The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
131
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structure length |
131
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Chain Sequence |
SNAKNYMDKGTSSSTVVKDGKTSSASTPATRPVTGSWKKNQYGTWYKPENATFVNGNQPIVTRIGSPFLNAPVGGNLPAGATIVYDEVCIQAGHIWIGYNAYNGNRVYCPVRTCQGVPPNHIPGVAWGVFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biochemical Characterization Reveals LysGH15 as an Unprecedented "EF-Hand-Like" Calcium-Binding Phage Lysin
doi rcsb |
| molecule keywords |
Endolysin
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Staphylococcus phage gh15
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| total genus |
18
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| structure length |
131
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| sequence length |
131
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-01-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08460 | SH3_5 | Bacterial SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Cell wall targeting domain of glycylglycine endopeptidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MK5 A; 4LXC A; 1R77 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R0B G; 5CKD A; 3PTA A; 1S72 Q; 5IN1 A; 5GAO n; 2BE7 D; 2QQR A; 2X9H A; 1QVG S; 4JRP A; 1B07 A; 2KY9 A; 2CGH A; 2LT1 A; 1RI9 A; 2LJ1 A; 3GOX A; 1WXB A; 1I4K 1; 2YUO A; 5C6S A; 2XDB A; 2ZAE A; 2OI3 A; 1ABO A; 1GBR A; 4VUB A; 1G8X A; 1VQK Q; 4JS4 A; 3TCJ A; 1ZUY A; 3EG9 B; 4JJN K; 2J6K A; 3VV0 A; 5KYX A; 2P4T A; 1ZUU A; 3UPU A; 4M75 A; 3N5B B; 3M0U A; 2XI9 A; 5GAO r; 3OYG A; 4XAX B; 3A8H B; 2X4X A; 3M58 A; 3CCR A; 5ECA A; 3TSZ A; 1K73 U; 3JCM J; 1QLY A; 2K6D A; 2ED0 A; 1I07 A; 1OEB A; 1QCF A; 1K73 R; 2QA4 Q; 3OYI A; 4LDU A; 3CPF A; 4FSX A; 5J26 A; 2HQH A; 1AZG B; 1RUW A; 2QGG A; 3QXE B; 4EMK C; 3CCV A; 1ZSZ C; 4BB7 A; 4ZGJ B; 3OS2 A; 1OZ3 A; 4M7A A; 3QZ5 B; 3OSS C; 1ZX6 A; 2DIL A; 3PGG A; 2GTJ A; 1EFN A; 1UGS B; 2EQU A; 1SSH A; 2QEX Q; 1VQL A; 2A0F B; 5HK0 A; 2KGT A; 3IQL A; 3FIF A; 1M1K U; 1XOV A; 1WLP B; 4J9D A; 1WA7 A; 2BKD N; 4RMO A; 5LJ3 j; 3DLM A; 3JCM X; 2FPE A; 4DBF A; 2ZPB B; 3GLX A; 1I0C A; 1M1K R; 1K0S A; 2BTT A; 4NS5 A; 3CCS T; 5LJ5 g; 1D0Z A; 2DD5 A; 2EKO A; 4F04 B; 4PJO B; 4C8Q A; 4UC4 A; 2L3S A; 2CP5 A; 5FU7 C; 4XTY A; 1K8A U; 3M0T A; 2VC8 A; 2HSE B; 