The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of MAS solid-state NMR and X-ray crystallographic data in the analysis of protein dynamics in the solid state
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
12
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CSK A; 3VS0 A; 2DX1 A; 2HSP A; 2DNU A; 2ESW A; 2KRM A; 3REB B; 1KIK A; 2YSQ A; 3M0R A; 2DRK A; 2G6F X; 1WFW A; 1X2K A; 2K7A A; 3NGP A; 2DBK A; 2JM9 A; 3FJ5 A; 2K3B A; 2FRW A; 4AFS C; 2PNI A; 1J3T A; 2QDL A; 1E7O A; 1WX6 A; 1GFD A; 2CUD A; 1PNJ A; 1PHT A; 2AKK A; 5FWC A; 4D8K A; 1YNZ A; 1GRI A; 5GJV B; 2RNA A; 1U5S A; 4LE9 A; 2ECZ A; 1ZBJ A; 2LJ0 A; 1KFZ A; 3VS5 A; 3JV3 A; 2EYZ A; 4OML A; 4J9D A; 1BK2 A; 4CC7 A; 4IIO A; 1TUC A; 4AFU C; 2LZ6 B; 3VRY A; 2CH4 A; 1YN8 A; 2EKH A; 2LJ1 A; 3EGU A; 1JQQ A; 1GFC A; 1OV3 A; 2X3W D; 2RMO A; 3O5Z A; 1SEM A; 1PRM C; 2EYW A; 2E5K A; 1E6H A; 4JPB W; 1GL5 A; 2EVR A; 2JS0 A; 1XOV A; 2FPD A; 2JS2 A; 1K0S A; 3KFV A; 5IHN A; 4HVU A; 1WDX A; 2FO0 A; 3U23 A; 4AG1 C; 2DL7 A; 1VYT A; 2JM8 A; 1U06 A; 2RQR A; 2O2O A; 2GTJ A; 1VYV A; 2O9S A; 1NYG A; 1BBZ A; 4GLM A; 3M0S A; 1ZUU A; 1ZUK A; 2L3Q A; 1CKA A; 2VWF A; 5IXB A; 2OAW A; 5I11 A; 2HDA A; 1G2B A; 2O88 A; 4A63 B; 4AG2 C; 1YP5 A; 1K76 A; 4J9F A; 2SEM A; 2GTO A; 1GCQ C; 2VVK A; 2KRN A; 2CSI A; 2LP5 A; 2YUQ A; 1BB9 A; 1NG2 A; 1OOT A; 1HJD A; 4GBQ A; 1AWO A; 2J05 A; 2RN8 A; 2C0T A; 2GBQ A; 1LCK A; 4WCI A; 2JT4 A; 2A37 A; 1PKT A; 2BZY A; 2OI3 A; 4Z89 A; 2CH4 W; 3NPF A; 1JU5 C; 1ZX6 A; 1WXU A; 1X43 A; 2HEQ A; 2RQV A; 4DEX A; 1AWW A; 4CC4 B; 2DLP A; 4HCK A; 4QT7 A; 2KT8 A; 1KSW A; 4ORZ A; 1NYF A; 3LH5 A; 1RLQ C; 1SRM A; 2YT6 A; 2MCN A; 5IXF A; 1GBQ A; 3PVL A; 2DL4 A; 3VS1 A; 3I5S A; 1EFN A; 1WA7 A; 3C0C A; 1ZLM A; 3QWX X; 1RLP C; 1OEB A; 4F14 A; 5FWB A; 4RTZ A; 5L23 A; 2L3P A; 2RQT A; 2DL3 A; 2DMO A; 3M0Q A; 1AZG B; 1UUE A; 2C0I A; 4JJB A; 2DBM A; 4RTV A; 1FMK A; 2AK5 A; 4J9B A; 3I35 A; 3PE0 A; 2BTT A; 2KNB B; 2DL5 A; 1QKX A; 2K2M A; 1ABQ A; 2D8H A; 1UHC A; 2CDT A; 5GJW B; 4EIK A; 2KXC A; 2L0A A; 1H3H A; 2A08 A; 1H8K A; 2D8J A; 2DL8 A; 1NEB A; 1QWE A; 3PVQ A; 1VYU A; 2LJ3 A; 4J9G