The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
111
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structure length |
111
|
Chain Sequence |
DLTVRQKGNKVIKPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTLKERSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of the PilN, PilO and PilP type IVa pilus subcomplex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PilP protein
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| total genus |
9
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OSS C; 2LC4 A; 2Y4Y A; 2LNV A; 2IVW A; 2Y4X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JCM e; 2FG0 A; 1D0X A; 2CP0 A; 4WF2 A; 4GLM A; 2AK5 A; 3P8B B; 2QQA A; 4C0D B; 2MYS A; 2WSE E; 3SWN B; 3JCM P; 1PG5 B; 1VQ4 A; 3M4G A; 1VOM A; 1B3Q A; 5IXF A; 5GAO p; 1VQ8 A; 3H0I A; 2EJG A; 2V26 A; 2R57 A; 2ED1 A; 1YJW T; 1MMA A; 4PJM A; 2AHJ B; 4DEY A; 3OYL A; 5KH6 A; 5A0G A; 1ZQ1 A; 2YRD A; 3OW2 P; 1NBE B; 3OYA A; 1PKS A; 2DTI A; 5GAN j; 3RUX A; 1VQ7 A; 4E7S A; 2K79 A; 3LWH A; 2Y90 A; 4JRI A; 1SHF A; 4BAC A; 5GMK e; 1U06 A; 4N4I A; 1U1S A; 2EIF A; 2CP2 A; 5LJ5 j; 1OZ2 A; 4XTW A; 5CVI A; 3QKJ A; 4XU3 A; 1VQP Q; 4E7K A; 5LL6 S; 2DIG A; 1YIT T; 1OI1 A; 2RJD A; 1YWP A; 3G4S T; 4IUV A; 1N8R R; 2A08 A; 4OVA A; 2DJZ A; 2XMF A; 3JCM b; 1Z9Q A; 5D6X A; 1KG1 A; 4JRP A; 1K4U S; 3RKX A; 1WXT A; 1W2B A; 2X3X D; 2M1H A; 3EGX B; 1VQO Q; 4PJO A; 4XTX A; 2GTO A; 1FMK A; 1QW1 A; 2DVJ A; 5IAY A; 2G3R A; 4V2S A; 2RHX A; 4JJC A; 4E7Z A; 3TVT A; 2LP5 A; 3V7S A; 4DBR A; 4QVC A; 1TXQ A; 2KSS A; 1M27 C; 2EJ9 A; 1TUD A; 1U8R A; 2BUD A; 5FLX E; 2E5Q A; 2BZ8 A; 2CUB A; 3FB9 A; 4DEX A; 5LJ5 d; 3G1J A; 4EDU A; 4HCC A; 1I5L A; 1W1F A; 3PIO A; 2RH2 A; 4QW2 A; 3EG1 A; 1M1K C; 2CT3 A; 1JU5 C; 1K8A U; 1S72 Q; 4M75 D; 5LJ3 d; 2XIC A; 1N9R A; 2HL3 A; 2JVV A; 4O6J A; 4C5E A; 4C0Z A; 3EGD A; 1X6B A; 4A4G A; 3GOX A; 1YI2 Q; 4D8D A; 1W6X A; 3OBW A; 3FC3 A; 1RLQ C; 4JJN K; 5HCK A; 1VQP A; 1SKU B; 2RHY A; 1Q81 C; 