The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
62
|
structure length |
62
|
Chain Sequence |
GRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVGR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the SH3 domain of human RAS p21 protein activator (GTPase activating protein) 1
rcsb |
| molecule keywords |
Ras GTPase-activating protein 1
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
62
|
| sequence length |
62
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AEY A; 1JU5 C; 2CUD A; 3PVQ A; 2MOX A; 2SEM A; 2OI3 A; 1ZBJ A; 2J6F A; 2JTE A; 1WX6 A; 1AWJ A; 2DVJ A; 2VKN A; 2B86 A; 3M0U A; 2AZS A; 4AFZ C; 5IXB A; 1E7O A; 1RLP C; 1GBQ A; 1NEB A; 2ECZ A; 2A37 A; 2C0O A; 2JT4 A; 2O2O A; 1UHC A; 2C0T A; 2RQV A; 1MV0 B; 2CH4 A; 4RTX A; 2X3X D; 3TVT A; 3EGU A; 2CDT A; 1ZSG A; 1U5S A; 2EYX A; 2EKH A; 3QWY A; 4EIK A; 1ARK A; 2KXC A; 4LUE A; 2LQW A; 3VS1 A; 3TSZ A; 2L3S A; 4AFS C; 5GJW B; 1K9A A; 2K6D A; 2PTK A; 2KT8 A; 2ABL A; 3VS7 A; 2I0N A; 1YCS B; 1KIK A; 3JV3 A; 2BZX A; 2LQN A; 4J9H A; 1E6H A; 2GTO A; 2J05 A; 4FSS A; 1SHG A; 4GBQ A; 1BBZ A; 4OMN A; 2DBK A; 4HVW A; 2M0Y A; 2ENM A; 2KNB B; 1AWW A; 4ORZ A; 1GCQ A; 1Y0M A; 4RTU A; 2D0N A; 2L3P A; 4HVV A; 2O9V A; 2RQT A; 1AOJ A; 2JMC A; 4RTZ A; 1GL5 A; 4JJD A; 2DRK A; 3C0C A; 3KFV A; 2DL7 A; 1YNZ A; 3NMZ C; 4IIO A; 3PE0 A; 4OMP A; 2F2V A; 3M0S A; 1M3B A; 1VYU A; 2YUP A; 3M0R A; 3NPF A; 2DYB A; 2J6O A; 1T3L A; 1PRL C; 3NGP A; 2A28 A; 3U23 A; 4A63 B; 3I35 A; 2YUQ A; 1GCP A; 1YP5 A; 2A36 A; 1I1J A; 2GQI A; 2GBQ A; 3LH5 A; 1OV3 A; 3PVL A; 3UAT A; 2D8H A; 2RQW A; 4D8D A; 1G83 A; 1JQQ A; 2RNA A; 1KJW A; 3RBB B; 2MIO A; 2L3Q A; 3M0Q A; 2DM1 A; 1SHF A; 1YWO A; 3I9Q A; 2F2X A; 3H0F A; 2CH4 W; 1X69 A; 2EBP A; 2FRW A; 3SEM A; 1UUE A; 1WDX A; 2FG0 A; 2CUB A; 3VS3 A; 2DNU A; 1CSK A; 3UF4 A; 3VS4 A; 4J9E A; 4JJC A; 4OMQ A; 1UE9 A; 1UEC A; 4GLM A; 2OJ2 A; 1JXM A; 1VA7 A; 4OMO A; 3VS5 A; 2DX1 A; 1FYN A; 4LE9 A; 2KGT A; 2XMF A; 2DRM A; 2CSQ A; 2ED0 A; 2LCS A; 3M0P A; 3H0H A; 3UA6 A; 3EHQ A; 1ZUY A; 4F16 A; 2KXD A; 2YT6 A; 2DL4 A; 1AZE A; 2DA9 A; 2AKK A; 4KRT A; 5IHK A; 2FEI A; 1M30 A; 4RUG A; 1AWX A; 1UFF A; 2KEA A; 