1KG1 A; 1YIJ Q; 2ZZD A; 1Q7Y C; 3FB9 A; 4XU0 A; 1VQ4 A; 1K8A R; 4C5G A; 2JMC A; 3MP1 A; 2I2L A; 2NYS A; 2K3Y A; 2JMA A; 4PNO A; 3LH0 A; 1QWF A; 2DRM A; 2LDM A; 2XU8 A; 2BZX A; 1TUC A; 1QKW A; 4N4H A; 3VUZ A; 1K1Z A; 1TH7 A; 2JM9 A; 3CMA Q; 5J3B A; 1F1B B; 3EG9 A; 2CP7 A; 2MF2 A; 3O5Z A; 4M77 A; 1KIK A; 1JB0 E; 1YIT A; 4BDY A; 3OS0 A; 4HCC A; 3JAM E; 4JLG A; 3GBQ A; 2LRQ A; 1Q86 R; 2EJG A; 4L5G A; 2EBP A; 3JCM V; 4C92 C; 2JM8 A; 2GQV A; 4C5E A; 3H0I A; 2XG8 D; 3MHX A; 1JJ2 P; 1VQ9 A; 5EG2 A; 2VGM A; 1D09 B; 1XTD A; 1VIF A; 2YT6 A; 2EGA A; 3M0S A; 2ZGW A; 2HCK A; 1NYG A; 2GCX A; 3CCM A; 1DJ7 B; 4KBM B; 3WVE B; 2QQA A; 2MI6 A; 4X9D A; 3RKY A; 1TUG B; 3CC4 T; 2OTJ T; 4N4I A; 1SG5 A; 5GAN h; 2H8H A; 2K5L A; 2QGF B; 3URG A; 5M9O A; 4E7L A; 1MHN A; 2CT4 A; 5GMK h; 2VB6 A; 3EGX B; 2JZ2 A; 3OA6 A; 4DQ2 A; 4J9E A; 2EQM A; 2EYX A; 2PUK B; 3THK A; 1X6G A; 2NLU A; 1GFD A; 4ZTJ A; 3PMT A; 5KCO A; 8AT1 B; 3VKI A; 4PLL A; 2QDY B; 1VQO A; 4A53 A; 2MYS A; 5L23 A; 3MPU B; 2D6F A; 3CC2 Q; 4C92 E; 4PLI A; 4C92 G; 2AHJ B; 2CRE A; 1GRI A; 2RH2 A; 2BE9 B; 2X3X D; 2OAW A; 2YXY A; 5AT1 B; 1TSF A; 1YP5 A; 3X20 B; 1WX6 A; 5DM7 R; 2R5M A; 1FWZ A; 2KI7 A; 3HP9 A; 4PKC C; 2EJ9 A; 2F2X A; 4EMK B; 5LJ5 e; 1KJW A; 2E3I A; 1ZSZ B; 1FXX A; 5CK9 A; 4HT8 A; 3QSU A; 2EGC A; 4TVR A; 1M8V A; 1Q82 R; 3CD6 Q; 2JJ9 A; 1X69 A; 4ELY C; 2L3Q A; 3HTR A; 3JCM d; 3G7Z A; 3MEV A; 4X34 A; 3UA7 A; 5I2M A; 3KXT A; 3OQ5 A; 3CCL T; 2LCL A; 3RES A; 5C0M A; 1VQ5 A; 1QVF A; 2CH4 W; 1JQQ A; 1R0C B; 3M55 A; 4A4E A; 1WXU A; 2VAS A; 3A8O B; 5GAN 7; 2LX9 A; 2QK0 A; 3CME T; 4M7D C; 4V2S A; 5CKF A; 4P5N A; 5LJ3 g; 3L42 A; 4KGZ B; 5FU7 B; 4DEY A; 2Y90 A; 3CCE T; 3EFO B; 3JB9 I; 1YJW T; 2A08 A; 5FRN A; 3I55 A; 2K79 A; 2AKL A; 1K4U S; 2VUB A; 2L89 A; 2RK2 A; 2OAU A; 3JB9 D; 1UE9 A; 4JDS A; 2E12 A; 4HCZ A; 2CT3 A; 4J5Y A; 1HXD A; 3KUF A; 4D8K A; 1PWT A; 2P0Q A; 7AT1 B; 1AOJ A; 2F2V A; 3NMZ C; 3EGX A; 4RCB A; 2PVG B; 4Z89 A; 2QQ9 A; 4A4F A; 3EHQ A; 2DRK A; 1NYF A; 1KK7 A; 2X51 A; 3RNJ A; 4F7U F; 1N8R U; 1VQ6 Q; 2HL3 A; 1U06 A; 2OJ2 A; 2LQK A; 4PJL A; 1W2B S; 2JUF A; 1H64 1; 1N8R R; 2GTO A; 3X28 B; 1K0X A; 1D3B B; 2RJF A; 4Y92 A; 4C92 B; 3CCJ Q; 3MEW A; 1M2V B; 4IUP A; 1KC8 C; 1FMV A; 4M7D E; 1RAC B; 3G71 A; 2COW A; 2EVR A; 4A63 B; 3NTK A; 4M7D D; 3L2W A; 2EYZ A; 3BE3 A; 2DAQ A; 2V26 A; 1ZSZ A; 1BCO A; 3CCU T; 3QII A; 4BE2 A; 1TTH