The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
58
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structure length |
58
|
Chain Sequence |
MKMWKPGDECFALYWEDNKFYRAEVEALHSSGMTAVVKFIDYGNYEEVLLSNIKPILE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tudor domain-containing protein 3
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| molecule tags |
Transcription/transferase
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| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IAY A; 3OYJ A; 2X35 A; 2E6N A; 4RG2 A; 3OMC A; 3L2U A; 2CKK A; 3H6Z A; 3L42 A; 3UT1 A; 3DB3 A; 3FEO A; 1RI0 A; 4C5I A; 3OS0 A; 4N4G A; 3E9G A; 2X4X A; 3MEA A; 5IN1 A; 3LH0 A; 2X4W A; 3L2R A; 4IUU A; 2QQS A; 3OYM A; 2FHD A; 3LX7 A; 2DIQ A; 3OYE A; 3PMT A; 2RO0 A; 2WAC A; 3P8D A; 3LYI A; 3SD4 A; 3S6W A; 3MET A; 5D6Y A; 3S3N A; 1N27 A; 2M0O A; 4A4H A; 4C5E A; 3QKJ A; 4C5G A; 2LTO A; 4PLI A; 5FRO A; 3Q1J A; 4A4E A; 3OYA A; 3OYN A; 4L59 A; 2GF7 A; 3ZEH A; 4LD6 A; 4BDY A; 2L89 A; 2R57 A; 2GFU A; 1G5V A; 3OYK A; 2BIV A; 2G3R A; 3C4S A; 5KE3 A; 1WGS A; 4A4F A; 1OI1 A; 2QQR A; 2GFA A; 3OYD A; 2IG0 A; 2BKD N; 3NTI A; 4N4I A; 3OYG A; 4II1 A; 3F70 A; 3EAE A; 1MHN A; 5M9O A; 4BE2 A; 2MWO A; 3OY9 A; 3FLG A; 5KCH A; 2EFI A; 2R5A A; 4B9X A; 3QII A; 2LCC A; 3NTK A; 3OS1 A; 4BE0 A; 4E7J A; 2LVM A; 2LDM A; 2LRQ A; 5KCO A; 5J39 A; 4QVZ A; 4GY5 A; 4E7H A; 1OYX A; 5KE2 A; 1XNI A; 2JZ2 A; 4QQG A; 3UWN A; 3MEU A; 4X34 A; 2O4X A; 1OZ3 A; 2RJF A; 1H3Z A; 2M1H A; 2F5K A; 3L2V A; 3OYC A; 2EKO A; 3MEV A; 3LLR A; 3GOX A; 2XK0 A; 1WJR A; 2HQX A; 4IUT A; 4PLL A; 4B9W A; 3L2Q A; 2E5Q A; 2B8A A; 1WJS A; 3ASK A; 4PL6 A; 2RHX A; 4EDU A; 3BDL A; 3DLM A; 4E7I A; 4N4H A; 3CEY A; 3S3M A; 3OYI A; 4FL6 A; 2RHZ A; 4IUR A; 3PFS A; 2K3X A; 3M9Q A; 2X4Y A; 4UC4 A; 2RI5 A; 