1TG0 A; 2KE9 A; 5IXF A; 3TSW A; 1PRM C; 2KRS A; 2NWM A; 1A0N B; 2LMJ A; 2PZ1 A; 2YSQ A; 1BK2 A; 1AVZ C; 2PNI A; 1WXT A; 1S1N A; 2DL5 A; 1WFW A; 1WI7 A; 1GRI A; 4AFQ C; 4ZNX A; 1SEM A; 2EGE A; 2RN8 A; 1ZLM A; 2JM9 A; 4JZ3 A; 1SPK A; 2V1Q A; 1OPL A; 2JS0 A; 1HJD A; 2J06 A; 4J9C A; 3GBQ A; 1K4U S; 1SRM A; 2FPD A; 2JMA A; 1VYT A; 2EGA A; 1OPK A; 2EYW A; 2KYM A; 3A98 A; 1YWP A; 1NLP C; 2RPN A; 2L2P A; 1PWT A; 2KRO A; 3I5S A; 4HVU A; 1TUD A; 3VS0 A; 2BZ8 A; 2JS2 A; 2OAW A; 2GGR A; 2HBW A; 4JPB W; 5ECA A; 4LN2 A; 1V1C A; 2D1X A; 2J6K A; 2GNC A; 4Z8A A; 2LJ1 A; 2YUO A; 1N5Z A; 1T3S A; 2KBT A; 4JJB A; 3NHN A; 2DBM A; 1UGV A; 4F14 A; 1GFC A; 2LP5 A; 2JW4 A; 2P4R A; 3SHW A; 3REB B; 2BZY A; 3IQL A; 4RTY A; 2ESW A; 4LUD A; 1J3T A; 1QKW A; 1NYG A; 2W0Z A; 1MV3 A; 2V1R A; 2EW3 A; 4Y92 A; 1T0J A; 1PNJ A; 4DEX A; 2HSP A; 1JO8 A; 2QDL A; 1BU1 A; 1LCK A; 1AZG B; 2RMO A; 4D8K A; 5I11 A; 2O31 A; 3VRY A; 1GBR A; 1W6X A; 2K3B A; 2EQI A; 2RQU A; 2M51 A; 2AZV A; 2LNH B; 4HXJ A; 1X6G A; 5GJV B; 1WXU A; 5EC7 A; 1B07 A; 3VRZ A; 3M0T A; 2DF6 A; 2L0A A; 2D8J A; 1IO6 A; 2CT3 A; 2K9G A; 2DIL A; 1UJY A; 2KRM A; 1OOT A; 1CKA A; 1M3A A; 2X3W D; 3VS2 A; 3ULR B; 3QWX X; 5I22 A; 2YUN A; 1WIE A; 2A08 A; 2RQR A; 2EYY A; 1NLO C; 1QWE A; 3ZL7 C; 1EFN A; 1HD3 A; 1FMK A; 1AD5 A; 1PHT A; 2DMO A; 2K2M A; 1X2Q A; 1YN8 A; 4X1V A; 2CRE A; 2VWF A; 1I07 A; 4J9G A; 1AWO A; 1GFD A; 1K0S A; 2ROL A; 3VS6 A; 4AFU C; 2HDA A; 1PKS A; 4OMM A; 1E6G A; 2KRN A; 4J9I A; 1W1F A; 3H41 A; 1NEG A; 1H3H A; 2O9S A; 1T0H A; 1X2K A; 1HSQ A; 1CKB A; 2VVK A; 2G6F X; 1Y57 A; 1NG2 A; 1UDL A; 2MCN A; 4QT7 A; 1M3C A; 1Z9Z A; 4AG2 C; 1RI9 A; 2ROT A; 1WA7 A; 5IHI A; 1WYX A; 1M8M A; 4CC4 B; 2GTJ A; 2HEQ A; 4LNP A; 1PKT A; 3UA7 A; 4K11 A; 1K1Z A; 5FWB A; 1OEB A; 2SRC A; 3FJ5 A; 2H8H A; 4E6R A; 1GCQ C; 2CSI A; 5IHN A; 1B3Q A; 1QLY A; 1UJ0 A; 2K79 A; 3CQT A; 3R6N A; 1SSH A; 1ZX6 A; 1QWF A; 2CT4 A; 2LJ3 A; 4RTW A; 1UHF A; 1U3O A; 2FO0 A; 1UTI A; 4CC7 A; 1JXO A; 2KT1 A; 3EG0 A; 1ZUK A; 4JZ4 A; 4J9F A; 1MUZ A; 1X6B A; 2JXB A; 1WLP B; 2W10 A; 2NUZ A; 4RTV A; 1WXB A; 2JM8 A; 1K76 A; 2ED1 A; 2C0I A; 2DE0 X; 2EVR A; 2AK5 A; 5L23 A; 5HCK A; 1BB9 A; 