 2RQR A; 4AG1 C; 2YSQ A; 1TG0 A; 1ARK A; 4FSS A; 1N5Z A; 1QKX A; 2XMF A; 1PRL C; 2L3P A; 1E6H A; 2KE9 A; 2D0N A; 3NMZ C; 2FEI A; 2FPF A; 2AKL A; 2VVK A; 4F16 A; 3PVL A; 5IHN A; 3ZL7 C; 2YT6 A; 2JS2 A; 1PKS A; 1WX6 A; 5FWB A; 2W10 A; 5IHI A; 4Z88 A; 1AD5 A; 2K9G A; 2K3B A; 1NEG A; 3I9Q A; 2GGR A; 1YWP A; 4F17 A; 2ABL A; 2JXB A; 2JS0 A; 2G6F X; 2KRM A; 5FW9 A; 1NLO C; 5IXF A; 4RTZ A; 2M0Y A; 1OPL A; 3PVQ A; 1ABO A; 1XOV A; 2RF0 A; 1AWJ A; 2EYY A; 2DF6 A; 2J06 A; 2V1R A; 4A63 B; 1Y57 A; 1GBR A; 1SRL A; 2LCS A; 2LNH B; 3TSW A; 1CSK A; 1TUC A; 2KNB B; 2DA9 A; 2KXD A; 2F2V A; 2DRM A; 1W70 A; 4DEY A; 2QDL A; 2LQN A; 1FYN A; 1GCP A; 1JXM A; 2K2M A; 4CC4 B; 2JM9 A; 2O2O A; 4Z8A A; 2DL4 A; 3VS1 A; 1VYV A; 4RTY A; 2D1X A; 3VS5 A; 2CH4 A; 1SEM A; 1KSW A; 2O9V A; 1BU1 A; 1UUE A; 1WXU A; 1ZUU A; 2CRE A; 3M0S A; 2LQW A; 2EGA A; 1B3Q A; 2C0T A; 2RQW A; 1UHF A; 1QKW A; 1PHT A; 1RLP C; 1QWE A; 2KYB A; 1OEB A; 4CC7 A; 1UJY A; 1LCK A; 1GFD A; 2LJ1 A; 3EHR A; 4LE9 A; 2A28 A; 1B07 A; 4J9G A; 2K7A A; 3H0I A; 1W6X A; 2LX7 A; 1QWF A; 1SHG A; 1UE9 A; 1WA7 A; 2HDA A; 1JU5 C; 1WI7 A; 1GCQ A; 2EVR A; 4HXJ A; 2DBK A; 1YP5 A; 2JMC A; 4LNP A; 4OML A; 1SSH A; 3TSZ A; 2VWF A; 4Y92 A; 2RMO A; 4IIO A; 1UTI A; 3RBB B; 1NYF A; 1WDX A; 1WIE A; 2O9S A; 3VS0 A; 2M51 A; 2E5K A; 2YUP A; 1GL5 A; 2F2W A; 2KT8 A; 2DL3 A; 1G83 A; 4EIK A; 1M8M A; 3UA7 A; 2CUD A; 4ORZ A; 2K6D A; 1JXO A; 2HCK A; 5IXB A; 1X6G A; 2GBQ A; 4J9D A; 2KR3 A; 2RN8 A; 4E6R A; 3EG2 A; 3ULR B; 4HVV A; 1AZE A; 4OMO A; 1X6B A; 4QT7 A; 4Z89 A; 1GFC A; 2D8H A; 3TVT A; 4KRT A; 2FRY A; 4J9C A; 3EHQ A; 1BB9 A; 1KIK A; 2EYW A; 4M4Z A; 1AZG B; 4IIM A; 2BZX A; 2HSP A; 4JJC A; 3M0U A; 3M0T A; 2A08 A; 2DJQ A; 2LZ6 B; 2ECZ A; 1CKB A; 4AFU C; 1M30 A; 4GLM A; 3O5Z A; 4RTW A; 1ZBJ A; 4X1V A; 2EGE A; 5HCK A; 1M27 C; 2DL8 A; 2D8J A; 1AOJ A; 2OJ2 A; 2F2X A; 3H0F A; 1RLQ C; 4AFZ C; 4RTT A; 2EKH A; 4JJD A; 1AWW A; 2BZ8 A; 4OMP A; 2CT3 A; 2OI3 A; 1BK2 