The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
110
|
structure length |
110
|
Chain Sequence |
MLQERVFHINDRVWLKTGANTWWPAKVTSVTGVEGVDGRSSETGTSTVTVLTYPGTQNKATYKNVDSHSSAITFFEPSSEKAVTANEDLLQAIRNAEEDKESNALRFEPT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of TbTFIIS2-1 PWWP domain from Trypanosoma brucei.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Trypanosoma brucei
|
| molecule keywords |
Transcription elongation factor S-II
|
| total genus |
9
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| structure length |
110
|
| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RI3 A; 3LGF A; 3NTH A; 4IKF A; 1KHC A; 4RG2 A; 5KCO A; 2K3X A; 2O4X A; 3L2V A; 4E7L A; 2RHY A; 2BUD A; 5J26 A; 5C6S A; 2IG0 A; 1SSF A; 4L59 A; 3E9G A; 4C5H A; 2EQU A; 4QQG A; 4BE2 A; 4IUT A; 2BKD N; 2DIQ A; 3H8Z A; 4UC4 A; 3OYJ A; 2X4X A; 3F70 A; 2O4X B; 4IUU A; 3C4S A; 4HCZ A; 4A4G A; 1XNI A; 2G3R A; 3OA6 A; 3QBY A; 2CKK A; 4II1 A; 3GOX A; 1OZ2 A; 3OYI A; 3MP1 A; 2M1H A; 3MET A; 3PMT A; 3MEU A; 3UT1 A; 4N4I A; 4QW2 A; 3EAE A; 3FEO A; 2E6N A; 3LLR A; 3PFS A; 2FHD A; 2YRV A; 2LTO A; 2RJE A; 3P8D A; 4NS5 A; 4X34 A; 5KH6 A; 4BE1 A; 2XK0 A; 4N4G A; 1RI0 A; 5FRM A; 1WGS A; 2BIV A; 2X35 A; 3FDR A; 3ZEH A; 2EKO A; 5KE3 A; 2RHX A; 4IUR A; 4BDZ A; 3OYK A; 2GFU A; 3OMC A; 4OVA A; 4Z02 A; 4BD3 A; 3OYC A; 4IUV A; 4PLI A; 3NTK A; 2EFI A; 3CEY A; 4IUP A; 4B9W A; 4LD6 A; 3SD4 A; 2EQJ A; 2JZ2 A; 4C5G A; 3OYM A; 3L2Q A; 4E7K A; 3QII A; 3LX7 A; 4CRI A; 2F5K A; 2E5Q A; 3LYI A; 4E7H A; 5KCH A; 3OQ5 A; 3FC3 A; 2GFA A; 3OS0 A; 4C5I A; 3MEW A; 2WAC A; 4B9X A; 2X4W A; 3FLG A; 3KUF A; 5IN1 A; 1OYX A; 3OYL A; 3OYG A; 2P0K A; 3OYB A; 2EQM A; 2L3R A; 2K3Y A; 3E9F A; 1OZ3 A; 2RHU A; 3Q1J A; 3UWN A; 5CIU A; 3OS2 A; 3OYF A; 1WJS A; 2LVM A; 1G5V A; 3OYE A; 2MWO A; 3MEA A; 5FRO A; 4A4F A; 5J39 A; 3OMG A; 1MHN A; 4C5E A; 5FRN A; 3OB9 A; 2RHI A; 1OI1 A; 3OY9 A; 2RI5 A; 2VYT A; 1WJR A; 2GF7 A; 5IAY A; 3MEV A; 2QQR A; 3LGL A; 2HQX A; 4FU6 A; 