A; 2KXD A; 3R6N A; 2EYX A; 1M3C A; 3I9Q A; 1K0X A; 1WI7 A; 2KT1 A; 1CKB A; 2PZ1 A; 1KJW A; 2C0O A; 1RUW A; 1AWX A; 4JJC A; 3EG1 A; 1FYN A; 2LQW A; 3NMZ C; 4AFQ C; 2KGT A; 2DE0 X; 2XMF A; 2M51 A; 2YUN A; 4AFZ C; 4RTT A; 2HBW A; 1NLP C; 3TVT A; 4JZ4 A; 1WIE A; 2GQI A; 2W10 A; 1TG0 A; 2RQW A; 1X69 A; 1T3L A; 4RTU A; 2J6O A; 1Z9Q A; 1SSH A; 1UJ0 A; 2V1R A; 4LUD A; 3EG2 A; 2FRY A; 1UHF A; 2AKL A; 1UDL A; 2A28 A; 5ECA A; 1ARK A; 1T0H A; 3M0P A; 4HXJ A; 1T3S A; 4Z88 A; 2LNH B; 2CSQ A; 3SHW A; 1B07 A; 2X3X D; 3H0H A; 3THK A; 1X6B A; 1Y57 A; 1YWO A; 4R0K A; 1AD5 A; 2F2V A; 2BZ8 A; 2LX7 A; 1SHG A; 2FEI A; 5HCK A; 1SPK A; 1GCP A; 4LNP A; 1Z9Z A; 1ZSG A; 1N5Z A; 2JMC A; 2MOX A; 2J6K A; 2ENM A; 4J9E A; 4OMQ A; 2I0N A; 1U3O A; 2OJ2 A; 2O9V A; 2BZX A; 1GBR A; 1UEC A; 1WLP B; 3VS7 A; 1JXM A; 2KRS A; 1HSQ A; 2H8H A; 4RUG A; 1K1Z A; 2DM1 A; 2M0Y A; 2ED1 A; 4E6R A; 2HCK A; 3H41 A; 3UF4 A; 1UG1 A; 2K6D A; 1WYX A; 1MV3 A; 3H0I A; 2LMJ A; 1E6G A; 4Z8A A; 1ZUY A; 4RTX A; 2SRC A; 2B86 A; 4D8D A; 1X2Q A; 2J06 A; 1AOJ A; 2YUP A; 2JTE A; 3M0T A; 1MV0 B; 2A36 A; 2DRM A; 2W0Z A; 4HVW A; 5FW9 A; 2V1Q A; 2CT3 A; 1UJY A; 1QKW A; 2YUO A; 2NWM A; 1I1J A; 2CUB A; 3CQT A; 2EGE A; 2DVJ A; 1OPK A; 2JW4 A; 3VS3 A; 2LCS A; 4JJD A; 2L2P A; 2ROT A; 4LUE A; 2DIL A; 3TSW A; 2J6F A; 1YWP A; 4J9H A; 1AEY A; 4M4Z A; 2FPF A; 1T0J A; 3RNJ A; 3GBQ A; 2EGC A; 4F16 A; 3M0U A; 4OMN A; 4OMP A; 2LQN A; 4K11 A; 1NEG A; 2KYM A; 3UA7 A; 1NLO C; 1I07 A; 2AZV A; 2D0N A; 2FG0 A; 2YDL A; 4ZNX A; 1UTI A; 3VS2 A; 1YCS B; 1UFF A; 4FSS A; 5IH2 A; 2CRE A; 2K9G A; 1UGV A; 2DJQ A; 2J7I A; 3NHN A; 2JMA A; 1MUZ A; 1M3A A; 2D1X A; 1HD3 A; 1JXO A; 1B3Q A; 3QWY A; 4CC3 A; 1H92 A; 1Y0M A; 2DYB A; 2GGR A; 4X1V A; 1M8M A; 2GNC A; 2MIO A; 2ED0 A; 1VA7 A; 4F17 A; 5I22 A; 1UE9 A; 5IHI A; 2DA9 A; 2KE9 A; 1M30 A; 3I5R A; 2KRO A; 3SEM A; 1W70 A; 3EHR A; 4RTW A; 2IIM A; 3EG3 A; 3ULR B; 1X27 A; 2F2X A; 4HVV A; 3H0F A; 3TSZ A; 1NM7 A; 1SRL A; 2PTK A; 4OMM A; 2EQI A; 1A0N B; 4JZ3 A; 1V1C A; 1SHF A; 2KEA A; 3IQL A; 2ABL A; 2JXB A; 4DEY A; 4RTY A; 1I0C A; 2EBP A; 4J9C A; 4LN2 A; 1WXB A; 1AZE A; 3REA B; 