A; 1EFN A; 4R0K A; 4RTV A; 1SPK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JCM V; 3DLL A; 1WJS A; 3QG1 A; 4K11 A; 3JB9 G; 1YFN A; 2MOX A; 3JCM Q; 4XK8 E; 5D6Y A; 3CCJ T; 2HZY A; 3CC2 Q; 5KYW B; 1WQW A; 1VQO Q; 4M7A D; 5EC7 A; 1WHM A; 4E7L A; 3NHN A; 1E7O A; 1QCO A; 1VQ9 A; 5GAN h; 2ROL A; 4ESR A; 2RQV A; 1KFZ A; 2BE9 B; 3TQ7 P; 3INZ A; 5FU6 C; 2WSE E; 2VXF A; 3EGX B; 3CCV Q; 1PNJ A; 1G8X A; 5GAO n; 4JJB A; 2P84 A; 1VQN T; 2RI5 A; 3Q1J A; 2KT1 A; 8ATC B; 1JEG A; 5GMK m; 4QVZ A; 2MIO A; 2MI6 A; 5HY6 A; 1MMA A; 2DIG A; 1K76 A; 1Q81 U; 3OYC A; 2QA4 Q; 1AHJ B; 2MMP A; 3QZ5 B; 3MEV A; 1PD0 A; 1VQ4 Q; 5LL6 S; 1N8R R; 3LYI A; 3CCR A; 3HFN A; 4A4E A; 4A4H A; 1ZLM A; 2GNC A; 4RTU A; 2QTV A; 3VS3 A; 1IO6 A; 1HK9 A; 3M57 A; 2RJD A; 1I5L A; 1RAD B; 2L5Q A; 5CIU A; 4M7D F; 3VRZ A; 2EYZ A; 2LP5 A; 1PM3 A; 3M4Y A; 3OYA A; 2LCL A; 4PJM A; 5I11 A; 1I81 A; 3CCM A; 2SEM A; 1H92 A; 1R0B G; 2LDM A; 3I5S A; 2DAQ A; 3KFV A; 1YIT A; 4JDS A; 2X3X D; 1AVZ C; 3F70 A; 3TU4 K; 1KG1 A; 3VS2 A; 2NLU A; 4ANJ A; 4RUG A; 1K4U S; 1SG5 A; 2E10 A; 1YJN Q; 1OU8 A; 1FXX A; 2LNV A; 4LDU A; 3L2V A; 4FCY A; 3I56 Q; 4PFZ A; 3PT9 A; 4F7U B; 4C8Q B; 1JB0 E; 5CQY A; 1XQH A; 4C92 F; 2BTT A; 3REA B; 1SSF A; 4ZGJ B; 2HAX A; 1GRI A; 1HSQ A; 4PL6 A; 2DL5 A; 2AIR B; 3JB9 D; 4L59 A; 3OS5 A; 5ECA A; 3JCM b; 1E6G A; 4CI0 C; 2DMO A; 2NWM A; 2FPE A; 2YUO A; 4J9H A; 1NZ9 A; 1WGS A; 1VYT A; 4BI8 B; 1MV3 A; 4NL2 A; 4E7J A; 4RMO A; 4KUL A; 1TWB A; 3G4S T; 1M5Q 1; 2L3S A; 4HCK A; 2QAZ A; 2EW3 A; 4PLL A; 4FW1 A; 1N6A A; 1T0J A; 1M1F A; 1Y0M A; 4DBQ A; 2ZPE B; 2YRC A; 4ZNX A; 1VQ6 A; 2K3Y A; 4EMK A; 2NUZ A; 2CUB A; 2XIC A; 1UG1 A; 1YCY A; 3EG3 A; 3RMQ A; 2CP0 A; 3EGU A; 1KHI A; 3HFO A; 1YHQ T; 2BUD A; 3JV3 A; 3A8H B; 4LUE A; 5A0G A; 2DRK A; 5C6S A; 1UFF A; 1WQ7 A; 2CH4 W; 4A53 A; 2JM8 A; 2KI7 A; 3CC2 T; 5GAN f; 5LJ5 j; 1KQ1 A; 2RH2 A; 5GMK i; 1PRM C; 4C92 D; 2PUK B; 4RG8 A; 3D7S B; 2J6K A; 3FRN A; 3OA6 A; 