The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MTRWVPTKREEKYGVAFYNYDARGADELSLQIGDTVHILETYEGWYRGYTLRKKSKKGIFPASYIHLKEAIVEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of DOCK180.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dedicator of cytokinesis protein 1
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| total genus |
5
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O31 A; 1K0S A; 3VS0 A; 1X6B A; 2JM9 A; 2HCK A; 5IHK A; 1YNZ A; 4HXJ A; 2DMO A; 1K4U S; 3EG2 A; 1ZSG A; 5ECA A; 1CKB A; 2LQN A; 1K1Z A; 2AKK A; 4AFU C; 1S1N A; 1BBZ A; 1NYG A; 1JXM A; 1U3O A; 3U23 A; 2CRE A; 3PVL A; 3O5Z A; 1X2Q A; 4QT7 A; 2J6O A; 3QWY A; 1UDL A; 3JV3 A; 3TSZ A; 2FPD A; 2YUQ A; 3VS6 A; 3UA7 A; 1W1F A; 1PKT A; 3EG1 A; 3VS5 A; 4AG2 C; 2A36 A; 3RNJ A; 1ZBJ A; 2DYB A; 1H3H A; 1RI9 A; 1XOV A; 2EYZ A; 2LCS A; 1AWW A; 1U5S A; 1UJY A; 2RQT A; 5FWB A; 1WYX A; 2LX7 A; 4RTY A; 1MV0 B; 3VS7 A; 4Z8A A; 2BZ8 A; 2F2W A; 4X1V A; 2A28 A; 2O9V A; 4J9D A; 3QWX X; 2W0Z A; 4AFS C; 1YN8 A; 1SEM A; 1U06 A; 1NYF A; 3RBB B; 3A98 A; 5IHI A; 1GFC A; 2BZY A; 2AZS A; 2MIO A; 2ED0 A; 1JU5 C; 4GLM A; 1HSQ A; 2AZV A; 2YSQ A; 1JEG A; 2EGA A; 3ZL7 C; 1NEB A; 2FPE A; 2CUB A; 2FG0 A; 2NWM A; 2PTK A; 2OAW A; 1PNJ A; 2DLP A; 1UUE A; 1B3Q A; 2LJ0 A; 5I22 A; 1M8M A; 4RTV A; 4OMN A; 1M3A A; 3VRZ A; 2H8H A; 2HSP A; 1YCS B; 2K3B A; 1VYV A; 1WIE A; 2L3Q A; 2KYM A; 4RTW A; 2M0Y A; 4LNP A; 4J9H A; 1M30 A; 2RMO A; 1UJ0 A; 3UA6 A; 1YWO A; 2LMJ A; 2KRN A; 1WX6 A; 4RTT A; 2K2M A; 1AVZ C; 4ZNX A; 4AG1 C; 2G6F X; 3M0Q A; 2YUN A; 1KFZ A; 1M3B A; 2JTE A; 2ROL A; 2SRC A; 2DJQ A; 2ECZ A; 3I9Q A; 2JMC A; 1GL5 A; 4AFQ C; 2KR3 A; 1OPL A; 2D8J A; 4HVV A; 5GJW B; 1SSH A; 2V1R A; 2HDA A; 2DF6 A; 2A08 A; 1KIK A; 4F17 A; 1X6G A; 1JQQ A; 1OOT A; 3H0F A; 