3FC3 A; 3MP8 A; 2RI3 A; 2MWP A; 1OZ2 A; 3NTH A; 3OQ5 A; 4E7L A; 3KUF A; 3MEW A; 3OA6 A; 4IKF A; 3OYB A; 4Q5W A; 2EQK A; 5C0M A; 2L8D A; 3OMG A; 4NS5 A; 3PMI A; 2RHU A; 4IUV A; 2DIG A; 4A4G A; 3QJ6 A; 3FDR A; 4ZTJ A; 3PNW C; 3MO8 A; 3L2W A; 2R5M A; 4ZTF A; 4BE1 A; 3OYF A; 2PQW A; 2R58 A; 3OYL A; 5D6W A; 5D6X A; 2RI2 A; 3OS2 A; 3O8V A; 2P0K A; 4BDZ A; 4CRI A; 2EQJ A; 2L3R A; 5FRM A; 2BUD A; 1WJQ A; 2DAQ A; 4Z02 A; 2RHY A; 4BAC A; 2VYT A; 3H8Z A; 2K3Y A; 5CIU A; 3MP6 A; 2HQE A; 4E7K A; 2XDP A; 2EQM A; 5FRN A; 4QQD A; 3S3O A; 2O4X B; 3OYH A; 4C5H A; 2D9T A; 2RJD A; 3OB9 A; 3ME9 A; 3LGL A; 4BD3 A; 3DB4 A; 4QQ6 A; 2RHI A; 5J26 A; 2YRV A; 4IUP A; 1KHC A; 4IUQ A; 3P8H A; 2NLU A; 2RJE A; 2JTF A; 5KH6 A; 3LGF A; 1SSF A; 3QBY A; 4OVA A; 4FU6 A; 2M16 A; 2RJC A; 3MP1 A; 4QW2 A; 2EQU A; 4HCZ A; 3E9F A; 5C6S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OS0 A; 5IHK A; 1RI0 A; 1QQJ A; 1U3O A; 2KR3 A; 2O88 A; 3M58 A; 1D1A A; 1NJI U; 4DEX A; 1VQK Q; 1BK2 A; 5GMK j; 2EGC A; 1AZG B; 3BY7 A; 3G1J A; 4C5G A; 4X9D A; 4OB2 B; 2QTX A; 1YHQ A; 1KD1 R; 1YJW Q; 4L6V 5; 2JJ9 A; 2KRS A; 4M77 G; 3R6N A; 4M78 B; 2AK5 A; 2DBK A; 3FJP A; 5LJ5 j; 2ZGW A; 2KMT A; 2CP0 A; 4JRP A; 1QVG S; 2DTO A; 2LCC A; 1WHG A; 2HKN A; 3QYG B; 2F2W A; 3E19 A; 4GBQ A; 1MGQ A; 4GY5 A; 4PFZ A; 4XTY A; 3JCM f; 2ECZ A; 1W1F A; 4C92 C; 3LW5 E; 1Q86 C; 3I35 A; 4KUD K; 2JN0 A; 1A0N B; 2MPX C; 2HQX A; 3CXC S; 2E4H A; 2RQV A; 4M7A E; 4QT7 A; 4E7I A; 4JPB W; 2GQI A; 2HQH A; 3CEY A; 4JZ3 A; 4EIK A; 5D7U A; 4JRI A; 2RHZ A; 3CCQ A; 3I5S A; 2RI3 A; 5GAO n; 1HK9 A; 2FEI A; 3JCM P; 3G6E Q; 3JCM W; 4IKF A; 2BZY A; 2EWN A; 2EQK A; 2L8D A; 2NUT B; 2JS2 A; 3EGX A; 2EYW A; 1RAF B; 3CC2 T; 1UE9 A; 5I11 A; 2K5I A; 2JNG A; 3RBB B; 2DAQ A; 4PJO B; 4FCY A; 2D0N A; 3HKS A; 2EQM A; 1E7O A; 3QZ9 