1RAG B; 2BE9 B; 5FWB A; 4ZN1 A; 3FDR A; 4M75 C; 2GFA A; 3M57 A; 1PRL C; 2QTX A; 4Y91 A; 3QDF A; 4CI0 C; 4IUR A; 1VQO A; 2EGE A; 2VGN A; 4C92 F; 1Z9Z A; 2O9S A; 3JB9 J; 2VB6 A; 2O88 A; 4HCZ A; 2CH4 W; 2D8H A; 2MI6 A; 3ZBD A; 4BI4 A; 3VS3 A; 3LW5 E; 4VUB A; 2YUP A; 2L3S A; 3PNW C; 4BDY A; 2CP7 A; 1J3T A; 2RJE A; 5DLQ E; 2HKN A; 2DNU A; 4B9W A; 3QHS A; 1EFN A; 1VQP T; 3H8Z A; 3FLG A; 3OB9 A; 4FW2 A; 2YSQ A; 1Q82 C; 4M78 F; 1R8O B; 2KVQ G; 1X69 A; 4M7A F; 2XKO C; 1G3T A; 1NM7 A; 1AWJ A; 8AT1 B; 1S72 A; 4ZTJ A; 2J7I A; 1VQO T; 3PTA A; 3CPW S; 4KH1 B; 4KGV B; 3V7R A; 1M1G A; 3OYD A; 1EIF A; 1YI2 A; 4PJN A; 1K0X A; 3RMQ A; 1KK7 A; 4HVU A; 3I56 T; 1W2B S; 3VS7 A; 2Y4X A; 3T9N A; 1GCP A; 1WA7 A; 2OTJ Q; 1PD1 A; 1ZA1 B; 1WJQ A; 3ZFJ A; 4M7D F; 4FYW B; 2ECZ A; 3X20 B; 4JS5 A; 4LUE A; 4CC7 A; 5I11 A; 2E6N A; 1QCN A; 1D0Y A; 5J26 A; 2KXC A; 2YRC A; 3JCM h; 1S72 T; 3OS1 A; 1M3C A; 1KHC A; 2ESW A; 2KNB B; 1QWF A; 1QCF A; 1YI2 T; 1VYV A; 3GF5 A; 2FPE A; 2O01 E; 2VXF A; 4M75 A; 1H64 1; 3CMA Q; 4RTY A; 2MF2 A; 2QXF A; 4FYX B; 1YIJ T; 3HRU A; 2C0T A; 1I07 A; 4HA8 A; 5FU7 B; 3CME Q; 5GAN 4; 3EG2 A; 3DKM A; 2GNC A; 4EPC A; 1K8A R; 2DXB A; 2DZC A; 1D09 B; 4XTV A; 1BB9 A; 1CKB A; 4RCB A; 2RI5 A; 2L3Q A; 3E9F A; 4RG2 A; 1Q95 G; 2M9U A; 4OGE A; 5GMK h; 3OYN A; 3QWY A; 1QVG A; 3S6W A; 2A36 A; 1I4K 1; 4Z89 A; 2BE7 D; 1OPK A; 2EW3 A; 2KE9 A; 2OTJ A; 3RIR A; 1JB0 E; 3QZ9 B; 2PUO B; 4M77 F; 5FWC A; 3CCR Q; 1P92 A; 1PM3 A; 1B34 B; 3EFR A; 1BIA A; 1SG5 A; 3GNF B; 1KSW A; 1YWO A; 1ZSG A; 1MUZ A; 2M16 A; 4NL2 A; 4JLG A; 4K11 A; 2KDS A; 4OMO A; 1UG1 A; 4F04 B; 1Y0M A; 2BIV A; 4BI8 B; 5GAN g; 4BDZ A; 2RA2 A; 3TQ7 P; 2MAM A; 4ANJ A; 5LJ5 f; 3EFO A; 3CXC P; 2FVU A; 4J6Y A; 3G7Z A; 3CMA A; 1WIE A; 5GMK i; 5LJ3 f; 2MOX A; 3WVE B; 3CME A; 3GNG A; 2OTJ T; 1DJ7 B; 1D0Z A; 3EH2 A; 1Y07 A; 2JUF A; 4E7J A; 2EVR A; 5GAO r; 1XTD A; 3OY9 A; 2EKO A; 4OB3 B; 4JRQ A; 4AFZ C; 3UDC A; 3L2V A; 2EGC A; 2X35 A; 4A4F A; 2E41 A; 3JB9 H; 