1RI9 A; 2RQU A; 1PRL C; 2FPE A; 4OMO A; 1QWF A; 4J9I A; 1BU1 A; 1S1N A; 3UAT A; 2DF6 A; 2CT4 A; 1AWJ A; 2NUZ A; 1QCF A; 3VRZ A; 2P4R A; 1QLY A; 1ABO A; 2K79 A; 1GCQ A; 1X6G A; 3A98 A; 2EW3 A; 3ZL7 C; 3VS4 A; 2KBT A; 1PWT A; 1OPL A; 2RPN A; 1W1F A; 2KR3 A; 1K9A A; 1WXT A; 2RF0 A; 4IIM A; 3UA6 A; 4CC2 A; 4ESR A; 3VS6 A; 5IHK A; 2EYY A; 1K4U S; 1JO8 A; 3EG0 A; 1G83 A; 2ROL A; 1W6X A; 2O31 A; 5EC7 A; 1PKS A; 2EGA A; 4Y92 A; 1M27 C; 2F2W A; 2AZS A; 1TUD A; 2EPD A; 1AVZ C; 2VKN A; 3EHQ A; 4KRT A; 3RBB B; 1JEG A; 1M3B A; 2L3S A; 2KYB A; 1IO6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QYH B; 3EGX B; 4XK8 E; 2DX1 A; 1M5Q 1; 3CCU Q; 3REB B; 1FMV A; 2KSS A; 1WHH A; 2G6F X; 3OYJ A; 1GXI E; 2DBK A; 2E65 A; 4MML A; 3QHS A; 2LC4 A; 1C1A A; 5D6W A; 4AFS C; 2PNI A; 5D6Y A; 1SF9 A; 1X6O A; 3OYD A; 3A8M B; 1PHT A; 1YNZ A; 3OYC A; 5GJV B; 4M7D E; 2RNA A; 3I56 T; 1KC8 U; 1SKU B; 1ZBJ A; 1XJW B; 2LJ0 A; 2E70 A; 3VS5 A; 4PFO A; 4C92 C; 4EPC A; 3H9N A; 3A8G B; 4OML A; 2DJZ A; 3H6Z A; 4IIO A; 1TUC A; 1N9S A; 2LT4 A; 2LZ6 B; 3M57 A; 3VRY A; 2CH4 A; 4KGV B; 1GFC A; 4HT8 A; 2ZPH B; 1SEM A; 5KYW B; 2EYW A; 1GL5 A; 2EVR A; 1U1T A; 3JSC A; 1WDX A; 2QAZ A; 1MGQ A; 1QCN A; 1Q82 R; 2JN0 A; 1U06 A; 2RHI A; 2GCX A; 1UGQ B; 1VQO T; 4VUB A; 1BYM A; 1VYV A; 1NYG A; 1BBZ A; 4A4G A; 4AT1 B; 4FSX A; 1CKA A; 2I2L A; 3PFS A; 1M9S A; 5LJ5 e; 3OBW A; 1Q95 G; 2OAW A; 5IXB A; 1EZZ B; 1G2B A; 2D0Q B; 2CKK A; 4A63 B; 1K76 A; 4J9F A; 1BI1 A; 3F70 A; 2GTO A; 3TCJ A; 1PD1 A; 4GBQ A; 1AWO A; 2LTO A; 2RO0 A; 2J05 A; 2RHY A; 2HL3 A; 3GF5 A; 4A4E A; 3V8J A; 1WHL A; 4WCI A; 2JT4 A; 4QVC A; 3I55 A; 5LJ5 d; 1NJI U; 1U1S A; 4LDV A; 5DLQ E; 3NPF A; 4M78 E; 1JU5 C; 4C8Q F; 3RMS A; 4DOW A; 2RQV A; 3WVE B; 4L59 A; 3MP6 A; 1KSW A; 4XU1 A; 3KXT A; 3LH5 A; 2DZ9 A; 1RLQ C; 2LCC A; 1BCO A; 4C8Q A; 5IXF A; 3CCU T; 1K73 C; 4O6J A; 1QVF S; 4M75 B; 3VS1 A; 3L2V A; 2RH2 A; 1KHI A; 5EG2 A; 3CC2 T; 5KYY B; 4PJO D; 2OTJ T; 2PUK B; 2IVW A; 2VAS A; 4RCC A; 3FB9 A; 2A3L A; 2DMO A; 2PUO B; 2D6F A; 2DTO A; 1FMK A; 1KD1 C; 2AK5 A; 2MK5 A; 3HTR A; 2YWW A; 3J80 E; 3EFS A; 3MKD A; 4BE2 A; 2D8H A; 