2KT8 A; 2X3W D; 1OEB A; 2DNU A; 2DBM A; 2JM8 A; 4RTZ A; 2DL3 A; 2HEQ A; 4F16 A; 5IH2 A; 1PWT A; 1QKX A; 2DIL A; 2EPD A; 5FWC A; 4EIK A; 1WI7 A; 2K9G A; 3NMZ C; 1KSW A; 2KXC A; 4J9C A; 2ROT A; 1PRL C; 2KE9 A; 1UHF A; 2CT3 A; 2DRM A; 4JZ3 A; 1E6H A; 2K6D A; 1NLO C; 4CC4 B; 5IHN A; 3KFV A; 4F14 A; 1SRL A; 1SPK A; 2J05 A; 4OMO A; 2XMF A; 2JXB A; 2VWF A; 1IO6 A; 1TUC A; 4J9F A; 2P4R A; 2QDL A; 1Z9Q A; 3NHN A; 1GCP A; 2DL7 A; 1AWJ A; 5I11 A; 1MV3 A; 2BZX A; 1TG0 A; 1M3C A; 1AZG B; 1AD5 A; 3R6N A; 1MUZ A; 2PZ1 A; 4Z89 A; 3I5R A; 1UGV A; 2GGR A; 4R0K A; 1ABO A; 1X2K A; 1G83 A; 3REA B; 2KT1 A; 3VS2 A; 2JT4 A; 1QLY A; 2X3X D; 1NG2 A; 3I35 A; 1CSK A; 4JJC A; 2CUD A; 3EHQ A; 1WDX A; 4HVW A; 3FJ5 A; 2GTO A; 4IIO A; 4OML A; 4J9B A; 1UFF A; 2O2O A; 4KRT A; 1ZX6 A; 3EHR A; 2FRW A; 2GTJ A; 2K7A A; 2ABL A; 2J6F A; 3H41 A; 2DA9 A; 3UF4 A; 2J7I A; 1RLQ C; 1NEG A; 1QWE A; 2FEI A; 3PVQ A; 2JS2 A; 1ZUY A; 2J6K A; 4IIM A; 2JW4 A; 3LH5 A; 2AK5 A; 1AZE A; 2DM1 A; 2FO0 A; 2LJ3 A; 1I0C A; 1WXT A; 1GFD A; 1ABQ A; 3IQL A; 2FRY A; 2ENM A; 2V1Q A; 3UAT A; 4ESR A; 2KNB B; 1X43 A; 2RPN A; 2GBQ A; 2EQI A; 1GBQ A; 3PE0 A; 2DBK A; 3TVT A; 2DL8 A; 1BB9 A; 1GCQ A; 3EG0 A; 1UEC A; 1BU1 A; 2K79 A; 4HVU A; 2KXD A; 2KRM A; 1X27 A; 2KEA A; 1RLP C; 4DEY A; 1OPK A; 3M0T A; 2YT6 A; 1GBR A; 1LCK A; 2KYB A; 1V1C A; 1M27 C; 1WLP B; 2DRK A; 1A0N B; 2DL5 A; 4RTU A; 1T3L A; 4WCI A; 5FW9 A; 1Y0M A; 2L2P A; 1PKS A; 2AKL A; 2EW3 A; 2FPF A; 1K76 A; 2GQI A; 4LUD A; 3SEM A; 1Y57 A; 2YDL A; 4JPB W; 4AFZ C; 1WFW A; 2RN8 A; 4D8D A; 3H0H A; 2D0N A; 2KRS A; 4JZ4 A; 2LZ6 B; 1UTI A; 2L3S A; 1TUD A; 1QWF A; 4DEX A; 2KGT A; 2EYX A; 2HBW A; 1B07 A; 2MOX A; 2J06 A; 1VYT A; 2DL4 A; 1ZUU A; 2L3P A; 2EYY A; 2KBT A; 1FYN A; 2MCN A; 1HD3 A; 5IXB A; 1PHT A; 3M0U A; 3NPF A; 1ZUK A; 