4GY5 A; 2M0O A; 3CCE Q; 2QGG A; 1WHJ A; 4XU0 A; 4BUG A; 5CAI A; 2RQT A; 1MND A; 4C92 G; 4RTV A; 4X9D A; 1YNZ A; 1BYM A; 3VS2 A; 4C0D C; 5L23 A; 3A8L B; 3SWN C; 4FW1 A; 2A3L A; 1CSK A; 3MEU A; 4HT9 A; 2GF7 A; 3RKY A; 1ARK A; 2IIM A; 5KYY B; 3CCR A; 2LQK A; 3CME T; 1M90 U; 1BCM A; 5DY9 A; 1N8R C; 1JO8 A; 3C4S A; 3QSU A; 4NL3 A; 2DET A; 3CQT A; 1NG2 A; 4FU6 A; 4PJL A; 3VYG A; 3BDU A; 4E2F B; 3HPW A; 3X24 B; 4M78 G; 2NWM A; 3P8H A; 2J05 A; 4M7A G; 4C5H A; 4J8O A; 4PK4 A; 2LMJ A; 2E3H A; 4E7L A; 1GFC A; 3PGG A; 1UGS B; 3QG1 A; 2KT1 A; 1Y71 A; 4OMF B; 3CCQ Q; 1A0N B; 2DAQ A; 1QVG S; 3CCR T; 1AWO A; 3J7A F; 1MMN A; 1PRM C; 1MNE A; 1UHC A; 3OYE A; 1FX7 A; 2IPO B; 5HY6 A; 4TVR A; 3KBG A; 2D0N A; 4QQG A; 1FMW A; 2JMC A; 3A8O B; 3S3O A; 3NMZ C; 4RG8 A; 3CCE A; 2D9T A; 4RTX A; 3V7C A; 1WHM A; 5FW9 A; 1WLP B; 5GAM e; 4Z8A A; 5GAN 6; 2EYZ A; 2FHD A; 3E9G A; 3M53 A; 1W70 A; 1OV3 A; 1VUB A; 1UEC A; 4QT7 A; 1VYT A; 1AOJ A; 4QKU A; 1IRX A; 3CPF A; 7AT1 B; 2NUP A; 2KGT A; 5LJ3 h; 3UAT A; 4LE9 A; 1NJI R; 4BI3 A; 5CKF A; 3INZ A; 1BI0 A; 3QJ6 A; 2RK2 A; 3JCM J; 4IKF A; 5GJW B; 4ZGJ B; 1AWW A; 2AKK A; 3SEM A; 1M4Z A; 3SWN A; 3CCE T; 1QVF P; 3I35 A; 2F2W A; 2G6F X; 2RN8 A; 2EQJ A; 1R0C B; 4JZ3 A; 2OX7 A; 2V8I A; 3H0F A; 1XQH A; 1ZUU A; 5IHK A; 5CKD A; 4HCK A; 1ACM B; 3JAM E; 1HXD A; 3REB B; 4J9E A; 2YUQ A; 4FSX A; 2ZPB B; 3VRY A; 3HFO A; 4HCB A; 4KUD K; 4RTZ A; 2JXB A; 3WVD B; 5GAN 3; 1R77 A; 4M77 G; 1UJY A; 3CC4 Q; 1QVP A; 1HJD A; 2RPN A; 2KMT A; 3JCM X; 1YJN Q; 3OW2 S; 2C06 A; 4IUT A; 2HBP A; 2IG0 A; 1K73 C; 4DOV A; 1I0C A; 1VA7 A; 4YTL A; 3V8J A; 3ER0 A; 1WXB A; 4HT8 A; 4M75 E; 3JB9 G; 1KQS P; 2K5F A; 4F14 A; 2DMO A; 4IUU A; 3M0P A; 1M90 R; 5GAN 8; 1WHG A; 1WDX A; 4C92 B; 4BD3 A; 3EGX A; 1PNJ A; 3OA6 A; 2K3X A; 4DBH A; 2NUP B; 2YXY A; 2YUO A; 2QEX T; 1D1B A; 2B86 A; 1EX4 A; 1UJ0 A; 1RAI B; 1M1F A; 4KGZ B; 2D6F A; 2LDM A; 1WZO A; 1JXM A; 3CCJ Q; 3I9Q A; 3PMI A; 3L2Q A; 2HQH A; 4LDW A; 1WYX A; 5IXB A; 1IHV