4GY5 A; 5D6W A; 5KE2 A; 3S6W A; 2RHZ A; 3S3N A; 3QKJ A; 4E7I A; 3S3O A; 2RJF A; 2RI2 A; 5D6Y A; 2QQS A; 3OYA A; 3BDL A; 2DAQ A; 2XDP A; 3L2U A; 4QQD A; 4BE0 A; 2M16 A; 3ASK A; 3DLM A; 3O8V A; 2B8A A; 4IUQ A; 2NLU A; 4ZTF A; 2PQW A; 2D9T A; 4E7J A; 2JTF A; 2DIG A; 1H3Z A; 4BDY A; 3OYD A; 4Q5W A; 2R58 A; 4EDU A; 3L42 A; 3MP8 A; 2LDM A; 2RJD A; 2R5A A; 4BAC A; 1WJQ A; 3MO8 A; 2LCC A; 5M9O A; 3L2R A; 3DB4 A; 2L8D A; 4QQ6 A; 3S3M A; 3M9Q A; 2HQE A; 4A4H A; 2X4Y A; 2MWP A; 4N4H A; 4QVZ A; 3L2W A; 3P8H A; 2LRQ A; 4FL6 A; 4PL6 A; 3ME9 A; 5C0M A; 2RJC A; 3OYN A; 2R57 A; 2RO0 A; 5D6X A; 3OS1 A; 3DB3 A; 2R5M A; 3QJ6 A; 2L89 A; 4PLL A; 2M0O A; 3H6Z A; 3MP6 A; 3OYH A; 3LH0 A; 2EQK A; 3NTI A; 3PMI A; 3PNW C; 4A4E A; 4ZTJ A; 1N27 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YLC A; 5CO7 A; 2W0Z A; 3L2Z A; 2E12 A; 2X9H A; 3GPL A; 1IGQ A; 2BUD A; 2K5F A; 3PT9 A; 4OGE A; 4L59 A; 3WVD B; 1NYF A; 1LNX A; 1QMC A; 3TCJ A; 3G4S Q; 4KH0 B; 2CYZ B; 2CT3 A; 2J05 A; 3CCU Q; 2EW3 A; 2K5L A; 3A8G B; 1Y96 B; 4HT9 A; 3G6E T; 3UT1 A; 4RKU E; 3EG0 A; 3PTA A; 2CS7 A; 2OTJ A; 1YBY A; 4Z02 A; 1ZBX A; 4B9W A; 2CP3 A; 5KYX A; 1M90 U; 4LDX A; 4M77 D; 3NPF A; 2EGE A; 3VS4 A; 5J3B A; 2P0P A; 1GCP A; 3KUF A; 4M78 D; 1GFD A; 1VYV A; 5GAO r; 4BY6 C; 2LX7 A; 2KVQ G; 3A8M B; 4XTZ A; 3E2U A; 5GAN 7; 2KMT A; 4M75 B; 1K8A R; 1AEY A; 2E5K A; 1VQ9 Q; 3RUX A; 2SEM A; 1B07 A; 4F17 A; 2RI5 A; 2FZK B; 5A0G A; 3JCM b; 1U1S A; 3I9Q A; 3LGL A; 1GFC A; 1M1K R; 5I22 A; 4HKE A; 5KE2 A; 3S3N A; 1Y7X A; 2RJF A; 3E19 A; 1XOV A; 1ZUK A; 4HVW A; 3L2U A; 2WSC E; 1VQ7 T; 1IZ6 A; 2ED0 A; 3E1S A; 1WHL A; 3UA6 A; 3MP8 A; 1X43 A; 5M9O A; 4J7I A; 3ULR B; 1M1F A; 4X9C A; 1UHF A; 2LRQ A; 1FMW A; 1VQ6 A; 4J9B A; 1TUD A; 3U23 A; 3OYH A; 1JRI A; 4QVC A; 3NTI A; 4FYY B; 4M77 G; 2LNH B; 4RTW A; 2QG9 B; 2E41 A; 1AOJ A; 4RG2 A; 3PIP A; 2ZZD A; 4ZGD B; 3L2V A; 4ELY C; 2RHY A; 2QGG A; 5C6S A; 1YJ9 T; 3H0H A; 4OMM A; 3TRE A; 5HY6 A; 3TSW A; 3QBY A; 2CKK A; 2F5T X; 1OZ2 A; 