5IXF A; 2L0A A; 2F2X A; 2BTT A; 3EGU A; 4J9E A; 1SHG A; 3VS3 A; 2LP5 A; 1JXO A; 2EGC A; 2GNC A; 4J9I A; 1SHF A; 1AEY A; 2RF0 A; 4CC2 A; 4RUG A; 4Y92 A; 1UE9 A; 1T0J A; 1I1J A; 1YWP A; 4OMQ A; 1UG1 A; 4K11 A; 2LQW A; 1W70 A; 1UHC A; 4RTX A; 3M0P A; 2NUZ A; 2CT4 A; 2IIM A; 2OI3 A; 2RQW A; 2VVK A; 1X69 A; 1N5Z A; 3VRY A; 2LNH B; 2YUO A; 2VKN A; 4GBQ A; 1QCF A; 2D1X A; 2KRO A; 2D8H A; 2LJ1 A; 3CQT A; 1AWX A; 2RQR A; 1NLP C; 4CC7 A; 1E6G A; 1H92 A; 5EC7 A; 2C0T A; 5HCK A; 1W6X A; 1AOJ A; 2JMA A; 2CH4 A; 1G2B A; 3C0C A; 4A63 B; 2O9S A; 1BK2 A; 2EGE A; 2JS0 A; 3M0R A; 1E7O A; 1VYU A; 1Z9Z A; 2E5K A; 2F2V A; 2C0O A; 2YUP A; 3EG3 A; 1AWO A; 1YP5 A; 3TSW A; 4HCK A; 1CKA A; 1ZLM A; 2M51 A; 1KJW A; 2SEM A; 2W10 A; 2OJ2 A; 3SHW A; 2EKH A; 1I07 A; 1EFN A; 2O88 A; 2PNI A; 4LE9 A; 3VS1 A; 1GRI A; 1WXB A; 4OMM A; 1VA7 A; 3ULR B; 2I0N A; 1K9A A; 4M4Z A; 2B86 A; 1H8K A; 1T0H A; 3H0I A; 5GJV B; 1K0X A; 2ESW A; 2RQU A; 2CH4 W; 4Z88 A; 1PRM C; 3VS4 A; 4CC3 A; 2RQV A; 2A37 A; 4J9G A; 1RUW A; 2ED1 A; 3THK A; 2CDT A; 4FSS A; 1GCQ C; 2RNA A; 2C0I A; 1SRM A; 1T3S A; 1ARK A; 1WA7 A; 1J3T A; 4JJB A; 3REB B; 2DE0 X; 3M0S A; 2EBP A; 3GBQ A; 2EVR A; 1WXU A; 4ORZ A; 2DVJ A; 4LN2 A; 1OV3 A; 2DX1 A; 5L23 A; 4LUE A; 1JO8 A; 4JJD A; 2CSQ A; 1QKW A; 1NM7 A; 2EYW A; 1FMK A; 4D8K A; 1HJD A; 2CSI A; 4E6R A; 3I5S A; 3NGP A; 4OMP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VOM A; 3L2Z A; 2EYQ A; 8AT1 B; 3OYC A; 1M5Q 1; 5DY9 A; 4D6W A; 3FB9 A; 2HCK A; 3M9Q A; 4F7U A; 3M5A A; 1M1K C; 5A2Q E; 1K1Z A; 2EIF A; 1S1N A; 1WNL A; 2L5Q A; 3E9F A; 4C8Q C; 5GAN 6; 1HK9 A; 4HT8 A; 2LQ8 A; 2LRQ A; 2YRC A; 1JXM A; 2DFU A; 3U23 A; 2PQW A; 1WPY A; 1X2Q A; 2HQX A; 3TSZ A; 5IT9 E; 3VS6 A; 5HKC A; 2YHT A; 1WGS A; 1V76 A; 3CD6 A; 3CCU A; 1RI9 A; 1H3H A; 1U5S