A; 2CYZ B; 2F5K A; 3CC7 Q; 3C0C A; 2X4J A; 4J9F A; 3OYG A; 1KD1 C; 3MKD A; 4M78 B; 2AZS A; 3PE0 A; 1JBM A; 2OTL Q; 4M7A B; 4J6X A; 4FIB A; 1BKB A; 1IO6 A; 2ZPH B; 4HKE A; 1SPK A; 1G3W A; 4RMO A; 1VQM Q; 2RQU A; 3FRN A; 3MO8 A; 3EG3 A; 3PVQ A; 3UA6 A; 1Y57 A; 2ABL A; 1GL5 A; 4Y92 A; 2DL7 A; 3CCL Q; 2P0Q A; 1OYX A; 1I1J A; 3CC4 A; 2CSI A; 2HSE B; 4OGC A; 3M59 A; 4M77 A; 1PC0 A; 1YJN A; 3CC2 Q; 1N5Z A; 4EMK B; 1UGR B; 2KR3 A; 2AIR B; 2KYB A; 3OYB A; 3TEE A; 1VIE A; 3HL8 A; 4M7D B; 1I81 A; 2A28 A; 3QYG B; 3E1S A; 3MEV A; 1VQ4 T; 2DL4 A; 4MDX A; 3J80 E; 5FU7 C; 3VUZ A; 2HAX A; 1IRE B; 5GJV B; 1KHI A; 1VQ8 T; 2CZ6 B; 3A98 A; 3CPW A; 2L0A A; 1WX6 A; 1RAD B; 2JM8 A; 2BKD N; 3CC4 T; 2FYK A; 3C12 A; 3O8V A; 1T3L A; 1YCY A; 2CSQ A; 2FRY A; 2K6D A; 2VWF A; 2P84 A; 2DE0 X; 3CCJ A; 1ZBX A; 4C8Q F; 1YN8 A; 2EGA A; 2O4X B; 4X34 A; 1SF9 A; 3CC7 A; 1K9M C; 1PKT A; 1BK2 A; 4OMM A; 2DYI A; 3LWI A; 2COW A; 1JJ2 P; 1RI9 A; 1VQ7 T; 2BZX A; 2ROL A; 3R6N A; 4XK8 E; 2EFI A; 5GAN d; 1KC8 C; 2OTL A; 2E12 A; 2Z0W A; 1SSH A; 3ZL7 C; 3BFM A; 1VQM A; 1MHN A; 1G8X A; 4OMP A; 5KYN A; 2JS0 A; 2EQU A; 1K1Z A; 3CCL A; 3M0R A; 3M54 A; 1OU8 A; 2ZPI B; 5KYX B; 3PVL A; 1FWZ A; 3HP9 A; 3CC2 A; 1AT1 B; 2R5M A; 1WQ7 A; 4R0K A; 4A53 A; 5GAM h; 4LXC A; 3CXC A; 3DLM A; 3AHU A; 3CCJ T; 1AZG B; 2PU9 B; 4AMC A; 4C5G A; 4LDY A; 3CC7 T; 4M77 B; 4XQ3 A; 3M56 A; 5FRO A; 4JZ4 A; 3FJ5 A; 2DBK A; 1ZBJ A; 3RBB B; 1ABQ A; 2EYX A; 1VQM T; 1N9S A; 3Q1J A; 3V8K A; 2M51 A; 4FT4 A; 3OMG A; 2K3B A; 2K5I A; 4JJD A; 4KBM B; 5D6W A; 3CCL T; 2QYZ A; 5M9O A; 3CCS Q; 2CP3 A; 3G71 Q; 1Q86 U; 1AEY A; 3JCM g; 3HKS A; 2F2X A; 3JSC A; 1K0S A; 5KE2 A; 1WHH A; 1RL2 A; 3OYC A; 1C0M A; 3EG9 B; 1TTH B; 4RKU E; 4RTT A; 3MP8 A; 5CCA A; 1ZUY A; 4BE0 A; 2E4H A; 2R58 A; 4N4H A; 2LQN A; 1X2K A; 2HSP A; 1I5O B; 5A0L A; 2V8J A; 3DLL A; 2KRN A; 3RNJ A; 1E6G A; 3I5S A; 2MPX C; 2CP5 A; 1NE8 A; 3SDZ A; 1G3Y A; 1WJS A; 3TCJ A; 4M78 E; 4ZGD B; 3HTR A; 4XTU A; 1W4S A; 1TUC A; 