3OYI A; 1AHJ B; 2JW4 A; 1WQ7 A; 3QYH B; 3PFS A; 1IB8 A; 2QQB A; 3JCM g; 3VS0 A; 2NUZ A; 2VGN A; 2JJ9 A; 2FZG B; 1I81 A; 1HK9 A; 1BK2 A; 5A2Q E; 3LX7 A; 2BZY A; 4RMO A; 2A37 A; 2HZY A; 2KNB B; 4FW2 A; 1J3T A; 3EFO A; 3Q1J A; 2V1R A; 3CXC S; 4LUD A; 3GIB A; 3OYE A; 2DL4 A; 1UHC A; 2LC4 A; 4J8O A; 3VRZ A; 4M7D C; 2HBP A; 1SRL A; 2DZ9 A; 2E64 A; 2PZ1 A; 2LQK A; 4JZ4 A; 1Q81 U; 2BTT A; 2HQX A; 1M90 R; 3S6W A; 4M77 E; 1YI2 Q; 4M78 E; 1PNJ A; 3OSS C; 2V1Q A; 3RMS A; 2XID A; 3RBB B; 1B34 B; 2J7I A; 3PE0 A; 1FYN A; 3CCR T; 1PSF A; 3L2R A; 3V7S A; 4JUV A; 2RF0 A; 2X4Y A; 5GAN h; 4P5N A; 1MMD A; 1ZHI A; 4FL6 A; 1KHI A; 3ME9 A; 4F7U A; 5CK9 A; 4E2F B; 1NM7 A; 1BIB A; 5GAN 3; 2AT1 B; 3M5A A; 1D1C A; 2DMO A; 2ROT A; 1AD5 A; 2HMA A; 3GNF B; 2RI3 A; 2DJZ A; 4JJD A; 1T0H A; 5LL6 S; 3ZFJ A; 1NLP C; 5LJ5 j; 3A8O B; 2LT1 A; 1MV3 A; 4BI8 B; 3THK A; 1P92 A; 2BKD N; 1X6O A; 4UC4 A; 2K79 A; 1YJ9 A; 1ACM B; 1JU5 C; 2SRC A; 1XQH A; 4AMC A; 4BUG A; 1G3Y A; 4J9C A; 3FEO A; 5GAN 6; 2ZAE A; 5LJ5 f; 2O9V A; 4FSS A; 1WQW A; 1AZE A; 4IUV A; 3NTK A; 4IUP A; 2XDD A; 3SD4 A; 3URG A; 2DZC A; 3HFN A; 4LNP A; 3QII A; 1YIT T; 2F5K A; 4E7H A; 2LNV A; 2WAC A; 2OAU A; 1G3W A; 1UFF A; 4CC2 A; 1VQP A; 3VKI A; 5FW9 A; 3EG3 A; 1OPK A; 2RHU A; 4QT7 A; 3OS2 A; 1AWO A; 4M77 B; 4EMK C; 4M78 B; 1GXI E; 1KSW A; 4OB3 B; 4E7S A; 4AT1 B; 3CCV Q; 5EC7 A; 2D0N A; 4JRK A; 4GY5 A; 2YSQ A; 2L3S A; 4FYW B; 4E7I A; 1OUL A; 1OOT A; 3OSV A; 4XU0 A; 5IHN A; 3JAM E; 4FM4 B; 1H3Z A; 3NMZ C; 2HSP A; 1SHG A; 1HSQ A; 2KRS A; 2NUT B; 1IHV A; 5ECA A; 5GMK j; 2DBM A; 1I5L A; 1S72 T; 2YRD A; 2LCS A; 3I55 A; 3CCR A; 1YNZ A; 3M9Q A; 3SDZ A; 1KD1 U; 3HRT A; 2XI9 A; 4M77 F; 5C0M A; 1PD0 A; 1G2B A; 2E3I A; 1ZSZ A; 4O6J A; 2M0O A; 4J9I A; 1K0X A; 4OMP A; 3LGF A; 1M9S A; 3SEM A; 3NTH A; 4WTO B; 1U8R A; 3H0I A; 2O4X A; 3M55 A; 5J26 A; 1K9M U; 5FU6 B; 4CC3 A; 1AWX A; 4VUB A; 5CKH A; 4Y91 A; 4C5H A; 2EQU A; 2KT8 A; 4HCZ A; 3CPW A; 1PSE A; 2KRN A; 2L0A A; 4LUE A; 4C92 C; 2A08 A; 4C8Q