4F7U G; 3CME A; 8ATC B; 2CDT A; 5GJW B; 4EIK A; 4DBQ A; 3RR6 A; 5GAN g; 1Q7Y U; 3OMG A; 2HKN A; 3L2W A; 2AHJ B; 1Q86 R; 1VQ5 Q; 4QVZ A; 3MEA A; 1QWE A; 1KC8 R; 4J9G A; 4KH1 B; 1M3C A; 3OA6 A; 3L2U A; 3I9Q A; 2CZ6 B; 4C92 F; 5CCA A; 3ZFJ A; 1KJW A; 3JCM h; 1MHN A; 2VC8 A; 4AFQ C; 1M2V A; 1WHK A; 2DE0 X; 3L2Q A; 3Q1J A; 4C92 A; 2XMF A; 2GFU A; 2EQJ A; 1D09 B; 5GAN j; 3TVT A; 2KY9 A; 3QDF A; 2E6Z A; 3L2R A; 2W10 A; 1K9M C; 4PLI A; 2V1R A; 1YJW Q; 3FRN A; 3P8D A; 2DAQ A; 5ECA A; 4HXJ A; 2LDM A; 2ATC B; 3CC4 A; 1FWZ A; 1OX9 A; 1OYX A; 1B07 A; 4PJN A; 4M7A C; 1AD5 A; 1VQM Q; 2BZ8 A; 1B34 A; 1AT1 B; 3S6W A; 4FT2 A; 3CCS Q; 1GCP A; 1ZSG A; 2LVM A; 3JCM b; 2JMC A; 1D0X A; 3CCJ Q; 2L3R A; 2NYS A; 2MOX A; 1M1K U; 5KYU B; 2DKG A; 2RJC A; 5GAM j; 1MMN A; 2OJ2 A; 1LOJ A; 2VXF A; 2ZCF B; 3OYG A; 1LPL A; 2KDS A; 1UEC A; 3QJY A; 4HCC A; 1N8R U; 2EQK A; 1WNL A; 4J7F A; 3QZ9 B; 2DM1 A; 4LXC A; 2ED1 A; 1WHM A; 1OX8 A; 3CCE Q; 3FIF A; 3N5B B; 1NJI R; 3M53 A; 2K6D A; 1WYX A; 4FCY A; 1VQK Q; 3PT9 A; 5GAM h; 3GNF B; 2QA4 A; 4RTX A; 3BFM A; 4EMG A; 1QVP A; 5GMK i; 1X2Q A; 2J06 A; 2JTE A; 4DA4 A; 4XTW A; 2CP2 A; 3M0T A; 4C0Z A; 2A36 A; 4XU2 A; 1UGR B; 2NWM A; 1I1J A; 2F1L A; 2X4W A; 2RJD A; 3VS3 A; 2JJ9 A; 2LCS A; 2L2P A; 4C8Q D; 3CCM A; 4OMF B; 3CEY A; 2J6F A; 3CPW P; 5FLX E; 2H3J A; 4J8O A; 4XTU A; 2PVD B; 3QZ5 B; 5GAO m; 1VQ5 T; 1YCY A; 4FIB A; 3OYL A; 2QG9 B; 3OS0 A; 4OMN A; 1QVG S; 2LQN A; 4M77 B; 1YIT A; 4PLL A; 5GMK j; 1I07 A; 4MZT A; 2AZV A; 2YDL A; 4ZNX A; 4XTZ A; 4DBR A; 4IUR A; 1YCS B; 1Q7Y R; 3J81 E; 3JB9 F; 4DBF A; 2K9G A; 2CP6 A; 2M0O A; 3TRE A; 2J7I A; 2D1X A; 1HD3 A; 3G71 T; 2MMP A; 2WSE E; 4PKC C; 4E7I A; 1BKB A; 4D6W A; 4X1V A; 2GNC A; 2RHZ A; 4JLI A; 2DK3 A; 2OTL A; 1M4Z A; 4F17 A; 4QW2 A; 1YJW T; 3X26 B; 3SEM A; 5GAN 3; 2QEX Q; 1SG5 A; 1W2B S; 3TQ7 P; 3T9N A; 1D1B A; 3M4Y A; 5L8R E; 3E1S A; 1X27 A; 4C92 D; 3QII A; 3KBG A; 4DOV A; 3QSU A; 4OGE A; 3TSZ A; 1SRL A; 3CCS T; 2PTK A; 4QQD A; 1VQL A; 4OMM A; 4PJO E; 3A5Z B; 4M75 C; 1V1C A; 4F04 B; 1SHF A; 5GAO q; 2RHX A; 4PJJ A; 3MP1 A; 4II1 A; 4M7A F; 1M1G A; 3GIB A; 4LN2 A; 5LJ3 e; 