B; 2XHC A; 4PK4 A; 1K9M U; 1TOV A; 1D1B A; 2QA4 T; 1NE8 A; 2IVW A; 3EFR A; 1NJI C; 1M90 C; 5FU6 C; 4M78 A; 2YHT A; 5CAI A; 3X24 B; 4OP0 A; 1K9M R; 3WXM B; 1B34 B; 2HL5 C; 1YN8 A; 5LJ5 d; 3CXC P; 2QEX T; 4WTO B; 3LW5 E; 2R5A A; 5GAN 2; 4JZ4 A; 2COZ A; 5A0D A; 4N0A C; 2AKK A; 3H0F A; 2QAS A; 2WAC A; 2DYI A; 3EFO A; 3OYD A; 3ZBD A; 4AFU C; 1QWE A; 2ENM A; 2L5Q A; 4HXJ A; 2CDT A; 3I56 A; 1AWJ A; 2AZS A; 1VQM Q; 1JO8 A; 3HSB A; 2HBW A; 3PVQ A; 4HVU A; 3F70 A; 1MNE A; 4ORZ A; 3CC4 Q; 2OTJ Q; 1BI3 A; 2E4H A; 4XU2 A; 1RAA B; 1YIJ T; 5CO7 A; 3OW2 S; 1CKA A; 1ZUK A; 1ABQ A; 3CXC S; 2O4X B; 3JCM h; 3R6O A; 2QI2 A; 2WSE E; 5LJ3 e; 4FSS A; 3HRT A; 1M3B A; 2LT4 A; 3CPW P; 3UWN A; 5GMK m; 1RLP C; 3OBY A; 1RAI B; 5KYU B; 3OYN A; 1QQJ A; 1TS9 A; 1CSK A; 1KQS A; 2LNV A; 4AFQ C; 1YJ9 T; 5GAN f; 2LX7 A; 2FZG B; 2VYT A; 4FL6 A; 3VJP A; 3G6E A; 3QG1 A; 3FDR A; 3CMA T; 3I35 A; 4FT4 A; 1MND A; 4DOW A; 4FYX B; 1OU8 A; 1NG2 A; 3E9F A; 2OTL Q; 2KRM A; 3ULR B; 4CI0 C; 4M7D B; 4RTZ A; 1TXQ A; 1UDL A; 3CCS A; 2JT4 A; 2QAZ A; 5FRO A; 4J9B A; 1QW1 A; 5CKH A; 2DIQ A; 1QCN A; 4A4H A; 2I0N A; 4M77 G; 1WQ7 A; 5IXB A; 3OYK A; 5KE2 A; 1GBQ A; 3LH5 A; 1SEM A; 3CPW S; 4HVV A; 2X4Y A; 1AVZ C; 2DKG A; 4RG2 A; 2RA2 A; 4OMM A; 2EAY A; 2VV5 A; 2J06 A; 3UA6 A; 1YCY A; 3PE0 A; 4PL6 A; 3CCL Q; 2JNG A; 3NPF A; 3KBG A; 2JW4 A; 2R57 A; 1JXO A; 1VIE A; 4RKU E; 1LCK A; 1UGQ B; 2ABL A; 1Y7X A; 3CCQ T; 1VOM A; 2DFU A; 4C5I A; 3LGF A; 3QWX X; 2F69 A; 1R77 A; 2M9U A; 2M02 A; 4YTL A; 1I8F A; 2O9V A; 4KH1 B; 2F5K A; 3ZEH A; 2WSF E; 2YUN A; 4M75 F; 1YJW Q; 1MGQ A; 2MMP A; 2KMT A; 4HCB A; 3CC2 T; 3H8Z A; 1KQ1 A; 3AHU A; 4HVW A; 1AT1 B; 1G5V A; 3OYF A; 3OYL A; 2YUQ A; 2CKK A; 4GLM A; 3OMC A; 2O4X A; 2E10 A; 4LD6 A; 2ROL A; 1K8A C; 4ANJ A; 1JBM A; 3X25 B; 2DIG A; 2GNC A; 2X3W D; 2DEQ A; 5FU6 B; 1AEY A; 5LJ5 h; 1X2Q A; 1GL5 A; 4M7A F; 5CIU A; 2O9S A; 3EGD B; 4AFZ C; 3JSC A; 1X6O A; 2KT1 A; 1YFN A; 2JTE A; 2PVD B; 1SHF A; 3CD6 T; 1YIT Q; 3FJ5 A; 4ZN3 A; 4PJN A; 2CP6 A; 2LZ6 B; 4OGE A; 1N6A A; 3VRZ A; 5LJ3 d; 2CZ7 B; 1BI1 A; 2JVV A; 1VQ7 T; 2RI2 A; 3NGP A; 3OYB A; 4M7D A; 4XTX A; 3RUX A; 1Y07 A; 1KD1 U; 2V8J A; 2HD0 A; 2DYB A; 4FM4 B; 1YJN Q; 4MML A; 5GAM h; 2VGN A; 4QT7 A; 1VQN Q; 3GP8 A; 1LJO A; 3QJ6 A; 1KD1 R; 1S1N A; 3MP8 A; 4MDW A; 1T3S A; 3CCU Q; 2DK3 A; 2HQX A; 2A37 A; 3HKS A; 5CCA A; 5DLQ E; 3UF4 A; 2ZPF B; 4OB2 B; 