A; 3AHU A; 2ZGW A; 5LJ5 d; 3OA6 A; 3VS7 A; 4Z8A A; 2YLC A; 3CC7 A; 4AFS C; 1YN8 A; 4E7S A; 1U8R A; 5IHI A; 5GMK h; 1GFC A; 4A4E A; 5CAI A; 2BZY A; 3FEO A; 1Q95 G; 3CME A; 2NUP A; 1QQJ A; 3CCE A; 1YJN T; 1HSQ A; 3OSS C; 4FT4 A; 3GLX A; 4M77 C; 4N0A A; 3CCU Q; 2JNG A; 2FG0 A; 2KVQ G; 4XTZ A; 6AT1 B; 3MEV A; 4PJL A; 2RJD A; 5J26 A; 1UUE A; 2IPO B; 1G3Y A; 1VQP A; 2LJ0 A; 1VQ8 Q; 1M3A A; 1YIJ Q; 1IZ6 A; 2FVU A; 3VRZ A; 2DJZ A; 2KMT A; 2EWN A; 2DTO A; 4JRQ A; 1NPR A; 3EGD A; 3L2R A; 2CP3 A; 4J9H A; 1VQK T; 1VQM T; 2X4Y A; 2PVG B; 5KYY A; 3UA6 A; 3BE3 A; 1Y7X A; 2L89 A; 1VQP Q; 3L2Q A; 1K73 C; 1ZHI A; 3M0Q A; 2CYZ B; 1M3B A; 4XU2 A; 4LXC A; 4PFP A; 4QQ6 A; 2MMP A; 4AFQ C; 3E19 A; 1Q82 C; 3AT1 B; 2A08 A; 1JQQ A; 2CZ6 B; 2X3W D; 1OEB A; 2DBM A; 4WF2 A; 2BE7 D; 3ASK A; 9ATC B; 2RD1 A; 2D9T A; 4JRI A; 3CCR A; 2ZPF B; 4C92 D; 2DRM A; 1NBE B; 2F5T X; 3P8B B; 1N8R U; 3TRE A; 1RAD B; 3O8V A; 2HBP A; 4F14 A; 1SRL A; 3KUF A; 2J05 A; 2L8D A; 5FU6 B; 3NHN A; 3EFO A; 1AWJ A; 4PL6 A; 4YTL A; 1NPP A; 1MV3 A; 4DOV A; 3CCR Q; 2KI7 A; 2ZPH B; 3G1J A; 3RUX A; 4Z89 A; 3I5R A; 1QVP A; 1N27 A; 3NFC A; 1RAH B; 1ABO A; 3JB9 J; 3CPW A; 2VV5 A; 3EGX A; 2KT1 A; 1PD0 A; 1D0Y A; 2JT4 A; 1QLY A; 2X3X D; 3GPL A; 2CUD A; 4M7D E; 3CCM Q; 2WSC E; 3QZ9 B; 4B9X A; 2F5K A; 2GTO A; 4IIO A; 3CCS Q; 4N4H A; 4OML A; 4OVA A; 1UFF A; 1EIF A; 4C92 E; 1ZX6 A; 2K7A A; 2ABL A; 5LJ3 d; 2CP0 A; 3Q1J A; 3UF4 A; 2XK0 A; 2J7I A; 1LPL A; 1RLQ C; 4BDZ A; 1KK7 A; 1Q81 R; 4KGV B; 1QWE A; 1K9M U; 3PVQ A; 1UGQ B; 2J6K A; 3M59 A; 3CCJ A; 1N9S A; 5CK9 A; 5GAM g; 2QEX T; 3SD4 A; 2AK5 A; 3HL8 A; 3PNW C; 2LJ3 A; 4R56 A; 1W2B A; 4LD6 A; 3UAT A; 1KQS A; 2KNB B; 2RPN A; 2QXF A; 2FYK A; 2GBQ A; 1GBQ A; 3A8H B; 2DBK A; 2PUK B; 3G71 A; 1XNI A; 4O6J A; 1UEC A; 1BU1 A; 4HVU A; 