2MPX C; 2RQU A; 2RK1 A; 2FPE A; 4OMO A; 1VQ9 A; 4E7H A; 1S1N A; 2DF6 A; 4M7A A; 4M7D B; 2DIG A; 2HQX A; 2YHT A; 2MWP A; 2P4R A; 4BE1 A; 1FXX A; 3CCE T; 1VQ4 T; 1VQK T; 3VS4 A; 1YHQ A; 2FZG B; 1VQ7 A; 1PWT A; 2EJG A; 2M9U A; 1VQ8 Q; 2RF0 A; 4CC2 A; 5IHK A; 4ESR A; 2E64 A; 3SFM A; 1K4U S; 5LJ3 d; 1G83 A; 1H64 1; 5CIU A; 4C5E A; 1HYO A; 2F2W A; 2AZS A; 1O75 A; 2EPD A; 2VKN A; 3EHQ A; 3RDV A; 1M3B A; 4PJL A; 2GQV A; 2KYB A; 3G6E Q; 5GAN 8; 1CSK A; 3VS0 A; 4C5H A; 1IHW A; 2HSP A; 2YSQ A; 3M0R A; 2DRK A; 2DFU A; 3V8L A; 1O9S A; 3M5A A; 3FJ5 A; 2K3B A; 2FRW A; 2P84 A; 2QDL A; 1WX6 A; 2V8J A; 3A1P A; 2QI2 A; 3UPU A; 4FT4 A; 2O4X B; 4D8K A; 5FRN A; 1GRI A; 1Y96 B; 3H8Z A; 1U5S A; 2FZC B; 4X9D A; 1OZ2 A; 3FDR A; 3C4S A; 3I56 Q; 4M75 G; 2OX7 A; 2L89 A; 4CC7 A; 4ZTJ A; 2COY A; 3CCL A; 1RAD B; 3JB9 I; 1WJQ A; 3RES A; 2LJ1 A; 1YN8 A; 3EGU A; 1JQQ A; 4B9W A; 2X3W D; 2RMO A; 5GAN 7; 3CD6 Q; 3O5Z A; 4PNO A; 4M78 B; 1Q82 U; 1PRM C; 1MMG A; 1IXD A; 3X25 B; 3CCV T; 2K5I A; 1K0S A; 3KFV A; 2FO0 A; 2DL7 A; 4JRK A; 3MET A; 3O8V A; 1M90 R; 4OGC A; 3OYI A; 2JM8 A; 1YJN Q; 3JB9 D; 1MND A; 1ZSZ B; 2RQR A; 5FU7 B; 4BY6 B; 1QQJ A; 2X4Y A; 3OYF A; 2GTJ A; 5GAO r; 3DB3 A; 1WJS A; 1IHV A; 4GLM A; 1MNE A; 2VWF A; 5DM7 R; 1M1K C; 1TXQ A; 3EG9 B; 4AG2 C; 1RAE B; 4C8Q E; 2E3H A; 1YI2 A; 4IUV A; 4KBM B; 1N8R C; 2F69 A; 3CMA Q; 2X9H A; 2CSI A; 3JRZ A; 2YUQ A; 2PQW A; 3JCM Q; 1HJD A; 4KUI A; 2HQH A; 3OYK A; 1VQ8 T; 1RAC B; 2JZ2 A; 1Q81 C; 1LCK A; 1G3S A; 1V76 A; 3M4G A; 2IG0 A; 4FYW B; 1PKT A; 2E6N A; 3OYN A; 2BZY A; 4M77 C; 5FRO A; 3UDC A; 1ZX6 A; 1X43 A; 4OB0 B; 5LJ5 f; 3MEW A; 2HEQ A; 3JB9 J; 1RI0 A; 1AWW A; 2DLP A; 4JUV A; 2WSC E; 3EGD B; 4QT7 A; 1ZA1 B; 2RB6 A; 3LWI A; 2FVU A; 1NYF A; 1F1B B; 2NUP B; 4BB7 A; 1K8A C; 3TU4 K; 4MDX A; 2YT6 A; 3QBY A; 3SWN A; 4C0D B; 2ZPI B; 5GAN 5; 2NUT A; 3CC2 Q; 4BDZ A; 3L42 A; 2KK4 A; 5FWB A; 4BE0 A; 2L3P A; 2RQT A; 2OTJ Q; 1VQN A; 3DKM A; 3M0Q A; 1AZG B; 1TWB A; 1UUE A; 2C0I A; 4C92 E; 3JB9 H; 4QVD A; 1Q86 U; 4NL2 A; 2V8K A; 3PE0 A; 1QKX A; 1ABQ A; 1UB4 A; 2R5A A; 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