4A4G A; 3H9N A; 4J6X A; 1GCQ A; 2DXC A; 1V29 B; 1VQ8 T; 1IXD A; 2M51 A; 1M27 C; 4GBQ A; 1RAD B; 2RK1 A; 4BUG A; 3JV3 A; 2O88 A; 1BIA A; 2V8K A; 1TU0 B; 1UUE A; 1W1F A; 2RM4 A; 2RQU A; 3S3M A; 4J7F A; 1C0M A; 5IH2 A; 3X26 B; 2RQT A; 4KGV B; 5KYN A; 1Q81 U; 3P8H A; 3C94 A; 2O2O A; 1WJR A; 2EFI A; 2MIO A; 3RMQ A; 1Q81 R; 1VYT A; 1VQ6 T; 1Y96 B; 1D1C A; 5A0L A; 3H41 A; 3H6Z A; 4KGX B; 5GAN j; 4M77 F; 3EHR A; 3V8K A; 2FYK A; 1WHL A; 4O6J A; 5GMK j; 3PFS A; 2PU9 B; 2EJF A; 2CSI A; 3P8B B; 5D6W A; 1XNI A; 2VVK A; 2MOX A; 4QVC A; 2DTH A; 1T3L A; 2MK5 A; 2CP2 A; 3SD4 A; 1ZA2 B; 4R0K A; 3INZ A; 3BY7 A; 3CCJ T; 1YNZ A; 4J8O A; 5CKB A; 1WJS A; 2KBT A; 3OYE A; 2KE9 A; 1PRL C; 2PVO B; 3CME A; 2RHX A; 4OMF B; 3S3N A; 3CCE A; 3MO8 A; 3V8L A; 3EGD A; 4ESR A; 4FYY B; 4J9C A; 5GAO m; 1YJ9 Q; 1I5O B; 1RAG B; 3WVD B; 4RTW A; 4BD3 A; 3D7S B; 2DXB A; 4E7K A; 2HNI A; 2D1X A; 1WZO A; 2ZPH B; 1S72 A; 3JCM f; 2AK5 A; 3OMG A; 1Y0M A; 4D8D A; 1Q86 U; 2MPX C; 4J83 A; 3L2V A; 1QMC A; 2BZY A; 4N0A A; 1UG1 A; 1WQW A; 2D8H A; 3CC7 Q; 2EYY A; 4QKU A; 1IRX A; 1OYX A; 4PJM A; 2B8A A; 4FYV B; 4B9W A; 1X01 A; 2JS2 A; 4M78 G; 4F7U E; 2DXU A; 4F7U G; 4KT0 E; 1H92 A; 3EH2 A; 3E9G A; 2FG0 A; 2L3P A; 2E5K A; 1PKS A; 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2W10 A; 3DB3 A; 5J39 A; 2QYZ A; 3OY9 A; 1KFZ A; 5GAN g; 1M9S A; 2CZ1 B; 5GAM f; 1VQ8 Q; 1BIB A; 4WCI A; 1WHG A; 2QTV A; 2H3J A; 6AT1 B; 1BBZ A; 1O9S A; 2ZPE B; 4M75 C; 4BI3 A; 3REB B; 3DKM A; 3JB9 J; 1NPP A; 3JB9 H; 3QJY A; 1PNJ A; 2HQE A; 4HT9 A; 5GAO q; 1VQP Q; 3C95 A; 2E3H A; 2MWP A; 4M78 F; 2KEA A; 2VKN A; 1BKB A; 3HPW A; 1YI2 Q; 2ATC B; 1ZLM A; 2D9T A; 2K2V A; 1AZE A; 4R55 A; 3OS5 A; 2L3R A; 1W6X A; 4JJC A; 4NL2 A; 1YIT T; 3C4S A; 2D8J A; 1RI0 A; 1KSW A; 1QP3 A; 4OB0 B; 3FRN A; 1IB8 A; 3FJP A; 3EG3 A; 4QVZ A; 4JLI A; 3CBO A; 1D0Y A; 1U1S A; 1ZSG A; 3SWN C; 3M0P A; 2M0O A; 2K5F A; 3BDU A; 2K3X A; 4AG1 C; 1YJN T; 1W4S A; 2V1Q A; 1VQN T; 4EMK A; 1PSF A; 3LLR A; 4FIB A; 1HK9 A; 4HCK A; 4ZTF A; 2DMO A; 1PM3 A; 1JXM A; 1PKT A; 2RF0 A; 3CC2 A; 4M75 E; 1RAE B; 1NEB A; 1WYX A; 2KQW A; 4M75 G; 1M3A A; 3LX7 A; 1UB4 A; 2LJ3 A; 1M30 A; 3UDC A; 1VYU A; 2DBK A; 1TUD A; 1U1T A; 2AIR B; 2KRN A; 4LDX A; 1I1J A; 1X2K A; 2NUP A; 2KR3 A; 3OW2 P; 3DB4 A; 1GXI E; 2NUZ A; 2KXC A; 2ECZ A; 2JN0 A; 4ZGE B; 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