2KXD A; 2RA2 A; 4DEY A; 3H8Z A; 3EH2 A; 1IHW A; 4M77 B; 3JCM c; 2YT6 A; 1YJ9 T; 1GBR A; 4E7J A; 2DPP B; 4FYW B; 3I55 T; 3CCJ Q; 2DL5 A; 5C0M A; 3OBY A; 1WJQ A; 2L2P A; 5FW9 A; 3LGL A; 1PKS A; 2DAQ A; 3NTI A; 4OGE A; 2YDL A; 8ATC B; 4ZTJ A; 4ZGJ B; 2D0N A; 2KRS A; 2DEQ A; 1UTI A; 1TUD A; 2QA4 T; 3G71 Q; 1RAG B; 4JS5 A; 3SWN C; 4KH0 B; 4L5G A; 2CP6 A; 3RKW A; 4RCB A; 1B07 A; 2CZ0 B; 4EMK A; 1VYT A; 3OYF A; 3P8H A; 4EMG A; 4ANJ A; 1MMA A; 2I2L A; 4KGZ B; 4E7L A; 1PHT A; 2G3R A; 1TWB A; 1D1C A; 1ZUK A; 4B6M A; 2E5Q A; 3EG9 A; 5LJ5 f; 1PCX A; 4M77 F; 4DBR A; 1VQ9 T; 3V8K A; 1QP2 A; 5IAY A; 2LP5 A; 1PG5 B; 2ZAE A; 1Q86 U; 4J9I A; 3TQ7 P; 1AEY A; 2H3J A; 5I2S A; 2RK2 A; 1UE9 A; 3PGG A; 1SF9 A; 2LX9 A; 2DKG A; 2RB6 A; 2P4T A; 1M1K R; 2EQM A; 1MND A; 3PTA A; 4F04 B; 1PSF A; 4C8Q D; 4QVC A; 1W70 A; 4ZTF A; 5GAO r; 3RES A; 3M0P A; 4MML A; 4XTW A; 2OI3 A; 2LNH B; 3G6E T; 4GBQ A; 2D1X A; 2DXB A; 2KRO A; 1D0Z A; 1AWX A; 2QAZ A; 2RQR A; 1YJW A; 3OQ5 A; 4PNO A; 1NLP C; 4CC7 A; 2JTF A; 1H92 A; 3JCM J; 1YI2 Q; 1W6X A; 1AOJ A; 1DJ7 B; 2DO3 A; 4A63 B; 1Y96 B; 1R0C B; 5HY6 A; 1BK2 A; 1ZA2 B; 2EGE A; 2JS0 A; 3V7S A; 1YHQ T; 1VQ4 A; 3FIF A; 3OY9 A; 3X24 B; 2RJE A; 1KC8 U; 2RHZ A; 4FYY B; 2LCC A; 1K8A U; 2K5I A; 1M2V A; 1CKA A; 2SEM A; 2M51 A; 1OI1 A; 1NJI C; 2ZPG B; 3OS0 A; 3GF5 A; 2XI9 A; 3CCQ A; 3LLR A; 4FIB A; 2D6F A; 2QTV A; 2QI2 A; 5KYU A; 2V8I A; 1Y07 A; 3H9N A; 2COZ A; 2CGH A; 1K9A A; 1H8K A; 4M77 D; 4M7D C; 1M90 C; 2R5A A; 4C8Q E; 4Z88 A; 2M1H A; 1KHC A; 5CKE A; 1IB8 A; 2A37 A; 2RQV A; 1H3Z A; 2DXU A; 5LJ5 j; 2RNA A; 3NTH A; 4E7H A; 3PIP A; 1D3B B; 2DE0 X; 3RR6 A; 3M0S A; 2EBP A; 2VC8 A; 4FW1 A; 3CCQ Q; 3HRS A; 1OUL A; 1OV3 A; 3OB9 A; 4JJD A; 3OS5 A; 5GAO q; 2D0Q B; 2IVW A; 5GAO l; 2YLB A; 2E64 A; 1N6A A; 3QDR B; 2O31 A; 