The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
AGHMKEFRPGDKVVLPPYGVGVVAGIAQRSVSGVSRAYYQVDFPGSRSKAYVPVEAPHSVGLRKALAPEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure note: N-terminal domain of Thermus thermophilus CdnL.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcriptional regulator
|
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| total genus |
6
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EYQ A; 4XAX B; 2LT4 A; 2LT1 A; 4KBM B; 2LQK A; 4L5G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F7U G; 4V2S A; 3OY9 A; 2PZ1 A; 4GBQ A; 2LDM A; 2V8J A; 3VRY A; 3CMA T; 3VS4 A; 2DL5 A; 5GAO n; 1FMK A; 3JCM h; 3SHW A; 3SB2 A; 4ZTF A; 3QHS A; 1HYO A; 2RQV A; 1N8R U; 5KH6 A; 2XID A; 3O5Z A; 2QEX A; 2JTM A; 2LMJ A; 2K79 A; 3OYA A; 2R5M A; 2AZV A; 1NLO C; 4MZP A; 6AT1 B; 3CC2 A; 3CBP A; 4P5N A; 2L89 A; 2COW A; 2FPE A; 1VQ6 A; 1Z9Z A; 2D0Q B; 2EQI A; 4J6X A; 4PK4 A; 2E3I A; 4XU1 A; 4C92 F; 1BIA A; 4GLM A; 5KYN A; 3JCM c; 3QJ6 A; 2MMP A; 3ZL7 C; 2PVG B; 4J9H A; 4RTU A; 4M78 E; 5GMK j; 2XDB A; 4HCB A; 3OMC A; 4IUR A; 1YWP A; 1HK9 A; 4Z88 A; 7AT1 B; 3HSB A; 3BDU A; 3OYN A; 1E7O A; 3CCE Q; 1K9M R; 2X35 A; 2LCS A; 3TSW A; 3MJX A; 2L3Q A; 4C8Q E; 1X01 A; 1YJ9 A; 5FRN A; 4HVU A; 2X4Y A; 3H8Z A; 1MNE A; 5FU7 C; 1NYF A; 1IHW A; 4F7U B; 3JCM Q; 3X24 B; 1Q81 C; 1TH7 A; 1VYT A; 2X4W A; 4Z8A A; 4B9X A; 4J9F A; 3CCM Q; 4C5G A; 4XK8 E; 2JVV A; 4C8Q F; 1VQK T; 5L23 A; 4DEX A; 3L2V A; 3OW2 S; 4CC4 B; 3CC2 Q; 2XK0 A; 1KQ1 A; 4PJO A; 3G71 A; 4JS4 A; 1D1A A; 1VQ6 Q; 2VXE A; 2ED1 A; 1OOT A; 4FYW B; 3P8H A; 5I21 A; 2DM1 A; 2COY A; 2EPD A; 1PKT A; 1QW1 A; 1KJW A; 1YIJ T; 4M77 F; 1QCN A; 2QQR A; 1C0M A; 3EG1 A; 2IIM A; 1WFW A; 3TRE A; 2GGR A; 3OW2 A; 3CMA Q; 3CME A; 1KD1 R; 1RLP C; 2KK4 A; 1Y96 B; 3OS2 A; 5DLQ E; 5GAM e; 4ORZ A; 3FJP A; 1SRL A; 1YJ9 Q; 1BCO A; 2RHX A; 3MP6 A; 4C0Z A; 2CRE A; 4ELY C; 1I1J A; 2YUN A; 3R6N A; 1Q82 C; 3H6Z A; 3A8H B; 4L59 A; 3TQ7 