B; 3DKM A; 4QQ6 A; 1X6G A; 3TSW A; 1K76 A; 3CBO A; 3MHX A; 1PRM C; 1M9S A; 3CC4 A; 3A8M B; 3QBY A; 3UAT A; 2M16 A; 1OPK A; 2JOY A; 2EW3 A; 3QWX X; 1UJ0 A; 4FT2 A; 2SRC A; 4AT1 B; 1JJ2 S; 1R8O B; 1ABO A; 1YP5 A; 3RMQ A; 1NG2 A; 1WHL A; 3MEA A; 4LD9 K; 3CCR A; 1PRL C; 4DEY A; 3CC2 Q; 1VA7 A; 3CD6 T; 2ED0 A; 2DFU A; 2RO0 A; 4PJO A; 3OW2 P; 3MET A; 3JB9 F; 3QG1 A; 5FLX E; 4HA8 A; 2L89 A; 2PVO B; 4FW1 A; 4E7S A; 1JXO A; 1MV0 B; 2W0Z A; 4ESR A; 1FYN A; 1VQL A; 2KT1 A; 1Z9Z A; 2YUP A; 3VRZ A; 2RN8 A; 2VC8 A; 1FMW A; 3QII A; 3NTK A; 3RES A; 1LVK A; 4J7F A; 4CC3 A; 5IXF A; 5KE2 A; 2JZ2 A; 4J9F A; 3M55 A; 2ENM A; 2CZ6 B; 4FM4 B; 2L0A A; 2EKO A; 1KC8 C; 3LLR A; 5A2Q E; 2M0Y A; 2X3W D; 4J6X A; 4PL6 A; 2E5K A; 4C8Q A; 4XTU A; 1C6V X; 1VQ6 A; 3OS5 A; 3JCM e; 2KBT A; 4O6J A; 1K8A C; 1KQS S; 2FZC B; 4PJO D; 1YCY A; 1NLO C; 4M78 G; 2LP5 A; 2OTL T; 3JRZ A; 1V29 B; 2QQA A; 3CCE A; 4ZTJ A; 5GAN 8; 1K73 U; 2AKK A; 3JSC A; 3FRN A; 1VYU A; 5DLQ E; 2R58 A; 1D1B A; 3OYF A; 4N0A A; 5A0L A; 1EX4 A; 3JB9 J; 1BI3 A; 2QQB A; 4Z02 A; 4PJM A; 2K3Y A; 4EMK B; 4DQ2 A; 2MOX A; 2FZK B; 2DBM A; 3ME9 A; 2K2M A; 2DEQ A; 4MMK A; 2JTF A; 4LNP A; 2NYS A; 1U5S A; 1FXX A; 2CZ0 B; 5CKD A; 2KK4 A; 5IN1 A; 4C0D C; 2DJQ A; 4IUU A; 2VWF A; 2YLC A; 3WVE B; 4B6M A; 3URG A; 1BIB A; 3BW1 A; 3LYI A; 3SEM A; 1GBQ A; 1X69 A; 4M77 E; 2DKG A; 2RQW A; 3JCM c; 3CPW P; 4C5E A; 4YTL A; 4MZP A; 2KYB A; 2HCK A; 3C12 A; 4BI3 A; 4AG2 C; 1UB4 A; 1ZUU A; 2KEA A; 1WGS A; 4A54 A; 2BKD N; 3OYG A; 1LOJ A; 1QWF A; 1HSQ A; 4FIB A; 2D8J A; 3RKX A; 2R5A A; 2VAS A; 5J3B A; 1X2K A; 1WI7 A; 2H8H A; 1XNI A; 3ZBD A; 3L2V A; 1KD1 C; 1WXU A; 3MEV A; 2DD5 A; 3CME T; 2B8A A; 3DLM A; 2CYZ B; 5A0G A; 3T9N A; 1M1K C; 1WHK A; 1V76 A; 1M3B A; 3FC3 A; 2QAS A; 3NTH A; 2P4T A; 4F17 A; 3CCV T; 3MEW A; 1BKB A; 1UHC