A; 3P8D A; 2RJE A; 1WGS A; 1SRM A; 2NUP A; 1VYU A; 4JJB A; 4XTY A; 2EJ9 A; 1M5Q 1; 5HK3 A; 2XU8 A; 5GAO q; 2G6F X; 4C5G A; 4LXC A; 2JMA A; 1YIT A; 2PNI A; 1PCX A; 3MEW A; 4DOV A; 2RN8 A; 2HKQ B; 3EHQ A; 3RDV A; 3VYH B; 4A54 A; 3FB9 A; 3BE3 A; 2F69 A; 4A4F A; 1YN8 A; 2B86 A; 1Q7Y U; 2PUK B; 2LQ8 A; 4WF2 A; 3OW2 A; 2RPN A; 2MF2 A; 1IRX A; 1TU0 B; 1UTI A; 1K9M C; 1VQ8 T; 2QQR A; 4KRT A; 1RAH B; 3I5R A; 1YWO A; 1N8R U; 3SWN B; 2BZX A; 1JB0 E; 4PJO C; 2OTL T; 1WX6 A; 2OTJ Q; 2DL3 A; 1X6G A; 3MJX A; 4E7J A; 1UJY A; 1UGR B; 2ESW A; 2DVE A; 2R58 A; 1XJW B; 3CC2 T; 1S72 A; 3KBG A; 2GQV A; 5HK0 A; 4DEY A; 3HHT B; 2X3W D; 1M2V A; 3PVL A; 1RL2 A; 4Z8A A; 3FJ5 A; 2JTE A; 5GAN 5; 3MHX A; 2E70 A; 3MP6 A; 4OB0 B; 1M8M A; 1IO6 A; 4Z89 A; 3GBQ A; 5KCO A; 1Q7Y C; 3CCQ T; 3G71 Q; 4HCC A; 2IG0 A; 1B7T A; 2ATC B; 4IUT A; 4RTZ A; 1KD1 R; 5LJ5 h; 3I35 A; 1KC8 U; 4J6W A; 3JCM X; 2YXY A; 5KYX B; 3CPW S; 5LJ3 h; 3CPW P; 5CAI A; 1Q86 U; 2ZPI B; 4MZP A; 4BDZ A; 4OVA A; 4M75 G; 2JUF A; 2OI3 A; 1X6B A; 3JCM Q; 1K9A A; 1UEC A; 4C0Z A; 1AT1 B; 2QTX A; 3LWH A; 1MGQ A; 1VQM T; 4E7K A; 1K9M R; 1IXD A; 4ELZ C; 3OQ5 A; 3X26 B; 5LJ5 d; 2ZPG B; 7AT1 B; 2J06 A; 2DL5 A; 2DX1 A; 3OYL A; 2P0K A; 3OYG A; 1KQS A; 1Y07 A; 1NG2 A; 1QP3 A; 2FG0 A; 3UF4 A; 1KFZ A; 3ZBD A; 3RES A; 2DKG A; 5IAY A; 3OW2 S; 4C0D C; 1KIK A; 3OW2 P; 2K2V A; 2EIF A; 1BI0 A; 1RAI B; 2RQT A; 3ZL7 C; 4JLI A; 2VUB A; 3RKW A; 4E6R A; 2GNC A; 2JOY A; 1KC8 C; 3G6E Q; 3NFC A; 2OTL A; 1JBM A; 2HCK A; 4IUQ A; 5CQX A; 4GBQ A; 3C12 A; 1V76 A; 1JJ2 A; 1Q7Y R; 1RAB B; 2IPO B; 1VQN T; 2EQI A; 1GRI A; 2DEU A; 4F7U E; 2YUO A; 3TEE A; 1N8R R; 1SG5 A; 2X3X D; 3DKM A; 2DBK A; 4C8Q D; 2YT6 A; 4LDU A; 1QVG A; 1T3S A; 2CP7 A; 2ABL A; 1N27 A; 5CQY A; 4IKF A; 2ZPF B; 2HBW A; 1E6H A; 5GAN j; 1WZO A; 1K8A C; 1D1B A; 5GJW B; 3CCQ A; 3JCM W; 3CCJ A; 2DIL A; 4FYX B; 1AWW A; 4QQG A; 3REA B; 2DIQ A; 3VS5 A; 1NJI C; 3F70 A; 1VQ7 Q; 2HNI A; 1FXX A; 1VQ6 T; 2KY9 A; 5GAO p; 3MEU A; 3EGX A; 3EG2 A; 5GAN f; 