1H92 A; 1KFZ A; 2EYZ A; 3EG3 A; 4J9B A; 3EG1 A; 1ZUU A; 3EG2 A; 2DL3 A; 1RUW A; 2AKL A; 4R0K A; 3REA B; 2F2W A; 3RNJ A; 1VYV A; 2BTT A; 1ABQ A; 3H0I A; 4IIM A; 2O88 A; 2DJQ A; 2J7I A; 1ABO A; 1TUC A; 4AG1 C; 4J9D A; 1K0X A; 2E5K A; 4Z89 A; 1QKX A; 1W70 A; 1X27 A; 1JEG A; 1U06 A; 2FRY A; 4ESR A; 1X43 A; 1M27 C; 4F17 A; 2K7A A; 5FWC A; 1UG1 A; 2IIM A; 1KSW A; 2KR3 A; 1RLQ C; 2LJ0 A; 2DLP A; 2KYB A; 4CC2 A; 4CC3 A; 2FPE A; 1NYF A; 2RF0 A; 3I5R A; 1XOV A; 1I0C A; 1H8K A; 2FPF A; 2LZ6 B; 1QCF A; 4WCI A; 4DEY A; 2DL8 A; 1Z9Q A; 5FW9 A; 5IH2 A; 2HCK A; 3EHR A; 1G2B A; 2LX7 A; 4OML A; 2EGC A; 1SRL A; 4RTT A; 3O5Z A; 4M4Z A; 3THK A; 2EPD A; 4Z88 A; 4HCK A; 2YDL A; 1NM7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JU5 C; 1I5O B; 2MOX A; 1KQ2 A; 4E7Z A; 2QDY B; 1WX6 A; 4M78 E; 2E64 A; 1ZSZ B; 4M75 E; 4PJO B; 1NBE B; 3MKD A; 5IXB A; 1D1B A; 5LJ3 e; 1MMA A; 2RHY A; 3A8G B; 1B34 A; 2ECZ A; 2CZ1 B; 2LT4 A; 3UT1 A; 2C0O A; 2O2O A; 2C0T A; 2EFI A; 3DB4 A; 2DER A; 4RTX A; 3SWN B; 1RAB B; 1VQL T; 2VUB A; 3CBM A; 2QEX A; 4LUE A; 4AFS C; 1IB8 A; 2K6D A; 2PTK A; 2F69 A; 2X4X A; 3I55 Q; 4E2F B; 3OYI A; 2ABL A; 2I0N A; 2V8K A; 2CKK A; 5GAN 4; 4M7A F; 4GBQ A; 2BIV A; 1SHG A; 4ELY C; 3CCJ T; 2M0Y A; 2ENM A; 1VQ4 A; 3X28 B; 1VQ8 Q; 1VQK A; 5D6X A; 1Y7X A; 1GCQ A; 5GMK m; 4OB3 B; 2ZAE A; 3OS1 A; 3PFS A; 2HQE A; 2V8J A; 3C0C A; 3NMZ C; 1KQS A; 3CD6 Q; 4PFP A; 3M55 A; 2NUP A; 1EZZ B; 2F2V A; 1M3B A; 1VYU A; 3BY7 A; 2AT1 B; 2YUP A; 1T3L A; 3QHS A; 5C0M A; 3U23 A; 3NFC A; 3E2U A; 2HQX A; 3V7R A; 5M9O A; 5J3B A; 2OTJ A; 1VQO A; 2NYS A; 5GAM d; 2D8H A; 4D8D A; 1O9S A; 3RBB B; 3OYD A; 3G71 Q; 3OW2 A; 3GOX A; 2E12 A; 1YWO A; 2F2X A; 2QQS A; 5KCO A; 2QGF B; 1X69 A; 4BE1 A; 5GAN 7; 4OB2 B; 2DNU A; 2YRC A; 4DBR A; 4PFZ A; 4LDY A; 4C8Q F; 1QVF A; 1BCO A; 2KQW A; 1OI1 A; 1UEC A; 2XDB A; 4RCB A; 4X9C A; 4M7D C; 3URG A; 1PSF A; 4OMO A; 4LE9 A; 2B8A A; 1NJI C; 2XMF A; 3A5Z B; 2O01 E; 4XTX A; 2ED0 A; 4QW2 A; 3G4S A; 3M0P A; 3RUX A; 4M78 F; 3EHQ A; 1ZUY A; 4F16 A; 3QBY A; 4M75 F; 4C0D C; 3ASK A; 2HQH A; 3TRE A; 1AWX A; 4RMO A; 2KEA A; 1JJ2 A; 4DOW A; 2F5K A; 3ME9 A; 4M7A B; 5C6S A; 2GFU A; 3JB9 D; 1YJN