P; 1RAG B; 1F1B B; 2DMO A; 3GPL A; 1W2B S; 2F2W A; 3CCV A; 4R56 A; 1BI2 A; 1TSF A; 1WLP B; 2DF6 A; 1UJ0 A; 2XHC A; 1UGR B; 3OS0 A; 1M90 R; 3GIB A; 3A8G B; 2M0Y A; 4N4H A; 2LJ3 A; 1OX9 A; 2E65 A; 2PTK A; 1EZZ B; 5LJ3 j; 3PMT A; 4FW1 A; 4F7U E; 2QQB A; 3L2Z A; 4B6M A; 1N6A A; 2SRC A; 2VGM A; 4J7I A; 2HQE A; 1W2B A; 2KVQ G; 1RLQ C; 1SSF A; 3CME Q; 2A37 A; 3QZ9 B; 3MO8 A; 4D8K A; 1NJI U; 2O2O A; 1IGU A; 2BUD A; 1FMV A; 1BU1 A; 2A0F B; 2VWF A; 4KUL A; 1HD3 A; 4N0A C; 1QVP A; 4LN2 A; 1AZE A; 1G3Y A; 1NPP A; 3I9Q A; 4A4E A; 3FDR A; 2V1R A; 4JLI A; 1VQ8 T; 2HL3 A; 5GAO r; 2V8I A; 2X4J A; 2C0O A; 3VYH B; 3OYK A; 1YIJ Q; 1VQO T; 3M0U A; 2PVD B; 2RI2 A; 1G8X A; 3L2R A; 3CC4 T; 4LDV A; 1K8A C; 3LW5 E; 4C8Q A; 3CCJ T; 4UC4 A; 1SF9 A; 1V76 A; 2Y4X A; 2YRC A; 4J8O A; 2F2V A; 3CCU A; 4E7H A; 1QVF P; 5LJ5 j; 2X9H A; 1I5L A; 4M75 G; 3FJ5 A; 3L2W A; 1W1F A; 2BZ8 A; 2W10 A; 4M77 A; 4FYV B; 2BE9 B; 4M7A C; 1RL2 A; 2BE7 D; 4FW2 A; 5KCH A; 2DK3 A; 2K3B A; 4RTX A; 4HCK A; 2PU9 B; 3QPH A; 3OBW A; 4EDU A; 2I0N A; 1BI1 A; 2DL8 A; 1JJ2 P; 2NUZ A; 4FCY A; 3GF5 A; 4JDS A; 4IUQ A; 3OYM A; 4OMN A; 4EPC A; 5DM7 R; 1WHL A; 3LWH A; 1T0J A; 3CCQ A; 1MMN A; 1KQS S; 2RN8 A; 1MV0 B; 4KBM B; 1U1T A; 3QDF A; 1SHG A; 4BE2 A; 2RI5 A; 3HPW A; 1U5S A; 2XI9 A; 2HKN A; 4Y28 E; 4QVD A; 1N27 A; 1KC8 R; 4FSX A; 2FB7 A; 2JJ9 A; 2K4Y A; 2MF2 A; 3EGD A; 5CK9 A; 4QW2 A; 4R0K A; 2DA9 A; 1KQS A; 4A4H A; 3NTK A; 5CR2 A; 2NLU A; 1NBE B; 2ATC B; 4M75 B; 2K2M A; 3S3M A; 1UHF A; 2E5K A; 1B3Q A; 2RK1 A; 1B34 B; 4PFZ A; 4NOY A; 4E7Z A; 3J81 E; 1BBZ A; 4MMK A; 3CC4 Q; 2D6F A; 5GAN 5; 5CCA A; 2C0I A; 4ZTJ A; 1VOM A; 1GFC A; 5CKB A; 1D3B B; 2OTJ A; 1YFN A; 2RH2 A; 3MEU A; 1HSQ A; 3INZ A; 5LJ3 d; 1YHQ A; 2CP0 A; 4MZM A; 1VQ5 T; 1M8M A; 2DO3 A; 2H8H A; 1D09 B; 1RAH B; 1VQP A; 5EG2 A; 2EGE A; 2O88 A; 1Y7X A; 2BZY A; 4M4Z A; 4KH0 B; 2JTF A; 1OPL A; 1VIE A; 1M1K U; 1K9M C; 2XKO C; 1PG5 B; 4M7A B; 3C0C A; 4PJO C; 1BI3 A; 1RUW A; 2H3J A; 1GXI E; 4KH1 B; 1VA7 A; 2ZPB B; 2M1H A; 1YP5 A; 5GMK m; 1X75 C; 4AG1 C; 2O4X A; 5A2Q E; 2QA4 T; 1WA7 A; 4CC7 A; 2KMT A; 3EFS A; 2KBT A; 1Q81 R; 2K3Y A; 5D6Y A; 2YRD A; 2ZPH B; 3QJY A; 3E2U A; 3CD6 T; 5GAO m; 4PJN A; 2JMC A; 3P8B B; 3TCJ A; 4EMG A; 4M75 E; 5C0M A; 2HBP A; 2LQN A; 1VIF A; 2QDY B; 4YTL A; 3OSS C; 2F69 A; 3J80 E; 2NUP A; 4FL6 A; 1Z9Q A; 4R55 A; 2OI3 A; 1KD1 C; 2HL5 C; 2FRW A; 3GBQ A; 5IXF A; 2CP5 A; 1NEG A; 2ZPI B; 3DB3 A; 3CCS A; 3V8J A; 1UB4 A; 1Q86 R; 2XIC A; 5LJ3 f; 4A4F A; 3CXC S; 2CT4 A; 1RAA B; 1XOV A; 3LGF A; 2JN0 A; 4E47 A; 4MDW A; 1VQ5 Q; 4JZ4 A; 1M90 C; 3MP8 A; 2DXU A; 2EYZ A; 3I55 T; 3GP8 A; 5GAN g; 2EYY A; 4C92 C; 3JCM d; 2CP6 A; 1KK7 A; 2J7I A; 3JV3 A; 1Q7Y R; 2DLP A; 5GAO q; 2GBQ A; 4WF2 A; 5GAM f; 3CXC A; 5A0L A; 4X1V A; 3OS5 A; 4PKC C; 1S72 A; 1NM7 A; 1OZ2 A; 3RR6 A; 3PVL A; 5GAN e; 2DTI A; 5ECA A; 1VQ4 T; 2M51 A; 4J9G A; 1WXT A; 3CCS Q; 3NTH A; 1T3S A; 2RHZ A; 5GMK l; 4PLI A; 4XTY A; 3RBB B; 2W0Z A; 5KYU B; 1H3H A; 4M78 G; 2PUO B; 2CSI A; 2ZGW A; 1YCY A; 2LVM A; 3TSZ A; 2HNI A; 1C6V X; 3O8V A; 2E5Q A; 4LD9 K; 2JXB A; 2JS0 A; 1ZX6 A; 4FYX B; 5LJ5 f; 2DD5 A; 3OMG A; 3L2Q A; 1VQM T; 1KIK A; 1X2Q A; 2HKQ B; 4DA4 A; 4BAC A; 1MV3 A; 4A54 A; 4M77 C; 3TU4 K; 1WQ7 A; 2IVW A; 1R0C B; 1PD1 A; 2J6F A; 2PUK B; 1WJQ A; 3RDV A; 1VQN T; 2RMO A; 1VYU A; 4F14 A; 5GAM h; 1B7T A; 5IH2 A; 3CC7 T; 8AT1 B; 4JRQ A; 2HMA A; 1YJW T; 4JRI A; 4CC2 A; 1I07 A; 1Y07 A; 2E6N A; 3M4G A; 2E6Z A; 2DYB A; 1ABO A; 1ZLM A; 2DRK A; 2GNC A; 5CAI A; 1PM3 A; 1Q82 U; 4QKU A; 2QK0 A; 3JCM f; 4X9D A; 1M2V B; 2MI6 A; 1VQ9 T; 2K3X A; 2KNB B; 3RKY A; 3LLR A; 2RB6 A; 1AZG B; 3I5S A; 3WVD B; 3M57 A; 4C92 B; 3OW2 P; 2RJC A; 1SG5 A; 4E7K A; 2VB6 A; 2P4R A; 4KUI A; 3JCM J; 2KT8 A; 2KYB A; 4L5G A; 2K9G A; 5GJV B; 1TOV A; 2LJ0 A; 2EW3 A; 1ACM B; 2E64 A; 4EMK A; 3VV0 A; 5CO7 A; 3NMZ C; 3M5A A; 5FW9 A; 2DZC A; 3M55 A; 1KC8 C; 2EYX A; 1NEB A; 1JBM A; 4ESR A; 1MND A; 2D0N A; 1YJN T; 4LDX A; 