A; 3OA6 A; 3H0F A; 3OW2 S; 1Q81 C; 2VGM A; 3IQL A; 5DY9 A; 1AEY A; 3CCS T; 4F04 B; 3CCU A; 3JAM E; 4OMP A; 3M0P A; 3A1P A; 2A3L A; 1WHH A; 5HK3 A; 2P0K A; 2VV5 A; 4EPC A; 1R0B G; 2HBP A; 1RAG B; 3QJY A; 1AWO A; 4KGX B; 4M7A A; 3H8Z A; 5CK9 A; 3CQT A; 1VQN A; 3CME Q; 1VQ5 T; 4C5H A; 2YRV A; 4RTX A; 4IUP A; 2V8I A; 3SWN B; 2DL5 A; 4OB1 B; 1SSF A; 3CC7 T; 4RTT A; 3CPW A; 1WPY A; 2E6N A; 4XAX B; 1YJ9 T; 1PCX A; 2DO3 A; 2VXE A; 1VQ7 T; 2C0O A; 2CSQ A; 3CCS Q; 2JS0 A; 2KRM A; 2JM8 A; 2X4X A; 3VS4 A; 3LH0 A; 4XQ3 A; 1H3H A; 5FW9 A; 4LUE A; 3GIB A; 1Q95 G; 1S1N A; 3S6W A; 1VOM A; 3I55 A; 1YWP A; 3OYA A; 2OJ2 A; 4RCB A; 2DF6 A; 1VQ5 Q; 1RAH B; 5FWC A; 2K57 A; 4ZGJ B; 2A28 A; 1UDL A; 4BY6 B; 1X27 A; 4DA4 A; 5KYN A; 2BTT A; 3V7S A; 1MHN A; 3CC7 Q; 4LN2 A; 1LCK A; 3OY9 A; 2O31 A; 4NOY A; 4M7A D; 2CP5 A; 1YJ9 Q; 4E7J A; 2JMA A; 5J39 A; 1VQ7 Q; 5KYX B; 5FU6 C; 2LZ6 B; 4M7D B; 3I56 T; 2V1R A; 1LNX A; 2RK2 A; 3GOX A; 2XK0 A; 1WJR A; 3QO3 A; 2M02 A; 3L2Q A; 2QA4 T; 5FWB A; 3ASK A; 2XKO C; 2DL3 A; 4KH0 B; 4M78 E; 1M2V B; 1TU0 B; 2FRW A; 3OYI A; 3TSZ A; 4R55 A; 3MCA B; 1QVP A; 3GBQ A; 3OYB A; 1Y0M A; 4TVR A; 1BYM A; 3NHN A; 3X24 B; 2WSE E; 3PNW C; 2LJ0 A; 1IXD A; 3MO8 A; 2R5M A; 5GAN 3; 4LDV A; 1WHM A; 5I22 A; 2RI2 A; 3EG0 A; 3A8O B; 3O8V A; 4XU0 A; 1H8K A; 5I2M A; 1ZX6 A; 1EZZ B; 1I0C A; 3MP6 A; 2HQE A; 1QW1 A; 2QA4 Q; 2RJD A; 4C92 F; 1QVF S; 3J81 E; 4JZ4 A; 4HKE A; 2LNV A; 5KH6 A; 3P8B B; 2LX9 A; 3EG9 B; 5GAN h; 3ER0 A; 2YSQ A; 4CC7 A; 5IAY A; 3JCM X; 3VS1 A; 3OMC A; 3M4Y A; 3NFC A; 1IRE B; 1UGQ B; 1YJN A; 3JCM b; 1GL5 A; 3LX7 A; 1TH7 A; 2NUZ A; 4J83 A; 2MIO A; 1VQ4 A; 4C8Q C; 3QKJ A; 3CCL A; 1VQ8 T; 2YRD A; 1X01 A; 2GF7 A; 1U8R A; 3G71 Q; 2LT4 A; 1G5V A; 5AYF A; 1UTI A; 4M7D D; 3CXC P; 2XMF A; 1YNZ A; 2QQR A; 3NTI A; 4XK8 E; 1T3S A; 