A; 5A0G A; 1PD1 A; 4QVC A; 3CCL T; 3JCM P; 2CP7 A; 5CKH A; 2EJF A; 1S1N A; 4F7U A; 3M59 A; 1GRI A; 2DXB A; 1SEM A; 5A0D A; 1Q7Y U; 1WHL A; 4MZP A; 5LJ5 d; 2FL7 A; 2FYK A; 4E7J A; 4LD6 A; 3OB9 A; 4A4G A; 1VQ6 A; 2HSE B; 3INZ A; 3HPW A; 3OA6 A; 1OPK A; 2KYM A; 2QEX Q; 4KUI A; 1V29 B; 2HZY A; 3MET A; 1OZ3 A; 1PWT A; 3OYJ A; 3TQ7 P; 5CVI A; 1RL2 A; 3MEV A; 2EAY A; 3QKJ A; 1NPP A; 2J6K A; 2GNC A; 5GAM j; 2WSF E; 2XI9 A; 4WF2 A; 1N5Z A; 1OUL A; 1MMG A; 2JZ2 A; 4JJB A; 3RMQ A; 3PIO A; 3CCQ A; 4KGX B; 1UGV A; 3S3M A; 4C8Q B; 2WSE E; 1BI0 A; 3X24 B; 1TS9 A; 2QGG A; 1Q7Y R; 3LWI A; 3QYH B; 4RTY A; 2JTF A; 2M02 A; 1J3T A; 1NYG A; 4JS5 A; 1VQM A; 2FB7 A; 5DLO A; 2V1R A; 4Y92 A; 1T0J A; 2C06 A; 4FL6 A; 3QYG B; 1TUG B; 3G6E T; 4M75 B; 1GXI E; 1ZA1 B; 2QDL A; 1LCK A; 2EYQ A; 4D8K A; 5GAM e; 1GBR A; 1ZHI A; 1M5Q 1; 1M2O A; 1YIT T; 2E6N A; 2EQU A; 1OQK A; 3CME T; 3M5A A; 2OAU A; 4M75 G; 4N4H A; 2OTL T; 4QQD A; 4BE2 A; 4C5H A; 5GAN j; 1OOT A; 4M78 C; 3O8V A; 2X3W D; 2Y90 A; 2YUN A; 1WIE A; 2RQR A; 4F04 B; 4JRQ A; 1D3B B; 2EYY A; 1K8A U; 2JNG A; 1SSF A; 1VQ7 A; 1FX7 A; 1PHT A; 4M77 A; 1AHJ B; 1YN8 A; 2CRE A; 2K5F A; 4CI0 C; 4J9G A; 2DEU A; 3OBY A; 5KYY B; 3GF5 A; 2X4Y A; 5LJ5 j; 3PMI A; 4OMM A; 5GAN 5; 3G4S Q; 3RER A; 3KBG A; 2QQR A; 1H3Z A; 1R77 A; 2GF7 A; 3H41 A; 4LD9 K; 3JCM b; 4JRK A; 5GAN e; 1H3H A; 1G8X A; 2DIG A; 2MMP A; 1VIF A; 1HSQ A; 1YFN A; 3OYH A; 3QG1 A; 1NG2 A; 4DBQ A; 5GAM g; 1Z9Z A; 3LH0 A; 2ROT A; 1WA7 A; 5I2M A; 1YJN Q; 3KUF A; 1M8M A; 3QDR B; 3JB9 J; 1O75 A; 2LT1 A; 3CCE A; 2V8I A; 4PJO D; 5IN1 A; 3OYA A; 3GIB A; 3UA7 A; 2XK0 A; 1IGQ A; 1K8A R; 5FWB A; 2MWP A; 2QQA A; 1K73 U; 5HY6 A; 2MI6 A; 5LJ5 e; 1VQP A; 2HBP A; 1RI0 A; 1UJ0 A; 3QO3 A; 1VUB A; 1SSH A; 1QWF A; 4HT8 A; 3OSS C; 1UHF A; 4KH0 B; 3OYB A; 4HT9 A; 2JVV A; 1UEB A; 1VQ6 Q; 3OS2 A; 4LDV A; 4CRI A; 4JUV A; 3L2W A; 3EG0 A; 2CP0 A; 2VYT A; 2WSC E; 2F5T X; 4FW2 A; 3HRS A; 9ATC B; 3M9Q A; 1FMV A; 2VGM A; 1R0B G; 2E4H A; 2AK5 A; 1OU8 A; 5HCK A; 3JCM J; 1WQ7 A; 1BB9 A; 3CCU A; 2EJG A; 1Q95 G; 3E9F A; 1TWB A; 2DYI A; 3EG1 A; 4ELZ C; 5GAN 2; 2DL3 A; 3MEA A; 1RUW A; 4R0K A; 3TCJ A; 2DXU A; 1K73 R; 3H0I A; 1WHJ A; 3M54 A; 4BY6 C; 2EJ9 A; 3OYN A; 1K0X A; 3RDV A; 1FMW A; 1QKX A; 1U06 A; 2L3R A; 4F17 A; 1KK7 A; 2QA4 Q; 4XTY A; 1ACM B; 3LX7 A; 3FDR A; 2QQB A; 5LJ5 g; 4C92 A; 2HL5 C; 5FU6 C; 4J8O A; 5KYW A; 3CCV A; 4R56 A; 3EGX B; 1I0C A; 1H8K A; 3ZFJ A; 1VQ5 T; 2RK1 A; 3I56 T; 4GY5 A; 4WCI A; 2X51 A; 2DL8 A; 1Z9Q A; 3CCJ A; 1UGS B; 1VQ9 T; 3GP8 A; 4M4Z A; 4Z88 A; 2YDL A; 3SDZ A; 1AEY A; 2FZC B; 2OI3 A; 3EG9 B; 2J6F A; 1AWJ A; 3EFO A; 2QXF A; 5KE2 A; 1N8R C; 2YHT A; 3CMA T; 1MGQ A; 3KXT A; 3I55 A; 4FIB A; 1OU9 A; 5GMK h; 2NUT A; 1JRI A; 2XHC A; 4FCY A; 2E6Z A; 4MDX A; 1GBQ A; 4KBM B; 2R5A A; 4FW1 A; 5FLX E; 2R5M A; 4QQ6 A; 1M1G A; 1KQS S; 1UHC A; 4B6M A; 2RQV A; 3BW1 A; 2CH4 A; 1I4K 1; 3JB9 H; 2JUF A; 4J83 A; 1U5S A; 1M4Z A; 1VQ8 A; 2VGN A; 1ARK A; 4MZT A; 5KYU B; 2LQW A; 3HFN A; 1U8R A; 1TU0 B; 3TSZ A; 4FT4 A; 1IZ6 A; 3NTI A; 4M7A D; 3HRU A; 4BB7 A; 4EMK A; 1S72 T; 1I8F A; 1YCS B; 1BIA A; 3JV3 A; 2BZX A; 3OW2 S; 2LQN A; 3V8K A; 4J9H A; 2ZPG B; 4OMN A; 2J05 A; 3CD6 A; 3V7S A; 1C0M A; 2DBK A; 4HVW A; 2M0O A; 2E41 A; 2RM4 A; 3Q1J A; 4BUG A; 4ORZ A; 4J7I A; 3ER0 A; 4XU1 A; 3CC4 T; 2P0P A; 3E9G A; 2ZPF B; 1AOJ A; 2DPP B; 2RHU A; 1KC8 U; 5FU7 C; 4BI4 A; 3JCM h; 4RTZ A; 4RCC A; 2VAS A; 4JJD A; 1HXD A; 3FLG A; 2DL7 A; 4FYW B; 3PE0 A; 1H64 1; 3X25 B; 3P8B B; 1IRE B; 1FXX A; 4DOV A; 2RJC A; 4OP0 A; 3A8M B; 5KYX A; 3HL8 A; 4A63 B; 1GCP A; 4MML A; 2GQI A; 2GBQ A; 1NPR A; 3CCL A; 3PVL A; 3UAT A; 2RNA A; 3S6W A; 3CCS T; 1QVG P; 2MIO A; 5CKD A; 2IG0 A; 1SHF A; 3M53 A; 3OYM A; 1MMD A; 2BKD N; 3CCU Q; 4E7H A; 4C8Q D; 3GPL A; 4XQ3 A; 3SEM A; 1WDX A; 1YIJ T; 2CUB A; 1CSK A; 4J9E A; 4OMQ A; 4P5N A; 1KC8 R; 3CC7 T; 5D6Y A; 1JXM A; 3OSV A; 4O5V A; 1BCM A; 2ZPE B; 2KGT A; 1VQL Q; 1B34 B; 2DRM A; 4M75 D; 3CCR T; 4J7F A; 1YJW A; 3CCV Q; 3CC2 A; 2YT6 A; 3LGL A; 4PFO A; 5LJ3 h; 2RHI A; 3CPW P; 4PJJ A; 4BI8 B; 1BYM A; 5KH6 A; 3CCJ Q; 1YJ9 T; 5GAO m; 2MAM A; 4NOY A; 4AT1 B; 3A8L B; 2KE9 A; 2XDP A; 5IXF A; 3CCM T; 2P4T A; 3TSW A; 2KRS A; 2BE9 B; 2D6F A; 4KH1 B; 3H6Z A; 3CXC A; 2CP3 A; 2PZ1 A; 1Y96 A; 3L2U A; 3JRZ A; 1WXT A; 5A0L A; 1ZSZ C; 1WFW A; 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