3QDR B; 5C6S A; 2JTF A; 3S3M A; 2HD0 A; 3L2R A; 5A2Q E; 4BE2 A; 4GBQ A; 2GCX A; 2L3P A; 2LT4 A; 1GRI A; 1MV0 B; 4MZM A; 3UT1 A; 1VQL Q; 1LNX A; 1B34 A; 2K3Y A; 4EIK A; 5LJ5 e; 1TG0 A; 3CCV Q; 3E19 A; 1BIB A; 1NJI C; 2K9G A; 2QDL A; 2KRS A; 3MJX A; 2F69 A; 4A4K A; 4F7U F; 1M1K U; 1O9S A; 3CCS A; 3G71 A; 5LJ3 e; 3V8L A; 1PSF A; 2EYY A; 1RI0 A; 1RUW A; 1PSE A; 3SHW A; 4F17 A; 3LLR A; 4OB1 B; 4J9I A; 3LGL A; 1QP2 A; 2KAF A; 2F1L A; 2HMA A; 4ESR A; 2QK0 A; 3A5Z B; 1Q81 U; 2LNH B; 3REA B; 3CXC S; 2EPD A; 1M8V A; 4J6W A; 1LPL A; 1OU9 A; 2IVW A; 2QGF B; 2CDT A; 2ROT A; 1K76 A; 3CCS T; 1M9S A; 4HVW A; 2C0O A; 1RLP C; 1WFW A; 3IQL A; 2J6O A; 2H3J A; 4MMK A; 3ASK A; 2I2L A; 2ZCF B; 5GMK m; 3A8M B; 2HZY A; 1Q7Y C; 2P0K A; 3OSS C; 5KYY A; 2YLB A; 3JCM Q; 4C8Q G; 1VQL A; 1MV3 A; 4J9C A; 3LH0 A; 3CCV A; 1M2V A; 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1QVF S; 4HXJ A; 4NS5 A; 4M7D C; 4E47 A; 3P8D A; 3MEA A; 1Y96 B; 3RER A; 4JLI A; 2B8A A; 3VUB A; 4LUD A; 3CCU Q; 4CC4 B; 3OYM A; 3O5Z A; 4KUL A; 4XAX B; 2JN0 A; 2DBM A; 5GAN h; 4FSS A; 2WSF E; 4F7U G; 1QQJ A; 4M7D G; 3MEW A; 3VYH B; 3TRE A; 2DJQ A; 2V1Q A; 4OB0 B; 1XNI A; 4A63 B; 4CC2 A; 3OS5 A; 4AT1 B; 2EYW A; 2DVE A; 1RAC B; 4J83 A; 1T0H A; 3UWN A; 5LJ5 h; 4C92 A; 2VAS A; 2ZPG B; 2DLP A; 2K5L A; 2CRE A; 5KYU A; 2VYT A; 4M77 D; 3QXE B; 2RQV A; 1KQS S; 3HSB A; 4KUI A; 3MP6 A; 3VS5 A; 4C8Q B; 5FU6 B; 5FRM A; 1WQW A; 2LJ0 A; 3GLX A; 3CCM Q; 1V29 B; 3EHQ A; 4Q5W A; 2VKN A; 2L89 A; 4X9C A; 3EHR A; 4M78 A; 1UFF A; 4R55 A; 5GMK j; 4IIO A; 3JB9 D; 3UA7 A; 4M7A A; 3JCM d; 1HD3 A; 4C5I A; 2JM9 A; 2E10 A; 4M77 C; 2HKQ B; 2DKG A; 3SB2 A; 3CCQ A; 2RD1 A; 1WNL A; 3CCU A; 1UTI A; 5D6Y A; 4XTZ A; 1H3H A; 3F70 A; 4HVV A; 2KQW A; 4EMK A; 1AZE A; 1C1A A; 4E6R A; 1TH7 A; 4F7U A; 4M7D A; 2FRW A; 4E7H A; 1NLP C; 1G2B A; 2MIO A; 4OF1 A; 1LJO A; 1NYG A; 2A0F B; 2FO0 A; 1SEM A; 3D7S B; 1QVG P; 3C94 A; 4ME7 A; 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