1UHF A; 2NUP B; 2SEM A; 1ARK A; 2RPN A; 5FU7 C; 2A0F B; 4RTV A; 1WXB A; 7AT1 B; 1ZA1 B; 4N0A C; 3VS7 A; 4WTO B; 2FO0 A; 1ZSZ C; 5GMK e; 4X34 A; 3CCJ T; 2V1Q A; 4LDU A; 4M77 A; 5CKE A; 1WFW A; 3BE3 A; 1VQ8 Q; 1JEG A; 5GMK i; 3C95 A; 4IIO A; 5GAN 4; 1VQO T; 2YT6 A; 3OBW A; 1K0X A; 1N8R R; 1JQQ A; 2D8H A; 4JJC A; 2QAZ A; 3OMG A; 1T0H A; 2DIG A; 5CKF A; 1MMG A; 1NE8 A; 2JUF A; 2EKH A; 8AT1 B; 5CVI A; 3M0Q A; 2F2X A; 2KVQ G; 5D6X A; 4HT9 A; 3FIF A; 1JJ2 P; 1KIK A; 4BUG A; 3GNG A; 1CSK A; 5HCK A; 4M7D G; 3PT9 A; 1XTD A; 2FVU A; 1JRI A; 1OU9 A; 2VYT A; 1B34 B; 1G3W A; 2BE7 D; 4QQD A; 3OYH A; 2AZS A; 2XD0 A; 4M75 F; 5I21 A; 2PVD B; 4KRT A; 1QVG A; 5L23 A; 2KSS A; 4FU6 A; 3MP1 A; 2JVV A; 2KRO A; 1VQO Q; 3CCM A; 4M4Z A; 2X35 A; 4M77 D; 1QKX A; 3UT1 A; 1YJW A; 1PG5 B; 3M0S A; 3V8K A; 3PVQ A; 1UUE A; 3EHQ A; 2A36 A; 3CXC A; 2XIC A; 2VGN A; 2DJZ A; 4OB3 B; 2FHD A; 2L2P A; 2NWM A; 2YUN A; 4AFZ C; 5LJ3 h; 3RR6 A; 3GPL A; 3O5Z A; 2F1L A; 1Q7Y R; 1Y07 A; 3D7S B; 4OMM A; 1W2B P; 2QGG A; 3M0U A; 3HFN A; 1M1G A; 2E6Z A; 2J6O A; 4LDY A; 2E12 A; 1OI1 A; 3RKW A; 1BCM A; 4P5N A; 1SRL A; 4D8D A; 2RQR A; 1PC0 A; 1BI2 A; 1S72 A; 1Z9Q A; 5GAM d; 1K9M U; 5LJ3 d; 5KYY A; 4OMN A; 1KQS P; 2KDS A; 1PD0 A; 2O9S A; 5LJ5 d; 4C0F A; 4XTZ A; 1WXT A; 4M7A C; 3QYH B; 2Y90 A; 1AVZ C; 1FMK A; 4QKU A; 4DBQ A; 3VYG A; 3G6E T; 2XDB A; 3SFM A; 1TUG B; 1D0X A; 2ZPE B; 1CKA A; 1JJ2 A; 1OOT A; 1M1K R; 5HY6 A; 2QTV A; 2HBW A; 1OZ2 A; 4E7L A; 3KUF A; 5IXB A; 1Q82 R; 1Q81 R; 1MNE A; 4KUL A; 4MML A; 2M9U A; 1IGQ A; 3QJ6 A; 4LDW A; 1OUL A; 4JJN K; 1WQ7 A; 3EFO B; 2CP7 A; 5I2S A; 5D6W A; 2YRC A; 1C0M A; 1AT1 B; 2C0T A; 1ZHI A; 4CRI A; 3A8L B; 4KH1 B; 3X25 B; 1TXQ A; 2K6D A; 1X2Q A; 4X9C A; 2XDP A; 2JM9 A; 2O4X B; 4KUI A; 4M78 A; 3X20 B; 4NL2 A; 3HTR A; 2P0P A; 5GAN g; 3M5A A; 