3OYD A; 2Z0W A; 3A5Z B; 2KY9 A; 3S3O A; 1RAC B; 2LC4 A; 3CCE A; 1GL5 A; 4BUG A; 4RUG A; 2E1H A; 4E6R A; 3REA B; 2COZ A; 5FRO A; 2LTO A; 3MPU B; 1GFD A; 3MEA A; 4RTW A; 3UT1 A; 4D6W A; 2AT1 B; 3MEV A; 3CCM A; 1JU5 C; 1VQN Q; 3L42 A; 4OMP A; 4M7A D; 4RTY A; 1K8A U; 3CC7 Q; 1SSH A; 2CZ0 B; 5GAN 8; 2HZY A; 1WX6 A; 2JUF A; 2KRO A; 4PNO A; 1ZSZ B; 1K0S A; 3BFM A; 3G4S Q; 1I5O B; 1HXD A; 3CMA A; 1D0Z A; 3V7S A; 4X9C A; 2XDP A; 2ROL A; 2YUO A; 4RMO A; 3MEW A; 2VGN A; 3RMS A; 1OZ3 A; 4FT2 A; 1OEB A; 2M16 A; 2L3R A; 1Q95 G; 4M78 F; 1T3L A; 2CKK A; 4ZN3 A; 2OAU A; 1Y57 A; 2FYK A; 2NWM A; 3VJP A; 2JMA A; 4RKU E; 4Q5W A; 1K73 R; 1X27 A; 4HKE A; 5C6S A; 3SD4 A; 3JCM W; 4AT1 B; 2ZPG B; 1N9R A; 3EHR A; 4OF1 A; 1GBQ A; 5FU6 C; 4DBH A; 2R57 A; 2WSC E; 3C4S A; 3BW1 A; 3VS2 A; 2KGT A; 2DTO A; 1PSE A; 2E4H A; 1X6G A; 1M30 A; 1WHH A; 2DEQ A; 1M3B A; 4JRK A; 1YJN Q; 3U23 A; 3MP1 A; 1CKA A; 2CP2 A; 3M0Q A; 1WYX A; 2FZG B; 3UWN A; 3SWN A; 1ARK A; 4HVV A; 4OGE A; 2E12 A; 1EFN A; 4ME7 A; 4LDU A; 4XQ3 A; 4XU2 A; 1Q86 C; 1DJ7 B; 1TUD A; 2D9T A; 1W6X A; 1MGQ A; 2FZK B; 3H0H A; 1M3C A; 1I81 A; 3GNG A; 3IQL A; 4GLK A; 1VQK A; 2F5T X; 2NUT A; 1NLP C; 3RKX A; 2RI3 A; 3Q1J A; 2GF7 A; 2KE9 A; 2E70 A; 1G2B A; 2EQJ A; 4QVZ A; 4PJO D; 2V26 A; 2LT1 A; 5KYY B; 2FRY A; 3TVT A; 2KQW A; 3A8L B; 1Q7Y C; 1YIJ A; 5AYF A; 2LX9 A; 2L3S A; 1AWJ A; 3M0P A; 1WZO A; 2O31 A; 2KRM A; 3M0S A; 1K0X A; 3EFO B; 3CBO A; 1K9M U; 1TU0 B; 3OYH A; 3PE0 A; 2R58 A; 5HK3 A; 2LRQ A; 3HP9 A; 4F7U F; 5KYX A; 3M58 A; 1M9S A; 5FU7 B; 3DB4 A; 2HD0 A; 2X51 A; 1VQK Q; 3FRN A; 4BI4 A; 3JB9 D; 3EH1 A; 3ME9 A; 5GAM j; 3V8L A; 4GY5 A; 4DBF A; 2DBM A; 4E2F B; 3MCA B; 4PFO A; 1D0X A; 3EGX B; 2DJQ A; 2I2L A; 4PFP A; 2EGA A; 4M78 A; 1IO6 A; 3E9F A; 3EG9 B; 1I4K 1; 4C5I A; 5IHI A; 2EYW A; 2QGF B; 2KAF A; 8ATC B; 3VKI A; 4MZT A; 3HKS A; 4OMQ A; 3VU3 C; 1KHI A; 2YWW A; 3CCR T; 2QAZ A; 2GQI A; 3V8K A; 1QLY A; 1UUE A; 3OYY A; 1KD1 U; 2CUD A; 3RIR A; 