1K0S A; 4J7F A; 3QYH B; 4WTO B; 2CP2 A; 2JM9 A; 5IHK A; 2O4X B; 2O01 E; 1K4U S; 1K73 R; 2IG0 A; 5ECA A; 3WVE B; 5GAN g; 3CCU T; 5KCO A; 4AFU C; 2M0O A; 2OTJ A; 1BBZ A; 4M78 C; 1FMV A; 3BW1 A; 4IUQ A; 1ZSZ C; 1U1T A; 5CR2 A; 2H3E B; 4M77 E; 2COW A; 2QAS A; 2F1L A; 4A4G A; 4OB0 B; 3QHS A; 1VQ8 T; 1Q82 R; 4JDS A; 1YIJ T; 1TTH B; 3JV3 A; 3OYL A; 2VUB A; 5GMK m; 3OW2 A; 4M75 C; 3VS5 A; 4A4H A; 4LDX A; 1KHI A; 3C94 A; 3BFM A; 1ZBJ A; 2DYB A; 2FHD A; 2LCS A; 1AWW A; 1UJY A; 5LJ3 f; 1VQN Q; 1WYX A; 2LX7 A; 4RTY A; 1MV0 B; 4JS4 A; 1VQO Q; 2RHY A; 2RM4 A; 2O9V A; 3CPF A; 4J9D A; 1VQP T; 4X9D A; 1SEM A; 1U06 A; 2X9H A; 5C6S A; 3OYY A; 3A98 A; 3V8L A; 5LL6 S; 4JJN K; 1YIT A; 1UEB A; 4QQD A; 3VJP A; 1JU5 C; 3G7Z A; 1BIB A; 2AZV A; 4GLM A; 3WVD B; 2EGA A; 3EAE A; 3DKM A; 1NEB A; 2PTK A; 2CUB A; 2LVM A; 2NWM A; 4BAC A; 1PNJ A; 3S3O A; 1V29 B; 3GNG A; 4RCC A; 1B34 B; 2LC4 A; 4M7A C; 4RTV A; 2ZZD A; 3L2U A; 2VXF A; 3JCM P; 4PJM A; 2RI5 A; 1I8F A; 2K3B A; 4B9W A; 4PJO C; 1VYV A; 3EH1 A; 2L3Q A; 3URG A; 4LNP A; 3HFO A; 3A8O B; 4RG2 A; 3LGF A; 2RMO A; 1UJ0 A; 2OTL A; 2KRN A; 1WX6 A; 5KH6 A; 4X9C A; 1AHJ B; 5GAN h; 1NZ9 A; 1AVZ C; 4ZNX A; 4AG1 C; 2G6F X; 1WQW A; 2YUN A; 1KQ1 A; 4KUI A; 1WJS A; 3CCR T; 2CKK A; 2ROL A; 1G3T A; 2AHJ B; 2DJQ A; 1S72 Q; 3I9Q A; 2JMC A; 5KE2 A; 1GL5 A; 1JBM A; 1OPL A; 1W2B P; 2D8J A; 4L6V 5; 4HVV A; 5GJW B; 1KQS P; 2LT4 A; 2DF6 A; 1R77 A; 1KIK A; 1LOJ A; 1OOT A; 5LJ3 j; 1R8O B; 3JCM d; 3H6Z A; 3CCM T; 2OTL Q; 4M7D B; 2DL3 A; 2HEQ A; 3CCS T; 1RAI B; 5FWC A; 2DIL A; 2EPD A; 4VUB A; 3RKY A; 5A0D A; 2KXC A; 1R0B G; 4C92 B; 4HCZ A; 1PRL C; 2ZPE B; 1UHF A; 2CT3 A; 4JZ3 A; 4IUR A; 1W2B S; 2MWO A; 4LDY A; 4FYV B; 1M2O A; 4A54 A; 1NLO C; 1KQS S; 2MF2 A; 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