1K9M U; 1RI9 A; 3VJP A; 3CXC A; 3CCE A; 4RKU E; 4J9E A; 3LGL A; 1D0X A; 1NYG A; 5CO7 A; 2P4R A; 1QVG P; 3CCV T; 1VQM Q; 3VS7 A; 1Q7Y U; 3S6W A; 2HD0 A; 1VQP Q; 6AT1 B; 1VQ8 A; 3GNG A; 5GJV B; 4N4G A; 4J5Y A; 2EGC A; 4FU6 A; 4BI4 A; 1ZSZ B; 5GAM f; 4XU0 A; 3ZBD A; 4M78 E; 1ZQ1 A; 5GAN 8; 1VQL Q; 1BIB A; 3SDZ A; 3E2U A; 2HL3 A; 3EH2 A; 3CME Q; 4ELY C; 4FYX B; 2E70 A; 4DEX A; 2HSE B; 2V1Q A; 3R6N A; 1M1G A; 1YCS B; 4GLK A; 1S1N A; 3DLM A; 4M7A E; 3DB4 A; 4M75 B; 1TU0 B; 2ZGW A; 1TG0 A; 3CCU T; 1N5Z A; 2XMF A; 1YI2 A; 5IT9 E; 1S72 Q; 4M7D C; 4PJO E; 3N5B B; 3ASK A; 2AKL A; 3RES A; 2YT6 A; 4PJJ A; 1D09 B; 1YJW A; 1PKS A; 4KBM B; 2W10 A; 2HQX A; 4Z88 A; 1D1A A; 1MMD A; 4WTO B; 2BIV A; 3PTA A; 2I2L A; 3I9Q A; 4BE2 A; 3CC4 A; 3QDF A; 2DET A; 3CC7 A; 5KH6 A; 1M1K C; 1TS9 A; 5IAY A; 3CCR T; 1YJN T; 1OZ2 A; 2GCX A; 3OS2 A; 1Q82 C; 4RTZ A; 2E5Q A; 3I56 T; 3MCA B; 3JSC A; 2EIF A; 4EMH A; 1C0M A; 3JCM X; 2DF6 A; 2KY9 A; 2V1R A; 1Y57 A; 1GBR A; 1SRL A; 2LCS A; 2LNH B; 2YLC A; 1CSK A; 1TUC A; 2KNB B; 2DA9 A; 1VUB A; 1B34 B; 2CGH A; 2FZK B; 2F2V A; 4HT8 A; 3CCM T; 1KQS S; 1JXM A; 2P4T A; 5GAN e; 2DK3 A; 4CC4 B; 3SB2 A; 2O2O A; 3MKD A; 2EQK A; 2E6N A; 2D0Q B; 3L1A A; 4RTY A; 3CCQ A; 1I5O B; 1OZ3 A; 3VS5 A; 4LD9 K; 2CH4 A; 3GF5 A; 2XKO C; 4BE1 A; 5LJ3 e; 3SWN A; 1Q86 U; 5GAO r; 4XTW A; 3LWI A; 1OX9 A; 3S3N A; 4OGC A; 2FHD A; 2NUT A; 3PIP A; 3CD6 A; 2KDS A; 2RQW A; 1QW1 A; 1QKW A; 2RHY A; 1RLP C; 1WHJ A; 1QWE A; 2DXC A; 1I8F A; 3QUI A; 1ACM B; 5GAO m; 1GFD A; 2KSS A; 3OYK A; 2A28 A; 3QPH A; 2LTO A; 1B07 A; 4RCC A; 1M2V B; 1FWZ A; 2HQH A; 4FYV B; 4J83 A; 2QEX A; 2EVR A; 4HXJ A; 2DBK A; 4OML A; 3TSZ A; 2H3J A; 1WHH A; 4IIO A; 4LDX A; 1UTI A; 4NOY A; 4ZTF A; 1NYF A; 2JOY A; 3VYG A; 3QDR B; 5KYX A; 2MWP A; 2ZCF B; 2LT1 A; 3NTI A; 2O9S A; 2YUP A; 3CCJ A; 3FLG A; 4XTV A; 2KQW A; 3ZEH A; 2DL3 A; 4QVD A; 1KK7 A; 4KUD K; 1VQ6 T; 1WHG A; 1VQM T; 1JXO A; 2HNI A; 2DTO A; 5IXB A; 3PFS A; 