5IHI A; 5FRM A; 2DVJ A; 2VV5 A; 4TVR A; 1X69 A; 2EYY A; 4BD3 A; 2YUN A; 3EFO B; 3J7A F; 3EH1 A; 2D1X A; 1TWB A; 2EFI A; 2K3B A; 3RR6 A; 2DER A; 1VQM A; 3QG1 A; 4B9X A; 4M7A A; 1PWT A; 1YIJ Q; 1KC8 R; 2JM9 A; 2EJG A; 2L3R A; 2YLB A; 2XIC A; 1KQS S; 3JCM h; 1K1Z A; 4HVU A; 2DLP A; 1KQS P; 3MEA A; 1NZ9 A; 2I0N A; 4C8Q G; 5FRN A; 2CUB A; 2W10 A; 3VJP A; 2LCL A; 4MDW A; 2A7Y A; 1YJ9 Q; 3FRN A; 3C95 A; 2A36 A; 1CKA A; 1R0C B; 1FMK A; 2H3E B; 1TUG B; 5GAM g; 2GTJ A; 3ASK A; 4M4Z A; 2XG8 D; 4CI0 C; 4F7U B; 3CCM T; 2RQR A; 3BDU A; 2E10 A; 3G7Z A; 5AT1 B; 2A28 A; 2CZ6 B; 2HEQ A; 4KBM B; 1PRM C; 2ZCF B; 1JJ2 P; 1VQN A; 1D3B B; 4FYV B; 2BE7 D; 2MWP A; 4QVZ A; 2KSS A; 1NJI R; 4A63 B; 4PL6 A; 1M2O A; 1N6A A; 1U3O A; 2CH4 W; 3H6Z A; 1YHQ Q; 1YCS B; 4A4E A; 1X2Q A; 4ZTJ A; 1YJW Q; 1QVG P; 2BE9 B; 1TTH B; 1M3A A; 2K3X A; 1LCK A; 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3LH0 A; 4MML A; 4GLM A; 4ATO A; 1KHC A; 4X9D A; 1WXT A; 4C8Q B; 3H41 A; 4M75 C; 2CP6 A; 1VQO A; 1UEB A; 3I55 T; 2H3J A; 1PHT A; 1SSF A; 3E9G A; 2NUP B; 3H8Z A; 1PC0 A; 4M7A D; 2DYI A; 4A4G A; 1YJN A; 1BCO A; 2ENM A; 1GCQ C; 2GBQ A; 3CD6 A; 2DTI A; 2EGA A; 2KRM A; 3PMT A; 2K7A A; 1VQ5 A; 2QEX A; 4M7D A; 1MMA A; 2YRV A; 2LTO A; 1QVP A; 1U06 A; 1SSH A; 1VQK A; 3CCE A; 1W2B A; 2V8K A; 3OYK A; 2COW A; 3OYC A; 2AKL A; 1NEB A; 5A0L A; 3TSZ A; 3HP9 A; 5LJ3 j; 2AKK A; 3JCM J; 1Q81 C; 5GAN d; 2X4W A; 5FU7 B; 4EMG A; 1K73 R; 3C0C A; 5I2M A; 4C8Q F; 5CKB A; 3JB9 I; 1WI7 A; 1B3Q A; 5FRO A; 4OB1 B; 4Y28 E; 1GCQ A; 2VYT A; 3CMA A; 5LJ3 f; 1H8K A; 2VXF A; 1OX8 A; 1UGQ B; 2GGR A; 2DE0 X; 2KT1 A; 1SEM A; 1D1A A; 3A8H B; 1NPR A; 3FIF A; 5I2S A; 1WPY A; 2D8H A; 1YWP A; 4QQD A; 3HKS A; 2DK3 A; 3JV3 A; 4ZTF A; 2MCN A; 3VV0 A; 2KXD A; 4M7A G; 3G1J A; 4AFU C; 3CCS Q; 5GAM e; 2ZPE B; 4CC7 A; 2VGM A; 1QCO A; 3QPH A; 1NPP A; 2KEA A; 1VQ9 A; 1TH7 A; 2HQE A; 4JPB W; 2EWN A; 3RKY A; 2RJC A; 2RO0 A; 1WHH A; 3IQL A; 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