3REB B; 5C6S A; 2KXD A; 4LUD A; 5GAO r; 1ZUK A; 3J7A F; 2OAW A; 1PWT A; 4K11 A; 4N4G A; 3EFO A; 1TUC A; 5GAO p; 2DET A; 1G8X A; 1T3L A; 1MUZ A; 3EGU A; 1I5O B; 2DYI A; 1NJI R; 4HVW A; 3MKD A; 1GRI A; 5GAN 2; 5IT9 E; 3P8D A; 1M90 U; 1LJO A; 1YHQ Q; 1SF9 A; 4L5G A; 1KQS A; 3EGD B; 2X9H A; 3VUB A; 3OYN A; 4HCB A; 2HD0 A; 2AKL A; 4J9H A; 3QHS A; 3OYK A; 4WCI A; 1YIT A; 2NUT A; 3CD6 A; 1QLY A; 2CP6 A; 1NZ9 A; 5M9O A; 2CT3 A; 3JB9 D; 3RER A; 3CMA T; 2X4J A; 4M78 D; 1QWE A; 5DM7 R; 3LWH A; 1ABQ A; 3UWN A; 2F5K A; 3OYC A; 4DBH A; 2PVG B; 3L1A A; 4PJN A; 2LCL A; 4F7U B; 2FZG B; 3MP8 A; 3THK A; 2CRE A; 2DM1 A; 4M75 C; 1W2B S; 2B86 A; 4M7D E; 3V8J A; 2KE9 A; 3N5B B; 4MDW A; 3QDR B; 4F16 A; 2PU9 B; 3L2W A; 1B3Q A; 3CMA Q; 1ZUY A; 1BB9 A; 4OB0 B; 4OF1 A; 4PJJ A; 1E6H A; 2JTE A; 1NYG A; 2RHY A; 4J9C A; 2OTL A; 2WSF E; 3JB9 G; 1OPL A; 2E41 A; 4OMQ A; 1N8R C; 3CC4 Q; 1KK7 A; 2YHT A; 2RMO A; 3I5R A; 4BD3 A; 2RHI A; 2DTI A; 2DRK A; 2X51 A; 2A37 A; 4QW2 A; 1M1F A; 2FPE A; 2DEU A; 3H6Z A; 3PGG A; 3CCR Q; 2ZPH B; 1K1Z A; 1SPK A; 5KYU B; 4C0G A; 3OYM A; 5GAM g; 4ZGE B; 4M77 C; 5LJ3 g; 5CAI A; 1G3T A; 3TU4 K; 1VQ6 T; 1IZ6 A; 1YI2 A; 5D6Y A; 1SKU B; 2ZZD A; 2CH4 W; 3HPW A; 1QP3 A; 4JS5 A; 3OW2 A; 4BDY A; 1M2O A; 1K0S A; 4PJO F; 2F5T X; 2G3R A; 5GAN 5; 2CZ7 B; 4OML A; 3LWI A; 3CCE T; 4R0K A; 1Y57 A; 3AHU A; 4PFO A; 2EFI A; 4DOV A; 1JB0 E; 3JCM Q; 4OGE A; 4XU3 A; 4FYY B; 2K79 A; 1Q7Y C; 4EMK A; 3VUZ A; 3KBG A; 4FW2 A; 1QP2 A; 2CP3 A; 1Y7X A; 4JS4 A; 1B7T A; 4OGC A; 1PKT A; 1BCO A; 1TUD A; 5CO7 A; 1VQ6 Q; 9ATC B; 4EDU A; 1I1J A; 4JDS A; 4J9D A; 2HDA A; 1N5Z A; 2K3X A; 3UA6 A; 2X4Y A; 1VYT A; 1RI9 A; 2YUO A; 4C8Q F; 3BFM A; 3CCE Q; 3CME A; 5GAN f; 1RLQ C; 2LMJ A; 2MYS A; 2OAU A; 3JCM d; 2DPP B; 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