3WXM B; 1X6G A; 1VQP T; 5KE3 A; 3QJY A; 2K2V A; 1Y96 A; 4A4F A; 2KR3 A; 2EJG A; 1TTH B; 3V7R A; 2QGG A; 1BCO A; 3P8D A; 4QT7 A; 4MZM A; 2Z0W A; 4D6W A; 3TVT A; 1KD1 U; 4J9C A; 2DO3 A; 1BB9 A; 2WSC E; 5GAN g; 2MF2 A; 2EYW A; 4M4Z A; 4BD3 A; 1VQL T; 1VQN A; 3JCM W; 3BFM A; 3E19 A; 1M1K R; 3OW2 A; 3CME T; 3OYJ A; 3OYY A; 3X25 B; 1BI0 A; 1DJ7 B; 4AFU C; 3CCE T; 5KCO A; 4B9W A; 3RIR A; 4X1V A; 2EGE A; 4KGX B; 1M27 C; 1GXI E; 2V8K A; 2D8J A; 4IUR A; 3QHS A; 5KCH A; 2F5K A; 5I2M A; 5HKC A; 2P0P A; 4JJD A; 5I2S A; 2CT3 A; 2CZ1 B; 2HMA A; 4EMK C; 2LQK A; 5GAN 5; 2JT4 A; 1U5S A; 2E65 A; 2QQR A; 3SHW A; 5GAM j; 3JCM J; 1Y96 B; 3CCL Q; 3IQL A; 3AT1 B; 2DLP A; 2F69 A; 4PJO A; 3L2U A; 4BY6 B; 1ZUY A; 3RUX A; 1QVP A; 3X20 B; 1IRE B; 1UGQ B; 4LN2 A; 3V7S A; 2X4Y A; 3EG0 A; 4IUP A; 1TUD A; 1YI2 T; 3BDL A; 4JZ4 A; 3MEA A; 3G71 Q; 1FMK A; 1YIJ Q; 1B7T A; 4M77 A; 3WVD B; 5GMK j; 4C5I A; 5HK3 A; 4OMF B; 2KAF A; 4M78 B; 2JMA A; 4CC2 A; 3GBQ A; 4JUV A; 3BW1 A; 3FDR A; 2PZ1 A; 2QQB A; 3C0C A; 2R5A A; 1CKA A; 1ZX6 A; 4DQ2 A; 3CC4 T; 2LJ3 A; 1T3S A; 2VXE A; 1MHN A; 4P5N A; 2IIM A; 1XTD A; 4M7A B; 2BE7 D; 1HXD A; 2RQU A; 1VQ5 Q; 1U1S A; 1WHK A; 2RM4 A; 2B8A A; 3S3M A; 4PJO B; 4BAC A; 4F14 A; 1RL2 A; 2DXU A; 3AHU A; 3CEY A; 3QKJ A; 4E7I A; 1NJI C; 3EGD B; 2E4H A; 2GTO A; 2VUB A; 4OP0 A; 2EPD A; 4OMQ A; 4DA4 A; 1YHQ A; 1OQK A; 1H8K A; 3G6E Q; 1ABQ A; 2K79 A; 2X4W A; 4C0F A; 2CDT A; 3E1S A; 4RCB A; 2CZ0 B; 1WPY A; 3CC2 A; 1OPK A; 3JAM E; 2DM1 A; 2VAS A; 1K73 R; 3BDU A; 3E9G A; 2FVU A; 1ZUK A; 1QCN A; 2YUQ A; 3UA6 A; 2CS7 A; 2QQ9 A; 2QTX A; 1IHV A; 3QBY A; 3CBO A; 1TH7 A; 1IB8 A; 1TOV A; 1V29 B; 2FPD A; 3CCV A; 2XU8 A; 1NEB A; 2O01 E; 3UF4 A; 4M77 F; 1W2B S; 2CSQ A; 3WVE B; 3OYH A; 2MAM A; 3HPW A; 1N9S A; 1VOM A; 3NPF A; 2QQS A; 3SEM A; 4Z02 A; 3BY7 A; 3I55 Q; 2H8H A; 2XDP A; 1OYX A; 3CXC P; 3FC3 A; 3SWN C; 2DNU A; 3QWY A; 1JQQ A; 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