1QP2 A; 1QVG P; 3JB9 H; 2JM9 A; 4HCZ A; 3CEY A; 3LX7 A; 2CP7 A; 4HT9 A; 1UEC A; 3HHT B; 4Y91 A; 2BIV A; 1N8R C; 4HA8 A; 5FLX E; 1TTH B; 1Y0M A; 3D7S B; 4C92 D; 3HL8 A; 2AIR B; 4M7D C; 1W70 A; 2K57 A; 2F5K A; 4BY6 C; 2B86 A; 1VQ8 A; 3G6E T; 4XTX A; 2AZS A; 3LH0 A; 2YDL A; 2VVK A; 2MIO A; 5FRM A; 2HAX A; 2C0T A; 1YWO A; 1VQO A; 2VXF A; 5KYW B; 1QMC A; 1M90 U; 2MAM A; 2E3H A; 2FPF A; 4BI8 B; 3LGL A; 4II1 A; 3CC4 A; 2K2V A; 5D6W A; 2CZ6 B; 2QG9 B; 3CCJ A; 2EQK A; 4N4I A; 3ULR B; 4C0D C; 1TUC A; 4JUV A; 3M0R A; 2CUB A; 1PWT A; 5GAN h; 3OYF A; 3QG1 A; 3QYG B; 2A08 A; 4O6J A; 2QDL A; 4IIO A; 4M7A G; 2CDT A; 3KBG A; 5CKE A; 2A36 A; 3I5R A; 1WQW A; 1O75 A; 3X28 B; 5IXB A; 2HEQ A; 3JSC A; 3GLX A; 4M77 D; 5HY6 A; 1H92 A; 5I2M A; 2KXD A; 1VQ8 Q; 4RTT A; 2ABL A; 4XU0 A; 1JEG A; 3S3N A; 3S6W A; 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1NPR A; 3UF4 A; 1D1C A; 1PCX A; 2RQT A; 4XTU A; 1VQL Q; 4HXJ A; 1YNZ A; 2CZ1 B; 3QWY A; 5A0D A; 4NS5 A; 2GTO A; 1PHT A; 3CD6 A; 4KRT A; 4K11 A; 4F16 A; 2FHD A; 4OB1 B; 3I56 T; 3JB9 G; 3EAE A; 2WAC A; 2DYI A; 4M7A E; 2GFA A; 1YI2 Q; 2LJ1 A; 1LOJ A; 3FLG A; 3CCL Q; 1ZHI A; 4C5E A; 4IUP A; 3M0T A; 3MKD A; 2QTX A; 3C94 A; 3M54 A; 1QKW A; 1UFF A; 4ZGJ B; 1UGS B; 3VUB A; 1M2O A; 1IZ6 A; 4J9B A; 2OTL Q; 1OV3 A; 4M7A F; 2RJE A; 2CH4 A; 5M9O A; 2P84 A; 5CVI A; 3J7A F; 2HSE B; 4PJO B; 1ABQ A; 4X34 A; 1OUL A; 2QA4 Q; 4J9D A; 3JCM P; 3A8O B; 4M78 C; 2FZC B; 1MMA A; 4LDW A; 4FSS A; 2EKO A; 2YLB A; 1R0B G; 4J83 A; 1V1C A; 3QUI A; 4XAX B; 1R77 A; 1QP3 A; 1Q81 U; 4C92 G; 3CD6 Q; 4C8Q C; 3VS7 A; 2DXB A; 4LDY A; 3VRZ A; 1VYV A; 2ZPE B; 2DVJ A; 4J9C A; 3I55 A; 2P0P A; 1AOJ A; 2D1X A; 4FM4 B; 1VQ7 Q; 1YIT Q; 2DBK A; 5HK0 A; 3UA6 A; 3JCM b; 1AEY A; 1FXX A; 5GAO l; 3QYH B; 1IRX A; 2LQK A; 4IIM A; 3PMI A; 1Y71 A; 1AWW A; 4TVR A; 1BKB A; 2YUP A; 1YBY A; 1RI9 A; 3T9N A; 2FEI A; 3H41 A; 3RER A; 1BB9 A; 2BKD N; 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